尽管胞苷一磷酸与腺苷一磷酸在某些情况下可能碱基配对，但 它们用于本说明书的目的时不认为是互补的。对于胞苷一磷酸与尿苷一磷酸也同样适用。
[0066] 选择用于本文方法的SS0探针"基本上"与待检测的各个特异性序列的不同链互 补。这意味着SS0探针必须足以与它们各自的样品DNA链互补杂交。因此，所述SS0探针序 列不需要反映样品DNA序列的准确序列。因此，探针序列没有必要与靶样品DNA序列严格 互补。因此，并非所有探针都会产生与阴性等位基因的阴性对照类似的完全阴性信号。依 据错配数和错配类型（G-T错配有时产生与G-C配对大约相同的信号），1个碱基对错配的 等位基因的荧光信号可能产生实质上高于阴性对照的信号。然而，只要真阳性等位基因的 信号显著高于那些可能交叉反应的等位基因（通常高10-20%)，便可以设定阈值或临界值 以区分阳性和阴性反应。
[0067] 通常在探针序列中间可以接受少量的错配，并容许杂交。一般来说，所接受的错配 程度取决于SS0探针区域长度，这继而影响去饱和温度和杂交条件所选的退火温度。如果 探针的去饱和温度接近或高于退火温度（略不严格），则尽管有少量（通常1个或2个或最 多3个）错配，但探针仍与靶序列连接。探针区域在序列中间可能能够接受更多的错配，但 是其这种能力依赖于探针区域的去饱和温度和所选杂交和检测条件的退火温度。
[0068] 本文所用的术语"严格的"是指本领域内通常理解为严格的条件。杂交严格性主 要取决于温度、离子强度、变性剂（如甲酰胺）的浓度。用于杂交和洗涤的严格条件的实例 为：65-68°C下0. 015M氯化钠、0. 0015M柠檬酸钠；或在42°C下0. 015M氯化钠、0. 0015M柠 檬酸钠和 50% 甲酰胺。参见Sambrook等人，MolecularCloning:ALaboratoryManual， 第二版，ColdSpringHarborLaboratory,(ColdSpringHarbor，N.Y. 1989) 〇
[0069] 还可以使用更严格的条件（如较高的温度、较低的离子强度、较高的甲酰胺、或其 他变性剂），然而，杂交速率会受影响。在其中涉及脱氧寡核苷酸杂交的情况下，另外的示例 性严格杂交条件包括在37°C(对于14个寡核苷酸碱基）、48°C(对于17个寡核苷酸碱基）、 55°C(对于20个寡核苷酸碱基）和60°C(对于23个寡核苷酸碱基）下在6XSSC0? 05% 焦磷酸钠中洗涤。
[0070] 为了降低非特异性和/或背景杂交的目的，杂交和洗涤缓冲液中可以包括其他试 剂。实例为：〇. 1%牛血清白蛋白、0. 1%聚乙烯-吡咯烷酮、0. 1%焦磷酸钠、0. 1%十二烷基 磺酸钠、NaDodS04、（SDS)、聚鹿糖、邓哈特溶液（Denhardt'ssolution)、超声处理的鲑鱼 精液DNA(或其他非互补DNA)和硫酸葡聚糖，然而也可以使用其他合适的试剂。在基本上 不影响杂交条件的严格性的条件下，可以改变这些添加剂的浓度和类型。杂交实验通常在 pH6. 8-7. 4下进行，然而，在通常的离子强度条件下，杂交速率几乎不依赖于pH值。参见 Anderson等人，NucleicAcidHybridisation:APracticalApproach，第 4 章，IRLPress Limited(0xford，England)。本领域的技术人员可以调节杂交条件以适应这些变量并容许 不同序列亲缘性（relatedness)的DNA形成杂交体。
[0071] 诊断序列特异性寡核苷酸探针检测（SS0)体系是一种使用诊断探针来分析特定 靶核酸序列存在的体系或装置。在此类体系或装置中，可以使用本领域内熟知的连接子将 诊断探针连接至支撑体，所述连接子包括多碳和多核苷酸连接子。或者，可以将靶序列固定 于诸如硝酸纤维素膜等固体支撑体上，并且诊断探针在溶液中。SS0中的诊断探针包括至少 一个探针区域。术语"探针区域"是指诊断探针上的与靶核苷酸序列的一部分基本互补的 核苷酸序列。
[0072] 标记可以在固定于珠子上的探针上或者在扩增的样品DNA上。可以使用直接荧光 化合物、生物素、FITC或地高辛（Dig)作为标签。对于间接检测来说，可以将结合亲和素/ 链霉亲和素的荧光或酶（用于生物素）、抗FITC抗体（用于FITC)、抗Dig抗体（用于Dig) 用于检测目的。根据一个实施方式，可以使用经羧基基团修饰的乳胶珠子来固定探针。珠 子上的羧基基团首先被1-乙基-3_(3-二甲基氨基丙基）碳二亚胺盐酸盐（EDC)活化，然 后H)C-活化的羧基与寡核苷酸探针5'末端的氨基反应。也可以实施使用化学物质连接胺 与胺、硫化物与胺和其他化学物质的另一些实施例。
[0073] 组织分铟抗原
[0074] 本发明提供用于人白细胞抗原（HLA)组织分型筛选的方法。HLA在机体内存在 于几乎每个细胞的细胞表面，这些抗原在白细胞上是高浓度的。HLA抗原是免疫系统用于 识别和区分自我与非自我的主要决定子之一。如2007年4月，世界卫生组织HLA系统因 子命名委员会（WHOnomenclatureCommitteeforFactorsoftheHLASystem) (www. anthonynolan.com/HIG/)，有 545 种HLA-A等位基因、895 种HLA-B等位基因、307 种HLA-C 等位基因、8种HLA-E等位基因、12种HLA-H等位基因、9种HLA-J等位基因、6种HLA-K等位 基因、4种HLA-L等位基因、4种HLA-P等位基因、3种HLA-V等位基因、3种DRA等位基因、 494种DRB1等位基因、1种DRB2等位基因、44种DRB3等位基因、13种DRB4等位基因、18种 DRB5等位基因、3种DRB6等位基因、2种DRB7等位基因、10种DRB8等位基因、1种DRB9等 位基因、34种DQA1等位基因、83种DQB1等位基因、23种DPAU126种DPB1等位基因、4种 DMA等位基因、7种DMB等位基因、12种D0A等位基因和9种D0B等位基因。
[0075] 本发明不限于包括HLA抗原筛选的组织分型方法。本发明的方法可用于筛选用于 组织或血液分型的任何抗原。例如，该方法可筛选杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIR)、人中 性粒细胞抗原（HNA)、T细胞受体（TCR)以及它们的片段和血型，如AB0、RH因子。
[0076] 杀伤细朐免痔球蛋白样夸体（KIR)
[0077] 杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIR)是在淋巴细胞亚群中发现的一组调节分子的 成员。KIR分子参与了降低患有急性髓系白血病（AML)而接受了错配KIR配体的造血性移 植的患者复发的风险。KIR配体不相容性定义为在受体中缺乏供体的I类等位基因，已知I 类等位基因为抑制性KIR的配体（3DL1、2DL2/3、2DL1和3DL2)。已知供体-对-受体NK细 胞同种异体活性能够消除白血病复发和移植排斥，并且还保护患者防止移植体-对-宿主 疾病。
[0078]KIRcDNA的序列分析显示大多数KIR基因含有可变的位点，而且一些是相当多态 的。等位基因多态性提供了额外的多样性，其程度是两种KIR单倍型都相同的不相关个体 不可能被观察到。KIR序列的变化可以在编码影响与I类HLA相互作用的残基的位置处 发生。变化往往发生在整个基因，而不像在HLAI和II类基因中所观察到的类型，该类型 中核苷酸变化主要限制在一个或两个外显子中。KIR分子参与了降低患有急性髓系白血病 (AML)而接受了错配KIR配体的造血性移植的患者复发的风险。KIR配体不相容性定义为 在受体中缺乏供体的I类等位基因，已知I类等位基因为抑制性KIR的配体（3DLU2DL2/3、 2DL1和3DL2)。所述数据表明供体-对-受体NK细胞同种异体活性能够消除白血病复发 和移植排斥，并且还保护患者防止移植体-对-宿主疾病。
[0079]KIR基因分型可以是基因座或等位基因特异性的。仅基因座分型检测各基因在给 定个体中的存在或不存在，因此提供KIR整体特征（KIR特征）。KIR分型的序列特异性引 物PCR(PCR-SSP)方法已经更新至能解决新发现的基因座和先前未检测的等位基因。还开 发了PCR序列特异性寡核苷酸探针（PCR-SS0P)方法。实验室的相互协作有助于鉴别KIR基 因座（100)的分子基因分型分析。迄今为止已经发现了 100余种不同的KIR基因型特征。
[0080] 已经描述了用于2DL1、2DL3、3DL1和3DL2(25,55)的中至高分辨率等位基因特异 性反应（PCR-SSP);以及用于基因型2DL4的单链构象多态性（SSCP)分析。需要开发用于 2DL5的精密分析以分辨两种高度同源的基因座2DL5A和2DL5B。基于PCR-SSP的反转录酶 PCR(RT-PCR)是选择用于同种异型NK细胞克隆的方法，其在很大程度上仍未改变之前所述 的方法。为此目的可以使用多种单克隆抗体，但是特异性受KIR同种型之间的高度同源性 限制。
[0081] 血铟
[0082]目前，有很多血型鉴定体系。输入的红细胞上不熟悉的抗原的存在或供体血浆中 抗体的存在可能引起有害的免疫反应，这种免疫反应会袭击供体血细胞，引起供体红细胞 破裂。这还可能引起严重的症状，包括肾衰竭和休克。抗原还在其他血液组分上出现，包括 白细胞、血小板和血浆蛋白。
[0083]目前血型分型体系鉴定的一个实例是AB0体系，其中血液根据红细胞上下列抗原 的存在来分型：A抗原（AA，AO)、B抗原（BB或BO)、A和B两种抗原（AB)或A和B均无（0)。 红细胞上的其他抗原包括MNS体系（抗原M、N、S和s)、P体系（抗原PI)、Lutheran体系 (Lu(a)和Lu(b)、Kell体系（K(Kell)和k(塞拉诺因子（cellano))、和Kpa和Kpb)、Lewis 体系（Lea和Leb)、Duffy体系（Fya和Fyb)和Kidd(JK)体系（Jka和Jkb)。
[0084] 除了上述所列的那些，血液还使用RH(恒河猴（Rhesus))体系分型。三个基因组 成了恒河猴抗原：1号染色体上发现的C、D和E。各基因座上有两种可能的等位基因：c或 C;d或D;e或E。一种由c/C、d/D、e/E构成的单体型分别遗传自父母，所得的个体恒河猴 类型取决于它们继承的基因型。给定单体型如下的编码：⑶e称为Rl、cDE称为R2、⑶E称 为Rz、cDe称为Ro、Cde称为r'、cdE称为R"、CdE称为Ry并且cde称为r。
[0085] 人中件粒细朐抗原
[0086] 据显示人中性粒细胞特异性抗原（HNA)的抗体会在输血后引起临床并发症，如肺 部输血反应和一些情况下输血相关的急性肺损伤（TRALI)或引起新生儿同种免疫中性白 细胞减少（NAIN)(Bux等人.Transfus.Med.2(2) :143-9，1992)。因此，HNA特异性抗原或抗 体的检测具有重要的临床应用。
[0087] 人中性粒细胞抗原还称为中性粒细胞特异性抗原或HNA。目前有5中HNA抗原体 系：HNA-1、HNA-2、HNA-3、HNA-4和HNA-5。已鉴别了HNA-1、2、4和5的等位基因并鉴定了相 应的糖蛋白；然而，HNA-3的等位基因仍然未知（Stroncek的综述，ASHIQuarterly2004)。 有三种HNA-1抗原（HNA-la、HNA-lb和HNA-lc)仅在中性粒细胞上表达，并位于低亲和力 Fc-y受体Illb上。HNA-2体系具有一种已充分