18个短串联重复序列的复合扩增试剂盒的制作方法
【专利摘要】本发明18个短串联重复序列的复合扩增试剂盒涉及一种同时分析多个STR基因座的复合扩增系统，其特征在于：复合扩增18个基因座：Amelogenin、D6S477、GATA198B05、D15S659、D8S1332、D3S3045、D17S1290、D14S608、D2S441、D18S535、D13S325、D10S1435、D11S2368、D1S1656、D7S3048、D10S1248、D19S253和D3S1358。本发明还涉及同时分析DNA样品的方法和试剂盒，以及它们的用途。
【专利说明】18个短串联重复序列的复合扩增试剂盒
【技术领域】:
[0001]本发明涉及生物【技术领域】。进一步，本发明涉及检测人类基因组中具有多态性的遗传标记基因。本发明特别涉及用聚合酶链式反应在一个扩增体系中同时扩增多个短串联
重复基因座。
【背景技术】:
[0002]短串联重复序列(简称STR)也称为微卫星或简单序列重复(SSR)，是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA串联重复序列，核心序列为2-6个碱基重复单位。STR基因座数量大，分部广泛，约占整个基因组的3% (International Human Genome SequencingConsortium, 2001)，而且多态性高，其多态性主要源自核心序列重复次数在个体间的差异，并且这种差异在遗传过程中遵循孟德尔遗传规律。因此，STR扩增检测技术被广泛用于个体识别、亲缘鉴定和群体遗传学研究。
[0003]目前STR复合扩增技术为法医个体识别和亲子鉴定的主要技术手段，在世界各地的 DNA 实验室得到广泛应用(《Forensic DNA Typing)) second edition, John Butler)。在案件分析中得到广泛应用，为案件侦破提供有力证据。随着发展，很多国家利用这一技术建立犯罪分子及嫌疑人的DNA数据库，也就是对在押犯人和犯罪嫌疑人的DNA数据分析并录入到数据库中，便于进行比对和排查等工作。
[0004]亲权鉴定是荧光STR分型试剂盒在司法系统的重要应用方向之一，目前国内外市场上主流荧光STR分型试剂盒均以13个CODIS基因座位点为核心，并在此基础上添加数个基因座使基因座总数达到15-23个。试剂盒之间为了避免彼此不兼容而所选添加基因座基本相同，这就导致了即使选用不同厂家的试剂盒，也只能获得至多23个基因座的信息。而23个基因座信息还不足以处理在亲权鉴定上经常出现的一些问题。
[0005]国际上亲权鉴定的判断尚未见有统一标准。为了使我国从事亲权关系鉴定的实验室有一个比较科学又便于实际操作的处理策略和标准，我国法医物证学界权威专家们参照ISFG(国际法庭遗传学会)英语工作组的推荐意见，结合我国具体国情，制订出使用STR分型技术作亲权鉴定时采用的一套鉴定策略和判断标准。
[0006]在进行三联体鉴定中，标准规定:(I)亲权鉴定分析技术体系的系统效能达到累计非父排除率(cumulative probability of exclusion, CPE) > 0.9999 ; (2) STR分型结果符合下述条件者，可以描述为肯定(或支持)亲生关系:①起码检测15个STR基因座(单个基因座的PE值≥0.5714，下同)，争议父与孩子之间没有发现不符合孟德尔遗传规律的基因座(以下简称矛盾基因座)；或检测19个STR基因座，只发现I个矛盾基因座；或检测28个STR基因座，只发现2个矛盾基因座；或检测35个STR基因座，只发现3个矛盾基因座；②累计PI值≥10000 (亲权概率W≥0.9999，假定前概率=0.5)。(3) STR分型结果符合下述条件者，可做出否定亲生关系的结论:出现4个或更多矛盾STR基因座；累计PI值< 1/1000。
[0007]在单亲案的鉴定中，标准规定:(1)亲权鉴定分析技术体系的系统效能达到累计非父排除率(CPEm) > 0.9999。(2) STR分型结果符合下述条件者，可以做出不排除(或支持)亲生关系的结论:①最少检测18个STR基因座(单个基因座的PEm值≥0.411，下同)，无矛盾基因座出现；或检测29个STR基因座，只出现1个矛盾基因座；或检测41个STR基因座，只出现2个矛盾基因座；②累计PI值≥ 10000 (亲权概率W ≥ 0.9999，假定前概率=
0.5)。(3) STR分型结果符合下述条件者，可以做出否定亲生关系的结论:①出现3个或更多矛盾STR基因座；②累计PI值< 1/1000。
[0008]鉴于此种情况，在亲权鉴定领域需要一款不同于市场主流CODIS位点的试剂盒。当与主流试剂盒配合使用时可以极大的提高基因座检测数量，进一步提高个体识别率，用以满足多数出现等位基因突变情况下的检测要求。
[0009]表1:各主流生产商试剂盒的基因座位信息
[0010]
【权利要求】
1.一种同时分析多个STR基因座的复合扩增系统，其特征在于:复合扩增18个基因座:Amelogenin, D6S477、GATA198B05、D15S659、D8S1332、D3S3045、D17S1290、D14S608、D2S441、D18S535、D13S325、D10S1435、D11S2368、D1S1656、D7S3048、D10S1248、D19S253 和D3S1358。
2.根据权利要求1所述的复合扩增系统，其中所述的基因座分为下述组合:第一组为 D6S477、GATA198B05、D15S659、和 D8S1332 ;第二组为 Amelogenin, D3S1358、D3S3045、D17S1290 和 D14S608 ;第三组为 D2S44UD18S535,D13S325,D10S1435 和 D11S2368 ;第四组为 D1S1656、D7S3048、D10S1248 和 D19S253，其中，扩增的引物第一组为 SEQ IDNO:5_12 ?’第二组为 SEQ ID NO:1-4,13-18 ;第三组为 SEQ ID NO: 19-28 ;第四组为 SEQ IDNO:29_36。
3.根据权利要求2所述的复合扩增系统，其中在一个复合扩增反应体系中同时扩增18个基因座。
4.根据权利要求2所述的复合扩增系统，其中基因座被位于该基因座两侧的一对引物扩增，其中每对引物中有一个引物的5’端进行荧光素标记。
5.根据权利要求1所述的复合扩增系统，其中复合扩增多个STR基因座是利用聚合酶链式反应进行的。
6.根据权利要求2所述的复合扩增系统，其中该系统包含引物混合物。
7.—种同时分析DNA样品的方法,其特征在于应用权利要求1-6之一所述的复合扩增系统检测DNA。
8.根据权利要求7所述的方法，其中DNA样品来自血液、血斑、精液、精斑、骨骼、毛发、唾液、唾液斑、汗液和羊水中的一种或多种。
9.SEQ ID NO:1-36所示的用于复合扩增体系的引物序列或者所述引物序列的混合物。
10.一种用于同时分析多个STR基因座的试剂盒，为18个短串联重复序列的复合扩增试剂盒，所述基因座为 Amelogenin、D6S477、GATA198B05、D15S659、D8S1332、D3S3045、D17S1290、D14S60 8、D2S441、D18S535、D13S325、D10S1435、D11S2368、D1S1656、D7S3048、D10S1248、D19S253 和 D3S1358，该试剂盒包含 SEQ ID NO: 1_36 所示的引物。
【文档编号】C12Q1/68GK103789413SQ201410003973
【公开日】2014年5月14日 申请日期:2014年1月6日 优先权日:2014年1月6日
【发明者】张威, 张琰 申请人:基点认知技术(北京)有限公司