一种与铂类化疗药物肝脏毒性相关的snp标志物及其应用的制作方法
【专利摘要】本发明属于基因工程及肿瘤学领域，公开了一种与铂类化疗药物肝脏毒性相关的SNP标志物及其应用。该标志物为rs6681909、rs4140932、rs13131227、rs4446279、rs17053350、rs9402873、rs16878272、rs13267737、rs7008590、rs947853、rs2838566、rs1383888、rs9642723、rs3822296、rs2160046、rs10002931、rs10032941、rs6449138、rs1048037和rs10086636的组合。该标志物及引物探针可用于制备铂类化疗药物肝脏毒性诊断试剂盒，灵敏度和特异度较好。
【专利说明】一种与铂类化疗药物肝脏毒性相关的SNP标志物及其应用
发明领域
[0001]本发明属于基因工程及肿瘤学领域，涉及一种钼类化疗药物肝脏毒性相关的SNP标志物及其应用。
【背景技术】
[0002]自20世纪60年代以来，以顺钼为代表的钼类抗癌药广泛用于非小细胞肺癌(nonsmall cell lung cancer, NSCLC)等恶性肿瘤的治疗，已成为NSCLC化疗中不可缺少的药物。钼类药物进入人体后迅速分布至全身，既可抑制肿瘤生长和扩散，也可杀灭远处转移的肿瘤，对原发灶、转移灶和亚临床转移灶均有治疗作用。但由于钼类化疗药物对细胞选择性差，在杀灭肿瘤细胞的同时对正常的细胞也有很大的破坏作用，常引起一些毒副反应。
[0003]虽然在标准剂量下钼类药物化疗较少出现脂肪变性或胆汁淤积等肝脏组织学改变，但转氨酶升高等肝脏的功能性损伤却较常发生，当钼类药物剂量较大时，肝损伤发生更频繁。钼类药物肝脏毒性主要表现为血清胆红素、谷草转氨酶、谷丙转氨酶、以及碱性磷酸酶水平的升高，并可按照这些指标，将肝脏毒性严重程度分为O~4五个等级。肝脏毒性增加了患者的生理负担与心理痛苦，降低了患者的生命质量，还常因此被迫停止化疗，从而影响了 NSCLC患者的预后。因此，对接受钼类药物化疗的NSCLC患者进行肝脏毒性发病风险的诊断，对高危个体提前采取针对性的保护措施，真正实现个体化治疗，显得尤为重要。[0004]许多因素能影响钼类药物毒副反应的发病风险，如年龄、性别、吸烟、种族等。然而，在接受钼类药物化疗的NSCLC患者中，有些病人即使年龄、性别、吸烟状况、病理类型、临床分期等情况相似，其是否发生肝脏毒性以及肝毒性的严重程度仍有很大差异，提示在同等环境暴露下，具有不同遗传背景的NSCLC个体钼类药物肝脏毒性的易感性不同。
[0005]研究表明，单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是引起钼类药物毒副反应的重要遗传因素。SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，它是人类可遗传的变异中最常见的一种。SNP的存在被认为赋予了个体不同的表型性状，以及对于环境暴露、药物治疗等因素的不同反应性，因此SNP可能是导致个体对常见疾病发生、预后，以及对药物反应易感性差异的重要遗传基础。利用疾病易感的SNP谱诊断疾病的发生，不仅灵敏、准确和快速，具有广阔的应用前景。近年来，利用SNP诊断疾病的发生发展已经成为临床和科研工作者的研究热点，在肿瘤和心脑血管疾病等常见重大疾病诊断上的应用价值已初见端倪。
[0006]然而，目前还没有将SNP应用于钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断的报道，若能筛选出钼类化疗药物肝脏毒性易感的SNP作为生物标志物，并研制相应的辅助诊断试剂盒，对我国钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断的现状必将是一次有力的推动，也为其药物预防与控制开辟了新的途径。
【发明内容】
[0007]本发明的目的是针对上述技术问题，提出一种与钼类化疗药物肝脏毒性相关的SNP标志物。
[0008]本发明的第二个目的是提供上述SNP标志物的特异性引物。
[0009]本发明的第三个目的是提供上述SNP标志物的特异性荧光探针对。
[0010]本发明的第四个目的是提供上述SNP标志物及其特异性引物和/或特异性荧光探针在制备钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒中的应用。
[0011]本发明第五个目的是提供钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒。
[0012]发明人通过分离和研究接受钼类药物化疗并发生不同程度肝脏毒性的NSCLC患者外周血DNA中的单核苷酸多态性，寻找一组与钼类化疗药物肝脏毒性高度相关的高特异性和敏感性的SNP，并研制出可便于临床应用的钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒，为钼类化疗药物肝脏毒性的预防和控制提供数据支持，为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物提供数据支持。
[0013]本发明的目的是通过下列技术方案实现的:
[0014]一种与钼类化疗药物肝脏毒性相关的SNP标志物，该标志物为rs6681909、rs4140932、rsl3131227、rs4446279、rsl7053350、rs9402873、rsl6878272、rsl3267737、rs7008590、rs947853、rs2838566、rsl383888、rs9642723、rs3822296、rs2160046、rs10002931、rs10032941、rs6449138、rsl048037 和 rs10086636 的组合。
[0015]所述的SNP标志物的特异性引物，这些引物为:
[0016]rs6681909 的引物序列为 SEQ ID No:1 和 SEQ ID No:2 ;rs4140932 的引物序列为 SEQ ID No:5 和 SEQ ID No:6 ;rsl3131227 的引物序列为 SEQ ID No:9 和 SEQ IDNo:10 ;rs4446279 的引物序列为 SEQ ID No: 13 和 SEQ ID No: 14 ;rsl7053350 的引物序列为 SEQ ID No:17 和 SEQ ID No: 18 ;rs9402873 的引物序列为 SEQ ID No:21 和 SEQ IDNo:22 ；rsl6878272 的引物序列为 SEQ ID No:25 和 SEQ ID No:26 ；rsl3267737 的引物序列为 SEQ ID No:29 和 SEQ ID No:30 ;rs7008590 的引物序列为 SEQ ID No:33 和 SEQ IDNo:34 ;rs947853 的引物序列为 SEQ ID No:37 和 SEQ ID No:38 ;rs2838566 的引物序列为SEQ ID No:41 和 SEQ ID No:42 ;rsl383888 的引物序列为 SEQ ID No:45 和 SEQ ID No:46 ；rs9642723 的引物序列为 SEQ ID No:49 和 SEQ ID No:50 ；rs3822296 的引物序列为 SEQID No:53 和 SEQ ID No:54 ;rs2160046 的引物序列为 SEQ ID No:57 和 SEQ ID No:58 ；rs10002931 的引物序列为 SEQ ID No:61 和 SEQ ID No:62 ；rs10032941 的引物序列为 SEQID No:65 和 SEQ ID No:66 ;rs6449138 的引物序列为 SEQ ID No:69 和 SEQ ID No:70 ；rsl048037 的引物序列为 SEQ ID No:73 和 SEQ ID No:74 ;rs10086636 的引物序列为 SEQID No:77 和 SEQ ID No:78。
[0017]所述的SNP标志物的特异性荧光探针对，这些荧光探针为:
[0018]rs6681909 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:3 和 SEQ ID No:4 ;rs4140932 的荧光探针对序列为SEQ ID No:7和SEQ ID No:8 ;rsl3131227的荧光探针对序列为SEQ IDNo: 11 和 SEQ ID No:12 ;rs4446279 的荧光探针对序列为 SEQ ID No: 15 和 SEQ ID No: 16;rsl7053350的荧光探针对序列为SEQ ID No:19和SEQ ID No: 20 ;rs9402873的荧光探针对序列为SEQ ID No:23和SEQ ID No:24 ;rsl6878272的荧光探针对序列为SEQ ID No:27和SEQ ID No: 28 ;rsl3267737 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:31 和 SEQ ID No: 32 ；rs7008590的荧光探针对序列为 SEQ ID No:35和SEQ ID No:36 ;rs947853的荧光探针对序列为SEQ IDNo:39 和 SEQ ID No:40 ;rs2838566 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:43 和 SEQ ID No:44 ；rsl383888的荧光探针对序列为SEQ ID No:47和SEQ ID No:48 ;rs9642723的荧光探针对序列为SEQ ID No:51和SEQ ID No:52 ;rs3822296的荧光探针对序列为SEQ ID No:55和SEQ ID No: 56 ;rs2160046 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:59和 SEQ ID No:60 ；rs10002931的荧光探针对序列为SEQ ID No:63和SEQ ID No:64 ;rs10032941的荧光探针对序列为SEQ ID No:67 和 SEQ ID No:68 ;rs6449138 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:71 和 SEQ IDNo:72 ;rsl048037 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:75 和 SEQ ID No:76 ;rs10086636 的荧光探针对序列为SEQ ID No:79和SEQ ID No:80。
[0019]所述的SNP标志物在制备钼类 化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒中的应用。
[0020]所述的SNP标志物的特异性引物在制备钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒中的应用。
[0021]所述的SNP标志物的特异性荧光探针对在制备钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒中的应用。
[0022]一种钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒，该试剂盒用于检测外周血DNA中rs6681909、 rs4140932、 rsl3131227、 rs4446279、 rsl7053350、 rs9402873、 rsl6878272、rsl3267737、rs7008590, rs947853、rs2838566、rsl383888、rs9642723、rs3822296、rs2160046、rs10002931、rs10032941、rs6449138、rsl048037 和 rs10086636。
[0023]所述的辅助诊断试剂盒，该试剂盒含有上述SNP标志物的特异性引物和/或特异性荧光探针。
[0024]所述的辅助诊断试剂盒，该试剂盒含有的SNP标志物的特异性引物为:
[0025]rs6681909 的引物序列为 SEQ ID No:l 和 SEQ ID No: 2 ;rs4140932 的引物序列为 SEQ ID No:5 和 SEQ ID No:6 ;rsl3131227 的引物序列为 SEQ ID No:9 和 SEQ IDNo:10 ;rs4446279 的引物序列为 SEQ ID No: 13 和 SEQ ID No: 14 ;rsl7053350 的引物序列为 SEQ ID No: 17 和 SEQ ID No: 18 ;rs9402873 的引物序列为 SEQ ID No:21 和 SEQ IDNo:22 ；rsl6878272 的引物序列为 SEQ ID No:25 和 SEQ ID No:26 ；rsl3267737 的引物序列为 SEQ ID No:29 和 SEQ ID No:30 ;rs7008590 的引物序列为 SEQ ID No:33 和 SEQ IDNo:34 ；rs947853 的引物序列为 SEQ ID No:37 和 SEQ ID No:38 ；rs2838566 的引物序列为SEQ ID No:41 和 SEQ ID No:42 ;rsl383888 的引物序列为 SEQ ID No:45 和 SEQ ID No:46 ；rs9642723 的引物序列为 SEQ ID No:49 和 SEQ ID No:50 ；rs3822296 的引物序列为 SEQID No:53 和 SEQ ID No:54 ;rs2160046 的引物序列为 SEQ ID No:57 和 SEQ ID No:58;rs10002931 的引物序列为 SEQ ID No:61 和 SEQ ID No:62 ；rs10032941 的引物序列为 SEQID No:65 和 SEQ ID No:66 ;rs6449138 的引物序列为 SEQ ID No:69 和 SEQ ID No:70 ；rsl048037 的引物序列为 SEQ ID No:73 和 SEQ ID No:74 ;rs10086636 的引物序列为 SEQID No:77 和 SEQ ID No:78。
[0026]所述的辅助诊断试剂盒，该试剂盒含有的SNP标志物的特异性荧光探针对为:
[0027]rs6681909 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:3 和 SEQ ID No:4 ;rs4140932 的荧光探针对序列为SEQ ID No:7和SEQ ID No:8 ;rsl3131227的荧光探针对序列为SEQ IDNo: 11 和 SEQ ID No:12 ;rs4446279 的荧光探针对序列为 SEQ ID No: 15 和 SEQ ID No: 16;rsl7053350的荧光探针对序列为SEQ ID No:19和SEQ ID No: 20 ;rs9402873的荧光探针对序列为SEQ ID No:23和SEQ ID No: 24 ;rs 16878272的荧光探针对序列为SEQ ID No: 27和SEQ ID No:28 ;rsl3267737 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:31 和SEQ ID No:32 ；rs7008590的荧光探针对序列为SEQ ID No:35和SEQ ID No:36 ;rs947853的荧光探针对序列为SEQ IDNo:39 和 SEQ ID No:40 ;rs2838566 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:43 和 SEQ ID No:44 ；rsl383888的荧光探针对序列为SEQ ID No:47和SEQ ID No:48 ;rs9642723的荧光探针对序列为SEQ ID No:51和SEQ ID No:52 ;rs3822296的荧光探针对序列为SEQ ID No:55和SEQ ID No:56 ;rs2160046 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:59和SEQ ID No:60 ；rs10002931的荧光探针对序列为SEQ ID No:63和SEQ ID No:64 ;rs10032941的荧光探针对序列为SEQ ID No:67 和 SEQ ID No:68 ;rs6449138 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:71 和 SEQ IDNo:72 ;rsl048037 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:75 和 SEQ ID No:76 ;rs10086636 的荧光探针对序列为SEQ ID No:79和SEQ ID No:80。
[0028]所述辅助诊断试剂盒，该试剂盒还可以包括PCR反应常用的酶和试剂，如Taq酶、dNTP混合液、MgC12溶液、去离子水等；还可以含有标准品和/或对照品。
[0029]具体地说，本发明解决问题的技术方案包括:(1)建立统一标准的标本库和数据库:以标准操作程序(SOP)采集符合标准的血液样本，系统收集完整的人口学资料和临床资料。(2)基因型检测:选择接受钼类药物化疗并有详细肝脏毒性评价信息的NSCLC患者，利用高密度SNP芯片，在全基因组范围内找出与钼类化疗药物肝脏毒性相关的SNP。(3)钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒的研制:根据不同程度肝脏毒性的NSCLC患者中基因型分布频率有显著差异的SNP开发SNP辅助诊断试剂盒。
[0030]本发明人以标准操作程序(SOP)采集符合标准的血液样本，系统收集完整的人口学资料、临床资料等，并采用了 Affymetrix6.0芯片进行全基因组扫描。
[0031]具体来说研究的实验方法主要包括以下几个部分:
[0032]1.研究样本的选择
[0033](I)首次入院就诊并经病理组织学或细胞学确诊的新发NSCLC患者，其诊断按照世界卫生组织颁布的标准由至少两位病理科医生确认；
[0034](2)首次化疗前肝功能检查各项指标均正常；
[0035](3)接受2~6周期的以钼类化疗为主的治疗；排除化疗前或化疗期间接受放疗的NSCLC患者；
[0036](4)有详细的化疗2周期或3周期后肝脏毒性的评价信息。
[0037]本研究共采用334例符合标准的样本进行研究。
[0038]2.酚-氯仿法提取外周血基因组DNA，按常规方法操作。通常能得到20ng/ μ I~50ng/ μ I DNA，纯度(紫外 2600D 与 2800D 比值)在 1.6-2.0。
[0039]3.Affymetrix6.0 芯片检测
[0040](I)取受试者全基因组DNA样本；
[0041 ] (2)在Affymetrix6.0芯片(购于美国昂飞公司，下同)上进行全基因组扫描；
[0042](3)检测并比较各基因型在不同程度肝脏毒性的NSCLC患者中的分别差异。
[0043]4.诊断试剂盒制备方法
[0044]Affymetrix6.0芯片进行全基因组扫描确定不同程度肝脏毒性的NSCLC患者中基因型分布频率有显著差异的SNP，作为钼类化疗药物肝脏毒性诊断指标。最后筛选出的与钼类化疗药物肝脏毒性发生有关的SNP组成辅助诊断试剂盒(rs6681909、rs4140932、rsl3131227、rs4446279、rsl7053350、rs9402873、rsl6878272、rsl3267737、rs7008590、rs947853、rs2838566、rsl383888、rs9642723、rs3822296、rs2160046、rs10002931,rs10032941、rs6449138、rsl048037和rs10086636)。诊断试剂可以包括这些SNP的特异性引物和特异性荧光探针对，以及Taq酶、dNTP等试剂。
[0045]6.统计分析方法
[0046]运用卡方检验(用于分类变量)或者student t检验(用于连续性变量)比较人口学特征、吸烟、组织类型、分期等在研究对象组间分布的差异。用logistic回归分析中的additive模型进行关联分析,计算比值比(Odds Ratio, OR)以及它们的95%可信区间。定义那些肝脏毒副反应OR小于I的SNP为保护性SNP ;定义那些肝脏毒副反应OR大于I的SNP为危险性SNP。
[0047] 为了进一步研究这20个SNP构成的综合指征用于钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断的效果，我们构建了一个数学公式，综合考虑每个SNP与钼类化疗药物肝脏毒性发生的正、负关联情况和联系强度。具体来说，我们对每个SNP的三种基因型进行评分，野生纯合型=“0”，杂合型=“1”，变异纯合型=“2”，以单个SNP分析时的additive模型下的回归系数为权重，综合考虑每个SNP的情况给每个研究对象确定一个危险分值。危险分值的计算方法如下:危险分值=(0.72Xrs6681909的评分)+ (0.63Xrs4140932的评分)+ (0.63Xrsl3131227 的评分)+ (0.69Xrs4446279 的评分)+ (0.71 Xrsl7053350 的评分)+ (1.21Xrs9402873 的评分)+ (-0.67Xrsl6878272 的评分)+(0.77Xrsl3267737 的评分)+ (0.73Xrs7008590 的评分)+ (-0.65Xrs947853 的评分)+ (1.33Xrs2838566 的评分)+ (-0.78Xrsl383888 的评分)+ (-0.65Xrs9642723 的评分)+ (0.67Xrs3822296 的评分)+ (0.67Xrs2160046 的评分)+ (0.66Xrs10002931 的评分)+ (0.66Xrs10032941 的评分)+ (0.66Xrs6449138 的评分)+ (0.65Xrsl048037 的评分)+ (0.73Xrs10086636 的评分)，获得的危险分值系数以及界限值被应用于全基因组关联研究的334例样本中。(以rs6681909为例:0.72为rs6681909变异位点的回归系数(见表l);rs6681909的评分，野生纯合型=“0”，杂合型=“1”，变异纯合型=“2”。某个SNP是野生纯合型、杂合型还是变异纯合型由仪器检测结果确定；某个样本的总评分是这20个SNP分别评分的总和，单个SNP的基因型只是计算评分的一个中间过程，不需要列明具体基因型。)
[0048]统计学分析均通过专门的统计学分析软件完成(PLINK1.07)。统计学显著性水平P值设为1.0X 10-4，所有统计学检验均为双侧检验。
[0049]以下是本发明进一步的说明:
[0050]我们将上述接受钼类药物化疗后发生不同程度肝脏毒性的NSCLC患者经Affymetrix6.0芯片进行全基因组扫描获得相关结果。
[0051]根据Affymetrix6.0芯片检测，本发明人检测到在不同程度肝脏毒性的NSCLC患者中基因型分布频率存在差异的SNP包括:rs6681909、rs4140932、rsl3131227、rs4446279、rsl7053350、rs9402873、rsl6878272、rsl3267737、rs7008590、rs947853、rs2838566、rsl383888、rs9642723、rs3822296、rs2160046、rs10002931、rs1003294Urs6449138、rsl048037 和 rs10086636。
[0052]多因素logistic回归分析结果表明，这20个SNP与钼类化疗药物肝脏毒性发生风险存在着剂量-反应关系:危险因素(rs6681909、rs4140932、rsl3131227、rs4446279、rsl7053350、rs9402873、rsl3267737、rs7008590、rs283856、rs3822296、rs2160046、rs10002931、rs10032941、rs6449138、rsl048037 和 rs10086636，变异等位基因型增加肝毒性风险),保护因素(rsl6878272、rs947853、rsl383888和rs9642723，变异等位基因型降低肝毒性风险)。
[0053]进一步分析这20个SNP的组合用于钼类化疗药物肝脏毒性诊断的效果，发现其组合能够很好的区分不同程度肝脏毒性的NSCLC患者。
[0054]根据上述实验结果，本发明人制备了一种能用于临床钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断的试剂盒，包含测定受试者血标本DNA中上述SNP的特异性引物、特异性荧光探针对和其他检测试剂。
[0055]具体而言，这20个SNP的组合，或者这20个SNP的特异性引物及特异性荧光探针对的组合构成的相关诊断试剂盒有助于钼类化疗药物肝脏毒性的诊断，对高危个体提前采取针对性的保护措施，真正实现个体化治疗，显得非常重要。
[0056]本发明有益效果:
[0057]本发明提供的SNP标志物作为钼类化疗药物肝脏毒性相关的标志物的优越性在于:
[0058](1) SNP是一种新型基因生物标志物，区别于传统生物标志物,稳定、微创、易于检测，将大大提高疾病诊断的敏感性和特异性，该类生物标志物的成功开发将为钼类化疗药物肝脏毒性的诊断和控制开创全新局面，为其他疾病生物标志物的研制提供借鉴。
[0059](2) SNP试剂盒是一种系统、全面的诊断试剂盒，可用于钼类化疗药物肝脏毒性的辅助诊断，有助于反映肿瘤患者对钼类药物肝脏毒性的易患程度，为临床医生快速准确掌握患者病情、及时采取更具个性化的防治方案提供支持。
[0060](3)本发明人采用全基因组芯片扫描以获取钼类药物肝脏毒性相关的SNP谱，覆盖的SNP较全面；该策略的应用加速和保证了 SNP生物标志物和辅助诊断试剂盒在临床上的应用，也为其他疾病生物标志物的研制提供方法和策略上的借鉴。
[0061]本发明通过控制年龄等对毒副反应发生的影响因素，研究SNP在钼类化疗药物肝脏毒性的诊断中的应用前景，阐述SNP对于钼类化疗药物肝脏毒性进展的影响，揭示其诊断价值。因此，本发明获得了钼类化疗药物肝脏毒性相关SNP谱和特异性标志物；通过SNP生物标志物和辅助诊断试剂盒的研制和应用，可使得临床医生更好地识别钼类药物肝脏毒性的高危个体，为快速准确掌握患者病情及实现个体化治疗奠定基础，并为发现具有潜在治疗价值的新型小分子药物靶标提供帮助。
【专利附图】
【附图说明】
[0062]图1:显示全基因组关联研究中发生或未发生肝脏毒性的NSCLC患者的ROC曲线。
[0063]显示接受钼类药物化疗的NSCLC患者中发生肝脏毒性组对未发生肝脏毒性组为参照的ROC曲线。
【具体实施方式】
[0064]实施例1样品的收集和样品资料的整理[0065]发明人于2005月4月开始至2011年I月从南京医科大学附属肿瘤医院及南京医科大学附属第一医院收集了大量的原发性NSCLC患者血标本，通过对样品资料的整理，发明人从中选择了 334例符合下列标准的全基因组芯片扫描样本:
[0066](I)首次入院就诊并经病理组织学或细胞学确诊的新发NSCLC患者，其诊断按照世界卫生组织颁布的标准由至少两位病理科医生确认；
[0067](2)首次化疗前肝功能检查各项指标均正常；
[0068](3)接受2~6周期的以钼类化疗为主的治疗；排除化疗前或化疗期间接受放疗的NSCLC患者；
[0069](4)有详细的化疗2周期或3周期后肝脏毒性的评价信息。
[0070]并系统采集了这些样本的人口学资料和临床资料等情况。
[0071]实施例2外周血DNA中SNP的全基因组扫描
[0072]将上述符合条件的334例接受钼类药物化疗的NSCLC患者外周血DNA进行AfTymetrix6.0芯片检测获得相关结果。具体步骤为:
[0073]1、向储存于2ml冻存管中的血细胞加入溶血试剂(即裂解液，40份量配置方法如下:蔗糖 219.72g、氯化镁 2.02g 和曲拉通 X-100 (amresco0694) 20ml 混合后，用 TrisHcl溶液定容至2000ml,下同),颠倒混匀后完全转入。
[0074]2、去除红细胞:用溶血试剂将5ml离心管补至4ml,颠倒混匀,4000rpm离心10分钟，弃上清。向沉淀中加入4ml溶血试剂,再次颠倒混匀清洗一次,4000rpm离心10分钟,弃上清。
[0075]3、抽提DNA:向沉淀中加Iml抽提液(每300ml中含有122.5ml0.2M氯化钠，14.4ml0.5M乙二胺四乙酸，15mll0%十二烷基硫酸钠，148.1ml双蒸水，下同)和8μ I蛋白酶K，震荡器上充分震荡混匀，37°C水浴过夜。
[0076] 4、去除蛋白质:加Iml饱和酹充分混匀(手轻摇15分钟),4000rpm离心10分钟，取上清转入新的5ml离心管中。在上清液中加入等体积氯仿与异戊醇混合液(氯仿:异戊醇=24:1, v/v,下同),充分混匀后(手摇15分钟),4000rpm离心10分钟,取上清(分入两个
1.5ml的离心管)。
[0077]5、DNA沉淀:在上清液中加入3M的醋酸钠60 μ I,再加入与上清液等体积的冰无水乙醇，上下轻摇，可见白色絮状沉淀物，再以12000rpm离心10min。
[0078]6、DNA洗漆:在沉淀中加入冰无水乙醇lml, 12000rpm离心10min,弃上清后真空
抽干或置于清洁干燥环境中蒸干。
[0079]7、测量浓度:通常能得到20ng/ μ l_50ng/ μ I DNA，纯度(紫外2600D与2800D比值)在 1.6-2.0。
[0080]8、进行全基因组扫描:Affymetrix6.0芯片进行全基因组扫描
[0081]9、数据分析与处理:在接受钼类药物化疗后发生不同程度肝脏毒性的NSCLC患者中发现的基因型分布频率有显著差异的SNP在上文中已经罗列出，结果见表1。
[0082]表1不同程度肝脏毒性的NSCLC患者全基因组关联分析结果
【权利要求】
1.一种与钼类化疗药物肝脏毒性相关的SNP标志物，其特征在于该标志物为rs6681909、 rs4140932、 rsl3131227、 rs4446279、 rsl7053350、 rs9402873、 rsl6878272、rsl3267737、 rs7008590, rs947853、 rs2838566、 rsl383888、 rs9642723、 rs3822296、rs2160046、rs10002931、rs10032941、rs6449138、rsl048037 和 rs10086636 的组合。
2.权利要求1所述的SNP标志物的特异性引物，其特征在于该引物为: rs6681909的引物序列为SEQ ID No:l和SEQ ID No:2 ;rs4140932的引物序列为SEQ ID No:5 和 SEQ ID No:6 ;rsl3131227 的引物序列为 SEQ ID No:9 和 SEQ ID No: 10;rs4446279 的引物序列为 SEQ ID No: 13 和 SEQ ID No: 14 ;rsl7053350 的引物序列为 SEQID No: 17 和 SEQ ID No: 18 ;rs9402873 的引物序列为 SEQ ID No:21 和 SEQ ID No:22;rsl6878272 的引物序列为 SEQ ID No:25 和 SEQ ID No:26 ；rsl3267737 的引物序列为 SEQID No:29 和 SEQ ID No:30 ;rs7008590 的引物序列为 SEQ ID No:33 和 SEQ ID No:34;rs947853 的引物序列为 SEQ ID No:37 和 SEQ ID No:38 ;rs2838566 的引物序列为 SEQID No:41 和 SEQ ID No:42 ;rsl383888 的引物序列为 SEQ ID No:45 和 SEQ ID No:46 ；rs9642723 的引物序列为 SEQ ID No:49 和 SEQ ID No:50 ；rs3822296 的引物序列为 SEQID No:53 和 SEQ ID No:54 ;rs2160046 的引物序列为 SEQ ID No:57 和 SEQ ID No:58 ；rs10002931 的引物序列为 SEQ ID No:61 和 SEQ ID No:62 ；rs10032941 的引物序列为 SEQID No:65 和 SEQ ID No:66 ;rs6449138 的引物序列为 SEQ ID No:69 和 SEQ ID No:70 ；rsl048037 的引物序列为 SEQ ID No:73 和 SEQ ID No:74 ;rs10086636 的引物序列为 SEQID No:77 和 SEQ ID No:78。
3.权利要求1所述的SNP标志物的特异性荧光探针对，其特征在于该荧光探针为: rs6681909的荧光探针对序列为SEQ ID No:3和SEQ ID No:4 ;rs4140932的荧光探针对序列为SEQ ID No:7和SEQ ID No:8 ;rsl3131227的荧光探针对序列为SEQ ID No: 11SEQ ID No: 12 ;rs4446279 的荧光探针对序列为SEQ ID No:15和SEQ ID No: 16 ；rsl7053350的荧光探针对序列为SEQ ID No: 19和SEQ ID No:20 ;rs9402873的荧光探针对序列为SEQID No:23 和 SEQ ID No:24 ;rsl6878272 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:27 和 SEQ IDNo:28 ;rsl3267737 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:31 和 SEQ ID No:32 ;rs7008590 的荧光探针对序列为SEQ ID No:35和SEQ ID No:36 ;rs947853的荧光探针对序列为SEQ IDNo:39 和 SEQ ID No:40 ；rs2838566 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:43 和 SEQ ID No:44 ；rsl383888的荧光探针对序列为SEQ ID No:47和SEQ ID No:48 ;rs9642723的荧光探针对序列为SEQ ID No:51和SEQ ID No:52 ;rs3822296的荧光探针对序列为SEQ ID No:55和SEQ ID No: 56 ;rs2160046 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:59和 SEQ ID No:60 ；rs10002931的荧光探针对序列为SEQ ID No:63和SEQ ID No:64 ;rs10032941的荧光探针对序列为SEQ ID No:67 和 SEQ ID No:68 ;rs6449138 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:71 和 SEQ IDNo:72 ;rsl048037 的荧光探针对序列为 SEQ ID No:75 和 SEQ ID No:76 ;rs10086636 的荧光探针对序列为SEQ ID No:79和SEQ ID No:80。
4.权利要求1所述的SNP标志物在制备钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒中的应用。
5.权利要求2所述的SNP标志物的特异性引物在制备钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒中的应用。
6.权利要求3所述的SNP标志物的特异性荧光探针对在制备钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒中的应用。
7.一种钼类化疗药物肝脏毒性辅助诊断试剂盒，其特征在于该试剂盒用于检测外周血 DNA 中 rs6681909、rs4140932、rsl3131227、rs4446279、rsl7053350、rs9402873、rsl6878272、 rsl3267737、 rs7008590、 rs947853、 rs2838566、 rsl383888、 rs9642723、rs3822296、rs2160046、rs10002931、rs10032941、rs6449138、rsl048037 和 rs10086636。
8.根据权利要求7 所述的辅助诊断试剂盒，其特征在于该试剂盒含有权利要求2所述SNP标志物的特异性引物和/或权利要求3所述SNP标志物的特异性荧光探针对。
9.根据权利要求7或8所述辅助诊断试剂盒，其特征在于该试剂盒还包括PCR技术常用的试剂。
【文档编号】C12Q1/68GK103911440SQ201410093713
【公开日】2014年7月9日 申请日期:2014年3月13日 优先权日:2014年3月13日
【发明者】沈洪兵, 胡志斌, 靳光付, 马红霞, 戴俊程, 江玥, 曹松玉 申请人:南京医科大学