择为肿瘤样品中两种或更多种生物标志物的表达水平相对于正常组织样 品中两种或更多种生物标志物的表达水平提高或降低。在一些实施方式中，两种或更多种 生物标志物选自⑶44、MMP9、ALDHlAl、波形蛋白、透明质酸、β-连环蛋白、MFG-E8和⑶68。 [0089] 在一些实施方式中，该方法包括向受试者施用电离辐射，该受试者选择为肿瘤样 品中两种或更多种生物标志物的表达水平相对于正常组织样品中两种或更多种生物标志 物的表达水平提高。在一些实施方式中，该方法包括向受试者施用电离辐射，该受试者选择 为在肿瘤样品中两种或更多种生物标志物的表达水平相对于在正常组织样品中两种或更 多种生物标志物的表达水平降低。在一些实施方式中，如果肿瘤样品中两种或更多种生物 标志物的表达水平相对于正常组织样品中两种或更多种生物标志物的表达水平提高，则增 加施用于受试者的电离辐射的剂量。在一些实施方式中，如果肿瘤样品中两种或更多种生 物标志物的表达水平相对于正常组织样品中两种或更多种生物标志物的表达水平降低，则 减少施用于受试者的电离辐射的剂量。
[0090] 第四方面，描述了用于选择对于患有肿瘤的受试者的治疗的方法。该方法包括测 定来自受试者的肿瘤样品中两种或更多种生物标志物的表达水平，其中两种或更多种生物 标志物选自⑶44、MMP9、ALDHlAl、波形蛋白、透明质酸、β-连环蛋白、MFG-E8和⑶68。如 上，将肿瘤样品中两种或更多种生物标志物的表达水平与正常组织样品中两种或更多种生 物标志物的表达水平相比较。如果肿瘤样品中两种或更多种生物标志物的表达水平不同于 在正常组织样品中的表达水平，例如相对于正常组织水平提高或降低，则选择对于患有肿 瘤的受试者的治疗。
[0091] 另一方面，本文描述的生物标志物还可以或可以进一步用于在治疗过程中或治疗 后确定疾病的预后。例如，可以比较在电离辐射治疗之前和之后生物标志物的表达水平。在 一些实施方式中，如果生物标志物的表达水平在放射治疗后降低，那么预后是良好的。在一 些实施方式中，如果生物标志物的表达水平在放射治疗后提高，那么预后是不良的。
[0092] 另一方面，本文描述的生物标志物还可以或可以进一步用于评估患者对于癌症治 疗的反应性。例如，可以比较在电离辐射治疗之前和之后生物标志物的表达水平。该方法 包括测定在获自受试者的肿瘤样品中两种或更多种生物标志物的表达水平，其中两种或更 多种生物标志物选自⑶44、MMP9、ALDH1A1、波形蛋白、透明质酸、β -连环蛋白、MFG-E8和 ⑶68。在一些实施方式中，如果生物标志物的表达水平在放射治疗后降低，那么患者的反应 是有利的。在一些实施方式中，如果生物标志物的表达水平在放射治疗后提高，那么患者的 反应是不利的。该信息可以用于指导进一步的治疗。可以重复或进一步增加有利的治疗。 可以改变或终止不利的治疗。
[0093] 另一方面，提供了一种试剂盒。该试剂盒包含能够检测本文描述的生物标志物的 表达的试剂。在一些实施方式中，试剂盒包含能够检测生物标志物的核酸（例如RNA)表达 的试剂。例如，试剂盒可以包含能够扩增由本文描述的生物标志物基因表达的核酸的寡核 苷酸引物。在一些实施方式中，试剂盒进一步包含与生物标志物核酸或扩增的生物标志物 核酸或者其互补序列杂交的寡核苷酸探针。扩增和检测核酸的方法是本领域熟知的，且可 以包括PCR、RT-PCR实时PCR和定量实时PCR、Northern分析、表达核酸的测序及表达和/ 或扩增的核酸与微阵列的杂交。在一些实施方式中，试剂盒包含能够通过本文描述的生物 标志物检测蛋白质表达的试剂。在一些实施方式中，试剂是与生物标志物蛋白特异性结合 的抗体。检测蛋白质表达的方法是本领域熟知的，且包括免疫测定、ELISA、Western分析和 蛋白质组学技术。
[0094] 在任意的上述方面和实施方式的一些实施方式中，肿瘤样品中各个生物标志物 的表达水平相比于正常组织中的表达水平的差异提高或降低至少10%、20 %、30 %、40 %、 50 %、60 %、70 %、80 %、90 %或更多。在一些实施方式中，肿瘤样品中各个生物标志物的表 达水平相对于在正常组织中的表达水平提高或降低至少1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7 倍、8倍、9倍、10倍或更多。
[0095] 在一些实施方式中，肿瘤样品中所有所述生物标志物的平均和/或分级的表达水 平相对于正常组织中的表达水平提高或降低。因而，在一些实施方式中，肿瘤样品中所有生 物标志物的平均和/或分级表达水平相比于正常组织中的表达水平提高或降低至少10%、 20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。在一些实施方式中，在正常组织中的 表达水平相对于对照或基线水平标准化。可以理解，表达水平可以与治疗、疗程或治疗计划 前、后或过程中肿瘤样品的表达水平比较。因而，在一些实施方式中，肿瘤样品中各个生物 标志物的表达水平相较于治疗前、治疗过程中或治疗后肿瘤样品中的表达水平提高或降低 至少 10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90% 或更多。
[0096] 进一步地，关于任意上述方面和实施方式，两种或更多种生物标志物可以包括 ⑶44和MMP9两者；ALDH1A1和波形蛋白两者；透明质酸和β-连环蛋白两者；⑶44和 ALDH1A1两者；波形蛋白和β-连环蛋白两者；⑶44和透明质酸两者；⑶44和β-连环蛋白 两者；CD44和MFG-E8两者或CD44和CD68两者；ΜΜΡ9和透明质酸两者；ΜΜΡ9和β -连环蛋 白两者；ΜΜΡ9和MFG-E8两者，或ΜΜΡ9和⑶68两者；ALDH1A1和透明质酸两者；ALDH1A1和 β -连环蛋白两者；ALDH1A1和MFG-E8两者，或ALDH1A1和⑶68两者；波形蛋白和MFG-E8 两者；透明质酸和MFG-E8两者；β -连环蛋白和MFG-E8两者，或CD68和MFG-E8两者。 [0097] 进一步地，关于任意上述方面和实施方式，两种或更多种生物标志物可以包括所 述生物标志物的任意组合或由其组成，例如三种或更多种生物标志物的组合、四种或更多 种生物标志物的任意组合、五种或更多种生物标志物的任意组合、六种或更多种生物标志 物的任意组合以及七种或更多种生物标志物的任意组合。在一个实施方式中，生物标志物 的组合包括⑶44、MFG-E8和⑶68或由其组成。
[0098] 在另一方面，测定了本文描述的至少一种、两种、三种、四种或更多种生物标志物 的表达水平。
[0099] 在一些实施方式中，治疗或选择的治疗包括向肿瘤施用电离辐射。因此，在一些实 施方式中，选择的治疗包括如果两种或更多种生物标志物的表达水平相较于正常组织样品 中的表达水平提高，则增加电离辐射的有效剂量。在一些实施方式中，选择的治疗包括如果 两种或更多种生物标志物的表达水平相较于正常组织样品中的表达水平降低，则减少电离 辐射的有效剂量。本文进一步描述了示例性放射疗法治疗。在本文描述的全部方法中，治疗 可以进一步包括将肿瘤与辐射敏化剂接触。辐射敏化剂是使得肿瘤细胞更易于用放射治疗 杀死的任何物质。示例性的辐射敏化剂包括缺氧辐射敏化剂例如米索硝唑、甲硝哒唑和反 式藏花酸钠（tran-sodium crocetinate)。示例性福射敏化剂还包括DNA损伤反应抑制剂 例如聚（ADP)核糖聚合物（PARP)抑制剂。在本文描述的全部方法中，治疗可以进一步包括 将肿瘤和/或肿瘤环境与免疫调节剂接触。示例性免疫调节剂包括涉及免疫系统的引发和 激活的药剂（抗体或小分子），且包括靶向CTLA4、B7 (B7-1或B7-2)、ro-Ll/ro-L2或Η)-1 的药剂，或靶向CTLA4与B7 (B7-1或B7-2)，或ro-1与PD-L1/PD-L2之间的结合相互作用的 药剂。靶向CTLA4、B7 (B7-1或B7-2)、ro-Ll/ro-L2和Η)-1的药剂包括特异性结合这些分 子的抗体（例如单克隆抗体）。在一些实施方案中，药剂是特异性结合LAG 3、??Μ1、??Μ3、 MFG-E8、IL-10或磷脂酰丝氨酸的抗体。
[0100] 小分子免疫调节剂包括增强或抑制免疫反应例如针对肿瘤细胞的免疫反应的药 物。示例性小分子免疫调节剂包括吲哚胺2, 3-双加氧酶的抑制剂及α-ν-β-3整联蛋白 和α -V- β -5整联蛋白的抑制剂。
[0101] 在一些实施方式中，治疗进一步包括向受试者施用抑制TGF-β信号传导的化合 物。下面更详细地描述了合适的化合物。
[0102] 现在描述该方法中使用的生物标志物
[0103] Α.生物标志物
[0104] 本文描述的生物标志物与TGF-β表达相关，且可以用于将患者分类为接受个性 化的、定制的辐射疗法。生物标志物印记还可以用于监测TGF-β抑制剂在患者中的功效。 生物标志物印记与TGF-β表达关联，但不限于与TGF-β表达相关。生物标志物的表达与 辐射抗性、侵袭性和不良预后相关。标志物组包括，但不限于，⑶44、ΜΜΡ9、ALDH1A1、波形蛋 白、透明质酸、β-连环蛋白、MFG-E8和⑶68。
[0105] ΜΜΡ9 :在ΜΜΡ9、ΕΜΤ和TGF-β之间可以显示出明确的相关性。在多种情况下，ΜΜΡ9 调节TGF- β以及TGF- β调节ΜΜΡ9。ΜΜΡ9定位于细胞外间质和肿瘤基质中，在浸润免疫细 胞内和肿瘤细胞中。ΜΜΡ9的不同细胞定位似乎与不同的生物学后果相关（更高/更低侵袭 性的肿瘤、存活率等）。
[0106] 波形蛋白（V頂）：当TGF-β在多种细胞类型（包括肺）中诱导EMT时，波形蛋白 上调。波形蛋白是中间体丝蛋白，是与上皮细胞相反的间充质细胞特征性的。
[0107] 透明质酸（HA):透明质酸是细胞外间质的丰富糖胺聚糖组分。其由TGF-β诱导， 增加 ΜΜΡ9分泌（可能通过⑶44)，促进EMT/迀移/转移，并造成化学抗性和不良预后。这 些发现在多种肿瘤类型包括NSCLC中被证实。HA的重要受体是⑶44以及其它。HA-⑶44 相互作用促进HER2信号传导且提高Src激酶活性。HA通过用商购的抗透明质酸抗体（例 如购自Abcam的抗体）染色组织检测。
[0108] ALDH1A1 :醛脱氢酶是以其在细胞内醛的氧化中所起的作用所知的解毒酶，其在干 细胞分化中起作用。它在各种癌症的致肿瘤细胞群体中高度表达，且升高的蛋白质表达在 恶性转化过程中显示在推定的肺干细胞小生境（stem cell niches)中。ALDHlA与肺肿瘤 的阶段和分级正相关且与患有早期肺癌的患者的不良预后有关。
[0109] MFG-E8 :MFG-E8是巨噬细胞产生的蛋白质，其促进肿瘤中凋亡细胞的吞噬和清 除。中和MFG-E8功能的抗体在实验模型中显示增强放射治疗和化学治疗。那么很可能肿 瘤标本中的MFG-E8水平可以具有对于辐射疗法的预测价值。
[0110] ⑶68 :CD68是110-kD的跨膜糖蛋白，其由人单核细胞和组织巨噬细胞高表达。它 是与溶酶体/内涵体相关膜糖蛋白（LAMP)家族的成员。该蛋白主要定位于溶酶体和内涵 体，较少部分循环到细胞表面。它是具有高度糖基化的细胞外结构域的I型内在膜蛋白，且 与组织和器官特异性的凝集素或选择素结合。该蛋白质还是清道夫受体家族的成员。清道 夫受体通常的作用是清除细胞碎片，促进吞噬作用，以及介导巨噬细胞的募集和活化（参 见 Entrez listing NCBI)〇
[0111] ⑶68在包括Ml和M2子集的巨噬细胞上广泛表达。众多研究表明在肿瘤微环境中 存在的巨噬细胞可以影响肿瘤细胞的生长以及一些临床研究已经表明在肿瘤及其微环境 中的巨噬细胞含量和位置可以预测某些癌症患者的临床结果。
[0112] Ml巨噬细胞称为促炎性巨噬细胞且具有活化1型辅助T细胞（Thl)和促进抗肿瘤 反应的能力。相反，M2巨噬细胞活化2型辅助T细胞（Th2)且促进抗炎的、组织重建反应 以及不导致抗肿瘤作用。由于⑶68在