耐除草剂大豆dp-356043及其衍生品种的lamp检测引物组、lamp检测试剂盒及检测方法_3

文档序号:9722660阅读:来源:国知局
S”型扩增曲线(图2中样品2,3),表明待测样品1、2中含有耐除草剂大豆DP-356043,待测样品3、4显现“直线”扩增曲线(图2中样品4,5),表明待测样品3、4中不含耐除草剂大豆DP-356043。
[0037]参照EUReference Laboratory for GM Food and Feed 中的引物356043 F:GTCGAATAGGCTAGGTTTACGAAAAA( SEQ ID No:5), 356043 R:TTTGATATTCTTGGAGTAGACGAGAGTGTCSEQ ID No: 6)和探针356043 Probe: FAM-CTCTAGAGATCCGTCAACATGGTGGAGCAC-TAMRACSEQ ID No:7)进行荧光定量PCR 检验,检验结果与上述LAMP方法结果相一致。
[0038]实施例2不含显色剂的试剂盒及其检测方法
试剂盒中除缺少实施例1中的显色剂和荧光指示剂外,其余同实施例1。
[0039]用上述试剂盒按以下方法对待测样品进行检测:
1)待检样品DNA的提取:采用CTAB法提取纯化待测样品DNA;
2)恒温检测反应:在200ulPCR管配制反应体系:引物液1.8μ1,反应液15.2μ1,DNA聚合酶Ιμ?,待检DNA 1 ?6μ1,用DNase/RNase-Free Distilled Water补齐到25μ1;设置阳性对照反应时,用耐除草剂大豆DP-356043的DNA或含目的基因的大肠杆菌质粒DNA替代待检DNA,设置阴性对照反应时,用不含目的基因的反应混合液替代待检DNA;将配制好的PCR管混勾后离心,并于60?65°C反应45?90min,并在80°C持续2min;
3)结果判断:将反应管放置在浊度仪中按2)中步骤反应,观察反应管内沉淀的浊度变化或荧光定量PCR检验是否出现“S”型扩增曲线判断扩增结果:如果出现沉淀则为阳性,无沉淀则为阴性;荧光定量PCR检验若显现“S”型扩增曲线则为阳性,若没显现“S”型扩增曲线则为阴性。
[0040]本实施例中,阴性对照无沉淀,阳性对照产生沉淀,待测样品1、2的PCR管出现沉淀、显现“S”型扩增曲线(图3线2、3),表明待检样品1、2中含有耐除草剂大豆DP-356043。待测样品3、4的PCR管没有出现沉淀、没有显现“S”型扩增曲线(图3线4、5),表明待检样品3、4中不含耐除草剂大豆DP-356043。
[0041]照EUReference Laboratory for GM Food and Feed 中的引物356043 F:GTCGAATAGGCTAGGTTTACGAAAAA(SEQ ID No:5), 356043 R:TTTGATATTCTTGGAGTAGACGAGAGTGTCSEQ ID No: 6)和探针356043 Probe: FAM-CTCTAGAGATCCGTCAACATGGTGGAGCAC-TAMRACSEQ ID No:7)进行荧光定量PCR 检验,检验结果与上述LAMP方法结果相一致。
[0042]实施例3PCR反应与本发明检测方法灵敏度的比较按下列配方制备耐除草剂大豆DP-356043的LAMP检测试剂盒:
(1)引物液:含有50μΜ外引物1、50μΜ外引物2,50μΜ内引物1、50μΜ内引物2,四条引物为: 外引物1:CATAACCTCATCTCGCCTT(SEQ ID No:l);
外引物2:CAATGGAATCCGAGGAGG(SEQ ID No:2);
内引物1:AACCTAGCCTATTCGACCTAACGGAGCCATCGTAGGAGAA C(SEQ ID No:3);
内引物2:TAGAGATCCGTCAACATGGTGGTTGGTCTTCTGAGACTGT ATCCSEQ ID No:4)。
[0043](2)反应液:含有 12mM dNTP、10 X Isothermal Amplificat1n反应缓冲液、150mMMgS04水溶液,三者的体积比是8:5:2;
(3)DNA聚合酶:BstDNA聚合酶,浓度为8U/yl ;
(4)对照:阳性对照为含目的基因的大肠杆菌质粒DNA,阴性对照为不含目的基因的反应混合液;
(5)显色剂:荧光染料Calcein。
[0044]用上述试剂盒按以下方法对确定为待测样品进行检测:
1)待检样品DNA的提取:采用CTAB法提取纯化待测样品DNA,分别稀释成3%、0.3%、0.8%、0.03%、0.08%、0.003% 的样品DNA ;
2)恒温检测反应:在200μ1PCR管配制反应体系:引物液1.8μ1,反应液15.2μ1,DNA聚合酶Ιμ?,待检DNA 1 ?6μ1,用DNase/RNase-Free Distilled Water补齐到25μ1;设置阳性对照反应时,用含目的基因的大肠杆菌质粒DNA替代待检DNA,设置阴性对照反应时,用不含目的基因的反应混合液替代待检DNA;;将配制好的PCR管混匀后离心,并于LineGene 9640qPCR仪上63°C反应90min(l min设定为1个循环),并在80°C持续2min ;
3)结果判断:将反应管放置在浊度仪中按2)中步骤反应,观察反应管内沉淀的浊度变化来判断扩增结果,如果出现沉淀则有扩增,无沉淀则无扩增。也可以在2)中得到产物中加入UU显色剂,混匀,肉眼观察。无扩增反应的管子呈现橙色,有扩增反应的管子变成绿色。
[0045]按下列配方制备耐除草剂大豆DP-356043的LAMP检测试剂盒:
(1)引物液:含有50μΜ外引物1、50μΜ外引物2,50μΜ内引物1、50μΜ内引物2,四条引物为: 外引物1:CATAACCTCATCTCGCCTT(SEQ ID No:l);
外引物2:CAATGGAATCCGAGGAGG(SEQ ID No:2);
内引物1:AACCTAGCCTATTCGACCTAACGGAGCCATCGTAGGAGAA C(SEQ ID No:3);
内引物2:TAGAGATCCGTCAACATGGTGGTTGGTCTTCTGAGACTGT ATCCSEQ ID No:4)。
[0046](2)反应液:含有 12mM dNTP、10 X Isothermal Amplificat1n反应缓冲液、150mMMgS04水溶液,三者的体积比是8:5:2;
(3)DNA聚合酶:BstDNA聚合酶,浓度为8U/yl ;
(4)对照:阳性对照为含目的基因的大肠杆菌质粒DNA,阴性对照为不含目的基因的反应混合液;
(5)荧光指示剂:SYT0-9。
[0047]用上述试剂盒按以下方法对确定为耐除草剂大豆DP-356043的待测样品进行检测:
1)待检样品DNA的提取:采用CTAB法提取纯化待测样品DNA,分别稀释成3%、0.3%、0.8%、0.03%、0.08%、0.003% 的样品DNA ; 2)恒温检测反应:在200μ1PCR管配制反应体系:引物液1.8μ1,反应液15.2μ1,DNA聚合酶lyl,SYT0-9 Ιμ?,待检DNA 1 ?6μ1,用DNase/RNase-Free Distilled Water补齐到25μ1;设置阳性对照反应时,用浓度为3%的含目的基因的大肠杆菌质粒DNA替代待检DNA,设置阴性对照反应时,用不含目的基因的反应混合液替代待检DNA;将配制好的PCR管混匀后离心,并于LineGene 9640 qPCR仪上60?65°C反应90min( 1 min设定为1个循环),并在80°C持续2min;
3)结果判断:根据是否出现“S”型扩增曲线判断扩增结果,若显现“S”型扩增曲线则为阳性,若没显现“S”型扩增曲线则为阴性。
[0048]请参阅图4,本实施例中,阳性对照、3%、0.3%、0.8%、0.03%、0.08%、0.003%均出现沉淀、“S”型扩增曲线显示为有扩增,阴性对照无沉淀、无“S”型扩增曲线,S卩无扩增;加入显色剂后,阳性对照、3%、0.3%、0.8%、0.03%,0.08%,0.003%的PCR管显绿色,阴性对照管呈现橙色。
[0049]PCR反应引物采用本方法反应中的外引物1和外引物2JCR反应为25μ1体系,10XPCR Buffer(PCR 反应缓冲液,Life t e chno 1 ogi e s ) 2.5μ 1,1 OmM dNTPs (Lifetechnologies)0.5yl,上、下游引物分别对应外引物1和外引物2,各0.2yl,Taq酶(5UAU,Life technologies)。.5μ1,DNA模板Ιμ?,用DNase/RNase-Free Distilled Water补至25μ
1。反应程序为95°C预变性3min,95°C变性30s,55°C退火30s,72°C延伸30s,72°C延伸5min。PCR产物取3μ1与2%琼脂糖凝胶电泳,120V电压下30min,通过凝胶成像分析仪观察结果,Μ,DL600 DNA Marker (DNA分子量标准,最大DNA片段为600碱基对);1,阳性对照;2-7,3%、0.3%、0.8%、0.03%、0.08%、0.003%;8,阴性对照。其中PCR方法的灵敏度为0.03%,而6,7显示为阴性结果。
[0050]由两种方法比较可以看出,本发明的试剂盒的灵敏度的结果可以达到0.003%,PCR方法的灵敏度为0.03%,而0.08%或以下显示为阴性结果;经比对,本发明的试剂盒及
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