GFR和K-RAS的突变图谱决定肺癌病人是否应接受厄洛替尼(特罗凯)，吉非替尼(易瑞沙)或西妥昔单抗(爱必妥)的治疗[均为EGFR靶向治疗]。
[0028]用上述方法将DNA从病人肿瘤样本中提取出来。将病人肿瘤DNA (20?10ng)按照1:1容积比例加入到本专利设计的96孔板试剂盒，然后将96孔板放入PCR仪对EGFR和K-RAS进行扩增，用Qiagen或其它PCR纯化试剂将PCR产物纯化，最后用DNA测序仪对EGFR和K-RAS基因进行突变检测。若病人肿瘤组织中含有EGFR突变，但没有K-RAS突变，则EGFR的靶向治疗对此病人有效。
[0029]实施例3
[0030]通过检查BRAFl和K-RAS的突变图谱决定肠癌、肺癌或其它癌症病人是否应接受BRAF 革巴向治疗(如 Vemurafenib 或 Dabrafenib)。
[0031]用上述方法将DNA从病人肿瘤样本中提取出来。将病人肿瘤DNA (20?10ng)按照1:1容积比例加入到本专利设计好96孔板试剂盒，然后将96孔板放入PCR仪对BRAFl和K-RAS进行扩增，用Qiagen或其它PCR纯化试剂将PCR产物纯化，最后用DNA测序仪对BRAFl和K-RAS进行突变检测。若病人肿瘤中含有BRAFl突变，但没有K-RAS突变，则BRAFl的靶向治疗对此病人有效.
[0032]实施例4
[0033]通过检查BRCAl和BRCA2的突变图谱决定乳癌、肺癌或其它癌症病人是否应接受PARPl革巴向治疗(Inipaib等)。
[0034]用上述方法将DNA从病人肿瘤样本中提取出来。将病人肿瘤DNA (20?10ng)按照1:1容积比例加入到本专利设计好96孔板试剂盒，然后将96孔板放入PCR机对BRCAl和BRCA2进行扩增后，用Qiagen或其它PCR纯化试剂将PCR产物纯化，最后用DNA测序仪对BRCAl和BRCA2进行突变检测。若病人肿瘤组织中含有BRCAl突变，或有BRCA2突变，PARPl的靶向治疗对此病人有效。
[0035]实施例5
[0036]通过检测EGFR、K-RAS, PTEN和FBXW7的突变图谱决定肠癌病人是否应接受EGFR靶向治疗，如厄洛替尼(特罗凯)、吉非替尼(易瑞沙)或西妥昔单抗(爱必妥)或mTOR靶向治疗，如雷帕霉素或西罗莫司，或EGFR和mTOR的组合靶向治疗。
[0037]按上述方法将DNA从病人肿瘤样本中提取出来。将病人肿瘤DNA(20?10ng)按照1:1容积比例加入到本专利设计好96孔板试剂盒，然后将96孔放入PCR机对EGFR，K-RAS，PTEN和FBXW7进行扩增，用Qiagen或其它PCR纯化试剂将PCR产物纯化，最后用DNA测序仪对以上进行突变检测。若病人肿瘤组织中含有EGFR突变，但没有其它基因的突变，则EGFR的靶向治疗对此病人有效。若病人肿瘤组织中含有FBXW7和/或PTEN突变，实施以下方案:如没有其它基因的突变，采用mTOR靶向治疗，对此病人有效。若病人肿瘤中含有所有四个基因的突变，采用EGFR和mTOR协同靶向治疗，可以产生更好的治疗效果。
[0038]实施例6
[0039]通过检测EGFR、K 一 RAS, PI3K、PTEN、TP53和FBXW7的突变图决定肺癌或其它癌症病人是否应接受接受厄洛替尼(特罗凯)，吉非替尼(易瑞沙)或西妥昔单抗(爱必妥)的治疗[均为EGFR靶向治疗]。决定是否应实施雷帕霉素或西罗莫司[mTOR靶向治疗]，或EGFR和mTOR组合靶向治疗。与实施例5类似，增添TP53和PI3K的突变检测可以帮助决定应用单一或组合靶向治疗，如果此两基因均有突变，组合靶向应为首选。
[0040]实施例7
[0041]按照上面描述的方法将DNA从病人肿瘤样本中提取出来。通过检测所有的12个基因的突变图谱(图2)，决定癌症病人是否应接受组合治疗，如EGFR和mTOR联合靶向治疗。此实施是综合了实施例1-6。
【主权项】
1.人肿瘤预测性生物标志组合物，其特征在于包括BRAF、BRCAl、BRCA2、EGFR、FBXff7,H-RAS, IDHl、K-RAS、N-RAS、PIK3CA、PTEN 和 TP53 基因中的至少两个。
2.根据权利要求1所述人肿瘤预测性生物标志组合物，其特征在于组合物中含有2、4、6或12个所述基因。
3.权利要求1或2所述人肿瘤预测性生物标志组合物在制备肿瘤预测或筛查试剂盒中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于所述试剂盒中包括组合物所含基因的对应引物。
5.一种人肿瘤诊断试剂盒，其特征在于含有检测BRAF、BRCAl、BRCA2、EGFR、FBXff7,H-RAS, IDH1、K-RAS、N-RAS、PIK3CA、PTEN 和 TP53 中至少两个基因的引物。
6.根据权利要求5所述的人肿瘤诊断试剂盒，其特征在于含有2、4、6或12个所述基因的引物。
7.根据权利要求5或6所述的人肿瘤诊断试剂盒，其特征在于检测BRAF的引物序列如SEQ ID N0.1-2所示；检测BRCAl的引物序列如SEQ ID N0.4-11所示；检测BRCA2的引物序列如SEQ ID N0.13-18所示；检测EGFR的引物序列如SEQ ID N0.20-27所示；检测FBXW7的引物序列如SEQ ID N0.29~32所示；检测H-RAS的引物序列如SEQ ID N0.34-37所示；检测IDHl的引物序列为如SEQ ID N0.39-40所示；检测K-RAS的引物序列如SEQ IDN0.42-45所示；检测N-RAS的引物序列如SEQ ID N0.47-50所示；检测PIK3CA的引物序列如SEQ ID N0.52~55所示；检测PTEN的引物序列如SEQ ID N0.57~62所示；检测TP53的引物序列如SEQ ID N0.64-71所示。
8.根据权利要求7所述的人肿瘤诊断试剂盒，其特征在于所述试剂盒中还含有其它必要试剂:dNTPs、MgCl2、反应缓冲液和Taq DNA聚合酶。
【专利摘要】人肿瘤预测性生物标志组合物及其应用，包括BRAF、BRCA1、BRCA2、EGFR、FBXW7、H-RAS、IDH1、K-RAS、N-RAS、PIK3CA、PTEN和TP53基因中的至少两个。为中国8大常见肿瘤设定了模块式特定基因组合突变检测方案，为临床有效选择靶向抑制剂和化疗药物提供最新和有效筛选方案，以达到针对特定肿瘤的个体化治疗。本发明提供的方法包括2、4、6和12个基因组合图谱的检测方案和相应的数据分析，可快速全面地评估肿瘤细胞相关信号通路的功能变化以及对治疗方案的可能反应。此发明采用的突变检测方法比目前应用中的方法检测效率更高，检测结果更准确，应用范围广泛，可覆盖80％左右的癌症病例。
【IPC分类】C12Q1-68
【公开号】CN104561303
【申请号】CN201410853284
【发明人】杭渤, 毛建华
【申请人】南京卡迪奥密生物技术有限公司
【公开日】2015年4月29日
【申请日】2014年12月31日