示例性算法是BLAST程序，其 描述于例如Altschul等（1990) "Basic local alignment search tool"J.Mol.Biol.215: 403-410，Gish等（1993) ('Identification of protein coding regions by database similarity search"Nature Genet. 3 : 266-272 ,Madden等（1996) ('Applications of network BLAST se;rve;r"Meth. Enzymol. 266:131-141 ,Altschul 等（1997V'Gapped BLAST and PSI-BLAST:a new generation of protein database search programs''Nucleic Acids Res.25:3389-3402,W及Zhang等（1997)"PowerBLAST:A new network BLAST application for interactive or 曰utom曰ted sequence 曰n曰lysis 曰nd 曰nnot曰tion" Genome Res . 7:649-656中，所述文献各自W引用的方式并入。许多其它最佳比对算法在本 领域也是已知的并且任选地用来测定百分比序列一致性。
[0054] 短语"在溶液中"是指运样的测定或反应条件:其中测定或反应的组分不连接到固 体载体并且存在于液体媒介中。示例性液体媒介包括水性和有机流体。例如，本发明的某些 测定包括将寡核巧酸探针与候选初皮部杆菌亚洲种(LAS或化B)细菌核酸和LAS核酸一起于 溶液中溫育W使得杂交发生。
[0055] 在核酸序列背景下的术语"插入"是指运样的改变:其中至少一个核巧酸被添加到 核酸序列，例如添加在核酸序列的5 端处、3 端处和/或内部位置处。
[0056] "标记"是指连接(共价地或非共价地巧Ij或能够连接到分子的部分，所述部分提供 或能够提供关于分子(例如，关于分子的描述性、鉴定等信息)或标记分子与其相互作用(例 如，杂交等）的另一分子。示例性标记包括巧光标记(包括例如巧灭剂或吸收剂）、弱巧光标 记、非巧光标记、比色标记、化学发光标记、生物发光标记、放射性标记、质量修饰基团、抗 体、抗原、生物素、半抗原、酶(包括例如过氧化物酶、憐酸酶等)等等。
[0057] "接头"是指将化合物或取代基共价地或非共价地连接到另一部分例如核酸、寡核 巧酸探针、引物核酸、扩增子、固体载体等的化学部分。例如，接头任选地用于将寡核巧酸探 针连接到固体载体(例如W线性或其它逻辑探针阵列形式）。为了进一步说明，接头任选地 将标记(例如，巧光染料、放射性同位素等)连接到寡核巧酸探针、引物核酸等。接头通常是 至少双官能的化学部分并且在某些实施方案中，它们包含可裂解连接点，所述可裂解连接 点可通过例如热、酶、化学试剂、电磁福射等裂解W将材料或化合物从例如固体载体中释 放。谨慎选择接头使得裂解在与化合物和测定方法的稳定性相容的适当条件下进行。一般 来讲，接头除了例如将化学种类联接在一起或保持所述种类之间一定程度的最小距离或其 它空间关系外，不具有特异性生物活性。然而，接头的成分可被选择W影响连接的化学种类 的一些特性诸如=维构象、净电荷、疏水性等。示例性接头包括例如寡肤、寡核巧酸、寡聚酷 胺、寡乙締丙S醇(oligoethy Ieneglycerols )、寡丙締酷胺、烷基链等。接头分子的另外描 述提供于例女曰Hermanson,Bioconjugate Techniques ,Elsevier Science(1996) ,LyttIe等 (1996)Nucleic Acids Res.24(14):2793，Shchepino等（200ONucleosides， Nucleotides,&Nucleic Acids 20:369,Doronina等（2001)Nucleosides,Nucleotides,& Nucleic Acids 20: IOOTJrawick等（2001)Biocon化gate Qiem.l2:900,01ejnik等（1998) Methods in Enz;ymology 291:135,W及Pljevaljcic等（2003)J.Am.化em.Soc.125(12): 3486中，所有的所述文献W引用的方式并入。
[0058] "混合物"是指两种或更多种不同的组分的组合。"反应混合物"是指包含可参与 和/或有利于给定反应的分子的混合物。"扩增反应混合物"是指含有进行扩增反应所必要 的试剂的溶液，并且通常含有引物、热稳定的DNA聚合酶、dNTP和于合适的缓冲剂中的二价 金属阳离子。反应混合物如果含有进行反应所必要的所有试剂，则称之为完整的，如果仅含 有所必要的试剂的亚组，则称之为不完整的。本领域技术人员应理解的是，出于方便、储存 稳定性或允许依赖应用的组分浓度调整的原因，反应组分常规地储存为单独的溶液，每个 均含有总组分的亚组，并且在反应之前将反应组分合并W产生完整的反应混合物。此外，本 领域技术人员应理解的是，反应组分被单独地包装W用于商业化并且可用的商业试剂盒可 含有反应组分的任何亚组，其中包括本发明的修饰的引物。
[0059] "修饰的引物核酸"是指包含向引物核酸提供所需特性的核巧酸的部分或序列的 引物核酸。在某些实施方案中，例如，修饰的引物核酸包含例如减小非特异性核酸扩增(例 如，使引物二聚体形成最小化等等）、增加预期的祀标扩增子的产率和/或类似的"核酸扩增 特异性改变的修饰"。核酸扩增特异性改变的修饰的实例描述于例如美国专利No.6,001， 611中，所述专利W引用的方式并入。其它示例性引物核酸修饰包括"限制性位点接头修 術'，其中包含所选择的限制性位点的核巧酸序列连接在例如引物核酸的5'-端处。限制性 位点接头通常连接到引物核酸W有利于随后的扩增子克隆等等。
[0060] "部分"或"基团"是指某物诸如分子所分裂成的部分中的一个(例如，官能团、取代 基等等）。例如，寡核巧酸探针任选地包含巧灭剂部分、标记部分等等。
[0061] 术语"候选初皮部杆菌亚洲种"、"候选初皮部杆菌"或"初皮部杆菌"是指根瘤菌科 家族中的革兰氏天然细菌的属。初皮部杆菌的检测可基于其16S rRNA基因的PCR扩增，所述 PCR扩增使用本领域已知或出于此目的而设计的特异性引物。属成员是主要通过木風传播 的植物病原体。已用于检测候选初皮部杆菌亚洲种细菌的基于PCR的方法包括多重实时定 量PCR测定（Saponari等）和组织印迹诊断（化geswara-Rao M.等），W上所述文献各自W全 文形式引用并且在此W引用的方式并入。
[0062] 术语"隧菌体"或"细菌隧菌体"或"细菌病毒"是指在细菌内感染并复制的病毒组 中的任一种。细菌隧菌体由包封DNA或RNA基因组的蛋白质组成。它们的基因组可编码少至 四个基因，多至数百个基因。在其基因组注入细胞质中W后，隧菌体在细菌内复制。隧菌体 广泛分布在细菌宿主居住的位置中。隧菌体被视为对抗许多细菌的可能疗法。"病毒"是仅 在其它生物体的活细胞内部复制的小的感染剂。病毒可感染从动物和植物到细菌和古生菌 的生命形式的所有类型。
[0063] 在感染过程中，隧菌体连接到细菌并且将其遗传物质插入细胞中。在此举之后，隧 菌体进行两个生活周期中的一个，裂解周期（烈性或病毒性复制)或溶源性周期(溫和的）。 溶菌隧菌体接收细胞的机制W形成隧菌体组分。然后它们破坏或裂解细胞，从而释放新的 隧菌体颗粒。溶源性隧菌体将其核酸渗入宿主细胞的染色体中并且在不破话细胞的情况下 与所述染色体作为一个单元进行复制。在某些条件下，可诱导溶源性隧菌体进行裂解周期。 溶菌隧菌体周期与溶源性隧菌体周期之间的关键区别在于，在溶菌隧菌体中，病毒DNA在细 菌细胞内W单独的分子存在，并且与宿主细菌DNA分别地进行复制。溶源性隧菌体周期中的 病毒DNA的位置是在宿主DNA内，因此在两种情况中，病毒/隧菌体均利用宿主DNA机制进行 复制，但是在溶菌隧菌体周期中，隧菌体相对于宿主DNA是自由浮动的单独的分子。
[0064] 术语"候选初皮部杆菌亚洲种核酸"或"细菌或隧菌体或病毒核酸"是指源自或分 离自候选初皮部杆菌或候选初皮部杆菌亚洲种或祀标细菌、隧菌体或病毒等的核酸(和/或 其扩增子）。
[0065] 术语"核酸"是指核巧酸(例如，核糖核巧酸、脱氧核糖核巧酸、双脱氧核巧酸等)和 包含W直链或支链方式共价地连接在一起的所述核巧酸的聚合物。示例性核酸包括脱氧核 糖核巧酸(DNA)、核糖核巧酸(RNA)、DNA-RNA杂合体、寡核巧酸、多核巧酸、基因、cDNA、适配 子、反义核酸、干扰RNA(RNAi)、分子信标、核酸探针、肤核酸(PNA)、锁核酸(LNATM)、PNA-DNA 缀合物、PNA-RNA缀合物、LNATM-DNA缀合物、LNATM-RNA缀合物等。
[0066] 核酸通常是单链或双链的并且通常含有憐酸二醋键，但是在一些情况下，如本文 所概述的，包括的核酸类似物可具有交替的骨架，所述骨架包括例如但不限于，憐酷胺 (Beaucage等（1993)Tetrahedron49( 10) : 1925 W及其中参考文献；Letsinger(1970) J.Org.畑em.35:3800;Sprinzl等（1977化ur.J.Biochem.81:579;Letsinger等（1986) Nu cl.Acids Res.14:3487; Sawai 等（1984) Chem.Lett.805;Letsinge;r 等（1988) J.Am.Qiem.Soc. 110:4470;和化uwels等（1986)Qiemica Scripts 26:1419,所述文献各自 W引用的方式并入），硫代憐酸醋(Mag等（1991 )Nucleic Acids Res. 19:1437;和美国专利 No. 5,644,048，所述文献均W引用的方式并入），二硫代憐酸醋（Briu等（ 1989) J.Am.化em.Soc. 111:2321，其W引用的方式并入），0-甲基憐酸氨基连接键(参见Eckstein, Oligonucleotides and Analogues:A Practical Approach,Oxford University Press ( 1992 )，其W引用的方式并入），和肤核酸骨架和连接键（参见Egholm( 1992 ) J.Am.Chem.Soc.114:1895;Meier等（1992) Qiem.Int.Ed. Elngl.31:1008;NieIsen(1993) 化ture 365:566;和Carlsson等（1996)化ture 380:207,所述文献各自W引用的方式并 入）。其它类似核酸包括具有正电荷骨架(De吨cy等（1995)Proc.化tl.Acad.Sci.USA 92: 6097,其W引用的方式并入）；非离子骨架(美国专利N〇.5,386,023、5,637,684、5,602,240、 5,216，141和4,469,863;4叫6"(1991)〇16111.11111.6(1.6叫11311 30:423;1^6131叫6'等（1988) J.Am.Chem.Soc.110:4470;Letsinge;r 等（1994)Nucleoside&Nucleotide 13:1597,第2和3 章 ，ASC Symposium Series 580, ('Carbohydrate Modifications in Antisense Research" ,Y. S. San曲V巧RP.Dan Cook编辑；Mesmaeker等（1994)Bioorganic&MediCinal Qiem:Lett.4:395;Jeffs等（1994)J.Biomole州Iar NMR :34:17;和Tehahe化on Lett.37: 743( 1996)，所述文献各自W引用的方式并入)和非核糖骨架的核酸，包括在美国专利No. 5， 235,033和5,034,506,和第6和7章 ，ASC Symposium Series 580,Carbohydrate Modifications in Antisense Research,Y.S.San曲vi和P.Dan Cook编（所述文献各自 W 引用的方式并入）中描述的那些。含有一个或多个碳环糖的核酸也包括于核酸的一个定义 内（参见Jenkins等（1995)化em.Soc.Rev.第169-176页，其W引用的方式并入）。若干核酸类 似物还描述于例如Rawls,C&E News 1997年6月2号第35页中，所述文献W引用的方式并入。 可完成憐酸核糖骨架的所述修饰，W有利于另外部分诸如标记的添加，或有利于改变所述 分子在生理环境中的稳定性和半衰期。
[0067] 除了通常发现于核酸中的运些天然存在的杂环碱基(例如，腺嚷岭、鸟嚷岭、胸腺 喀晚、胞喀晚和尿喀晚)之外，核酸类似物还包括具有非天然存在的杂环或修饰的碱基(其 中许多描述于或W其它方式提及于本文中）的那些。具体地，许多非天然存在的碱基还描述 于例女日 Seela等（1991)Helv.Chim.Acta 74: 1790 ,Grein等（1994) Bioorg.Med. Chem 丄 ett. 4:971-976，和 Seela 等（1999)Helv. CMm. Acta82:1640 中，所述文 献各自W引用的方式并入。为了进一步说明，任选地包括在核巧酸中使用的充当烙解溫度 (TO调节剂的某些碱基。例如，所述碱基中的一些包括7-脱氮嚷岭类(例如，7-脱氮鸟嚷岭、 7-脱氮腺嚷岭等）、化挫[3,4-d]喀晚、丙烘基-dN(例如，丙烘基-加