一种加速聚合酶螺旋反应的方法及其应用_2

文档序号:9258108阅读:来源:国知局
为靶区 段乙,且每对加速引物对A中的上游引物和下游引物均不与所述F区域或所述B区域重叠, P为大于等于1的整数。
[0024] 上述加速引物对A中的上游引物与所述靶区段乙自3'端15_30bp核苷酸相同或互 补,所述加速引物对A中的下游引物与所述靶区段乙自5'端15-30bp核苷酸互补或相同。
[0025] 上述引物还包括m个加速引物对B ;每个所述加速引物对B的靶序列命名为靶片 段丙,其为所述靶序列甲中的某个区段;
[0026] 所述加速引物对B的上游引物从5'端至3'端依次由Nl区域和B-I区域组成,所 述B-I区域与所述靶片段丙3'端15-30bp核苷酸相同或互补;所述B-I区域不与所述F区 域或所述B区域重叠;
[0027] 所述加速引物对B的下游引物从5'端至3'端依次由ΝΓ区域和B-2区域组成, 所述B-2区域与所述靶片段丙5'端起15-30bp核苷酸互补或相同;所述B-2区域不与所述 F区域或所述B区域重叠;
[0028] Nl不与B-I区域相同或互补;ΝΓ不与B-2区域相同或互补。
[0029] 所述ΝΓ区域为Nl区域的反向不互补序列;
[0030] 所述靶片段丙和所述靶片段乙相同或不同;
[0031] m为大于等于1的整数。
[0032] 上述引物为如下:
[0033] 1)特异引物
[0034] 2)特异引物和p个加速引物A ;
[0035] 3)特异引物和m个加速引物B ;
[0036] 4)特异引物、p个加速引物A和m个加速引物B ;且所述加速引物A的靶片段乙和 所述加速引物B的靶片段丙不同。
[0037] 所述靶序列甲从5'端至3'端包括Bc区域、Bcl区域、……、Bcn-Ι区域、Bcn区 域、Fcn区域、Fcn-I区域、......、Fcl区域、Fc区域;
[0038] η大于等于2。
[0039] 所述引物FP从5'端至3'端依次由N区域和F区域组成,F区域与靶序列上3'末 端的Fc区域(靶序列甲3'末端起15-30bp核苷酸)相同或互补;
[0040] 所述引物BP从5'端至3'端依次由Ν'区域和B区域,B区域与靶序列上5'末端 的Bc区域(靶序列甲5'末端起15-30bp核苷酸)互补或相同;Ν'区域为N区域的反向不 互补序列;
[0041] 所述靶序列BC和FC区域之间的靠近FC区域的任一区域(靶区段乙上靠近3'端 的部分)为Fcn区域、Fcn-I区域、......、Fcl区域;
[0042] 所述靶序列BC和FC区域之间的靠近BC区域的任一区域(靶区段乙上靠近5'端 的部分)为Bcl区域、......、Bcn-I区域、Bcn区域;
[0043] 所述B-I区域与靶序列BC和FC区域之间的靠近FC区域的任一区域(靶区段丙 上靠近3'端的部分)相同或互补;
[0044] 所述B-2区域与靶序列BC和FC区域之间的靠近BC区域的任一区域(靶区段丙 上靠近5'端的部分)互补或相同;
[0045] m为大于等于1的整数。
[0046] 上述引物中,所述靶序列为序列表中序列1 ;
[0047] 所述引物由特异引物对和1个加速引物A对组成;
[0048] 所述特异引物对中的引物FP的核苷酸序列为序列2 ;
[0049] 所述特异引物对中的引物BP的核苷酸序列为序列3 ;
[0050] 所述加速引物A中的引物^\±的核苷酸序列为序列7 ;
[0051] 所述加速引物A中的引物At的核苷酸序列为序列8。
[0052] 本发明的另一个目的是提供用于扩增靶序列的聚合酶螺旋反应恒温扩增核酸的 试剂。
[0053] 本发明提供的试剂,包括上述引物、Tris · HC1、KC1、(NH4)2S04、Tween20、甜菜碱、 MgS04、dNTPs 和 DNA 聚合酶;
[0054] 在所述试剂中,所述引物中各条引物的摩尔比均为等比例。
[0055] 上述试剂还包括逆转录酶。
[0056] 本发明的第三个目的是提供用于扩增靶序列的聚合酶螺旋反应恒温扩增核酸的 试剂盒。
[0057] 本发明提供的试剂盒,包括上述的引物或上述的试剂。
[0058] 上述的引物或上述的试剂或上述的试剂盒在检测待测样品中是否含有目的核酸 分子中的应用也是本发明保护的范围。
[0059] 或上述的引物或上述的试剂或上述的试剂盒在制备检测待测样品中是否含有目 的核酸分子产品中的应用也是本发明保护的范围。
[0060] 本发明的第四个目的是提供一种检测待测样品中是否含有目的核酸分子的方法。
[0061 ] 本发明提供的方法,为A或B :
[0062] A包括如下步骤:
[0063] 1)提取待测样品中的核酸;
[0064] 2)以所述核酸为模板用上述的试剂扩增,得到扩增反应产物;
[0065] 3)用实时浊度仪检测所述扩增反应产物,若所述扩增反应产物的实时浊度检测曲 线上升,则所述待测样本含有或候选含有所述目的核酸分子;
[0066] 若所述扩增反应产物的实时浊度检测曲线没有上升,则所述待测样本不含有或候 选不含有所述目的核酸分子;
[0067] B包括如下步骤:
[0068] 1)提取待测样品中的核酸;
[0069] 2)以所述核酸为模板用上述的试剂扩增,且扩增时加入显色剂,得到扩增反应产 物;
[0070] 3)肉眼观察所述扩增反应产物,若所述扩增反应产物显色,则所述待测样本含有 或候选含有所述目的核酸分子;
[0071] 若所述扩增反应产物不显色,则所述待测样本不含有或候选不含有所述目的核酸 分子。
[0072] 上述方法中,所述扩增的条件为60-65°C恒温反应120-150min。
[0073] 上述方法中,所述核酸为DNA或RNA。
[0074] 上述封闭剂(专利【申请号】201210371448. 5)为熔点低于核酸恒温扩增反应温度 0-25°C、直径与反应管管径相同的柱状全精炼固态石蜡块或半精炼固态石蜡块,封闭剂的 使用方法为:将石蜡块加入到反应管中反应液的上方,盖上盖,进行反应。
[0075] 本发明的实验证明,本发明提供了一种恒温扩增核酸的新方法及其专用引物,将 其命名为聚合酶螺旋反应(Polymerase Spiral Reaction,PSR),本发明具有以下优点:
[0076] 1、扩增反应可在恒温环境下进行,这使得一个水浴锅或者恒温金属浴就可以满足 实验要求;
[0077] 2、引物设计简单,只需要一对引物即可完成核酸的扩增,若添加一对加速引物,反 应时间则大大缩短;PSR用户使用普通的PCR引物设计软件(如Primer5、DNAMAN等)即可 完成引物的设计,只需在PCR引物5'端添加一对通用的外源基因(N)即可完成等温扩增反 应;
[0078] 3、敏感性高,适用于病毒等核酸含量低的样本的检测;
[0079] 4、高效扩增,扩增DNA量能达到0· 6 μ g/ μ L ;
[0080] 5、操作简单,通过实时浊度仪或者钙黄绿素/Mn2+显色液即可肉眼观察实验结果;
[0081] 6、待扩增的目的片段大小可变性广,从IOObp至200bp均能完成扩增。
[0082] 7、在添加了加速引物后可以使反应时间大大缩短。
[0083] 综上所述,本发明为核酸检测提供了新的技术平台,扩增产物比较简单,不仅可以 应用在检测领域,还可以再稍加处理后对扩增产物进行克隆回收和测序,该方法可以应用 在所有需要核酸扩增的领域,具有广阔的市场前景和较大的经济、社会效益,适于大范围推 广应用。
[0084] 下面结合具体实施例对本发明做进一步详细说明。
【附图说明】
[0085] 图1为自螺旋等温链式反应加速引物示意图。
[0086] 图2为自螺旋等温链式反应几种引物组合方式示意图。
[0087] 图3为
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