定义
[0052] 如本文中所用，术语"染色质结合模块"是指与染色质相互作用的染色质结合多肤 的区域和/或结构域的序列。染色质结合模块可包括，但不限于，下列结构域的至少一个： A孤、错蛋白重复序列、布罗莫结构域、染色质域、MBT、P皿指、PWWP、化dor、WD40或Zf-CW(也， 见Miyong化η等人Cell Research(2011)21:564-578,其在此通过引用整体并入）。
[0053] 如本文中所用，术语"染色质结合多肤"是指天然序列染色质结合多肤、天然序列 多肤的多肤变体和多肤变体(其在本文中被进一步定义）。本文所述染色质结合多肤可W是 从多种来源，诸如人组织类型或从另一种来源分离的，或通过重组或合成方法制备的染色 质结合肤。"天然序列染色质结合多肤"包括具有与来源于自然的对应染色质结合多肤相同 的氨基酸序列的多肤。染色质结合多肤包含至少一个染色质结合模块。
[0054] "染色质结合多肤变体"或其变型，意指如本文中定义的，与本文中公开的任何天 然序列染色质结合多肤序列具有至少约80%氨基酸序列同一性的染色质结合多肤，通常地 具有活性的染色质结合多肤。此类染色质结合多肤变体包括，例如，其中在天然氨基酸序列 的N末端或C末端上添加或缺少一个或多个氨基酸残基的染色质结合多肤。一般地，染色质 结合多肤变体将与天然序列染色质结合多肤序列具有至少约80%氨基酸序列同一性，可选 地至少约81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、 94%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性。一般地，染色质结合变体多肤的长 度为至少约10个氨基酸，可选地长度为至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、 130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、 320、330、：340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、 510、520、530、540、550、560、570、580、590、600个氨基酸或更多氨基酸。任选地，染色质结合 变体多肤相较于天然染色质结合多肤序列将具有不超过一个保守氨基酸的取代，可选地相 较于天然染色质结合多肤序列将具有不超过2、3、4、5、6、7、8、9或10个保守氨基酸的取代。
[0055] 术语"布罗莫结构域模块"是指与染色质相互作用的布罗莫结构域多肤的布罗莫 结构域的序列。在某些实施方案中，所述布罗莫结构域模块包含全长布罗莫结构域。关于布 罗莫结构域结构和功能的一般综述，见，例如，Fi 1 ippakopou 1 οs等，Ce 11 149,214-231 (2012)，其在此通过引用整体并入。
[0056] 如本文中所用，术语"布罗莫结构域多肤"是指天然序列染色质结合多肤，天然序 列多肤的多肤变体和多肤变体(其在本文中被进一步定义）。本文所述的布罗莫结构域多肤 可W是从多种来源，诸如从人组织类型或从另一种来源分离的，或通过重组或合成方法制 备的布罗莫结构域多肤。"天然序列布罗莫结构域多肤"包括具有与来源于天然的对应布罗 莫结构域多肤相同的氨基酸序列的多肤。布罗莫结构域多肤包含至少一个布罗莫结构域模 块。
[0057] "布罗莫结构域多肤变体"或其变型意指如本文中定义的，与本文中公开的天然序 列布罗莫结构域多肤序列具有至少约80%氨基酸序列同一性的布罗莫结构域多肤，通常地 具有活性的布罗莫结构域多肤。此类布罗莫结构域多肤变体包括，例如，其中在天然氨基酸 序列的N或C末端上添加或缺失一个或多个氨基酸残基的布罗莫结构域多肤。一般地，布罗 莫结构域多肤变体将与天然序列染色质结合多肤序列具有至少约80%氨基酸序列同一性， 可选地至少约 81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、 94%、95%、96%、97%、98%或99%氨基酸序列同一性。一般地，布罗莫结构域变体多肤的 长度为至少约10个氨基酸，可选地长度为至少约20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、 130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、 320、330、：340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、450、460、470、480、490、500、 510、520、530、540、550、560、570、580、590、600个氨基酸或更多氨基酸。任选地，布罗莫结构 域变体多肤将具有相较于天然布罗莫结构域多肤序列不超过一个保守氨基酸取代，可选地 相较于天然布罗莫结构域多肤序列不超过2、3、4、5、6、7、8、9或10个保守氨基酸取代。
[0058] 术语"报告模块"是指允许检测融合蛋白响应于阻止染色质结合模块的染色质结 合的化合物而发生的定位或分子性质的变化的氨基酸序列。例如，报告模块在在'结合'与 '末结合'状态之间引入了可测量的性质差异。例如，间接巧光法可用于使用针对TAG的抗体 检测TAG-BM-RM[ BM:结合模块，RM:报告模块]。
[0059] 术语"核酸"是指由含有糖、憐酸和为嚷岭或喀晚的碱基的单体(核巧酸)构成的脱 氧核糖核巧酸或核糖核巧酸和其聚合物，呈单链或双链形式。除非明确地受到限制，否则术 语涵盖含有天然核巧酸的已知类似物的核酸，所述核酸具有与参照核酸相似的结合性质并 且W与天然存在核巧酸相似的方式被代谢。除非另有说明，否则特定核酸序列还涵盖其保 守修饰变体(例如，简并密码子取代)和互补序列，W及明确地指出的序列。具体地，简并密 码子取代可通过产生其中一个或多个选定的（或所有)密码子的第Ξ位置被混合碱基和/或 脱氧肌巧残基取代的序列来实现。
[0060] 术语"核巧酸序列"是指可W是单链或双链的，任选地含有能够渗入DNA或RNA聚合 物的合成的、非天然的或改变的核巧酸碱基的DNA或RNA的聚合物。术语"核酸"、"核酸分子" 或"多核巧酸"可互换使用。
[0061] "分离的"多核巧酸是已与其天然环境的组分分离的多核巧酸。在一些实施方案 中，将抗体纯化至大于95 %或99 %的纯度，如通过例如电泳（例如，SDS-PAGE、等电聚焦 (IEF)、毛细管电泳)或层析(例如，离子交换或反相HPLC)测定的。关于用于多肤纯度的评估 的方法的综述，见，例如，Flatman等，J. Qiromatogr. B 848:79-87( 2007)。
[0062] "分离的"核酸是指已与其天然环境的组分分开的核酸分子。分离的核酸包括通常 含有核酸分子的细胞中包含的核酸分子，但所述核酸分子存在于染色体外，或存在于与其 天然染色体位置不同的染色体位置中。
[0063] 相对于参照多肤序列的"氨基酸序列同一性百分比（％ )"被定义为在比对序列和 引入缺口（必要时）W获得最大序列同一性百分比，并且不考虑任何保守取代作为序列同一 性的部分后，候选序列中与参照多肤序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分比。为 了测定氨基酸序列同一性百分比的比对可在本领域普通技术人员的能力范围内的各 种不同的方法来实现，例如，使用公共可获得的计算机软件诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或 Megal i gn (DNASTAR)软件来实现。本领域普通技术人员可确定用于比对序列的适当参数，包 括在待比较的序列的全长范围内实现最大比对所需的任何算法。然而，为了本文中的目的， 使用序列比较计算机程序ALIGN-2来产生氨基酸序列同一性百分比值。ALIGN-2序列比较计 算机程序由Genentech，Inc.编写，并且源代码已与用户文档一起提交给美国版权局， Washington D. C .，20559，将所述源代码在美国版权局W美国版权登记号TX呪10087注册。 ALIGN-2程序是可从Genentech,Inc. ,Sou1:h San Rrancisco,California公共获得的，或可 从源代码编译而来。应当编译ALIGN-2程序W用于UNIX操作系统，包括数字UNIX V4.0D。所 有序列比较参数由ALIGN-2程序设置并且不变。
[0064] 在其中ALIGN-2用于氨基酸序列比较的情况下，如下计算给定的氨基酸序列A对、 与或针对给定的氨基酸序列B的氨基酸序列同一性百分比（运可选地可被表述为给定的氨 基酸序列A具有或包含对、与或针对给定的氨基酸序列B的某一氨基酸序列同一性百分比）： [006引 100X 分数 X/Y
[0066] 其中X为在A与B的该程序的比对中被序列比对程序ALIGN-2评分为相同的匹配的 氨基酸残基的数目，并且其中Y为B中的氨基酸残基总数。应理解，当氨基酸序列A的长度不 等于氨基酸序列B的长度时，A对B的氨基酸序列同一性百分比不等于B对A的氨基酸序列同 一性百分比。除非另外明确地说明，否则本文中使用的所有氨基酸序列同一性百分比值如 刚好前一段中所述使用ALIGN-2计算机程序获得。
[0067] 术语"大体同一性"，在肤的背景中，表示肤包含与参照序列在指定的比较窗中具 有至少 70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、 84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%，或94%或甚至95%、96%、97%、 98%或99%序列同一性的序列。在某些实施方案中，使用化edleman和Wunsch的同源性比对 算法(Needleman和Wunsch，JMB，48，443 (1970))来进行最佳比对。两个多肤序列大体上相同 的指示是一个多肤与针对第二肤产生的抗体具有免疫反应性。因此，例如当两个肤差异仅 在于保守取代时，肤与第二肤大体上相同。因此，本发明的某些实施方案提供与本文所述核 酸分子大体上相同的核酸分子。
[0068] 如本文中所用，术语"载体"是指能够增殖与其连接的另一个核酸的核酸分子。术 语包括作为自我复制核酸结构的载体W及被整合进其已被引入其中的宿主细胞的基因组 的载体。某些载体能够指导可操作地连接于它们的核酸的表达。此类载体在本文中被称为" 表达载体"。
[0069] "可操作地连接的"是指使得序列之一的功能通过另一个序列来实现的核酸序列 在单个核酸片段上的结合。例如，如果两个序列被运样放置W使得调控DNA序列实现编码 DM序列的表达(例如，编码序列或功能RNA处于启动子的转录控制下），则调控DM序列被认 为是"可操作地连接于"编码RNA或多肤的DNA序列或"与所述DNA连接的"。编码序列可W W 有义或反义方向可操作地连接于调控序列。当核酸被置于与另一个核酸序列的功能关系 时，该核酸是"可操作地连接的"。通常地，"可操作地连接的"意指待连接的DNA序列是连续 的。然而，增强子不必是连续的。连接通过在方便的限制性位点上连接来实现。如果此类位 点不存在，则按照常规实践来使用合成寡核巧酸连接物或接头。另外，可在表达载体中将多 个拷贝的编码酶的核酸连接在一起。运样的多个核酸可通过接头分隔。
[0070]"表达"是指内源基因或转基因在细胞中的转录和/或翻译。例如，在反义构建体的 情况下，表达可指仅反义DNA的转录。另外，表达是指有义(mRNA)或功能性RNA的转录和稳定 积累。表达还可指蛋白质的产生。
[00川如本文中所用，"表达盒"意指能够指导特定核巧酸序列在适当的宿主细胞中的表 达，包含可操作地连接于目标核巧酸序列（该序列可操作地连接于终止信号）的启动子的 DNA序列。其通常还包含进行核巧酸序列的正确翻译所需的序列。包含目标核巧酸序列的表 达盒可W是嵌合的，意指至少一个其组分相对于至少一个其的其它组分是异源的。表达盒 还可W是天然存在的但W用于异源表达的重组形式获得的表达盒。此类表达盒将包含连接 于目标核巧酸序列的转录起始区。可为此种表达盒提供多个限制性位点来用于插入目标基 因，W使其处于调控区的转录调控下。表达盒可另外地含有可选择的标记基因。
[0072] 术语"宿主细胞"、"宿主细胞系"和"宿主细胞培养物"可互换使用并且指已向其中 引入了外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括"转化体"和"转化细胞"，其包 括原代转化细胞和来源于其而不考虑传代次数的后代。后代可能在核酸含量方面与亲代细 胞不完全相同，但可含有突变。本文中包括具有与针对其筛选或选择初始转化细胞的功能 或生物活性相同的功能或生物活性的突变型后代。
[0073] 如本文中所用，术语"可测量的亲和力"和"可测量地抑制"是指（i )包含布罗莫结 构域抑制剂或其组合物和此类布罗莫结构域的样本与（ii)在所述化合物或其组合物不存 在的情况下，包含此类布罗莫结构域的等量样本之间的布罗莫结构域的活性的可测量降 低。
[0074] 如本文中所用，短语"大体上相似的"是指两个数值(通常一个与分子相关并且另 一个与参照/比较分子相关)的充分高的程度的相似性，运使得本领域普通技术人员可认为 所述两个值之间的差异在通过所述值(例如，Kd值)测量的生物特征的背景中不具有统计显 著性。所述两个值之间的差异作为参照/比较值的函数可W例如小于约20%，小于约10% 和/或小于约5%。短语"大体上正常的"是指与参照(例如，正常参照)大体上相似。
[0075] 短语"大体上不同的"是指两个数值(通常一个与分子相关并且另一个与参照/比 较分子相关)之间的充分高的程度的差异，运使得本领域普通技术人员可认为所述两个值 之间的差异在由所述值(例如，Kd值)测量的生物特征的背景中具有统计显著性。所述两个 值之间的差异作为参照/比较分子的值的函数可W例如大于约10%，大于约20%，大于经 30%，大于约40 %和/或大于约50 %。
[0076] "相关"或"使相关"意指W任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分 析或方案的性能和/或结果相比较。例如，可在进行第二方案时使用第一分析或方案的结果 和/或可使用第一分析或方案的结果来确定是否应当进行第二分析或方案。对于多核巧酸 分析或方案的实施方案，可使用多核巧酸表达分析或方案的结果来确定是否应当进行特定 的治疗方案。
[oow]"个体"或"受试者"是哺乳动物。哺乳动物包括，但不限于，家养动物(例如，牛、绵 羊、猫、狗和马）、灵长类动物(例如，人和非人灵长类动物诸如猴）、兔和晒齿类动物(例如， 小鼠和大鼠）。在某些实施方案中，所述个体或受试者是人。
[0078] 如本文中所用，"治疗（treatment)"(和其语法变型诸如"治疗（treat)"或"治疗 (treating)")是指试图改变待治疗的个体的自然过程的临床干预，并且可预防性进行或在 临床病变过程中进行。想要的治疗效果包括，但不限于，预防疾病的发生或复发，缓解症状， 减少疾病的任何直接或间接病理学后果，防止转移，减缓疾病进展速度，改善或缓和疾病状 态，W及缓解或改善预后。在一些实施方案中，本发明的抗体用于延迟疾病的发展或减缓疾 病的进展。
[0079] 术语"药物制剂"是指呈诸如允许其中包含的活性成分的生物活性发挥效果的形 式，并且不含对于将对其施用所述制剂的受试者具有不可接受的毒性的另外组分的制剂。
[0080] "药学上可接受的载体"是指药物组合物中除活性成分外的成分，其对于受试者是 无毒的。药学上可接受的载体包括，但不限于，缓冲剂、赋形剂、稳定剂或防腐剂。
[0081] 除非在本文中另有说明，否则本文数值范围的引用仅旨在用作单独提及落在该范 围内的每一个单独的值的速记方法，并且每个单独的值被并入本说明书中，就如同其在本 文中被单独引用一样。
[0082] 如本领域普通技术人员所理解的，本文中的"约"值或参数包括(且描述)指向该值 或参数本身的实施方案。例如，提及"约X"的描述包括"X"的描述。
[0083] 除非另有说明或