长链非编码rna、其序列及用图_2

文档序号:9300478阅读:来源:国知局
片和RNA-seq二代测序的结果中,发现了数百个差异表达 的IncRNA,并从中筛选出了树突状细胞特异性表达并能促进树突状细胞成熟和功能的Inc RNA--lnc-DC。在单核细胞分化为树突状细胞的过程中干扰Inc-DC后结果发现:成熟DC 表面表达的功能分子显著下降,如抗原递呈分子HLA-DR、共刺激分子⑶80和⑶40。同时, DC分泌的IL-12也在Inc-DC干扰后显著降低。在DC功能上,Inc-DC干扰的DC与对照组 DC相比活化⑶4 +T细胞的能力减弱,表现为T细胞分泌的IFN- γ和IL-2减少,同时促进T 细胞增殖的能力也降低,表现为T细胞的数量与对照组相比减少。实验证实了 Inc-DC对于 人树突状细胞的成熟和功能是必需的。
[0054] 本发明中进一步提供了长链非编码RNA Inc-DC有效促进人树突状细胞成熟和功 能的新用途。Inc-DC表达量的检测可应用于免疫相关疾病中与免疫功能的检测,对疾病的 诊断预后等给出提示信息,或对疾病的治疗策略方法等给出指导信息。针对Inc-DC表达量 的调控,包括高表达和干扰抑制表达等一切改变Inc-DC量的干预措施,可应用于免疫相关 疾病的治疗,实现对免疫应答的正向或负向的调控,从而达到治疗疾病的目的。在DC疫苗 中,Inc-DC表达量的改变可以辅助完成树突状细胞的成熟,抗原的摄取和递呈,从而促进特 异性免疫应答,发挥抗肿瘤的效果。在此基础上,本发明人完成了本发明。
[0055] 本文中提供的所有数值范围旨在清楚地包括落在范围端点之间的所有数值及它 们之间的数值范围。可对本发明提到的特征或实施例提到的特征进行组合。本说明书所揭 示的所有特征可与任何组合物形式并用,说明书中所揭示的各个特征,可以任何可提供相 同、均等或相似目的的替代性特征取代。因此除有特别说明,所揭示的特征仅为均等或相似 特征的一般性例子。
[0056] 如本文所用,"含有"、"具有"或"包括"包括了"包含"、"主要由……构成"、"基本上 由......构成"、和"由......构成";"主要由......构成"、"基本上由......构成"和"由......构成" 属于"含有"、"具有"或"包括"的下位概念。
[0057] 如本文所用,术语"树突状细胞"是指常规树突状细胞(conventional dendritic cell,cDC),是指由通过常规DC来源途径产生的树突状细胞,也称髓系DC(myel〇id dendritic cells,mDC),该术语区别于树突状细胞的另一分类为-楽细胞样 DC(plasmacytoid dendritic cells, pDC)〇
[0058] 如本文所用,术语"树突状细胞前体"是指可产生常规树突状细胞任何细胞类型或 状态,例如单核细胞、单核前体细胞、单核粒细胞前体细胞、髓系共同前体细胞、淋巴系共同 前体细胞、造血干细胞。可用适当的试剂和方法诱导所述前体细胞向树突状细胞转化,例如 可参考本领域中的相关文献。
[0059] 如本文所用,术语"表达"在描述Inc-DC是指其RNA水平。
[0060] Lnc-DC及其杂夺和同源序列
[0061] 如本文所用,术语"lnc-DC"是指(a)常规树突状细胞cDC中特异性表达长链 非编码RNA分子(IncRNA)的基因,其基因序列可如SEQ ID NO: I (GenBank accession number:KJ020271)或 SEQ ID N0:2 所示(Gene symbol L0C645638, Gene ID:645638) ;(b) 在严格条件下与(a)限定的序列杂交的序列;(c)与(a)或(b)中序列具有90%以上序列 相同性的序列;和(d) (a)或(b)中序列在非人哺乳动物中的同源序列(例如SEQ ID NO: 16 所示的小鼠同源序列)。
[0062] 在本发明中,"严格条件"是指:(1)在较低离子强度和较高温度下的杂交和洗脱, 如0. 2XSSC,0. 1%SDS,60°C ;或(2)杂交时加有变性剂,如50%(v/v)甲酰胺,0. 1%小牛血 清/0. l%Ficoll,42°C等;或(3)仅在两条序列之间的相同性至少在90%以上,更好是95% 以上时才发生杂交。
[0063] 本发明的RNA全长序列或其片段通常可以用PCR扩增法、重组法或人工合成的方 法获得。当序列较长时,常常需要进行两次或多次PCR扩增,然后再将各次扩增出的片段按 正确次序拼接在一起。一旦获得了有关的序列,就可以用重组法来大批量地获得有关序列。
[0064] 药物或试剂念
[0065] 本发明还提供了一种药物(尤其是药物组合物或疫苗组合物)或试剂盒,其用于 调节常规树突状细胞的成熟状态和/或功能,和/或进一步用于对机体免疫应答的调控、防 治免疫相关疾病、免疫治疗方案选择和/或预后评估。所述药物或试剂盒含有有效量的本 发明的选自下组的序列或其表达产物、或其抑制剂或促效剂以及药学上或免疫学上可接受 的载体或辅料。
[0066] 所述"药学上或免疫学上可接受的"的成分是适用于人和/或动物而无过度不良 副反应(如毒性、刺激和变态反应)的,即有合理的效益/风险比的物质。所述"有效量"是 指可对人和/或动物产生功能或活性的且可被人和/或动物所接受的量。
[0067] 所述"药学上/免疫学上可接受的载体"指用于治疗剂或疫苗给药的载体,包括 各种赋形剂、稀释剂和佐剂。该术语指这样一些药剂或疫苗载体:它们本身并不是必要的 活性成分,且施用后没有过分的毒性。合适的载体是本领域普通技术人员所熟知的。在 Remington's Pharmaceutical Sciences(Mack Pub. Co.,N.J· 1991)中可找到关于药学上 可接受的赋形剂的充分讨论。
[0068] 这类载体包括(但并不限于):盐水、缓冲液、葡萄糖、水、甘油、乙醇、及其组合。通 常药物/疫苗制剂应与给药方式相匹配,例如,本发明的组合物可以用生理盐水或含有葡 萄糖和其它辅剂的水溶液通过常规方法进行制备,以制得针剂形式。所述组合物宜在无菌 条件下制造。本发明的制剂还可制成缓释制剂。
[0069] 可根据防治、预后的原理和方法,按照需要在本发明的药物和试剂盒中配备试剂 或试剂组。例如,本发明的药物或试剂盒中可进一步包含:未成熟或成熟、经或未经致敏的 常规树突状细胞和/或其前体细胞,例如用肿瘤抗原致敏的常规树突状细胞;以及树突状 细胞致敏剂。
[0070] 此外,本发明的试剂盒还可根据需要包括:容器、对照物(包括阳性或阴性对照)、 使用说明书、缓冲剂等,本领域技术人员可根据具体情况对其进行选择。
[0071] 本发明的优点
[0072] 本发明的主要优点在于:
[0073] (1)证明了 Inc-DC对于树突状细胞的正常分化和功能是必需的,对其进行干扰抑 制后能够实现对DC成熟和功能的调控,以及对DC相关免疫应答的调控。
[0074] (2)为免疫相关的干预治疗或诊断预后检测以及DC疫苗的制备提供了简便而有 效的工具和方法。
[0075] 序列表的对应关系(见下表)
[0076]
实施例
[0077] 下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明 而不用于限制本发明的范围。本领域技术人员可对本发明做出适当的修改、变动,这些修改 和变动都在本发明的范围之内。
[0078] 下列实施例中未注明具体条件的实验方法,可采用本领域中的常规方法,例如 参考《分子克隆实验指南》(第三版,纽约,冷泉港实验室出版社,New York :Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989)或按照供应商所建议的条件。DNA的测序方法为本领域 常规的方法,也可由商业公司提供测试。
[0079] 除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。除非另行定义,文中所使用的所有 专业与科学用语与本领域熟练人员所熟悉的意义相同。此外,任何与所记载内容相似或均 等的方法及材料皆可应用于本发明方法中。文中所述的较佳实施方法与材料仅作示范之 用。
[0080] 实施例1.单核细朐到树突状细朐的培养讨稈
[0081] 根据文献记载在体外使人单核细胞分化成熟为DC [Liu,S.,Yu,Y.,Zhang,M.,Wang ,W. & Cao, X. "The involvement of TNF-alpha-related apoptosis-inducing ligand in the enhanced cytotoxicity of IFN-beta-stimulated human dendritic cells to tumor cells" . J Immunol. 2001;166(9) :5407-5415.]。
[0082] 健康人的外周血样品来自上海长海医院血液中心,在经过聚蔗糖-泛影葡 胺(Ficoll-Hypaque,Mediatech Cellgro)密度梯度离心之后,得到人外周血单核细胞 (human peripheral blood mononuclear cells, PBMCs) 〇 米用抗-CD14 微珠(Miltenyi Biotech)的磁珠分选获得PBMC中的单核细胞。
[0083] 将分选得到的单核细胞培养于37°C的细胞培养箱中(24孔板,5 X IO5个细胞/孔, ImL/ 孔 RPMI-1640 (PAA)细胞培养液,其中含 10%(v/v) FCS (PAA),外加 100ng/mL 人 GM-CSF 和 20ng/mL 人 IL_4(R&D Systems,Minneapolis, MN)。在培养的第三天(day3)和第五天 (day5),半量更换含有GM-CSF和IL-4的新鲜培养液(含10%FCS (PAA)的RPMI-1640 (PAA) 细胞培养液)。培养至第五天时,单核细胞已经分化为未成熟DC (immature DC),当天加入 300ng/ml LPS(0111:B4,Sig
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