；所述三条探针的序列分别如下：
[0042] C185T_modify:
[0043] P-TGGAGACAGAATACAAAATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-FAM(SEQIDNO:4)
[0044] C185T_C：
[0045] TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGGACTGTGCAATGCTTGTACG(SEQIDN0:5)
[0046] C185T_T：
[0047] TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGGACTGTGCAATGCTTGTACA(SEQIDN0:6)
[0048] 其中，C185T-modify的3'末端带有FAM修饰（蓝色荧光），5'端磷酸化，以便与 其它两条特异性的探针连接；探针C185T-C的3'末端碱基与C对应，探针C185T-T的3'末 端碱基与T对应。
[0049] LDR反应的具体步骤为：
[0050] 1)在PCR扩增产物中加入等体积ddH20稀释，作为连接酶检测反应的模板；
[0051] 2)在 200μ1 的PCR薄壁管中，加入 4μ1 模板，1μ1lXBuffer、lμ1Probe η?χ(2ρηιο1/μ1)、0·05μ1TaqDNAligase(2U/yl)、4ylddH20,充分混勾后短暂离心，最 后加入10μ1石蜡油；
[0052] 3)将PCR反应管放入PCR仪进行连接酶检测反应，反应扩增程序为：95°C变性 2min，40 次循环（94°C15s，50°C25s);
[0053] 4)在每个上样孔中加入 10μ1LoadingBuffer，0. 25μ1ABIGS-500R0X荧光标记 分子量标准，最后加入〇. 5μ1的LDR产物，充分混匀后上样，运用ABI3730测序仪进行测序 胶毛细管电泳；
[0054] 5)应用GENESCANTM672软件进行数据收集、泳道线校正、迀移片段大小测量和校 正内在分子量标准。
[0055] 5、基因型分析与判定
[0056] 上述LDR反应产物由ABI3730型基因分析仪检测，根据LDR产物的长度与各基因 型通过Genemapper进行关联分析，分型图见附图1，基因型CC的LDR产物长度为lOlbp，基 因型TT的LDR产物长度为103bp，基因型CT的LDR产物长度为lOlbp和103bp的混合。
[0057] 6、SNP分子标记位点与性状的关联分析
[0058] 表1SNP分子标记位点与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长性状的相关性分析
[0059]
[0060] 注：0内数字表示个体数；同行数据，不同小写字母表示差异显著（P〈0. 05)，相同 小写字母表示差异不显著。
[0061] 对MSTN基因的SNP分子标记的不同基因型与49日龄高邮鸭育成中期体重、胸肌 增重进行了关联分析的检测应用。关联分析结果如表2所示，SNP分子标记位点与高邮鸭 49日龄体重、胸肌重、胸肌面积、胸肌直径呈显著相关（P〈0. 05);其中基因型CC在各日龄阶 段的体重显著高于基因型TT和CT，比较TT和CT，各日龄体重差异并不显著，所有CC基因 型为优势基因型。在育种筛选中，只选择CC型，可以在群体中固定该基因型。
[0062] 本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明实质内容上所作的 任何修改、等同替换和简单改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
[0063] 序列表 <110>江苏省家禽科学研究所 <120> -种与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记、其莸 取方法及应用 <160'> 6 <210>1<21!> 2(厂 <212> DNA <213> (Anas platyrhynchos) <400 1 agccarcgct actgtcgtct ctctggacgt cataitgatc aatcagttec tgtagtggag 60 gagcrrtggg taaaagtrgc ttaataaeat ecctgctaat gttaggagct tgttGcaggG 120 gcagUtgci: gaggatttga atttttatgg cttctattct ggaagarttt gtattctgtc ! 80 tccacgtaca agcattgcac agtccat 20:7 <2102<211>20 <212> DNA <213>人工序列 <400> 2
[0064] atggactgtgcaatgcttgt 20 <210 3 <211>20<2I2> DNA <213>人工序列 <400> 3 atggactgtg caatgctrgt .20 <210> 4 <211> 50 <212> DNA <213>人工序列 <400> 4 tggagacaga atacaaaatc ttttttttti tttttttttt tttttttttt 50 <210> 5<211>51 <212> DNA <213>人工序列
[0065] <400> 5 tttttttttttttttttrit ttttrritaiggactgtgea atgettgtac g 51 <2i0> 6<211> 53 <212>?ΜΑ <2!3>人工序列 <400> 6 tttttttttt tttttttttt tttttttttt atggactgtg caatgcttgt aca 53
【主权项】
1. 一种与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记 位于SEQIDNO: 1所示核苷酸的第185位，该位点的核苷酸为C或T。2. -种获取权利要求1所述的与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记的方 法，其特征在于，PCR扩增高邮鸭基因组DNA，扩增产物经连接酶检测反应后测序，通过序列 分析获取与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记。3. 根据权利要求2所述的获取与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记的方 法，其特征在于，PCR扩增所用引物对序列如SEQIDNO: 2和SEQIDNO: 3所示。4. 根据权利要求2所述的获取与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记的 方法，其特征在于，连接酶检测反应所用探针序列如SEQIDN0:4、SEQIDN0:5和SEQID NO: 6所示。5. 根据权利要求2所述的获取与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记的方 法，其特征在于，连接酶检测反应产物长度lOlbp的为基因型CC，连接酶检测反应产物长度 103bp的为基因型TT，连接酶检测反应产物长度lOlbp和103bp的为基因型CT。6. 权利要求1所述的与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记在筛选高邮鸭 育成中期体重、胸肌增长相关性状中的应用。
【专利摘要】本发明公开了一种与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记、其获取方法和应用，所述分子标记位于SEQ？ID？NO:1所示核苷酸的第185位，该位点的核苷酸为C或T。PCR扩增高邮鸭基因组DNA，扩增产物经连接酶检测反应后测序，通过序列分析获取与高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关的分子标记。该分子标记在筛选高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关性状中的应用，可以用于家系选育中的早期选择，在选配中提供分子依据。本发明分子标记为筛选高邮鸭育成中期体重、胸肌增长相关性状提供了新的方法。
【IPC分类】C12N15/11, C12Q1/68
【公开号】CN105349679
【申请号】CN201510883406
【发明人】宋卫涛, 朱春红, 徐文娟, 陶志云, 李慧芳, 刘宏祥, 章双杰, 单艳菊, 姬改革, 王晓峰
【申请人】江苏省家禽科学研究所
【公开日】2016年2月24日
【申请日】2015年12月3日