包含具有减小的免疫原性的经修饰的噬菌体g3p氨基酸序列的多肽的制作方法_2

文档序号:9712681阅读:来源:国知局
氨基酸1 -217的变体或SEQ ID NO: 7的氨基酸1 -217的变体的多肽仅具有3个氨基酸取代,其 中所述取代选自表5中所示的任何特定的三氨基酸取代。
[0042] 表5.SEQIDN0:1的氨基酸1-215、SEQIDN0:3的氨基酸1-217或SEQIDN0:7的 氨基酸1 -217中的特定的去免疫化的三氨基酸取代:
[0045]在另一个实施方案中,本发明提供了包含g3p变体的多肽,其中1至9个取代之一是 选自 V215A、V215S、V215G 或 V215T、V215C、V215D、V215E、V215F、V215H、V215K、V215N、V215P、 V215Q或V215R的表位4中的取代。在另一个实施方案中,本发明提供了包含SEQ ID NO: 1的 氨基酸1-217的变体的多肽,其中1至9个取代之一是选自V215A、V215S、V215G、V215T、 V215C、V2lro、V215E、V215F、V215H、V215K、V215N、V215P、V215Q或V215R的表位4中的取代。 通过测试N1-N2序列的重叠潜在的T细胞表位肽部分,本申请人已确定SEQ ID NO: 1中的 V215是跨越SEQ ID的氨基酸215-223(N2的末端至富含甘氨酸的接头的一部分)的潜在T细 胞表位(图1中的表位4)的部分。表位4(参见SEQ ID勵:3)中的¥215六和622(^取代不影响多 肽结合淀粉样蛋白的能力,但随后的分析表明,当与表位1、2和3的每一个中的表1和表2中 指定的某些变化组合时,这些取代的一个或两个降低所得多肽解聚淀粉样蛋白的能力。相 较于SEQ ID NO: 1的表位4中单个V215G取代(参见SEQ ID NO:7)不影响多肽结合或解聚淀 粉样蛋白的能力。通过软件和数据库分析来预测这些表位4取代的每一个,以消除T细胞表 位。类似地预测上文中所示的V215的每一个另外的取代以消除T细胞表位,同时对淀粉样蛋 白结合几乎没有或没有影响。
[0046]在更具体方面,包含SEQ ID NO: 1的氨基酸1-217的变体的多肽具有上文中所示的 V215取代之一以及表1或表2中所示的1至8个氨基酸取代。在甚至更具体的实话方案中,所 述1-8个氨基酸取代选自表1中所示的那些取代。在甚至更具体方面,所述多肽具有上文中 所示的任一个V215取代,并且一个另外的单氨基酸取代选自表3中所示的那些取代。在更具 体方面,包含SEQ ID NO: 1的氨基酸1-217的变体的多肽具有上文中所示的任一个V215取代 和2-8个另外的氨基酸取代,其中另外的取代存在于表位1、2和3的至少两个中,并且其中所 述取代选自表1或表2中所示的那些取代。在甚至更具体的实施方案中,表位1、2和3的至少 两个中的所述至少一个取代选自表1中所示的取代。在甚至更具体的实施方案中,所述多肽 具有上文中所示的V215取代之一,和表4中所示的特定的二氨基酸取代之一。
[0047]在更具体方面,包含SEQ ID NO: 1的氨基酸1-217的变体的多肽具有上文中所示的 任一个V215取代,和选自表1或表2中所示的那些取代的3-8个另外的氨基酸取代,其中表位 1、2和3的每一个包含所述另外的取代之一。在甚至更具体的实施方案中,表位1、2和3的每 一个中的取代选自表1中所示的那些取代。在更具体的实施方案中,所述多肽具有上文中所 示的V215取代之一,和表5中所示的特定的三氨基酸取代之一。在甚至更具体的实施方案 中,所述多肽具有V215G取代和选自以下取代的三氨基酸取代:T56H、M135K和D178N;T56K、 M135K和D178N;T56K、M135T和D178N;T56H、M135K和W181R;T56H、M135T和W181R;Y54K、M135T 和K174R;Y54R、M135K和K174R;Y54R、M135T和K174R;T56H、M135K和K174R;以及T56H、M135T 和K174R。
[0048]在另一个实施方案中,本发明的多肽是基本上由通过肽接头与变体g3p氨基酸序 列的C末端融合或直接与变体g3p氨基酸序列的C末端融合的人或人源化免疫球蛋白Fc多肽 序列组成的融合蛋白。如本文中所用,术语"肽接头"是指一系列不会干扰多肽的功能的连 续氨基酸。如上文中所示,在SEQ ID NO: 1-3和7中,氨基酸218-256代表通常存在于M13g3p 蛋白中的富含甘氨酸的接头。可使用该接头或从而可在本发明的多肽中取代不同的接头。 或者,可将Fc多肽序列直接连接于编码N2的最后一个氨基酸(例如,SEQ ID NO 1-3的氨基 酸217)。接头序列和/或其不存在的选择可由本领域技术人员考虑可用于本发明的多肽的 重组表达的载体以及此类接头可能赋予所述多肽的任何二级或三级结构来进行。在本实施 方案的一个方面,所述Fc多肽是人IgG的Fc部分。在更具体的方面,所述多肽是其中具有选 自表1、表2、或下文中的表6或表7中所示的氨基酸取代的组的1至9个氨基酸残基取代的SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:7的变体:
[0049] 表6.针对SEQ ID NO: 1的氨基酸215-223的去免疫化氨基酸取代。
[0051 ] 表7.针对SEQ ID NO: 1或SEQ ID N0:2的氨基酸215-223的替代性和另外的去免疫 化氨基酸取代。
[0053] *V215A和G220E已在SEQ ID N0:3中被取代,以便SEQ ID N0:3的变体在这些氨基 酸残基上可不含其它取代。
[0054] #V215G取代已存在于SEQ ID N0:7中,以便SEQ ID N0:7的变体在这些氨基酸残 基上可不含其它取代。
[0055]在甚至更具体方面,所述多肽是具有2-9个氨基酸取代的SEQ ID NO: 1或SEQ ID N0:2的变体,其中所述取代之一是表6和表7中所示的取代;并且所这取代的至少一个是表1 和表2中所示的取代。在更具体的方面,所述多肽是SEQ ID NO: 1或SEQ ID N0:2的变体,并 且具有2-9个氨基酸取代;表6中所示的取代的至少一个;和表1中所示的取代的至少一个。 在另一个更具体方面,所述多肽是SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO:2的变体并且具有3-9个氨基 酸取代,其中所述取代的至少一个选自表6和表7中所示的取代,并且其中表位1、2和3的至 少两个含有选自表1和表2中所示的取代的至少一个取代。在更具体的方面,所述多肽是SEQ ID NO: 1或SEQ ID N0:2的变体并且具有表6中所示的取代的至少一个和选自表1中所示的 取代的表位1、2和3的至少两个中的至少一个取代。在另一个更具体的方面,所述多肽是SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 2的变体并且具有4-9个氨基酸取代;表6和表7中所示的取代的至少 一个;以及选自表1和表2中所示的取代的表位1、2和3的每一个中的至少一个取代。在更具 体的方面,所述多肽是SEQ ID NO: 1或SEQ ID N0:2的变体,并且具有表6中所示的取代的至 少一个和选自表1中所示的那些取代的表位1、2和3的每一个中的至少一个取代。在另一个 更具体的方面中,所述多肽是SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO:2的变体,并且具有表6中所示的取 代的至少一个;和至少一个表3、表4或表5中分别所示的特定取代单氨基酸取代、二氨基酸 取代或三氨基酸取代。在本实施方案的另一个更具体的方面中,所述多肽是SEQ ID NO: 1或 SEQ ID NO: 2的变体,并且仅具有表6中所示的氨基酸取代之一和选自分别在表3、表4或表5 中所示的特定的单氨基酸取代、二氨基酸取代或三氨基酸取代的仅1个、2个或3个另外的氨 基酸取代。
[0056] 在可替代实施方案中,所述多肽是SEQ ID N0:3或SEQ ID N0:7的变体,并且具有 选自表1和表2中所示的氨基酸取代的组的1至9个氨基酸取代。在更具体的方面,至少一个 取代示于表1中。在另一个更具体的方面,所述多肽是SEQ ID NO: 3或SEQ ID NO: 7的变体, 并且具有2-9个氨基酸取代和选自表1和2中所示的任何取代的表位1、2和3的至少两个中的 至少一个取代。在更具体的方面中,表位1、2和3的至少2个中的至少一个取代选自表1中所 示的那些取代。在另一个更具体的方面,所述多肽是SEQ ID NO: 3或SEQ ID NO: 7的变体并 且具有3-9个氨基酸取代,其中至少一个取代存在于表位1、2和3中的每一个中,并且选自表 1和表2中所示的任何取代。在更具体的方面,表位1、2和3的每一个中的所述至少一个取代 选自表1中所示的那些取代。在甚至更具体的实施方案中,所述多肽是SEQ ID NO: 3或SEQ ID NO: 7的变体并且具有选自分别在表3、表4或表5中所示的特定的单氨基酸取代、二氨基 酸取代或三氨基酸取代的仅1个、2个或3个氨基酸取代。
[0057] 在另一个实施方案中,本发明的多肽是仅具有选自表4中所示的任何特定的二氨 基酸取代的2个氨基酸取代的SEQ ID NO: 3或SEQ ID NO: 7的变体。在另一个实施方案中,本 发明的多肽是仅具有选自表5中所示的任何特定的三氨基酸取代的3个氨基酸取代的SEQ ID N0:3或SEQ ID N0:7的变体。在更具体的实施方案中,本发明的多肽是仅具有选自表5中 所示的任何特定的三氨基酸取代的3个氨基酸取代的SEQ ID NO:7的变体。在另一个更具体 的实施方案中,本发明的多肽是仅具有选自任何以下组的特定的三氨基酸取代的3个氨基 酸取代的SEQ ID 腸:7的变体456!1、]\11351(和01781了561(、]\11351(和01781了561(、]\11351'和 D178N;T56H、M135I^PW181R;T56H、M135I^PW181R;Y54K、M135I^PK174R ;Y54R、M135I^P K174R;Y54R、M135T和K174R;T56H、M135K和K174R;和T56H、M135T和K174R。
[0058] 核酸分子、序列、载体和宿主细胞
[0059]在其它实施方案中,本发明提供了包含编码任何包含上述g3p变体的多肽或融合 蛋白的核酸序列的分离的核酸分子。在该实施方案的一个方面,所述分离的核酸分子包含 被1-9个密码子取代修饰的SEQ ID NO:4的核苷酸64-714的变体,其中每一个密码子取代对 应于选自表1和表2中所示的取代和以下V215氨基酸取代的任一个的氨基酸取代:V215A、 V215S、V215G或V215T、V215C、V215D、V215E、V215F、V215H、V215K、V215N、V215P、V215Q和 V215R。在这些实施方案的甚至更具体的方面,所述变体核酸序列通过被选择来编码上文中 所示的V215氨基酸取代的任一个的一个密码子取代和1至8个另外的密码子取代来修饰,其 中所述另外的密码子取代的每一个被选择来编码表1中所示的氨基酸取代。在这些实施方 案的更具体的方面,所述变体核酸序列通过被选择来编码上文中所示的V215氨基酸取代的 任一个的一个密码子取代和2至8个另外的密码子取代来修饰,其中每一个另外的密码子取 代编码表1中所示的氨基酸取代,并且密码子取代存在于表位1、2和3的至少两个的每一个 中。在更具体的实施方案中,所述变体核酸序列通过被选择来编码上文中所示的V215氨基 酸取代的任一个的一个密码子取代和3至8个另外的密码子取代来修饰,其中每一个另外的 密码子取代编码表1中所示的氨基酸取代,并且密码子取代存在于表位1、2和3的每一个中。 在更具体的实施方案中,所述变体核酸序列通过被选择来编码V215A氨基酸取代的一个密 码子取代和被选择来编码表3中所示的单氨基酸取代之一的一个另外的密码子取代来修 饰。在更具体的实施方案中,所述变体核酸序列通过被选择来编码V215G氨基酸取代之一密 码子取代和被选择来编码表3中所示的单氨基酸取代之一的一个另外的密码子取代来修 饰。在另一个具体的实施方案中,所述变体核酸序列通过被选择来编码上文中所示的V215A 氨基酸取代之一密码子取代和被选择来编码表4中所示的特定的二氨基酸取代之一的2个 另外的密码子取代来修饰。在另一个具体的实施方案中,所述变体核酸序列通过被选择来 编码上文中所示的V215G氨基酸取代之一密码子取代和被选择来编码表4中所示的特定的 二氨基酸取代之一的2个另外的密码子取代来修饰。在另一个具体的实施方案中,所述变体 核酸序列通过被选择来编码上文中所示的V215氨基酸取代之一密码子取代和被选择来编 码表5中所示的特定的三氨基酸取代之一的3个另外的密码子取代来修饰。在另一个具体的 实施方案中,所述变体核酸序列通过被选择来编码上文中所示的V215G氨基酸取代之一密 码子取代和被选择来编码表5中所示的特定的三氨基酸取代之一的3个另外的密码子取代 来修饰。
[0060] 在其它实施方案中,所述分离的核酸分子包含SEQ ID N0:4的核苷酸64-1530或 SEQ ID NO:5的核苷酸64-1524的变体,其中所述序列通过1-9个密码子取代来修饰,其中每 一个密码子取代对应于选自表1、表2中所示的取代的氨基酸取代和以下V215氨基酸取代的 任一个:V215S、V215G 或 V215T、V215C、V215D、V215E、V215F、V215H、V215K、V215N、V215P、 V215Q和V215R。在更具体的实施方案中,每一个密码子取代对应于选自表1中所示的取代的 氨基酸取代和上文中所示的V215取代的任一个。在更具体的实施方案中,所述变体核酸序 列通过被选择来编码上文中所示的V215氨基酸取代的任一个的一个密码子取代和1-8个另 外的密码子取代来修饰,其中所述另外的密码子取代的每一个对应于选自表1中所示的取 代的氨基酸取代。在更具体的实施方案中,所述变体具有对应于表3中所示的特定的单氨基 酸取代之一的一个另外的密码子取代。在更具体的实施方案中,SEQ ID N0:4的核苷酸64-1530或SEQ ID NO:5的核苷酸64-1524的变体具有修饰,所述修饰由被选择来编码上文中所 示的V215氨基酸取代的任一个的一个密码子取代和2-8个另外的密码子取代组成,其中每 一个另外的密码子取代对应于表1中所示的氨基酸取代,并且密码子取代存在于表位1、2和 3的至少两个的每一个中。在更具体的方面,所述变体具有对应于表4中所示的特定的二氨 基酸取代之一的2个另外的密码子取代。在更具体的实施方案中,SEQ ID N0:4的核苷酸64-1530或SEQ ID NO:5的核苷酸64-1524的任一个的变体具有由被选择来编码上文中所示的 V215氨基酸取代的任一个的一个密码子取代和3-8个另外的密码子取代组成的修饰,其中 每一个另外的密码子取代对应表1中所示的氨基酸取代,并且密码子取代存在于表位1、2和 3的每一个中。在更具体的方面,所述变体具有对应于表5中所示的特定的三氨基酸取代之 一的3个另外的密码子取代。
[0061] 在其它实施方案中,所述分离的核酸分子包含SEQ ID N0:6的核苷酸64-1524或 SEQ ID N0:8的核苷酸64-1524的变体,其中所述变体核酸序列通过1-9个密码子取代来修 饰,其中每一个密码子取代对应于选自表1或表2中所示的取代的氨基酸取代。在更具体的 实施方案中,每一个密码子取代对应于选自表1中所示的取代的氨基酸取代。在甚至更具体 的实施方案中,所述变体具有对应于表3中所示的特定的单氨基酸取代之一的一个密码子 取代。在更具体的实施方案中,SEQ ID N0:6的核苷酸64-1524或SEQ ID N0:8的核苷酸64-1524的变体通过2-8个密码子取代来修饰,其中每一个密码子取代对应于表1中所示的氨基 酸取代,并且密码子取代存在于表位1、2和3的至少2个的每一个中。在更具体的方面,所述 变体具有对应于表4中所示的特定的二氨基酸取代之一的2个另外的密码子取代。在更具体 的实施方案中,SEQ ID N0:6的核苷酸64-1524或SEQ ID N0:8的核苷酸64-1524的变体通过 3-8个密码子取代来修饰,其中每一个密码子取代对应于表1中所示的氨基酸取代,并且密 码子取代存在于
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