、丙烘基-dC等)等等。参 见，例如1999年11月23号发布的授予Seela的题为"SYNTHESIS OF 7-DEAZA-2'-DE0XYGUAN0SI肥NU化E0TIDES"的美国专利No. 5，990，303，所述专利W引用的方式并入。其 它代表性杂环碱基包括例如次黄嚷岭、肌巧、黄嚷岭；2-氨基嚷岭、2,6-二氨基嚷岭、2-氨 基-6-氯嚷岭、次黄嚷岭、肌巧和黄嚷岭的8-氮衍生物;腺嚷岭、鸟嚷岭、2-氨基嚷岭、2，6-二 氨基嚷岭、2-氨基-6-氯嚷岭、次黄嚷岭、肌巧和黄嚷岭的7-脱氮-8-氮衍生物;6-氮胞喀晚； 5-氣胞喀晚；5-氯胞喀晚；5-舰胞喀晚；5-漠胞喀晚；5-甲基胞喀晚；5-丙烘基胞喀晚；5-漠 乙締基尿喀晚；5-氣尿喀晚；5-氯尿喀晚；5-舰尿喀晚；5-漠尿喀晚；5-S氣甲基尿喀晚；5-甲氧基甲基尿喀晚;5-乙烘基尿喀晚;5-丙烘基尿喀晚等等。
[0068] 修饰的碱基和核巧酸的实例还描述于例如1996年1月16号发布的授予化oehler等 的题为 "0LIG0NU化EOTIDES C0NTAINING5-PR0PYNYL PYRIMIDI肥S"的美国专利No. 5，484， 908,1997年7月8号发布的题为巧NHANCED TRI化E-肥LIX AND DOU化E-肥LIX FORMATION mH OLIGOMERS CONTAINING MODIFIED PYRIMIDI肥梦'的美国专利No.5,645,985,1998年 11 月3号发布的授予Froehler等的题为"METHODS OF USING OLIGOMERS CONTAINING MODIFI抓PYRIMIDI肥S"的美国专利No. 5，830，653，2003年10月28日发布的授予Kochkine 等的题为"5￥饥'肥518 0。[2.2.1化1〔￥化0^化605106梦'的美国专利齡.6,639,059,2001年 10月 16号发布的授予Skouv的题为"0肥 STEP SAM化E PREPARATION AND DETECTION OF NU化EIC ACIDS IN COMPLEX BIOLOGICAL SAMPLES"的美国专利No.6,303,315,和2003年5 月15日公布的授予Kochkine等人的题为"SYNT肥SIS 0F[2.2.1化ICY化0 NU化EOSIDES"的 美国专利申请公布号2003/0092905中，所述专利各自W引用的方式并入。
[0069] 术语"核酸检测试剂"是指运样的试剂:其可检测地结合(例如，核酸杂交中、抗体-抗原识别等中的氨键或其它结合作用类型）与相橘绿化病或化B相关联的所需细菌、隧菌 体、病毒等的核酸、其基本相同的变体的试剂，其中变体与所述核酸或变体中的一个具有至 少50 %、60 %、70 %、80 %、90 %、95 %、99 %的序列一致性/'核巧膨'是指核巧的醋，例如，核 巧的憐酸醋。例如，核巧酸可包含共价地连接到核巧糖部分的5'位置的1、2、3或更多个憐酸 基。
[0070] "渗入核巧酸的生物催化剂"是指催化剂，其催化核巧酸渗入到核酸中。渗入核巧 酸的生物催化剂通常是酶。"酶"是用于降低设及其它化合物或"底物"的化学反应的活化能 的基于蛋白质和/或核酸的催化剂。"渗入核巧酸的酶"是指例如在核酸扩增等过程中催化 核巧酸渗入到核酸中的酶。示例性的渗入核巧酸的酶包括例如聚合酶、末端转移酶、逆转录 酶、端粒酶、多核巧酸憐酸化酶等等。
[0071] "寡核巧酸"是指包括至少两个核酸单体单元(例如核巧酸），通常=个W上的单体 单元，并且更通常大于十个单体单元的核酸。寡核巧酸的精确尺寸通常取决于各种因素，包 括寡核巧酸的最终功能或用途。寡核巧酸任选地通过任何合适的方法来制备，所述方法包 括但不限于分离现有的或天然的序列、DNA复制或扩增、逆转录、克隆和限制酶切消化适当 的序列、或通过诸如下述方法直接化学合成：化rang等（1979)Meth. Enzymol. 68:90-99的憐 酸S醋法；Brown等（1979 )Meth .Enzymol. 68 :109-151 的憐酸二醋法；Beaucage等（1981) Tetrahedron Lett.22: 1859-1862 的二乙基亚憐酷胺法；Matteucci 等（1981) J.Am.Chem.Soc. 103:3185-3191的S醋法；自动合成法;或美国专利No.4,458,066的固体载 体法，或本领域已知的其它方法。所有运些参考文献均W引用的方式并入。
[0072] 如果寡核巧酸与祀标序列之间存在的失配数目小于寡核巧酸与可能存在于样品 中的非祀标序列之间存在的失配数目，那么寡核巧酸探针对祀标序列具有"特异性"。可选 择杂交条件使得只有存在的失配数目不大于寡核巧酸与祀标序列之间存在的失配数目才 在所述杂交条件下形成稳定的双链体。在所述条件下，祀标特异性寡核巧酸可只与祀标序 列形成稳定的双链体。因此，在合适的严格扩增条件下使用祀标特异性引物能够特异性扩 增含有祀标引物结合位点的那些序列。类似地，在合适的严格杂交条件下使用祀标特异性 探针能够检测特异性祀标序列。
[0073] 术语"寡核巧酸探针"、"探针核酸"或"探针"是指在合适条件下能够选择性地与祀 标核酸杂交的标记或未标记的寡核巧酸。通常，探针足W互补于核酸样品中含有的特异性 祀标序列(例如，候补初皮部杆菌核酸或变体）W在所选择的杂交条件诸如但不限于严格杂 交条件下与祀标序列形成稳定的杂交双链体。在足够严格的杂交条件下使用探针进行的杂 交测定允许选择性地检测特异性祀标序列。术语"杂交区域"是指完全或大体上互补于并因 此杂交于祀标序列的核酸的那个区域。对于在用于鉴别序列中的单核巧酸差异的杂交测定 中的使用，杂交区域通常是约8至约100个核巧酸的长度。虽然杂交区域通常是指整个寡核 巧酸，但是探针可包括例如作为接头结合位点的另外的核巧酸序列，W提供用于将探针序 列连接到固体载体或类似物的位点。在某些实施方案中，本发明的寡核巧酸探针包含一个 或多个标记(例如，报告染料、巧灭剂部分等），诸如FRET探针、分子信标等，所述分子信标还 可用于检测探针与样品中祀标核酸之间的杂交。在一些实施方案中，寡核巧酸探针的杂交 区域完全互补于祀标序列。然而，一般来讲，没有必要完全互补;稳定的双链体可含有失配 碱基或不匹配碱基。严格条件的修改可能是必要的，W便允许稳定的杂交双链体具有一个 或多个碱基对失配或不匹配碱基。W引用的方式并入的Sambrook等,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第3片反，Cold Spring Harbor Laboratory Press , Cold Spring 化rbor，N.Y. (2001)提供了用于合适修改的指南。祀标/探针双链体的稳定性取决于许多变 量，包括寡核巧酸的长度、碱基组合物和寡核巧酸的序列、溫度和离子条件。本领域的技术 人员应当认识到，一般来讲，给定探针的完全补体可类似地用作探针。本领域的技术人员还 应当认识到，在某些实施方案中，探针核酸还可用作引物核酸。
[0074] "引物核酸"或"引物"是可与目标核酸(例如，候选初皮部杆菌核酸、其基本相同的 变体(其中变体与所述核酸或变体中的一个具有至少50%、60%、70%、80%、90%、95%、 99%的序列一致性））杂交并且在适当反应条件下允许使用例如渗入核巧酸的生物催化剂 (诸如聚合酶)进行链延伸或伸长的核酸。引物核酸通常是天然或合成的寡核巧酸(例如，单 链的寡脱氧核糖核巧酸等）。虽然其它引物核酸长度是任选利用的，但是其通常包含在约8 至约100个核巧酸长度的杂交区域。短的引物核酸通常利用较低的溫度W与目标核酸形成 足够稳定的杂交复合体。同于目标核酸的子序列至少部分互补的引物核酸通常足W与模板 杂交W用于发生延伸。
[0075] 如果需要，可通过渗入可通过例如光谱、光化学、生物化学、免疫化学、化学或其它 技术检测的标记来标记引物核酸。为了说明，可用的标记包括放射性同位素、巧光染料、电 子致密试剂、酶(如ELISA中通常使用的）、生物素或半抗原和可获得抗血清或单克隆抗体的 蛋白质。许多运些和其它标记进一步描述于本文中并且/或者在本领域中是W其它方式已 知的。本领域的技术人员应当认识到，在某些实施方案中，引物核酸还可用作探针核酸。
[0076] "子序列"或"片段"是指整个核酸序列的任何部分。在核酸或多肤的背景下，"基本 相同的变体"是指在进行比较和比对W获得最大对应性时，如使用例如序列比较算法或通 过目视检查所测量，彼此具有至少85%，通常至少90%，更通常至少95%核巧酸或序列一致 性的两个或更多个序列。基本同一性通常在至少约15个核巧酸或氨基酸长度的序列区域 内，更通常在至少约20个核巧酸或氨基酸长度的区域内存在，并且甚至更通常地序列在至 少约25个核巧酸或氨基酸长度的区域内基本上相同。在一些实施方案中，例如，序列在整个 被比较的核酸或多肤长度内基本上相同。在核酸序列的背景下，术语"取代"是指运样的改 变:其中核酸序列的至少一个核巧酸被不同的核巧酸代替。术语"祀标序列"、"祀标区域"和 "祀标核酸"是指待扩增、检测或W其它方式分析的核酸区域。
[0077] "终止子核巧酸"是指运样的核巧酸:其在例如通过至少一种渗入核巧酸的生物催 化剂渗入到核酸中后，阻止核酸的进一步延伸。
[0078] "热稳定的酶"是指运样的酶:其对热稳定，具有耐热性，并且在经受持续所选择的 时间段的高溫时保持足够的催化活性。例如，当经受持续实现双链核酸的变性所必要的时 间的高溫时，热稳定的聚合酶保持足够的活性W实现随后的引物延伸反应。核酸变性所必 要的加热条件在本领域中是已知的并且例证在美国专利齡.4,683,202和4,683，195中，所 述专利均W引用的方式并入。如本文所用，热稳定的聚合酶通常适合用于溫度循环反应诸 如聚合酶链式反应（"PCR")中。对于热稳定的聚合酶，酶活性是指W适当的方式催化核巧酸 组合，W形成互补于模板核酸(例如，候选初皮部(LAS)基因组的所选择的子序列）的引物延 伸产物。
[0079] "巧灭剂部分"或"巧灭剂"是指减少和/或能够减少来自W其它方式具有发射福射 的来源的所述福射(例如巧光或发光福射)的可检测发射。巧灭剂通常将由来源发射的可检 测福射减少至少50%，通常至少80%，并且更通常至少90%。示例性巧灭剂提供在例如2002 年 10月 15号发布的授予Horn等的题为"OLIGONUCLEOTIDE PRO肥S BEARING QUENCHA化E 化U0RESCENT LA肥LS,AND MET册DS OF U沈 T肥REOF"的美国专利No.6,465,175中，所述专 利W引用的方式并入。
[0080] 术语"样品"是指含有或推测含有一种或多种宿主和/或病原体核酸的任何物质， 包括但不限于从一个或多个受试者或个体中分离的组织或体液、体外细胞培养成分W及临 床样品。示例性样品包括细菌、病毒、植物、动物或哺乳动物样品，所述动物或哺乳动物样品 包括血液、血浆、血清、尿、滑液、精液、精液浆、前列腺液、阴道液、宫颈液、子宫液、宫颈刮擦 物、羊水、肛口刮擦物、黏液、疲、组织等等。
[0081] 短语"源自受试者的样品"是指从受试者获得的样品，无论所述样品是否在分析之 前进行一个或多个处理步骤(例如，细胞裂解、碎片移除、稳定化等）。为了说明，样品可通过 本领域已知的刮擦、静脉穿刺、擦洗、活组织检查或其它技术而源自受试者。
[0082] "测序反应"是指包括例如使用终止子核巧酸并且被设计W解释给定核酸中的核 巧酸序列的反应。"组"是指至少两个事物的收集物。例如，组可包括2、3、4、5、10、20、50、 100、1，000个或其它数目的分子或序列类型。例如，本发明的某些方面包括具有扩增子组的 反应混合物。"亚组"是指组的任何部分。
[0083] "固体载体"是指可用化学部分诸如寡核巧酸探针或类似物衍生化或W其它方式 连接到所述化学部分的固体材料。示例性固体载体包括板、珠子、微珠、管、纤维、晶须、蜂 巢、杂交忍片（包括微阵列基底诸如Gene化ip?探针阵列（Affymetrix公司，Santa Clara, 化lif.，USA)中使用的那些，等等）、膜、单晶、陶瓷层、自组装单层等等。
[0084] "受试者"是指生物体。通常，生物体可W是细菌生物体、病毒生物体、植物生物体、 动物生物体或哺乳动物生物体(包括人生物体）。在某些实施方案中，例如，受试者是疑似患 有LAS或相橘绿化感染或疾病诸如HLB的植物或树。
[0085] 本发明提供了一种阐明化B的古隧菌体感染的新型发病模型。更具体地，本发明提 供的是，在应激下和/或在植物或细菌源的诱导物或调节因子存在下，隧菌体基因连接/吸 附到细菌祀向的基因使得在准备"爆发"的时候肤聚糖破坏，并且使得隧菌体蛋白产生和隧 菌体组装（"爆发标记物"），然后在裂解阶段中进行隧菌体释放，其中在溶菌隧菌体爆发 (LPB)过程中细菌组分诸如隧菌体颗粒、细菌细胞壁、淀粉、残余肤聚糖和细胞内含物同时 释放，从而产生"绿化效应"，其中下游初皮部和/或叶片被阻塞并干枯，呈"河床"软木质外 观，并且蒸腾作用停止，因为树的此区域不依赖于其它系统性营养路径(参见图1、3、4和5)。
[0086] 图1示出新型发病模型。所述模型阐明的是，在应激（103)下，例如在植物或细菌源 (104)的诱导物或调节因子存在下，隧菌体基因（101)连接/吸附到细菌祀向的基因（102)使 得隧菌体蛋白产生并发生隧菌体组装（"爆发标记物"）（106)，并且使得在准备"爆发"的时 候肤聚糖破坏（105)，然后在"裂解阶段"（107)中进行隧菌体释放，其中细菌组分被释放。在 某些实施方案中，释放的细菌淀粉葡萄糖分子（108) W类似于人屯、脏病的方式阻塞茎和叶 片（109