基于高通量测序的基因诊断试剂盒的制作方法

文档序号:14681497发布日期:2018-06-12 22:19阅读:275来源:国知局
本实用新型涉及高通量测序领域,涉及一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,尤其涉及一种基于高通量测序的常染色体显性多囊肾病基因诊断试剂盒。
背景技术
:常染色体显性多囊肾病(ADPKD,Autosomaldominantpolycystickidneydisease,OMIM:173900;613095),又称为成人型多囊肾病,是一种最常见的遗传性肾病,患者主要表现为双肾多发性、进行性囊泡化,导致肾脏结构和功能损害,部分还并发肝囊肿、高血压、颅内动脉瘤、心瓣膜畸形。ADPKD人群发病率约1/400~1/1000,是发病率最高的单基因遗传病之一,全球患者预计多达1250万,患者群体庞大。常于20-30岁起病,60岁时50%患者发展为终末期肾衰,目前无有效药物,只能对症治疗和透析治疗以延缓向终末期进展,对社会和家庭造成重大的经济和精神负担。长期以来,多囊肾临床诊断主要采用超声、CT、核磁等影像学检测技术,但这些技术存在着无法克服的缺陷:(1)囊性肾病具有一定表型异质性,仅靠影像学无法进行ADPKD的临床诊断和鉴别诊断;(2)ADPKD是迟发型遗传病,具有早期干预的时间窗口,影像学不能进行症状前诊断,妨碍和耽搁了早期防治和干预的实施;(3)无法进行产前诊断,因为ADPKD患者在胎儿时期几无任何影像学异常。ADPKD是最典型的常染色体显性遗传病,病因学现已明确,约85%患者是PKD1基因突变,15%患者是PKD2基因突变。人类PKD1位于16p13.3,基因长52Kb,含46个外显子;PKD2位于4q21.23,基因长68kb,含15个外显子。自2001年起,普遍采用了LR-PCR-Sanger测序的方式进行基因检测,但是这种检测体系存在操作繁琐、体系不稳定、检测周期长、通量低、价格昂贵等缺点,不适于临床的推广应用。随后研究者尝试引进了SSCP、DHPLC、HRM等技术进行ADPKD基因突变筛选,对可疑突变位点再进行Sanger测序,但漏检率较高,无法达到满意效果。随着近年来高通量测序(NextGenerationSequencing,NGS的兴起,其测序通量高、速度快、准确率高特点,极大地促进了遗传病临床诊断研究。技术实现要素:本实用新型的实施例旨在克服以上缺陷,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,可实现常染色体显性多囊肾病的明确诊断、鉴别诊断、症状前诊断。为解决上述问题,根据本实用新型的第一方面,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,其包括盒体和能够盖合在所述盒体上的盖体,所述盒体内部形成有用于放置容器的腔体,在所述腔体中设置有衬垫,在所述衬垫上设置有容器放置部,分别放置有装有DNA聚合酶的容器、装有聚合反应缓冲液的容器、装有dNTP的容器、装有TTEMix的容器、装有缓冲液TTBL的容器、装有PPM的容器、装有TAE的容器、装有TAB的容器、装有ddH2O的容器以及备用空管,其中,所述盒体相对的两个侧面的顶部呈V字形,且当所述盖体盖合在所述盒体上时,所述盖体呈V字形并与盒体的顶部呈V字形的所述两个侧面的顶边对齐。根据本实用新型的第二方面,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,其中,所述盖体设置在与所述盒体的顶部呈V字形的两个侧面相邻的一侧面的顶边上,所述盖体包括与所述一侧面的顶边连接的、用于盖合所述盒体的主体部,以及与所述主体部连接、且能够折弯的折弯部。根据本实用新型的第三方面,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,其中所述主体部包括彼此可折叠连接的第一主体部和第二主体部,所述第二主体部与所述盒体连接,且所述第二主体部的两个侧边分别设置有第一密封部,所述折弯部设置在所述第一主体部上。根据本实用新型的第四方面,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,其中,所述盒体的顶部呈V字形的所述两个侧面还设置有第二密封部,所述第二密封部设置在所述盒体的所述两个侧面顶部与所述第一主体部对应的一侧。根据本实用新型的第五方面,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,其中,所述衬垫呈中空长方体状,所述容器放置部包括设置在所述衬垫的顶面和底面上的容器孔,所述容器孔的大小与所放置的容器的大小对应。根据本实用新型的第六方面,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,其中,在所述衬垫内设置有固定板,在所述固定板上设置有与所述容器孔对应的通孔。根据本实用新型的第七方面,提供了一种基于高通量测序的基因诊断试剂盒,其中,所述衬垫包括底板和支撑设置在所述底板上的顶板,所述容器放置部包括设置在所述顶板上的容器孔和对应设置在所述底板上的容器槽,所述容器孔和容器槽的大小与所放置的容器的大小对应。根据本实用新型的第八方面,提供了一种基于高通量测序的病基因诊断试剂盒,其中,所述衬垫呈实心长方体状,所述容器放置部包括从所述衬垫顶面向下延伸至所述衬垫底面的容器插槽,所述容器插槽的大小与所放置的容器的大小对应。本实用新型基于高通量测序的基因诊断试剂盒结构简单,成本低,并且使用本实用新型基于高通量测序的基因诊断试剂可以实现快速、高通量检测常染色体多囊肾病,同时具有成本低、结果准确的优势。附图说明为了更清楚地说明本实用新型实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本实用新型的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。图1为本实用新型一实施方式的基于高通量测序的基因诊断试剂盒的立体结构示意图。附图标记说明:1盖体、2盒体、3衬垫、4装有DNA聚合酶的容器、5装有聚合反应缓冲液的容器、6装有dNTP的容器、7装有TTEMix的容器、8装有缓冲液TTBL的容器、9装有PPM的容器、10装有TAE的容器、11装有TAB的容器、12装有ddH2O的容器、13-15备用空管、16第一主体部、17第二主体部、18衬垫侧面、19-20第一密封部、21-22第二密封部具体实施方式为使本实用新型的目的、技术方案和优点更加清楚明了,下面结合具体实施方式并参照附图,对本实用新型进一步详细说明。应该理解,这些描述只是示例性的,而并非要限制本实用新型的范围。此外,在以下说明中,省略了对公知结构和技术的描述,以避免不必要地混淆本实用新型的概念。下面结合图1对本实用新型一实施例的基于高通量测序的常染色体显性多囊肾病基因诊断试剂盒进行详细描述。其中,图1为本实用新型一实施方式的基于高通量测序的基因诊断试剂盒的立体结构示意图。如图1所示,本实施例的基于高通量测序的基因诊断试剂盒包括盖体1和盒体2,盒体2内设置有用于放置容器的腔体,盖体1用于盖合在盒体2上,以密封盒体2。在盒体2的内部腔体中设置有衬垫3,用于放置容器。衬垫3上设置有容器放置部,分别放置有装有DNA聚合酶的容器4、装有聚合反应缓冲液的容器5、装有dNTP的容器6、装有TTEMix的容器7、装有缓冲液TTBL的容器8、装有PPM的容器9、装有TAE的容器10、装有TAB的容器11、装有ddH2O的容器12以及备用空管13-15。在本实施例中,所述盒体2呈空心正方体状,其每边长度示例性地为70mm。盖体1设置在盒体2一侧面的顶边上,其包括与所述一侧面的顶边连接的、用于盖合盒体2的主体部,以及与所述主体部连接、且能够折弯的折弯部,所述折弯部的两侧优选设置为圆弧状,以便盖合盖体1时,所述折弯部插入所述盒体2中,以固定盖体1,并密闭盒体2。如图1所示,在本实施例中盖体1包括彼此可折叠连接的第一主体部16和第二主体部17,所述折弯部设置在所述第一主体部16上,所述第二主体部与所述盒体2的所述一侧面的顶边连接,当盖体1盖合在盒体2上时,第一主体部16和第二主体部17向盒体2内倾斜,使得盖体1呈V字形。相应地,所述盒体2的与连接有盖体1的侧面相邻的两个侧面的顶部也呈V字形,当所述盖体1盖合在盒体2上时,所述第一主体部16和第二主体部17的两个侧边与所述盒体2的顶部呈V字形的所述两个侧面的顶边对齐。进一步地,为了使盖体1盖合在盒体2上时,能与盒体2形成良好的密封效果,在所述第二主体部17的两侧设置有第一密封部19和20,当所述盖体1盖合在所述盒体2上后,所述第一密封部19和20可以插合至盒体2和盖体1之间。同时,在所述盒体2的与所述盖体1连接的侧面相邻的两个侧面的顶部与所述第一主体部16对应的一侧设置有第二密封部21和22,当所述盖体1盖合在所述盒体2上后,所述第二密封部21和22可以插合至盒体2和盖体1之间,以实现对盒体2和盖体1之间更好的密封。示例性地,在本实施例中,密封部呈梯形状。当然,在其它实施例中,也可以为长方形或正方形等形状。可以理解的是,为了实现更好地密封,在盖体1和/或盒体2上可以设置与所述第一密封部和/或第二密封部对应的插槽或插孔,当所述第一密封部和/或所述第二密封部插入所述插槽和插孔后可以使盖体1更好地密闭盒体2。在本实施例中,衬垫3位于盒体2内,示例性地,所述容器放置部包括12个设置在衬垫3上的容器孔,用于分别放置装有DNA聚合酶的容器、装有聚合反应缓冲液的容器、装有dNTP的容器、装有TTEMix的容器、装有缓冲液TTBL的容器、装有PPM的容器、装有TAE的容器、装有TAB的容器以及装有ddH2O的容器。其中,所述容器是1.5mL的EP管,所述的聚合反应缓冲液包括MgCl2、反应添加剂、反应增强剂。所述的TTEMix为高通量测序建库使用转座酶混合物。所述的缓冲液TTBL为TTEMix的反应缓冲液。所述PPM为高通量测序建库PCR使用的引物混合物。所述TAE为高通量测序建库使用的DNA聚合酶。所述TAB为高通量测序建库使用的DNA聚合酶反应缓冲液。所述的ddH2O为灭菌的超纯水,严格不含有核酸残留。此外,在本实施例中,为方便使用,在衬垫3上的侧面18上还可以设置说明图示,以指示使用者如何使用本实施例的基于高通量测序的基因诊断试剂盒。在本实施例中,衬垫3由卡纸折叠而成,其包括上下两层纸板以及连接所述上下两层纸板的侧纸板,所述侧纸板可以通过诸如胶水的粘结剂粘合在一起。在所述上下两侧纸板中对应设置有12个容器孔,所述上层纸板的容器孔用于供所述容器插入,所述下层纸板中的容器孔用于与所述盒体2的底部一起固定在所述容器的底部。进一步地,在本实施例中,所述衬垫3的高度示例性地,低于所述盒体2的高度,并且所述衬垫3的高度也示例性地低于所述容器(图未示)的高度。本实施提出的基于高通量测序的常染色体显性多囊肾病基因诊断试剂盒,其盖体、盒体以及衬垫3均由纸板折叠拼接而成,因此结构简单,成本较低。可以理解的是,本实施例的基于高通量测序的常染色体显性多囊肾病基因诊断试剂盒仅是本实用新型的基于高通量测序的常染色体显性多囊肾病基因诊断试剂盒的一个示例。本实用新型不局限于此。例如,在一个实施例中,所述衬垫3可以为呈中空长方体状,所述容器放置部包括设置在所述衬垫3的顶面和底面上的容器孔,所述容器孔的大小与所放置的容器的大小对应。并且为了更好地固定所述容器,在所述衬垫3内还设置有固定板,所述固定板具有一定厚度,且在所述固定板上设置有与所述容器孔对应的通孔,所述固定板通过卡和或插合方式设置在所述衬垫3内部,所述容器由所述衬垫上的容器孔以及所述固定板上的通孔协同固定,因而不易晃动,且可以更好地避免外力对容器的影响。又例如,在一个实施例中,所述衬垫可以类似地包括底板和顶板,所述顶板和所述底板之间设置有支撑板或支撑柱,所述容器放置部包括设置在所述顶板上的容器孔和对应设置在所述底板上的容器槽,所述容器孔和容器槽的大小与所放置的容器的大小对应。通过所述容器槽和容器孔,可以很好地固定所述容器。又例如,在一个实施例中,所述衬垫3可以呈实心长方体状,所述容器放置部包括从所述衬垫3顶面向下延伸至所述衬垫3底面的容器插槽,所述容器插槽的大小与所放置的容器的大小对应。下面对本实用新型的基于高通量测序的基因诊断试剂盒的使用方法进行说明。若未特别说明,在实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。实施例1疑似病人常染色体显性多囊肾病基因诊断疑似病人常染色体显性多囊肾病基因诊断:1、以疑似病人gDNA为模板使用17对扩增引物扩增PKD1,PKD2两个基因,扩增体系见表1表1成份体积PrimerF1μlPrimerR1μlPCRbuffer10μldNTP0.4μlPCRE0.6μlddH2O7μl总体积20μl2、将PCR产物纯化,测浓度3、根据测得PCR产物浓度,等摩尔量的加入17个扩增子组成50ng混合物。4、取50ng混合物建库,反应体系如表2。表2成份体积TTBL10μl50ngPCR混合物xμlTTEMix5μlddH2O35-xμl总体积50μl5、55℃孵育10min。6、DNACleanBeads纯化。7、PCR富集,反应体系如表3表38.PCR扩增8个循环9.PCR产物纯化后上机测序本实用新型的基于高通量测序的基因诊断试剂盒,大大节省了诊断的时间,提高了诊断的准确性,并且具有高通量的特点。应当理解的是,本实用新型的上述具体实施方式仅仅用于示例性说明或解释本实用新型的原理,而不构成对本实用新型的限制。因此,在不偏离本实用新型的精神和范围的情况下所做的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本实用新型的保护范围之内。此外,本实用新型所附权利要求旨在涵盖落入所附权利要求范围和边界、或者这种范围和边界的等同形式内的全部变化和修改例。当前第1页1 2 3 
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