专利名称：多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法、疾病预测方法以及多态性检测用试剂盒的制作方法
技术领域：
本发明涉及多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法、疾病预测方法以及多态性检测用试剂盒。
背景技术：
—直以来,作为高尿酸血症的治疗祀标分子，已知作为尿酸重吸收转运子的Urate转运子(URAT1/SLC22A12)、葡萄糖转运子 9 (GLIT9/SLC22A12)。 近年来，明确了由也被称为 BCRP (breast cancer resistance protein)的ABCG2(ATP-binding cassette sub-family G member 2)基因编码高容量性的排尿转运子。另外，受到ABCG2基因的多态性的存在与痛风的发病风险的增加有关的启发，明确了 ABCG2基因是痛风的主要致病基因(例如，参见实验医学2010年，第28卷，第8号，p.1285-1289)。另外，还受到ABCG2基因的多态性的存在与胎盘中的蛋白质表达异常有关联(例如，参见Drug. Metab. Dispos.，2005年，第33卷，第I号，p. 94-101)的启示启发，人们期待短时间、低成本并且简便地测定ABCG2基因的多态性的方法。作为测定基因的多态性的方法，已知有使用被设计为扩增含有想要测定的碱基的部分的引物进行PCR，用能够以该特定碱基中有无突变来区分是否切断的限制性内切酶来切断，之后用电泳检测是否切断了的方法(PCR-RFLP法)(例如，参见Genet. Mol. Res. ,2010年，第9卷，第I号，p. 34-40)。另外，还已知有在用PCR法扩增了含有突变的区域之后，使用荧光染料标记的核酸探针进行熔解曲线分析，并基于熔解曲线分析的结果来分析碱基序列的突变的方法(例如，参见日本专利文献特开2002-119291号公报)。但是，在PCR-RFLP法中，在PCR反应之后需要提取扩增产物来进行限制性内切酶处理。因此，扩增产物有可能混入下一反应体系，由此有可能获得假阳性、假阴性的结果。另夕卜，由于在PCR结束后用限制性内切酶进行处理，之后进行电泳，因此有时到检测为止需要的时间非常长。而且，由于操作复杂，难以自动化。因此，期望进一步开发用于ABCG2基因多态性检测的技术。
发明内容
发明要解决的问题本发明要解决的问题在于提供能够高灵敏度且简便地检测ABCG2基因的多态性的多态性检测用探针、使用该探针的多态性检测方法。另外，本发明要解决的问题在于提供使用了该检测方法的药效评价方法和疾病预测方法。此外，本发明要解决的问题还在于提供使用了该检测用探针的多态性检测用试剂盒。用于解决问题的手段
用于解决上述问题的具体手段如下。<1> 一种ABCG2基因的多态性检测用探针，含有从包括下述P1、P1’、P2、P2’、P3和P3’的组中选择的至少一种荧光标记寡核苷酸(Pl)寡核苷酸，其为与含有在序列编号I所示的碱基序列中的第301位 第311位碱基的碱基长为11 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第311位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号I互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第311位碱基对应的碱基用荧光染料标记；(P1’)寡核苷酸，其为与含有在序列编号I所示的碱基序列中的第301位 第311位碱基的碱基长为11 50的碱基序列互补的序列，该序列与除了与第311位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号I相同的碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第311 位喊基对应的喊基用突光染料标记；(P2)寡核苷酸，其为与含有序列编号2所示的碱基序列中的第234位 第251位碱基的碱基长为18 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第251位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号2互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第251位喊基对应的喊基用突光染料标记；(P2’)寡核苷酸，其为与含有序列编号2所示的碱基序列中的第234位 第251位碱基的碱基长为18 50的碱基序列互补的序列，该序列与除了与第251位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号2相同的碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第251位喊基对应的喊基用突光染料标记；(P3)寡核苷酸，其为与含有序列编号3所示的碱基序列中的第152位 第161位碱基的碱基长为10 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第152位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号3互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第152位喊基对应的喊基用突光染料标记；以及(P3’)寡核苷酸，其为与含有序列编号3所示的碱基序列中的第152位 第161位碱基的碱基长为10 50的碱基序列互补的序列，该序列与除了与第152位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号3相同的碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第152位碱基对应的碱基用荧光染料标记。 <2>根据〈1>所述的多态性检测用探针，其中，所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第311位碱基位于从5’末端起数第I位 第3位的任何位置,所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第251位碱基位于从5’末端起数第I位 第3位的任何位置,所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第152位碱基位于从3’末端起数第I位 第3位的任何位置。〈3>根据〈1>或〈2>所述的ABCG2基因的多态性检测用探针，其中，所述Pl或P1’突光标记寡核苷酸的被突光染料标记的第311位碱基位于5’末端,所述P2或P2’突光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第251位碱基位于5’末端，所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的被突光染料标记的第152位碱基位于3’末端。<4>根据〈1> 〈3>中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述荧光标记寡核苷酸与靶标序列杂交时的荧光强度比未与靶标序列杂交时的荧光强度减少或增加。<5>根据〈1> 〈4>中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述荧光标记寡核苷酸与靶标序列杂交时的荧光强度比未与靶标序列杂交时的荧光强度减少。〈6>根据<1> <5>中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长为11 40，所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的碱基长为18 40，所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的碱基长为10 40。<7>根据〈1> 〈6>中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长为11 28，所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的碱基长为20 30，所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的碱基长为15 30。<8>根据〈1> 〈7>中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长为14 18，所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的碱基长为22 26，所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的碱基长为18 22。 <9>根据〈1> 〈8>中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述多态性检测用探针为熔解曲线分析用的探针。<10> 一种ABCG2基因的多态性检测方法，其使用〈1> 〈9>中任一项所述的多态性检测用探针。<11>根据〈10>所述的多态性检测方法，其使用从包括〈1> 〈9>中任一项所述的所述P1、P1’、P2、P2’、P3和P3’的组中选择的至少两种多态性检测用探针。<12>根据权利要求10或11所述的多态性检测方法，包括(I)使〈1> 〈9>中任一项所述的多态性检测用探针和试样中的单链核酸接触，从而使所述荧光标记寡核苷酸和所述单链核酸杂交来获得杂交体；(II)通过改变含有所述杂交体的试样的温度来使所述杂交体解离，并测定基于所述杂交体的解离的荧光信号的变动；(III)基于所述荧光信号的变动来测定杂交体的解离温度、即Tm值。(IV)基于所述Tm值来检测所述试样中的单链核酸中的ABCG2基因中的多态性的存在。〈13>根据权利要求12所述的多态性检测方法，还包括在所述(I)的获得杂交体之前或者与(I)的获得杂交体的同时扩增核酸。<14> 一种药剂的药效判定方法，包括通过〈10> 〈13>中任一项所述的多态性检测方法来检测ABCG2基因的多态性；以及基于检测到的多态性的有无来判定对药剂的耐受性或者药剂的药效。<15> 一种疾病预测方法，包括通过〈10> 〈13>中任一项所述的多态性检测方法来检测ABCG2基因的多态性；以及基于检测到的多态性的有无来预测疾病的罹患风险。<16> 一种多态性检测用试剂盒，包含权利要求I至9中任一项所述的多态性检测用探针。<17>根据〈16>所述的多态性检测用试剂盒，还包含下述引物对中的至少一者能够扩增含有序列编号I所示的碱基序列中的、与所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸杂交的序列的区域的引物对；能够扩增含有序列编号2所示的碱基序列中的、与所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸杂交的序列的区域的引物对；以及能够扩增含有序列编号3所示的碱基序列中的、与所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸杂交的序列的区域的引物对。发明效果通过本发明，能够提供可高灵敏度且简便地检测ABCG2基因的多态性的多态性检测用探针、使用该探针的多态性检测方法。另外，通过本发明，能够提供使用了该检测方法的药效评价方法和疾病预测方法。此外，通过本发明还能够提供使用了该检测用探针的多态性检测用试剂盒。
图I的(A)是示出核酸混合物的熔解曲线的示例的图，以及图I的(B)是示出微 分熔解曲线的示例的图；图2的(A)和⑶是使用本发明实施例1-1涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图3是使用本发明实施例1-2涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图4的(A) (H)是使用本发明实施例2涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图5的(A) (C)是使用本发明实施例3涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图6的(A) (C)是使用本发明实施例4涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图7的(A) (C)是使用本发明实施例4涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图8的(A)和(B)是使用本发明比较例I涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图9是使用本发明比较例I涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图10的(A) ⑶是使用本发明比较例2涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线；图11的(A) (C)是使用本发明比较例3涉及的多态性检测用探针而获得的熔解曲线。
具体实施例方式本发明的探针是ABCG2基因的多态性检测用探针，其含有从包括P1、P1’、P2、P2’、P3和P3’的组中选择的至少一种荧光标记寡核苷酸。通过本发明，能够高灵敏度且简便地检测ABCG2基因的多态性。ABCG2基因的碱基序列相当于与GeneID :9429,GenBank登录号No. 000004(版本000004. 11)相当的序列中的第89011415位碱基 第89080010位碱基的序列。本说明书中，将该第89011415位碱基 第89080010位碱基的序列作为“ABCG2基因的碱基序列”。本发明中，关于作为检测对象的试样中的试样核酸、多态性检测用探针或者引物的每个的序列，基于它们的相互互补的关系所记述的事项，只要不特别指出，也适用于各个序列和相对于各序列互补的序列。在将本发明的事项适用于相对于各序列互补的该序列时，在本领域技术人员的技术常识的范围内，由该互补的序列识别的序列视为将说明书全体替换为与对应的本说明书中记载的序列互补的序列。在本发明中，“Tm值”是指双链核酸解离的温度(解离温度Tm)，一般定义为260nm处的吸光度达到吸光度总上升量的50%时的温度。即，当加热含有双链核酸、例如双链DNA的溶液时，260nm处的吸光度上升。这是因为双链核酸DNA中的两条双链之间的氢键由于加热而断裂，解离成单链DNA (DNA的熔解)。并且，全部双链核酸DNA解离成单链DNA时，其吸光度显示为加热开始时的吸光度(仅双链核酸DNA的吸光度)的约I. 5倍左右，由此可以判断熔解完成。Tm值基于该现象而设定。在本发明中，关于寡核苷酸的序列，当称为“从3’末端起数的第I 3位”时为以寡核苷酸链的3’末端为第I位起数的。同样地，当称为“从5’末端起数的第I 3位”时 为以寡核苷酸链的5’末端为第I位起数的。在本说明书中，“步骤” 一词不仅包含独立的步骤，即使在不能与其他的步骤明确区别的情况下只要达到了本步骤预期的效果，则包含在本术语之内。另外，在本说明书中，使用“ ”表示的数值范围为将“ ”的前后记载的数值分别作为最小值和最大值包含的范围。另外，在本发明中，组成物中的各成分的量在所述组成物中存在多种相当于各成分的物质的情况下，只要不特别指出，是指所述组成物中存在的该多种物质的合计量的意思。下面说明本发明。<多态性检测用探针>本发明的多态性检测用探针(以下，有时仅称为“探针”)包含从由包括下述P1’、P2、P2’、P3和P3’的组中选择的至少一种荧光标记寡核苷酸(以下，有时仅称为“荧光标记
寡核苷酸”)。(Pl)寡核苷酸，其为与含有序列编号I所示的碱基序列中的第301位 第311位碱基的碱基长为11 50的碱基序列互补的序列，该序列和除了与第311位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号I互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第311位碱基对应的碱基用荧光染料标记；(P1’ )寡核苷酸，其为与含有序列编号I所示的碱基序列中的第301位 第311位碱基的碱基长为11 50的碱基序列互补的序列，该序列和除了与第311位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号I相同碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第311位喊基对应的喊基用突光染料标记；(P2)寡核苷酸，其为与含有序列编号2所示的碱基序列中的第234位 第251位碱基的碱基长为18 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第251位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号2互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第251位喊基对应的喊基用突光染料标记；(P2’ )寡核苷酸，其为与含有序列编号2所示的碱基序列中的第234位 第251位碱基的碱基长为18 50的碱基序列互补的序列，该序列和除了与第251位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号2相同碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第251位喊基对应的喊基用突光染料标记；
(P3)寡核苷酸，其为与含有序列编号3所示的碱基序列中的第152位 第161位碱基的碱基长为10 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第152位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号3互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第152位喊基对应的喊基用突光染料标记；以及(P3’ )寡核苷酸，其为与含有序列编号3所示的碱基序列中的第152位 第161位碱基的碱基长为10 50的碱基序列互补的序列，该序列和除了与第152位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号3相同碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第152位碱基对应的碱基用荧光染料标记。通过含有至少一种上述特定的荧光标记寡核苷酸，能够更高灵敏度且简便地第检测ABCG2基因的多态性。 序列编号I所不的喊基序列为ABCG2基因的喊基序列的一部分，对应于ABCG2基因的第I位 第68595位碱基中的第18597位 第19196位的601个碱基。在ABCG基因的野生型中，与序列编号I所示的碱基序列的第301位对应的碱基为G (鸟嘌呤)，而在突变型中突变成A (腺嘌呤)。另外，在野生型的ABCG2基因中，ABCG2转运子的氨基酸序列中的第12位的氨基酸为缬氨酸(Val)，而在突变型的ABCG2基因中，为蛋氨酸(Met)(以下称为“V12M突变”)。另外，在所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸中，“与第311位碱基对应的碱基”是与序列编号I所示的碱基序列中的第311位碱基G(鸟嘌呤)互补的碱基C(胞嘧啶)。在所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸中，该被荧光标记的互补的碱基C能够存在于从5’末端起数第I位 第3位的任何位置。另外，能够存在于5’末端。由此，例如多态性检测灵敏度进一步提高。另外，能够生产性良好地获得Pl荧光标记寡核苷酸。所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸是能够检测序列编号I所示的碱基序列的第301位碱基的多态性的探针。该碱基的野生型为G，突变型为A。所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长需为11 50。在碱基长为10以下或51以上的情况下，ABCG2基因多态性的检测灵敏度降低。另外，从多态性检测灵敏度的观点来说，所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长可以为11 40、11 28或14 18。另外，通过改变所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长，例如能够将由Pl或P1’荧光标记寡核苷酸与其互补链(靶标序列)形成的杂交体的解离温度、即Tm值调节到期望的值。本发明的所述Pl荧光标记寡核苷酸与除了第311位的碱基为鸟嘌呤之外和序列编号I所示的碱基序列互补的序列具有同源性。具体地，本发明的所述Pl荧光标记寡核苷酸相对于与序列编号I所示的碱基序列互补的碱基序列具有80%以上的同一性。另外，从检测灵敏度的观点来说，也可以显示85%以上的同一性、90%以上的同一性、95%以上的同一性、96%以上的同一性、97%以上的同一性、98%以上的同一性或99%以上的同一丨I"生。在将本发明的所述Pl荧光标记寡核苷酸和下述与序列编号I互补的序列进行比较时的同一性低于80%的情况下，对含有突变型的ABCG2基因的试样核酸的检测灵敏度变低，所述与序列编号I互补的序列是除了与第311位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号I互补的序列。本发明的所述P1’荧光标记寡核苷酸与除了第311位碱基为鸟嘌呤之外具有和序列编号I相同的碱基的序列在严谨条件下杂交。杂交可以根据公知的方法或者基于公知方法的方法，例如Molecular Cloning3rd (J. Sambrook et al. , Cold Spring Harbor Lab. Press, 2001)中记载的方法等来进行。该文献通过参考被并入本说明书中。严谨条件是指形成特异性杂交体但不形成非特异性杂交体的条件。典型的严谨条 件例如可以举出在钾浓度约25mM 约50mM以及镁浓度约I. OmM 约5. OmM中进行杂交的条件。作为本发明的条件的示例，可以举出在Tris-HCl (pH8. 6)、25mM的KCl以及I. 5mM的MgCl2下进行杂交的条件,但不限于此。此外，严谨条件被记载在Molecular Cloning3rd (J. Sambrook et al. , Cold Spring Harbor Lab. Press, 2001)中。该文献通过参考被并入本说明书中。本领域技术人员能够通过改变杂交反应、杂交反应液的盐浓度等来容易地选择这样的条件。以下，在表I中示出本发明的pi或Pr荧光标记寡核苷酸的碱基序列的示例，但本发明不限于这些。在表I中，与序列编号I的第301位碱基对应的碱基用大写字母表示，并且一并示出与该序列编号I的第301位碱基对应的碱基为C、T、A或G时的寡核苷酸与各荧光标记寡核苷酸之间的杂交体的Tm值。这里Tm 值是使用 Meltcalc 99 free (http://www. meltcalc. com/)在设定条件Oligoconc [ u M] 0. 2、Na eq. [mM] 50 的条件下计算的。表I
权利要求
1.一种ABCG2基因的多态性检测用探针，含有从包括下述PU PI’、P2、P2’、P3和P3’的组中选择的至少一种荧光标记寡核苷酸 (PD寡核苷酸，其为与含有在序列编号I所示的碱基序列中的第301位 第311位碱基的碱基长为11 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第311位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号I互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第311位喊基对应的喊基用突光染料标记； (Pr )寡核苷酸，其为与含有在序列编号I所示的碱基序列中的第301位 第311位碱基的碱基长为11 50的碱基序列互补的序列，该序列与除了与第311位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号I相同的碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第311位喊基对应的喊基用突光染料标记； (P2)寡核苷酸，其为与含有序列编号2所示的碱基序列中的第234位 第251位碱基的碱基长为18 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第251位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号2互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第251位碱基对应的碱基用荧光染料标记； (P2’ )寡核苷酸，其为与含有序列编号2所示的碱基序列中的第234位 第251位碱基的碱基长为18 50的碱基序列互补的序列，该序列与除了与第251位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号2相同的碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第251位碱基对应的碱基用荧光染料标记； (P3)寡核苷酸，其为与含有序列编号3所示的碱基序列中的第152位 第161位碱基的碱基长为10 50的碱基序列互补的序列，该序列相对于除了与第152位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外与序列编号3互补的序列具有至少80%以上的同一性，并且与第152位碱基对应的碱基用荧光染料标记；以及 (P3’ )寡核苷酸，其为与含有序列编号3所示的碱基序列中的第152位 第161位碱基的碱基长为10 50的碱基序列互补的序列，该序列与除了与第152位碱基对应的碱基为鸟嘌呤之外具有与序列编号3相同的碱基的序列在严谨条件下杂交，并且与第152位碱基对应的碱基用荧光染料标记。
2.根据权利要求I所述的多态性检测用探针，其中， 所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第311位碱基位于从5’末端起数第I位 第3位的任何位置， 所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第251位碱基位于从5’末端起数第I位 第3位的任何位置， 所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第152位碱基位于从3’末端起数第I位 第3位的任何位置。
3.根据权利要求I或2所述的ABCG2基因的多态性检测用探针，其中， 所述pi或pr荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第311位碱基位于5’末端， 所述P2或P2’突光标记寡核苷酸的被突光染料标记的第251位碱基位于5’末端， 所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的被荧光染料标记的第152位碱基位于3’末端。
4.根据权利要求I至3中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述荧光标记寡核苷酸与靶标序列杂交时的荧光强度比未与靶标序列杂交时的荧光强度减少或增加。
5.根据权利要求I至4中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述荧光标记寡核苷酸与靶标序列杂交时的荧光强度比未与靶标序列杂交时的荧光强度减少。
6.根据权利要求I至5中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述Pi或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长为11 40，所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的碱基长为18 40，所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的碱基长为10 40。
7.根据权利要求I至6中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述Pi或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长为11 28，所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的碱基长为20 30，所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的碱基长为15 30。
8.根据权利要求I至7中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述Pl或P1’荧光标记寡核苷酸的碱基长为14 18，所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸的碱基长为22 26，所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸的碱基长为18 22。
9.根据权利要求I至8中任一项所述的多态性检测用探针，其中，所述多态性检测用探针为熔解曲线分析用的探针。
10.一种ABCG2基因的多态性检测方法，其使用权利要求I至9中任一项所述的多态性检测用探针。
11.一种ABCG2基因的多态性检测方法，其使用从包括权利要求I至9中任一项所述的所述PU PI’、P2、P2’、P3和P3’的组中选择的至少两种多态性检测用探针。
12.根据权利要求10或11所述的多态性检测方法，包括 (I)使权利要求I至9中任一项所述的多态性检测用探针和试样中的单链核酸接触，从而使所述荧光标记寡核苷酸和所述单链核酸杂交来获得杂交体； (II)通过改变含有所述杂交体的试样的温度来使所述杂交体解离，并测定基于所述杂交体的解离的荧光信号的变动； (III)基于所述荧光信号的变动来测定杂交体的解离温度、即Tm值。
(IV)基于所述Tm值来检测所述试样中的单链核酸中的ABCG2基因中的多态性的存在。
13.根据权利要求12所述的多态性检测方法，还包括所述在所述(I)的获得杂交体之前或者与(I)的获得杂交体的同时扩增核酸。
14.一种药剂的药效判定方法，包括 通过权利要求10至13中任一项所述的多态性检测方法来检测ABCG2基因的多态性；以及 基于检测到的多态性的有无来判定对药剂的耐受性或者药剂的药效。
15.一种疾病预测方法，包括 通过权利要求10至13中任一项所述的多态性检测方法来检测ABCG2基因的多态性；以及 基于检测到的多态性的有无来预测疾病的罹患风险。
16.一种多态性检测用试剂盒，包含权利要求I至9中任一项所述的多态性检测用探针。
17.根据权利要求16所述的多态性检测用试剂盒，还包含下述引物对中的至少一者 能够扩增含有序列编号I所示的碱基序列中的、与所述pi或Pr荧光标记寡核苷酸杂交的序列的区域的引物对；能够扩增含有序列编号2所示的碱基序列中的、与所述P2或P2’荧光标记寡核苷酸杂交的序列的区域的引物对；以及 能够扩增含有序列编号3所示的碱基序列中的、与所述P3或P3’荧光标记寡核苷酸杂交的序列的区域的引物对。
全文摘要
本发明提供多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法、疾病预测方法以及多态性检测用试剂盒。ABCG2基因的多态性检测用探针通过包含下述的寡核苷酸等而构成其为与含有序列编号1所示的碱基序列中的第301位～第311位碱基的碱基长为11～50的碱基序列互补且具有至少80％以上的同一性，并且与第311位碱基对应的碱基用荧光染料标记。
文档编号C12Q1/68GK102766681SQ20121013201
公开日2012年11月7日 申请日期2012年4月27日 优先权日2011年5月2日
发明者井口亚希, 黑瀬熏 申请人:爱科来株式会社