稻米直链淀粉含量微控基因ssiii-1分子标记及应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于农业生物技术工程，特别设及与稻米直链淀粉含量调控基因 SSIII-1 有关的分子标记及其应用。
【背景技术】
[0002] 高产、优质一直是水稻育种长期追求的目标。经过长期的努力，尤其是杂交稻技术 的利用，我国在水稻生产上取得了举世公认的成就。但是由于过去一直把如何解决人们的 溫饱问题放在第一位，故而水稻育种工作的重点大部分集中于水稻高产新品种的培育，从 而导致优质稻米的育种严重滞后，特别是一些高产的杂交稻品质普遍偏差。
[0003] 导致稻米品质改良进展较慢的另一个主要原因是稻米品质遗传的复杂性和传统 育种手段的局限性。稻米的品质性状包括外观品质、加工品质、蒸煮品质、营养品质和食味 品质等诸多方面，而稻米蒸煮品质是评价稻米品质的最重要指标。蒸煮品质是指稻米在蒸 煮过程中所表现出来的特性，主要由直链淀粉含量(^ylose咚ntent，AC)、胶稠度吃el 皆nsistency，GC)、糊化溫度吃elatinization2emperature,GT)Ξ个理化指标来评价，其 ^AC是影响稻米品质最主要的~理化指标。育种学k和遗传学家做了大量的工作W探寻稻米 AC的遗传学基础，然而不同实验室的结果有着较大的差别。早期的研究表明稻米AC是由一 个主效基因控制，并受到其他微效QTL的调控[1，2]。随后的研究发现Waxy(Wx)对于稻米AC 的多少具有决定性的作用，可能就是控制AC的主效基因[3-5]。除在第6染体上检测到1个主 效QTL外，不同研究检测到的微效QTL数目及位置很不一致。例如，Tan等在第1、2染色体上检 测到了两个微效QTLs[6]，化等在第5染色体检测到了一个微效QTL[6]，Aluko等在第3和8染 色体上分别检测到了微效QTLs[7]。黄祖六等研究发现除了第6染色体的Wx基因位点外，在 第3染色体也检测到一个控制稻米AC的主效QTL另外5个微效QTLs分别位于第4、4、6、9、11 染色体的不同座位上[引。其他实验室在第4、6、7染色体也检测到了控制AC的QTLs[9]。吴长 明等在第6染色体上并没有发现与AC有关的QTL位点，只是在第1，7,8,9，12染色体上发现5 个QTL位点[10]。
[0004] 导致稻米品质改良进展较慢的另一个主要原因是在传统育种手段的局限性。传统 育种方法主要是对有利目标性状进行定向选择和固定，培育出优良新品种，运具有很大的 盲目性和不可预测性[11]。并且，个体选择的方法是对符合育种目标的农艺性状进行直接 选择，即选择的是个体表现型而不是基因型。由于基因间存在一因多效、多因一效、调控基 因 W及修饰基因等的作用，个体的表现型与基因型往往存在较大差异，因而通过田间表型 性状进行个体选择的准确性较差。分子标记辅助选择(崎'4日1-333131日(1却1日(31:;[0]1，]/[八5) 技术给水稻育种提供了新的途径，与传统育种技术相?合可大i提高育#效率，缩短育种 周期。MAS的核屯、是把常规育种中的表型选择转化为基因型选择，它直接反映了 DNA的序列 差异，不受基因表达的影响，结果可靠性强，并且不受植物的生长发育阶段及环境条件的影 响[12]。
[0005] 上文中设及的参考文献如下：
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[0018] 另，专利号201310586095.5的发明《稻米直链淀粉含量微控基因 GBSSII分子标记 及应用》、201310585846.1的发明《稻米直链淀粉含量微控基因 SSIVb的分子标记及应用》、 201310581339.ο的发明《稻米直链淀粉含量微控基因 AGPS2a分子标记及应用》给出了一些 与稻米淀粉合成基因有关的分子标记，上述标记为GBSSII-m、SSIVb-m及AGPS2a-m，运些标 记均为微效基因，实际中发现，微效基因聚合越多，选择精度就会越高，所W开发更多的直 链淀粉含量微效基因或者贡献率更大的基因，显得尤为重要。
【发明内容】
[0019] 本发明要解决的技术问题是提供一种与稻米淀粉合成基因 SSIII-1有关的分子标 记及其用途，本发明所得的分子标记SSIII-1-m为稻米直链淀粉含量微控基因 SSIII-1的基 因标记，用于水稻稻米直链淀粉含量鉴定和/或其后代辅助选择育种。
[0020] 为了解决上述技术问题，本发明提供一种与稻米直链淀粉含量微控基因 SSIII-1 的基因标记，W水稻作为物种，该分子标记引物选自下列引物对，其中的核巧酸序列为5/^ 3'，
[0021] SSIII-1-m 正向：AAGAAGGGAAGGGAGTCAGC
[0022] 反向：GCCATCTCCATTGCCAGC。
[0023] 本发明还同时提供了上述分子标记的用途：用于水稻稻米直链淀粉含量鉴定和/ 或其后代辅助选择育种。
[0024] 作为本发明的分子标记SSIII-1-m的用途的改进：当为日本晴(梗稻)和釉稻(例如 为特青、93-11)的后代时，选择后代中带型与日本晴带型一致的单株用于育种。
[0025] 备注说明：
[0026] 引物SSIII-1-m PCR扩增所得的分子标记SSIII-1-m在日本晴中的序列为： AAGAAGGGAAGGGAGTCAGCTCTGAGGAGGGAGAGGGAGAGGGAGGGAGGAGGAGG GGATCAGGGGGAGAGGAGGGAGGTTTTGGCGCTGGCAATGGAGATGGC;