Khdc1l基因作为疾病诊断标志物的用图_2

文档序号:9501982阅读:来源:国知局
ova et.al 2003,Reynolds et.al 2004, Hsieh et. al 2004,Ui-Tei et. al 2004),通过在线工具完成设计,该在线工具为: siRNASelectionProgram of Whitehead Institute (BingbingYuan et. al 2004,http:// jura. wi.mit.edu/bioc/siRNAext/)和E5L0CK-iTTM RNAi Desi即er ofINV];TR0GEN(winner of the 2004Frost&Sul1ivan Excellence in Research Award, https://rnaidesigner. invitrogen. com/sirna/)。为了进一步提高siRNA片断的有效性,综合两个在线设计工具 的优点来设计用于筛选的SiRNA片断。最后,通过同源性比对(NCBI BLAST)来过滤SiRNA 序列,W提高SiRNA片断的特异性并减少RNAi干扰的脱祀效应。
[0027] 优选地,所述siRNA的序列如沈QIDNO. 11和沈QIDNO. 12所示。
[0028] 本发明还提供了一种用于治疗骨关节炎的药物组合物,所述药物组合物包括上面 所述的KHDCIL基因和/或其表达产物的抑制剂。
[0029] 本发明的药物组合物还包括药学上可接受的载体,载体,运类载体包括(但并不 限于):稀释剂、赋形剂如水等、填充剂如淀粉、薦糖等;粘合剂如纤维素衍生物、藻酸盐、明 胶和聚乙締化咯烧酬;湿润剂如甘油;崩解剂如琼脂、碳酸巧和碳酸氨钢;吸收促进剂季锭 化合物;表面活性剂如十六烧醇;吸附载体如高岭±和皂粘± ;润滑剂如滑石粉、硬脂酸巧 和儀、聚乙二醇等。
[0030] 本发明的药物组合物还可与其他治疗骨关节炎的药物联用,多种药物联合使用可 W大大提到治疗的成功率。
[0031] 在本发明的上下文中/'KHDCIL基因"包括人KHDCIL基因W及人KHDCIL基因的任 何功能等同物的多核巧酸。KHDCIL基因包括与目前国际公共核酸序列数据库GeneBank中 KHDCIL基因(NC_000006. 12)DNA序列具有70%W上同源性,且编码相同功能蛋白质的DM序列; 阳03引优选地,KHDC1L基因的编码序列包括W下任一一种DNA分子: 阳〇3引 (1)序列表中沈QIDNO. 1所示的DNA序列;
[0034] 似在严格条件下与1)限定的DNA序列杂交且编码相同功能蛋白质的DNA序列;
[00对 做与(1)或似限定的DNA序列具有70%、优选地,90%w上同源性,且编码相 同功能蛋白质的DNA分子。
[0036] 在本发明的具体实施方案中,所述KHDC1L基因的编码序列是SEQ ID NO. 1所示的 DM序列。
[0037] 在本发明的上下文中,KHDC1L基因表达产物包括人KHDC1L蛋白W及人KHDC1L蛋 白的部分肤。所述KHDC1L蛋白的部分肤含有与骨关节炎相关的功能域。 阳03引"KHDC1L蛋白"包括人KHDC1L蛋白化及人KHDC1L蛋白的任何功能等同物。所述 功能等同物包括人KHDC1L蛋白保守性变异蛋白质、或其活性片段,或其活性衍生物,等位 变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧条件下能与人KHDC1L的DNA杂交的DNA 所编码的蛋白质。
[0039] 优选地,KHDC1L蛋白是具有下列氨基酸序列的蛋白质: W40] (1)由序列表中SEQIDNO. 2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;
[0041] (2)将SEQIDNO. 2所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或 缺失和/或添加且与SEQIDNO. 2所示的氨基酸序列具有相同功能的由SEQIDNO. 2所示 的氨基酸序列衍生的蛋白质。取代、缺失或者添加的氨基酸的个数通常为1-50个,较佳地 1-30个,更佳地1-20个,最佳地1-10个。 阳0创 (3)与SEQIDNO. 2所示的氨基酸序列具有至少80 %同源性(又称为序列同一 性),更优选地,与SEQIDNO. 2所示的氨基酸序列至少约90%至95%的同源性,常为96%、 97 %、98 %、99 %同源性的氨基酸序列构成的多肤。
[0043] 在本发明的具体实施方案中,所述KHDC1L蛋白是具有SEQ ID NO. 2所示的氨基酸 序列的蛋白质。
[0044] 通常,已知的是,一个蛋白质中一个或多个氨基酸的修饰不会影响蛋白质的功能。 本领域技术人员会认可改变单个氨基酸或小百分比的氨基酸或对氨基酸序列的个别添加、 缺失、插入、替换是保守修饰,其中蛋白质的改变产生具有相似功能的蛋白质。提供功能相 似的氨基酸的保守替换表是本领域公知的。
[0045] 通过添加一个氨基酸或多个氨基酸残基修饰的蛋白质的例子是KHDC1L蛋白的 融合蛋白。对于与KHDC1L蛋白融合的肤或者蛋白质没有限制,只要所得的融合蛋白保留 KHDC1L蛋白的生物学活性即可。
[0046] 本发明的KHDC1L蛋白也包括对SEQ ID NO. 2所示的氨基酸序列的非保守修饰,只 要经过修饰的蛋白质仍然能够保留KHDC1L蛋白的生物学活性即可。在此类修饰蛋白质中 突变的氨基酸数目通常是10个或者更少,例如6个或者更少,例如3个或者更少。
[0047] 在本发明的上下文中,"诊断骨关节炎"既包括判断受试者是否已经患有骨关节 炎、也包括判断受试者是否存在患有骨关节炎的风险。
[0048] 在本发明的上下文中治疗骨关节炎"从疾病的状态变化来分,可W包括疾病的 缓解、疾病的完全治愈。 W例本发明使用体外培养的滑膜细胞来研究KHDC1L基因对骨关节炎的治疗作用。本 领域技术人员可知,骨关节炎发生的一个重要的生理特征在于滑膜细胞的增殖加快,分 泌更多的因子存进骨关节炎的发生和发展,因此本发明利用滑膜细胞的增殖实验来研究 KHDC1L基因与骨关节炎治疗的关系。
[0050] 本发明的优点和有益效果:
[0051] 本发明首次发现了KHDC1L基因表达与骨关节炎相关,通过检测受试者滑膜组织 中KHDC1L的表达,可W判断受试者是否患有骨关节炎、或者判断受试者是否存在患有骨关 节炎的风险,从而指导临床医师给受试者提供预防方案或者治疗方案。
[0052] 本发明发现了一种新的分子标记物-KHDC1L基因,相比传统的检测手段,基因诊 断更及时、更特异、更灵敏,能够实现骨关节炎的早期诊断,从而降低骨关节炎的死亡率。
【附图说明】
[0053] 图1显示利用高通量测序检测KHDC1L基因在滑膜组织中的表达情况;
[0054] 图2显示利用QPCR检测KHDC1L基因在滑膜组织中的表达情况; 阳化5] 图3显示利用Western blot检测KHDC1L蛋白在滑膜组织中的表达情况;
[0056]图4显示利用QPCR检测siRNA对KHDC1L基因的干扰效率。 阳057] 具体的实施方式
[0058] 下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。W下实施例仅用于说明本 发明而不用于限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条 件,例如Sambrook等人,分子克隆:实验室手册(New化rk:ColdSpringHarborL油oratory Press, 1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
[0059] 实施例1 0A滑膜组织和正常滑膜组织中KHDC1L基因的表达差异
[0060] 8例0A患者的滑膜组织来自于北京协和医院骨科行膝关节置换或滑膜切除术的 0A病人。所用病例符合Altam提出的关于0A的诊断标准。8例正常滑膜组织来自于北京协 和医院骨科,为外伤手术病人关节滑膜组织。0A患者滑膜液(S巧高速离屯、后取上清,-80°C 储存待用。本研究中所用临床样本,均对患者进行知情告知并经本院伦理委员会通过。
[0061] 1、滑膜组织总RNA的提取
[0062] 收集样本后冻存于液氮,取出后把组织放入已预冷的研鉢中进行研磨,待组织样 本成粉末状后:
[0063] ①加入Trizol,室溫保存5min; W64] ②加氯仿0. 2ml,用力振荡离屯、管,充分混匀,室溫下放置5min-10min; 阳0化]③1200化pm高速离屯、15min后吸取上层水相(吸70% )到另一新离屯、管中,注 意不要吸到两层水相之间的蛋白物质。移入新管,加入等体积的-20°C预冷异丙醇,充分颠 倒混匀,置于冰上lOmin;
[0066] ④
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