用于在纳米孔中操作分子的系统和方法_2

文档序号:9519153阅读:来源:国知局
所述逆向前进电刺激的量值比所述获取性电刺激的量值小,但比所述保持性电刺激的量值大。
[0086]70.技术方案68的系统,其中所述逆向前进电刺激具有与所述获取性电刺激相反的极性。
[0087]71.技术方案68的系统,其中所述分子是双链DNA分子,所述前进电刺激解开所述双链DNA,拉动所述DNA的单条链穿过所述纳米孔,当所述DNA逆向通过所述纳米孔时,所述单链DNA重新退火为双链。
[0088]72.技术方案68的系统,其中在所述分子逆向前进期间记录所述分子的电特征。
[0089]73.一种鉴别分子的一部分的方法,所述方法包括:
获取与分子相关的多种电测量结果,其中所述多种电测量结果中的每一种与纳米孔内的所述分子的离散位置相对应;
让所述多种电测量结果与对应于所述分子的可能结构的电测量结果的一个或多个序列相关联;
基于所述关联确定分子的所述部分包括分子的可能结构。
[0090]74.技术方案73的方法,其中所述电测量结果包括电阻测量结果。
[0091]75.技术方案73的方法,其中所述电测量结果包括电容测量结果。
[0092]76.技术方案73的方法,其中所述分子包括聚合物分子。
[0093]77.技术方案73的方法,其中所述分子包括核苷酸分子。
[0094]78.技术方案73的方法,其中所述分子包括DNA分子。
[0095]79.技术方案73的方法,其中所述分子包括dsDNA分子。
[0096]80.技术方案73的方法,其中所述分子包括RNA分子。
[0097]81.技术方案73的方法,其中所述分子包括双链DNA分子,所述方法进一步包括:
获取与扯开所述DNA分子的碱基对有关的电测量结果;
将所述电测量结果与已知DNA碱基对相关联。
[0098]82.技术方案73的方法,其中所述电测量结果包含所述分子的一种或多种电模式。
[0099]83.技术方案73的方法,获取多种电测量结果包括在通过改变一种或多种以下环境变量获得的不同的环境条件下获取多种电测量结果:盐浓度、甘油浓度、尿素浓度、甜菜碱浓度、甲酰胺浓度、温度和二价阳离子浓度。
[0100]84.技术方案73的方法,其中所述分子与杂交标记杂交。
[0101]85.技术方案73的方法,其中获取与所述分子相关的多种电测量结果包括在所述分子的某区域中获取较其它区域更好的电测量结果。
[0102]86.技术方案85的方法,其中所述分子包括核苷酸分子,所述区域包括下列之一:SNP位点、拷贝数变化位点、甲基化位点、蛋白结合位点、酶结合位点、重复序列位点、限制酶位点、miRNA位点、siRNA位点、tRNA位点、转座子位点、着丝粒微点、端粒位点、易位位点、插入位点和缺失位点。
[0103]87.技术方案73的方法,其中获取与所述分子相关的多种电测量结果包括获取所述分子单个区域的重复电测量结果。
[0104]88.技术方案87的方法,其中获取与所述分子相关的重复电测量结果包括对所述分子的所述区域的两个或更多个重叠框进行采样。
[0105]89.技术方案88的方法,其中获取重复电测量结果进一步包括组合来自重叠框的信息。
[0106]90.技术方案87的方法,其中在对同一分子的单次实验中实施所述分子单个区域的重复测量。
[0107]91.技术方案87的方法,其中通过在所述纳米孔中倒回所述分子来实施重复测量。
[0108]92.技术方案87的方法,其进一步包括基于重复测量计算当所述分子被拉过所述纳米孔时所述分子的旋转。
[0109]93.一种用于鉴别分子的一部分的系统,其包括:
传感电路,其配置以获取与分子相关的多种电测量结果,其中所述多种电测量结果中的每一种与纳米孔内的所述分子的离散位置相对应;
储存对应于所述分子的可能结构的电测量结果的一个或多个序列的存储器;
处理器,其配置以:
将多种电测量结果与对应于所述分子的可能结构的电测量结果的一个或多个序列相关联;和
基于所述关联确定所述分子的所述部分包括所述分子的可能结构。
[0110]94.技术方案93的系统,其中所述电测量结果包括电阻测量结果。
[0111]95.技术方案93的系统,其中所述电测量结果包括电容测量结果。
[0112]96.技术方案93的系统,其中所述分子包括聚合物分子。
[0113]97.技术方案93的系统,其中所述分子包括核苷酸分子。
[0114]98.技术方案93的系统,其中所述分子包括DNA分子。
[0115]99.技术方案93的系统,其中所述分子包括dsDNA分子。
[0116]100.技术方案93的系统,其中所述分子包括RNA分子。
[0117]101.技术方案93的系统,其中所述分子包括双链DNA分子;
其中进一步配置所述传感电路以获取与扯开所述DNA分子的碱基对相关的电测量结果;
其中进一步配置所述处理器以将所述电测量结果与已知DNA碱基对相关联。
[0118]102.技术方案93的系统,其中所述电测量结果包含所述分子的一种或多种电模式。
[0119]103.技术方案93的系统,获取多种电测量结果包括在通过改变一种或多种以下环境变量获得的不同的环境条件下获取多种电测量结果:盐浓度、甘油浓度、尿素浓度、甜菜碱浓度、甲酰胺浓度、温度和二价阳离子浓度。
[0120]104.技术方案93的系统,其中所述分子与杂交标记杂交。
[0121]105.技术方案93的系统,其中获取与所述分子相关的多种电测量结果包括在所述分子的某区域中获取较其它区域更好的电测量结果。
[0122]106.技术方案105的系统,其中所述分子包括核苷酸分子,所述区域包括下列之一:单核苷酸多态性(SNP)位点、拷贝数变化位点、甲基化位点、蛋白结合位点、酶结合位点、重复序列位点和限制酶位点。
[0123]107.技术方案93的系统,其中获取与所述分子相关的多种电测量结果包括获取所述分子单个区域的重复电测量结果。
[0124]108.技术方案107的系统,其中获取与所述分子相关的重复电测量结果包括对所述分子所述区域的两个或更多个重叠框进行采样。
[0125]109.技术方案108的系统,其中获取重复电测量结果进一步包括组合来自所述重叠框的信息。
[0126]110.技术方案107的系统,其中在对同一分子的单次实验中实施所述分子单个区域的重复测量。
[0127]111.技术方案107的系统,其中通过在所述纳米孔中倒回所述分子来实施重复测量。
[0128]112.技术方案107的系统,其中进一步配置所述处理器以基于重复测量计算当所述分子被拉过所述纳米孔时所述分子的旋转。
[0129]113.一种用于鉴别分子的一部分的系统,其包括:
用于获取与分子相关的多种电测量结果的工具,其中所述多种电测量结果中的每一种与纳米孔内的所述分子的离散位置相对应;
用于将所述多种电测量结果与对应于所述分子的可能结构的电测量结果的一个或多个序列相关联的工具;
用于基于所述关联确定所述分子的所述部分包括所述分子的可能结构的工具。
[0130]114.技术方案113的系统,其中所述电测量结果包括电阻测量结果。
[0131]115.技术方案113的系统,其中所述电测量结果包括电容测量结果。
[0132]116.技术方案113的系统,其中所述分子包括聚合物分子。
[0133]117.技术方案113的系统,其中所述分子包括核苷酸分子。
[0134]118.技术方案113的系统,其中所述分子包括DNA分子。
[0135]119.技术方案113的系统,其中所述分子包括dsDNA分子。
[0136]120.技术方案113的系统,其中所述分子包括RNA分子。
[0137]121.技术方案113的系统,其中所述分子包括双链DNA分子,所述系统进一步包括:
用于获取与扯开所述DNA分子的碱基对相关的电测量结果的工具;
用于将所述电测量结果与已知DNA碱基对相关联的工具。
[0138]122.技术方案113的系统,其中所述电测量结果包含所述分子的一种或多种电模式。
[0139]123.技术方案113的系统,获取多种电测量结果包括在通过改变一种或多种以下环境变量获得的不同的环境条件下获取多种电测量结果:盐浓度、甘油浓度、尿素浓度、甜菜碱浓度、甲酰胺浓度、温度和二价阳离子浓度。
[0140]124.技术方案113的系统,其中所述分子与杂交标记杂交。
[0141]125.技术方案113的系统,其中获取与所述分子相关的多种电测量结果包括在所述分子的某区域中获取较其它区域更好的电测量结果。
[0142]126.技术方案125的系统,其中所述分子包括核苷酸分子,所述区域包括下列之一:SNP位点、拷贝数变化位点、甲基化位点、蛋白结合位点、酶结合位点、重复序列位点和限制酶位点。
[0143]127.技术方案113的系统,其中获取与所述分子相关的多种电测量结果包括获取所述分子单个区域的重复电测量结果。
[0144]128.技术方案127的系统,其中获取与所述分子相关的重复电测量结果包括对所述分子区域的两个或更多个重叠框进行采样。
[0145]129.技术方案128的系统,其中获取重复电测量结果进一步包括组合来自所述重叠框的信息。
[0146]130.技术方案127的系统,其中在对同一分子的单次实验中实施所述分子单个区域的重复测量。
[0147]131.技术方案127的系统,其中通过在所述纳米孔中倒回所述DNA分子来实施重复测量。
[0148]132.技术方案127的系统,其进一步包括基于重复测量计算当所述分子被拉过所述纳米孔时所述分子的旋转的工具。
[0149]133.一种表征分子的方法,所述方法包括:
在纳米孔中陷入所述分子的一部分;
跨越所述纳米孔施加可变电压直至在所述纳米孔内移动所述分子的陷入部分;
基于影响所述分子陷入部分的至少一部分在所述纳米孔内的移动所需的电刺激来表征所述分子。
[0150]134.技术方案133的方法,其中所述分子包括聚合物分子。
[0151]135.技术方案133的方法,其中所述分子包括核苷酸分子。
[0152]136.技术方案133的方法,其中所述分子包括DNA分子。
[0153]137.技术方案133的方法,其中所述分子包括RNA分子。
[0154]138.技术方案133的方法,其中所述分子包括dsDNA分子,表征所述分子包括鉴别GC碱基对和/或AT碱基对。
[0155]139.技术方案133的方法,其进一步包括基于所述分子当移动通过所述纳米孔时的电信号来表征所述分子。
[0156]140.技术方案139的方法,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电阻信息。
[0157]141.技术方案139的方法,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电阻对时间的曲线。
[0158]142.技术方案139的方法,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电流对时间的曲线。
[0159]143.技术方案139的方法,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电压对时间的曲线。
[0160]144.技术方案139的方法,其中所述分子的电信号包含组合所述分子多个区域的电信号的组合电信号。
[0161]145.技术方案139的方法,其中基于所述分子当移动通过所述纳米孔时的电信号来表征所述分子,包括基于以下信息中的一种或多种来表征所述分子:所述电信号的振幅、频率、边缘上升时间和边缘下降时间信息。
[0162]146.技术方案133的方法,其中所述分子包括核苷酸分子,其中表征所述分子包括表征所述分子的至少一部分的碱基序列。
[0163]147.一种用于表征分子的系统,其包括:
纳米孔装置,其配置以:
在纳米孔中陷入所述分子的一部分;
跨越所述纳米孔施加可变电压直至在所述纳米孔内移动所述分子的陷入部分;
处理器,其配置以基于影响所述分子陷入部分的至少一部分在所述纳米孔内的移动所需的电刺激来表征所述分子;和
存储器,其配置以将指令提供给处理器。
[0164]148.技术方案147的系统,其中所述分子包括聚合物分子。
[0165]149.技术方案147的系统,其中所述分子包括核苷酸分子。
[0166]150.技术方案147的系统,其中所述分子包括DNA分子。
[0167]151.技术方案147的系统,其中所述分子包括RNA分子。
[0168]152.技术方案147的系统,其中所述分子包括dsDNA分子,表征所述分子包括鉴别GC碱基对和/或AT碱基对。
[0169]153.技术方案147的系统,其中进一步配置所述纳米孔装置以检测所述分子当移动通过所述纳米孔时的电信号;和
其中进一步配置所述处理器以基于所述分子当移动通过所述纳米孔时的电信号来表征所述分子。
[0170]154.技术方案153的系统,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电阻信息。
[0171]155.技术方案153的系统,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电阻对时间的曲线。
[0172]156.技术方案153的系统,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电流对时间的曲线。
[0173]157.技术方案153的系统,其中所述电信号包含当所述分子移动通过所述纳米孔时所述纳米孔的电压对时间的曲线。
[0174]158.技术方案153的系统,其中所述分子的电信号包含组合所述分子多个区域的电信号的组合电信号。
[0175]159.技术方案153的系统,其中基于所述分子当移动通过所述纳米孔时的电信号来表征所述分子,包括基于以下信息中的一种或多种来表征所述分子:所
当前第2页1 2 3 4 5 6 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1