预防肿瘤转移、癌症治疗和预后及鉴定为推定转移抑制剂的试剂的方法_4

文档序号:8500376阅读:来源:国知局
此类基因,以由抗体生成细胞的RNA合成可变区。见,例如,Larrick和 Fry[Methods, 2:106-10(1991)]〇
[0087] 抗SYNJ2市场上可买到。抗人SYNJ2单克隆抗体的供应商实例包括但 不限于 Amsbio、Atlas Antibodies、AbD Serotec、United States Biological、 antibodies-online. com、Genway、Proteintech Group 等。致使本发明的抗体为非免疫原 性,以供治疗应用。
[0088] 非人(例如,鼠)抗体的人源化形式为含有源自非人类免疫球蛋白的最小序列 的免疫球蛋白、免疫球蛋白链或其片段(例如Fv、Fab、Fab'、F(ab'). sub. 2或抗体的其 它抗原结合子序列)的嵌合分子。人源化抗体包括人免疫球蛋白(受者抗体),其中形成 受者互补决定区(CDR)的残基由形成非人类物种(供体抗体),例如小鼠、大鼠或兔的具 有所需特异性、亲和力和容量的CDR的残基置换。在一些情况下,人免疫球蛋白的Fv骨 架残基由相应的非人类残基置换。人源化抗体可能还包含在受者抗体或导入的CDR或骨 架序列中都不存在的残基。一般而言,人源化抗体将大体上包含至少一个并且通常两个 可变结构域的全部,其中所有或大体上所有的CDR区与非人类免疫球蛋白的CDR区相对 应并且所有或大体上所有的FR区为人免疫球蛋白共有序列的FR区。人源化抗体最好 还将包含免疫球蛋白恒定区(Fc),通常为人免疫球蛋白恒定区的至少一部分[Jones等, Nature, 321:522-525 (1986) ;Riechmann 等,Nature, 332:323-329 (1988);和 Presta,Curr. Op.Struct. Biol. , 2:593-596(1992) ]〇
[0089] 人源化非人抗体的方法在本领域众所周知。通常,人源化抗体具有一个或 多个从非人类来源引入其中的氨基酸残基。这些非人类氨基酸残基常常称为导入残 基,其通常从导入可变结构域获得。基本上可按照Winter和同事的方法[Jones等, Nature, 321:522-525(1986) ;Riechmann 等,Nature 332:323-327(1988) ;Verhoeyen 等, Science, 239:1534-1536 (1988)],通过用啮齿动物CDR或CDR序列取代人抗体的相应序列 进行人源化。相应地,此类人源化抗体为嵌合抗体(美国专利第4, 816, 567号),其中已经 用来自非人类物种的相应序列取代了大体上不大完整的人可变结构域。在实践中,人源化 抗体通常是其中一些CDR残基和可能一些FR残基由来自啮齿动物抗体中类似位点的残基 取代的人抗体。
[0090] 也可使用本领域已知的各种技术,包括噬菌体展示库生成人抗体[Hoogenboom 和 Winter,J.Mol.Biol. ,227:381 (1991) ;Marks 等,J.Mol.Biol. ,222:581 (1991)]。 Cole等和Boerner等的技术也可用于制备人单克隆抗体(Cole等,Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy,Alan R. Liss, 第 77 页(1985)和 Boerner 等, J. Immunol.,147(1) :86-95(1991)]。类似地,可通过将人免疫球蛋白基因座引入转基因 动物,例如内源免疫球蛋白基因已经部分或完全灭活的小鼠体内,制成人抗体。激发后, 观察到人抗体生成,这在各个方面,包括基因重排、装配和抗体谱,这都非常类似于在人类 中所见。例如,在美国专利第 5, 545, 807、5, 545, 806、5, 569, 825、5, 625, 126、5, 633, 425、 5,661,016 号和下列科技出版物:Marks 等,Bio/Technology 10, :779-783(1992); Lonberg 等,Nature 368:856-859(1994) ;Morrison,Nature 368 812-13(1994) ;Fishwild 等,Nature Biotechnology 14, 845-51 (1996) ;Neuberger,Nature Biotechnology 14:826 (1996);和 Lonberg 和 Huszar,Intern. Rev. Tmmunol. 13, 65-93 (1995).中描述了这 种方法。
[0091] 也可通过RNA沉默实现SYNJ2的下调。如本文所使用,短语"RNA沉默"指由导致 相应的蛋白质编码基因的表达抑制或"沉默"的RNA分子介导的一组调控机制[例如,RNA 干扰(RNAi)、转录基因沉默(TGS)、转录后基因沉默(PTGS)、压制、共抑制和翻译阻遏]。已 经在许多类型的生物,包括植物、动物和真菌中观察到RNA沉默。
[0092] 如本文所使用,术语"RNA沉默剂"指能够特异性抑制或"沉默"靶基因的表达的 RNA。在某些实施方案中,RNA沉默剂能够通过转录后沉默机制防止mRNA分子完全加工(例 如,全部翻译和/或表达)。RNA沉默剂包括非编码RNA分子,例如包含配对链的RNA双链 体,以及可由其生成如此小的非编码RNA的前体RNA。示例性RNA沉默剂包括dsRNA例如 siRNA、miRNA和shRNA。在一个实施方案中,RNA沉默剂能够诱导RNA干扰。在另一实施方 案中,RNA沉默剂能够介导翻译阻遏。
[0093] 根据本发明的一个实施方案,RNA沉默剂对靶RNA(例如,SYNJ2)有特异性并不 交叉抑制或沉默与靶基因表现出99%或更低总体同源性,例如与靶基因表现出低于98%、 97 %,96 %,95 %,94 %,93 %,92 %,91 %,90 %,89 %,88 %,87 %,86 %,85 %,84 %,83 %, 82 %、81 %总体同源性的基因或剪接变体。
[0094] RNA干扰指动物中由短干扰RNA(SiRNA)介导的序列特异性转录后基因沉默过程。 植物中的相应过程通常称为转录后基因沉默或RNA沉默并且在真菌中也称为压制。转录后 基因沉默的过程被认为是用于防止外源基因表达的进化上保守的细胞防御机制并且通常 由不同区系和门共用。可能已经响应于经由特异性破坏同源单链RNA或病毒基因组RNA的 细胞反应,源自病毒感染或转座子元件向宿主基因组的随机整合的双链RNA(dsRNA)生成, 进化出这种对外源基因表达的防护。
[0095] 细胞中长dsRNA的存在刺激称为dicer的核糖核酸酶III的活性。在将dsRNA加 工成称为短干扰RNA(siRNA)的dsRNA短片段中涉及到dicer。源自dicer活性的短干扰 RNA通常长度为约21至约23个核苷酸并且包含约19个碱基对的双链体。RNAi反应也是 通常称为RNA诱导沉默复合物(RISC)的核酸内切酶复合物的特征,所述复合物介导具有与 siRNA双链体的反义链互补的序列的单链RNA裂解。在与siRNA双链体的反义链互补的区 域中间发生靶RNA裂解。
[0096] 相应地,本发明的一些实施方案考虑到dsRNA下调由mRNA表达蛋白质的用途。
[0097] 根据一个实施方案,dsRNA大于30bp。由于相信双链RNA的这些较长区域将导致 诱导干扰素和PKR反应,所以长dsRNA (即大于30bp的dsRNA)的使用已经非常受限。然而, 使用长dsRNA可以提供许多优势,细胞可以选择减少试验许多siRNA的需要的最佳沉默序 列;长dsRNA将允许沉默库具有比对于siRNA而言所需更低的复杂性;并且,可能最重要的 是,长dsRNA在用作治疗剂时可防止病毒逃避突变。
[0098] 各种研宄证明长dsRNA可用于沉默基因表达,不会诱导应激反应或产生显著 的脱革E 效应-见例如[Strat 等,Nucleic Acids Research,2006 年,第 34 卷,No. 13 3803 - 3810 ;Bhargava A 等,Brain Res. Protoc. 2004;13:115-125 ;Diallo M.等, Oligonucleotides. 2003 ;13:381_ 392 ;Paddison P.J.等,Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2002 ;99:1443 - 1448 ;Tran N.等,FEBS Lett. 2004 ;573:127 - 134] 〇
[0099] 具体而言,本发明根据其一些实施方式考虑到在干扰素途径未激活的细胞(例如 胚细胞和卵母细胞)中引入长dsRNA(超过30个碱基的转录产物)用于基因沉默,见例如 Billy 等,PNAS 2001,第 98 卷,第 14428-14433 页和 Diallo 等,Oligonucleotides,2003 年 10 月 1 日,13(5):381-392. doi:10. 1089/154545703322617069。
[0100] 本发明根据其一些实施方式还考虑到引入特别设计为不诱导干扰素 和PKR途径的长dsRNA用于下调基因表达。例如,Shinagwa和Ishii [Genes&D ev. 17(11):1340-1345,2003]已经研发出称为pDECAP的载体,以从RNA聚合酶II (Pol II) 启动子表达长双链RNA。因为来自pDECAP的转录产物缺乏促进ds-RNA输出到细胞质的 5' -帽结构和3' -聚(A)尾部,所以来自pDECAP的长ds-RNA不诱导干扰素反应。
[0101] 在哺乳动物体系中避开干扰素和PKR途径的另一种方法是经由转染或内源性表 达引入小抑制性RNA(siRNA)。
[0102] 术语"siRNA"指诱导RNA干扰(RNAi)途径的小抑制性RNA双链体(通常介于 18-30个碱基对之间)。虽然最近已经描述25-30个碱基长度的化学合成RNA双链体与相 同位置的21mer相比,效力增强可高达100倍,但是通常siRNA经化学合成为21mer,具有中 间19bp双链体区和末端的对称2-碱基3' -突出。观察到在引发RNAi中使用较长RNA获 得的更强效力经推理是由于为Dicer提供底物(27mer)而非产物(21mer)产生并且这提高 了 siRNA双链体进入RISC的速率或效率。
[0103] 已经发现3' -突出的位置影响siRNA的效力并且在反义链上具有3' -突出的非对 称双链体通常比在有义链上具有3'-突出的非对称双链体更有效(Rose等,2005)。因为在 靶向反义转录产物时观察到相反的功效模式,所以这可归因于非对称链载入RISC中。
[0104] 双链干扰RNA(例如,siRNA)的链可连接形成发夹或茎-环结构(例如,shRNA)。 因此,正如提到的那样,本发明一些实施方案的RNA沉默剂也可为短发夹RNA(shRNA)。
[0105] 可在Chuang等(同上)SJ2 - 1 (编码区 1612 - 1633 ;5,AACGTGAACGGAGGAAAGCAG, SEQIDN0:3)、SJ2-2(3'非翻译区内的区域 5419 - 5440;5'CTCTTGCTGATACGCGATATT, SEQ ID NO:4);或传授 SYNJ2 的编码区 1612-1633 或 4925-4946 的 siRNA 的 Rusk 等[Curr Biol. 2003 年 4 月 15 日;13 (8) :659-63. Erratum in:Curr Biol. 2003 年 9 月 30 日; 13 (19) : 1746]中找到小干扰RNA分子的实例。
[0106] 成功下调SYNJ2 mRNA水平的siRNA序列的其它实例包括但不限于 GAAGAAACAUCCCUUUGAU(SEQ ID N0:5)和 GGACAGCACUGCAGGUGUU(SEQ ID N0:6)。
[0107] 术语"ShRNA",如本文所使用,指具有茎-环结构,包含互补序列的第一和第二 区域,所述区域的互补程度和定向足够使得在所述区域之间发生碱基配对,第一和第二 区域通过环区连接,由于环区内核苷酸(或核苷酸类似物)之间缺乏碱基配对而产生环 的RNA剂。环内核苷酸的数量是介于并包括3-23或5-15或7-13或4-9或9-11的数 量。环内一些核苷酸可涉及与环内其它核苷酸的碱基-对相互作用。可用于形成环的寡 核苷酸的实例包括 5'-UUCAAGAGA-3' ?rummelkamp,T.R.等(2002)Science 296:550)和 5'-仰呢呢说6-3'(038丨311〇?〇,0.等(2002)1?嫩8:1454)。本领域的技术人员将认识到所 生成的单链寡核苷酸形成包含能够与RNAi机制相互作用的双链区的茎-环或发夹结构。
[0108] 成功下调SYNJ2 mRNA水平的shRNA序列的实例包括但不限于CCGGCCTACGATACAA GCGACAAATCTCGAAGATTTGTCGCTTGTATCGTAGGTTTTTG(SEQ ID NO:7) ;CCGGCGAGAGGAGATCATTC GGAAACTCGAGTTTCCGAATGATCTCCTCTCGTTTTTG(SEQ ID NO :8) ;CCGGCCGGAAGAACAGTTTGAGCAA CTCGAGTTGCTCAAACTGTTCTTCCGGTTTTTG(SEQ ID N0:9)〇
[0109] 适合与本发明的一些实施方案一起使用的RNA沉默剂的合成可如下实现。第一, 在AUG起始密码子下游扫描SYNJ2 mRNA序列的AA二核苷酸序列。将每个AA和3 '相邻的 19个核苷酸的出现记录为潜在siRNA靶位点。优选地,因为非翻译区(UTR)更富含调节蛋 白结合位点,所以siRNA革巴位点选自开放阅读框。UTR结合蛋白和/或翻译起始复合物可能 干扰siRNA内切核酸酶复合物的结合[Tuschl ChemBiochem. 2:239-245]。不过应认识到, 正如对于GAPDH所证明那样,其中对准5' UTR的siRN
当前第4页1 2 3 4 5 6 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1