1.一种苹果育种方法，包括如下步骤：将苹果品种C0进行持续多代的芽变选种，第一代芽变选种将苹果品种CO作为出发品种，以后的每代芽变选种均将上一代芽变选种得到的品种作为出发品种，每代芽变选种从全满足如下三个性状的芽发育出的枝条或植株中选择目标品种：(a)发生红色芽变；(b)芽发育成的枝条或植株上生长的苹果的果皮的花青苷含量为出发品种的2倍以上；(c)芽发育成的枝条或植株上生长的苹果的果皮的特异DNA分子的甲基化水平为出发品种的二分之一以下；
所述特异DNA分子为如下(Ⅰ)或(Ⅱ)或(Ⅲ)：
(Ⅰ)序列表的序列1所示的DNA分子；
(Ⅱ)将序列表的序列1所示的DNA分子进行一个或几个核苷酸的插入和/或缺失和/或替换得到的DNA分子；
(Ⅲ)与序列表的序列1所示的DNA分子具有90％以上同源性的DNA分子。
2.如权利要求1所述的苹果育种方法，其特征在于：所述育种方法得到的苹果品种满足如下指标(a)和/或(b)：(a)着色速度大于苹果品种C0；(b)着色指数大于苹果品种C0。
3.一种苹果育种方法，包括如下步骤：将苹果品种C0进行持续多代的芽变选种，第一代芽变选种将苹果品种CO作为出发品种，以后的每代芽变选种均将上一代芽变选种得到的品种作为出发品种，每代芽变选种从全满足如下四个性状的芽发育出的枝条或植株中选择目标品种：(a)发生红色芽变；(b)芽发育成的枝条或植株上生长的苹果的果皮的花青苷含量为出发品种的2倍以上；(c)芽发育成的枝条或植株上生长的苹果的果皮的特异DNA分子的甲基化水平为出发品种的二分之一以下；(d)芽发育成的枝条或植株上生长枝条的节间长度为2cm以下；
所述特异DNA分子为如下(Ⅰ)或(Ⅱ)或(Ⅲ)：
(Ⅰ)序列表的序列1所示的DNA分子；
(Ⅱ)将序列表的序列1所示的DNA分子进行一个或几个核苷酸的插入和/或缺失和/或替换得到的DNA分子；
(Ⅲ)与序列表的序列1所示的DNA分子具有90％以上同源性的DNA分子。
4.如权利要求3所述的苹果育种方法，其特征在于：所述育种方法得到的苹果品种满足如下指标(a)和/或(b)和/或(c)：(a)着色速度大于苹果品种C0；(b)着色指数大于苹果品种C0；(c)枝条的节间长度为2cm以下。
5.一种苹果育种方法，包括如下步骤：
(1)将苹果品种A和苹果品种B进行杂交，获得杂交种子；所述苹果品种A为苹果(Malus domestica)CSR6R6-666；苹果(Malus domestica)CSR6R6-666，其保藏编号为CGMCC NO.13783；所述苹果品种B为权利要求1至4中任一所述方法得到的苹果品种；
(2)将步骤(1)得到的杂交种子播种并育苗，得到实生苗；
(3)将步骤(2)得到的实生苗移栽至大田，待其长出果实后不对果实进行套袋，筛选得到目的植株。
6.如权利要求5所述的方法，其特征在于：移栽第4年，在离地面20cm处对实生苗的主干进行环剥，环剥宽度为0.5-1.0cm，深达木质部。
7.如权利要求5或6所述的方法，其特征在于：移栽第5年，在实生苗的盛花期进行如下操作：每个花序的5朵花仅保留中心花，其他全部疏除。
8.如权利要求5或6或7所述的方法，其特征在于：所述目的植株为果肉全红的植株。
9.如权利要求5或6或7所述的方法，其特征在于：所述目的植株为满足如下(f1)和/或(f2)和/或(f3)和/或(f4)的苹果植株：(f1)果肉全红；(f2)果肉高类黄酮含量；(f3)果肉高花青苷含量；(f4)果肉高抗氧化能力。
10.苹果(Malus domestica)CSR6R6-666在苹果育种中的应用；苹果(Malus domestica)CSR6R6-666，其保藏编号为CGMCC NO.13783。