1.一种对基于植物的样品中的具有已知氨基酸序列的一种或多种感兴趣蛋白质进行定量的高通量方法，该方法包括：
(a)从基于植物的样品中提取蛋白质；
(b)消化从步骤(a)提取的蛋白质以获得肽；
(c)在单一步骤中分离所述肽；
(d)从具有已知氨基酸序列的感兴趣蛋白质中确定多个特征肽；
(e)使用高分辨率精确质谱法(HRAM MS)测量所述多个特征肽；和
(f)基于所述特征肽的测量，对具有已知氨基酸序列的感兴趣蛋白质定量。
2.权利要求1的方法，其中所述肽通过柱色谱在单一步骤中被分离。
3.权利要求2的方法，其中所述柱色谱包括液相柱色谱。
4.权利要求1的方法，其中在单一步骤中获得对应于感兴趣蛋白质的肽的质谱数据。
5.权利要求1的方法，其中所述一种或多种感兴趣蛋白质包括两种感兴趣蛋白质。
6.权利要求1的方法，其中所述一种或多种感兴趣蛋白质包括四种感兴趣蛋白质。
7.权利要求1的方法，其中所述基于植物的样品来自转基因植物。
8.权利要求7的方法，其中所述一种或多种感兴趣蛋白质包括在转基因植物中转基因表达的预期产物。
9.权利要求1的方法，其中所述一种或多种感兴趣蛋白质包括5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶(2mEPSPS)、芳氧基链烷酸酯双加氧酶-12(AAD-12)、和/或膦丝菌素乙酰转移酶(PAT)。
10.权利要求1的方法，其中所述多个特征肽包含选自SEQ ID NO:2-25、27-45、和47-60的至少一个序列。
11.权利要求1的方法，其中所述多个特征肽包含选自SEQ ID NO:2-25、27-45、和47-60的至少两个序列。
12.权利要求1的方法，其中所述多个特征肽包含选自SEQ ID NO:2-25、27-45、和47-60的至少三个序列。
13.权利要求1的方法，其中所述多个特征肽包含(1)SEQ ID NO:3、12、和21；(2)SEQ ID NO:28、29、和34；和/或(3)SEQ IN NO:49、55、和56。
14.权利要求1的方法，其中所述多个特征肽由(1)SEQ ID NO:3、12、和21；(2)SEQ ID NO:28、29、和34；和/或(3)SEQ IN NO:49、55、和56组成。
15.权利要求1的方法，其中测量多个特征肽包括计算相应的峰高度或峰面积。
16.权利要求1的方法，其中测量多个特征肽包括比较来自高碎裂模式和低碎裂模式的数据。
17.一种用于对基于植物的样品中具有已知氨基酸序列的一种或多种感兴趣蛋白质进行定量的高通量系统，该系统包括：
(a)用于从基于植物的样品提取蛋白质的高通量手段；
(b)用于在单一步骤中分离肽的分离模块；
(c)用于从具有已知氨基酸序列的感兴趣蛋白质中选择多个特征肽的选择模块；和
(d)用于测量所述多个特征肽的高分辨率精确质谱(HRAM MS)。
18.权利要求17的系统，其中所述分离模块包括柱色谱。
19.权利要求18的系统，其中所述柱色谱包括液相柱色谱。
20.权利要求17的系统，其中所述高分辨率精确质谱(HRAM MS)包括串联质谱仪。
21.权利要求17的系统，其中所述高分辨率精确质谱(HRAM MS)不包括串联质谱仪。
22.权利要求17的系统，其中所述基于植物的样品来自转基因植物。
23.权利要求22的系统，其中所述一种或多种感兴趣蛋白质包括在转基因植物中转基因表达的预期产物。
24.权利要求17的系统，其中所述一种或多种感兴趣蛋白质包括5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合酶(2mEPSPS)、芳氧基链烷酸酯双加氧酶-12(AAD-12)、和/或膦丝菌素乙酰转移酶(PAT)。
25.权利要求17的系统，其中所述多个特征肽包含选自SEQ ID NO:2-25、27-45、和47-60的至少一个序列。
26.权利要求17的系统，其中所述多个特征肽包含选自SEQ ID NO:2-25、27-45、和47-60的至少两个序列。
27.权利要求17的系统，其中所述多个特征肽包含选自SEQ ID NO:2-25、27-45、和47-60的至少三个序列。
28.权利要求17的系统，其中所述多个特征肽包含(1)SEQ ID NO:3、12和21；(2)SEQ ID NO:28、29和34；和/或(3)SEQ IN NO:49、55和56。
29.权利要求17的系统，其中所述多个特征肽由(1)SEQ ID NO:3、12、和21；(2)SEQ ID NO:28、29、和34；和/或(3)SEQ IN NO:49、55、和56组成。
30.一种对基于植物的样品中的具有已知氨基酸序列的一种或多种感兴趣蛋白质进行定量的高通量方法，所述方法包括使用权利要求17的系统。