一种与重组酶介导的体内基因叠加相兼容的体外基因叠加技术及其应用_3

文档序号:9391909阅读:来源:国知局
文中载体 pZH36D 应用了质粒ColEl的复制起始位点和来源于质粒pVSl的复制起始位点分别在大肠杆菌和农杆菌中起始复制;下文中其余的载体包括分子A、B、C、D、E均用来源于质粒pBR322的复制起始位点起始复制。大肠杆菌 DH5 a {F endAl gin V44 thi~l recAl reIAl gyrA96 deoR nupG080dlacZA MJ5 Δ (lacZYA~argF)U169 hsdR17(rK %Λ』_)被应用于重组分子的转化及回收。
[0038])载体A的构建载体A含有2个不同的不可逆重组位点Al和A2,Al与A2之间为外源目的基因插入区域;不可逆重组位点Al的另一端连有可逆的重组位点A’ ;载体A中还含有筛选标记基因。在本实施例中不可逆重组位点Al为phiC31 a?/重组位点,不可逆重组位点A2为Bxbl组位点,可逆的重组位点A’为Cre 1x重组位点,筛选标记基因为氯霉素抗性基因和抗除草剂基因如r,插入的目的基因为如图1 (a)所述。
[0039]载体A的具体构建过程如下所述:
来源于载体 pYWSP3 (Lili Hou, Yuan-Yeu Yau, Junjie Wei, Zhiguo Han, ZhichengDong, David ff.0w An Open-Source System for In Planta Gene Stacking by Bxbland Cre Recombinases.Molecular Plant, Dec 2014)的 phiC31 attP~lox DNA 片段由 PCR 扩增得到,引物为 5’ -CCCA AGCTTAAATATGATATCTGGGCCCC-3’ (SEQ ID NO:1)和5’-AGCTTTGTTTAAACTCGGTG ATAACTTCGTATAATGTA-3,( SEQ ID N0:2),并通过作£? I 和Hind I I I限制性酶切位点插入到pC35ScreB (来自Ow lab)中,从而获得中间载体pDTOlo 严(CaMV 35S promoter)~gus~ nos 3, (nopaline synthase gene terminator)DNA 片段由 PCR 从 pCAMBIA1301 载体中扩增得到,引物为 5’_CGAGCTCAGCCTGAATGGCGAATGCTAGA-3’ (SEQ ID NO:3)和 5,_CCCAAGCT TCTCTTAGGTTTACCCGCCAATAT-3,(SEQ ID NO:4),并插入到PDTOl载体的历III和I位点之间,获得载体pDTC^dDTO〗中的户55被从载体 pYWSP72( Yuan-Yeu Yau.Yueju Wang.James G.Thomson and David ff.0w Methodfor Bxbl-mediated site-specific integrat1n in planta.Methods Mol.B1l.2011)中通过PCR扩增而得到的竹节花黄斑驳病毒(CommelinaYellowMottleVirus, CoYMV)启动子所取代,从而得到载体PDT03。Cai基因(氯霉素抗性基因)由PCR从载体pACY⑶uet_l(N0VAGEN)中扩增得到并插入到载体 pYWJTSB2 (Yuan-Yeu Yau.Yueju Wang.James G.Thomson and David ff.0w Method for Bxbl-mediated site-specific integrat1n inplanta.Methods Mol.B1l.2011)白勺 I Pvu I 之间,得到载体 pCat。由 CaMV 35Stermiriator-bai^F^5S-F-gus-nos3f -phiC31所组成的 DNA 片段通过 PCR 的方法从载体 PDT03 中扩增得到,引物为 5’ - ATTTGCGGCCGCGACGCTT AGACAACTTAATAAC-3’ (SEQID N0:5)和 5’- GGACTAGTTCGGTGATAACTTCGTAT AATGTA-3’ (SEQ ID NO:6),并插入到载体pCat的Abi I和分e I之间,得到载体pDT04。然后把一段人工合成的Bxbl attB序列(5,- CCCGGCTTGTCGACGACGGCGGTCTCC GTCGTCAGGATCATCC-3’ (SEQ ID NO:7))插入到载体PDT04的说oR I位点上,从而得到pDT05。最后,位于载体pDT05 Pst I和Hind III之间的1x重组位点被一段人工合成的1x位点所取代(用以改变1x的方向,序列不变),从而得到最终载体A。
[0040])载体B的构建
载体B中含有3个不可逆重组位点B1、B2和B3,B2、B3之间为外源目的基因插入区域;B2的另一端连有BI,BI的另一端连有可逆的重组位点B’ ;载体B中还含有筛选标记基因。在本实施例中不可逆重组位点BI为Bxbl ai拔重组位点;B2和B3均为phiC31 ai拔重组位点,二者同向;可逆的重组位点B’为Cre 1x重组位点,筛选标记基因为氨苄青霉素抗性基因办/A插入的目的基因为hc,如图1 (a)所述。
[0041]载体B的具体构建过程如下所述:
由ph1> I a ttB-loM.成的DNA片段通过PCR从载体pYWJTSB2中扩增得到,引物为 5’ -CGAG CTCCGGGATCCATGGACCAGATGGGTGAGGTG-3,(SEQ ID NO:8)和 5’ -GGACTAGTAGTGTCGTGCTCCACCATGGT-3’ (SEQ ID NO:9),并通过 TA 连接插入到 pMD18 中,得到分子phiBB’ -lox-Τ。一段人工合成的Bxbl aiii?序列被插入到位于phiC31 和1x之间的 Sac II 位点之间得到分子 phiBB,-BxbIBB? -1ox-T0 分子 phiBB,-BxbIBB? -1ox-T 中的phiC31 attB-Bxbl attB-lox序列由Spe I和Sac I酶切得到,并连接到载体pYWJTSB2的骨架(骨架也用分e I和Sac I双酶切)中,得到分子pDDOl。由phiC31 attB_Pd35S (CaMVpromoter with duplicated enhancer)-1uc (firefly luciferase)-ocs3> (octopinesynthase terminator)组成的DNA序列由PCR的方法获得,并分两部分克隆到pDDOl中得到分子 PDD03。第一部分由引物 5’- CG AGCTCGGGGTACCAAGCTTTCCATGGAAGACGC-3’ (SEQID NO:10)和 5,-CGGGATCCT GAATGGTGCCCGTAACTTT-3’ (SEQ ID NO: 11) PCR 扩增得到,并通过SacI和BamHI位点克隆到pDDOl中,获得载体pDD02。第二部分由引物5’-CGAGCGTGTCCTCTCCAAAT-3’ (SEQ ID NO: 12)和 5’- CGAGCTCCATCATGATGGACCAGATGG-3’(SEQ ID NO: 13)PCR扩增得到,并通过SacI和HindII I位点克隆到pDDO中,获得pDD03。
[0042]然而,测序发现在P35s上游多了一 phiC31 位点,因此该位点通过Abi I和Pac I双酶切去掉并将粘性末端DNA用DNA聚合酶I大片段抹平,并进行平末端链接,进而得到分子PDD04。pDD04中的1x位点最后由一个人工合成的1x位点取代,用以改变其方向(序列不变),最终得到分子B。
[0043])分子C的构建
载体C中含有3个不可逆重组位点C1、C2和C3,C2、C3之间为外源目的基因插入区域;C2的另一端连有Cl,Cl的另一端连有可逆的重组位点C’ ;载体C中还含有筛选标记基因。在本实施例中不可逆重组位点Cl为Bxbl组位点;C2和C3均为phiC31 重组位点,二者同向;可逆的重组位点C’为Cre 1x重组位点,筛选标记基因为氨苄青霉素抗性基因办/A插入的目的基因为67?如图1 (a)所述。
[0044]载体C的具体构建过程如下所述:
由ph1> I a t成的DNA片段通过PCR从载体pYWSP3中扩增得到,引物为5’- CGAGCTCCCCGGAATTCAAATATGATATCTGGGCCCC-3’ (SEQ ID NO: 14)和 5’- GGACTAGTTCGGTGATAACTTCGTATAATGTA-3’ (SEQ ID NO:15),并通过 TA 连接插入到 pMD18 中,得到分子phiPP’-1ox-T ;再将一段人工合成的Bxbl 序列被插入到位于phiC31 attP$\ 1x之间的 Pst I 位点之间得到分子 phiPP’ -BxbIBB? -1ox-T0 分子 phiPP’ -BxbIBB? -1ox-T中的phiC31 attP-Bxbl attB-lox序列由Spe I和Sac I酶切得到,并连接到载体pYWJTSB2 的骨架中,得到分子 pDD05。由 j?AiC31 aii/^-sugarcane Bacilliform viruspromoter (,)-green fluorescent protein (gfp) -nos terminator 组成的 DNA 序列由PCR 的方法从载体 pYWSP3 上扩增获得,引物为 5’ - CGAGCTCCCCTTGTGTCATGTCGGCGAC-3’(SEQ ID N0:16)和 5’- CGGAATTCACCCATGAGAGCCCTGGTAGTC-3,(SEQ ID N0:17),并连接到PDD05的Sac I和AcoR I中得到分子pDD06。pDD06中的Bxbl attB -1ox序列被一段人工合成的Bxbl-Asc1-1ox序列所取代,该过程目的为改变原有1x位点的方向,从而得到分子C。
[0045])载体D和E的构建
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