技术特征：
1.一种对基因组的一部分进行富集的方法，该方法包括：采用序列特异引物和随机简并引物配对，对待测样本的基因组dna进行热不对称交错式pcr扩增；对pcr扩增产物进行纯化并构建测序文库。2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述序列特异引物根据基因组上任意区域的序列而设计，或是根据前景基因序列而设计；优选地，序列特异引物的长度为18-30nt；优选地，序列特异引物的5’端额外添加6-10nt的barcode序列。3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述随机简并引物的长度为8-20nt，优选为8-15nt；优选地，所述随机简并引物的简并度为64-4096，优选为120-3072；优选地，所述随机简并引物的5’端额外添加6-10nt的barcode序列。4.根据权利要求1所述的方法，其中，pcr扩增时，随机简并引物的量超过序列特异引物的量。5.根据权利要求1所述的方法，其中，所述热不对称交错式pcr扩增包括在较高退火温度和较低退火温度下交错进行循环反应的过程；优选地，所述热不对称交错式pcr扩增包括至少两阶段循环反应：第一阶段循环反应包括在较高退火温度下进行3-7轮循环，每轮循环包括变性、较高退火温度下退火、延伸；第二阶段循环反应包括在较高退火温度下与较低退火温度下交错进行6-10轮循环，每轮循环包括变性、较高退火温度下退火、延伸、变性、较高退火温度下退火、延伸、变性、较低退火温度下退火、延伸；其中，较高退火温度为50-60℃，较低退火温度比较高退火温度低5-15℃。6.根据权利要求1-5任一项所述的方法，其中，热不对称交错式pcr扩增按照以下条件进行：90-98℃预变性1min-5min；90-98℃变性20s-2min，较高退火温度下退火30s-1min，72℃延伸1min-3min；3-7轮循环；90-98℃变性20s-2min，较高退火温度下退火30s-1min，72℃延伸1min-3min；90-98℃变性20s-2min，较高退火温度下退火30s-1min，72℃延伸1min-3min；90-98℃变性20s-2min，较低退火温度下退火30s-1min，72℃延伸1min-3min；6-10轮循环；72℃终延伸5min-10min；其中，各较高退火温度各自独立地为50-60℃，较低退火温度为40-50℃。7.根据权利要求1所述的方法，其中，pcr扩增产物纯化后，进行3’末端加a、连接y型illumina测序接头，完成测序文库的制备。8.根据权利要求1所述的方法，该方法还包括：对测序文库进行测序，或者，测序文库经片段分选后用于高通量测序。9.根据权利要求1或8所述的方法，该方法还包括：对测序文库的高通量测序数据进行拆分，比对参考基因组，检测前景基因内、序列特异
引物处的reads覆盖情况，以及全基因组上由reads富集、覆盖深度≥3
×
的高深度tags位点的分布情况，这些高深度的tags位点即可用于后续的全基因组基因型检测。10.权利要求1-9任一项所述的方法在标记辅助选择育种或基因组育种中的应用；优选地，该方法是用于对物种进行全基因组遗传背景检测，或是用于对物种进行前景基因和遗传背景检测。
技术总结
本发明提供了一种对基因组的一部分进行富集的方法与相关应用。本发明的对基因组的一部分进行富集的方法包括：采用序列特异引物和随机简并引物配对，对待测样本的基因组DNA进行热不对称交错式PCR扩增；对PCR扩增产物进行纯化并构建测序文库。本发明利用序列特异引物在基因组上靶位点的特异性退火和数万个位点的非特异性退火，与随机简并引物的配对，通过(热不对称交错式)PCR扩增实现对基因组的一部分进行富集，可同时检测样本中的前景基因和全基因组的遗传背景，对于遗传和育种检测有重要应用价值。应用价值。
技术研发人员：常玉晓 赵胜 陈鹏 王雅美 向勇 刘毓文
受保护的技术使用者：中国农业科学院深圳农业基因组研究所
技术研发日：2022.11.14
技术公布日：2023/3/3