r>[0401] 3.实施方式1的方法，其中肿瘤特征是导致差患者手术后存活的趋势。
[0402] 4.实施方式3的方法，其中步骤4包括根据W下顺序将值分配给提取的基因表达 信号：
[0403] (a)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其为恶性肿瘤，将其指定为 恶性肿瘤，并将建议超过一般标准的护理的更攻击性的治疗；
[0404] 化）如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其为良性肿瘤，不建议超过 护理标准的治疗，且不建议手术后化学治疗或放射治疗；
[0405] (C)如果全部3个预测性基因表达信号组的关联不提供相同的预后，将所述肿瘤 指定为"中等"，并建议完全一般标准的护理治疗，包括化学治疗和/或放射治疗。
[0406] 5.实施方式1的方法，其在步骤1之前包括预先步骤：
[0407] (a)鉴定待检查的肿瘤亚型
[0408] 化）选择特异于所述肿瘤亚型的标记物组。
[0409]6.用于测定实施方式1中使用的类型的预测性基因表达信号组的方法，包括W下 步骤：
[0410] (1)获得对于目标癌的已知的肿瘤群的目标特征的基因表达信号信息和患者临床 f目息；
[0411] (2)将基因表达信号与有关目标特征的临床患者信息关联，W鉴定哪些基因具有 对于临床结果的预测力；
[0412] (3)自鉴定的基因表达信号创建至少30个随机练习数据组；
[0413] (4)比较步骤1的鉴定的基因表达信号与一列已知的在癌中活跃的基因；
[0414] (5)选择对应于已知的癌基因列表上的那些的鉴定的基因表达信号；
[0415](6)根据它们在生物学过程中的作用将选择的鉴定的基因表达信号分组；
[0416] (7)自步骤6的选择的基因表达信号组产生至少25个基因的随机基因表达信号 组；
[0417] (8)将所述随机基因表达信号组与步骤3中获得的随机练习数据组关联；
[0418] (9)自对于步骤7的各基因表达信号组的关联获得用于存活筛选的P值；
[0419] (10)如果对于多于90 %的随机练习数据组，用于基因表达信号组的P值小于 0. 05,则保持所述基因表达信号组；
[0420] (11)基于组中基因出现的频度排序步骤10中保持的随机基因表达信号组；
[0421] (12)选择排在前面的至少26个基因作为潜在候选标记物；
[042引（蝴重复步骤7~12,并产生至少26个基因的另一，独立，排序组；
[0423] (14)比较自步骤12及步骤13的排在前面的基因；
[0424] (15)如果多于25个基因相同，将所述排在前面的基因保持为标记物组；
[042引（16)重复两次步骤7~15,W获得3个不同标记物组；
[0426] (17)输出所述3个不同标记物组。
[0427] 7.实施方式6的方法，其中根据它们在生物学过程中的作用的选择的鉴定的基因 表达信号的分组使用基因本体论分析进行。
[0428] 8.实施方式6的方法，其中在步骤3中，创建30和50之间个随机练习组。
[042引9.实施方式8的方法，其中创建30和40之间个练习组。
[0430] 10.实施方式6的方法，其中在步骤4中，已知在癌中活跃的基因选自负责转移，细 胞增殖，肿瘤血管化及药物应答的基因。
[0431] 11.实施方式6的方法，其中在步骤7中，产生约750, 000和1，250, 000之间个随 机基因表达信号组。
[043引12.实施方式6的方法，其中在步骤7中，产生约900, 000和1，100, 000之间个随 机基因表达信号组。
[0433] 13.实施方式6的方法，其中在步骤7中，产生约1，000, 000随机基因表达信号组。
[0434] 14.实施方式6的方法，其中在步骤7中，产生的随机基因表达信号组含有约25和 50之间个基因。
[0435] 15.实施方式6的方法，其中在步骤7中，产生的随机基因表达信号组含有约28和 32之间个基因。
[0436] 16.实施方式6的方法，其中在步骤12中，选择排在前面的26~50个基因。
[0437] 17.实施方式6的方法，其中在步骤12中，选择排在前面的28~32个基因。
[043引18.实施方式1的方法，其中肿瘤是哺乳动物肿瘤。
[043引 19.实施方式18的方法，其中肿瘤是下列之一的肿瘤：人，猿，猫，狗，猪，牛，绵羊， 山羊，兔，小鼠，大鼠，豚鼠，仓鼠或沙鼠。
[0440] 20.实施方式4的方法，其中至少一种癌生物标记物组选自基本上由下列构成的 列表：NRC-1，NRC-2,NRC-3,NRC-4,NRC-5,NRC-6,NRC-7,NRC-8 和NRC-9。
[0441] 21.试剂盒，其包含至少3个标记物组及用于实施实施方式1的方法的使用说明。
[0442] 22.实施方式21的试剂盒，所述试剂盒包含列于表1A或1B的至少10个基因表达 信号。
[0443] 23.实施方式21的试剂盒，其含有根据实施方式6的方法鉴定的至少30种核酸生 物标记物。
[0444] 24.表1A或1B中的任何序列用于鉴定一种或更多目标肿瘤特征的用途。
[0445] 25.实施方式23的用途，其中使用至少3个不同标记物组。
[0446] 26.实施方式5的方法，其中癌生物标记物是乳腺癌生物标记物，且样品的第1亚 型是ER+样品。
[0447] 27.实施方式5的方法，其中随机练习组如下产生：随机挑选样品，同时维持与选 出它们的其他组相同的"良性"和"恶性"肿瘤比。
[0448] 28.实施方式1的方法，其中将指定为恶性肿瘤的全部基因表达值分组，并进行W 下步骤：
[0449] (1)自鉴定的基因表达信号创建至少30个随机练习数据组；
[0450] (2)比较新组的鉴定的基因表达信号与一列已知的在癌中活跃的基因；
[0451] (3)选择对应于已知的癌基因列表上的那些的鉴定的基因表达信号；
[0452] (4)根据它们在生物学过程中的作用将选择的鉴定的基因表达信号分组；
[0453] (5)自步骤4的选择的基因表达信号组产生至少25个基因的随机基因表达信号 组；
[0454] (6)将所述随机基因表达信号组与步骤1中获得的随机练习数据组关联；
[04巧](7)自对于步骤6的各基因表达信号组的关联获得用于存活筛选的P值；
[0456] 做如果对于多于90%的随机练习数据组，用于基因表达信号组的P值小于0. 05， 则保持所述基因表达信号组；
[0457] (9)基于组中基因出现的频度排序步骤8中保持的随机基因表达信号组；
[045引 （10)选择排在前面的至少26个基因作为潜在候选标记物；
[045引 （11)重复步骤5~10,并产生至少26个基因的另一，独立，排序组；
[0460] (12)比较自步骤10及步骤11的排在前面的基因；
[0461] (13)如果多于25个基因相同，将所述排在前面的基因保持为标记物组；
[0462] (14)重复两次步骤5~13,W获得3个新的和不同的标记物组；
[0463] (15)输出所述3个不同的新标记物组。
【主权项】
1. 用于测定预测性基因表达信号组的方法，包括以下步骤： (1) 获得对于目标癌的已知的肿瘤群的目标特征的基因表达信号信息和临床信息； (2) 将基因表达信号与有关目标特征的临床信息关联，以鉴定哪些基因具有对于临床 结果的预测力； (3) 自鉴定的基因表达信号创建至少30个随机练习数据组； (4) 比较步骤1的鉴定的基因表达信号与一列已知的在癌中活跃的基因； (5) 选择对应于已知的癌基因列表上的那些的鉴定的基因表达信号； (6) 根据它们在生物学过程中的作用将选择的鉴定的基因表达信号分组； (7) 自步骤6的选择的基因表达信号组产生至少25个基因的随机基因表达信号组； (8) 将所述随机基因表达信号组与步骤3中获得的随机练习数据组关联； (9) 自对于步骤7的各基因表达信号组的关联获得用于存活筛选的P值； (10) 如果对于多于90%的随机练习数据组，用于基因表达信号组的P值小于0. 05,则 保持所述基因表达信号组； (11) 基于组中基因出现的频度排序步骤10中保持的随机基因表达信号组； (12) 选择排在前面的至少26个基因作为潜在候选标记物； (13) 重复步骤7~12,并产生至少26个基因的另一，独立，排序组； (14) 比较自步骤12及步骤13的排在前面的基因； (15) 如果多于25个基因相同，将所述排在前面的基因保持为标记物组； (16) 重复两次步骤7~15,以获得3个不同标记物组； (17) 输出所述3个不同标记物组。2. 权利要求1的方法，其中根据它们在生物学过程中的作用的选择的鉴定的基因表达 信号的分组使用基因本体论分析进行。3. 权利要求1的方法，其中在步骤3中，创建30个和50个之间的随机练习组。4. 权利要求3的方法，其中创建30个和40个之间的练习组。5. 权利要求1的方法，其中在步骤4中，已知在癌中活跃的基因选自负责转移，细胞增 殖，肿瘤血管化及药物应答的基因。6. 权利要求1的方法，其中在步骤7中，产生约750, 000个和1，250, 000个之间的随机 基因表达信号组。7. 权利要求1的方法，其中在步骤7中，产生约900, 000个和1，100, 000个之间的随机 基因表达信号组。8. 权利要求1的方法，其中在步骤7中，产生约1，000, 000个随机基因表达信号组。9. 权利要求1的方法，其中在步骤7中，产生的每个随机基因表达信号组含有约25个 和50个之间的基因。10. 权利要求1的方法，其中在步骤7中，产生的每个随机基因表达信号组含有约28个 和32个之间的基因。11. 权利要求1的方法，其中在步骤12中，为每个随机基因表达信号组选择排在前面的 26~50个基因。12. 权利要求1的方法，其中在步骤12中，为每个随机基因表达信号组选择排在前面的 28~32个基因。
【专利摘要】用于鉴定肿瘤特征的方法包括：获得各预测目标特征的3个不同标记物组，自肿瘤细胞获得样品基因表达信号，添加报告子以影响样品中的变化，用于允许评定肿瘤中的目标基因表达信号，将基因表达信号与报告子组合，将提取的基因表达信号与3个不同标记物组关联，根据以下顺序将指定分配给提取的基因表达信号：如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其具有关注的特征，将其指定为恶性肿瘤；如果全部3个预测性基因表达信号组的关联预测其缺乏关注的特征，将其指定为良性肿瘤；及，如果全部3个预测性基因表达信号组的关联不提供相同的预测的临床结果，将所述肿瘤指定为“中等”；及，输出所述指定。
【IPC分类】C12Q1/68, G01N33/574, G06F19/20
【公开号】CN105200124
【申请号】CN201510530687
【发明人】E·王, 李 杰, 邓迎海, A·Eg·伦费林克, M·D·奥康纳-麦考特, E·普里西马
【申请人】加拿大国家研究委员会
【公开日】2015年12月30日
【申请日】2010年4月16日
【公告号】CA2758041A1, CN102421920A, CN102421920B, CN105132544A, EP2419533A1, EP2419533A4, US20120040863, WO2010118520A1