一种用于检测血液病相关体细胞突变的装置的制作方法

文档序号:12467412阅读:197来源:国知局
本发明涉及低频突变检测领域,具体涉及一种用于检测血液病相关体细胞突变的装置及方法。
背景技术
:血液病作为非实体瘤,其基因相关研究在癌症中处于领先定位,血液病相关基因的检测也是最早进入临床应用的。近年来,由于分子生物学技术的发展,对血液病细胞分子遗传学改变的了解也不断深入。血液病相关的基因突变是体细胞突变(SNV)。迄今报道血液病涉及至少数十种融合基因。已经认识到大部分的血液病中存在着染色体结构畸变,包括缺失、重复、倒位、易位等,导致原癌基因及抑癌基因结构变异,原癌基因激活或抑癌基因失活,产生新的融合基因,编码融合蛋白。有些基因是调控细胞增殖、分化和凋亡的转录因子,当基因发生变异,直接影响了下游信号传递途径,导致细胞增殖能力增强、凋亡障碍,分化障碍等,产生血液病表型。随着血液病致病机理研究的深入和基因检测技术的发展,血液病的遗传物质改变研究经历了染色体核型分析(细胞遗传学)检测,融合基因基因检测到点突变和微小缺失重复检测。这三种不同维度的检测,逐步成为血液病诊治的依据和参考。另一方面,二代测序的主流平台一般均采用边合成边测序(SequencingBySynthesis,SBS)技术进行核酸测序。测序前,需要对核酸(DNA或RNA)样本进行测序文库的构建,基本流程如下:首先将片段化后的DNA进行片段的末端修复,之后在修复后的片段3'端加“A”碱基,然后将上述DNA片段与含有测序引物结合位点的DNA接头(Adapter)连接,最后通过PCR进行扩增,完成测序文库构建。针对于血液病的基因检测的难点在于,血液病相关的样本中并不是纯的癌细胞,还有大量的正常白细胞在其中,检测的难度就会随着癌细胞所占比例的减少而增加。如何区分真正的SNV与二代测序中发生的PCR错误、测序假阳性及比对不准确等带来的噪音是当前面临的一大难题。技术实现要素:本发明所要解决的技术问题正如前述,基于现有的平台,使用血液病相关样本进行SNV预测的难点在于将测序错误与真实的SNV进行准确的区分。因此,本发明的目的在于提供一种能够更准确地区分测序错误与真实SNV、从而更准确地检测血液病相关SNV的装置及方法。本发明人经过深入研究发现,通过收集大量的健康人样本进行平行试验,能够确定基因组每一个位置的错误率,从而更准确地区分测序错误与SNV,同时降低假阳性与假阴性。即,本发明包括:一种用于检测血液病相关体细胞突变(SNV)的装置,其包括:数据获取模块,用于获取血液病相关样本DNA的测序数据及健康人群DNA的测序数据,所述测序数据包括所述血液病相关样本DNA各位点的突变频率、以及与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率;通常,所述血液病相关样本DNA的测序数据可以来自对待测血液病相关样本DNA进行测序而获得的数据;所述健康人群DNA的测序数据可以来自已经建立的健康人群DNA数据库,或者来自对健康人群生物样本DNA进行测序(测序方法应与针对所述待测血液病相关样本DNA的测序方法相同,即平行测序)而获得的数据;突变频率统计模块,其与所述数据获取模块相连接,用于统计所述健康人群群体的所述DNA各位点中的每一个位点的突变频率分布情况,得到健康人群突变频率统计模型;对比模块,其与所述数据获取模块及所述突变频率统计模块相连接,用于将所述血液样本DNA各位点的突变频率与所述健康人群突变频率统计模型进行对比,获得对比结果;判定模块,其与所述对比模块相连接,用于判定所述血液样本DNA各位点的突变是否为真实的体细胞突变,获得判定结果;其中,当所述对比结果为无显著差异时,判定结果为非体细胞突变(包括系统错误及一部分胚系突变);当所述对比结果为有显著差异、且突变频率小于设定值时,判定结果为真实的体细胞突变;当所述对比结果为有显著差异、且突变频率大于或等于设定值时,判定结果为胚系突变;所述设定值可以根据测序的实际情况进行合理设定,例如,在测序深度在100×时,优选的设定值可以为35%;以及检测结果输出模块,其与所述判定模块相连接,用于输出所述判定模块的所述判定结果。优选地,所述数据获取模块包括血液病相关样本DNA各位点的突变频率获取模块,该模块进一步包括下述子模块:过滤子模块,其与所述数据获取模块相连接,用于对测序数据进行质检,过滤去除低质量的测序数据;比对子模块,其与所述过滤子模块相连接,用于将过滤后的测序数据与参考序列进行比对,获取测序片段在基因组中对应的位置;预处理子模块,其与所述比对子模块相连接,用于去除重复的测序片段;以及统计子模块,其与所述预处理子模块相连接,用于统计血液病相关样本DNA各位点的突变频率。优选地,所述统计子模块筛选出血液病相关样本DNA各位点中的可信度值(LOD值)大于设定值(例如100)的位点并进行突变频率统计。针对每一个样本的每一个位点i,i∈{人类基因组},待测样本的针对该位点的检测LOD的计算公式如下:公式中的各个部分又是由下列公式获得:以下面两种模式来描述数据:modelM0表示在该位点没有变异,任何的非参考位点的碱基都被认为是测序噪音;model表示在该位点有真实的m突变,并且等位基因频率为f。M0就相当于是f=0时的参考位点为r∈{A,T,C,G},而对于每条readi(i=1…d),覆盖这个位点的碱基为bi,这个碱基的错误概率为ei(此错误概率由每个碱基的质量值ei获得,)。优选地,所述数据获取模块包括与所述血液样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率获取模块,该模块进一步包括下述子模块:过滤子模块,其与所述数据获取模块相连接,用于对测序数据进行质检,过滤去除低质量的测序数据;比对子模块,其与所述过滤子模块相连接,用于将过滤后的测序数据与参考序列进行比对,获取测序片段在基因组中对应的位置;预处理子模块,其与所述比对子模块相连接,用于去除重复的测序片段;以及统计子模块,其与所述预处理子模块相连接,用于统计与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率。优选地,所述突变频率统计模块包括模型校正子模块,所述模型校正子模块用于利用得到的健康人群突变频率统计模型,对与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点进行评估而舍去明显偏离的位点,并统计余下的各位点中的每一个位点的突变频率的分布情况,得到新的健康人群突变频率统计模型。优选地,所述判定模块包括下述子模块:突变显著性判定子模块,其与所述对比模块相连接,用于判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变的显著性;以及突变类型判定子模块,其与所述突变显著性判定子模块相连接,用于判定所述血液病相关样本DNA各位点的具有显著性的突变的类型是体细胞突变还是胚系突变。优选地,所述突变显著性判定子模块判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变频率是否与健康人群突变频率统计模型中对应位点的突变频率存在显著差异(例如判据为正态分布,P<0.05),有显著差异则为真实突变,无显著差异则为假阳性突变。优选地,检测结果输出模块输出血液病相关样本DNA各位点的具有显著性的突变的位置和突变类型。优选地,所述血液病相关的样本是外周血或骨髓。这里,所述体细胞突变是指血液病相关的体细胞突变。此外,本发明还提供:一种用于利用检测血液病相关体细胞突变(SNV)的方法,其包括:数据获取步骤,获取血液病相关样本DNA的测序数据及健康人群DNA的测序数据,所述测序数据包括所述血液样本DNA各位点的突变频率、以及与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率;通常,所述血液病相关样本DNA的测序数据可以来自对待测血液病相关样本DNA进行测序而获得的数据;所述健康人群DNA的测序数据可以来自已经建立的健康人群DNA数据库,或者来自对健康人群生物样本DNA进行测序(测序方法应与针对所述待测血液病相关样本DNA的测序方法相同,即平行测序)而获得的数据;突变频率统计步骤,统计所述健康人群群体的所述DNA各位点中的每一个位点的突变频率分布情况,得到健康人群突变频率统计模型;对比步骤,将所述血液病相关样本DNA各位点的突变频率与所述健康人群突变频率统计模型进行对比,获得对比结果;判定步骤,判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变是否为真实的体细胞突变,获得判定结果;其中,当所述对比结果为无显著差异时,判定结果为非体细胞突变(包括系统错误及一部分胚系突变);当所述对比结果为有显著差异、且突变频率小于设定值时,判定结果为真实的体细胞突变;当所述对比结果为有显著差异、且突变频率大于或等于设定值时,判定结果为胚系突变;所述设定值可以根据测序的实际情况进行合理设定,例如,在测序深度在100×时,优选的设定值可以为35%;以及检测结果输出步骤,输出所述判定步骤的所述判定结果。优选地,所述数据获取步骤包括血液病相关样本DNA各位点的突变频率获取步骤,该步骤进一步包括下述子步骤:过滤子步骤,对测序数据进行质检,过滤去除低质量的测序数据;比对子步骤,将过滤后的测序数据与参考序列进行比对,获取测序片段在基因组中对应的位置;预处理子步骤,去除重复的测序片段;以及统计子步骤,统计血液病相关样本DNA各位点的突变频率。优选地,所述统计子步骤筛选出血液病相关样本DNA各位点中的可信度值(LOD值)大于设定值(例如100)的位点并进行突变频率统计。针对每一个样本的每一个位点i,i∈{人类基因组},待测样本的针对该位点的检测LOD的计算公式如下:公式中的各个部分又是由下列公式获得:以下面两种模式来描述数据:modelM0表示在该位点没有变异,任何的非参考位点的碱基都被认为是测序噪音;model表示在该位点有真实的m突变,并且等位基因频率为f。M0就相当于是f=0时的参考位点为r∈{A,T,C,G},而对于每条readi(i=1…d),覆盖这个位点的碱基为bi,这个碱基的错误概率为ei(此错误概率由每个碱基的质量值ei获得,)。优选地,所述数据获取步骤包括与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率获取步骤,该步骤进一步包括下述子步骤:过滤子步骤,对测序数据进行质检,过滤去除低质量的测序数据;比对子步骤,将过滤后的测序数据与参考序列进行比对,获取测序片段在基因组中对应的位置;预处理子步骤,去除重复的测序片段;以及统计子步骤,统计与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率。优选地,所述突变频率统计步骤包括模型校正子步骤,所述模型校正子步骤用于利用得到的健康人群突变频率统计模型,对与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点进行评估而舍去明显偏离的位点,并统计余下的各位点中的每一个位点的突变频率的分布情况,得到新的健康人群突变频率统计模型。优选地,所述判定步骤包括下述子步骤:突变显著性判定子步骤,判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变的显著性;以及突变类型判定子步骤,判定所述血液病相关样本DNA各位点的具有显著性的突变的类型是体细胞突变还是胚系突变。优选地,所述突变显著性判定子步骤判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变频率是否与健康人群突变频率统计模型中对应位点的突变频率存在显著差异(例如判据为正态分布,P<0.05),有显著差异则为真实突变,无显著差异则为假阳性突变。优选地,检测结果输出步骤输出血液病相关样本DNA各位点的具有显著性的突变的位置和突变类型。优选地,所述血液病相关的样本是外周血或骨髓。这里,所述体细胞突变是指血液病相关的体细胞突变。根据本发明,能够更准确地将系统错误与真实的SNV进行区分,不仅提高了灵敏度,而且降低了假阳性与假阴性。附图说明图1是本发明的用于检测血液病相关体细胞突变的装置的一例的示意图。发明的具体实施方式本说明书中提及的科技术语具有与本领域技术人员通常理解的含义相同的含义,如有冲突以本说明书中的定义为准。一般而言,本说明书中采用的术语具有如下含义。贝塔分布:Beta分布是一个连续分布,是描述概率p的分布,取值范围为0到1。Beta分布有α和β两个参数,其中α为成功次数加1,β为失败次数加1。亚克隆:对培养的细胞来说,从原有的克隆中,再筛选出具有某种特性的细胞进行培养,就是亚克隆。目标序列捕获测序:是将感兴趣的基因组区域定制成特异性探针与基因组DNA在序列捕获芯片(或溶液)进行杂交,将目标基因组区域的DNA片段进行富集后再利用第二代测序技术进行测序的研究策略。体细胞突变(SNV):是指除性细胞外的体细胞发生的突变。不会造成后代的遗传改变,却可以引起当代某些细胞的遗传结构发生改变。胚系突变(SNP):遗传性基因缺陷是通过卵子或精子传递的,所有的胚胎细胞都含有同样的遗传缺陷,这种缺陷存在于生殖细胞内,代代相传。正链:与RNA序列相同的那一个DNA单链;复制中,正链就是与新链序列相同的原单链,非模板链。实施例以下给出实施例,对本发明进行更具体的说明,但本发明不限于这些实施例。实施例1本发明的用于检测血液病相关体细胞突变的装置实施例1的用于检测血液病相关体细胞突变的装置具备:数据获取模块,用于获取血液病相关样本DNA的测序数据及健康人群DNA的测序数据,所述测序数据包括所述血液病相关样本DNA各位点的突变频率、以及与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率;通常,所述血液病相关样本DNA的测序数据来自对待测血液病相关样本DNA进行测序而获得的数据,所述健康人群DNA的测序数据来自已经建立的健康人群DNA数据库;突变频率统计模块,其与所述数据获取模块相连接,用于统计所述健康人群群体的所述DNA各位点中的每一个位点的突变频率分布情况,得到健康人群突变频率统计模型;对比模块,其与所述数据获取模块及所述突变频率统计模块相连接,用于将所述血液病相关样本DNA各位点的突变频率与所述健康人群突变频率统计模型进行对比,获得对比结果;判定模块,其与所述对比模块相连接,用于判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变是否为真实的体细胞突变,获得判定结果;其中,当所述对比结果为有显著差异、且突变频率小于设定值时,判定结果为真实的体细胞突变;以及检测结果输出模块,其与所述判定模块相连接,用于输出所述判定模块的所述判定结果。所述数据获取模块包括血液病相关样本DNA各位点的突变频率获取模块,该模块进一步包括下述子模块:过滤子模块,其与所述数据获取模块相连接,用于对测序数据进行质检,过滤去除低质量的测序数据(小于Q30),得到cleanfastqdata;比对子模块,其与所述过滤子模块相连接,用于将过滤后的测序数据与参考序列进行比对,获取测序片段(reads)在基因组中对应的位置;具体而言,用BWA软件对cleanfastqdata进行比对得到sam格式文件,用samtools将sam格式文件转为bam格式(其中包含reads在基因组中对应的位置的信息),节省内存空间;预处理子模块,其与所述比对子模块相连接,用于去除重复的测序片段;具体而言,预处理模块处理所述bam文件,去除重复的reads,得到uniquebam文件;统计子模块,其与所述预处理子模块相连接,用于统计血液样本DNA各位点的突变频率;具体而言,所述统计子模块针对每一个样本的每一个位点i,i∈{人类基因组},待测样本的针对该位点的检测LOD的计算公式如下:公式中的各个部分又是由下列公式获得:以下面两种模式来描述数据:modelM0表示在该位点没有变异,任何的非参考位点的碱基都被认为是测序噪音;model表示在该位点有真实的m突变,并且等位基因频率为f。M0就相当于是f=0时的参考位点为r∈{A,T,C,G},而对于每条readi(i=1…d)覆盖这个位点的碱基为bi,这个碱基的错误概率为ei(此错误概率由每个碱基的质量值ei获得,)。最终,筛选LOD>100的位点,获取突变频率。所述数据获取模块还包括与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率获取模块,该模块与所述血液样本DNA各位点的突变频率获取模块的区别在于:其统计子模块不筛选LOD值大于设定值的位点,而是获取所有与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点的突变频率。所述突变频率统计模块用于统计所述健康人群群体的所述DNA各位点中的每一个位点的突变频率的分布情况,得到健康人群突变频率统计模型。该突变频率统计模块包括模型校正子模块,所述模型校正子模块用于利用得到的健康人群突变频率统计模型,对与所述血液病相关样本DNA各位点对应的健康人群中的每个个体的DNA各位点进行评估而舍去明显偏离(正态分布,P>0.05)的位点,并统计余下的各位点中的每一个位点的突变频率的情况,直至没有明显偏离的点,得到新的健康人群突变频率统计模型。所述判定模块包括下述子模块:突变显著性判定子模块,其与所述对比模块相连接,用于判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变的显著性;以及突变类型判定子模块,其与所述突变显著性判定子模块相连接,用于判定所述血液病相关样本DNA各位点的具有显著性的突变的类型是体细胞突变还是胚系突变。所述突变显著性判定子模块判定所述血液病相关样本DNA各位点的突变频率是否与健康人群突变频率统计模型中对应位点的突变频率存在显著差异,例如判据为正态分布、P<0.05,有显著差异则为真实突变,无显著差异则为假阳性突变。对于有显著差异的真实突变,当突变频率小于35%时,判定为真实的体细胞突变;当突变频率大于或等于35%时,判定为胚系突变。检测结果输出模块输出的信息包括:真实突变位置(例如12号染色体上1444444绝对位置,参考基因组为HG19)、突变类型(例如体细胞突变)及突变碱基(例如A->T,R172K),突变频率(如12.34%),突变基因(如EGFR),详情(例如包括基因,转录本,外显子,碱基突变情况,氨基酸突变情况等)。实施例2对一例血液病患者的血液样本进行体细胞突变检测。1.1血液样本DNA提取使用过膜法提取血液样本基因组DNA,具体步骤参照天根公司血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒操作手册1.2末端修复(EndRepair)(1)预先从-20℃保存的试剂盒中取出所需试剂,单个样本配制量参见表1。表1(2)末端修复反应:加入DNA样本后将1.5mL离心管置于Thermomixer中20℃温浴30分钟。反应结束后使用1.8×核酸纯化磁珠回收纯化反应体系中的DNA,溶于32μLEB。1.3末端加“A”(A-Tailing)(1)预先从-20℃保存的试剂盒中取出所需试剂,单个样本配制量参见表2:表2(2)末端加“A”反应:加入32μL上一步纯化回收的DNA后将1.5mL离心管置于Thermomixer中37℃温浴30分钟。使用1.8×核酸纯化磁珠回收纯化反应体系中的DNA,溶于18μLEB中。1.4接头的连接(AdapterLigation)(1)预先从-20℃保存的试剂盒中取出所需试剂,单个样本配制量参见表3:表3(2)接头的连接反应:加入18μL上一步纯化回收的DNA后将样本管置于Thermomixer中20℃温浴15分钟。使用1.8×核酸纯化磁珠回收纯化反应体系中的DNA,溶于30μL的EB中。1.5PCR反应(1)从-20℃保存的试剂盒中取出所需试剂,2mL的PCR管中配制PCR反应体系:表4(2)设定PCR程序,PCR反应的程序设定如下:反应结束及时将样品取出放入4℃冰箱保存并按要求退出或关闭仪器。(3)用0.9×核酸纯化磁珠回收纯化反应体系中的DNA,纯化后的文库溶于20μL的ddH2O中。对文库进行Qubit检测,将文库送检安捷伦2100。1.6血液病目标区域捕获芯片文库杂交(1)本实验中,用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液、以及用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的清洗液、漂洗液均可从商业途径获得。(2)准备杂交文库:将待杂交的DNA文库在冰上融化,取总质量1μg(在后续操作步骤中将此DNA文库称为样本文库)。(3)制备Ann引物Pool:将样本文库Index对应的标签引物In1(100μM)及公共引物(1000μM)各取1000pmol混合,(在后续操作步骤中将此混合物称为Ann引物pool)。(4)杂交样本的制备:向1.5mLEP管中加入5μLCOTDNA(HumanCot-1DNA,Lifetechnologies,1mg/mL)、1μg样本文库、Ann引物pool。用封口膜密封制备好的杂交样本EP管,将盛有样本文库pool/COTDNA/Ann引物pool的EP管置于真空装置中直到完全干燥。(5)杂交样本的溶液:向样本文库pool/COTDNA/Ann引物pool的干粉中加入:7.5μL2×杂交缓冲液3μL杂交组分A(6)充分混匀后将上述混合物置于预先准备好的95℃加热模块上变性10分钟。(7)将上述混合物转移至含有4.5μL捕获芯片的0.2mL平盖PCR管中。充分涡旋震荡3秒,将杂交样品混合物置于47℃加热模块上16小时。加热模块的热盖温度需设定为57℃,杂交后产物需进行后续洗脱回收操作。(8)将10×清洗液(Ⅰ,Ⅱ与Ⅲ)、10×漂洗液和2.5×磁珠清洗液配置成1×工作液。表5(9)将下列试剂在47℃加热模块中预热:400μL1×漂洗液100μL1×清洗液I1.7制备亲和吸附磁珠(1)将链霉亲和素磁珠(DynabeadsM-280Streptavidin,以下简称磁珠)在室温下平衡30分钟后,将磁珠充分涡旋混匀15秒。(2)向1.5mL离心管中分装100μL磁珠,将盛有100μL磁珠的离心管置于磁力架上,约5分钟后小心吸弃上清,加两倍于磁珠初始体积的1×磁珠清洗液,涡旋混匀10秒。将盛有磁珠的离心管放回磁力架,吸附磁珠。待溶液澄清,吸弃上清。重复次步骤,共洗涤两次。(3)洗涤完毕后吸弃磁珠清洗液,用磁珠初始体积的1×磁珠清洗液涡旋重悬磁珠转入0.2mL的PCR管中。将PCR管置于磁力架上吸附磁珠澄清后吸弃上清。1.8DNA与亲和吸附磁珠的结合及漂洗(1)将杂交的样本文库转入盛有亲和吸附磁珠的0.2mLPCR管中,涡旋振荡混匀。(2)将0.2mLPCR管置于47℃加热模块45分钟,每隔15分钟涡旋混匀一次,使DNA与磁珠结合。(3)45分钟孵育后,向15μL捕获的DNA样本中加入47℃预热的1×清洗液I100μL。涡旋混匀10秒。将0.2mLPCR管中的全部组分转入1.5mL离心管中。将1.5mL离心管置于磁力架上吸附磁珠,弃上清。(4)将1.5mL离心管从磁力架上取下,加入200μL预热47℃的1×漂洗液。吸打混匀10次(需迅速操作,防止试剂、样品温度低于47℃)。混匀后样本置于47℃加热模块上5分钟。重复此步骤,用47℃的1×漂洗液共洗涤两次。将1.5mL的离心管置于磁力架上,吸附磁珠,弃上清。(5)向上述1.5mL离心管中加入200μL室温的1×清洗液I,涡旋混匀2分钟。将离心管置于磁力架上,吸附磁珠,弃上清。向上述1.5mL离心管中加入200μL室温的1×清洗液Ⅱ,涡旋混匀1分钟。将离心管置于磁力架上,吸附磁珠,弃上清。向上述1.5mL离心管中加入200μL室温的1×清洗液Ⅲ,涡旋混匀30秒。将离心管置于磁力架上,吸附磁珠,弃上清。(6)1.5mL离心管从磁力架上取下,加入45μLPCR水,溶解洗脱磁珠捕获样本。1.9捕获DNA的PCR扩增(1)按下表制备捕获后PCRmix,制备好后涡旋震荡混匀。富集引物F和富集引物R均购自英潍捷基公司。(2)磁珠吸附DNAPCR的扩增程序设定如下:(3)杂交捕获DNAPCR产物的回收纯化:用核酸纯化磁珠回收纯化反应体系中的DNA,磁珠使用量为0.9×,纯化后的文库溶于30μL的ddH2O中。1.10文库定量对文库进行2100BioAnalyzer(Agilent)/LabChipGX(Caliper)及QPCR检测,记录文库浓度。1.11文库上机测序构建好的文库采用NextSeq550AR进行测序(PE75)。1.12数据处理及分析将获得的测序数据输入实施例1的装置,检测体细胞突变。检测结果如下表所示。突变基因详情突变频率KITN822K,c.2466T>A20.9%1.13结果验证采用一代测序方法对同一患者骨髓样本是否发生上述位点的体细胞突变进行验证,检测结果表明,KIT基因发生N822K,c.2466T>A的突变,缺失频率约20%,验证结果与1.12检测结果一致。本发明的检测装置能够成功检出血液样本中血液病相关的体细胞突变。实施例3对一例慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者的骨髓样本进行体细胞突变检测。使用过膜法提取骨髓样本基因组DNA,具体步骤参照天根公司血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒操作手册。检测结果如下表所示。突变基因详情突变频率TP53S46fs,c.137_144del54%采用一代测序方法对同一患者剩余骨髓样本是否发生上述位点的体细胞突变进行验证,检测结果表明TP53基因发生S46fs,c.137_144del的缺失,缺失频率约50%,验证结果与上表的检测结果一致。本发明的检测装置能够成功检出骨髓样本中血液病相关的体细胞突变。工业实用性根据本发明,提供了一种能够更准确地区分测序错误与真实SNV、从而更准确地利用血液样本检测SNV的装置及方法。当前第1页1 2 3 
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