1.一种方法，其包括：
使分析仪与序列数据库信息偶联，其中所述序列数据库储存了来自病毒相关肿瘤的核酸序列和嵌合参照核酸序列；
其中所述嵌合参照核酸序列包含至少一种病毒核酸序列和哺乳动物核酸序列；
通过分析仪鉴定嵌合参照核酸序列中至少一些病毒核酸序列与来自病毒相关肿瘤的核酸序列中等位基因的整合；
通过分析仪鉴定等位基因与至少一些病毒核酸序列的共同扩增；以及
一旦共同扩增达到阈值，则更新病毒相关肿瘤的治疗建议记录。
2.权利要求1所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序列包含病毒相关肿瘤至少一条染色体的核酸序列。
3.权利要求1所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序列包含病毒相关肿瘤外显子组的至少50％。
4.权利要求1所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序列包含病毒相关肿瘤完整基因组的至少50％。
5.权利要求1所述的方法，其中所述病毒相关肿瘤是与选自以下的病毒有关的：HTLV-1(人类T细胞白血病病毒)、HPV病毒(人类乳头状瘤病毒)、HHV-8(人类疱疹病毒8)、EBV(EB病毒)、HBV(乙型肝炎病毒)、HCV(丙型肝炎病毒)、SV40(猿猴疱疹病毒40)、BKV(BK病毒)、JCV(JC病毒)、HERV(人类内源性逆转录病毒)、HMTV(人类乳腺肿瘤病毒)、KSHV(卡波氏肉瘤相关疱疹病毒)和/或TTV(细环病毒)。
6.权利要求1所述的方法，其中所述病毒相关肿瘤是与16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、69、73和82型HPV病毒相关的。
7.权利要求1所述的方法，其中所述嵌合参照核酸序列包含来自多 种不同病毒的多种病毒核酸序列。
8.权利要求1所述的方法，其中所述嵌合参照核酸序列中的所述哺乳动物核酸序列为匹配的正常的哺乳动物核酸序列。
9.权利要求1所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序列和所述嵌合参照核酸序列为BAM、SAM、FASTA或FASTA索引格式。
10.权利要求1所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序列中的等位基因包含致癌基因。
11.权利要求1所述的方法，其中所述鉴定整合的步骤包括鉴定整合位点。
12.权利要求1所述的方法，其进一步包括确定用于基因组排布的解决方法的步骤，其中所述基因组排布包含所述共同扩增序列。
13.权利要求1所述的方法，其中所述阈值大于10倍扩增。
14.一种方法，其包括：
使分析仪与序列数据库信息偶联，其中所述序列数据库储存了来自哺乳动物组织的核酸序列和嵌合参照核酸序列；
其中所述嵌合参照核酸序列包含至少一种病毒核酸序列和可任选地哺乳动物核酸序列；
通过分析仪鉴定来自哺乳动物组织的至少一些核酸序列在病毒核酸序列中的整合；
通过分析仪鉴定来自哺乳动物组织的核酸序列的等位基因与至少一些病毒核酸序列的共同扩增；以及
一旦共同扩增达到阈值，则更新哺乳动物的治疗建议记录。
15.权利要求14所述的方法，其中所述嵌合组织为患病组织。
16.权利要求14所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序列包含哺乳动物组织至少一条染色体的核酸序列。
17.权利要求14所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序 列包含哺乳动物组织外显子组的至少50％。
18.权利要求14所述的方法，其中所述来自病毒相关肿瘤的核酸序列包含哺乳动物组织完整基因组的至少50％。
19.权利要求14所述的方法，其中所述哺乳动物组织为病毒相关肿瘤的肿瘤组织。
20.权利要求14所述的方法，其中所述嵌合参照核酸序列包含多种不同病毒的核酸序列。
21.权利要求14所述的方法，其中所述嵌合参照核酸序列包含肿瘤相关病毒的核酸序列。
22.权利要求21所述的方法，其中所述肿瘤相关病毒为选自以下的病毒：HTLV-1(人类T细胞白血病病毒)、HPV病毒(人类乳头状瘤病毒)、HHV-8(人类疱疹病毒8)、EBV(EB病毒)、HBV(乙型肝炎病毒)、HCV(丙型肝炎病毒)、SV40(猿猴疱疹病毒40)、BKV(BK病毒)、JCV(JC病毒)、HERV(人类内源性逆转录病毒)、HMTV(人类乳腺肿瘤病毒)、KSHV(卡波氏肉瘤相关疱疹病毒)和/或TTV(细环病毒)。
23.权利要求21所述的方法，其中所述的肿瘤相关的病毒为16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、69、73和82型HPV病毒。
24.权利要求14所述的方法，其中所述嵌合参照核酸序列包含哺乳动物核酸序列。
25.权利要求24所述的方法，其中所述哺乳动物核酸序列为匹配的正常的哺乳动物核酸序列。
26.权利要求14所述的方法，其进一步包括确定用于基因组排布的解决方法的步骤，其中所述基因组排布包括共同扩增序列。
27.权利要求26所述的方法，其中所述基因组排布为环状方法或串联重复。
28.权利要求14所述的方法，其中所述阈值大于10倍扩增。
29.一种方法，其包括：
使分析仪与序列数据库形成偶联，其中所述序列数据库储存了来自患者宫颈肿瘤的核酸序列和嵌合参照核酸序列；
其中所述嵌合参照核酸序列包含来自患者的匹配的正常核酸序列和HPV病毒的病毒核酸序列；
通过分析仪鉴定嵌合参照核酸序列中至少一些病毒核酸序列与来自宫颈肿瘤的核酸序列中致癌基因的等位基因的整合；
通过分析仪鉴定等位基因与至少一些病毒核酸序列的共同扩增；以及
一旦共同扩增达到阈值，则更新病毒相关肿瘤的治疗建议记录。
30.权利要求29所述的方法，其中来自宫颈肿瘤的核酸序列包含宫颈肿瘤至少一条染色体的核酸序列。
31.权利要求29所述的方法，其中来自宫颈肿瘤的核酸序列包含宫颈肿瘤外显子组的至少50％。
32.权利要求29所述的方法，其中来自宫颈肿瘤的核酸序列包含宫颈肿瘤完整基因组的至少50％。
33.权利要求29所述的方法，其中所述的嵌合参照核酸序列包含16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、69、73或82型HPV病毒的至少2种核酸序列。
34.权利要求33所述的方法，其中所述HPV病毒的至少2种核酸序列覆盖HPV病毒的完整基因组。
35.权利要求29所述的方法，其中所述致癌基因为编码生长因子受体的基因。
36.权利要求35所述的方法，其中所述致癌基因为ERBB2。
37.权利要求29所述的方法，其中所述等位基因为纯合等位基因。
38.权利要求29所述的方法，其进一步包括确定用于基因组排布的解决方法的步骤，其中所述基因组排布包含共同扩增序列。
39.权利要求38所述的方法，其中所述基因组排布为环状方法或串联重复。
40.权利要求29所述的方法，其中所述治疗建议记录包括施用靶向所述致癌基因的药品。
41.一种方法，其包括：
使编辑仪与序列数据库信息偶联，其中所述序列数据库储存了来自哺乳动物组织的核酸序列和来自多种不同病毒的多种病毒核酸序列；
通过编辑仪将来自哺乳动物组织的核酸序列与多种病毒核酸序列合并成单个嵌合核酸序列文件；
其中来自哺乳动物组织的核酸序列根据染色体结构在单个嵌合核酸序列中被组织，并且其中多种病毒核酸序列的每一种作为单个染色体在单个嵌合核酸序列中被组织；以及
用单个嵌合基因组文件对序列数据库进行更新。
42.权利要求41所述的方法，其中所述来自哺乳动物组织的核酸序列包含哺乳动物组织至少一条染色体的核酸序列。
43.权利要求41所述的方法，其中所述来自哺乳动物组织的核酸序列包含哺乳动物组织外显子组的至少50％。
44.权利要求41所述的方法，其中所述来自哺乳动物组织的核酸序列包含哺乳动物组织完整基因组的至少50％。
45.权利要求41所述的方法，其中所述不同病毒为肿瘤相关病毒。
46.权利要求41所述的方法，其中所述的肿瘤相关病毒为选自以下的病毒：HTLV-1(人类T细胞白血病病毒)、HPV病毒(人类乳头状瘤病毒)、HHV-8(人类疱疹病毒8)、EBV(EB病毒)、HBV(乙型肝炎病毒)、HCV(丙型肝炎病毒)、SV40(猿猴疱疹病毒40)、BKV(BK病毒)、JCV(JC病毒)、HERV(人类内源性逆转录病毒)、HMTV(人类乳腺肿瘤病毒)、KSHV(卡波氏肉瘤相关疱疹病毒)和/或TTV(细环病毒)。
47.权利要求46所述的方法，其中所述肿瘤相关病毒为16、18、31、 33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、69、73或82型HPV病毒。
48.权利要求41所述的方法，其中所述合并步骤包括将来自哺乳动物组织的核酸序列附加至多种病毒核酸序列中。
49.权利要求41所述的方法，其中所述来自哺乳动物组织的核酸序列、所述多种病毒核酸序列和所述单个嵌合核酸序列文件的至少一种为BAM、SAM、FASTA或FASTA索引格式。
50.权利要求41所述的方法，其中所述来自哺乳动物组织的核酸序列、所述多种病毒核酸序列和所述单个嵌合核酸序列文件为BAM格式。
51.权利要求41所述的方法，其中所述来自哺乳动物组织的核酸序列为哺乳动物的匹配的正常的序列。