疗患者。接收未处理的移植物的患者。免 疫抑制疗法由下述组成：环孢素 A 4. 5mg/kg每天两次直到120天，其然后以10%剂量减少 每周逐渐减少没有GVHD。环孢素 A结合吗替麦考酚酯15mg/kg，每天三次直到84天，并且 如果没有GVHD，逐渐减少并且在两周内停止。所有的患者接收抗生素预防，包括复方新诺明 480mg每天两次和伐昔洛韦500mg每天两次，如所报道（参考文献16a)。
[0151] HLA分型：为所有包括的患者和供体使用基于对五个基因座（HLA-A、-B、-C、-DRBl 和-DQB1)的测序的分型进行高分辨率HLA分型。解决等位基因和基因型歧义。对于一个 HSCT对的回顾性高分辨率HLA-C分型，没有可用的剩下的DNA，但是先前进行低分辨率水平 HLA-C分型。对于该供体-受体对，基于HLA-B-C关联的频率推理高分辨率HLA分型（参考 文献17a)。
[0152] HLA起源的肽测定：优选地，对于每个供体-受体对，可鉴定可呈递的受体特异性 HLA起源的肽。供体和受体的所有的HLA等位基因中，使用NetChop3. 0预测通过蛋白酶体它 们氨基酸序列的加工和经TAP通道的运输（参考文献18a，19a)。随后，使用NetMHCpan 2. 0 测试具有高概率加工的肽的它们由供体和受体之间共享的HLA I型等位基因（HLA-A和-B) 呈递的能力（参考文献20a，21a)。仅九聚体肽包括在分析中。IC50结合值彡500nM的肽 选择为相关的结合子（参考文献22a)。对于HLA II型呈递（HLA-DRBl)，用NetMHCII I. 0 预测潜在的结合子（参考文献23a，24a)，和< 1000 nM的IC50结合值认为是相关的（参考 文献25a)。根据呈递共享-HLA等位基因，预测的源自供体-HLA等位基因的结合子视为自 供体肽并且因此从分析中排除。对于每个供体-受体对，计数可呈递的受体特异性肽（源 自错配的受体-HLA等位基因和预测由共享HLA呈递）的数量。这些受体特异性肽报道为 可呈递的肽的数量。如本文鉴定的可呈递的肽通常称为预测间接可识别的HLA抗原决定部 位（PIRCHES)，其来自I型等位基因（PIRCHE-I)或II型等位基因（PIRCHE-II)。
[0153] 统计方法：评估临床结果是：aGVHD、cGVHD、恶性疾病的复发/进展，和总体死亡率 (由于任何原因的死亡）。为与这些临床终点相关性分析的因素：可呈递的肽的数量（总 计，分别HLA I型和II型）、供体淋巴细胞浸润（DLI)、错配的受体和供体之间的性别、和患 者年龄。也分析与cGVHD相关的aGVHD的发展。仅仅分析具有恶性疾病的受体的复发/进 展。死亡视为GVHD和复发的竞争性风险。DLI和来那度胺视为aGVHD的竞争性风险。报告 绝对变量的连续变量和百分数的中值和范围。
[0154] 使用Mann-Whitney U检验统计上分析根据可能的临床结果的可呈递的肽数量 的差异。对于每个临床结果，对照组（例如没有II-IV级aGVHD、广泛cGVHD、复发或死亡 率的组）的可呈递的肽的中值数量选择为截取值。患者分成两组：具有大量可呈递的肽 (大于中值）的那些和具有少量可呈递的肽（小于中值或为中值）的那些。为这些组构建 Kaplan-Meier曲线，以分析出现aGVHD和cGVHD、复发/进展和死亡率的时间差异。进行 对数秩检验以比较这些组。Cox-回归分析用于测定两组之间的HR和用于测试其他变量。 〈0. 05的P-值认为是统计上显著的。使用SPSS 17. 0(SPSS Inc，Chicago，IL，USA)软件进 行统计程序。
[0155] 结果:
[0156] 研宄群体：
[0157] 2001年8月和2011年3月之间，48名NMA-预处理的患者移植9/10匹配非亲缘供 体。大部分移植HLA I型错配（76% )。详细的研宄组特征列举在表1中。对于这些患者， 预测可呈递的源自错配的HLA的肽的数量。观察八个可呈递的肽（范围0-24)的中值。对 于HLA I型-可呈递的肽，中值是三（0-12);对于HLA II型-可呈递的肽中值是四（0-24)。
[0158] 表 1 显不研宄组特征。2001 和 2011 之间在 University Medical Centre Utrecht 中具有GVH方向上的单个错配的所有HSCT供体的受体列举在此。受体的总数是48,除非另 外指出。
【主权项】
1. 用于预测在移植之后对人白细胞抗原（HLA)的免疫应答的方法，其中，所述免疫应 答与供体和受体之间的HLA错配相关，所述方法包括： -使供体和/或供体材料与受体HLA分型以测定HLA错配；以及 -测定预测的间接识别的HLA抗原决定部位（PIRCHES)的数量，其中所述PIRCHES是来 自错配的受体-HLA等位基因的受体特异性或供体特异性的HLA起源的肽并且预测为由共 享（匹配）的HLA分子呈递， 其中，PIRCHES的数量与所述免疫应答的可能性相关。
2. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述免疫应答的可能性随着 PIRCHES的数量增加而增加。
3. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，来自错配的受体-HLA等位基因的所 述受体特异性或供体特异性的HLA起源的肽通过用于鉴定人蛋白酶体的所述肽中的切割 位点的计算机实施的方法来鉴定。
4. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，通过共享（匹配）的HLA分子呈递肽 的所述呈递通过用于预测所述肽与任何给定的HLA分子结合的计算机实施的方法来测定。
5. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述移植包括独立于其起源的干细 胞的移植。
6. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述移植包括造血干细胞移植 (HSCT)。
7. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述移植包括脐带血或脐带血细胞 移植。
8. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述移植包括肾移植。
9. 用于选择异源移植用细胞或组织制品或器官的方法，包括根据前述权利要求中任一 项所述的方法。
10. 用于选择和/或筛选具有可接受的错配的异源移植用供体材料的方法，包括根据 前述权利要求中任一项所述的方法。
11. 用于预测移植的治疗结果的方法，包括根据前述权利要求中任一项所述的方法。
12. 用于预测移植的治疗结果的方法，包括根据前述权利要求中任一项所述的方法，其 中所述治疗结果选自由患者存活率、无疾病存活率和移植相关的死亡率所组成的组。
13. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述免疫应答包括T-细胞介导的 应答。
14. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述免疫应答包括抗体介导的应 答。
15. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述免疫应答包括不想要的同种异 体反应性。
16. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述免疫应答包括需要的同种异体 反应性，由此需要的同种异体反应性可以是抗白血病的同种异体反应性。
17. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述免疫应答导致急性移植物抗宿 主病（aGVHD)或慢性移植物抗宿主病（cGVHD)。
18. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述免疫应答导致肾移植之后从新 生长供体特异性的HLA IgG抗体。
19. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述PIRCHES的长度在5至20个氨 基酸之间，优选其长度是8至15个氨基酸。
20. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述PIRCHES是九聚体（9个氨基酸 的长度）肽。
21. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述PIRCHES由共享的HLA I型 (PIRCHE I)或由共享的 HLA II 型（PIRCHE II)呈递。
22. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，PIRCHE-I肽的预测的IC50结合值 彡ΙΟμΜ，优选地彡ΙΟΟΟηΜ，更优选地彡500nM。
23. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，PIRCHE-Π 肽的预测的IC50结合值 彡20 μ M，优选地彡5 μ M，更优选地彡ΙΟΟΟηΜ。
24. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，在HLA亚型HLA-A、HLA-B、HLA-C、 HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DPB1、-DQA1、-DPA1、-G、-E、-F、MICA、MICB 和 / 或 KIR 上进行 HLA 分型。
25. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，在HLA-A、-B、-C、-DRB1和-DQBl上 进行HLA分型。
26. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，HLA分型包括血清分型和/或分子 分型。
27. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，利用基于序列的分型以高分辨率水 平进行HLA分型。
28. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，HLA分型包括对HLA I型等位基因 的外显子1-7和HLA II型等位基因的外显子1-6进行测序。
29. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，HLA分型包括对HLA I型等位基 因的外显子2和3以及HLA II型等位基因的外显子2进行高分辨率HLA-A、-B、-C、-DRBl 和-DQBl分型。
30. 用于选择和/或筛选具有可接受的错配的异源移植用供体材料的方法，包括根据 前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法在移植之前进行。
31. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，异源移植用供体材料起源于具有至 少一个等位基因匹配的供体。
32. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，异源移植用供体材料起源于具有 10/10匹配和HLA-DP错配的供体。
33. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，异源移植用供体材料起源于9/10 匹配的非亲缘供体。
34. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，当PIRCHE-I的数量< 3,优选地 < 2,更优选地< 1时，异源移植用供体材料与低风险的不想要的免疫应答相关。
35. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，当PIRCHE-Π 的数量< 4,优选地 < 3,更优选地< 2时，异源移植用供体材料与低风险的不想要的免疫应答相关。
36. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，当组合的PIRCHE-I和PIRCHE-Π 的 数量< 6,优选地< 4,更优选地< 2时，异源移植用供体材料与低风险的不想要的免疫应答 相关。
37. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，询问HLA-DQBl抗原错配。
38. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，用于预测多个HLA错配的供体中的最佳 供体。
39. 根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括：为了预测多个供体之间，例如两 个脐带血单位之间和/或匹配的供体与HLA错配的供体之间的同种异体反应性的目的，分 析和比较多个HLA错配的供体。
【专利摘要】本发明涉及预测在移植之后对人白细胞抗原(HLA)的免疫应答的方法，所述方法包括使供体和/或供体材料与受体HLA分型以测定HLA错配；以及测定预测的间接识别的HLA抗原决定部位(PIRCHES)的数量。因此本发明提供了选择和/或筛选用于异源移植的供体材料的方法，例如，用于从错配的非亲缘供体选择具有可容许的错配的供体材料。在优选的实施方式中，所述方法涉及移植前预测可在移植造血干细胞、脐带血、肾和/或其他细胞、组织或器官之后出现的不想要的同种异体反应性。
【IPC分类】G06F19-10, G01N33-68
【公开号】CN104838269
【申请号】CN201380058606
【发明人】亨德里克斯·特奥多鲁斯·施皮林斯
【申请人】Umc乌得勒支控股有限公司
【公开日】2015年8月12日
【申请日】2013年11月8日
【公告号】CA2890222A1, EP2917735A1, US20150278434, WO2014072467A1