流感中和药剂的制作方法

流感中和药剂的制作方法
【专利摘要】本发明提供结合至多种流感病毒株的抗体(例如单克隆抗体、人抗体、人源化抗体等等)。这些抗体适用于例如流感的预防、治疗、诊断和/或研究。
【专利说明】流感中和药剂
[0001] 相关申请的夺叉参照
[0002] 本申请依据35U.S.C. § 119(e)要求2012年5月10日提交的美国临时申请第 61/645, 453号的权益，该申请以全文引用的方式并入本文中。
[0003] 政府咨助
[0004] 本发明是在政府资助下、依据国家卫生研宄院（theNationalInstitutesof Health)授予的许可号R37GM057073进行的。政府享有本发明的某些权利。
[0005] 序列表
[0006] 本发明说明书引用序列表（2013年3月14日以名为"SequenceListing,txt" 的.txt文件递交）。所述.txt文件是在2013年3月11日生成，并且大小为39. 3kb。序 列表的全部内容以引用的方式并入本文中。

【背景技术】
[0007] 流感病毒是造成每年逾300, 000例死亡的全球性健康威胁。所述病毒通过参与以 下各者的组合而逃避免疫识别：加快抗原性漂移、域再分类、遗传重组，及其表面糖蛋白基 于糖基化的遮蔽。病毒的此快速突变能力在当前H1N1 '猪流感'传染病威胁日益增长以及 震惊全世界的最近突然爆发高致病性禽H5N1'禽流感'流感病毒株感染的背景下尤甚。（克 哈纳（Khanna)等人，生物科学杂志（JournalofBiosciences)，33(4) :475, 2008;松达拉 简（Soundararajan)等人，自然生物技术（NatureBiotechnology) 27 :510, 2009)。此外， 上个世纪主要流感传染病中的两种传染病来源于禽流感病毒，所述禽流感病毒的遗传学组 成已发生变化，导致人感染。
[0008] 需要开发出有效的抗流感预防药及治疗剂。而且，鉴于这些流感病毒演变的高度 不可预测性，因此特别需要开发对各种株系均有效（例如"通用"或"广谱"）的抗流感预 防药及治疗剂。这些有效抗流感药剂，尤其是这些通用或广谱抗流感药剂，可替代或加强设 计成革G向传播中的特定'季节性'病毒株的疫苗（艾克特（Ekiert)等人，科学（Science)， 324(5924) :246,2009以及苏伊（Sui)等人，自然结构与分子生物学（NatStructMol Biol.) 16 (3) :265, 2009)。或者或另外，需要开发出可替代或加强现有抗病毒疗法的有效抗 流感预防药或治疗剂。针对现有抗病毒剂达菲/乐感清（Tamiflu/Relenza) (NA抑制剂）及 金刚烧胺/金刚烧乙胺（Amantadine/Rimantadine) (MP-2抑制剂）出现的抗药性强调了这 些药剂的重要性（考林（Collins)等人，自然（Nature)453 :1258;斯特佛（Stouffer)等人， 自然（Nature)，451 :596,2008;皮纳克（Pielak)等人，美国国立科学院院报（Proc.Natl. Acad.Sci.USA)，106 :7379, 2009)。举例来说，在 2011/2012 流感季节中，逾 98%及 100% 的 H1N1病毒株分别对达菲及金刚烷衍生物（金刚烷胺/金刚烷乙胺）具有抗药性。


【发明内容】

[0009] 本发明提供新颍的流感结合剂。其中，本发明提供结合至多种流感病毒株的流感 结合剂。本发明特别提供结合至流感红血球凝集素（HA)的结合剂。本发明尤其提供结合 至流感HA的某些抗体。在一些实施例中，这些抗体的特征为结合至来自群组1病毒、群组2病毒或在一些实施例中来自两者的特定HA抗原決定基和/或HA。在一些实施例中，所提 供的抗体结合至选自由以下各亚型的HA多肽组成的群组的HA :亚型H1、H2、H3、H4、H5、H6、 H7、H8、H9、H10、Hll、H12、H13、H14、H15、H16及其组合。在一些实施例中，所提供抗体的特 征为能够中和群组1病毒、群组2病毒的感染或在一些实施例中能够中和两者的感染。在一 些这样的实施例中，这些所提供抗体显示的中和IC5Q (ug/ml)在本文所述和/或所例示的范 围内。在一些实施例中，这些所提供抗体显示的中和IC5Q(ug/ml)的下限为约0. lug/ml并 且上限为约l〇ug/ml。在一些实施例中，这些所提供抗体显示的中和IC5Q(ug/ml)的下限选 自由以下组成的群组：〇? 05、0. 1、0. 2、0. 3、0. 4、0. 5、0. 6、0. 7、0. 8、0. 9、1. 0、1. 1、1. 2、1. 3、 1. 4、1. 5、1. 6、1. 7、1. 8、1. 9、2. 0、2. 5、3. 0、3. 5、4. 0、4. 5、5. Oug/ml或更大，而其上限高于 下限并且选自由以下组成的群组5、1. 6、1. 7、1. 8、1. 9、2. 0、2. 5、3. 0、3. 5、4. 0、4. 5、5. 0、 5. 5、6. 0、6. 5、7. 0、7. 5、8. 0、8. 5、9. 0、9. 5、10. Oug/ml或更大。
[0010] 在一些实施例中，这些所提供抗体显示以小于2000nM、小于1500nM、小于1000nM、 小于500nM、小于250nM、小于225nM、小于200nM、小于175nM、小于150nM、小于125nM、小于 100nM、小于75nM或小于50nM的KD (nM)结合至流感HA(例如群组1和/或群组2亚型）。
[0011] 在一些实施例中，这些所提供抗体显示以下限为约o.oixio^Y1而上限为约 结合至流感HA。这些所提供的抗体显示结合至流感HA，其中KjirY1)的下限选自由以下组成的群组：0. 01X105、0. 02X 105、0. 04X 105、0. 04X 105、 0? 08 X 105、0. 1 X 105、0. 2X 105、0. 4X 105、0. 6X 105、0. 8X 105、1. OX 105、1. 2X 105、 1. 4X105、1. 6X105、1. 8X105、2. OXIO^Y1或更大，而其上限高于下限并且选自由以 下组成的群组〇X105、l. 5X105、2. 0X105、2. 5X105、3. 0X105、3. 5X105、4. 5X105、 5. 0X105、5. 5X105、6. 0X105、6. 5X105、7. 0X105、7. 5X105、8. 0X105、8. 5X105、9. 0X105、 9. 5X105、1. 0X 106 1. 1 X 106、1. 2X106、L 3X106、L 4X106、L 5X106、L 6X106、L 7X106、 l. 8xio6、lgxioH-1 或更大。
[0012] 在一些实施例中，这些所提供抗体显示以下限为约0.01X10Y1而上限为约 l.oxuyv1的Kd(s4)结合至流感HA。这些所提供的抗体显示结合至流感HA，其中Ka(s4) 的下限选自由以下组成的群组：〇? 01X105、0. 02X 105、0. 04X 105、0. 04X 105、0. 08X 105、 0? 1X105、0. 2X105、0. 4X105、0. 6X105、0. 8X105、1. 0X105、1. 2X105、1. 4X105、1. 6X105、 1. 8X 105、2. OX 105^或更大，而其上限高于下限并且选自由以下组成的群组：1. OX 105、 1. 5X105、2. 0X105、2. 5X105、3. 0X105、3. 5X105、4. 5X105、5. 0X105、5. 5X105、6. 0X105、 6. 5X 105、7. OX 105、7. 5X 105、8. OX 105、8. 5X 105、9. OX 105、9. 5X 105、1. OX 1061. 1 X 106、 1. 2Xl〇6、l. 3Xl〇6、l. 4Xl〇6、l. 5Xl〇6、l. 6Xl〇6、l. 7Xl〇6、l. 8Xl〇6、l. gXK^V1或更大。
[0013] 本发明还对赋予特定功能属性（例如HA结合、中和、亚型特异性等）的某些所提 供抗体的结构特征进行了定义。本发明因此提供与这些所提供抗体具有这些共同结构特征 并且在一些实施例中因此与这些所提供抗体还具有共同功能属性的结合剂。举例来说，在 一些实施例中，本发明提供与某些所提供抗体中的一或多者具有共同结构特征以及功能属 性的结合剂，这些抗体具有如本文表格2和/或表格3中所列的氨基酸序列。
[0014] 在一些实施例中，这些所提供特定抗体的这些结构特征包括序列与表格2以及表 格3中的对应CDR或FR(SEQIDN0:l-60)至少80%-致的一或多个CDR或一或多个FR。 在一些实施例中，这些所提供特定抗体的这些结构特征包括序列与表格2以及表格3中的 对应CDR和/或FR(SEQIDNO:1-60) -致的一和/或多个CDR和/或一和/或多个FR。 在一些实施例中，这些所提供特定抗体的这些结构特征包括序列与表格2以及表格3中所 列序列（SEQIDN0:l-60) -致的CDR及FR。
[0015] 在一些实施例中，这些结构特征包括⑶R及FR序列元件，这些序列元件各自与表 格2和/或表格3中所列的⑶R或FR参考序列元件（SEQIDNO: 1-60) -致，但相对于所 述参考序列元件，其包括一或多个氨基酸取代，其中相较于表格2和/或表3中的对应CDR 以及FR参考序列元件（SEQID勵：1-60)，所包括的0?以及？1?序列元件在0)1?以及？1?序 列中总共含有不超过 18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2 或 1 个取代。在一 些实施例中，这些结构特征包括⑶R以及FR序列元件，相较于表格2以及表格3中的对应 ⑶R以及FR参考序列元件（SEQIDNO:1-60)，这些序列元件总共含有不超过18个取代。 在一些实施例中，这些结构特征包括⑶R以及FR序列元件，相较于表格2以及表格3中的 对应⑶R以及FR参考序列元件（SEQIDNO: 1-60)，这些序列元件总共含有不超过15个取 代。
[0016] 在一些实施例中，这些结构特征包括FR序列元件，所述FR序列元件与表格2和/ 或表格3中所列的FR参考序列元件（SEQIDNO: 1-60) -致，但相对于所述参考序列元件， 其包括一或多个氨基酸取代，其中相较于表格2以及表格3中的对应FR参考序列元件（SEQ IDNO:1-60)，所包括的FR序列元件在FR序列中含有不超过18、17、16、15、14、13、12、11、 10、9、8、7、6、5、4、3、2 或 1 个取代。
[0017] 在一些实施例中，这些结构特征包括⑶R序列元件，所述⑶R序列元件与表格2和 /或表格3中所列的CDR参考序列元件（SEQIDNO: 1-60) -致，但相对于所述参考序列元 件，其包括一或多个氨基酸取代，其中相较于表格2以及表格3中的对应CDR参考序列元件 (SEQIDNO: 1-60)，所包括的CDR序列元件在CDR序列中含有不超过18、17、16、15、14、13、 12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2 或 1 个取代。
[0018] 在一些实施例中，这些结构特征包括VH序列元件，所述VH序列元件与表格2和/ 或表格3中所列的VH参考序列元件（SEQIDNO: 1-60) -致，但相对于所述参考序列元件， 其包括一或多个氨基酸取代，其中相较于表格2以及表格3中的对应VH参考序列元件（SEQ IDNO:1-60)，所包括的VH序列元件在CDR序列中含有不超过18、17、16、15、14、13、12、11、 10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个取代。在一些实施例中，相较于表格2以及表格3中的对应VH 参考序列元件（SEQIDNO:1-60)，这些结构特征包括与VH-l、VH-2、VH-3、VH-4、VH-5、VH-6、 VH-7、VH-8、VH-9、VH-10、VH-11、VH-12、VH-13、VH-14、VH-15、VH-16 或其片段中的任一者 对应的结构元件。
[0019] 在一些实施例中，这些结构特征包括VL序列元件，所述VL序列元件与表格2和/ 或表格3中所列的VL参考序列元件（SEQIDNO: 1-60) -致，但相对于所述参考序列元件， 其包括一或多个氨基酸取代，其中相较于表格2以及表格3中的对应VH参考序列元件（SEQ IDNO:1-60)，所包括的VL序列元件在CDR序列中含有不超过18、17、16、15、14、13、12、11、 10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个取代。在一些实施例中，相较于表格2以及表格3中的对应VL 参考序列元件（SEQIDNO:1-60)，这些结构特征包括与VL-l、VL-2、VL-3、VL-4、VL-5、VL-6、 VL-7、VL-8、VL-9、VL-10、VL-11或其片段中的任一者对应的结构元件。
[0020] 在一些实施例中，这些结构特征包括与以下对应的结构元件：VH-1、VH-2、VH-3、 VH-4、VH-5、VH-6、VH-7、VH-8、VH-9、VH-10、VH-11、VH-12、VH-13、VH-14、VH-15、VH-16 或其 片段中的任一者，与VL-1、VL-2、VL-3、VL-4、VL-5、VL-6、VL-7、VL-8、VL-9、VL-10、VL-11 或 其片段中的任一者的组合。在一些实施例中，VH-1(SEQIDNO:l)与VL-1(SEQIDNO:33) 组合。
[0021] 在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R) 1序列元件，所述序列元件 显示与表格2和/或表格3中的CDR1参考序列元件（SEQIDNO:17-18和/或SEQIDNO: 44-54)至少65 %、超过70 %、超过75 %、超过80 %、超过85 %、超过90 %、超过95 %或超过 99%-致。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)1序列元件，相较于表格 2以及表格3中的CDR1参考序列元件（SEQIDNO:17-18和/或SEQIDNO:44-54)，所述 序列元件具有两个或两个以上氨基酸取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定 区（⑶R) 1序列元件，相较于表格2以及表格3中的⑶R1参考序列元件（SEQIDNO:17-18 和/或SEQIDNO:44-54)，所述序列元件具有一或多个氨基酸取代。在一些实施例中，这 些结构特征包括互补决定区（CDR) 1序列元件，相较于表格2以及表格3中的CDR1参考序 列元件（36〇10勵：17-18和/或3￡〇10勵：44-54)，所述序列元件具有至少两个氨基酸 取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)1序列元件，相较于表格2以 及表格3中的CDR1参考序列元件（SEQIDNO:17-18和/或SEQIDNO:44-54)，所述序列 元件具有少于两个氨基酸取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（CDR)l序 列元件，所述序列元件的氨基酸序列与表格2以及表格3中的⑶R1参考序列元件（SEQID NO:17-18和/或SEQIDNO:44-54)之一的氨基酸序列一致。
[0022] 在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)2序列元件，所述序列元件 显示与表格2和/或表格3中的CDR2参考序列元件（SEQIDNO:17-18和/或SEQIDNO: 44-54)至少65 %、超过70 %、超过75 %、超过80 %、超过85 %、超过90 %、超过95 %或超过 99%-致。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)2序列元件，相较于表格 2以及表格3中的CDR2参考序列元件（SEQIDNO:17-18和/或SEQIDNO:44-54)，所述 序列元件具有两个或两个以上氨基酸取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定 区（CDR)2序列元件，相较于表格2以及表格3中的CDR2参考序列元件（SEQIDN0:17-18 和/或SEQIDNO:44-54)，所述序列元件具有一或多个氨基酸取代。在一些实施例中，这 些结构特征包括互补决定区（CDR)2序列元件，相较于表格2以及表格3中的CDR2参考序 列元件（36〇10勵：17-18和/或3￡〇10勵：44-54)，所述序列元件具有至少两个氨基酸 取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)2序列元件，相较于表格2以 及表格3中的CDR2参考序列元件（SEQIDNO:17-18和/或SEQIDNO:44-54)，所述序列 元件具有少于两个氨基酸取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（CDR)2序 列元件，所述序列元件的氨基酸序列与表格2以及表格3中的⑶R2参考序列元件（SEQID NO:17-18和/或SEQIDNO:44-54)之一的氨基酸序列一致。
[0023]在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)3序列元件，所述序列元件 显示与表格2和/或表格3中的CDR3参考序列元件（SEQIDNO: 17-18和/或SEQIDNO: 44-54)至少65 %、超过70 %、超过75 %、超过80 %、超过85 %、超过90 %、超过95 %或超过 99%-致。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)3序列元件，相较于表格 2以及表格3中的CDR3参考序列元件（SEQIDNO:17-18和/或SEQIDNO:44-54)，所述 序列元件具有两个或两个以上氨基酸取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定 区（CDR)3序列元件，相较于表格2以及表格3中的CDR3参考序列元件（SEQIDN0:17-18 和/或SEQIDNO:44-54)，所述序列元件具有一或多个氨基酸取代。在一些实施例中，这 些结构特征包括互补决定区（CDR)3序列元件，相较于表格2以及表格3中的CDR3参考序 列元件（36〇10勵：17-18和/或3￡〇10勵：44-54)，所述序列元件具有至少两个氨基酸 取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（⑶R)3序列元件，相较于表格2以 及表格3中的CDR3参考序列元件（SEQIDNO: 17-18和/或SEQIDNO:44-54)，所述序列 元件具有少于两个氨基酸取代。在一些实施例中，这些结构特征包括互补决定区（CDR)3序 列元件，所述序列元件的氨基酸序列与表格2以及表格3中的⑶R3参考序列元件（SEQID NO: 17-18和/或SEQIDNO:44-54)之一的氨基酸序列一致。
[0024] 在一些实施例中，这些结构特征包括VH框架区序列元件，其显示与表格2中的VH 参考框架区序列元件（SEQIDNO:1-16)超过65%、超过70%、超过75%、超过80%、超过 85%、超过90%、超过95%或超过99%的百分比一致性。
[0025] 在一些实施例中，这些结构特征包括VL框架区序列元件，其显示与表格3中的VL 参考框架区序列元件（SEQIDNO:33-43)超过65%、超过70%、超过75%、超过80%、超过 85%、超过90%、超过95%或超过99%的百分比一致性。
[0026] 在一些实施例中，本发明提供结合剂，所述结合剂包括这些所提供特定抗体的这 些结构特征，使得所提供的结合剂与所提供的特定抗体具有共同的功能属性，从而使其结 合至选自由以下组成的群组的流感HA:群组1亚型、群组2亚型以及其组合。
[0027] 在一些实施例中，所提供的结合剂显示的流感中和IC5(l(ug/ml)在本文针对所提 供特定抗体所述的范围内。在一些实施例中，所提供的结合剂对于群组1亚型、群组2亚型 流感病毒或两者均显示这种IC5(l(ug/ml)。在一些实施例中，所提供结合剂的特征为流感中 和IC5Q(ug/ml)在本文所述和/或例示范围内之功能属性。在一些实施例中，这些所提供结 合剂显示下限为约0. lug/ml而上限为约10ug/ml的中和IC5Q(ug/ml)。在一些实施例中， 这些所提供结合剂显示的中和IC5(l(ug/ml)的下限选自由以下组成的群组：0. 05、0. 1、0. 2、 0? 3、0. 4、0. 5、0. 6、0. 7、0. 8、0. 9、1. 0、1. 1、1. 2、1. 3、1. 4、1. 5、1. 6、1. 7、1. 8、1. 9、2. 0、2. 5、 3. 0、3. 5、4. 0、4. 5、5. 0ug/ml或更大，而上限高于下限并且选自由以下组成的群组：1.5、 1. 6、1. 7、1. 8、1. 9、2. 0、2. 5、3. 0、3. 5、4. 0、4. 5、5. 0、5. 5、6. 0、6. 5、7. 0、7. 5、8. 0、8. 5、9. 0、 9. 5、10. 0ug/ml或更大。
[0028] 在一些实施例中，这些所提供结合剂显示以小于2000nM、小于1500nM、小于 1000nM、小于 500nM、小于 250nM、小于 225nM、小于 200nM、小于 175nM、小于 150nM、小于 125nM、小于100nM、小于75nM或小于50nM的KD(nM)结合至流感HA(例如群组1和/或群 组2亚型）。
[0029] 在一些实施例中，这些所提供结合剂显示以下限为约O.OlXKfMHjT1而上限为 约1.OX106mH^KJirY1)结合至流感HA。这些所提供的抗体显示结合至流感HA，其 中KjirY1)的下限选自由以下组成的群组：0? 01X105、0. 02X105、0. 04X105、0. 04X105、 0? 08X105、0. 1X105、0. 2X105、0. 4X105、0. 6X105、0. 8X105、1.OX105、1. 2X105、 1. 4X105、1. 6X105、1. 8X105、2.OXIO^Y1或更大，而其上限高于下限并且选自由以 下组成的群组〇X105、l. 5X105、2. 0X105、2. 5X105、3. 0X105、3. 5X105、4. 5X105、 5. 0X105、5. 5X105、6. 0X105、6. 5X105、7. 0X105、7. 5X105、8. 0X105、8. 5X105、9. 0X105、 9. 5X105、1. 0X 106 1. 1 X 106、1. 2X106、L 3X106、L 4X106、L 5X106、L 6X106、L 7X106、 l. 8xio6、l gxioH-1或更大。
[0030] 在一些实施例中，这些所提供结合剂显示以下限为约0.01X105s4而上限为约 1.0X106S4的Kd(s4)结合至流感HA。这些所提供的抗体显示结合至流感HA，其中Ka(s4) 的下限选自由以下组成的群组：〇? 01X105、0. 02X 105、0. 04X 105、0. 04X 105、0. 08X 105、 0? 1X105、0. 2X105、0. 4X105、0. 6X105、0. 8X105、1. 0X105、1. 2X105、1. 4X105、1. 6X105、 1. 8X 105、2. OX 105^或更大，而其上限高于下限并且选自由以下组成的群组：1. OX 105、 1. 5X105、2. 0X105、2. 5X105、3. 0X105、3. 5X105、4. 5X105、5. 0X105、5. 5X105、6. 0X105、 6. 5X105、7. 0X105、7. 5X105、8. 0X105、8. 5X105、9. 0X105、9. 5X105、1. 0X 106 1. 1 X 106、 1. 2Xl〇6、l. 3Xl〇6、l. 4Xl〇6、l. 5Xl〇6、l. 6Xl〇6、l. 7Xl〇6、l. 8Xl〇6、l. gXK^V1或更大。
[0031] 在一些实施例中，本发明提供一种结合剂，其包括这些所提供特定抗体的这些结 构特征，使得所提供的结合剂与所提供特定抗体具有共同的功能属性，从而使其与表格2 及表格3中所列的一或多种抗体（SEQIDNO: 1-60)竞争结合至至少一种HA多肽。在一些 实施例中，所提供的结合剂具有这些结构特征，以便其与表格2及表格3中所列的一或多种 抗体（SEQIDNO:1-60)竞争结合至多种不同HA，所述多种不同HA多肽包括以至少2种不 同HA亚型基因型发现的HA多肽蛋白质。
[0032] 在一些实施例中，所提供结合剂的特征为结合至亚型H1、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、 H9、H10、Hll、H12、H13、H14、H15和/或H16的HA多肽中的一或多者的功能属性。在一些 实施例中，所提供的结合剂结合至亚型H1、H3、H5、H7以及H9中的至少两种HA多肽。
[0033] 在一些实施例中，所提供结合剂的特征为结合至HA多肽的MPER区域中的一或多 个抗原表位的功能属性。在一些实施例中，所提供结合剂的特征为结合至HA多肽的MPER 区域中的一或多个与糖基化无关的抗原表位的功能属性。在一些实施例中，所提供结合剂 的特征为结合至HA多肽的HA-1 (头）和/或HA-2 (柄）域中的一或多个抗原表位的功能 属性。在一些实施例中，所提供结合剂的特征为结合至HA-1/HA-2界面膜近侧抗原表位区 域（membraneproximalepitoperegion，MPER)内的一或多个抗原表位的功能属性。在一 些实施例中，所提供结合剂的特征为结合至位于典型a螺旋和/或其邻近残基内的一或多 个抗原表位的功能属性。
[0034] 在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含多肽。在一些实施例中，所提供的结合 剂是或包含抗体或其片段。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含单克隆抗体或其片 段。在一些实施例中，结合剂是或包含"全长"抗体，原因在于其含有两条重链以及两条轻 链，所述两条重链以及两条轻链任选地经二硫键结合，如同天然产生的抗体。在一些实施例 中，结合剂是或包含全长抗体的片段，原因在于其含有全长抗体中所发现的一些，而非全部 的序列。举例来说，在一些实施例中，结合剂是或包含抗体片段，其包括（但不限于）Fab、 FaV、F(aV)2、8(^冲￥、(15^双抗体以及？(1片段。在一些实施例中，所提供的结合剂 是或包含抗体，所述抗体是选自由以下组成的群组的抗体类别的成员：IgG、IgM、IgA、IgD、 IgE或其片段。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含通过化学合成产生的抗体。在一 些实施例中，所提供的结合剂是或包含通过细胞产生的抗体。在一些实施例中，所提供的结 合剂是或包含具有人恒定域和/或可变区域的嵌合抗体，例如来自小鼠、大鼠、马、猪或其 它物种的嵌合抗体。
[0035] 在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含具有抗体⑶R的多肽。在一些实施例 中，所提供的结合剂是或包含用于呈现一或多个⑶R的支架域（scaffoldingdomain)，比 如蛋白质A、脂质运载蛋白（lipoclins)、销蛋白（ankryin)共同重复域、硫氧还原蛋白、纤 连蛋白、抗运载蛋白、生替素（centyrin)、高亲和性多聚体域（avimerdomain)、泛素、锌指 DNA结合蛋白（zincfingerDNA-bindingproteins，ZEP)，或IgNAR。在一些实施例中，所 提供的结合剂是或包含胱氨酸结微型蛋白。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含高 亲和性抗体（双抗体、三抗体、四抗体）。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含蝎子形 结构（Scopion)，其中所述蝎子形结构包含两个通过免疫球蛋白Fc域分隔的结合部分。在 一些实施例中，所提供的结合剂是或包含仅包含重链的VHH(也就是抗原特异性VHH)抗体。 在一些实施例中，VHH来源于美洲驼或其它骆驼科抗体（例如骆驼科IgG2或IgG3,或来自 这些骆驼科Ig的⑶R呈现框）。在一些实施例中，这种VHH来源于鲨鱼。
[0036] 在一些实施例中，所提供结合剂是或包含一或多种"小型抗体"或"微型抗体"，其 是在C末端包括寡聚域的sFv多肽链，通过铰链区与sFv分隔。在一些实施例中，铰链区包 含自结合型a螺旋或白氨酸拉链，其可以或可不通过额外的二硫键进一步稳定。在一些实 施例中，所提供的结合剂是或包含肽模拟物。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含模 拟抗原表位。
[0037] 在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含偶联物，其中含有结合剂部分（包含 结合剂或其功能部分或由结合剂或其功能部分组成）与所偶联部分。在一些实施例中，这 种所偶联部分是实体。在一些实施例中，这种实体是选自由以下组成的群组的化学类别：多 肽、碳水化合物、脂质、小有机分子、有机聚合物、无机聚合物、金属、离子、同位素或其组合。 在一些实施例中，这种所偶联部分是或包含治疗性或诊断性负载。在一些实施例中，这种所 偶联部分是或包含可检测的负载。在一些实施例中，这种所偶联部分是或包含可检测的实 体。在一些实施例中，这种所偶联部分是或包含亲和剂。在一些实施例中，这种所偶联部分 是或包含靶向剂。在一些实施例中，这种所偶联部分是或包含遮蔽剂和/或稳定剂。在一 些实施例中，所提供的偶联物包含单一结合剂部分以及多种偶联部分；在一些实施例中，这 些多种偶联部分包含多种相同的偶联部分；在一些实施例中，这些多种偶联部分包括两种 或两种以上不同偶联部分，任选地具有不同类型（例如治疗性负载、可检测负载、靶向剂、 亲和剂等）。
[0038] 在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含核酸，比如DNA或RNA。在一些实施例 中，核酸经设计可模拟血球凝集素（HA)多肽内的抗原表位。在一些实施例中，核酸经设计 可模拟一或多种流感HA多肽亚型内的保守抗原表位。在一些实施例中，所提供的结合剂是 或包含一或多种寡核苷酸。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含一或多种寡核苷酸， 所述寡核苷酸包含二级结构，比如环、发夹、折叠或其组合。在一些实施例中，所提供的结合 剂是或包含一或多种寡核苷酸，所述寡核苷酸包含高阶（三阶或四阶）结构。在一些实施 例中，所提供的结合剂是或包含适体。
[0039] 在一些实施例中，本发明提供表达如本文所述的结合剂的细胞或细胞系。在一些 实施例中，这种细胞或细胞系是哺乳动物细胞或细胞系。在某些实施例中，这种细胞或细胞 系是融合瘤。
[0040] 在一些实施例中，本发明提供一种治疗患者的方法，所述方法包含根据疗法将包 含本文所述结合剂的组合物以适于递送的单位剂型投予罹患或易受流感感染的患者的步 骤，所述疗法与发病率和/或严重度降低相关，且/或与流感感染的一或多种表现或影响的 发作延迟相关。
[0041] 在一些实施例中，本发明提供一种试剂盒，其在包含一或多个容器的配置中包含 经配制以便借助于投药装置投予、连同这种投药装置一起的如本文所述的至少一种结合 剂。在一些实施例中，适当的投药装置选自由以下组成的群组：针筒、针、施用器以及其组 合。在一些实施例中，所提供的试剂盒包括使用说明书。
[0042] 所提供的结合剂、组合物以及方法适用于例如研宄和/或医药中。在一些实施例 中，所提供的结合剂、组合物以及方法适用于例如流感的预防、治疗、诊断和/或研宄。举例 来说，在一些实施例中，所提供的结合剂或组合物投予罹患或易受流感感染的个体。在一些 实施例中，在已知暴露于流感或暴露于特定流感亚型或病毒株之前，投予所提供的结合剂 或组合物。在一些实施例中，在已知暴露于流感或暴露于特定流感亚型或病毒株之后，投予 所提供的结合剂。在一些实施例中，在流感感染的影响或症状表现之前，或在流感感染（包 括一或多种特定流感亚型或病毒株的流感感染）的一或多种特定影响或症状表现之前，投 予所提供的结合剂或组合物。在一些实施例中，在流感感染的影响或症状表现之前，或在流 感感染（包括一或多种特定流感亚型或病毒株的流感感染）的一或多种特定影响或症状表 现之前，投予所提供的结合剂或组合物。
[0043] 在一些实施例中，所提供的结合剂或组合物与一或多种其它抗流感疗法和/或对 流感感染之症状（例如发炎、发烧、恶心、体重降低、食欲丧失、呼吸促迫、心率增加、高血 压、身体痛、肌肉疼痛、眼痛、疲劳、不适、干咳、流鼻涕和/或咽喉痛）有作用的一或多种其 它疗法组合投予个体。

【专利附图】

【附图说明】
[0044] 一起构成图式的下述诸图仅用于说明目的，而非限制。
[0045] 图1描绘哺乳动物抗体的不同部分、区域以及域的示意结构。
[0046] 图2A以及图2B描绘例示性抗体的HA结合亲和力。图1A(顶图）显示所描绘的 特定抗体以有差异的结合亲和力结合至群组1和群组2HA亚型；并且图1A(底图）以及图 1B显示抗体特异性结合至HA。
[0047] 图3A至图3E描绘例示性抗体在一系列浓度下的HA结合亲和力以及动力学。特 定抗体以有差异结合亲和力以及动力学结合至群组1和群组2HA亚型。
[0048] 图4描绘例示性抗体的HA结合亲和力以及中和作用。特定抗体在6种不同剂量 下抑制PR8病毒（H1N1)流感病毒诱导病毒斑产生。
[0049] 图5呈现例示性抗体与PR8 -起预培育对MDCK细胞感染性的影响。感染后，MDCK 细胞和不同浓度的抗体一起在无病毒的培养基中生长48小时，随后使用病毒专用的引子、 通过实时PCR对病毒滴度进行量化，以计算IC5(I值。
[0050] 图6呈现在H1N1攻击下经例示性抗体处理的小鼠的数据。在这种攻击下，经例示 性抗体处理的小鼠在感染后的体重降低百分比低于未处理对照组。
[0051 ] 图7呈现小鼠的H1N1攻击数据。正如所见，相较于使用PBS对照物所观察的情况， 例示性抗体延迟小鼠中的H1N1感染发展。在例示性抗体存在下观察到的感染性（也就是 感染症状的发作速度）减弱可与使用抗病毒药物利巴韦林（Ribavirin)所见的情况相比。
[0052] 图8呈现在H1N1攻击下经例示性抗体处理的小鼠的数据。在这种攻击下，经例示 性抗体处理的小鼠在感染后显示体重恢复。
[0053] 图9描绘在例示性抗体处理的小鼠中所观察到的药物动力学概况。用例示性抗体 处理后，随着时间收集血清样品并且根据抗体浓度进行评价。
[0054] 图10A至图10B显示例示性VH(图10A)与VL(图10B)序列的比对情况。每个例 不性序列也显不于表格2和/或表格3中。

【具体实施方式】
[0055] 定义
[0056] 亲和性：正如此项技术中所知，"亲和性"是特定配体（例如抗体）结合至其搭配 物（例如抗原表位）的紧密性量度。亲和性可用不同方式测量。
[0057] 氨基酸：如本文所用，术语"氨基酸"就其广义来说，是指可合并成多肽链的任何化 合物和/或物质。在一些实施例中，氨基酸具有通式结构H2N_C(H) (R) -COOH。在一些实施 例中，氨基酸是天然存在的氨基酸。在一些实施例中，氨基酸是合成氨基酸；在一些实施例 中，氨基酸是d型氨基酸；在一些实施例中，氨基酸是1型氨基酸。"标准氨基酸"是指通常 在天然存在的肽中发现的二十种标准1型氨基酸中的任一种。"非标准氨基酸"是指除标 准氨基酸之外的任何氨基酸，不管其是用合成方式制备，还是获自天然来源。如本文所用， "合成氨基酸"包涵经化学修饰的氨基酸，包括（但不限于）盐、氨基酸衍生物（比如酰胺） 和/或取代。肽中的氨基酸（包括羧基末端和/或胺基末端氨基酸）可通过以下方式修 饰：甲基化、酰胺化、乙酰化、保护基，和/或用可改变肽循环半衰期而对其活性无不利影响 的其它化学基团取代。氨基酸可以参与二硫键。氨基酸可以包含一个或转译后修饰，比如 与一或多个化学实体结合（例如甲基、乙酸酯基、乙酰基、磷酸酯基、甲酰基部分、类异戊二 烯基、硫酸酯基、聚乙二醇部分、脂质部分、碳水化合物部分、生物素部分等等）。术语"氨基 酸"可与"氨基酸残基"互换使用，并且可以指游离氨基酸和/或肽的氨基酸残基。根据使 用术语的背景，显而易见其是指游离氨基酸，还是肽的残基。
[0058] 动物：如本文所用，术语"动物"是指动物界的任何成员。在一些实施例中，"动物" 是指任一性别并且处于任一发育阶段的人。在一些实施例中，"动物"是指处于任一发育阶 段的非人动物。在某些实施例中，非人动物是哺乳动物（例如啮齿动物、小鼠、大鼠、兔、猴、 犬、猫、绵羊、牛、灵长类动物和/或猪）。在一些实施例中，动物包括（但不限于）哺乳动 物、鸟、爬行动物、两栖动物、鱼、昆虫和/或蠕虫。在某些实施例中，动物易感染流感。在一 些实施例中，动物可为转基因动物、经遗传工程改造的动物和/或克隆。
[0059] 抗体：如本文所用，术语"抗体"是指具有免疫球蛋白的结构特征的多肽，正如此项 技术中所了解。正如在本质上由哺乳动物细胞产生，免疫球蛋白具有图1中所描绘的结构。 典型的免疫球蛋白（抗体）结构单元已知包含四聚体。每个四聚体由两对相同的多肽链组 成，每对多肽链具有一个"轻"链（约25kD)和一个"重"链（约50-70kD)。每条链的N末 端界定具有约100至110或更多氨基酸的可变区，所述可变区主要担负抗原识别。术语"可 变轻链"（VL)和"可变重链"（VH)分别指这些轻链和重链。每个可变区进一步细分成高变 区（HV)以及框架区（FR)。高变区包含三个超变序列区域，称为互补决定区（CDR1、CDR2 以及CDR3)，所述互补决定区被四个框架区（FR1、FR2、FR2以及FR4)分隔，所述四个框架区 形成0片状结构并且充当使HV区保持在适当位置的支架。每条重链和轻链的C末端界定 恒定区，所述恒定区由轻链（CL)的一个域和重链的三个域（CH1、CH2以及CH3)组成。在许 多实施例中，抗体是多肽，其氨基酸序列包括所属领域的技术人员认定为互补决定区（CDR) 的一或多个结构元件。在一些实施例中，抗体是多肽，其氨基酸序列包括所述领域的技术人 员认定为免疫球蛋白可变域的结构元件。在一些实施例中，抗体是"全长"抗体，原因在于其 含有两条重链和两条轻链，这些重链和轻链任选地通过二硫键结合，如同天然产生的抗体。 在一些实施例中，抗体是全长抗体的片段，原因在于其含有全长抗体中所发现的一些，而非 全部的序列。举例来说，在一些实施例中，抗体片段的实例包括（但不限于）Fab、Fab'、 F(ab' )2、8〇?￥、？￥、(^?￥双抗体以及？(1片段。在一些实施例中，抗体是选自由以下组成 的群组的抗体类别中的成员：IgG、IgM、IgA、IgD以及IgE。在一些实施例中，抗体是通过化 学合成产生。在一些实施例中，抗体是单克隆抗体。在一些实施例中，抗体是多克隆抗体。 在一些实施例中，抗体是由细胞产生。在一些实施例中，抗体是通过化学合成产生。在一些 实施例中，抗体来源于哺乳动物。在一些实施例中，抗体来源于动物，比如（但不限于）小 鼠、大鼠、马、猪或山羊。在一些实施例中，抗体是使用重组细胞培养系统产生。在一些实施 例中，抗体是具有人恒定域和/或可变区域的嵌合抗体，例如来自小鼠、大鼠、马、猪或其它 物种的嵌合抗体。在一些实施例中，抗体来源于人。在一些实施例中，抗体是多克隆抗体。 在一些实施例中，抗体是人源化抗体。
[0060] 约：如本文所用，术语"约"或"大约"，如应用于一或多个所关注数值，是指数值类 似于所述参考数值。在某些实施例中，术语"约"或"大约"是指在任一方向上（大于或小 于）落入所述参考数值的 25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、 10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或小于1%范围内的数值范围，除非另有说 明或根据背景显而易见（这种数字超过可能数值的100%的情况除外）。
[0061] 结合剂：如本文所用，术语"结合剂"是指能够结合至抗原或生物靶的药剂。在一 些实施例中，结合剂包含蛋白质。在一些实施例中，结合剂是或包含天然存在的蛋白质。在 一些实施例中，结合剂来源于细胞或病毒。在一些实施例中，结合剂是合成蛋白质或化学合 成的蛋白质。在一些实施例中，结合剂包含天然氨基酸。在其他实施例中，结合剂包含一或 多个非天然氨基酸。在一些实施例中，结合剂包含天然氨基酸与非天然氨基酸的组合。在 一些实施例中，结合剂包含一条、两条或两条以上共价或非共价结合的多肽链。在一些实施 例中，结合剂可连接到更长多肽链或可为更长多肽链的一部分，只要结合剂保持其用于交 互作用的三维结构以及排列。在一些实施例中，结合剂可附接到作为或不为结合剂的另一 个多肽序列的N末端或C末端。在一些实施例中，结合剂可并入作为或不为结合剂的另一 个多肽序列中，借此将多肽序列分成两个或两个以上区段。
[0062] 在一些实施例中，结合剂是一种蛋白质，所述蛋白质具有类似于抗体的功能并且 能够结合至特异性抗原以形成复合物并且引发生物反应（例如促进或拮抗特定生物活 性）。在一些实施例中，结合剂是抗体。在一些实施例中，结合剂是或包含"全长"抗体，原 因在于其含有两条重链以及两条轻链，所述两条重链以及两条轻链任选地经二硫键结合， 如同天然产生的抗体。在一些实施例中，结合剂是或包含全长抗体的片段，原因在于其含有 全长抗体中所发现的一些，而非全部的序列。举例来说，在一些实施例中，结合剂是或包含 抗体片段，其包括（但不限于）Fab、Fat/、F(at/)2、8〇?￥、？￥、(18?￥双抗体以及？(1片段。 在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含仅包含重链的VHH(也就是抗原特异性VHH)抗 体。在一些实施例中，VHH来源于美洲驼或其它骆驼科抗体（例如骆驼科IgG2或IgG3,或来 自这些骆驼科Ig的⑶R呈现框）。在一些实施例中，VHH来源于鲨鱼。在一些实施例中，所 提供结合剂是或包含一或多种"小型抗体"或"微型抗体"，其是在C末端包括寡聚域的sFv 多肽链，通过铰链区与sFv分隔。在一些实施例中，铰链区包含自结合型a螺旋或白氨酸 拉链，其可以或可不通过额外的二硫键进一步稳定。
[0063] 在一些实施例中，结合剂是支架蛋白，比如（但不限于）蛋白质A、脂质运载蛋白、 锚蛋白共同重复域、硫氧还原蛋白、纤连蛋白、抗运载蛋白、生替素、高亲和性多聚体域、泛 素、锌指DNA结合蛋白（ZEP)或IgNAR。在一些实施例中，结合剂是支架蛋白，其中支架蛋白 经工程改造可呈现一或多个⑶R。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含胱氨酸结微 型蛋白。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含高亲和性抗体（双抗体、三抗体、四抗 体）。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含Scopion，其中所述Scorpion结构包含两 个通过免疫球蛋白Fc域分隔的结合部分。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含肽模 拟物。在一些实施例中，所提供的结合剂是或包含钩环肽。
[0064] 在一些实施例中，结合剂包含能够结合至所选结合部位的药剂。在一些实施例中， 结合剂能够结合至血球凝集素（HA)多肽中的所选结合部位。在一些特定实施例中，结合剂 能够结合至HA多肽的膜近侧抗原表位区域（MPER)中的所选结合部位。在一些特定实施例 中，结合剂能够结合至HA多肽的HA-1 (头）和/或HA-2 (柄）域中的所选结合部位。在一 些特定实施例中，结合剂能够结合至HA-1/HA-2界面膜近侧抗原表位区域（MPER)中的所选 结合部位。
[0065] 在一些实施例中，结合剂是能够与结合靶通过与一或多个靶残基交互作用来结合 的药剂。在一些实施例中，这些靶残基是氨基酸、醣类或其组合。在一些特定实施例中，结 合剂能够结合至经修饰的HA多肽，比如（但不限于）N连接型聚糖、唾液酸化聚糖和/或其 组合。
[0066] 在一些实施例中，结合剂是一种药剂，其能够与流感病毒竞争结合至HA多肽，使 得流感病毒与HA多肽之间的结合减少至少1. 5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5 倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少11倍、至少12倍、至少13倍、 至少14倍、至少15倍、至少16倍、至少17倍、至少18倍、至少19倍或至少20倍。在一些 实施例中，结合剂是一种药剂，其能够与流感病毒竞争结合至HA受体上的聚糖，使得流感 病毒与HA受体上的聚糖之间的结合减少至少1. 5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少 5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少11倍、至少12倍、至少13 倍、至少14倍、至少15倍、至少16倍、至少17倍、至少18倍、至少19倍或至少20倍。
[0067] 在一些实施例中，结合剂是或包含核酸，比如DNA或RNA。在一些实施例中，结合剂 包含一或多个寡核苷酸。在一些实施例中，结合剂是或包含一或多个寡核苷酸，所述寡核苷 酸包含二级结构，比如环、发夹、折叠或其组合。在一些实施例中，结合剂是或包含一或多个 寡核苷酸，所述寡核苷酸包含高阶（三阶或四阶）结构。在一些实施例中，结合剂是核酸， 其形成的结构经设计可模拟血球凝集素（HA)多肽内所发现的抗原表位。在一些实施例中， 结合剂是核酸，其形成的结构经设计可模拟一或多种流感HA多肽亚型内所发现的保守性 抗原表位。在一些实施例中，结合剂是或包含适体。
[0068] 生物学活性：如本文所用，习语"生物学活性"是指在生物系统（例如细胞培养 物、生物体等等）中具有活性的任何物质的特性。举例来说，投予生物体时对所述生物体具 有生物学作用的物质视为生物学活性。在特定实施例中，在蛋白质或多肽具有生物学活性 的情况下，与蛋白质或多肽共有至少一种生物学活性的蛋白质或多肽的一部分典型地称为 "生物学活性"部分。
[0069] 广谱：如本文所用，习语"广谱"是指药剂结合来自不同流感病毒株的各种HA多 肽。在一些实施例中，广谱药剂结合至多种不同HA多肽。这些例示性HA多肽包括H1、H2、 H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15 和 / 或H16 多肽，或其组合。在一些 实施例中，所提供的药剂是广谱药剂，原因在于其结合至来自至少两种不同的病毒分化枝 或群的HA多肽。在一些实施例中，所提供的药剂是广谱药剂，原因在于其结合至来自所有 已知病毒分化枝的HA多肽。在一些实施例中，所提供的药剂是广谱药剂，原因在于其结合 至来自群组1以及群组2流感病毒的HA多肽。在一些实施例中，广谱是指药剂结合至一些 或所有类型的HA多肽，所述HA多肽介导特定宿主的感染，例如鸟禽、骆驼、犬、猫、麝猫、马、 人、美洲豹、水紹、小鼠、海豹、石紹、猪、虎、鲸等等。
[0070] 特征部分：如本文所用，术语物质的"特征部分"就广义而言，是相对于完整物质来 说共有某种程度的序列或结构一致性的部分。在某些实施例中，特征部分与完整物质共有 至少一种功能特征。举例来说，蛋白质或多肽的"特征部分"是含有连续氨基酸段或许多连 续氨基酸段的部分，所述氨基酸段共同为蛋白质或多肽所特有的。在一些实施例中，每个这 种连续段一般含有至少2、5、10、15、20、50或更多个氨基酸。总的来说，物质（例如蛋白质、 抗体等等）的特征部分是除上文说明的序列和/或结构一致性之外，与相关完整物质共有 至少一种功能特征的部分。在一些实施例中，特征部分可具生物学活性。
[0071] 特征序列："特征序列"是在多肽或核酸家族的所有成员中发现的序列，因此可供 所述领域中的普通技术人员用于界定家族成员。
[0072] 组合疗法：如本文所用，术语"组合疗法"是指那些情形，其中两种或两种以上不同 药剂在重叠方案中投予，以便受检者同时暴露于两种药剂。
[0073] 剂型：如本文所用，术语"剂型"以及"单位剂型"是指用于治疗患者的治疗性蛋白 质（例如抗体）的实体离散单元。每个单元含有经计算可产生所想要治疗性作用的预定量 的活性物质。然而，应了解，组合物的总剂量将由主治医师在正确医疗判断的范围内决定。
[0074] 给药方案："给药方案"（或"治疗方案"），正如这个术语在本文中所用，是个别投 予受检者（典型地相隔一段时间）的一组单位剂量（典型地超过一个单位剂量）。在一些实 施例中，所给予的治疗剂有推荐的给药方案，其可以涉及一或多个剂量。在一些实施例中， 给药方案包含多个剂量，每个剂量彼此相隔相同的时间长度；在一些实施例中，给药方案包 含多个剂量并且个别剂量相隔至少两种不同时段。
[0075] 表达：如本文所用，核酸序列的"表达"是指一或多个以下事件：（1)由DNA序列产 生RNA模板（例如通过转录来产生）；（2)加工RNA转录物（例如通过拼接、编辑、5'帽形 成，和/或3'端形成）；（3)RNA转译成多肽或蛋白质；和/或（4)多肽或蛋白质的转译后 修饰。
[0076] 功能：如本文所用，"功能"生物分子是一种生物分子，其所呈的形式展现其特性化 的特性和/或活性。
[0077] 基因：如本文所用，术语"基因"具有如此项技术中所了解的含义。所述领域中的普 通技术人员将了解，术语"基因"可包括基因调控序列（例如启动子、增强子等等）和/或内 含子序列。将进一步了解，基因定义包括提及不编码蛋白质、而是编码功能性RNA分子（比 如tRNA、RNAi诱导剂等等）的核酸。为了明晰起见，我们指出，如本申请中所用，术语"基 因"泛指编码蛋白质的核酸的一部分；所述术语可任选地涵盖调控序列，正如所述领域中的 普通技术人员根据上下文所明了。不希望这个定义排除术语"基因"应用于编码非蛋白质 的表达单元，而是阐明在大多数情况下，如本文件中所用的术语是指编码蛋白质的核酸。
[0078] 基因产物或表达产物：如本文所用，术语"基因产物"或"表达产物"泛指由基因转 录的RNA(加工前和/或加工后）或由基因转录的RNA所编码的多肽（修饰前和/或修饰 后）。
[0079] 血球凝集素（HA)多肽：如本文所用，术语"血球凝集素多肽"（或"HA多肽"）是 指氨基酸序列包括HA的至少一种特征序列的多肽。来自流感分离株的多种HA序列在 所述领域中已为我们所知；实际上，国家生物技术信息中心（theNationalCenterfor BiotechnologyInformation，NCBI)维护的数据库（www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/ FLU.html)到本申请提交时为止包括9796种HA序列。所述领域中的普通技术人员参考这 个数据库可容易鉴别出一般HA多肽和/或特定HA多肽（例如Hl、H2、H3、H4、H5、H6、H7、 H8、H9、H10、H11、H12、H13、H14、H15或H16多肽）特有的序列；或介导感染特定宿主（例如 鸟禽、骆蛇、犬、猫、麝猫、环境、马、人、美洲豹、水紹、小鼠、海豹、石紹、猪、虎、鲸等等）的HA 多狀特有的序列。
[0080] 同源性：如本文所用，术语"同源性"是指聚合物分子之间，例如核酸分子（例如 DNA分子和/或RNA分子）之间和/或多肽分子之间的总体相关性。在一些实施例中，聚合物 分子若其序列至少 25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、 85%、90%、95%或99%-致，则视为彼此"同源"。在一些实施例中，聚合物分子若其序列至 少 25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95% 或99%相似，则视为彼此"同源"。
[0081] -致性：如本文所用，术语"一致性"是指聚合物分子之间，例如核酸分子（例如 DNA分子和/或RNA分子）之间和/或多肽分子之间的总体相关性。举例来说，计算两个 核酸序列的一致性百分比可通过根据最佳比较目的比对两个序列来执行（例如可将间隙 引入第一核酸序列与第二核酸序列之一或两者中用于最佳比对并且可不考虑将不一致序 列用于比较目的）。在某些实施例中，根据比较目的比对的序列长度为参考序列长度的至 少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%或实 质上100%。接着比较相应核苷酸位置上的核苷酸。若占据第一序列中的位置的核苷酸与 第二序列中的相应位置相同，则所述位置处的分子相同。两个序列之间的一致性百分比是 序列所共有的相同位置数目的函数（考虑需要引入以实现两个序列最佳比对的间隙数目 以及每个间隙的长度）。序列比较以及测定两个序列之间的一致性百分比可使用数学算法 完成。举例来说，两个核苷酸序列之间的一致性百分比可使用已并入ALIGN程序（2.0版） 中的迈尔（Meyers)以及密勒（Miller)的算法化六8105，1989,4:11-17)、使用？六1120权重 残基表格、间隙长度罚分12以及间隙罚分4来测定。或者，两个核苷酸序列之间的一致性 百分比可使用采用NWSgapdna.CMP矩阵的GCG软件包中的GAP程序测定。
[0082]分离：如本文所用，术语"分离"是指（1)已与最初产生（不论在自然界中和/或 在实验装置中）时结合的至少一些组分分离，和/或（2)已通过人工产生、制备和/或制造 的物质和/或实体。所分离的物质和/或实体可与和其最初结合的其他组分中的约10%、 约 20%、约 30%、约 40%、约 50%、约 60%、约 70%、约 80%、约 90%、约 91%、约 92%、约 93%、约94%、约95%、约96%、约97%、约98%、约99%或超过约99%分离。在一些实 施例中，所分离的药剂具有约80%、约85%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约 95%、约96%、约97%、约98%、约99 %或超过约99 %纯度。如本文所用，一种物质若其实 质上不含其它组分，则为"纯的"。如本文所用，计算所分离物质和/或实体的纯度百分比不 应包括赋形剂（例如缓冲剂、溶剂、水等等）。
[0083] 模拟抗原表位：如本文所用，术语"模拟抗原表位"是指模拟抗原表位结构的巨大 分子。在一些实施例中，模拟抗原表位引发的抗体反应与其相应抗原表位所引发的抗体反 应相同或相似。在一些实施例中，识别抗原表位的抗体也识别模拟所述抗原表位的模拟抗 原表位。在一些实施例中，模拟抗原表位是肽。在一些实施例中，模拟抗原表位是小分子、 碳水化合物、脂质或核酸。在一些实施例中，模拟抗原表位是保守性流感抗原表位的肽或非 肽模拟抗原表位。在一些实施例中，通过模拟所定义的病毒抗原表位的结构，模拟抗原表位 干扰流感病毒颗粒结合至其天然结合搭配物的能力，例如通过结合至天然结合搭配物本身 来干扰。
[0084] 核酸：如本文所用，术语"核酸"就其广义来说，是指合并成或可合并成寡核苷酸链 的任何化合物和/或物质。在一些实施例中，核酸是借助于磷酸二酯键联合并成或可合并 成寡核苷酸链的化合物和/或物质。在一些实施例中，"核酸"是指个别核酸残基（例如核 苷酸和/或核苷）。在一些实施例中，"核酸"是指包含个别核酸残基的寡核苷酸链。如本 文所用，术语"寡核苷酸"和"多核苷酸"可互换使用。在一些实施例中，"核酸"涵盖RNA以 及单股和/或双股DNA和/或cDNA。而且，术语"核酸"、"DNA"、"RNA"和/或类似术语包 括核酸类似物，也就是具有除磷酸二酯主链之外的主链的类似物。举例来说，此项技术中已 知并且主链中具有肽键而非磷酸二酯键的所谓"肽核酸"视为属于本发明的范围内。术语 "编码氨基酸序列的核苷酸序列"包括彼此间呈简并型式和/或编码相同氨基酸序列的所有 核苷酸序列。编码蛋白质和/或RNA的核苷酸序列可包括内含子。核酸可自天然来源提纯 而得，使用重组表达系统产生并且任选地提纯，化学合成等等。适当时，例如在化学合成分 子的情况下，核酸可包含核苷类似物，比如具有经化学修饰的碱基或糖、主链修饰等等的类 似物。除非另外说明，否则核酸序列以5'至3'方向呈现。术语"核酸区段"在本文中用 于指作为更长核酸序列的一部分的核酸序列。在许多实施例中，核酸区段包含至少3、4、5、 6、7、8、9、10或更多个残基。在一些实施例中，核酸是或包含天然核苷（例如腺苷、胸苷、鸟 苷、胞苷、尿苷、脱氧腺苷、脱氧胸苷、脱氧鸟苷以及脱氧胞苷）；核苷类似物（例如2-氨基 腺苷、2-硫代胸苷、肌苷、吡咯并嘧啶、3-甲基腺苷、5-甲基胞苷、C-5丙炔基-胞苷、C-5丙 炔基-尿苷、2-氨基腺苷、C5-溴尿苷、C5-氟尿苷、C5-碘尿苷、C5-丙炔基-尿苷、C5-丙 炔基-胞苷、C5-甲基胞苷、2-氨基腺苷、7-脱氮腺苷、7-脱氮鸟苷、8-氧代腺苷、8-氧代鸟 苷、0(6)-甲基鸟嘌呤以及2-硫胞苷）；经化学修饰的碱基；经生物学修饰的碱基（例如甲 基化碱基）；插入的碱基；经修饰的糖（例如2'-氟核糖、核糖、2'-脱氧核糖、阿拉伯糖 以及己糖）；和/或经修饰的磷酸酯基（例如硫代磷酸酯以及5' -N-氨基磷酸酯键联）。 在一些实施例中，本发明特别针对"未修饰的核酸"，意思指核酸（例如多核苷酸以及残基， 包括核苷酸和/或核苷）尚未经化学修饰以便促进或实现递送。
[0085] 患者：如本文所用，术语"患者"或"受检者"是指所提供组合物可投予的任何生物 体，例如用于实验、诊断、预防、美容和/或治疗目的。典型的患者包括动物（例如哺乳动物， 比如小鼠、大鼠、兔、非人灵长类动物，和/或人）。在一些实施例中，患者是人。
[0086] 医药学上可接受：如本文所用，术语"医药学上可接受"是指在正确医疗判断的范 围内，适合与人以及动物的组织接触使用而无过度毒性、刺激过敏反应或其它问题或併发 症并且与合理的益处/风险比率相称的物质。
[0087] 多肽：如本文所用，"多肽"一般来说是彼此通过肽键连接的一串至少两个氨基酸。 在一些实施例中，多肽可包括至少3到5个氨基酸，每个氨基酸通过至少一个肽键与其它氨 基酸连接。所述领域的普通技术人员将了解，多肽有时包括"非天然"氨基酸或其它实体， 尽管如此，所述"非天然"氨基酸或其它实体仍能够任选地并入多肽链中。
[0088] 蛋白质：如本文所用，术语"蛋白质"是指多肽（也就是，彼此间通过肽键连接的一 串至少两个氨基酸）。蛋白质可包括除氨基酸之外的部分（例如可为糖蛋白、蛋白聚糖等 等）且/或可以其它方式加工或修饰。所述领域的普通技术人员将了解，"蛋白质"可以是 如细胞所产生的完整的多肽链（具有或无信号序列），或可以是其特征部分。普通技术人员 将了解，蛋白质有时可包括超过一个多肽链，例如通过一或多个二硫键连接或用其它方式 结合而成。多肽可含有1-氨基酸、d-氨基酸，或两者，并且可含有此项技术中已知的任何各 种各样的氨基酸修饰或类似物。有用修饰包括例如末端乙酰化、酰胺化、甲基化等等。在一 些实施例中，蛋白质可包含天然氨基酸、非天然氨基酸、合成氨基酸以及其组合。术语"肽" 一般用于指长度小于约100个氨基酸、小于约50个氨基酸、小于20个氨基酸或小于10个 氨基酸的多肽。在一些实施例中，蛋白质是抗体、抗体片段、其生物学活性部分，和/或其特 征部分。
[0089] 参考结构元件：如本文所用，术语"参考结构元件"是供与另一个元件比较的化学 结构的元件。在一些实施例中，参考结构元件是或包含原子或部分彼此间相对和/或在三 维空间中的排列。在一些这样的实施例中，相关原子或部分通过化学身份（例如特定氨基 酸或化学基团或结构等等）和/或通过功能（例如氢键供体或受体、自由基等等）来定义。 在一些特定实施例中，在参考聚合物中发现参考结构元件的情况下，参考结构元件可为或 包含存在于参考聚合物中的单体序列。举例来说，在一些这样的实施例中，参考结构元件可 为或包含多肽中的特定氨基酸序列元件、聚核苷酸中的特定核苷酸序列元件，与/或多醣 中的特定聚糖结构。
[0090] 小分子：一般来说，"小分子"是尺寸小于约5千道尔顿（kD)的分子。在一些实施 例中，小分子小于约4kD、3kD、约2kD或约lkD。在一些实施例中，小分子小于约800道尔顿 (D)、约600D、约500D、约400D、约300D、约200D或约100D。在一些实施例中，小分子小于 约 2000g/mol、小于约 1500g/mol、小于约 1000g/mol、小于约 800g/mol，或小于约 500g/mol。 在一些实施例中，小分子是非聚合物小分子。在一些实施例中，根据本发明，小分子不是蛋 白质、多肽、寡肽、肽、聚核苷酸、寡核苷酸、多醣、糖蛋白、蛋白聚糖等等。
[0091] 实质上：如本文所用，术语"实质上"是指展现所关注特征或特性的总范围或程度 或近似总范围或程度的定性条件。生物学领域中的普通技术人员将了解，生物学以及化学 现象，如果发生过的话，也很少进行到底和/或进行至完全或达到或避免绝对结果。术语 "实质上"因此在本文中用于找准许多生物学以及化学现象中所固有的完全性潜在缺乏。
[0092] 实质上同源：习语"实质上同源"在本文中用于指氨基酸或核酸序列之间的比较。 正如所述领域的普通技术人员将了解，两个序列若其在相应位置中含有同源残基，则一般 视为"实质上同源"。同源残基可为一致残基。或者，同源残基可为具有适当类似结构和/ 或功能特征的非一致残基。举例来说，正如所述领域的普通技术人员所熟知，某些氨基酸典 型地归类为"疏水性"或"亲水性"氨基酸，和/或具有"极性"或"非极性"侧链。用一种氨 基酸取代另一相同类型通常可视为"同源"取代。
[0093] 正如此项技术中所熟知，氨基酸或核酸序列可使用任何各种各样的算法比较， 包括可以商用电脑程序获得的算法，商用电脑程序比如BLASTN(用于核苷酸序列）以及 BLASTP、间隙化BLAST以及PSI-BLAST(用于氨基酸序列）。这些例示性程序描述于艾尔兹储 (Altschul)等人，基本局部比对检索工具（Basiclocalalignmentsearchtool)，分子生 物学杂志（J.Mol.Biol. )，215 (3) :403-410,1990 ;艾尔兹储等人，酶学中的方法（Methods inEnzymology);艾尔兹储等人，"间隙化BLAST以及PSI-BLAST:新的一代蛋白质数据 库检索程序（GappedBLASTandPSI-BLAST:anewgenerationofproteindatabase searchprograms)"，核酸研宄（NucleicAcidsRes.)25 :3389_34〇2，l997;巴克瓦力斯 (Baxevanis)等人，生物信息学：分析基因以及蛋白质的实用性指南（Bioinformatics: APracticalGuidetotheAnalysisofGenesandProteins)，Wiley，1998;及米森勒 (Misener)等人，（编），生物信息学方法及方案（BioinformaticsMethodsandProtocols) (分子生物学中的方法（MethodsinMolecularBiology)，第132卷），忽麻纳出版社 (HumanaPress)，1999。除鉴别同源序列之外，上述程序典型地提供同源程度的示值。在一 些实施例中，两个序列若其相应残基的至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、 90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或更大在相关残基段上同源，则 视为实质上同源。在一些实施例中，相关段是完整序列。在一些实施例中，相关段为至少10、 15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、 250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500 或更多个残基。
[0094] 实质上一致：习语"实质上一致"在本文中用于指氨基酸或核酸序列之间的比 较。正如所述领域的普通技术人员将了解，两个序列若其在相应位置中含有一致残基，则 一般视为"实质上一致"。正如此项技术中所熟知，氨基酸或核酸序列可使用任何各种各 样的算法比较，包括可以商用电脑程序获得的算法，商用电脑程序比如BLASTN(用于核苷 酸序列）以及BLASTP、间隙化BLAST以及PSI-BLAST(用于氨基酸序列）。这些例示性程 序描述于艾尔兹储（Altschul)等人，基本局部比对检索工具（Basiclocalalignment searchtool)，分子生物学杂志（J.Mol.Biol.)，215(3) :403-410,1990;艾尔兹储等人，酶 学中的方法（MethodsinEnzymology);艾尔兹储等人，"间隙化BLAST以及PSI-BLAST: 新的一代蛋白质数据库检索程序（GappedBLASTandPSI-BLAST:anewgenerationof proteindatabasesearchprograms)"，核酸研宄（NucleicAcidsRes.) 25:3389-3402， 1997;巴克瓦力斯（Baxevanis)等人，生物信息学：分析基因以及蛋白质的实用性指南(Bioinformatics：APracticalGuidetotheAnalysisofGenesandProteins),Wiley, 1998 ;及米森勒（Misener)等人，（编），生物信息学方法及方案（BioinformaticsMethods andProtocols)(分子生物学中的方法（MethodsinMolecularBiology)，第 132 卷），忽 麻纳出版社（HumanaPress)，1999。除鉴别一致序列之外，上述程序典型地提供一致程度的 示值。在一些实施例中，两个序列若其相应残基的至少50%、55%、60%、65%、70%、75%、 80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99% 或更大在相关残基段 上一致，则视为实质上一致。在一些实施例中，相关段是完整序列。在一些实施例中，相关段 为至少 10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、 200、225、250、275、300、325、350、375、400、425、450、475、500 或更多个残基。
[0095] 罹患："罹患"疾病、病症或病状（例如流感）的个体已经确诊且/或展现所述疾 病、病症或病状的一或多种症状。
[0096] 易感染："易感染"疾病、病症或病状（例如流感）的个体面临发展所述疾病、病症 或病状的风险。在一些实施例中，易感染疾病、病症或病状的个体不呈现所述疾病、病症或 病状的任何症状。在一些实施例中，易感染疾病、病症或病状的个体尚未诊断有所述疾病、 病症和/或病状。在一些实施例中，易感染疾病、病症或病状的个体是已经暴露于与所述疾 病、病症或病状发展相关的条件的个体（例如个体已经暴露于流感）。
[0097] 症状减少：根据本发明，当特定疾病、病症或病状的一或多种症状的量值（例如强 度、严重程度等等）或频率减少时，"症状减少"。为了清晰起见，特定症状发作的延迟视为 所述症状的频率减少的一种形式。不希望本发明仅限于症状消除的情况。本发明特别涵盖 使得一或多种症状即使不能完全消除、但也能减少（并且受检者的状况借此"改善"）的治 疗。
[0098] 治疗剂：如本文所用，习语"治疗剂"是指当投予受检者时，具有治疗作用且/或引 发所要生物学和/或药理学效应的任何药剂。
[0099] 治疗有效量：如本文所用，术语"治疗有效量"是指治疗剂（例如蛋白质，特定来 说，例如抗体）的量，这种量在统计学上与按照适用于任何医疗处理的益处/风险比投予受 检者群体时的特定治疗作用相关。治疗作用可为客观的（也就是可通过一些检验或标记来 测量）或主观的（也就是受检者指出或感受作用）。具体来说，"治疗有效量"是指治疗剂 有效减少疾病、病症或病状的一或多种特点、症状或特征的发生率和/或严重程度和/或延 迟其发作。治疗有效量通常按照可包含多个单元剂量的给药方案投予。对于任何特定的治 疗性蛋白质来说，治疗有效量（和/或有效给药方案内的适当单元剂量）可根据例如投药 途径、与其它医药剂的组合来改变。还有，任何特定患者的特定治疗有效量（和/或单元剂 量）可根据各种各样的因素而定，包括所治疗的病症以及病症严重程度；所用特定医药剂 的活性；所用特定组合物；患者的年龄、体重、一般健康状况、性别及饮食；投药时间、投药 途径，和/或所用特定融合蛋白的排出或代谢速度；治疗持续时间；以及医疗领域中熟知的 类似因素。
[0100] 治疗：如本文所用，术语"治疗（treatment) "（还有"治疗（treat) "或"治疗 (treating)"）是指部分或完全缓解、改善、减轻、抑制、延迟特定疾病、病症和/或病状（例 如流感）的一或多种症状、特征和/或病因的发作、降低其严重程度和/或降低其发生率的 物质（例如所提供的组合物）的任何投予。这种治疗可给予未展现相关疾病、病症和/或 病状的病征的受检者和/或仅展现疾病、病症和/或病状的早期病征的受检者。或者或另 夕卜，这种治疗可给予展现相关疾病、病症和/或病状的一或多种已确立病征的受检者。在一 些实施例中，治疗可给予已确诊罹患相关疾病、病症和/或病状的受检者。在一些实施例 中，治疗可给予已知具有一或多种易感染因素的受检者，这些因素在统计学上与相关疾病、 病症和/或病状的发展风险增大相关。
[0101] 通用抗流感药剂：如本文所用，术语"通用抗流感药剂"是指对于各种流感病毒株、 群组、分化枝以及群集均有广谱中和作用的药剂。
[0102] 非天然氨基酸：如本文所用，术语"非天然氨基酸"是指不为20种天然存在的氨基 酸之一的任何氨基酸、经修饰的氨基酸和/或氨基酸类似物。参看美国专利第7, 045, 337 号、美国专利第7, 385, 028号以及美国专利第7, 332, 571号，这些专利的整个公开内容以引 用的方式并入本文中。如本文所用，"非天然氨基酸"还包涵经化学修饰的氨基酸，包括（但 不限于）盐、氨基酸衍生物（比如酰胺）和/或取代。氨基酸（包括肽中的羧基末端和/ 或胺基末端氨基酸）可通过聚乙二醇化、甲基化、酰胺化、乙酰化和/或用对结合剂活性无 不利影响的其它化学基团取代来修饰。氨基酸可以参与二硫键。术语"氨基酸"可与"氨基 酸残基"互换使用，并且可以指游离氨基酸和/或肽的氨基酸残基。根据使用术语的背景， 显而易见其是指游离氨基酸，还是肽的残基。
[0103] 接种疫苗：如本文所用，术语"接种疫苗"是指投予旨在产生免疫反应（例如针对 致病原（disease-causingagent))的组合物。为了本发明的目的，接种疫苗可在暴露于致 病原之前、期间和/或之后投予，并且在某些实施例中，在暴露于致病原之前、期间和/或之 后不久投予。在一些实施例中，接种疫苗包括以间隔适当的时间多次投予接种组合物。 [0104]载体：如本文所用，"载体"是指一种核酸分子，其能够转运与其结合的另一种核 酸。在一些实施例中，载体能够在染色体外复制和/或表达与其在宿主细胞（比如真核和 /或原核细胞）中连接的核酸。能够直接表达操作地连接基因的载体在本文中称为"表达 载体"。
[0105]如本文所述，本发明提供结合至多种流感病毒株的新颍流感结合剂。本发明尤其 提供结合至流感HA的特定抗体，以及与所提供抗体共有特定结构和/或功能特征的结合 剂。
[0106]流感抗原
[0107] 血球凝集素（HA)多肽
[0108] 流感病毒是RNA病毒，其特征为脂膜被膜含有嵌入病毒独有膜内的两种糖蛋白： 血球凝集素（HA)多肽以及神经胺糖酸苷酶（NA)多肽。存在16种已知的HA多肽亚型（H1、 H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、Hll、H12、H13、H14、H15 和H16)以及 9 种NA多肽亚型 (N1、N2、N3、N4、N5、N6、N7、N8和N9)，并且不同的流感病毒株是根据病毒株的HA多肽及NA 多肽亚型的个数来命名，其中一种HA多肽亚型与一种NA多肽亚型（例如H1N1、H1N2、H1N3、 H1N4、H1N5等等）的组合存在不同组合。
[0109] 根据氨基酸序列一致性及晶体结构的比较，HA多肽亚型已经分成两个主要群组及 四个较小分化枝，其进一步分成五个群集。不同的HA多肽亚型不一定共有很大的氨基酸序 列一致性，但不同HA多肽亚型的总体三维结构彼此相似，其中的若干细微差异可用于分级 目的。举例来说，膜远侧子域相对于中心a螺旋的特定取向是一种结构特征，这个特征通 常用于确定HA多肽亚型（拉塞尔（Russell)等人，病毒学（Virology)，325:287, 2004)。 [0110]HA，正如其在自然界中存在的那样，是三个相同单体的三聚物，每个单体作为前驱 物合成，所述前驱物经蛋白水解加工成两个经二硫化物键结的多肽链。成熟HA多肽包含两 个域：（1)核心HA-1域，称为唾液酸结合域；及（2)HA的跨膜柄，称为HA-2域。HA-1含有 聚糖的结合部位并且人们认为HA-1负责介导HA结合至HA受体。HA-2负责呈现HA-1域。 典型地，HA单体柄的三个长HAa螺旋之间的极性以及非极性交互作用提供使HA三聚物稳 定的主要力量。将了解，根据本发明的HA多肽可含有来自任何HA域（例如核心HA-1、跨膜 HA-2和/或其组合）的氨基酸残基和/或序列。
[0111] 在一些实施例中，根据本发明的HA多肽含有超过一种流感亚型中皆保守的序列。 举例来说，分析所有流感亚型的HA序列显示，HA-1(头）与HA-2(柄）域的界面中的一组 氨基酸非常保守并且能让有远景的治疗性分子可及。研宄还观察到，包括典型a螺旋以及 其邻近残基的HA-1/HA-2界面膜近侧抗原表位区域（MPER)存在优良的广谱保守性（艾克 特（Ekiert)等人，科学（Science)，324 (5924) :246, 2009 ;苏伊（Sui)等人，自然结构与分 子生物学（NatStructMolBiol.) 16(3) :265, 2009)。
[0112] HA#体
[0113] 如本文所述的HA多肽通过结合至糖蛋白受体（称为HA受体）而与细胞表面交互 作用。HA多肽结合至HA受体主要由HA受体上的N连接型聚糖介导。具体来说，流感病毒 颗粒表面上的HA多肽识别与细胞宿主表面上的HA受体结合的唾液酸化聚糖。识别并且结 合之后，宿主细胞吞没病毒细胞并且病毒能够复制并产生很多的病毒颗粒以分配给相邻细 胞。
[0114] 天然HA(在许多实施例中，HA多肽）与16种亚型（称为H1至H16)之一的同三 聚体一样存在于病毒膜中。这些亚型中仅三种（H1、H2以及H3)到目前为止已变得适宜于 人感染。已适于感染人的HA多肽（例如来自传染病H1N1 (1918)以及H3N2 (1967-68)流 感亚型的HA多肽）的一个已报导特征是，相较于其优先结合至a2,3唾液酸化聚糖的鸟 禽祖先，其能够优先结合至a2,6唾液酸化聚糖（斯科豪（Skehel)及瓦雷（Wiley)，生物 化学年评（AnnuRevBiochem)，69 :531，2000 ;罗杰斯（Rogers)及鲍尔森（Paulson)，病毒 学（Virology)，127:361，1983;罗杰斯等人，自然（Nature)，304:76,1983;索特（Sauter) 等人，生物化学（Biochemistry)，31 :9609,1992;康诺（Connor)等人，病毒学（Virology)， 205 :17,1994 ;汤培（Tumpey)等人，科学（Science)，310 :77, 2005)。
[0115] 不希望受任何特定理论限制，人们已经提出，感染人宿主的能力较少与结合至特 定键联的聚糖相关，而更多与结合至特定拓扑结构的聚糖相关。我们已经特别说明，介导 感染人的HA多肽结合至伞形拓扑结构聚糖，通常显示伞形拓扑结构聚糖优于锥形拓扑结 构聚糖（即使锥形拓扑结构聚糖可为a2,6唾液酸化聚糖）（参见例如2009年1月2日提 交的USSN12/348, 266 ;2008 年 11 月 17 日提交的USSN12/301，126 ;2008 年 1 月 3 日提 交的USSN61/018, 783 ;2008 年 1 月 3 日提交的USSN11/969, 040 ;2007 年 8 月 14 日提交 的USSN11/893, 171 ;2006 年 8 月 14 日提交的USSN60/837, 868 ;8 月 14 日提交的USSN 60/837,869 ;以及2007年8月14日提交的PCT申请案PCT/US07/18160,各文献以引用的 方式并入本文中）。
[0116] 可获得来自结合至（a2, 3键联与a2,6键联两者的）唾液酸化寡糖的HI(人以 及猪）、H3 (鸟禽）以及H5 (鸟禽）亚型的若干晶体结构并且对涉及HA多肽和这些聚糖的 不同交互作用的特定氨基酸进行分子层面的了解（埃森（Eisen)等人，病毒学（Virology)， 232:19,1997;哈（Ha)等人，美国国家科学院院刊（ProcNatlAcadSciUSA)，98:11181， 2001 ;哈（Ha)等人，病毒学（Virology)，309 :209, 2003 ;甘伯林（Gamblin)等人，科学 (Science)，303:1838, 2004;斯蒂文（Stevens)等人，科学（Science)，303:1866, 2004;拉 塞尔（Russell)等人，糖偶联物杂志（GlycoconjJ) 23 :85, 2006 ;斯蒂文（Stevens)等人， 科学（Science)，312 :404, 2006)。例示性HA-聚糖交互作用的一些晶体结构已经鉴别并且 呈现于下文表格1中。
[0117] 表格1. HA-聚糖复合物的晶体结构

【权利要求】
1. 一种抗体，其与表格2和表格3中所列的一或多种抗体（SEQ ID NO :1-60)竞争结 合至多种不同血球凝集素（HA)多肽，所述多种不同HA多肽包括以至少2种不同HA亚型发 现的HA多肽蛋白质。
2. 根据权利要求1所述的抗体，其中所述抗体包含序列与表格2和表格3中的相应CDR 或FR(SEQ ID N0:l-60) -致的一或多个互补决定区CDR或一或多个框架区FR。
3. -种抗体，其包含序列与表格2和表格3中的相应⑶R或FR(SEQ ID N0:l-60)至 少80 %-致的一或多个⑶R或一或多个FR。
4. 一种抗体，其包含相较于表格2和表格3中的相应⑶R以及FR序列（SEQ ID NO : 1-60)，总共含有不超过18个取代的⑶R以及FR序列。
5. -种抗体，其包含相较于表格2和表格3中的相应⑶R以及FR序列（SEQ ID NO : 1-60)，总共含有不超过15个取代的⑶R以及FR序列。
6. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含互补决定区CDR 1，所述互补决定区⑶R 1显示与表格2和表格3中的⑶R1区域（SEQ ID NO :17-18和/或 SEQ ID NO :44-54)至少65%、超过70%、超过75%、超过80%、超过85%、超过90%、超过 95 %或超过99 %-致。
7. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中相较于表格2和表格3中的 CDR1区域（SEQ ID NO :17-18和/或SEQ ID NO :44-54)，所述抗体包含具有至少两个氨基 酸取代的互补决定区⑶R 1。
8. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中相较于表格2和表格3中的 CDR1区域（SEQ ID NO :17-18和/或SEQ ID NO :44-54)，所述抗体包含具有少于两个氨基 酸取代的互补决定区⑶R 1。
9. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含互补决定区CDR 1，所述CDR1具有与表格2和表格3中的CDR1区域（SEQ ID NO : 17-18和/或SEQ ID NO : 44-54)之一的氨基酸序列一致的氨基酸序列。
10. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含互补决定区 CDR 2,所述CDR2显示与表格2和表格3中的CDR2区域（SEQ ID NO :19-20和/或SEQ ID NO :55-58)至少65%、超过70%、超过75%、超过80%、超过85%、超过90%、超过95%或 超过99% -致。
11. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中相较于表格2和表格3中的 CDR2区域（SEQ ID NO :19-20和/或SEQ ID NO :55-58)，所述抗体包含具有至少两个氨基 酸取代的互补决定区⑶R 2。
12. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中相较于表格2和表格3中的 CDR2区域（SEQ ID NO :19-20和/或SEQ ID NO :55-58)，所述抗体包含具有少于两个氨基 酸取代的互补决定区⑶R 2。
13. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含互补决定区 CDR 2,所述CDR2具有与表格2以及表格3中的CDR2区域（SEQ ID NO :19-20和/或SEQ ID NO :55-58)之一的氨基酸序列一致的氨基酸序列。
14. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含互补决定区 CDR 3,所述CDR3显示与表格2和表格3中的CDR3区域（SEQ ID NO :21-32和/或SEQ ID NO :59-60)至少65%、超过70%、超过75%、超过80%、超过85%、超过90%、超过95%或 超过99% -致。
15. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中相较于表格2和表格3中的 CDR3区域（SEQ ID NO :21-32和/或SEQ ID NO :59-60)，所述抗体包含具有至少两个氨基 酸取代的互补决定区⑶R 3。
16. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中相较于表格2和表格3中的 CDR3区域（SEQ ID NO :21-32和/或SEQ ID NO :59-60)，所述抗体包含具有少于两个氨基 酸取代的互补决定区⑶R 3。
17. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含互补决定区 CDR 3,所述CDR3具有与表格2和表格3中的CDR3区域（SEQ ID NO :21-32和/或SEQ ID NO :59-60)之一的氨基酸序列一致的氨基酸序列。
18. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含VH框架区，所 述VH框架区与表格2中的VH框架区（SEQ ID NO :1-16)共有超过65%、超过70%、超过 75 %、超过80 %、超过85 %、超过90 %、超过95 %或超过99 %的百分比一致性。
19. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含本发明的VL框 架区，所述VL框架区与表格3中的VL框架区（SEQ ID NO :33-43)共有超过65%、超过70%、 超过75 %、超过80 %、超过85 %、超过90 %、超过95 %或超过99 %的百分比一致性。
20. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体显示结合至选自由 以下各项组成的群组的流感HA :群组1亚型、群组2亚型，以及其组合。
21. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体显示选自由以下各 项组成的群组的流感HA的中和IC50 ( y g/ml):群组1亚型、群组2亚型，以及其组合。
22. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体结合至选自由以下 各项组成的群组的亚型的至少一种HA多肽：Hl、H2、H3、H4、H5、H6、H7、H8、H9、H10、H11、 H12、H13、H14、H15、H16 以及其组合。
23. 根据权利要求22所述的抗体，其中所述抗体结合至选自由以下各项组成的群组的 亚型的至少两种拟多肽汨1、113、册、117、119以及其组合。
24. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体是IgG。
25. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体是单克隆抗体。
26. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体选自由以下各项组 成的群组：人抗体、小鼠抗体、兔抗体，以及其组合。
27. 根据前述权利要求中任一权利要求所述的抗体，其中所述抗体是人抗体。 28?-种抗体，其包含 VH-1、VH-2、VH-3、VH-4、VH-5、VH-6、VH-7、VH-8、VH-9、VH-10、 VH-11、VH-12、VH-13、VH-14、VH-15、VH-16 中的任一者或其片段与 VL-1、VL-2、VL-3、VL-4、 VL-5、VL-6、VL-7、VL-8、VL-9、VL-10、VL-11 中的任一者或其片段的组合。
29. 根据权利要求28所述的抗体，其中所述抗体具有VH-1(SEQ ID N0:1)与VL-1(SEQ ID NO :33)的组合。
30. -种结合剂，其结构包括根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体的一或 多个特征，使得所述结合剂对于选自由以下各项组成的群组的流感病毒显示IC5(I( y g/ml): 群组1亚型、群组2亚型，以及其组合。
31. -种结合剂，其结构包括根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体的一或 多个特征，使得所述结合剂显示以小于2000nM、小于1500nM、小于lOOOnM、小于500nM、小于 250nM、小于 225nM、小于 200nM、小于 175nM、小于 150nM、小于 125nM、小于 100nM、小于 75nM 或小于50nM的KD结合至流感HA。
32. -种结合剂，其结构包括根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体的一或 多个特征，使得所述结合剂以下限为约〇. 01 X lO^fY1并且上限为约1. 0 X 10嘗1^的K 3结 合至流感HA。
33. -种结合剂，其结构包括根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体的一或 多个特征，使得所述结合剂以下限为约〇. 01 X 10?4并且上限为约1. 0 X 10 的K d结合。
34. 根据权利要求30到33中任一权利要求所述的结合剂，其中所述结合剂包含多肽。
35. 根据权利要求34所述的多肽，其中所述多肽包含至少一个聚乙二醇化氨基酸。
36. 根据权利要求34所述的多肽，其中所述多肽包含至少一个糖基化氨基酸。
37. 根据权利要求34所述的多肽，其中所述多肽包含抗体。
38. 根据权利要求37所述的抗体，其中所述抗体包含抗体片段。
39. 根据权利要求37所述的抗体，其中所述抗体与选自由以下各项组成的群组的天然 聚合物偶联：白蛋白、几丁聚糖、肝素、太平洋紫杉醇、聚（L-谷氨酸盐）、N-(2-羟基丙基） 甲基丙烯酰胺（HPMA)、聚（L-交酯）（PLA)、聚（酰胺基胺）（PAMAM)、叶酸盐和/或其组合。
40. 根据权利要求30到33中任一权利要求所述的结合剂，其中所述结合剂包含钩环肽 (stapled peptide)〇
41. 根据权利要求30到33中任一权利要求所述的结合剂，其中所述结合剂包含支架蛋 白。
42. 根据权利要求41所述的支架蛋白，其中所述支架蛋白选自由以下各项组成的群 组：纤维结合蛋白、脂质运载蛋白、抗运载蛋白、蛋白质、硫氧还原蛋白A、锚蛋白重复、犰狳 重复、三十四肽重复以及其组合。
43. 根据权利要求30到33中任一权利要求所述的结合剂，其中所述结合剂包含微型抗
44. 根据权利要求30到33中任一权利要求所述的结合剂，其中所述结合剂包含肽模拟 物。
45. 根据权利要求30到33中任一权利要求所述的结合剂，其中所述结合剂包含模拟抗 原表位。
46. -种细胞系，其表达根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体。
47. 根据权利要求46所述的细胞系，其中所述细胞系是哺乳动物细胞系。
48. 根据权利要求46所述的细胞系，其中所述细胞系是融合瘤。
49. 一种医药组合物，其包含： 根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体；以及 医药学上可接受的赋形剂。
50. -种医药组合物，其包含： 结合剂，其识别由根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体识别的抗原表位； 以及 医药学上可接受的赋形剂。
51. -种医药组合物，其包含： 根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体的片段，其中所述片段保留所述完整 抗体的抗原结合活性；以及 医药学上可接受的赋形剂。
52. 根据权利要求49到51中任一权利要求所述的医药组合物，其进一步包含至少一种 额外的抗病毒剂。
53. -种治疗受检者的方法，所述方法包含以下步骤： 将治疗有效量的根据权利要求1到29、30到45以及49到52中任一权利要求所述的 抗体、结合剂或医药组合物投予罹患或易受流感感染的受检者。
54. -种试剂盒，其包含： 至少一种根据权利要求1到29中任一权利要求所述的抗体； 用于将所述至少一种抗体投予受检者的针筒、针或施用器；以及 使用说明书。
55. -种试剂盒，其包含： 至少一种根据权利要求30到45中任一权利要求所述的结合剂； 用于将所述至少一种抗体投予受检者的针筒、针或施用器；以及 使用说明书。
【文档编号】C12P21/08GK104507500SQ201380024604
【公开日】2015年4月8日 申请日期:2013年3月14日 优先权日:2012年5月10日
【发明者】S·拉居拉姆, 维斯瓦纳坦·萨西赛哈兰, 文卡塔拉曼·桑达拉拉詹, 拉姆·萨西赛哈兰, 维迪亚·苏布拉马尼亚安, 卡纳安·塔拉卡拉曼 申请人:麻省理工学院