周血干细胞、羊水或脐带血液。在骨髓移植的情况下，通 过到达骨中心的大针，从所述供体的大骨（通常是盆骨）去除HSC。该技术称为骨髓收获并 且在一般麻醉下进行。外周血干细胞是用于异源HSCT的干细胞常用来源。它们可通过成 为单采血液成分术的方法收集自血液。通过无菌针在一个臂中抽取供体的血液并且穿过去 除白细胞的机器。红细胞可返回供体。利用每天皮下注射粒细胞-集落刺激因子，用于将 来自供体骨髓的干细胞移动进入外周循环，可刺激外周干细胞产生。
[0123] 也可能从羊水提取造血干细胞。脐带血液获得自出生后婴儿的脐带和胎盘。脐带 血具有比通常在成人血液中出现的更高浓度的HSC。但是，获得自脐带的少量血液（通常约 50mL)使得其更适于移植进入小的儿童而不是成年人。但是可使用多个单位。使用离体扩 展脐带血单位或使用来自不同供体的两个脐带血单位的更新技术使得脐带血移植物用于 成年人。脐带血可收获自新生儿童的脐带。
[0124] 不像其他器官，骨髓细胞可被冷冻（冷冻保存）延长的时间，而不损伤过多的细 胞。这对于自体HSC是必要的，因为细胞一般在移植治疗之前数月收获自受体。在异源移植 物的情况下，新鲜的HSC是优选的，以便避免在冷冻和融化过程中可能发生的细胞损失。异 源脐带血通常冷冻储存在脐带血库中，因为其仅仅在儿童出生时获得。为了冷冻保存HSC， 必须添加防腐剂、DMS0,并且细胞必须在控制速度的冰箱中缓慢冷却，以防止在冰晶形成过 程中渗透细胞损伤。HSC可在冷冻冰箱中储存数年，其通常使用液氮。鉴于此，本发明可涉 及已经如本文所描述储存的供体材料的分型和风险评估，然后考虑用于移植。
[0125] 本发明包括免疫反应的风险的评估，优选地移植前风险评估，由此任何给定的器 官或组织可考虑为期望用于移植的供体材料。例如，肾移植或肾移植是肾器官移植进入 患者，例如患晚期肾疾病的患者。肾移植通常归类为已故的-供体（之前称为尸体）或活 的-供体移植，取决于供体器官的器官移植。活的供体肾移植物进一步表征为基因相关的 (活的相关的）或非相关的（活的非亲缘）移植物，这取决于供体和受体之间是否存在生物 关系。
[0126] 同种异体反应性定义为淋巴细胞或抗体与同种异体抗原的反应，其可理解为来自 外源材料的抗原。可经直接或间接同种异体抗原识别发生同种异体抗原识别，通过其T细 胞可在器官移植之后识别同种异体抗原和潜在地导致移植排斥。
[0127] 移植物抗宿主病（GVHD)是异源细胞、组织或器官移植之后相对常见的并发症。其 通常与干细胞或骨髓移植相关，但是术语也适用于其他形式的组织移植物或器官移植。组 织（移植物）中的免疫细胞（通常白细胞）将受体（宿主）视为"外源"。移植免疫细胞然 后攻击宿主的体细胞。如果使用的血液产品还未被辐射，GVHD可也在输血之后出现。
[0128] 蛋白酶体是所有真核生物和古细菌，并且一些细菌中内侧的蛋白质复合物。在真 核生物中，它们位于核和细胞质中。蛋白酶体的主要功能是通过破坏肽键的化学反应，蛋白 水解而降解不需要的或损伤的蛋白质。由MHC I型分子呈递的大部分抗原肽源自细胞内蛋 白质被蛋白酶体的降解。错配的HLA抗原的蛋白酶体降解可由如本文所描述的计算工具预 测。
[0129] 在实施例5的背景下，总生存率（OS)定义为不论疾病状态在任何时间点的生存概 率。审查在上次随访中活着的患者。无疾病生存率（DFS)定义为在随访的任何时间点活着 并且没有疾病的概率。审查在他们上次随访时活着的患者。移植相关的死亡率（TRM)定义 为没有之前疾病复发的死亡率。复发视为抵触事件。急性GvHD等级根据国际共识定义，慢 性GvHD根据西雅图标准定义（参考文献31c，32c)。复发率（RI)定义为在任何给定的时间 点的复发的概率，由于任何其他原因的死亡视为抵触事件。
【附图说明】
[0130] 通过下述图描述本发明。本文提供的图表示对于本发明的【具体实施方式】的支持并 且不旨在限制本发明的范围。
[0131] 图1显示根据临床结果可呈递的肽的数量的框型图。A-C :根据急性GVHD的等级 可呈递的肽的数量。D-F :根据慢性GVHD的等级肽的数量。G-I :根据恶性疾病的复发/进 展肽的数量。J-L :根据生存率肽的数量。左图表示根据组合的HLA I型和II型可呈递的 肽的数量，中图表示根据HLA I型可呈递的肽的数量，和右图表示根据HLA II型可呈递的 肽的数量。水平线表示中值，白色盒表示25%至75%，以及须表示范围。用Mann-Whitney U检验测试肽的数量的差异。在发展的II-IV级aGVHD、广泛的cGVHD和那些不复发/进展 其疾病的患者中观察到可呈递的肽的数量的不显著的增加。无 aGVHD或具有I级和II-IV 级aGVHD的患者的中值分别为：由组合的HLA I型和II型6和8可呈递的肽油HLA I型 2和3可呈递的肽；由HLA II型4和5可呈递的肽。具有无或有限的和广泛的cGVHD的患 者的中值分别为：组合的HLA I型和II型6和10 ;HLA I型2 ·5和4 ;和HLA II型4和6。 非复发和复发患者的中值分别为：由组合的HLA I型和II型8和8可呈递的肽；由HLA I 型4 · 5和2可呈递的肽；和由HLA II型4和5可呈递的肽。生存蛋白和非生存蛋白患者 的中值分别为：由组合的HLA I型和II型8和8可呈递的肽；由HLA I型3和2可呈递的 肽；和由HLA II型4和5可呈递的肽。
[0132] 图2显示根据临床结果具有高的或低的可呈递的肽的数量的患者的 Kaplan-Meier曲线。A-C :按照II-IV级急性GVHD的累积发生率可呈递的肽的数量。D-F : 按照广泛慢性GVHD的累积发生率肽的数量。G-I :按照恶性疾病的复发/进展的累积发生 率肽的数量。J-L :按照死亡率的累积发生率肽的数量。左图表示由组合的HLA I型和II 型可呈递的肽的数量，中图表示由HLA I型可呈递的肽的数量，和右图表示由HLA II型可 呈递的肽的数量。对于每项临床结果，选择对照组的中值作为截取值，如在图1中所显示。 虚线表示预测存在高于该截取值的肽的数量的患者，实线表示预测存在于该截取值处或低 于该截取值的肽的数量的患者。比较第一组与后一组确定风险比。NS=不显著的。
[0133] 图3给出了提取自一组869肾移植对的匹配本发明的纳入标准的肾移植研宄组的 描述。
[0134] 图4显示免疫原性（实心点）和非免疫原性（空心框）HLA I型等位基因中 PIRCHE-IIs的数量的比较。A)与非免疫原性等位基因相比，观察到免疫原性等位基因中 PIRCHE-IIs的数量较大。B)当以搜索的受体DRBl为背景分析错配的源自供体的HLA等位 基因时观察到无差异。报告的P -值源自Mann-Whitney U检验。
[0135] 图5显示在免疫原性（实心点）和非免疫原性（空心框）HLA I型等位基因中 HLAMatchmaker三联体⑷和抗原决定部位联体⑶的数量的比较。报告的p-值源自 Mann-Whitney U 检验。
[0136] 图6描述将抗原决定部位联体和PIRCHE-II识别为两个分开的实体。A)抗原决定 部位联体的数量和PIRCHE-II的数量之间的相关性。免疫原性等位基因被描述为实心点； 非免疫原性等位基因被描述为空心框。所得的回归曲线分别用实线和虚线描述。回归系数 基于两组的组合的分析。重叠数据被移位0. 1个单位，仅为了直观化目的。B)HLA I型分子 上的PIRCHE-IIs的定位，如在研宄的肾移植组中所观察。颜色指示在免疫原性HLA I型抗 原中氨基酸的相关存在；（绿色=〇,黄色=1至4,橙色=5至9,和红色=>10)。非多态 β -2m分子被描述为蓝色。C) PIRCHE-IIs的定位（实线）对在HLA I型分子中抗原决定部 位联体相关的残基（黑条），如在10000个模拟的移植物的虚拟的移植组中观察。抗原决 定部位联体相关的残基定义为存在于3.0埃抗原决定部位联体块（4)内的多态残基。重叠 (灰条）被计算为其中氨基酸残基存在于抗原决定部位联体和PIRCHE-II的情形二者中的 百分数。
[0137] 图7 :A :PIRCHE-I与总生存率的相关性；B :PIRCHE-II与总生存率的相关性。在低 的PIRCHE-I和-II组中的患者均具有与ΙΟ/lOs相似的OS比。具有中的或高的PIRCHE-I 和-II的患者具有与ΙΟ/lOs相比显著降低的OS比（表3)。当三组PIRCHE彼此比较时，在 中的或高的PIRCHE组中的患者（组合的中的和高的PIRCHES组）具有与低的PIRCHE组相 比统计学上显著降低的 OS 比（PIRCHE-I :p = 0. 029 和 PIRCHE-II :p = 0. 048)。
[0138] 图8 :A !PIRCHES对总体生存率的作用；B !PIRCHES对无疾病生存率的作用；C : PIRCHES对移植相关的死亡率的作用；D !PIRCHES对急性GvHD的作用；E !PIRCHES对慢性 GvHD的作用。与参考10/10情形相比，不同的PIRCHE组的作用的多变量分析；在急性GvHD 的情况中的HRs或ORs显示具有95 %置信区间。
[0139] 图9 :A !PIRCHE-I与TRM，B的相关性：PIRCHE-II与TRM的相关性。在低的 PIRCHE-I和-II组中的患者均具有与ΙΟ/lOs相似的TRM比。具有中的或高的PIRCHE-I 和-II的患者具有与ΙΟ/lOs相比显著增加的TRM风险（表3)。与较高的PIRCHES相比，低 的PIRCHE-I和-II与显著较低的TRM关联（p = 0. 038和p = 0. 039,分别地）。
[0140] 图10 !PIRCHE-I和-II的相互作用分析，对OS的作用。呈现低数量的PIRCHE-I 和-II的患者具有可与10/10S相比的OS比。
[0141] 实施例
[0142] 通过下述实施例描述本发明。本文提供的实施例表示对本发明具体的实施方式的 实践支持。这些并不旨在限制本发明的范围。实施例应视为提供可能的和潜在地优选的实 施方式的描述，其表明一个或多个非限制性实施方式的相关技术操作。
[0143] 实施例1-错配的HSCT之后同种异体反应性的风险随着由共享-HLA分子呈递的 受体特异性HLA-肽的数量增加而增加
[0144] 实施例1的总结:
[0145] 背景：移植物抗宿主病（GVHD)是造血干细胞移植（HSCT)的主要限制因素之一。 确立的GHVD的风险因素是具有HLA错配的非亲缘供体的HSCT。一些错配好像是更容许的， 而其他的导致发展GVHD的增加风险。目前，由于这些非容许的错配的同种异体反应性的生 物基础未知。本实施例表明该方法预测非容许的错配和它们与由共享HLA呈递源自受体特 异性错配的HLA分子的肽至供体-T细胞的用途。
[0146] 方法：回顾性地，分析用9/10匹配非亲缘供体移植的48个非清髓性预处理患者。 用基于序列的分型以高分辨率水平测定HLA分型。使用经电脑方法预测由共享HLA可呈递 的受体特异性HLA肽的数量和对照组的预测的肽的中值数量选择为截取值。
[0147] 结果：预测在HLA I型上存在大于中值数量肽的患者更早和更频繁发展急性 GVHD (aGVHD)，而预测在HLA I型和II型组合上存在大于中值肽的患者比预测存在中值或 小于中值的肽的患者更早发展广泛慢性GVHD(cGVHD)。此外，预测在HLA I型上存在大于 中值数量肽的患者具有降低危险的恶性疾病的复发/进展，此外，这发展更晚。错配的HSCT 之后的同种异体反应性的发生可基于HSCT之前供体和受体的HLA分型预测。
[0148] 方法:
[0149] 研宄群体：2001 和 2011 之间，回顾性分析University Medical Centre Utrecht， Utrecht，netherlands中移植9/10匹配非亲缘供体的患者。该分析中包括的患者已经接 收非清髓性（NMA)预处理方案并且用错配在GVH方向上移植。排除非移植的患者。根据 Helsinki的声明和当地IRB指南，患者已经给予书面知情同意书允许使用他们的医学记录 用于研宄。
[0150] 疗法：用由在一天2Gy的总体身体照射，ATG(genzyme)2mg/kg/天进行四天，和氟 达拉滨30mg/m 2/天进行三天组成的NMA预处理治