专利名称：：用一种粘蛋白状糖蛋白(muc-1)疫苗治疗患者的方法
技术领域：
：本发明涉及一种鉴定适于用基于粘蛋白状糖蛋白(mucinous-glycoprotein,MUC-1)的制剂治疗的癌症患者的方法。这种癌症的实例为非小细胞肺癌和前列腺癌。在某些情况下，基于MUC-1的制剂是BLP25疫苗。
背景技术：
：在北美，肺癌是两性患者中癌症相关死亡率的主要原因。2004年，在美国诊断出大约174,000例新的肺癌病例(男性占54%,女性占46%)。此外，2004年，单在美国死于该病的人数大约为160,000人。不幸的是，在诊断期间，仅有25%的肺癌患者可能通过手术治愈。另外，在患有癌症的患者中，化疗仅能适当地改善存活的机会。非小细胞肺癌(NSCLC)是最常见的肺癌，其占全部原发性肺癌的大约75-80%。NSCLC典型为鳞状上皮细胞癌、腺癌和大细胞癌。已观察到粘蛋白状糖蛋白，即MUC-1，高度表达在这类癌中，超出了健康个体上皮细胞中的正常表达水平。还已观察到由于连接于MUC-1多肽的骨架上，很多装饰MUC-1蛋白的碳水化合物部分比连接于正常细胞MUC-1蛋白的那些部分短。因此，与正常细胞内的多肽骨架相比，癌细胞内的MUC-1多肽骨架暴露更多。在肺癌之后，前列腺癌是美国男性中第二种最常见的诊断出的癌。在美国大约有190,000名男性被诊断患有前列腺癌，每年死于该疾病的男性近30,000人。前列腺切除术(PR)治疗前列腺癌之后的生化衰竭通常是一种临床失败的预兆，其可缩短患者的期望寿命。并且虽然目前存在对其它治疗前列腺癌的无创性方法的需求，但对前列腺切除术后和生化衰竭的男性的治疗存在一种特殊的需求。目前本领域对鉴定适于新的癌症疗法的患者以及开发这类新的癌症疗法存在一种需求。本发明提供一种鉴定适于用基于粘蛋白状糖蛋白(MUC-1)的制剂治疗的癌症患者的方法。发明概述本发明涉及鉴定和治疗癌症患者的方法，其中所述癌症适于用基于MUC-1的制剂治疗。这种癌症的实例为NSCLC和前列腺癌。本发明还包括用基于MUC-1的制剂治疗除NSCLC和前列腺癌之外的其它癌症。在本发明的一实施方案中，基于MUC-1的制剂可以是一种基于MUC-1的脂质体疫苗(liposomalvaccine)。例如，所述脂质体疫苗可以在其脂质双层中包含一种MUC-1肽或者包嚢在其囊泡结构中。MUC-1肽还可被脂质化(lipidated)以促进其与脂质体样类脂双层或膜的締合(association)。MUC-1肽可包含SEQIDNO.1中所示的氨基酸序列或其免疫活性片段或变体(通称为"功能性变体")，或SEQIDNO.2的氨基酸序列或其免疫活性片段或变体。以下描述MUC-1核重复变体(corerepeatvariants)的具体的4争4生。在本发明的另一方面，提供一种治疗NSCLC或前列腺癌的患者的方法("方法1")。该方法包括(A)选择治疗患有NSCLC或前列腺癌的患者，和(B)在一段时间内给予该患者一种基于MUC-1的制剂。在方法1的一实施方案中，所述基于MUC-1的制剂包含脂质体，其含有至少具有下列氨基酸序列的多肽SEQIDNO.l中所示的氨基酸序列或其免疫活性片段或变体，或者SEQIDNO.2中所示的氨基酸序列或其免疫活性片段或变体。在特殊的实施方案中，方法1还可包括包含评价所治疗患者的步骤(C)。在各实施方案中，评价所治疗的患者可通过测定所治疗患者的免疫反应来完成。在某些实施方案中，测定所治疗患者的免疫反应可包括测定T-细胞增殖。在其它实施方案中，评价所治疗的患者可包括测定以下的至少一或多项(a)胂瘤体积，(b)胂瘤位置，(c)结节阶段，(d)NSCLC或前列腺癌的生长速率，(e)患者的存活率，(f)患者肺癌或前列腺癌症状的变化，(g)患者PSA浓度的变化，(h)患者PSA浓度倍率的变化，或(i)患者生活质量的变化，或者(j)其组合。在这些实施方案中，评价所述患者可在所述给药时间段之前、期间或之后进行。评价所述患者还可在所述给药时间段之前和之后进行。在一进一步的实施方案中，所述制剂是BLP25脂质体疫苗。"BLP25"是一种以下筌定的特定脂质化的MUC-1核重复。所述BLP25疫苗可包含含义MUC-1核重复(如SEQIDNOs:1和2中所示的那些)的预先形成的脂质体。包含MUC-1核重复的预先形成的脂质体可被冻干。在该方法的一实施方案中，所述BLP25脂质体疫苗在药剂盒中，药剂盒中包括制备和使用该疫苗的说明书。因此，该药剂盒可包含另一种液体，如用于使所述冻千的物质重新构成的氯化钠溶液(0.9%,USP)。另外，可以以液体形式提供BLP25脂质体疫苗。该药剂盒还可包含一种辅药或多种辅药的组合。辅药的实例包括但不限于脂质A、胞壁酰二肽、明矾，或细胞因子。因此，该药剂盒可包括能使人制备供给药的BLP25疫苗的多种小瓶和管。给予患者所述制剂的步骤可通过任何适合的方法，并可利用任何药学上可接受的剂型。给药方法的实例包括但不限于注射，其中注射是肌内注射、皮下注射、静脉内、结节内、瘤内、腹膜内或皮内注射。另外，该疫苗或脂质体结合的MUC-1核重复肽可通过气雾剂、鼻内、口服、阴道、直肠、眼内、局部(散剂、软膏剂或滴剂)、颊内、脑池内、腹膜内或外用等给予。该疫苗或脂质体结合的MUC-1核重复肽还可通过适于透皮传递的制剂给予，例如通过透皮贴剂。在本发明的另一方面，描述一种改善或维持癌症(如NSCLC或前列腺癌)患者生活质量的方法("方法2")。该方法可包括在一时间段内常规给予被诊断患有易于用基于MUC-1的制剂治疗的癌症(如NSCLC或前列腺癌)的患者一定剂量的BLP25脂质体疫苗。在方法2的另一方面，可计算在给药的时间段之前、期间以及之后，患者的身体状况、一几能状况和癌症症状的综合评分。在一实施方案中，BLP25脂质体疫苗的剂量提供约1,000pg的BLP25MUC-1脂肽，以单次或多次给予，虽然可给予以下所述的其它剂量。参见，例如以下BLP25剂量亚章节下设计的剂量。本发明的另一方面是一种鉴定适于用基于MUC-1的组合物(如BLP25疫苗)治疗的患者的方法。该方法的一实施方案进行测定患者血流，或血、血浆、尿、血清或其它适合的生物样本中循环的MUC-1肽的水平是否正常或异常。如果循环的MUC-1的水平正常，则患者适合于连续用MUC-1组合物治疗。即，可给予具有正常循环MUC-1水平的患者一定剂量的MUC-1疫苗，如BLP25。在一实施方案中，正常MUC-1循环水平的上限约为37.7U/ml。因此，具有37.7U/ml或以下的MUC-1循环水平的患者适于用MUC-1组合物，如BLP25疫苗治疗。但是，确定不同组别患者MUC-1肽循环的阈水平在技术人员的技术范围之内。即，值"37.7U/ml"不必是所有测试人群的一个限定阈值。循环抗原的"正常"量可从所要求的亚群测定，并可用作一种将MUC-1量分为正常或异常的类别的指标。在另一实施方案中，该方法进行检测患者血流，或血、血浆、尿、血清或其它适合的生物样本中HLAA2蛋白或编码核酸或HLAA2RNA转录的存在。生物样本中HLAA2蛋白或编码核酸或HLAA2RNA转录的存在的检测表明所述患者适合用基于MUC-1的组合物(如BLP25疫苗)治疗。在一实施方案中，被筛选适合用MUC-1组合物治疗的患者患有IIIB期或IV期非小细胞性肺癌。在本发明的一方面，提供一种治疗癌症患者的方法。该方法包括(a)选择治疗具有表达MUC-1的癌细胞的患者，和(b)在一段时间内给予该患者基于MUC-1的制剂，其中该制剂包含(i)脂质体；和(ii)至少一种包M自下列氨基酸序列的多肽SEQIDNO.1的氨基酸序列、SEQIDNO.1的氨基酸序列的免疫学活性变体、SEQIDNO.2的氨基酸序列以及SEQIDNO.2的氨基酸序列的免疫学活性变体，且其中该患者在其血清中不具有高水平的循环MUC-1。在一实施方案中，癌症选自卵巢癌、肝癌、结肠癌、乳腺癌、胰腺癌、肾癌、头颈癌和多发性骨髓瘤。上述总的描述和以下图的简述均为示例性和解释性的，并对要求保护的本发明提供进一步的解释。本领域技术人员将从以下发明详述中很容易清楚了解其它的目的、优点和新的特征。图示筒述图1是描述本发明详述的研究的结果图，表明接受用BLP25脂质体疫苗治疗的患者或仅用最佳支持护理处理(bestsupportivecare,BSC)的患者之间研究组别(studyarm)的总存活期。参见以下实施例1。图2是显示NSCLC的IIIB期局限性(locoregional)患者的存活分析图。两组患者(治疗和BSC)的存活分析包括用BLP25脂质体疫苗治疗的患者对比仅用最佳支持护理处理的患者的存活分布函数。参见以下实施例1。图3是描述不同患者的前列腺特异性抗原("PSA")倍增时间百分率变化的图，所述患者已接受一种剂量的BLP25脂质体疫苗。参见以下实施例3。图4是列出通过探访、研究组别(BLP25和对照)和正常/异常水平下患者C27.29值的频数分布表。图5显示与具有异常水平的患者相比较，在基线处具有正常抗原水平的患者的存活曲线。图6显示具有正常水平的CA27.29的那些患者的中位数存活期是24.2个月，而具有异常水平的患者的中位数存活期为9.8个月(Coxp=0.0006)。图7表明对照组别的数据，其中与具有异常CA27.29水平的患者的11.3个月相比，具有正常CA27.29水平患者的中位数存活期为15.1个月(Coxp=0.0042)。图8显示与具有中位数存活期为15.1个月的对照组的那些患者相比，在BLP25组别中具有预存在正常水平CA27.29的患者的中位数存活期数据为24.2个月(Coxp=0.0605)。图9显示在BLP25组别中具有预存在异常水平CA27.29的患者的中位数存活期为9.8个月，而对照组的那些患者具有中位数存活期为11.3个月(Coxp-0.5234)。图10显示存活期对T-细胞增殖的Kaplan-Meier曲线。析。图12表明在各研究组别中具有HLAA02的患者的存活期。图13表明具有DQBl-05等位基因的患者的两组之间的存活期差异。图14显示在具有DRB1-04单倍型(haplotypes)的两组患者的存活期。图15显示具有DQBl-02等位基因的两组患者的另一种存活期曲线。图16表明图11中所列的相同单倍型的各治疗组别内的另外的存活期分析。图17显示只在BLP25治疗组中的具有CW07等位基因(11=45)的患者对比不具有所述等位基因的那些患者(11=43)的Kaplan-Meier存活曲线。图18表明在研究中患有IIIB期恶性肺瘤性胸膜渗漏或IV期疾病患者的治疗组的存活期。图19表明根据基线CA27.29正常vs.异常(对照组)的存活期。图20表明基线CA27.29正常vs.异常的总存活期。图21表明治疗组的总存活期。图22表明在研究中患有IIIB期局限性疾病患者的治疗组的存活期。图23表明根据基线CA27.29正常vs.异常(BLP组)的存活期。发明详述本发明提供基于MUC-1的制剂以及治疗罹患癌症的患者的方法，其中癌症易于用MUC-1制剂治疗。此类癌症的实例为NSCLC和前列腺癌。本发明还包括用基于MUC-1的制剂治疗除NSCLC和前列腺癌之外的其它癌症。本发明的制剂可包含MUC-1核的重复。MUC-1核重复可以是多次出现在MUC-1蛋白中的一种氨基酸序列。优选本发明的MUC-1核重复肽拟似表达在癌细胞内的MUC-1蛋白所表现的特性，其具有连接于MUC-1蛋白骨架的较短的碳水化合物部分。在一实施方案中，本发明的MUC-1核重复具有氨基酸序列，STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPP(SEQIDNO.1)。MUC-1核重复还可具有任何以下所示的氨基酸序列STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPK(棕榈酰基)G(SEQIDNO:2)STAPPAHGVTSAPDTRPAPG(SEQIDNO:3)。在某些实施方案中，该核重复可被脂质化。在此将一种这样的MUC-1核重复脂肽称为BLP25。还可将所述制剂与脂质体结合。该结合可包括但不限于将肽加入到脂质体中或通过脂质体包嚢所述肽。在此将含有BLP25脂肽的脂质体疫苗称为"L-BLP25"。本发明的制剂还可包含一种辅药或多种辅药的组合，如脂质A或白介素-2(IL-2)。可用于本发明的其它示例性辅药在下文描述。可将基于MUC-1的制剂配制成疫苗，并且该疫苗可以是一种脂质体相关的MUC-1核重复疫苗。在数个实施方案中，所述疫苗制剂包含与脂质体结合的MUC-1核重复和辅药。所述MUC-1核重复可被脂质化。本发明的疫苗可包含(a)含SEQIDNO.:1的序列和外源性脂质的MUC-1核重复；或者(b)含SEQIDNO.:1的序列和脂质体的MUC-1核重复；或者(c)含SEQIDNO.:1的序列和脂质体以及辅药的MUC-1核重复；或者(d)含SEQIDNO.:1的序列和脂质体以及辅药的MUC-1核重复，其中辅药为脂质A。在某些其它实施方案中，本发明的疫苗可包含(a)含SEQIDNO.:2的序列和外源性脂质的MUC-1核重复；或者(b)含SEQIDNO.:2的序列和脂质体的MUC-l核重复；或者(c)含SEQIDNO.:2的序列和脂质体以及辅药的MUC-1核重复；或者(d)含SEQIDNO.:2的序列和脂质体以及辅药的MUC-1核重复，其中辅药为脂质A。以下更详细地描述治疗易于用基于MUC-1的制剂以及基于MUC-1的疫苗制剂的组分治疗的癌症(如NSCLC或前列腺癌)患者的概念。I.BLP25脂质体疫苗在一实施方案中，基于MUC-1的制剂包含一定量的MUC-1脂肽BLP25和一定量的辅药。在此将这种制剂称为BLP25脂质体疫苗("L-BLP25")，其可为液体或为冻干制剂。例如，所述制剂或疫苗在单剂量量中可含有约1000的MUC-1脂肽BLP25和约500)ug脂质A。但是，其它微克量的MUC-1脂肽和脂质A也包括在本发明之内。例如，BLP25脂肽的量可足以提供多剂量的所述疫苗。因此，所述MUC-1核重复制剂可包含例如约50|ug、约100ng、约200吗、约300pg、约400貼、约500吗、约600|ig、约700吗、约800jig、约900lig、约1,000pg、约1,010jug、约1,020pg、约1,030pg、约1,040pg、约1,050iug、约1,060pg、约1,070^g、约1,080昭、约1,090^g、约1,100^g、约1,200pg、约1,300)Lig、约1,400|ng、约1，500jig、约1，600iug、约1,700pg、约1，800^g、约1，900pg、纟勺2,000pg、纟勺3000pg、约4000pg、约5000pg、约6000pg、约7000pg、约8000)iig、约9000吗、约10000吗、约l5000貼、约25000昭或更多的MUC-1核重复。MUC-1核重复的一种特定剂量的范围为约500)Lig至约1500吗，约500jug至约1500貼和约1000jxg。类似地，可改变脂质A的量以与用于配制成疫苗的MUC-1肽的量相匹配。因此，脂质A的量可以是约50pg、约100pg、约200ng、约300|ig、约400pg、约500iug、约600pg、约700jag、约800)ug、约900)Lig、约1,000|Lig、约I，OIOpg、约1,020|ug、约1,030貼、约1,040jug、纟々1,050pg、约1,060pg、纟勺1,070jig、约1,080)ug、约1,090]LLg、约l,]00pg、1,200jig、1,300pg、1，400pg、1,500〖丄g、1,600fig、1,700)dg、1,800吗、1,900jug或约2,000iug或更多。尤其是可以有约500吗的脂质A。所述BLP25脂肽和脂质A可与在该干粉再水合中形成的脂质体的脂质双层締合。所述制剂被保存在管形瓶中，如5ml的I型硼硅玻璃瓶。容纳MUC-1制剂的小瓶还可装有其它疫苗组分。例如，管形瓶可包含其它的脂质体样类脂，如二棕榈酰基磷脂酰胆碱、胆固醇和二肉豆蔻酰磷脂酰甘油。那些特定脂质的各量可以变化。因此，管形瓶中任何一种二棕榈酰基磷脂酰胆碱、胆固醇和二肉豆蔻酰磷脂酰甘油的量可以是约1mg、约2mg、约3mg、约4mg、约5mg、约6mg、约7mg、约8mg、约9mg、约10mg、约11mg、纟々12mg、约13mg、约14mg、约15mg、约16mg、约17mg、约18mg、约19mg、约20mg、约25mg、约30mg、约35mg、约40mg、约45mg、约50mg、约55mg、约60mg、约65mg、约70mg、约75mg、约80mg、约85mg、约90mg、约95mg或约100mg或超过约100mg。可将该脂质体样脂质包装在第二种小瓶中，而可将所述MUC-1制剂包装在第一种小瓶中。当然，存在本发明目的的其它实施方案。因此，仅以实例形式给出以上量的MUC-1脂肽BLP25、辅药和L-BLP25中的脂质体样类脂。可很容易完成对适当量的各组分的测定，包括MUC-1脂肽的量。在某些实施方案中，MUC-1脂肽的量将大于或小于约300^g。所述疫苗不必装填于5mlI型硼硅玻璃瓶中，但可以以本领域已知的任何方式供给。在一实施方案中，所述BLP25脂肽是在接近其C-末端含有脂质化氨基酸衍生物的一种线形27-残基肽。明确地讲，BLP25在该多肽的26位的赖氨酸残基上包含一个棕榈酰基脂质。所述BLP25脂肽的序列在以下表明的SEQIDNO.:2中所示SEQIDNO.2:STAPPAHGVTSAPDTRPAPGSTAPPK(棕榈酰)G在具有MUC-1核序列的其它实施方案中，可出现在所述肽的天然序列内的氨基酸，如苏氨酸、丝氨酸、赖氨酸、精氨酸或半胱氨酸，可以是一种可与脂质连接的便利位置。另外，所述脂质可连接在一种合成氨基酸或在MUC-1核序列中非天然发现的氨基酸上。此外，可将一或多种天然或合成氨基酸加入到MUC-1核序列的末端或之内以促进脂质的连接。可加入到MUC-1核序列中的氨基酸的数目并不被限定，原因是可加入任何数目的氨基酸，只要所述肽在本发明方法中仍发挥功能即可。如上所示，已向BLP25多肽中加入两个其它的氨基酸。即MUC-1核序列的C-末端以脯氨酸结束，因此是25-残基长度。然而，在BLP25多肽情况下，已向该C-末端脯氨酸中加入一个赖氨酸和甘氨酸以4足进棕榈酰的连接。因此，BLP25多肽的长度是27个氨基酸长度。可使用常规的肽合成方法向肽序列中加入一或多个这种其它的氨基酸。另外，可重组制备所述MUC-1核序列肽或BLP25。在一具体的实施方案中，BLP25脂质体疫苗("L-BLP25")可包含BLP25脂肽、脂质A、胆固醇、DMPG和DPPC。所述BLP25脂肽可包含SEQIDNO:2的序列，一种免疫活性片段，或其免疫学活性变体。这种BLP25脂质体疫苗(LiposomeVaccine)的剂量可包含约1000lug的BLP25脂肽、约500)ug脂质A、约17.3mg胆固醇、约3.6mgDMPG和约29.1mgDPPC。还可将这种特定的疫苗组合物和剂量以"每瓶"量描述。因此，一管形瓶可包含约300貼的BLP25脂肽、约150吗的脂质A、约5.2mg的胆固醇、约1.1mg的DMPG和约8.7mg的DPPC。可将该疫苗冻干，然后在给药前重新构成溶液，如氯化钠溶液。可将上述BLP25脂质体疫苗的量重新构成例如约为0.6ml液体的体积的溶液，虽然根据所要求的剂量可使用任何体积的液体，如约0.1ml、0.2ml、0.3ml、0.4ml、0.5ml、0.6ml、0.7ml、0.8ml、0.9ml、10ml、11ml、12ml、13ml、14ml、15ml、16ml、17ml、18ml、19ml或20ml或20ml以上。加入到冻干MUC-1疫苗中重新构成溶液的液体体积不必是给予患者的体积。A.MUC-1核重复变体作为SEQIDNOs:1和2中所示的另一种MUC-1核重复序列，本发明的制剂可混合有那些MUC-1核重复序列的免疫活性同系物。因此，本发明包括应用具有类似于但不等同于SEQIDNO:1或SEQIDNO:2中所示的氨基酸序列的MUC-1核重复肽。所以，本发明还包括使用与SEQIDNO:1或SEQIDNO:2相比具有99%、98%、97%、%%、95%、94%、93%、92%、91%、90%、89%、88%、87%、86%、85%、84%、83%、82%、81%或80%序列同一性且具有免疫活性的MUC-1核重复。可对本发明的MUC-1核重复蛋白进行修饰以含有保守的变体，或者可进行修饰以改变非关键残基或非关键区域的残基。非关键的氨基酸可通过本领与已知的方法鉴定，如位点定向诱变、结晶、核磁共振、光亲和标记或丙氨酸扫描诱变(Cunninghametal.,Science,244:1081-1085(1989);Smithetal.,JMol.Biol,224:899-904(1992);deVosetal.,Science,255:306-312(1992))。通过诸如蛋白酶结合底物、裂解、体外活性或体内活性等方法，可很容易测试所修饰的蛋白质诱发免疫反应的活性和能力。具体地讲，MUC-1核重复变体可结合有1、2、3、4或5个改善MUC-1核重复稳定性的氨基酸取代基，或带有改善对抗氧化的MUC-1核重复稳定性的不同的疏水性氨基酸，或者带有改善对抗蛋白酶的MUC-1核重复稳定性的不同氨基酸。因此，本发明的"可变"MUC-1核重复多肽通过一或多个取代、删除、插入、倒转、截断或其组合使得其氨基酸序列与SEQIDNOs:1或2中呈现的序列存在差异。可制备含有氨基酸取代的这样的变体，该取代为用类似性质的另一种氨基酸取代一种给定的氨基酸。保守取代包括丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的脂族氨基酸相互交换；羟基残基丝氨酸和苏氨酸的相互交换；酸性残基天冬氨酸(aspartate)和谷氨酸(glutamate)的交换；酰胺残基天冬氨酸和谷氨酸的取代；碱性残基赖氨酸和精氨酸的交换；以及芳族残基苯丙氨酸和酪氨酸的置换。参见Bowieetal，Science,247:1306-1310(1990)。B.MUC-1核重复融合蛋白具有SEQIDNOs:1或2的全长序列或其变体的MUC-1核重复肽还可结合另一种非正常相关的多肽。因此，可将MUC-1核重复肽在其N-末端或C-末端与具有基本上与MUC-1核重复不一致的氨基酸序列的异源多肽有效连接(operativdy)。"有效连接"表明所述MUC-1核重复肽和异源多肽都在构架内。融合蛋白可能或不可能影响MUC-1核重复或其官能变体诱发宿主系统的免疫反应的能力。例如，所述融合蛋白可以是谷胱甘肽S-转移酶(GST)-融合蛋白，其中MUC-1核重复体与GST序列的C-末端1或者流感HA标记物融合。其它类型的融合蛋白包括但不限于酶性融合蛋白，例如(3-半乳糖苷酶融合蛋白，酵母双-杂交GAL融合蛋白、聚-His融合蛋白和Ig融合蛋白。这些融合蛋白，尤其是聚-His融合蛋白，可促进用于本发明的重组产生的MUC-1核重复体的纯化。在某些宿主细胞中，通过使用与蛋白酶融合的异源信号序列，可增强蛋白的表达和/或分泌，所述蛋白酶将MUC-1核重复肽传递至细胞外基质中或者将MUC-1核重复蛋白集中在细胞膜中。其它融合蛋白可影响MUC-1核重复诱发免疫反应的能力。例如，可将MUC-1核重复的亚区域置换，例如用MUC-1蛋白的另一区域的对应的区域或亚区域置换。因此，可制备嵌合体性MUC-1核重复体。同样地，可改变底物的亲和力或者甚至防止底物的蛋白水解。因此，可使用一种具有例如SEQIDNO:1或2或其变体的氨基酸序列的蛋白质作为另一种MUC-1核重复肽的竟争性抑制剂。C.MUC-1核重复修饰MUC-1核重复变体还包括衍生物或同系物，其中(i)将氨基酸用不是遗传密码编码的氨基酸残基取代，(ii)使成熟的多肽与另一种化合物(如聚乙二醇)融合，或者(iii)将另外的氨基酸与MUC-1多肽融合，如前导或分泌序列或纯化多肽的序列。典型的修饰包括但不限于乙酰化、酰化、ADP-核糖基化、酰胺化、黄素的共价连接、血红素(heme)部分的共价连接、核苷或核苷衍生物的共价连接、脂质或脂质衍生物的共价连接、磷脂酰肌醇的共价连接、交联、环化、二硫键形成、脱甲基化、共价交联的形成、胱氨酸形成、焦谷氨酸形成、甲酰化、Y羧基化、糖基化、GPI锚形成、羟基化、碘化、曱基化、十四烷酰化(myristoylation)、氧化、蛋白酶解加工、磷酸化、异戊烯化(prenylation)、外消旋化、硒化、硫酸化、转移-RNA介导的氨基酸加入到蛋白中(如精氨酰化(arginylation))和遍在蛋白化。可用于MUC-1核重复的特别常用的肽修饰包括糖基化、脂质连接、硫酸化、谷氨酸残基的y-羧基化、羟基化和ADP-核糖基化。参见T.E.Creighton,蛋白-结构和分子特性(Proteins—StructureandMolecularProperties),第二版(W.H.Freeman和Company,NewYork(1993));Wold，F.,蛋白质的翻译后共价修饰(PosttranslationalCovalentModificationofProteins),B.C.Johnson,Ed.(AcademicPress,NewYork1-12(1983));Seifte等，Meth.Enzymol,182:626-646(1990);和Rattan等，爿肌灯.Jo^.663:48-62(1992)。可在MUC-1核重复多肽的任何位置进行修饰，包括在肽骨架、氨基酸侧链和氨基端或羧基端上。通过共价键修饰阻断多肽中的氨基或羧基或两者是自然发生中和合成肽中常见的。H.BLP25剂量当《合予患者基于MUC-1的制剂时，包括MUC-1核肽、BLP25多肽或BLP25脂质体疫苗，本领域技术人员清楚所述剂量可依据数种因素而变化，包括但不限于患者的体重、肿瘤的体积或胂瘤的发展。一般地，本发明所用的接受基于MUC-1的制剂的患者是一种单个有机体。在某些实施方案中，患者是哺乳动物。尤其，患者可以是人，包括男性或女性。在许多实施方案中，患者者是病人或者是等待或正处于医疗护理或治疗的病人。在单次或累计应用中，可给予患者BLP25脂质体疫苗中BLP25MUC-1多肽的剂量为约50|ug、约100]Lig、约200吗、约300吗、约400|ig、约500^g、约600jLig、约700pg、约800pg、约900pg、约I,000昭、约1,010|Lig、约1,020吗、约1,030)Lig、约1,040昭、纟勺1,050pg、约1，060jug、约1,070)Lig、约1,080)ug、约1,090)ug、约1,100^g、1，200pg、1,300|ug、1，400吗、1,500,1,600吗、1,700jug、1,800|ug、1,900貼或约2,000吗。在各特定实施方案中，给予患者的剂量为每周约1,000jag的基于MUC-1的制剂。患者可例如以每日多次、每日、隔日、每周一次或以任何其它适合的给药方案接受一定剂量的基于MUC-1的制剂。在一实施方案中，常规给药包括在一定时期内每周一次给予一定剂量的BLP25脂质体疫苗。当然，所述给药方案可包含MUC-1肽传递的其它更动。即，可将所述疫苗每周1次、2次、3次、4次、5次、6次或更多次给予。在某些实施方案中，可在一定时期内给予患者用药至少5次。在其它实施方案中，可给予患者多于或少于5次的用药。因此，患者每周可接受约1,000jig剂量的MUC-l脂质化多肽。另外，患者可每周2次接受两个500貼的剂量或者在5日内每日接受100pg的剂量。这些剂量实例并非限定性的，且仅用于例证性说明给予约1,000吗的MUC-1脂质化多肽的特定给药方案。例如，如果特定给药的适合剂量为每周1,000)Lig,可将所述剂量分为任何数目的排列。其也适用于如果特定给药的适合剂量大于或小于1,000)ig的情况。给予患者基于MUC-1的制剂的给药期可以是任何适合的时期。这种适合的时期的实例包括但不限于至少约3个月、至少约4个月、至少约5个月、至少约6个月、至少约7个月、至少约8个月、至少约9个月、至少约10个月、至少约U个月、至少约12个月、至少约13个月、至少约14个月、至少约15个月、至少约]6个月、至少约17个月、至少约18个月、至少约19个月、至少约20个月、至少约21个月、至少约22个月、至少约23个月或至少约24个月或更长。如果需要，该治疗期还可持续超过24个月，如30个月、31个月、32个月、33个月、34个月、35个月、36个月或长于36个月。在本发明的另一实施方案中，本文所述的任何方法的给药时间段为至少约2周、至少约4周、至少约8周、至少约16周、至少约17周、至少约18周、至少约19周、至少约20周、至少约24周、至少约28周、至少约32周、至少约36周、至少约40周、至少约44周、至少约48周、至少约52周、至少约60周、至少约68周、至少约72周、至少约80周、至少约88周、至少约96周或至少约104周。可在治疗的不同阶段给予基于MUC-1的制剂。例如，可在治疗期和维持期均给予基于MUC-1的制剂。在某些实施方案中，治疗期将包括以每周剂量给予基于MUC-1的制剂，而维持期可能是更长的时间段，如约每6周、约每7周、约每8周、约每9周、约每10周、约每11周、约每12周或更长。在某些例子中，治疗期所给予的剂量将比维持期所给予的剂量更大。但是，治疗和维持期是针对具体患者所设计的，因此治疗和维持期之间的时间和剂量可与以上实例明显不同。一般地，维持期可开始于认定适合的任何时间。例如，在某些实施方案中，治疗期为8周，而维持期将持续患者的终生。在其它实施方案中，仅进行治疗或维持期。在另一实施方案中，可预防性给予基于MUC-1的制剂。在这些实施方案中，给予基于MUC-1的制剂可预防个体发生癌症，如NSCLC或前列腺癌。当预防性使用基于MUC-1的制剂时，可很容易确定给药量和给药方案。医师可确定患者应保持基于.MUC-1的制剂的时间的量。某些情况下，在患者剩余的生命期内给予基于MUC-1的制剂可能是有利的。III.脂质体在很多实施方案中，可将基于MUC-1的制剂与脂质体使用。脂质体是由一或多个包围在水隔室(compartment)的脂质双层组成的微嚢。参见例如Bakker-Woudenberg等，Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis.12(Suppl.1):S61(1993),andKim,Drugs,46:618(1993)。因为可用还在天然细胞膜中发现的大量脂质分子制备脂质体，所以脂质体通常可被安全地给予并且为可生物降解的。因此，通常在药物传递中使用脂质体。依据制备方法，脂质体可以是单层的或多层的，并且直径的大小可以改变，范围从约0.02jum至大于约10|um。可将多种药物包嚢或插入到脂质体中。疏水性药物分配在双层中，亲水性药物分配在内部水溶液空间内。参见，例如Machy等，细月包生物学和药理学中的脂质体(LIPOSOMESINCELLBIOLOGYANDPHARMACOLOGY)(JohnLibbey，1987)和Ostro等，AmericanJ.Hosp.Pharm.46:1576(1989)。脂质体可直接吸收任何类型的细胞，然后释放一种结合剂。在某些情况下，脂质体可与靶细胞融合，然后将脂质体的内容物倒空到靶细胞中。另外，脂质体可被具有吞噬性的细胞内吞。内吞作用后脂质体样类脂的内溶酶体(intralysosomal)降解并释放被包嚢的药物。Scherphof等，Ann.KY.Acad.Scl,446:368(1985)。另外，可用脂质体在其表面上呈现活性剂(如多肽)，由此诱发各种事件(如信号级联放大)或激发生化途径，而不融合以上段落中提及的靶细胞或表面。因此，例如，可通过所连接于多肽的脂质，将多肽结合到例如脂质体的脂质双层中。脂质体被用作本发明基于MUC-1的制剂的传递载体。可在本发明方法中使用的示例性适合的脂质体包括多层嚢泡(MLV)、少层嚢泡(OLV)、单层嚢泡(UV)、小单层囊泡(SUV)、中等体积单层嚢泡(MUV)、大单层嚢泡(LUV)、巨型单层嚢泡(GUV)、多泡嚢泡(MVV)、经反相蒸发法制备的单或少层嚢泡(REV)、经反相蒸发法制备的多层嚢泡(MLV-REV)、稳定多层嚢泡(SPLV)、冻结或融化的MLV(FATMLV)、经挤出法制备的嚢泡(VET)、经弗氏细胞压碎器(Frenchpress)制备的嚢泡(FPV)、经融合制备的嚢泡(FUV)、脱水-再水合嚢泡(DRV)和泡状脂质体(BSV)。然后，如本领域技术人员清楚的一样，所述脂质体的类型并不受此限定，其可包括以任何适合于本发明方法制备的任何脂质体。制备脂质体的技术在本领域是熟知的。参见胶体药物传递系统(COLLOIDALDRUGDELIVERYSYSTEMS),vol.66(丄Kreutere丄,MarcelDekker,Inc.(1994》。IV.脂质在很多实施方案中，基于MUC-1的制剂可被脂质化，如用SEQIDNO.:2脂质化。此处所用的"脂质"可以是十四烷基、棕榈酰或十二烷基分子，其可与具有功能性氧、氮或硫基团的氨基酸连接。这些氨基酸包括但不限于苏氨酸、丝氨酸、赖氨酸、精氨酸和半胱氨酸。"单脂肽"是一种仅连接一个脂质链的肽。类似地，"双脂肽"是一种具有连接一个或两个氨基酸的两个脂质链的肽。如果两个脂质链连接两个氨基酸残基，那些残基可被任何数目的氨基酸在空间上分开。在连接一个以上脂质的情况下，各脂质可以是相同的脂质或者可以是不同的脂质。类似地，如果连接两个以上脂质，则两个或两个以上的脂质可以相同，或者所有的脂质都不相同。据信可将脂肽(如BLP25)结合到脂质体中，原因是肽的脂质部分可自发地整合成脂质体的脂质双层。因此，在这种情况下，脂肽可被呈现在脂质体的"表面"。另外，可将肽包嚢在脂质体之内。用诸如肽的分子制备和配制脂质体的技术是熟知的。V.辅药实例本发明的基于MUC-1的制剂还可包含一或多种辅药。另外，可在给予本发明的基于MUC-1的制剂之前、联合或之后给予一或多种辅药。如所熟知的那样，辅药是与特定抗原刺激物一起作用增强抗原的特殊响应的物质。例如，单磷酰脂质A(MPLA)是一种引起脂质体性抗原在特定T淋巴细胞上呈现增加的有效辅药。Alving,C.R,,Immunobiol,187:430-446(1993)。MPLA可结合钟样(toll-like)受体，其可导致控制各种免疫响应基因的表达的防御信号传导途径的激活。基于脂质的辅药，如脂质A和其衍生物，适合于与基于MUC-1的制剂使用。当结合到脂质体中时，还发现胞壁酰二肽(MDP)能增强辅助疗效。(GuptaRKetal.，辅药-毒性和辅助疗效之间的平銜-(Adjuvants-Abalancebetweentoxicityandadjuvancity),"Vaccine,11,293-306(1993》。可用于本发明的另一类辅药包括刺激性细胞因子，如白介素-2(IL-2)。因此，可用IL-2配制本发明的脂质体疫苗，或者可将IL-2单独给予以得到最优化抗原响应。在很多实施方案中，利于用脂质体将IL-2配制成制剂。还可将辅药的合成拟似物与基于MUC-1的制剂共同配制。例如，可将脂质体A拟似物与脂质体疫苗联合应用。一种特定类型的脂质A拟似物是其中脂质A二糖的一或两个糖单位被至少季戊四醇的碳骨架替代的类型。例如，参见结合到本发明作为参考的WO03/094850。VI.疫苗制剂的示例当基于MUC-1的制剂是疫苗时，还可用一或多种药学上可接受的赋形剂制备疫苗。这些赋形剂的性质是本领域熟知的，但一般包括为生理学上可耐受的并且对于本发明组合物的疫苗特性具有惰性或提高活性的赋形剂。药学上可接受的赋形剂的非限定性实例包括液体介质，如无菌、生理盐水。可在配制脂质体疫苗的任何点上加入赋形剂，或者可将其与完整的疫苗组合物混合。人们很容易确定何时加入赋形剂以及用于本发明疫苗的适合的赋形剂。一种具体的疫苗制剂可包括约300的SEQIDNO:2的MUC-1脂肽BLP25、约150吗脂质A和约15mg—或多种其它的脂质体样类脂，如二棕榈酰磷脂酰胆碱、胆固醇(DPMC)和二肉豆蔻酰磷脂酰甘油(DPMG)。VII.环磷酰胺在用基于MUC-1的制剂治疗之前，可将患者用环磷酰胺"预治疗"。在很多实施方案中，环磷酰胺的剂量约为300mg/m2、约400mg/m2、约500mg/m2或约600mg/m2。可将范围约为300mg/m2的环磷酰胺剂量认定为低剂量。在某些实施方案中，将环磷酰胺以单剂量给予。在其它实施方案中，在一定时期内以一个以上的剂量给予环磷酰胺。环磷酰胺的使用剂量，如300mg/m2，可以部分克服某些癌症患者中所见的免疫抑制。在各种动物模型中，在某些患者中已显示出环磷酰胺增强迟发型超敏反应、增加抗体产生、消除耐药性和增强抗肿瘤免疫性。还可在用本发明制剂的预治疗方案中使用以类似于环磷酰胺的方式影响免疫系统的其它药物。VIII.L-BLP25疫苗给药途径和乾向作用可将本发明的基于MUC-1的制剂(包括疫苗)配制成可供多种途径给药。具体的给药途径包括药学上适合的任何给药方法，如通过静脉内、肌内、皮下或皮内注射、气雾剂、经皮、肺、鼻、口腔、阴道、直肠、眼、局部(散剂、软膏剂或滴剂)、颊、脑池内、腹膜内或外用等给予，或者通过这些途径的组合给予，以单次或多个单位剂量给予。还可将该疫苗或与脂质体结合的MUC-1核重复肽通过适于透皮传递的制剂给予，如通过透皮贴剂。疫苗的给药是熟知的，并最终依据具体的剂型和主治医师的判断给予。可将基于MUC-1的制剂(如L-BLP25)制成混悬液，或者可将其冻干并在随后水合制成可使用的制剂。在某些实施方案中，如实施例l的实施方案中，可将一种剂量的基于MUC-1的制剂注射到数个不同的部位。例如，在实施例1的实施方案中，可将l,OOOiag基于MUC-l的多肽以每次大约250iiig的四个亚剂量给予。在注射的情况下，注射的量是无关的，只要给予本发明组合物的适合剂量或亚剂量即可。例如，一次注射可以是lcc(ml),而另一次具有准确相同剂量的注射可以是5cc(ml)。此外，亚剂量中的量仅为非限定的实例，可以出现超过或小于全剂量的1/4的亚剂量的实施方案。可将所述亚剂量或剂量给予上臂的三角肌或三头肌区以及腹部的左和右前外侧。但是这些注射位置仅为实例。在某些实施方案中，仅给予两个亚剂量，并且可将这些亚剂量给予到以上提及的任何区域内。在另外的实施方案中，可将亚剂量或全剂量给予完全不同的区域。如果注射基于MUC-1的制剂，则可容易地确定适合的注射部位。为提供更大的专一性，由此在理论上降低体内给药过程中的毒性或其它不需要的反应的风险，某些实施方案中的本发明组合物通过被设计作用于称之为抗原递呈细胞而靶向作用于细胞上。这可通过使用常规靶向技术，很容易实现将含有致免疫性肽的脂质体作用于体内的特定部位上。为靶向抗原递呈细胞，例如，可将抗体的甘露糖和Fc部分化学性结合到抗原肽上，或者可将扭向肽重组融合到致免疫性脂肽上。其它类似的方法对于本领域人员是熟悉的。尽管如此，在某些实施方案中，本发明组合物并不定向于特定的细胞类型或器官。IX.治疗的患者被诊断出患有易于用基于MUC-1的制剂治疗的癌症(如NSCLC和前列腺癌)的任何患者都可接受用本文所述的基于MUC-1的制剂治疗。另外，呈现出易于用基于MUC-1的制剂治疗的癌症的任何阶段的症状(如任何阶段NSCLC或任何阶段前列腺癌的症状)、但尚未正式诊断为具有癌症的任何患者也可接受用基于MUC-I的制剂治疗。此外，如上所述，可预防性给予基于MUC-1的制剂以预防患者感染易于用基于MUC-1的制剂治疗的癌症，如NSCLC或前列腺癌。在选择患有易于用基于MUC-1的制剂治疗的癌症患者(如NSCLC和/或前列腺癌患者)时，为用基于MUC-1的制剂治疗，在治疗之前或之中测定患者血清中的MUC-1水平是有益的。在某些癌症患者中，高血清水平的MUC-1与预后不良关联。参见，例如PihletPathology,12:439-447(1980)。由于异常循环量的MUC-1可抑制或降低外源性基于MUC1的制剂间的相互作用的有效性，所以已知量的内源MUC-1可协助确定给予患者的基于MUC-1的制剂的适合剂量。A.肿瘤标记物CA27.29(MUC1)CA27.29是一种抗原的名称，其是一种特别有用的鉴定MUC-1蛋白的靶标，尤其是鉴定循环在患者血流或适当生物样本，如血、尿或血清样本中的MUC-1蛋白片段。通过对MUC-1产物的蛋白核心具有特异性的单克隆抗体，可检测CA27.29抗原。可使用具有重叠合成肽的最小表位作图(mapping)来鉴别适合的单克隆抗体。一种这样的抗体是B27.29。几种变量，如MUC-1串联重复的数目和MUC-1表位的转录后糖基化，可影响体内的检测和MUC-1相关标记物的定量。体内检测MUC-1及其片段可被存在的循环的抗粘蛋白自身抗体进一步复杂化，所述自身抗体作为宿主对改变的粘蛋白生物化学响应的结果偶尔在癌症患者中发现。这些抗体能够形成粘蛋白-抗体粘蛋白免疫复合物，其依据测试形式不同可影响MUCI的检测。参见Gionetal.,ClinicalChemistry,45:630-637(1999)，其结合到本发明中作为参考。可使用任何方法，如酶联免疫吸附测定法，检测或测试患者血样内的CA27.29抗原量。另一种测定法是ACS:180BR测定法(BayerDiagnostics),其为一种完全自动化竟争性化学发光免疫分析法。将小鼠单克隆抗体(因对抗MUC-I的骨架的串联区域的肽表位产生并用吖啶镜盐(acridinium)酯标记)与患者样本和共价偶合于顺磁性颗粒(固相)的纯化CA27.29—起孵育7.5分钟。样本中的抗原和固相CA27.29竟争结合所标记的抗体。因此，在样本的抗原量和根据该系统检测的相关光单位的量之间找到反相关。可根据制造商的说明书进行该测定。另一种测试是TRUQUANTBR放射性免疫测试，其使用以上所提的单克隆抗体B27.29，以定量血清中的CA27.29粘蛋白抗原。参见MacLean等，J.Immimother.,20(l):70-8(1997)。一般地，在实施例4中例证性的实例中，血清或循环血中CA27.29抗原的正常水平约为37.7U/ml。大于约为37.7U/ml的血清MUC-1水平表明为异常。确定不同组别患者的循环MUC-1肽(如CA27.29抗原)的阈水平在技术人员的权限之内。即，值"37.7U/ml"不必是所有测试人群的一个限定阈值。循环CA27.29的"正常"量例如可从所要求的亚群测定，并可用作一种将C27.29量分为正常或异常的类别的指标。在所呈现的一实例中，冲艮据C27.29水平测定的正常MUC-1循环水平的上限约为37.7U/ml。因此，在本发明中，具有约37.7U/ml或低于37.7U/ml的MUC-1水平的患者是用基于MUC-1的疫苗(如BLP25)或本文所述的其它MUC-1制剂之一治疗的合适候选者。根据本发明，具有处于或低于不同"阈"正常水平的循环MUC-I的MUC-1水平患者也适于作为用基于MUC-1的疫苗(如BLP25)或本文所述的其它MUC-1制剂之一治疗的合适候选者。B.HLAA2分型术语HLA指人白血球抗原系统，其受染色体六的短臂上的基因控制。HLA位点是已知作为主要组织相容性复合物(MHC)的遗传区的部分。MHC具有整合免疫响应的正常功能的基因(包括HLA)。HLA抗原的基本作用在于控制自身识别，并由此防御微生物。不只是在血细胞中，在所有的机体组织上都识别某些HLA抗原。人白细胞抗原(HLA)A2是HLAA位点上最异质的等位基因，其具有大约56个不同的亚型。在全世界的种群中都已观察到A02分布中的基本异质性。HLAB40是与A2单倍型相关的最常见的等位基因。HLAA2还与多种疾病相关，包括阿尔茨海默氏病、牛皮痺性关节炎、白斑病和肺结核。可能检测患者的血或组织样本中HLAA2蛋白或DNA或RNA的存在。因此，在后一种测试中，可使用聚合酶链式反应(PCR)检测HLAA2DNA、RNA或cDNA。例如，基于PCR的可逆印迹序列特异性寡核苷酸杂交技术。另外，可使用用HLAA2-特异性探针的DNA或RNA印迹技术。另一方面，可使用抗体检测HLAA2蛋白。HLA核酸或HLAA2蛋白的存在与否是在准备用基于MUC-1的疫苗(如BLP25)治疗的患者中需考虑的一个因素。X.NSCLC患者当用本发明的基于MUC-1的制剂治疗NSCLC患者时，可治疗被诊断患有局部的IIIB期(LR)、恶性肿瘤性胸膜渗漏的IIIB期或者特定IV期的NSCLC的患者。尽管如此，本发明还包括治疗除患有局部的in期、ni期胸膜渗漏和iv期疾病患者之外的NSCLC患者。因此，本发明包括治疗被诊断为IA期、IB期、IIA期、IIB期、IIIA期、IIIB期、局部IIIB期、胸膜渗漏的m期和IV期的NSCLC患者。参见结合到本文作为参考的MountainC.F.,Chest,7/7(6):1710-7(1997)。A.肺癌分期.一般地，当在NSCLC患者中使用基于MUC-1的制剂时，可在治疗之前、之后或过程中测定患者NSCLC的阶段。以下列出肺癌分期的要点一般在肺癌中，"期"数的增加与更严重的预后相关。为诊断各期患者，将原发性肿瘤的体积和位置("T"值)以及包含结节的程度和转移灶增加的可能性("N"值)考虑在内。当诊断患者不存在("M0")或存在("Ml")转移灶时，也注释。1.T类T类由Tl-T4的亚类组成，其中数目由1至4增加代表原发性肺瘤大小和局部侵袭的增加。Tl和T2主要区别在于大小，例如T1小于3cm,而T2大于3cm。T3胂瘤一般与胸壁有关，包括但不限于肺沟上部、膈膜、纵隔胸膜、心包或近主支气管干，但可切除。T4胂瘤不能手术切除，因为它们已侵入纵隔，并可涉及心脏、大血管、气管、隆凸(carma)或食管，或者在恶性肿瘤性胸膜渗漏、肋膜情形。2.N类结节期被分为N1、N2和N3。Nl结节一般涉及支气管周围或同侧肺门淋巴结。这些结节位于胸膜内。N2结节一般涉及同侧纵膈或下主静脉结节。N3结节一般涉及对侧脐或纵膈任何斜角肌结节或者锁骨上结节。3.NSCLC各期因此,NSCLC的"各期"代表根据T、N和M值不同排列的NSCLC的不同分类。公认的NSCLC各期如下隐性癌:在该类别中，将患者划分为TXN0M0类，意指他们已在其支气管肺的分泌物中具有检测到的癌细胞，但支气管镜或放射照相方法并未有明显肿瘤。IA期和IB期:根据5年存活率结果明显好于IB期疾病的患者(T2N0M0)，将IA期划分为T1N0M0类。手术是这些患者的优选疗法。在1997，IA期的手术时期的患者的5年存活率为67%，IB期为57%。IIA期和HB期:IIA期疾病被定义为TlNlM0，手术阶段的5年存活率为55%。1IB期疾病由T2N1M02和T3N0M0组成。T3NOMO表示法代表未涉及淋巴结的肿瘤肺外扩展。将类别T3NOMO与类别T2NlMO归为一组，原因是它们外科期疾病的5年存活率分别为38%和39%，没有明显差别。手术还是这些患者的主要疗法。ma期:认为niA期的患者可进行切除术，而iiib期的患者不能进行切除。IIIA期的患者被定义为具有延伸到肺外(T3)并涉及有限的淋巴结(N1或N2)的病灶。所涉及的结节可延伸到同侧纵膈和/或锁骨上的淋巴结。将这些患者划分为T3NlM0或Tl-3N2MO类。在1997，IIIA期疾病的5年存活率为23%。IIIB期:IIIB期分类指具有涉及肺外症状的患者，所述肺外包括但不限于对侧纵膈或肺门淋巴结；同侧或对侧锁骨上或斜角肌结节；没有远端转移的广泛纵膈结节；或者细胞学阳性恶性肿瘤性胸膜渗漏。可将这些患者划分为Tl-3N3M0或T4N0-3MO类。在1997,多疗法的临床期疾病的5年存活率为5%。IV期:IV期被定义为任何涉及转移的阶段。这些患者被分为带有任何T和任何N的M1类别。在1997，超过四分之一的NSCLC患者具有临床IV期。XI.前列腺癌患者与经历多种疗法的晚期肺癌患者的低存活率类似，经历前列腺切除术后生物化学衰竭的前列腺癌男性患者具有很少的治疗选项。一种目前具有的治疗选项是雄激素剥夺疗法(ADT)。不幸的是，这种疗法具有明显的发病率，尤其是如果长时间使用时。在前列腺癌患者中，已知当前列腺增大时，血中前列腺特异性抗原("PSA")水平趋向于升高。因此，PSA是前列腺癌的好的生物学或胂瘤标记物。在更晚期病情的患者中，治疗引起的PSA降低与改善存活期有关(Scher等，J.NaTl.CancerInst.，Pi(3):244-51(1999》。XII.治疗NSCLC或前列腺癌患者本发明包括在所有的NSCLC阶段用本发明的基于MUC-1的制剂治疗NSCLC患者以及治疗前列腺癌患者，包括具有PSA衰竭、根治性前列腺切除术之后的前列腺癌患者。术语"治疗"的使用指所述制剂或疫苗对预防、治愈、逆转、衰减、緩和、降到最低、抑制或停止疾病状态的有害作用、疾病的发展、疾病的致病因素或其它异常疾病有用。在某些实施方案中，NSCLC或前列腺癌患者在用本发明组合物治疗之前，可能以前进行过放射或手术治疗。在用本发明的基于MUC-1的制剂治疗之前、之中或之后，患者还可能接受化疗、放疗或手术疗法。在这些患者中，可在基于MUC-1的制剂治疗之前、之中或之后，给予任何可接受的癌症疗法。当选择用本发明制剂和疫苗治疗的患者时，可使用选入标准和排除标准。例如，在一实施方案中，当将NSCLC患者用基于MUC-1的制剂治疗时，所治疗的患者可以是18岁以上的男性或女性，其疾病稳定或者在其一线标准化疗完成后对治疗响应。可用基于MUC-1的制剂治疗除上迷患者之外的患者。事实上，用本发明组合物治疗的某些患者在用基于MUC-1的制剂治疗之前未经化疗。XIII.NSCLC患者的可能的选入标准和排除标准在另一实施方案中，所选用于治疗的NSCLC患者具有东部肿瘤协作组(ECOG)体能状态(performance)评分《2,中性白细胞计数21.5x109/L;血小板计数》100x109/L;WBC^2.5x109/L和血红蛋白90g/L。虽然可使用ECOG成员评估治疗的患者，但在治疗之前、之中或之后并不要求特定的ECOG成员。其它选入标准可包括四个月的期望存活期和其中患者了解并签署书面承诺。当然，没有设定选入标准和对预期具有较低期望寿命的患者的治疗。另外，当基于MUC-1的制剂变成主流癌症疗法时，患者可能有开具的本发明组合物的处方，并且不必签署书面承诺。对于可排除治疗的NSCLC患者，所述排除标准仅为指导性原则。在很多情况下，呈现一或多种排除标准(包括所有的排除标准)的患者，仍可用基于MUC-1的制剂治疗。NSCLC患者的排除标准的实例包括(a)治疗前4周内的手术或免疫疗法，(b)治疗前3周内的免疫抑制药物，包括系统性给予肾上腺皮质激素类药物，(c)除肺癌外，赘生物的过去或当前病史，(d)自身免疫性疾病或公认的免疫缺陷疾病，(e)临床上显著的肝或肾功能不全，(f)显著的心脏病或活动性感染，或(g)已做过脾切除术的患者。XIV.前列腺癌患者的可能的选入标准和排除标准类似于NSCLC患者，前列腺癌患者也可遵从选入标准和排除标准。再一次说明，这些标准仅为指导性原则，不满足任何所述选入标准或满足任何或所有所述排除标准的前列腺癌患者仍可在本发明方法下治疗。对于前列腺癌患者，选入标准可包括(a)治疗前至少6个月进行根治性前列腺切除术，(b)根治性前列腺切除术后3个连续增加的血清PSA值，比前列腺切除术后最低值增加至少50%，(c)阴性骨盆CT和骨扫描证实预治疗评估中无恶性疾病迹象，(d)ECOG体能状态0、1,(e)正常的血液、肝和肾功能检测，(f)理解并签署书面告知承诺书；和(g)曾经用激素疗法(即新辅助疗法pre-RP)治疗前列腺癌的患者血清睾酮必须在正常范围之内。如上所述，这些选入标准仅为指导性方针，并且可使用本发明方法治疗具有不同标准的很多患者。例如，可治疗尚未进行根治性前列腺切除术的前列腺癌患者。另夕卜，还可治疗血清PSA未增加或者与前列腺切除术后最低点比较其血清PSA未连续增加或未增加50%以上的患者。虽然未要求，但对于前列腺癌患者，可使用的排除标准包括(a)治疗前6个月内的激素疗法，(b)治疗前4周内的免疫疗法，(c)治疗前1年内对前列腺病灶的放射疗法，(d)用免疫抑制药物，如环孢菌素或促肾上腺皮质激素(ACTH)治疗或需要用皮质激素长期治疗，(e)已知的自身免疫或免疫缺陷疾病，或者(f)临床上显著的心脏病或活动性感染。再次强调，这些排除标准仅为示例性的。例如可在各例中，用本发明的方法治疗同时患有前列腺癌和临床上显著的心脏病的患者。XV.治疗效果用本发明所述的基于MUC-1的制剂治疗可导致不同的效应。用基于MUC-1的制剂治疗诊断为NSCLC的患者(尤其是诊断为IIIB期的NSCLC患者)的一种效果是存活期增加。类似地，给予患者基于MUC-1的制剂可影响患者的"生活质量"或"生活的健康有关的质量"。存活期增加以及对生活质量的影响还可在所治疗的前列腺癌患者中发现。另外，在某些前列腺癌患者中，用基于MUC-1的制剂治疗将导致较低的PSA、稳定的PSA或PSA倍率(doublingrates)的降低。可在所治疗的患者和未经历护理的患者或经历最佳支持护理(BSC)的患者之间，比较用基于MUC-1的制剂治疗的效果。BSC包括很多种其它类型的不包括用基于MUC-1的制剂治疗的护理。例如，虽然通常任意取决于环境，但BSC可包括精神心理的(psychosocial)支持、镇痛药和营养支持。在某些实施方案中，对接受不同量的基于MUC-1的制剂的患者之间进行治疗效果的比较。在另一实施方案中，患者将接受BSC和基于MUC-1的制剂的联合治疗。在用本发明的基于MUC-1的制剂治疗患者之前，可对患者进行治疗前评估。治疗前评估的非限定性实例包括一套完整的病史和身体检查。身体检查可包括诸如CT扫描或X-射线等项目。还可在治疗过程中对患者进行治疗评估。治疗评估可包括监测的患者的关键体征、才全查注射部位和分析血样。还可通过测定以下项目评价所治疗的患者(a)肺瘤体积，(b)肿瘤位置，(c)结节阶段，(d)NSCLC或前列腺癌的生长速率，(e)患者的存活率，(f)患者肺癌或前列腺癌症状的变化，(g)患者PSA浓度的变化，(h)患者PSA浓度倍率的变化或(i)患者生活质量的变化。XVI.通过给予基于MUC-1的制剂或BLP25脂质体疫苗增加NSCLC患者的存活时间用本发明的基于MUC-1的制剂治疗NSCLC或前列腺癌患者的优点之一是患者可具有比不用本发明组合物治疗的患者更长的存活期。存活率可通过比较目前存活数目与开始用基于MUC-1的制剂治疗的患者数目来确定。在其它实施方案中，可将存活率与已公开的特定类型癌症的存活率比较。存活率一般可在开始治疗后的任何时间点测定。例如，可在治疗开始后至少6个月内、大于6个月但小于1年内、1年或大于1年但小于2年、2年或2年以上但小于5年或者5年或5年以上时，测定存活率。在某些实施方案中，存活率增加将证实本发明的基于MUC-1的制剂影响特定患者。XVII.通过给予基于MUC-1的制剂维持生活质量与肺癌症状如上所述，用本发明的基于MUC-1的制剂治疗NSCLC或前列腺癌患者的另一个优点是维持或增加患者的生活质量。临床医生和管理机构认识到患者的"生活质量"("QoL")是癌症临床试验的重要终点。参见，例如Plunkett等的Clin.LungCancer,5(1):28-32(2003)以及Cella等的J.Clin.Epidemiol.,55(3):285-95(2002)，均结合到本发明中作为参考。最为重要的其中四种生活质量指标是身体和职业机能、心理状态、社会相互作用和躯体感觉。在一方面中，在NSCLC患者中，可用两种肺癌调查表，欧洲癌症研究和治疗组织调查表("EORTC")和癌症治疗的功能评价表("FACT-L"),评估用本发明基于MUC-1的制剂治疗之前、之中和之后的患者生活质量，尤其是患者的健康相关的生活质量。应预期的是可将本发明方法与各种亚范围(subscales)的评估结合应用，所述评估用以监测患者的身体健康(PWB)、社会/家庭健康(SWB)、情感健康(EWB)、机能健康(FWB)和肺癌症状亚范围(LCS)。虽然肺癌症状亚范围明显是针对肺癌患者，但不同类型的癌症可用不同的亚范围。因此，前列腺癌患者可用不同的亚范围。根据组合的"健康"评分，可获得一种"FACT-L评分值"(所有亚范围的总和)或"试验结果评分值(TOI)"(PWB、FWB和LCS亚范围)。TOI是生活质量有意义地改变的可靠指标。参见以上Cella等文献。可在用本发明所述MUC-1性制剂治疗之前、之中和之后评定患者的FACT-L和TOI得分。例如，TOI的得分可在基线(即治疗前)以及随后在开始治疗后不同时间间隔，即第4周、8周、19周、31周或43周或更长时间处获取。这些不同的时间间隔仅为实例，并可在任何适合的时间点获取生活质量指征。例如，可在第一次治疗后，而不是基线时，获得首个TOI评分值。然后，可计算不同时间点之间得分的变化以确定相关生活质量的改善、恶化或维持的趋势。已计算过从LCS基线降低3个或以上的点在临床上意味着肺癌症状更为严重，而增加3个或以上的点在临床上意味着肺癌症状得到改善。同样对于TOI分值，降低7个或以上的点指生活质量更为恶化，而增加7个或以上的点意味着生活质量改善。在某些实施方案中，肺癌症状或生活质量的临床改进表明所述基于MUC-1的制剂对特殊患者具有影响。因此，给予本发明的基于MUC-1的制剂可用于改善或维持所治疗的患有NSCLC或前列腺癌的患者的生活质量。在测定对生活质量的影响时，可从基线或任何治疗点测定影响的大小。在某些实施方案中，0.2至0.49之间的影响大小表明小影响，0.5至0.79表明中度影响，0.8或以上指大影响。这些数目仅为实例，影响的大小可随治疗某些患者改变。还可给予所述基于MUC-1的制剂用于预防在很多癌症患者中发现的日益恶化的生活质量。例如，在某些实施方案中，给予基于MUC-1的制剂(如BLP25脂质体疫苗)可导致基本保持不变或未达到恶化或提高的生活质量水平的生活质量指数。在一实施方案中，本发明包括通过在用本发明所述的基于BLP25MUC-1的制剂治疗之前、之中和之后测定患者的TOI或LCS得分，在诊断患有NSCLC的患者中改善或维持生活质量或者改善或稳定肺癌症状。XVIII.降低PSA倍增时间在某些实施方案中，用本发明MUC-1性制剂治疗前列腺癌患者将导致PSA浓度降低、PSA浓度稳定或PSA倍增时间降低。通常来讲，可在任何时间测定基于MUC-1的制剂对PSA浓度或PSA倍增时间的影响。例如，虽然可将治疗后的PSA浓度与基线值比较，但还可比较治疗点之间或特定治疗点和治疗终点之间的PSA浓度。在某些实施方案中，在治疗中确证PSA的响应。XIX.利用免疫功能的疗法评估在某些实施方案中，使用免疫功能试验，如T-细胞增殖响应试验，测定患者对基于MUC-1的制剂的反应。在某些实施方案中，T-细胞增殖响应试验的结果将用于确定所述基于MUC-1的制剂疗法是否对患者有效。还可用这些试验的结果确定不同疗程中不同时间点时患者对该制剂的响应。测定增殖性T-细胞的试验并没有特别局限，其可通过本领域的任何已知方法实现。可将T-细胞增殖反应进行比较，比较治疗前和治疗后的反应，以及比较治疗中的免疫响应。XX.其它癌症本发明还包括用本发明所述的基于MUC-1的制剂治疗除NSCLC和前列腺癌以外的其它癌症。可将任何具有表达MUC-1的癌症患者作为用基于MUC-1的制剂治疗的耙标。例如，可将患有表达MUC-1蛋白的粘蛋白型癌症或腺癌的患者作为用BLP25脂质体疫苗的靶标。腺癌的实例包括但不限于卵巢癌、肝癌(例如肝的侵袭性胆管癌)、结肠癌、乳腺癌、胰腺癌(例如胰腺的浸袭性导管癌)、肾癌和多发性骨髓瘤。其它癌症包括子宫颈癌、子宫癌和白血病。表达MUC-1的另一种癌是头颈癌。以下实施例用于说明但不限定本发明。虽然它们对如何可应用本发明方法具有代表性，但预期存在符合本发明精神的其它方法，并可使用这些方法。贯穿于本说明书中，可通过参考特别结合任何和所有的公开可获得的资料，包括美国专利。实施例1用于治疗NSCLC的脂质体MUC1疫苗的II期研究本实施例证明L-BLP25疫苗对治疗局限性IIIB期或IV期NSCLC的作用。用L-BLP25疫苗治疗的患者证明存活率增加。另外，通过维持整个治疗以及治疗维持期中稳定的身体健康以及维持患者生活质量(其可通过FACT-L总分和试验结果指数测定)证实与单独的最佳支持性护理相比，在最佳支持性护理中加入BLP25脂质体疫苗的一种显著性优点，方法:171名患者登记进行有对照的、公开标记的lib期试验。在所登记的171名患者中，65名患有IIIB局限性疾病。这65名中，随机取35名进行治疗，随机取30名进行最佳标准护理。根据年龄和种族划分，将各组充分平衡。较多的女性和ECOGO患者被随机进行治疗和最佳标准护理(BSC)(51.4%和36.7%，以及40.0%和26.7%)，在登记进行本试验前，治疗组较多的患者除接受化疗外，还接受过放射性疗法的癌症治疗(91.4对76.7%)。在该具体实验中使用的L-BLP25疫苗是由下列组成的冻干制剂(1)1000吗的BLP25脂肽，例如包含SEQIDNO:2的MUC-1肽，(2)500)tig免疫辅药单磷酰脂质A，和(3)三种形成脂质体产物的脂质(i)17.3mg胆固醇，(ii)3.6mg二肉豆蔻酰磷脂酰甘油，和(iii)29.1mg二棕榈酰磷脂酰胆碱。L-BLP25组的所有患者接受至少至少5次疫苗接种，96.6%的这些患者完成初期治疗计划，69.3%继续进入治疗计划的维持期。研究中二线治疗主要由化疗(二线或三线)、放射疗法和手术组成。在研究的初期治疗期间，5名L-BLP25组患者和10名BSC组患者接受二线治疗。继续进入研究的维持期的患者中，43名L-BLP25组患者和45名BSC组患者接受二线治疗。为增强更大量引流淋巴结的抗原刺激，在四个解剖位置给予疫苗。将1000iug剂量的L-BLP25以四个0.5mL皮下注射给予，每次注射含总剂量的四分之一。将该亚剂量给予上臂的三角肌或三头肌以及腹前部的左和右外侧上。日的时间。对于随访分析时活着或者死亡的患者，计算随机取样日和最后已知患者存活的日期之间的间隔，并用作该分析中的一种审查的观测。在该实施例中，以三个月间隔监测患者完成试验后的12个月的存活期。在特定时间点给予所有患者FACT-LQoL调查表。QoL分析包括评估从基线至第四周和第八周平均FACT-L患者变化评分、QoL得分随时间的图标描述以及总的和亚范围得分的曲线分析下的面积。从基线处测定治疗组间生活质量变化的作用大小。作用大小在0.2至<0.49表明作用小，0.5至0.79表明作用适中，而0.8或以上表明作用大。结果:如图2中所示，所观察到的疫苗组IIIB期局限性患者的两年存活率为60%,对照组为36.7%,表明期望寿命明显增加23.3%。在所有患者群中，疫苗组两年存活率为43.2%,而对照组为28.9%,表明期望寿命增加14.3%。参见图1。仅进行最佳标准护理的IIIB期局限性患者的中位数存活期类似于进行最佳标准护理的所有组别的总的中位数存活期13.3个月。相反地，用L-BLP25治疗的IIIB期局限性患者的总的中位数存活期未能到达最小均值24个月，表明期望寿命增加至少10.7个月。这是令人惊奇和意外的，因为在采用本发明所述MUC-1组合物之前，对于这类病人没有可用的治疗方法产生这种结果。关于生活质量，与BSC组相比，L-BLP25组呈现明显的优点。与BSC组相比，L-BLP25组中更多的患者临床明显的改善或者未产生变化。在仅为BSC组中，更多的患者在试验结果指数(TOI)中呈现出临床明显恶化。方法:使用T-检验，对于FACT-L总分、各种亚范围和TOI，对在治疗组和仅为BSC的患者之间的IIIB期局限性(LR)疾病和带有恶性肿瘤性胸膜渗漏(PE)的IIIB期/IV亚组进行比较分析。阴性总/TOI变化得分表明QoL恶化，而阳性总/TOI变化得分表明改善。亚组分析表明用L-BLP25治疗的IIIB期LR患者有较好的QoL。这与以前的数据一致，表明用BLP25治疗的IIIB期LR患者的存活期有临床上的明显改善(p二0.0692)。生活质量比较的结果在下表l中显示表i.nsc3l(:研究中fa(rr-l生活质量的比较<table>tableseeoriginaldocumentpage39</column></row><table>研究计划第2周给予FACT-LQoL调查表。第2周将患者随机分成L-BLP25加最佳护理标准组或单独的最佳护理标准组(最佳护理标准包括减轻的放射疗法和/或根据目前标准临床实践的二线化疗，并还可包括精神心理帮助、镇痛药和营养支持)。第2周预治疗评估(完整病史、身体检查和临床实验室研究)。如果临床上保证，可进行其它潜在的疾病位点评价，以排除其它区域的进行性疾病。治疗前，要求可能分娩的妇女的怀孕(HCG)试验呈阴性。第3日治疗组患者接受单剂量静脉给予300mg/n^环磷酰胺。第0-7周L-BLP25疫苗#1至弁8(初步治疗期)。L-BLP25组患者进行评估的生命征象以及各次L-BLP25治疗之前检查以前注射的位置。每次给予L-BLP25治疗后，还监测1小时的生命征象。给患者日记卡片，使在每次接种疫苗之后记录任何不良事件，并在随后的探访中评估以前注射的位置。根据CALGB扩展标准，将毒性分级。第4周对治疗组患者进行治疗评估和安全性及免疫学血样分析。给所有患者FACT-LQoL调查表。第8周治疗评估(身体检查、ECOG状态、生命征象、L-BLP25组治疗位置的检查以及不利事件的评估)。还抽取血样并进行标准安全性(血液学和化学)和免疫响应分析。给所有患者FACT-LQoL调查表。19周以后维持接种疫苗(6周间隔)和治疗评估(12周间隔)。L-BLP25组患者进行治疗评估和在各次维持接种疫苗时进行安全血液分析以及第一次维持接种疫苗后免疫学方面检查。给所有患者FACT-LQoL调查表。患者群选入标准1.18岁以上的患有NSCLC的男性或女性，其疾病稳定或者在其一线标准化疗完成后对治疗响应。2.东部肿瘤协作组(ECOG)体能状态评分S2,中性白细胞计数2l.5xl09/L;血小板计数^100xl()9/L;WBC》2.5x109/L和血红蛋白90g/L。3.四个月的期望存活期4.了解并签署书面承诺。排除标准1.进入研究前4周内的手术或免疫疗法。2.进入研究前3周内的免疫抑制药物，包括系统性给予肾上腺皮质激素类药物。3.除肺癌外，赘生物的过去或当前病史。4.自身免疫性疾病或公认的免疫缺陷疾病。6.临床上显著的肝或肾功能不全。7.明显的心脏病或活动性感染，或已做过脾切除术的患者。表2:NSCLC研究的患者特征LBLP25+BSCN-88BSCN-83总数N-171随机取样的年龄(岁)中位数59.55959性别N(%)女性36(40,9)40(48,2)76(44.4)男性52(59.1)43(51.8)95(55,6)ECOG体能状态N(%)031(35,2)22(26.5)53(31,0)153(60,2)57(68,7)110(64.3)24(4.5)4(4,8)8(4.7)疾病期N(%>35(39.8)30(36,1)65(38)IIEBMPEorIV53(60.2)53(63,9)106(62)一线治疗的反应N(%)牙急定疾病39(44,3)38(45,8)77(45.0)临床反应(PR或CR)49(55.7)45(54.2)94(55.0)实施例2T-细胞增殖响应测试本实施例证明本发明的MUC-1制剂直接引起实施例1中显示的中位数存活期的增加。应用实施例1研究中登记的患者进行淋巴组织增生测试，以监测疫苗接种前和后MUCl抗原特异性TH响应(辅助T-细胞的增殖)，来测定患者抗-MUCl细胞免疫响应的动力学。在预先免疫和免疫后数个时间点的L-BLP25组患者中进行T-细胞增殖测试。在L-BLP25组患者中，对78名进行T-细胞增殖反应的评估。测定16名患者具有由L-BLP25疫苗诱发的阳性MUC1特异性T-细胞增殖性响应(该响应不发生预先免疫)。发生免疫响应的16名患者中，2名具有IIIB期局限性疾病，其余的患者具有IV期疾病。具有阳性增殖响应的L-BLP组中的患者的中位数存活期为27.6个月，而阴性增殖响应的患者的中位数存活期为16.7个月。这些结果表明本发明的MUC-1制剂直接使期望寿命的中位数存活期增加10.9个月。实施例3在根治前列腺切除术后(RP)PSA衰竭中脂质体MUC1疫苗的H期研究本实施例表明L-BLP25疫苗对根治前列腺切除术后PSA升高男性的PSA水平的免疫治疗影响。在初级治疗期(8周)结束时，8/16患者具有稳定的PSA。一名患者在至整个研究期结束时(49周)维持稳定的PSA。除一名登记的患者外，其它所有患者的PSA倍增时间("PSADT")明显延长。倍增时间是患者PSA水平增倍所需要的时间长度，其是一种用于预测前列腺癌患者手术后存活期的一种因素。本试验数据表明6/16患者倍增时间超过50%。方法:登记经前列腺切除术后PSA3次升高所证实的生物化学衰竭的男性。包括16名患者，年龄中位数为60岁，ECOG评分为O或1,Gleason评分中位数为7。MUC1脂质体疫苗(L-BLP25)治疗的初级终点是有效(根据PSA响应测定)并安全的。还对PSA倍增时间(PSADT)的变化进行评估。患者接受单剂量静脉注射300mg/m"的环磷酰胺(CTX),接着进行8周皮下接种含1,000吗抗原的L-BLP25疫苗(治疗期)。在49周中以6周的间隔连续给予疫苗(维持期)。在治疗和维持期中测定PSA浓度，对这些间隔计算PSADT，并与登记前PSADT比较。所有16名患者都接受CTX，而15/16患者完成治疗期。IO名患者完成了维持期。治疗后最常见的副作用是恶心(31%)和疲劳(25%);然而，这些副反应均未超过l级。结果:诱导后，8/15的可评价患者具有稳定或降低的PSA(按每个PSA工作组定义)。在最后研究PSA测定时，1名患者保持稳定的PSA。与研究前PSADT比较，6/15患者的PSADT延长>50%。如下为通过使用L-BLP25疫苗在该患者群中初级终点评估PSA稳定或减少作用國8/16患者在初级治疗期具有PSA稳定性；-1/16患者在维持期结束时保持PSA稳定性；和-通过使用疫苗，14/15患者的PSADT得到延长；6/16患者的PSADT延长>50%。研究计划第2周预治疗评估(身体测试、PSA浓度测定、骨盆CT和骨扫描)。第3日环磷酰胺预治疗。第0-7周L-BLP25疫苗#1至#8(初步治疗期)。第8周初步治疗期评估，包括PSA响应。.第13周确证PSA响应。第13、19、25、31、37、43&49周L-BLP25疫苗#9至#15(维持期)。第43周评估PSA响应。第49周确证PSA响应。第50周维持治疗评估。患者群选入标准1.进入研究前至少6个月进行根治性前列腺切除术。2.根治性前列腺切除术后3个连续增加的血清PSA值，比前列腺切除术后最低值增加至少50%。3.阴性骨盆CT和骨扫描证实预治疗评估中无恶性疾病迹象。4.ECOG体能状态0、1。5.正常的血液、肝和肾功能检测。6.理解并签署书面告知承诺书。7.曾经用激素疗法(即新辅助疗法pre-RP)治疗前列腺癌的所有患者的血清睾酮必须在正常范围之内。排除标准1.进入研究前6个月内的激素疗法。2.进入研究前4周内的免疫疗法。3.进入研究前1年内的对前列腺病灶(bed)的放射性疗法。4.用免疫抑制性药物，如环孢菌素或促肾上腺皮质激素(ACTH)治疗或需要用皮质激素长期治疗。5.已知的自身免疫或免疫缺陷疾病。6.临床上明显的心脏病或活动性感染。表3:前列腺癌研究的患者特征<table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table>进入研究的初次诊断(年)平均值土S.D.3.8±2.5中位值3.2范围1.0-9.5进入研究的前列腺切除术后最低值(年)平均值土S.D.3.1±2.3中位值2.8范围0.6-9.1基线PSApg/L:平均数3.8中位数0.425%/75%0.1/0.8接受的治疗接受治疗的总数n(%)环磷酰胺16(100.0)初步治疗期疫苗116(100.0)216(100,0)316(100.0)416(跳0)516(跳0)616(100.0)715(93.8)815(93.8)维持治疗期疫苗914(87.5)1014(87.5)1113(81.3)1212(75.0)1311(68.8)141510(62.5)表4:PSA值基线至8周内PSA的变化(初步治疗期)每名患者<table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table>不良事件具有不良事件的患者的总数，n(%)14(87.5)才艮告具有10%或更高频率的不良事件的患者恶心5(31.3)疲劳4(25.0)腹泻NOS(不另外指明)3(18.8)流感样病3(18.8)鼻咽炎3(18.8)便秘2(12.5)头痛NOS2(12.5)疼痛NOS2(12.5)16名患者中的6名报告显示没有任何类型的注射部位反应。报告有9名患者出现红斑。没有出现溃疡。没有出现严重的或预防其它疫苗的事件。表5:PSA倍增时间<table>tableseeoriginaldocumentpage47</column></row><table>间隔A=预研究(prestudy)(从进入研究前首次3个连续上升的预研究PSA至基线研究间)间隔B=维持期(从第8周至研究结束)实施例4肿瘤标记物CA27.29图1列出通过探访、研究组别(BLP25或对照)和正常/异常水平下患者CA27.29值的频数分布。MUC1(CA27.29)血清水平的测定在166名患者的基线样本(其中BLP25组中4名患者未产生数据(3-未收到样本；l-标记错误)，对照组中1名患者无数据(l-未收到登入的数据)以及153名患者的邮寄8份免疫样本上进行。通过CA27.29水平可见，各组之间没有明显差异。图5-9显示经CA27.29(MUC1)的存活期的K叩lan-Meier曲线。图5显示与具有异常水平的患者相比较，在基线处具有正常抗原水平的患者的存活曲线。在本试验(TruquantBR放射免疫测定法，根据1004名健康女性供者的血清检测)中测定的MUC-1的正常血清水平的上限为37.7U/ml。大于37.7U/ml的血清MUC1水平被认为异常。有124名具有正常CA27.29水平的基线患者(63名在BLP25组中，61名在对照组中)和42名异常水平的患者(21名在BLP25组中，21名在对照组中)。具有基线正常水平CA27.29的那些患者的中位数存活期是19.5个月，而具有异常水平的患者的中位数存活期为10.5个月(Coxp〈0細l)。图6和7说明各组中无论他们是否具有基线正常或异常CA27.29水平的患者的存活期。在BLP25组中(图6),具有正常水平CA27.29的那些患者的中位数存活期是24.2个月，而具有异常水平的患者的中位数存活期为9.8个月(Coxp-0,0006)。在对照组中(图7),与异常CA27.29水平患者的11.3个月相比，具有正常CA27.29水平患者的中位数存活期为15.1个月(Coxp二0.0042)。浆水平，A组(BLP25)患者和B组(对照组)患者之间存在存活期的差别。如图8中所示，与具有中位数存活期为15.1个月的对照組的那些患者相比，在BLP25组别中具有预存在正常水平CA27.29的患者的中位数存活期为24.2个月(Coxp=0.0605)。在图9中，BLP25组别中具有预存在异常CA27.29水平的患者的中位数存活期为9.8个月，而对照组的那些患者具有11.3个月的中位数存活期(Coxp-0.5234)。图10表明经T-细胞增殖的存活期的Kaplan-Meier曲线。T-细胞增殖测定在预先免疫和在免疫后数个时间点的组别A(BLP25)的患者中进行。然后如果一或多个时间点显示一种与在预先免疫时间点上响应不同的响应，则根据具有阳性或阴性反应将这些患者排列。在BLP25组的患者中，评价78名患者对T细胞增殖的响应。测定16名患者具有L-BLP25疫苗诱发的阳性MUCI特异性T细胞增殖响应。K叩lanMeier存活曲线(图IO)表明有三个患者群对照组、BLP25组中的阳性增殖子(proiferators)和BLP25组中的阴性增殖子。具有阳性增殖性响应的BLP25組中的患者中位数存活期为27.6个月，而具有阴性增殖性响应的患者具有的中位^:存活期为16.7个月；而对照组患者具有的中位数存活期为13个月(Coxp二0.2148)。实施例5HLA分型HLA分型在组A(BLP25)和组B(对照)的所有患者中进行。完成这种分型以考虑患者表达的HLAI类和II类等位基因可能对疫苗的效能具有重要性的可能性。通过非血清学的DNA分析进行HLA分型，并且所用的命名为DNA所用的命名。对于各组別，测定所给出的等位基因的频率％和n值。对于存活期分析，选择任一组中具有n219的HLA等位基因。对HLAll进行另外的分析，如对于该单倍体，存在一种已知的MUCICT1抗原表位。析。该表列出比较治疗时的单倍型/等位基因、单倍型患者的总数(各患者具有一个以上的单倍型)、BLP25組和对照组中带有那种类型的患者的数量、BLP25组和对照组中具有那些单倍型患者的中位数存活期以及对数-秩检验(Log-Ranktest)和CoxH.R.分析的统计学意义。图12-16说明几种HLA等位基因的Kaplan-Meier存活期分析的疾病分期。图12表明在各研究组别中具有HLAA02的患者的存活期。BLP25組中有44名具有该类型的患者，而对照组中有36名患者。与对照组中HLAA02患者的11.9个月的中位数存活期相比，BLP25组中HLAA02患者具有22个月的中位数存活期(Coxp=0.0063)。图13表明具有DQB1-05等位基因的患者的两组之间的存活期差异。BLP25组中具有该等位基因的患者(n-25)尚未达到中位数存活期，而对照组中的那些DQB1-05患者(n-27)的中位数存活期为12.9个月(Coxp=0.0213)。图14显示在具有DRBl-04单倍型的两组患者的存活期。BLP25组中有22名具有该单倍型的患者，而对照组中有23名患者。BLP25组中那些患者的中位数存活期为22个月，而对照组中那些患者的中位数存活期为11.8个月(Coxp=0.0043)。图15表明具有DQBl-02等位基因的两组患者的另一种存活期曲线。BLP25组中具有该等位基因的患者(n二31)中位数存活期仅为9.8个月，而对照组患者的中位数存活期为16个月(Coxp4.0424)。图16表明图17中所列的相同单倍型的各治疗组别内的另外的存活期分析。该表的前半部分列出单倍型，即BLP25组中对该单倍型为阳性和阴性的患者的数目、对数-秩(Log-Rank)检验和CoxH.R.p值以及BLP25组中对该单倍型为阳性和阴性的患者的中位数存活期。该表的后半部分给出对照組中那些患者的相同信息。最后的Kaplan-Meier存活曲线(图18)显示仅具有CW07等位基因的BLP25组别内的患者(11=45)对比不含有所述等位基因的那些患者(n=43)。BLP25组中具有CW07等位基因的患者的中位数存活期仅为12.6个月，而不具有所述等位基因的组别患者的中位数存活期为24.2个月(Coxp=0.0171)。在具有或不具有CW07等位基因的对照组中患者的存活期没有明显差别(未显示图表)。另外，在具有CW07等位基因的BLP25组中和具有所述等位基因的对照组中患者的存活期没有明显差别(未显示数据)。如所清楚的那样，本发明所公开的所有范围还包括任何和所有可能的亚范围及其亚范围的組合。因此，可很容易将任何所列的范围认定为充分描述并能将所述相同的范围分成至少等同的两份、第三、第四、笫五、第十份等。作为一个非限定的实例，可很容易将在此所讨论的各范围分成下三分之一部分(lowerthird)、中三分之一部分(middlethird)和上三分之一部分(upperthird)等。还如所清楚的那样，所有诸如"最高至"、"至少，，、"大于"、"小于"、"多于"等表述包括所叙述的数目，并指可按如上所述接着能被分成亚范围的范围。在相同的方法中，本文所公开的所有比率还包括落在更宽比率内的所有亚比率。再者，当以常规方式将各成员分成组别时，如Markush组，本发明不仅包含所列的整体上全部的基团，而且还包含各个基团的每个成员以及所述主要基团的所有可能的亚族。因此，一般来讲，本发明不仅包括所述主要的基团，但还包括缺乏一或多个基团成员的主要基团。本发明还构思了明确排除本发明要求保护的任何基团成员的一或多个成员。本文公开的所有参考文献、专利和出版物都明确地结合到本发明中作为参考。除另有说明外，"a"或"an"指"一或多个"。本领域技术人员应清楚的是在不背离本发明的精神或范围下，可在本发明的方法和组合物中进行各种修饰和改变。因此，本发明意欲涵盖所提供符合所附权利要求书及其等价物范围内的本发明的修饰和改变。权利要求1.一种治疗患有非小细胞性肺癌的患者的方法，该方法包括(a)选择治疗患有非小细胞性肺癌的患者，和(b)在一段时间内给予该患者基于MUC-1的制剂，其中该制剂包含(i)一种脂质体；和(ii)至少一种包含选自下列氨基酸序列的多肽SEQIDNO.1的氨基酸序列、SEQIDNO.1的氨基酸序列的免疫学活性变体、SEQIDNO.2的氨基酸序列以及SEQIDNO.2的氨基酸序列的免疫学活性变体。2.—种治疗患有前列腺癌的患者的方法，该方法包括(a)选择治疗患有前列腺癌的患者，和(b)在一段时间内给予该患者基于MUC-1的制剂，其中该制剂包含(i)一种脂质体；和(ii)至少一种包含选自下列氨基酸序列的多肽SEQIDNO.1的氨基酸序列、SEQIDNO.1的氨基酸序列的免疫学活性变体、SEQIDNO.2的氨基酸序列以及SEQIDNO.2的氨基酸序列的免疫学活性变体。3.权利要求1或权利要求2的方法，其中所述制剂还包含至少一种辅药。4.权利要求3的方法，其中所述辅药选自脂质A、胞壁酰二肽、明矾、细胞因子及其组合。5.权利要求4的方法，其中所述脂质A为单磷酰脂质A或合成脂质A。6.权利要求4的方法，其中所述细胞因子是白细胞介素-2。7.权利要求1-6中任一项的方法，其还包括评价所治疗患者的步骤(C)。8.权利要求7的方法，其中评价所治疗患者在如下时间进行(i)在步骤(b)时段之前；(ii)在步骤(b)时段期间；(iii)在步骤(b)时段之后；或(iv)其组合。9.权利要求7或8的方法，其中评价所治疗患者包括测定所治疗患者的免疫反应。10.权利要求9的方法，其中测定所治疗患者的免疫反应包括测定T-细胞增殖。11.权利要求7-10中任一项的方法，其中评价所治疗的患者包括测定以下至少一项(a)肺瘤体积，(b)肿瘤位置，(c)结节阶,史，(d)非小细胞肺癌或前列腺癌的生长速率，(e)患者的存活率，(f)患者肺癌或前列腺癌症状的变化，(g)患者PSA浓度的变化，(h)患者PSA浓度倍率的变化，或(i)患者生活质量的变化。12.权利要求1-11中任一项的方法，其中所述患者被诊断患有IIIB期局限性、IIIB期恶性肿瘤性胸膜渗漏性或IV期非小细胞性肺癌。13.权利要求-12中任一项的方法，其中所述制剂是BLP25脂质体疫苗，其包含(a)含有SEQIDNOs:1或2序列的MUC-1肽；(b)—或多种辅药，和(c)一或多种其它的脂质体样类脂。14.权利要求13的方法，其中所述BLP25脂质体疫苗以药剂盒提供。15.权利要求1-14中任一项的方法，其中所述给药步骤是经注射、气雾剂、鼻内、阴道、直肠、颊内、眼内、局部、外用、脑池内、腹膜内或口服传递给予，且其中注射是肌内、静脉内、皮下、结节内、瘤内、腹膜内或皮内注射。16.权利要求1-15中任一项的方法，其中所述给药期选自至少约2周、至少约4周、至少约8周、至少约16周、至少约17周、至少约18周、至少约19周、至少约20周、至少约24周、至少约28周、至少约32周、至少约36周、至少约40周、至少约44周、至少约48周、至少约52周、至少约60周、至少约68周、至少约72周、至少约80周、至少约88周、至少约96周和至少约104周。17.权利要求1-16中任一项的方法，其中所述个体在步骤(b)之前接受环磷酰胺治疗。18.—种改善或维持被诊断患有非小细胞性肺癌患者的生活质量的方法，其包括在一定期间给予被诊断患有非小细胞性肺癌的患者BLP25脂质体疫苗，其中该BLP25脂质体疫苗包含(a)含SEQIDNOs:1或2序列的而C-1肽；(b)—或多种辅药，和(c)一或多种其它的脂质体样类脂。19.一种改善或维持被诊断患有前列腺癌患者的生活质量的方法，其包括在一定期间给予被诊断患有前列腺癌的患者BLP25脂质体疫苗，其中该BLP25脂质体疫苗包含(a)含SEQIDNOs:1或2序列的MUC-1肽；(b)—或多种辅药，和(c)一或多种其它的脂质体样类脂。20.权利要求18或19的方法，其还包括在患者被诊断患有非小细胞性肺癌或前列腺癌的时间段之前、期间以及之后计算患者的身体状况、机能状况和肺癌或前列腺癌症状的综合评分。21.权利要求18-20中任一项的方法，其中所述给药期为至少约6个月、至少约12个月、至少约18个月、至少约24个月或长于24个月。22.权利要求13、18或19的任一项的方法，其中MUC-1肽的量约为300ng。23.权利要求13、18或19的任一项的方法，其中所述辅药为脂质A。24.权利要求23的方法，其中脂质A的量约为150ng。25.权利要求13、18或19的任一项的方法，其中其它脂质体样类脂的量约为15mg。26.权利要求13、18或19的任一项的方法，其中MUC-1肽包含SEQIDNO:1中所示的序列。27.权利要求13、18或19的任一项的方法，其中MUC-1肽包含SEQIDNO:2中所示的序列。28.权利要求26的方法，其中MUC-1肽^皮脂质化。29.—种治疗癌症患者的方法，其包含(a)选择治疗具有表达MUC-1的癌细胞的患者，和(b)在一段时间内给予该患者基于MUC-1的制剂，其中该制剂包含(i)脂质体；和(ii)至少一种包含选自下列的氨基酸序列的多肽SEQIDNO.1的氨基酸序列、SEQIDNO.1的氨基酸序列的免疫学活性变体、SEQIDNO.2的氨基酸序列以及SEQIDNO.2的氨基酸序列的免疫学活性变体，且其中该患者在其血清中不具有高水平的循环MUC-1。30.权利要求29的方法，其中所述癌症选自卵巢癌、肝癌、结肠癌、乳腺癌、胰腺癌、肾癌、头颈癌、子宫颈癌、子宫癌、白血病和多发性骨髓瘤。全文摘要本发明提供一种通过给予患者一种基于MUC-1的制剂来治疗罹患癌症的个体的方法，所述癌症为例如非小细胞性肺癌或前列腺癌。所述制剂可以是基于MUC-1的脂质体性疫苗制剂。文档编号A61K9/127GK101309697SQ200680031006公开日2008年11月19日申请日期2006年6月27日优先权日2005年6月28日发明者B·M·朗格内克申请人:拜奥米拉公司