,Antimicrobial Agents and Chemotherapy，31 (2): 274-80)，所述文献的全部内容W引用的方式并入本文。
[0020] 在某些实施方案中，治疗方法还可包括核巧酸库减少剂（nucleotide pool reducer)，诸如有效量的径基脈。在一些实施方案中，治疗组合物还包括用于增强组合物向 被感染的植物的祀向位置(诸如叶片）的递送的表面活性剂或穿透剂。
[0021] 附图简述
[0022] 图1示出新型发病模型。
[0023] 图2示出被子植物筛管分子和伴胞中的正常的孔。
[0024] 图3示出被子植物筛管分子和伴胞中的有鞭毛的HLB。
[0025] 图4示出阻断的孔，其中在溶菌隧菌体爆发(LPB)过程中隧菌体颗粒、细菌细胞壁、 淀粉、残余肤聚糖和细胞内含物同时释放。
[0026] 图5示出"绿化效应"，其中下游初皮部干枯，呈"河床"软木质外观。蒸腾作用停止， 因为树的此区域不依赖于其它系统性营养路径。
[0027] 发明详述
[0028] 应当理解，本发明的应用并不限于W下描述中阐述的组件的细节与布置。还应当 理解，本发明不限于当然可W改变的特定寡核巧酸探针、方法、组合物、反应混合物、试剂 盒、系统、计算机、或计算机可读介质。还将理解，本文所使用的术语仅是用于描述特定实施 方案的目的，并且不意图具限制性。此外，除非另外定义，否则本文使用的所有技术术语和 科学术语具有与本发明所属领域中的普通技术人员通常理解的相同的含义。本文所引用的 每个参考文献W引用的方式整体并入本文。在描述和要求本发明的过程中，将根据W下所 阐述的定义来使用W下的术语和语法变体。
[0029] 定义；
[0030] "扩增反应"是指引物启动的一种或多种祀标核酸序列或其补体的复制。
[0031] "扩增子"是指通过例如在转录、克隆和/或W下技术中发生的复制或转录另一个 分子形成的分子:诸如聚合酶链式反应（"PCR")(例如，链置换PCR扩增(SDA)、双重PCR扩增、 实时PCR、重组酶聚合酶扩增(RPA)、螺旋酶依赖性扩增化AD)、环介导的等溫扩增(LAMP)和 切口酶扩增反应(肥AR))或其它核酸扩增技术。通常，扩增子是所选择的核酸(例如，模板或 祀标核酸)的拷贝或者互补于所述核酸。
[0032] "扩增信号"是指可在扩增反应不存在下或与扩增反应结合所产生的增加的可检 测信号。示例性信号扩增技术描述于W下文献中：例如化O等（1995r'Clinical evaluation of branched DNA signal amplification for quantifying HIV type Iin human plasma" ,AIDS Res Hum Retroviruses 11(3) :353-361 和授予Segev的美国专利No.5,437， 977、授予Delair等的美国专利No. 6，033，853 W及授予Horn的美国专利No. 6，180，777，所述 文献各自W引用方式并入。
[0033] 术语"连接的"或"缀合的"是指其中材料或化合物彼此连接或W其它方式接合的 相互作用和/或状态。所述相互作用和/或状态通常通过例如共价键合、离子键合、化学吸 附、物理吸附和其组合来产生。在某些实施方案中，例如，寡核巧酸探针连接到固体载体。在 运些实施方案中的一些中，寡核巧酸探针与生物素（即生物素酷化的）缀合并且固体载体与 抗生物素蛋白缀合，使得探针通过例如生物素和抗生物素蛋白的结合作用连接到固体载 体。
[0034] 当它们通过共价作用和/或非共价作用彼此缔合时，分子种类"结合"。例如，两个 互补的单链核酸可彼此杂交W形成具有至少一个双链区域的核酸。为了进一步说明，抗体 和对应的抗原也可彼此非共价地缔合。
[0035] 术语"裂解"是指将材料或化合物从另一材料或化合物的连接点上释放的过程。在 某些实施方案中，例如，寡核巧酸从例如固体载体上裂解W允许通过溶液相方法分析寡核 巧酸。参见，例如Wells等（1998) 乂Ieavage and Analysis of Material from Single Resin Beads" ,J.Org.Chem.63:6430,其W引用的方式并入。
[0036] 当关于字符串的字符使用时，"字符"是指串的亚单位。在一个实施方案中，字符串 的字符编码编码的生物分子的一个亚单位。因此，例如，在编码的生物分子是多核巧酸或寡 核巧酸的情况下，串的字符编码单核巧酸。
[0037] "字符串"是能够存储序列信息（例如，生物分子的亚单位结构诸如核酸的核巧酸 序列等）的任何实体。在一个实施方案中，字符串可W是字符(字母、数字或其它符号）的简 单序列，或者其可W是为有形或无形（例如，电、磁等)形式的此类信息的数字或编码表示。 字符串不一定是"线性的"，但是还可W许多其它形式例如链表或其它非线性阵列(例如，用 作产生字符的线性阵列的代码)等的形式存在。字符串通常是直接或间接地编码寡核巧酸 或多核巧酸串的那些，包括任何加密的串、或图像、或可毫无疑义地转换成表示多核巧酸等 的单体或多聚体(无论是由天然单体还是人工单体形成)的序列的字符串的对象布置。
[0038] 术语"其补体"是指与给定核酸长度相同和恰好互补于给定核实的核酸。
[0039] "组合物"是指两种或更多种不同的组分的组合。在某些实施方案中，例如，组合物 包含固体载体，并包含例如共价地或非共价地连接到载体的表面的一个或多个寡核巧酸探 针。在其它实施方案中，组合物包含于溶液中的一个或多个寡核巧酸探针。
[0040] 在核酸序列背景下的术语"缺失"是指运样的改变:其中至少一个核巧酸被从核酸 序列中，例如从核酸序列中的5 端、3 端和/或内部位置移除。
[0041] 术语"衍生物"是指在结构上与另一种物质相关的化学物质，或者可例如通过化学 或酶修饰由另一种物质（即其所源自的物质）制成的化学物质。为了说明，寡核巧酸探针任 选地与生物素或生物素衍生物缀合。为了进一步说明，一个核酸可基于另一个核酸的序列 的知识、另一个核酸的扩增等通过诸如化学合成的方法"源自"另一个核酸。
[0042] 在核酸检测试剂的背景下术语"选择性地结合"或"选择性的结合"是指与核酸检 测试剂在相同杂交条件下与非祀标核酸结合相比，核酸检测试剂与一个或多个祀标核酸或 其基本相同的变体或其补体结合的程度更大。术语"可检测地结合"是指使用一种或多种检 测方法在背景信号（例如噪音)之上可检测的至少两种分子种类(例如，探针核酸与祀标核 酸，序列特异性抗体与祀标核酸等)之间的结合。术语"选择性地检测"是指检测一个或多个 祀标核酸或其基本相同的变体或其补体比检测来自生物体的非祀标核酸的程度更大的能 力。
[0043] 当另外的核巧酸（或其它类似分子）渗入核酸中时，则所述核酸被"延伸"或"延 长"。例如，核酸任选地通过渗入核巧酸的生物催化剂诸如通常将核巧酸添加在核酸的3'终 端的聚合酶来延伸。
[0044] "延伸的引物核酸"是指一个或多个另外的核巧酸已添加或W另外方式渗入（例 如，共价地结合到其上巧Ij其上的引物核酸。
[0045] 当核酸通常在溶液中与另一个缔合时，则所述核酸进行"杂交"或"结合"。核酸由 于多种充分表征的物理化学力诸如氨键、溶剂排斥、碱基堆积等而进行杂交。核酸杂交的详 尽指南见于Tijssen( 1993)L曰bor曰tory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology--Hybridization with Nucleic Acid Probes第I部分第2章，('Overview of principles of hybridiz曰tion 曰nd the strategy of nucleic 曰cid probe 曰ss曰ys," 化Isevier,化W York)中W及Ausubel(编著）Current Protocols in Molecular Biology, 第I、II和HI卷，1997中，所述文献W引用的方式并入。Hames和Higgins(1995)Gene Probes IIRL Press at Oxford University Press ,Oxford,England, (Hames和Higgins I 似及 Hames和Higgins(1995)Gene Probes 2IRL Press at Oxford University Press,Oxford, 化gland(化mes和化ggins 2)提供了关于DNA和RNA(包括寡核巧酸）的合成、标记、检测和定 量的细节。Hames和化ggins 1和2均W引用的方式并入。
[0046] 在核酸杂交测定或实验(诸如核酸扩增反应、DNA和RNA杂交等）的背景下的"严格 杂交洗涂条件"是依赖序列的，并且在不同环境参数下是不同的。核酸杂交的详尽指南见于 Ti jssen(1993),同上中W及Hames和化ggins , 1和2中。就本发明的目的来说，通常，对于在 限定离子强度和pH下的特异性序列，"高度严格的"杂交和洗涂条件被选择为低于热烙点 (Tm)约fTCnTm是50%测试序列杂交于完全匹配探针所处的溫度(在限定离子强度和抑下）。 非常严格的条件被选择为等于特定探针Tm的。
[0047] 在DNA或RNA印迹中的过滤器上互补核酸杂交的严格杂交条件的实例是50%福尔 马林与Img肝素于42°C下，其中杂交过夜进行。严格洗涂条件的实例是于65°C下0.2XSSC洗 涂 15分钟（对于SSC缓冲液的描述，参见Sambrook等，Molecular Cloning: A LaboratoiT Manual,第3片反，Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y. (2001)，所述文献W引用的方式并入）。通常，低严格洗涂先于高严格洗涂一去除背景探针 信号。一个低严格实例是于40°C下2xSSC洗涂15分钟。一般来讲，在特定杂交测定中，为对不 相关的探针所观察的信噪比的5x(或更高）的信噪比表明检测到特异性杂交。
[0048] 可使用比较杂交来鉴定用于本发明的扩增的核酸或用于互补核酸组的优选引物。 具体地，在本发明的背景下检测到的严格杂交表明与例如所需细菌、隧菌体、病毒等的核酸 具有较高的结构类似性。例如，需要鉴定在严格条件下与本文的试样核酸杂交的测试核酸。 严格杂交的一个量度是，在严格条件下与一个所需核酸(例如，与化B或其它相橘绿化枯萎 病相关联的细菌和/或隧菌体的核酸及其补体)可检测地杂交的能力。对于任何测试核酸， 可容易地W经验为主地确定严格杂交和洗涂条件。
[0049] 例如，在确定高度严格的杂交和洗涂条件的过程中，杂交和洗涂条件的严格性逐 渐增加(例如，通过在杂交或洗涂中增加溫度、降低盐浓度、增加去垢剂浓度和/或增加有机 溶剂(诸如福尔马林)浓度)直到符合一组所选择的标准。例如，杂交和洗涂条件的严格性逐 渐增加直到由一个或多个所需核酸序列或其互补多核巧酸序列组成或包括所述序列的探 针结合完全匹配的互补祀标(例如，包含与化B或其它相橘绿化枯萎病相关联的细菌和/或 隧菌体的一种或多种核酸序列和其互补多核巧酸序列的核酸），所产生的信噪比是对探针 与非祀标核酸的杂交所观察到的信噪比的至少5x高。在所述情况下，非祀标核酸是来自除 所需细菌、隧菌体、病毒等之外的生物体的那些。所述非祀标核酸序列可W通过本领域技术 人员在例如GenBank中鉴定。如果测试核酸被说成与探针核酸特异性地杂交，那么所述测试 核酸与探针的杂交程度至少相当于与完全匹配的互补祀标的杂交程度的二分之一，即所产 生的信噪比是探针与祀标杂交的至少二分之一高，杂交所处于的条件是其中完全匹配的探 针结合完全匹配的互补祀标，所产生的信噪比是对与非祀标核酸的杂交所观察到的信噪比 的至少约Sx-IOx高。
[0050] 超高严格杂交和洗涂条件是下述那些:其中杂交和洗涂条件的严格性进行增加直 到探针与完全匹配的互补祀标核酸的结合的信噪比是与非祀标核酸杂交所观察到的信噪 比的至少IOx高。如果祀标核酸在所述条件下与探针杂交，且所产生的信噪比是完全匹配的 互补祀标核酸所产生的信噪比的至少二分之一，那么就说所述祀标核酸在超高严格条件下 与探针结合。
[0051] 类似地，可通过逐渐增加相关杂交测定的杂交和/或洗涂条件的严格性来确定甚 至更高水平的严格性。例如，可鉴定出W下那些严格性:其中杂交和洗涂条件的严格性进行 增加直到探针与完全匹配的互补祀标核酸的结合的信噪比是与非祀标核酸杂交所观察到 的信噪比的至少1〇^、20^、50^、100^或500^高或更高。如果祀标核酸在所述条件下与探针杂 交，且所产生的信噪比是完全匹配的互补祀标核酸所产生的信噪比的至少二分之一，那么 就说所述祀标核酸在超超高严格条件下与探针结合。
[0052] 当与核酸序列与非祀标核酸序列杂交相比，核酸序列与指定核酸祀标序列杂交的 可检测程度更高时，则发生"选择性地杂交"或"选择性的杂交"。选择性杂交序列彼此具有 至少50%、或60%、或70%、或80%、或90%序列一致性或更高例如通常95-100%序列一致 性（即互补性）。
[0053] 核酸的"序列"是指核酸中的核巧酸的顺序和一致性。序列通常沿5'至3'方向读 取。在两个或更多个核酸或多肤序列的背景下，术语"一致性"或百分比"一致性"是指在进 行比较和比对W获得最大对应性时，例如，如使用本领域技术人员可利用的序列比较算法 或通过目视检查所测量，两个或更多个序列或子序列相同或具有指定百分比的相同氨基酸 残基或核巧酸。适用于测定百分比序列一致性和序列相似性的