已知核巧、非核巧、核巧酸、非核巧酸、核糖核巧、核糖 核巧类似物和核巧酸库减少剂用于治疗病毒感染，诸如像治疗人类免疫缺陷病毒的用途。 病毒聚合酶将运些化合物与非规范碱基结合。运些化合物在细胞中通过转化为核巧酸而被 活化。它们W核巧的形式来施用，因为带电荷的核巧酸不能容易地跨过细胞膜。
[0111] 示例性核巧类似物药物包括但不限于脱氧腺巧类似物（例如，去径肌巧 (DIDAN0SI肥）（ddl KHIV)和阿糖腺巧(VIDARABI肥）（化学疗法））；脱氧胞巧类似物(例如， 阿糖胞巧（VIDARABI肥）（化学疗法）、恩曲他滨化MTRICITABI肥）（FTC)化IV)、拉米夫定 (LAMIVUDI肥）（3TCKHIV，乙型肝炎）和扎西他滨(ZALCITABI肥）（ddCKHIV));脱氧鸟巧类 似物(例如，阿己卡韦(ABACAVIRKHIV)和恩替卡韦巧ntecavir)(乙型肝炎））；（脱氧-)胸巧 类似物(例如，司他夫定(STAVUDI肥）（d4T)、替比夫定(TCLBIVUDI肥）（乙型肝炎）、齐多夫定 (叠氮胸巧或AZTKHIV));和脱氧尿巧类似物(例如，舰巧和曲氣尿巧）。
[0112] 本发明涵盖本领域现已知或W后发展的能够治疗病毒感染的任何核巧或核巧类 似物。示例性核巧抗逆转录病毒剂包括但不限于ZIDO VUDINE'K (ZDV，AZT)、EPIVIR? (3 T C，拉米夫定）、EMTRIVA? (FT C，拉米夫化）、VIREADM替诺福韦富马酸醋 (tenofovir disoproxil fumarate)，TDF)、ZlAGEN'&(硫酸阿己卡韦，ABC)、 CARBOVI民K (CIW) 'Racivir [RCV，（ ± )-0-2'，3'-双脱氧-5-氣代-3'-硫代胞巧]、 DEXELVUCITABINEi9(e-D-2'，3'-双脱氨-2'，3'-双脱氧-5-氣胞巧，逆转录 (reverset)，RVT，D-D4FC，DFC)、AMDOXOV化'"[AMDX，（-)-0-D-2，6-二氨基嚷岭二氧戊 环，DAPD]、9-(e-D-l ,3-二氧戊环-4-基）鸟嚷岭（DXG)、AVX754[SPD-754,（-)dOTC，（-)-2' -脱氧-3/-氧杂基-4/-硫代胞巧]。非核巧逆转录酶抑制剂(NNRTI)代表了可用于本发明中的 另一类药物，并且可选自诸如用于治疗HIV感染的丽RTI，诸如依法韦仑（efavirenz) (S.USTIVA(g)、利匹韦林（rilpivirine)巧 DURANT?')、依曲韦林（etravirine) (INTELE.NCE's;)、地拉韦晚（delavirdine) (RESCRIPTO.及(&).、奈韦拉平（nivirapine) (VIRAMUNE")和来司伟林（Iersivirine)。还参见美国专利N0.8,415,321 ;8,168,583; 7,635,690; 7,402,588; 7,115，584;6,949,521;和5,990,093,所述专利各自的全部内容 W 引用的方式并入本文。
[0113] 可单独地使用或与药学上可接受的载体组合使用来产生单剂型的核巧或其类似 物的量将根据所治疗的宿主和具体施用方式变化。本领域技术人员应当理解，包含于各剂 型的个体剂量中的核巧或其类似物的单位含量本身不需要构成有效量，因为必要的有效量 可通过施用一些个体剂量达到。剂量的选择取决于所使用的剂型、被治疗的病状W及根据 本领域技术人员的测定所要达到的具体目标。
[0114] 根据多种因素选择使用本发明的核巧或其类似物用于治疗或预防细菌、植物或动 物个体的细菌隧菌体或病毒感染的剂量方案，所述因素包括受试者的类型、年龄、体重、性 另IJ、饮食和身体状况、施用途径、药理考虑诸如所采用的具体化合物的活性、疗效、药物动力 学W及毒理学特性，是否利用核巧递送系统W及核巧是作为前药还是药物组合的一部分来 施用。因此，实际采用的剂量方案可W因受试者不同而广泛变化。
[0115] 包含本发明中使用的核巧或其类似物的任何抗病毒剂可通过化学方式合成并且/ 或者通过本领域技术人员已知的任何合适的神话和/或技术来产生，并且可通过已知方法 配制，W使用若干合适的路径向受试者施用，所述路径包括但不限于全身性施用或局部施 用，运取决于被治疗或施用到的受试者。单独的抗病毒剂也可与一种或多种其它抗病毒剂 组合和/或与其它生物学活性或生物学惰性药剂一起施用。所述生物学活性或惰性药剂可 与抗病毒剂流体或机械连通或通过离子、共价、范德华力、疏水力、亲水力或其它物理力连 接到抗病毒剂。
[0116] 可通过任何常规方式使用一种或多种药学上可接受的载体和/或赋形剂配制本发 明的抗病毒剂诸如核巧或其类似物。本发明的抗病毒剂可采取带电形式、中性形式和/或其 它药学上可接受的盐形式。药学上可接受的载体的实例包括但不限于REMINGTON'S PHARMACEUTICAL SCIENCES(A.R.Gennaro编著），第20版，Williams&Wnkins PA,USA(2000) 中所述的那些。
[0117] 核巧或其类似物还可采取溶液、悬浮液、乳剂、片剂、丸剂、胶囊、散剂、控释或缓释 制剂等等的形式。所述制剂将含有有效量的核巧或其类似物(优选呈纯化形式）W及适合量 的载体W便提供用于向患者适当施用的形式。制剂应该符合施用方式的要求。
[0118] 抗病毒剂（例如核巧或其类似物）的有效量通常设及从受试者实现抗病毒剂的预 防或治疗目的、施用速率和消耗或代谢速率所需的量。有效剂量的常见范围W及给药频率 可根据W上所论述的因素进行变化。
[0119] 在一些实施方案中，治疗和/或预防方法还可包含核巧酸库减少剂。在一方面，核 巧酸库减少剂是径基脈或径基尿素。虽然不希望受理论束缚，但已显示径基脈抑制脱氧核 糖核巧酸的从头合成，消耗脱氧核糖核巧=憐酸库并且使宿主细胞和前体分子的病毒复制 饥饿，诸如化n化icks和Matthews, 1998中所述，并且所述文献W引用的方式并入本文。
[0120] 在另一方面，用于治疗相橘绿化枯萎病的方法包括施用包含用于增强组合物的递 送的表面活性剂或穿透剂的组合物。术语表面活性剂或穿透剂意指改进和/或加速组合物 的递送的一种或多种化合物。在某些实施方案中，本发明的组合物包含由化no化nopy制造 的商品名为Atomic Grow的穿透剂。本发明涵盖本领域现已知或W后发展的用于相同用途 的任何其它表面活性剂或穿透剂。用于向植物递送的各种施用策略是本领域所熟知的。
[0121 ]本文提及的每个出版物在此W引用的方式整体并入W达到所有目的。
[0122]已参考优选实施方案描述了本发明。根据前面的详细描述，本发明的变化和修改 对于本领域的技术人员将是明显的。
【主权项】
1. 一种用于检测生物样品中的发病的方法，其包括： a) 定量所述样品中对第一生物体具有特异性的核酸的量，所述第一生物体为与第二生 物体相关联的病原体，其中所述第一生物体和所述第二生物体接连地感染宿主生物体以确 定病原体定量测量值， b) 定量所述样品中对响应于病原体的所述宿主生物体具有特异性的核酸的量以确定 与疾病的所述病原体相关联的祀标的多重定量;以及 c) 计算双病原体靶标的量相对于宿主定量测量值的比率，其中所述比率提供了用于检 测发病的病原体指数。2. 如权利要求1所述的方法，其中所述病原体指数指示所述发病的预后或者可用于药 物治疗效力和药物筛选。3. 如权利要求1所述方法，其中通过使来自所述样品的所述核酸与核酸扩增反应中的 第一组寡核苷酸引物接触来进行所述样品中的对所述第一生物体具有特异性的所述核酸 的定量，所述第一组寡核苷酸与所述第一生物体的核酸至少部分互补，并且其中通过使来 自所述样品的所述核酸与核酸扩增反应中的第二组寡核苷酸引物接触来进行所述样品中 的对所述第二生物体具有特异性的所述核酸的定量，所述第二组寡核苷酸与所述第二生物 体的核酸至少部分互补，并且其中通过使来自所述样品的所述核酸与核酸扩增反应中的第 三组寡核苷酸引物接触来进行所述样品中的对所述第三宿主生物体具有特异性的所述核 酸的定量，所述第三组寡核苷酸与所述第三生物体的核酸至少部分互补，并且还包括检测 来自所述核酸扩增反应的扩增子，还包括 检测来自所述核酸扩增反应的扩增子，其中所述扩增反应可发生在同一容器中，以及 基于扩增子的相对数目来计算病原体比率的量相对于宿主负载量的比率以导出致病 指数或四分位数。4. 如权利要求1所述的方法，其中所述病原生物体是病毒或细菌。5. 如权利要求1所述的方法，其中所述宿主生物体是细菌、植物或动物。6. 如权利要求1所述的方法，其中所述发病是柑橘绿化枯萎病或黄龙病(HLB)。7. 如权利要求6所述的方法，其中所述宿主生物体是候选韧皮部亚洲种(LAS)。8. 如权利要求7所述的方法，其中所述病原生物体选自由以下组成的组:噬菌体、病毒 和任何与LAS在致病上联系的诱导物或因子基因。9. 如权利要求8所述的方法，其中所述第二生物体是细菌噬菌体。10. 如权利要求9所述的方法，其中所述细菌噬菌体选自由SCI、SC2和SC3溶菌噬菌体组 成的组的溶菌噬菌体。11. 如权利要求1所述的方法，其中所述核酸是RNA或DNA。12. 如权利要求3所述的方法，其中所述核酸扩增反应是实时PCR、重组酶聚合酶扩增 (RPA)、螺旋酶依赖性扩增(HAD)、环介导的等温扩增(LAMP)和切口酶扩增反应(NEAR)。13. 如权利要求1所述的方法，其还包括与提供作为治疗策略的临床效用或药物筛选的 病原体指数或四分位数相关的报告算法或指数。14. 如权利要求13所述的方法，其还包括下述步骤:定量所述样品中对所述病原生物体 的诱导物具有特异性的核酸的量以确定诱导物负载量;并且其中所述病原体指数和所述诱 导物负载量与用于确定预后和提供作为治疗策略的临床效用或药物筛选的所述报告指数 相关。15. 如权利要求14所述的方法，其中对所述病原生物体、所述宿主生物体或所述诱导物 具有特异性的多种独特核酸被定量，并且在所述报告指数中是相关的。16. -种用于检测样品中的发病的试剂盒，其包括： a) 同与第二生物体在致病上相关联的第一病原生物体的核酸至少部分互补的至少第 一组寡核苷酸，其中这两种病原体接连地感染宿主生物体以确定病原体定量测量值， b) 与所述宿主生物体中的响应于疾病病原体的核酸至少部分互补的至少第二组寡核 苷酸， c) 用于使用所述第一组和第二组寡核苷酸的核酸扩增反应的试剂； d) 用于指导所述核酸扩增反应和检测其一种或多种扩增子的说明书；以及 e) 用于计算所述扩增子的比率或双病原体靶标的量相对于宿主定量测量值的比率的 说明书，其中所述比率提供针对所述发病的检测、预后、药物筛选和治疗策略或效力的病原 体指数。17. 如权利要求16所述的试剂盒，其中所述发病是柑橘绿化枯萎病或HLB。18. -种用于筛选抑制或预防柑橘绿化枯萎病(HLB)所用的候选治疗剂的方法，其包括 提供带有具有阻遏的噬菌体裂解周期的细菌噬菌体的候选韧皮部杆菌的培养物;将所述培 养物与候选治疗剂候选物合并；以及检测所述候选韧皮部杆菌培养物的生长抑制，从而表 明所述候选治疗剂抑制或预防柑橘绿化枯萎病(HLB)。19. 如权利要求18所述的方法，其中所述细菌噬菌体是选自由SCI、SC2和SC3溶菌噬菌 体组成的组的溶菌噬菌体。20. 如权利要求18所述的方法，其中所述噬菌体裂解周期被阻遏或遗传缺失。21. -种用于治疗细菌、植物或动物个体中的细菌噬菌体感染的方法，其包括向有需要 的所述个体施用组合物，所述组合物包含有效量的选自由以下组成的组的药剂:核苷、非核 苷、核苷酸、非核苷酸、核糖核苷和选择性地抑制病毒复制的核糖核苷类似物。22. -种用于治疗植物中的病毒感染的方法，其包括向有需要的所述植物施用组合物， 所述组合物包含有效量的选自由以下组成的组的药剂:核苷、非核苷、核苷酸、非核苷酸、核 糖核苷和选择性地抑制病毒复制的核糖核苷类似物。23. -种用于治疗柑橘绿化枯萎病的方法，其包括向有需要的柑橘树施用组合物，所述 组合物包含有效量的选自由以下组成的组的药剂:核苷、非核苷、核苷酸、非核苷酸、核糖核 苷和选择性地抑制病毒复制的核糖核苷类似物。24. 如权利要求23所述的方法，其中所述组合物还包含有效量的羟基脲或另一种核苷 酸库减少剂。25. 如权利要求23所述的方法，其中所述组合物还包含表面活性剂或穿透剂以增强所 述组合物向受试者的靶向位置的递送。26. -种用于预防柑橘绿化枯萎病的方法，其包括向有需要的柑橘树施用组合物，所述 组合物包含有效量的选自由以下组成的组的药剂:核苷、非核苷、核苷酸、非核苷酸、核糖核 苷和选择性地抑制病毒复制的核糖核苷类似物。27. 如权利要求26所述的方法，其中所述组合物还包含有效量的羟基脲或另一种核苷 酸库减少剂。28.如权利要求25所述的方法，其中所述组合物还包含表面活性剂或穿透剂以增强所 述组合物向所述受试者的靶向位置的递送。
【专利摘要】本发明涉及用于检测受试者的发病的新型发病模型、方法或试剂盒。具体地，本发明提供一种源自双病原体靶标的量相对于宿主定量测量值的比率的病原体指数。所述病原体指数用于包括柑橘绿化病(HLB)的任何疾病的诊断、预后和/或治疗策略。还提供了用于筛选治疗或预防柑橘绿化病所用的药物的研究工具和方法，以及用于柑橘绿化病的治疗或预防方法。
【IPC分类】C12N7/00
【公开号】CN105722977
【申请号】CN201480062637
【发明人】小罗伯特·M·劳埃德
【申请人】绿色生活生物技术有限责任公司
【公开日】2016年6月29日
【申请日】2014年10月30日
【公告号】WO2015066341A2, WO2015066341A3