可延展聚合物内的核酸的检测和定量方法_2

文档序号:9438185阅读:来源:国知局
下締、异下締、娃酬、尼龙和可生物降解聚合物例如 聚丙交醋或其组合。
[0024] 在粘附于可W在活生物体内延展的聚合物或俘获在所述聚合物中的微生物的 检测方法中,将所述聚合物溶解在有机溶剂例如氯仿、二甲苯或甲苯W及在分子生物学 领域中常规的并且核酸在其中稳定的缓冲溶液例如Tris缓冲液、TBE缓冲液(Tris-棚 酸-EDTA)和TAE缓冲液灯ris-乙酸-EDTA)中。在特定实施方式中,Tris缓冲液包含S (美圣甲基)氨基甲烧。Tris缓冲液也被称为Tris碱、Trizma、Trisamine、THAM、氨下S醇、 氨基下=醇和缓血酸胺。
[00巧]本发明提供了任何类型的微生物(包括细菌、病毒、真菌和原生动物)的检测 方法。例如,本发明提供了检测口腔中存在的病原细菌或共生细菌的方法,所述细菌 例如变异链球菌(Str巧tococ州Smutans)、血链球菌(Str巧tococ州Ssanguinis)、 唾液链球菌(Str巧tococ州Ssalivarius)、牙銀化P林单胞菌(F*o;rphy;romomas gingivalis)、中间化11林单胞菌(Po巧hymomasintermedia)、内氏放线菌(Actinomyces naeslundii)、福氏拟杆菌(Bacteroidesforsythus)、Tannerellaforsythia、直肠弯 曲杆菌(Camp}dobacterrectus)、纠缠真杆菌巧ubacteriumnodatum)、微小消化链 球菌(Peptostreptococcusmicros)、中间型链球菌(Streptococcusintermedius)、 Aggregetibacteractinomycetemcomitans、齿垢密螺旋体(Treponemadenticola)、晒蚀 艾肯菌巧:ikenellacorrodens)、牙銀二氧化碳嗜纤维菌(Capno巧to地agagingivalis)、 格氏链球菌(Streptococ州sgordonii)、小韦荣氏球菌(Veillonellaparvula)、口腔链 球菌(Str巧tococ州Soralis)、核粒梭杆菌(F'usobacteriumnucleatum)、中间普雷沃菌 (Prevotellaintermedia)、唾液乳芽胞杆菌(Xactobacillussalivarius)、唾液链球菌 (Str巧tococ州Ssalivarius)和远源链球菌(Str巧tococ州Ssobrinus)。任选地,所述方 法还可W包括通过检测粘附于与哺乳动物对象例如人类对象的口腔相接触的可延展聚合 物或俘获在所述聚合物中的细菌的存在,在所述哺乳动物对象中诊断细菌感染的步骤。所 述方法还可W任选地包括将口腔中细菌的存在或细菌感染的诊断告知所述人类对象的步 骤。
[0026] 本发明还提供了诊断哺乳动物对象的口腔中的细菌感染的体外方法,所述方法包 括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的细菌,其中将所述聚合物与对 象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获在所述聚合物中的细菌指示所述 对象的口腔中的细菌感染。
[0027] 本发明还提供了确定哺乳动物对象在口腔中发生细菌感染的易感性的体外方法, 所述方法包括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的细菌,其中将所述 聚合物与对象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获在所述聚合物中的细 菌指示在所述对象的口腔中发生细菌感染的增加的易感性,或在所述对象的口腔中发生与 细菌的存在相关的疾病、病症或障碍的增加的易感性。
[0028] 此外,本发明提供了检测口腔中存在的病毒的方法,所述病毒例如人类瘤疹病毒 (HHV) -1 (也称为单纯性瘤疹病毒化SV) -1)、HHV-2化SV-2)、HHV-3 (也称为水痘-带状瘤疹 病毒)、HHV-4 巧pstein-Barr病毒)、HHV-5 (巨细胞病毒)、HHV-6、HHV-7、HHV-8、脊髓灰质 炎病毒、A组柯萨奇病毒、B组柯萨奇病毒、埃可病毒和肠道病毒7UEV-71)、人乳头瘤病毒 家族(HPV)例如HPV-16、HPV-18、HPV-33、HPV-35、腮腺炎病毒、新城疫病毒、人类副流感病 毒2型、4a型和4型、副粘病毒、风疹病毒、人类流感病毒A型例如HlNl和册N3、人类流感 病毒B型、人类流感病毒C型、鼻病毒、犬口腔乳头瘤病毒、猫杯状病毒和猫瘤疹病毒。任选 地,所述方法还可W包括通过检测粘附于与哺乳动物例如人类的口腔相接触的可延展聚合 物或俘获在所述聚合物中的病毒的存在,在所述哺乳动物对象中诊断病毒感染的步骤。所 述方法还可W任选地包括将口腔中病毒的存在或病毒感染的诊断告知所述人类对象的步 骤。
[0029] 本发明还提供了诊断哺乳动物对象的口腔中的病毒感染的体外方法,所述方法包 括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的病毒,其中将所述聚合物与对 象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获在所述聚合物中的病毒指示所述 对象口腔中的病毒感染。
[0030] 本发明还提供了确定哺乳动物对象在口腔中发生病毒感染的易感性的体外方法, 所述方法包括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的病毒,其中将所述 聚合物与对象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获所述聚合物中的病毒 指示在所述对象的口腔中发生病毒感染的增加的易感性,或在所述对象的口腔中发生与病 毒的存在相关的疾病、病症或障碍的增加的易感性。
[0031] 此外,本发明提供了检测口腔中真菌的存在的方法。本发明的方法可W检测真 菌,诸如假丝酵母例如白假丝酵母(Candidaa化icans)、曲霉(Aspergillus)、新型隐球 菌(Cryptococ州Sneoformans)、格特隐球菌(Cryptococ州Sgattii)、芙膜组织胞浆菌 (Histoplasmacapsulatum)、皮炎芽生菌度lastomycesdermatitidis)、己西呂U球抱子 菌(Paracoccidioidesbrasiliensis)、粗球抱子菌(Coccidiodesimmites)和接合菌 狂ygomycota)。任选地,所述方法还可W包括通过检测粘附于与哺乳动物例如人类的口腔 相接触的可延展聚合物或俘获在所述聚合物中的真菌的存在,在所述哺乳动物对象中诊断 真菌感染的步骤。所述方法还可W任选地包括将口腔中真菌的存在或真菌感染的诊断告知 所述人类对象的步骤。
[0032] 本发明还提供了诊断哺乳动物对象的口腔中的真菌感染的体外方法,所述方法包 括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的真菌,其中将所述聚合物与对 象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获在所述聚合物中的真菌指示所述 对象口腔中的真菌感染。
[0033] 本发明还提供了确定哺乳动物对象在口腔中发生真菌感染的易感性的体外方法, 所述方法包括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的真菌,其中将所述 聚合物与对象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获在所述聚合物中的真 菌指示在所述对象的口腔中发生真菌感染的增加的易感性,或在所述对象的口腔中发生与 真菌的存在相关的疾病、病症或障碍的增加的易感性。
[0034] 本发明还提供了检测口腔中原生动物例如銀内阿米己巧ntamoebagingivalis) 和口腔毛滴虫(Trichomonastenax)的存在的方法。任选地,所述方法还可W包括通过检 测粘附于与哺乳动物例如人类的口腔相接触的可延展聚合物或俘获在所述聚合物中的原 生动物的存在,在所述哺乳动物对象中诊断原生动物感染的步骤。所述方法还可W任选地 包括将口腔中原生动物的存在或原生动物感染的诊断告知所述人类对象的步骤。
[0035] 本发明还提供了诊断哺乳动物对象的口腔中的原生动物感染的体外方法,所述方 法包括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的原生动物,其中将所述聚 合物与对象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获在所述聚合物中的原生 动物指示所述对象口腔中的原生动物感染。
[0036] 本发明还提供了确定哺乳动物对象在口腔中发生原生动物感染的易感性的体外 方法,所述方法包括按照任一前述方法检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的原生动物, 其中将所述聚合物与对象的口腔相接触,并且其中存在粘附于所述聚合物或俘获在所述聚 合物中的原生动物指示在所述对象的口腔中发生原生动物感染的增加的易感性,或在所述 对象的口腔中发生与原生动物的存在相关的疾病、病症或障碍的增加的易感性。
[0037] 此外,检测粘附于聚合物或俘获在聚合物中的微生物的方法可用于诊断口腔中与 细菌、病毒、真菌或原生动物感染相关的任何疾病。示例性的病症、疾病和障碍包括慢性牙 周炎、急性成人牙周炎、牙銀炎例如急性坏死溃瘍性牙銀炎、樊尚咽峡炎、離齿、瘤疹病毒感 染、原发性瘤疹性銀口炎或口腔瘤疹(唇瘤疹和口溃瘍)、生殖器瘤疹、水痘-带状瘤疹病 毒感染例如水痘或带状瘤疹、流感、普通感冒、性病、单核细胞增多症、柯萨奇病毒感染例如 手足口病、瘤疹性咽峡炎、急性淋己结性咽炎、流行性腮腺炎、麻疹、风疹(德国麻疹)、非洲 伯基特淋己瘤、鼻咽癌、口腔毛状白斑症、幼儿急疹、卡波西肉瘤、念珠菌病、急性假膜型念 珠菌口炎(碟口疮)、急性萎缩性(红斑性)念珠菌病、慢性增生性念珠菌病、慢性萎缩性 (红斑性)念珠菌病、曲霉病、隐球菌病、组织胞浆菌病、芽生菌病、副球抱子菌病和接合菌 病(毛霉菌病)。
[0038] 另一方面,本发明提供了对微生物的粘附有抗性的可延展聚合物的鉴定方法,所 述方法包括a)将可延展聚合物与微生物在促进附着的条件下相接触,b)将至少一部分所 述聚合物溶解在有机溶剂和缓冲溶液中,b)分离所述有机溶剂和缓冲溶液,其中从所述粘 附于聚合物的微生物提取的核酸被包含在所述缓冲溶液中,W及C)检测所述缓冲溶液中 微生物特异性的核酸的存在或不存在,其中所述缓冲溶液中不存在核酸指示对微生物的附 着有抗性的聚合物。本发明设想了在体外或活生物体外部执行所述对微生物的粘附有抗性 的可延展聚合物的鉴定方法。运些方法的执行可用于质量控制目的。可W使用在活生物体 内可延展的任何类型的聚合物来进行前述方法。例如,所述可延展聚合物可W是口香糖、泡 泡糖或胶基。此外,运些可延展聚合物可W是有机的(具有碳基),并且因此运些聚合物将 溶解在本发明的方法的有机溶剂中。在一种实施方式中,所述可延展聚合物是弹性体例如 聚乙酸乙締醋、聚下締、聚异下締、异下締-异戊二締共聚物(下基弹性体)、苯乙締-下二 締、苯乙締-下二締共聚物、聚乙酸乙締醋、聚异戊二締、聚乙締、乙酸乙締醋-月桂酸乙締 醋共聚物、娃酬、节路顿胶、糖胶树胶、索马胶和己拉塔树胶或其组合。
[0039] 在另一种实施方式中,可W在牙科或牙周组合物、器具或装置上或其内的可延展 聚合物上进行所述方法。例如,可延展聚合物可W是包含在牙髓(牙科)或牙周器械或组 合物上或其内的牙科树脂或聚合物,例如在填料、义齿、牙桥、牙冠、根管、牙科内嵌体、牙科 外嵌体和镶盖中使用的聚合物。此外,可延展聚合物在外科装置(例如支架或承载物)、颂 面器具例如聘裂板、上颂支架和正崎矫治器上或其中。运些可延展聚合物是甲基丙締酸甲 醋、聚甲基丙締酸甲醋(PMMA)、聚甲基丙締酸乙醋(PEMA)、甲基丙締酸甘油醋(GMA)、二甲 基丙締酸S乙二醇醋(TEGDMA)、双酪A-甲基丙締酸甘油醋度IS-GMA)、古塔波胶和聚下締, 包括a-下締、顺下締、0-下締、反P-下締、异下締、娃酬、尼龙和可生物降解聚合物例如 聚丙交醋或其组合。
[0040] 在前述方法中,将至少一部分所述聚合物溶解在有机溶剂例如氯仿、二甲苯或甲 苯W及缓冲溶液例如在分子生物学领域中常规的并且核酸在其中稳定的任何缓冲溶液例 如Tris缓冲液、T邸缓冲液灯ris-棚酸-EDTA)和TAE缓冲液灯ris-乙酸-EDTA)中。在 特定实施方式中,所述缓冲溶液是包含=(径甲基)氨基甲烧的Tris缓冲液。Tris缓冲液 也被称为Tris碱、Trizma、Trisamine、THAM、氨下S醇、氨基下S醇和缓血酸胺。
[0041] 本发明提供了对任何类型的微生物例如细菌、病毒、真菌或原生动物的粘附有 抗性的可延展聚合物的鉴定方法。例如,本发明提供了其中所试验的微生物是口腔的 病原细菌或共生细菌的方法,所述细菌例如变异链球菌(Streptococ州Smutans)、口 腔链球菌(Str巧tococ州Soralis)、内氏放线菌(Actinomycesnaeslundii)、血链球 菌(Streptococcussanguinis)、牙菌良口h口林单胞菌(Porphyromomasgingivalis)、中 间化P林单胞菌(Po巧hymomasintermedia)、福氏拟杆菌度acteroidesforsythus)、 Tanneraellafors}fthia、直肠弯曲杆菌(Camp}dobacterrec1:us)、纠缠真杆菌 巧ubacteriumnodatum)、微小消化链球菌(Peptostreptococcusmicros)、中间型链球 菌(Streptococcusintermedius)、Aggregetibacteractinomycetemcomitans、齿垢密虫累 旋体(Treponemadenticola)、晒蚀艾肯菌巧;Lkenellacorrodens)、牙銀二氧化碳嗜纤 维菌(Capnocytophagagingivalis)、格氏链球菌(Streptococcusgordonii)、小韦荣氏 球菌(Veillonellaparvula)、核粒梭杆菌(F'usobacteriumnucleatum)、中间普雷沃菌 (Prevotellaintermedia)、唾液乳芽胞杆菌(Xactobacillussalivarius)、唾液链球菌 (Streptococcussalivarius)和远源链球菌(Streptococcussobrinus)。
[0042] 本发明的另一方面提供了产生哺乳动物对象的口腔的微生物分布情况的方法,所 述方法包括a)将可延展聚合物与所述对象的口腔相接触,b)在与所述对象的口腔接触后, 检测粘附于或附着于所述可延展聚合物的至少一种微生物的存在和不存在,其中至少一种 微生物的存在或不存在决定所述对象的口腔的微生物分布情况。所述微生物分布情况可W 包含关于至少一种微生物、至少两种微生物、至少
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