包含作为转基因的a类itcp或clavata1(clv1)或cah3多肽、具...的制作方法

专利名称：：包含作为转基因的a类itcp或clavata1(clv1)或cah3多肽、具...的制作方法包含作为转基因的A类ITCP或CLAVATAl(CLVl)或CAH3多肽、具有增加的种子产量的转基因植物以及用于制备该植物的方法
技术领域：
：本发明一般地涉及分子生物学领域并涉及用于增强植物中多种经济上重要的产量相关性状的方法。更具体地，本发明涉及通过在植物中增加编码产量增强多肽(YEP)的核酸序列的表达而相对于对照植物增强植物中多种经济上重要的产量相关性状的方法。YEP可以是I类TCP或CAH3或具有无功能C端结构域的Qaxatal(CLV1)。本发明还涉及具有YEP编码核酸序列增加的表达的植物，其中所述植物相对于对照植物具有增强的产量相关特征。本发明还提供用于本发明方法中的构建体。持续增长的世界人口和农业用可耕地供应萎缩刺激了有关增加农业效率的研究。常规的作物及园艺学改良手段利用选择育种技术以鉴定具有受欢迎特性的植物。然而，此类选择育种技术具有几个缺陷，即这些技术一般耗费很多劳动并且产生这样的植物，其经常含有异源性遗传组分，其可能不总是导致从亲代植物中传递的所希望性状。分子生物学t艮已经允许人类改良动物及植物的种质。植物的遗传工程使得可以分离和操作遗传物质(一般处于DNA或RNA形式)并且随后导入该遗传物质至植物中。此类技术具有产生具备多种经济学、农学或园艺学改良性状的作物或植物的能力。具有特殊经济意义的性状是增加的产量。产量通常定义为来自作物的经济价值的可测量结果。该结果可以就数量和/或品质方面进行定义。产量直接取决于几个因素，例如器官的数目和大小、植物构造(例如枝的数目)、种子产生、叶衰老等。根发育、养分摄入量、胁迫耐受性和早期萌发势(earlyvigor)也可以是决定产量的重要因素。优化前述因素因而可以对增加作物产量有贡献。增加植物种子产量的能力将在诸如农业等领域中具有许多应用，包括观赏植物的生产、树木栽培、园艺和森林业。增加产量也可以用于在生物反应器中使用的藻类生产(用于诸如药物、抗体或疫苗等物质的生物技术生产，或用于有机废物的生物转化)及其它这类领域。取决于最终用途，对某些产量性状的改良可能优先于其它产量性状。例如对于应用如飼料或木材生产或生物燃料资源而言，增加植物营养体部分可能是希望的，而对于应用如面粉、淀粉或油生产而言，增加种子参数可能是尤其希望的。即便在种子参数当中，某些参数可以更优先于其它参数，这取决于应用。多种机制可以对增加种子产量有贡献，无论形式为增加的种子大小或是增加的种子数目。种子产量是特别重要的性状，因为众多植物的种子对人与动物营养是重要的。作物如玉米、稻、小麦、油菜和大豆占超过一半的人类总热量摄入，无论通过直接消费种子本身或通过消费基于加工的种子而产生的肉产品。作物也是糖、油及工业加工中所用众多类型代谢物的来源。种子含有胚(新苗和新根的起源)和胚乳(萌发期间及幼苗早期生长期间用于胚生长的营养来源)。种子发育涉及多种基因并且需要代谢物从根、柄、叶和茎转移至正在生长的种子中。胚乳尤其同化糖类、油和蛋白质的代谢前体并且将它们合成为贮藏大分子以灌满籽粒D对于众多作物的另一个重要性状是早期萌发势。改进早期萌发势是现代稻育种计划在温带和热带稻品种上的重要目标。长根在水栽稻中对于正确土壤固定是重要的。在将稻直接播种至被淹没田地的情况下，以及在植物必须从水中迅速出苗的情况下，较长的苗与萌发势相关。在实施条#"的情况下，较长的中胚轴和胚芽鞘对于良好出苗是重要的。将早期萌发势人工改造到植物内的能力将在农业中是极其重要的。例如，不良的早期萌发势已经限制了基于玉米带种质(CornBeltgermplasm)的玉蜀黍(ZeamayesL.)杂种在欧洲大西洋地区的引种。又一个重要性状是改进的非生物胁迫耐受性。非生物胁迫是世界范围作物损失的主要原因，对于大多数主要作物植物而言降低平均产量超过50。/0(Wang等、Planta(2003)218:1-14)。非生物胁迫可以由干旱、盐度、极端温度、化学毒性和氧化胁迫引起。提高植物对非生物胁迫耐受性的能力将在世界范围对农民是极大经济优势并且会允许在不利条件期间及在作物栽培否则是不可能的陆地上栽培作物。另一个经济上重要的特征是增加的生物量。植物生物量为祠料作物如苜蓿、青贮谷物和干草的产量。在谷物作物中使用产量的许多替代参数(proxy)。其中首要的是估算植物大小。根据物种以及发育阶段的不同，可以通过许多方法测量植物大小，但是包括植物总干重、地上干重、地上鲜重、叶面积、茎体积、植物高度、莲座植物(rosette)直径、叶长、根长、根生物量、分蘖数和叶数。许多物种在给定的发育阶段维持植物不同部分大小间的保守比。利用这些异速生长关系而对这些有关大小的测量结果进行由此及彼的外推(如TittonelI等2005AgricEcosys&Environ105:213)。早期发育阶段的植物大小通常将与晚期发育阶段的植物大小有关。具有更大叶面积的较大植物通常能够比较小的植物吸收更多的光和二氧化碳，因此很可能在同期增重更多(Fasoula&Tollenaar2005Maydica50:39)。除了植物所具有的最初达到较大大小的微环境或遗传优势的潜在延续，此为其附加效应。植物大小和生长速率存在着强遗传組件(如terSteege等2005PlantPhysiology139:1078)，且迄今为止，种种多样化基因型植物在一种环境条件下的大小很可能与另一种环境条件下的大小有关(Hittahnani等2003TheoreticalAppliedGenetics107:679)。以这种方式，使用标准环境作为田地中作物在不同时间和地点所遭遇的多样化动态环境的替代参数。收获指数为种子产量与地上干重的比值，其在许多环境条件下相对稳定，因此在植物大小和谷物产量之间通常能够获得比较稳固的相关性(如Rebetzke等2002CropScience42:739)。这些方法固有地联系在一起，因为大多数谷物生物量取决于植物叶和茎当前或贮存的光合作用生产力(Gardener等1985PhysiologyofCropPlants.IowaStateUniversityPress,68-73页)。因此，对植物大小的选择，甚至是在发育早期阶段的选择，已经用作为未来潜在产量的指标(如Tittonell等2005AgricEcosys&Environ105:213)。当测试遗传差异对胁迫耐受性的影响时，温室或植物培养室与田地相比具有固有的优势即能够使土壤性能、温度、水和营养的可用性以及光强度标准化。不过，因缺乏风力或昆虫导致不良授粉，或由于空间不足以让成熟^T艮或冠层生长等等，对产量造成的这些人工局限性会限制这些控制环境在测试产量差异中的应用。因此，在培养室或温室标准条件下测量早期发育阶段的植物大小，是提供潜在遗传产量优势指标的标准方法。增加植物中产量(种子产量和/或生物量)的一种方法可以是通过调节植物的内在生长^L制如细胞周期，或参与植物生长或参与防御机制的多种信号途径。现已发现通过调节编码产量增强多肽(YEP)的核酸在植物中表达，可以改进植物中的多种产量相关性状。其中YEP是I类TCP或CAH3或具有无功能C端结构域的gaxatai(CLV1)。
背景技术：
：TCP转录因子通常定义为显示序列特异性DNA结合亲和性并且能够激活和/或抑制转录的蛋白质。拟南芥基因组编码至少1533种转录调节物，占其估计基因总数的5.9o/。(Riechmann等，(2000)，Science29:2105-2109)。转录因子的TCP家族以其第一个被表征的成员命名(ieosinte-branchedl(TB1)、sycloidea(CYC)和gCNA因子(PCF),CubasP等，(1999)PlantJ18(2):215-22)。在拟南芥中，已鉴定超过20个TCP家族多肽的成员，且这些成员基于TCP结构域中的序列相似性被分类成正调节基因表达的I类(也成为I组或PCF组)转录因子、和负调节增殖的II类(也成为II组或CYC-TB1組)转录因子。所有TCP转录因子由预测的非规范性碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)表征，所述碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)是DNA结合，以及同源或异源二聚化所需要的(见Cubas等，见上)。一个I类TCP多肽，AtTCP20(也称为PCF1直向同源物)，与细胞周期的启动子和核糖体蛋白质基因结合，如Li等，(2005)PNAS102(36):12978-83)中报道的。国际专利申请WO0036124提供编码I类TCP多肽(命名为VBDBP)的核酸序列和相应的多肽序列。描述了包括前述VBDBP核^列的表达载体和转基因植物。国际专利申请WO2004031349中表征了过量表达(使用35CaMV启动子)编码I类TCP多肽(命名为G1938)的核酸序列的转基因拟南芥植物。观察到阻滞的植物生长速率和发育。CAH3碳酸酐酶催化可逆反应H2C03SH20+C02。有3类碳酸酐酶(oup和Y)，其从系统发生上不相关，但在活性位点上具有一些相似性。在植物中，存在所有3类碳酸酐酶。碳酸酐酶存在于叶绿体、线粒体(大部分Y类)和胞质溶胶中，且可以占多达2%的叶中总可溶蛋白质。碳酸酐酶通过将细胞中的co2浓度保持在合适水平，对确保有效的光合作用是重要的。已知在大气02和C02压力下，核酮糖二磷酸羧化酶(Rubisco)以其30%的能力工作，因此改良植物中CX)2的吸收机制是有意义的。碳酸酐酶的表达与Rubisco的表达共调节，且植物通常保持恒定的碳酸酐酶与Rubisco的比例。还报道碳酸酐酶在一定条件下通过为氮吸收提供C-骨架还可以限制光呼吸。具有C3型光合作用的植物中，大部分碳酸酐酶活性定位于叶肉叶绿体的基质，同时C4植物中，在叶肉细胞的细胞质中发现大部分碳酸酐酶。使用碳酸酐酶以增加C02同化作用的想法已被多次阐述。W09511979中，推测用来自单子叶植物的碳酸酐酶转化单子叶植物，二氧化碳固定的能力将被提高且将导致加速的植物生长。其他文献(例如US6,610,913、US6,831,217或US20030233670)公开了用于在C3植物中模拟C4型光合作用，从而提高光合作用效率的方法。这些方法中，通过引入和表达来自C4植物的多种酶活性(如磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)或丙酮酸正磷酸二激酶(pyruvateorthophosphatedikinase，PPDK))的组合，将C4类途径被引入C3植物中以增加C02的固定；这些基因的表达受C4调节序列(通常是它们的天然启动子)的调控。尽管已预测，然而，这些尝试还未产生具有增加的产量的植物。CLAVATA富亮氨酸重复受体样激酶(LRR-RLK)是参与植物中两种生物学功能的多肽，即其一是生长和发育、和另一是防御反应。LRR-RLK是参与信号传导的跨膜多肽，从N端到C端具有(i)用于ER亚细胞靶向的信号肽；(ii)感知信号的胞外受体结构域；(iii)跨膜结构域；和(iv)可以磷酸化下游靶蛋白质、被其自身(自身磷酸化)或其他激酶磷酸化、或被磷酸酶去磷酸化的胞内胞质丝氨^/苏氨酸激酶结构域。LRR-RLK包括植物受体样激酶(RLK)超家族中的最大的组，且一个拟南芥基因组就包含超过200个LRR-RLK基因。已基于胞外结构域的同一性和亚家族成员的激酶结构域间的系统发生关系，将该家族的成员归类到亚家族(Shiu和Bleecker(2001)Proc.Natl.Acad.Sci.美国98，10763-10768)。亚家族LRRXI包括研究最多的LRR-RLK之一，^]ayatai(CLV1;Leyser等，(2002)Development116:397-403)，其参与茎、花序、和花分生组织大小的调控。茎顶端分生组织可在整个植物生命期起始器官和二级分生组织。位于分生组织中央区的几个细胞充当多能干细胞。它们分裂緩'隄，从而将子细胞向外移置到外周，在外周它们最终合并入器官原基并分化。功能性分生置换之间的平衡。通过限制这些分生组织中干细胞池(pool)的大小，拟南芥属中Clavata(CLVl、CLV2、和CLV3)基因在该过程中其关键作用。已经在拟南芥(Leyser等，见上；Clark等，(1993)Development119:397-418;Di6vart等，(2003)PlantCell15:1198-1211)、稻(Suzaki等，(2004)Development131:5649-5657)、和玉米(corn,Bommert等，(2004)Development132:1235-1245)中鉴定到Clavatal突变体。由于干细胞的异位积累，通常导致非正常叶序、花序簇生(fasciation)和额外花器官和轮生体(whorl),所有突变体都表现出所有类型(营养体、花序、花)的地上分生组织扩增。该表型严重性在不同拟南芥突变体之间不同，弱等位基因只干细胞数量方面表现出小增加，而强等位基因比野生型具有超过1000倍的干细胞(Dievart等，(2004)见上)。每朵花形成的心皮数量和异位轮生体的生长程度是clW突变体严重性的敏感指示器(Clarke等，(1993)Development119:397-418)。两个弱拟南芥突变体，clv6和dv7包含跨膜结构域后的损伤，失去了确实表达这些等位基因编码的多肽并将其定位于质膜的可能性(Clarke等，(1993)见上)。在iBECTA启动子(ER;用于在分生組织中广泛表达并发育器官原基)的控制下表达编码全长CLV1多肽的核^列的转基因拟南芥植物不具有受破坏的分生组织(Clarke等，(1993)见上)。已授权的US专利5，859，338提供了编码Clavatal蛋白质的分离的核酸序列，和编码修饰的Clavatal蛋白质的修饰的核酸序列，并描述了包括前述分离的核酸序列的表达载体、和包括前述分离的核酸序列的植物和植物细胞。定义多肽/蛋白质术语"多肽"和"蛋白质"在本文中可互换使用并且指处于任意长度聚合形式中通过肽键连接的氨基酸。多核苷酸/核^/核酸序列/核苷酸序列术语"多核苷酸"、"核酸序列"、"核苷酸序列"、"核酸"、"核酸分子"在本文中可互换使用并且指处于任意长度非分支聚合形式中的核苷酸，即核糖核普酸或脱氧核糖核苷酸或这二者组合。编码序列"编码序列"是当置于适宜的调控序列控制下转录为mRNA和/或翻译为多肽的核酸序列。编码序列的边界由5'端的翻译起始密码子和3'端的翻译终止密码子确定。编码序列可以包括但不限于mRNA、cDNA、重组核^列或基因组DNA，不管有或没有。对照植物选择合适的对照植物是实验设置的惯用部分并且可以包括对应的野生型植物或无目的基因的对应植物。对照植物一般是与待评估植物相同的植物物种或甚至是相同的变种。对照植物也可以是待评估植物的失效合子。失效合子是由于分离丢失转基因的个体。如本文中所用的"对照植物"不仅指整抹植物，还指植物部分，包括种子及种子部分。同源物蛋白质的"同源物"包括这样的肽、寡肽、多肽、蛋白质及酶，它们相对于非修饰的上述蛋白质具有氨基酸取代、缺失和/或插入并且与所述肽、寡肽、多肽、蛋白质及酶来源的非修饰蛋白质具有相似生物学活性和功能活性。缺失指从蛋白质中移除一个或多个氨基酸。插入指一个或多个氨基酸残基在蛋白质中预定位点内的引入。插入可以包含单个或多个^J^酸的^tJ^端融合和/或j^端融合以;^列内插入。通常，在氨基酸序列内部的插入会比氨基端融合或羧基端融合更小，约1-10个残基级别。氨基端或羧基端融合蛋白或融合肽的实例包括如酵母双杂交系统中所用转录激活物的结合结构域或激活结构域、噬菌体外壳蛋白、(组氨酸)-6-标签、谷胱甘肽S-转移酶-标签、蛋白A、麦芽糖结合蛋白、二氢叶酸还原酶、Tag100表位、c-myc表位、FLAG⑧-表位、lacZ、CMP(钩调蛋白结合肽)、HA表位、蛋白C表位和VSV表位。取代指以具有相似特性(如相似疏水性、亲水性、抗原性、形成或石皮坏a-螺:旋结构或p-折叠结构的倾向)的其他氨基酸替换蛋白质的氨基酸。氨基酸取代一般是单个残基的，不过可以是蔟集性的，这取决于置于多肽的功能性约束；插入通常会是约l-10个氨基酸残基级别。氨基酸取代优选地是保守性氨基酸取代。保守性取代表是本领域众所周知的(见例如Creighton(1984)Proteins.W.H.FreemanandCompany(编著)和下表1)。表l:保守性M酸取代的实例<table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table>氨基酸取代、缺失和/或插入可以使用本领域众所周知的肽合成技术如固相肽合成法等或通过重组DNA操作而轻易地进行。用于操作DNA序列以产生蛋白质的取代、插入或缺失变体的方法是本领域众所周知的。例如，用于在DNA中的预定位点处产生取代突变的技术是本领域技术人员众所周知的并且包括M13诱变法、T7-Gen体外诱变法(USB，Clevelaand，OH)、QuickChange讦立点定向i秀变法(Stratagene，SanDiego，CA)、PCR画介导的位点定向诱变或其他位点定向诱变法。衍生物"衍生物"包括这样的肽、寡肽、多肽，其中与天然发生形式的蛋白质(如目的蛋白)的氨基酸序列相比，它们包含以非天然发生的氨基酸残基对M酸的取代或非天然发生的氨基酸残基的添加。蛋白质的"衍生物"也包含这样的肽、寡肽、多肽，其中与多肽的天然发生形式的M酸序列相比，它们包含天然发生的改变(糖基化、酰化、异戊二烯化、磷酸化、肉豆蔻酰化、硫酸盐化等)氨基酸残基或非天然的改变氨基酸残基。与衍生物所来源的氨基酸序列相比，该衍生物可以也包含与所述氨基酸序列共价或非共价结合的一个或多个非氨基酸取代基或添加(例如报道分子或其他配体)，如为促进检测该衍生物而结合的报道分子，和与天然发生的蛋白质的氨基酸序列相对比的非天然发生的氨基酸残基。另外，"衍生物"也包括蛋白质的天然发生形式和诸如FLAG、HIS6或疏氧还蛋白(标签肽的综述参见Terpe，Appl.Microbiol.Biotechnol.60,523-533，2003)的标签肽的融合物。直向同源物/旁系同源物直向同源物和旁系同源物包含用来描述基因祖先关系的进化概念。旁系同源物是相同物种内起源于先祖基因复制的基因，直向同源物是来自不同生物的起源于物种形成的基因，也源自相同的先祖基因。结构域术语，，结构域"指沿进化相关蛋白质的序列比对结果而在特定位置处保守的一组氨基酸。尽管在其他位置处的氨基酸可以在同源物之间变动，然而在特定位置处的高度保守的氨基酸指示在蛋白质的结构、稳定性或功能方面可能是必需的氨基酸。结构域因通过在蛋白质同源物家族的比对序列中的高保守程度而^皮鉴定，它们可以用作鉴定物以确定任意的所讨论多肽是否属于先前已鉴定的多肽家族。基序/共有序列/标签术语"基序"或"共有序列"或"标签"指在进化相关蛋白质的序列中的短保守区。基序往往是结构域的高度保守部分，不过也可以仅包括结构域的部分，或可以位于保守结构域之夕卜(若基序的全部氨基酸位于定义的结构域之外)。杂交如本文中所定义的术语"杂交"是其中基本上同源的互补核苷酸序列相互复性的过程。杂交过程可以完全在溶液中进行，即两种互补性核酸均处亍溶液中。杂交过程也可以在互补性核酸之一固定到基质如磁珠、琼脂糖(S印harose)珠或任何其他树脂的情况下发生。杂交过程也可以在互补性核酸之一固定至固相支持体如硝酸纤维素膜或尼龙膜上或通过例如照相平版印刷术固定至例如硅酸玻璃支持物(后者称作核酸阵列或微阵列或称作核酸芯片)上的情况下进行。为使杂交发生，通常将核酸分子热变性或化学级结构。术语"严格性，，指在其中发生杂交的条件。杂交的严格性受条件如温度、盐浓度、离子强度和杂交緩沖液组成影响。通常，将低严格性条件选择为在确定的离子强度及pH时低于特定序列热解链温度(Tm)约30°C。中等严格性条件是此时温度低于Tm约20。C并且高严格性条件是此时温度低于Tm约10°C。高严格性杂交条件一般用于分离与把核酸序列具有高序列相似性的杂交序列。然而，核酸可以在序列上偏离并且因遗传密码子的简并性而依旧编码基本上相同的多肽。因而有时候可能需要中等严格性杂交条件以鉴定此类核酸分子。Tm是在确定的离子强度及pH时的温度，在所述温度下50%的乾序列与完全匹配的探针杂交。Tm取决于溶液条件和探针的碱基组成及长度。例如，较长的序列在较高温度下特异性地杂交。从低于Tm约16。C直至32。C获得最大杂交速率。一价阳离子在溶液中的存在降低了两条核酸链间的静电排斥，因而促进杂交分子形成；这种作用对于高达0.4M的钠浓度是明显的(对于更高浓度，这种效应可以忽略)。甲酰胺降^f氐DNA-DNA和DNA-RNA双链体的解链温度，每百分数甲酰胺降低0.6-0.7。C，并且添加50%甲酰胺允许在30-45°(:进行杂交，虽然杂交速率会降低。g对错配降低了杂交速率及双链体的热稳定性。平均而言并且对于大的探针来说，每%碱基错配Tm下降约1°C。取决于杂交分子的类型，Tm可以使用下列等式计算l)DNA画DNA杂交体(Meinkoth和Wahl，Anal.Biochem.，138:267-284，簡)Tm=81.5°C+16.6xlog10[Na+]a+0.41x%[G/Cb]—500xLT1—0.61x%曱酰胺2)DNA-RNA或RNA-RNA杂交体Tm=79.8+18.5(log10[Na+]a)+0.58(%G/Cbb)+11.8(%G/Cb)2-820/Lc3)寡DNA或寡RNAd杂交体对于<20个核苷酸Tm=2(ln)对于20-35个核苷酸Tm=22+1.46(ln)a或对于其他一价阳离子，但是仅在0.01-0.4M范围内是精确的。b仅对于。/。GC在30%-75%范围内是精确的。cL=双链体的长度(以碱基对计)。doligo，寡核苷酸；ln，=引物的有效长度=2乂(6/<:数)+(入/1数)。可以以众多已知技术的任何一种控制非特异性结合，例如用含蛋白质的溶液封闭薄膜、添加异源性RNA、异源性DNA及SDS至杂交緩冲液并且用RNA酶处理。对于非同源性探针，一系列杂交可以通过改变以下条件之一进行(i)渐进地降低复性温度(例如从68。C至42。C)或(ii)渐进地降低甲酰胺浓度(例如从50%至0%)。技术人员了解杂交期间可以加以改变和将维持或改变严格性条件的多种参数。除杂交条件之外，杂交特异性一般还取决于杂交后洗涤的功能。为除去因非特异性杂交所致的背景，样品用稀释的盐溶液洗涤。此类洗涤的关键因素包括最终洗涤溶液的离子强度及温度盐浓度越低并且洗涤温度越高，则洗涤的严格性越高。洗涤条件一般在杂交严格性上或低于杂交严格性而进行。阳性杂交产生至少两倍于背景信号的信号。通常，用于核酸杂交分析法或基因扩增检测方法的合适严格性条件如上所述。也可以选择更严格或更不严格的条件。技术人员了解洗涤期间可以加以改变和将维持或改变严格性条件的多种参数。例如，用于长度大于50个核苷酸的DNA杂交分子的常见高严格性杂交^f牛包括在65。C于lxSSC中或在42°C于lxSSC和50%甲酰胺中杂交，随后在65。C于0.3xSSC中洗涤。用于长度大于50个核苷酸的DNA杂交分子的中等严格性杂交条件的实例包括在55。C于4xSSC中或在40°C于6xSSC和50。/。曱酰胺中杂交，随后在50。C于2xSSC中洗涤。杂交分子的长度是杂交核酸的预期长度。当序列已知的核酸杂交时，可以通过比对序列并鉴定本文中所述的保守区而确定杂交分子长度。lxSSC是0.15MNaCI和15mM柠檬酸钠；杂交溶液和洗涤溶液可以额外地包含5xDenhardt试剂、0.5-1.0%SDS、100照/ml变性的片段化鲑精DNA、0.5%焦磷酸钠。为了定义严格性水平的目的，可以参考Sambrook等(2001)MolecularCloning:alaboratorymanual,第三版，ColdSpringHarborLaboratoryPress,CSH，NewYork或参考CurrentProtocolsinMolecularBiology,JohnWiley&Sons,N.Y.(1989和每年更新版本)。剪接变体如本文中所用的术语"剪接变体"包含其中已经切除、替换、移位或添加所选内含子和/或外显子或其中内含子已经缩短或加长的核酸序列的变体。此类变体将是其中基本上保留了蛋白质的生物学活性的一种变体；这可以通过选择性保留蛋白质的功能性片段而实现。此类剪接变体可以在自然界中找到或可以人工制造。用于预测和分离此类剪接变体的方法是本领i或众所周知的(见例嗦口Foissac和Schiex(2005)，BMCBioinformatics.6:25)。等位变体等位基因或等位变体是给定基因的替代形式，位于相同染色体位置内。等位变体包含单核苷酸多态性(SNP)和小插入/缺失多态性(INDEL)。INDEL的尺寸通常小于100bp。SNP和INDEL形成在大部分生物的天然发生性多态性林系中序列变体的最大集合。基因改組/定向进化基因改組或定向进化的组成为反复DNA改组，随后适当筛选和/或逸棒以产生编码具有改良生物学活性的蛋白质的核酸或其部分的变体(Castle等，(2004)Science304(5674):1151-4;美国专利5,811,238和6,395,547)。调节元件/调控序列/启动子术语"调节元件"、"调控序列，，和"启动子，，均在本文中可互换使用并且在广义上意指能够实现与之连接的序列表达的调节性核酸序列。调控序列可以是启动子、增强子、沉默子、内含子序列、3，UTR和/或5'UTR区和/或RNA稳定化元件。术语，，启动子，，一般指位于基因转录起点上游并参与识别及结合RNA聚合酶和其他蛋白质，因而指导有效连接的核酸转录的核酸调控序列。前述术语包括从典型的真核基因组基因(包括对于精确转录启动所需的TATA框，具有或没有CCAAT框序列)中衍生的转录调节序列和应答发育刺激和/或外部刺激或以组织特异性方式改变基因表达的额外调节元件(如，上游激活序列、增强子和沉默子)。本术语还包括典型的原核基因的转录调节序列，在此情况下它可以包括-35框序列和/或-10框转录调节序列。术语"调节元件，，也包含赋予、激活或增强核酸分子在细胞、组织或器官中表达的合成的融合分子或衍生物。"植物启动子"包含介导编码序列区段在植物细胞中表达的调节元件。因此，植物启动子不需要是植物来源的，而是可以源自病毒或微生物，例如来自侵袭植物细胞的病毒。"植物启动子，，也可以源自植物细胞，例如来自用待于本发明方法中表达及在本文中描述的核,列所转化的植物。这也适用于其他"植物，，调节性信号，如"植物，，终止子。用于本发明方法中的核普酸序列的启动子上游可以由一个或多个核苷酸取代、插入和/或缺失而受到#~饰，但不干扰启动子、可读框(ORF)或3'调节区如终止子或远离ORF的其他3'调节区的功能性或活性。启动子的活性还有可能因〗务饰该启动子的序列或由更活跃的启动子、甚至来自异源生物的启动子彻底替换该启动子而增加。为在植物中表达，如上所述，核酸分子必须有效连接至或包含合适的启动于，其中所述的启动子在正确时间点上并以所需要的空间表达模式表达基因。为鉴定功能性等效启动子，候选启动子的启动子强度和/或表达片莫式可以通过将该启动子与报道基因有效连接并分析该报道基因在植物多种组织的表达水平和模式而进行分析。合适的公知报道基因包括例如P-葡糖醛酸糖普酶或(3-半乳糖苷酶。启动子活性通过测量p-葡糖醛酸糖苷酶或(3-半乳糖苷酶的酶活性进行分析。启动子强度和/或表ii^莫式随后可以与参考启动子(如本发明方法中所用的一种启动子)的启动子强度和/或表达模式比较。备选地，启动子强度可以使用本领域已知方法如Northern印迹法^j^史射自显影图的密度计分析法、定量实时PCR或RT-PCR(Heid等，1996GenomeMethods6:986-994),通过定量mRNA水平或通过将本发明方法中所用核酸的mRNA水平与持家基因(如18SrRNA)的mRNA水平比较而分析。通常"弱启动子，，意指驱动编码序列在低水平上表达的启动子。"低水平，，意指在每个细胞约1/10,000转录物至约1/100,000转录物、至约1/500,0000转录物的水平上。相反，"强启动子"驱动编码序列在高水平、或在每个细胞约1/10转录物至约1/100转录物、至约1/1,000转录物上表达。有效连接如本文中所用的术语，，有效连接"指启动子序列与目的基因之间功能性地连接，以至于启动子序列能够启动目的基因转录。组成型启动子"组成型启动子"指在生长和发育的大部分、但不必全部阶段期间和在大部分环境条件下在至少一个细胞、组织或器官内有转录活性的启动子。下表2a给出组成型启动子的实例。表2a:组成型启动子的实例<table>tableseeoriginaldocumentpage24</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table>遍在启动子在生物基本上所有组织或细胞内有活性。发育调节性启动子发育调节性启动子在某个发育期期间或在经历发育变化的植物部分内有活性。诱导性启动子诱导性启动子在应答化学品(综述见Gate1997，Annu,Rev.PlantPhysiol.PlantMol,Biol.，48:89-108)、环境刺激或物理刺激时具有受诱导或增加的转录启动，或可以是"胁迫诱导性的"，即当植物暴露于多种胁迫条件时受到激活，或是"病原体诱导性的"，即当植物暴露于多种病原体时受到激活。器官特异性/组织特异性启动子器官特异性或组织特异性启动子是能够优先在某些器官或组织如叶、根、种子组织等内启动转录的启动子。例如，"根特异性启动子"是在植物根中优势地具有转录活性的启动子，在植物的任何其他部分内基本上无活性，尽管在植物的这些其他部分内允许任何泄露表达。能够仅在某些细胞中启动转录的启动子在本文中称作"细胞特异的"。下表2b给出才艮特异性启动子的实例。表2b:根特异性启动子的实例<table>tableseeoriginaldocumentpage26</column></row><table>1LRX1Baumberger等，2001，Genes&Dev.15:1128BTG-26欧洲油菜US20050044585LeAMTl(番蒜)Lauter等，(1996，PNAS3:8139)LeNRTl-l(番痴)Lauter等,(1996，PNAS3:8139)1类patatin基因(马铃薯)Liu等，PlantMol.Biol.153:386-395，1991,KDC1(胡萝卜(Daucuscarota))Downey等，(2000，J.Biol.Chem.275:39420)TobRB7基因WSong博士(1997)论文，北卡罗来纳州立大学，Raleigh,NC美国OsRAB5a(稻)Wang等，2002，PlantSci.163:273ALF5(拟南芥)Diener等，(2001,PlantCell13:1625)NRT2;lNp(烟草(N.plumbaginifolia))Quesada等，(1997，PlantMol.Biol.34:265)种子特异性启动子主要在种子组织中转录激活，但不必仅在种子组织中激活(渗漏表达的情况下)。种子特异性启动子可以在种子发育和/或萌发期间激活。种子特异性启动子可以是胚乳和/或糊粉和/或胚特异性的。种下表2c-f。种子特异性启动子的其他实例由QingQu和Takaiwa(PlantBiotechnol.J.2，113-125，2004)给出，该文献的公开完整引入本文作为参考。表2c:种子特异性启动子的实例基因来源参考文献<table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table>表2d:胚乳特异性启动子的实例<table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage30</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage31</column></row><table>表2f:糊粉特异性启动子的实例<table>tableseeoriginaldocumentpage31</column></row><table>如本文中所定义的绿色组织特异性启动子是主要在绿色组织中具有转录活性的启动子，在植物的任何其他部分内基本上无活性，尽管在植物的这些其他部分内允许-f壬何泄露表达。可以用于实施本发明方法的绿色组织特异性启动子的实例示于下表2g。表2g:绿色组织特异性启动子的实例_<table>tableseeoriginaldocumentpage32</column></row><table>组织特异性启动子的另一个实例是分生组织特异性启动子，其主要在分生性组织中具有转录活性，在植物的任何其他部分内基本上无活性，尽管在才直物的这些其他部分内允许任何泄露表达。可以用于实施本发明方法的绿色分生組织特异性启动子的实例示于下表2h。表2h:分生组织特异性启动子的实例<table>tableseeoriginaldocumentpage32</column></row><table>终止子术语"终止子，，包括这样的调控序列，其是在转录单位端的DNA序列，发出对初级转录物进行3，加工并多聚腺苷化以及终止转录的信号。终止子可以衍生自天然基因、来自多种其他植物基因或来自T-DNA。待添加的终止子可以来自例如胭脂碱合酶或章鱼碱合酶基因或备选地来自其他植物基因或较不优选地来自任何其他真核基因。调节术语，，调节，，就表达或基因表达而言意指这样的过程，其中表达水平与对照植物相比因所述基因的表达而改变，表达水平可增加或降低。原先未受调节的表达可以是结构RNA(rRNA、tRNA)或mRNA的任何类型表达，随后是翻译。术语"调节活性，，应当意指本发明核酸序列或所编码蛋白质的表达的任何变化，这导致植物增加的产量和/或增加的生长。表达术语"表达"或"基因表达"意指因特定一种或多种基因或基因构建体的转录。术语"表达"或"基因表达"尤其意指一种或多种基因或基因构建体转录成结构RNA(rRNA、tRNA)或mRNA，有或没有随后mRNA翻译成蛋白质。此过程包括DNA转录、加工得到的mRNA产物。增加的表达/超量表达如本文中所用的术语"增加的表达，，或"超量表达，，意指对于原有野生型表达水平是额外的任何形式表达。在本领域内详细记载了用于增加基因或基因产物表达的方法并且它们包括例如，由适宜启动子驱动的超量表达、使用转录增强子或翻译增强子。可以在非异源形式的多核苷酸的适宜位置(一般是上游)内引入作为启动子或增强子元件的分离核酸，以便上调编码目的多肽的核酸的表达。例如，内源性启动子可以通过突变、缺失和/或取代而在体内改变(见Kmiec，美国5,565,350;Zarling等，W09322443)，或可以将分离的启动子以相对于本发明基因的正确方向及距离引入植物细胞，以便控制基因表达。若需要多肽表达，通常希望在多核苷酸编码区的3，端包括多聚腺苷化33区。多聚腺香化区可以来自天然基因、来自多种其他植物基因或来自T-DNA。待添加的3，端序列可以来自例如胭脂碱合酶或章鱼碱合酶基因或备选地来自另一植物基因或更不优选来自任何其他真核基因。内含子序列也可以添加至5'非翻译区(UTR)或部分编码性序列的编码序列上，以增加在胞浆内积累的成熟信息的量。已经证实可剪接内含子在植物表达构建体和动物表达构建体中转录单位内的包含在mRNA水平及蛋白质水平上增加基因表达至多达1000倍(Buchman和Berg(1988)Mol.Cellbiol.8:4395-4405;Callis等(1987)GensDev1:1183-1200)。基因表达的此类内含子增强作用一般在位于转录单位5'端附近时最强烈。使用玉米内含子Adhl-S内含子1、2和6、Bronze-l内含子是本领域已知的。对于一般信息，见TheMaizeHandbook,第116章，编者Freeling和Walbot，Springer,N.Y.(1994)。内源基因本文中提及的"内源"基因不仅仅指如在植物中以其天然形式(即没有任何人类干预)存在的所讨论基因，还指处于分离形式的随后(再)引入植物(转基因)的相同基因(或基本上同源的核^/基因)。例如，含有这种转基因的转基因植物可以遭遇转基因表达大幅降低和/或内源基因表达的大幅降低。分离的基因可分离自生物体，或者是人造的，例如通过化学合成。降低的表达本文中提及的"降低的表达"或表达的"降低或基本去除，，意指内源基因表达和/或多肽水平和/或多肽活性相对于对照植物的降低。与对照植物相比，降低或基本去除以递增优选顺序是至少10%、20%、30%、40%或50%、60%、70%、80%、85%、90%，或95%、96%、97%、98%、99%或更多的降低。为了降低或基本去除内源基因在植物中的表达，需要核^列的足够长度的基本上连续的核苷酸。为了开展基因沉默，这个长度可以是少至20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、IO个或更少的核苷酸，或者该长34度可以多至整个基因(包括5，和/或3，UTR，在部分或全长中)。基本上连续的核普酸片段可以来自编码目的蛋白的核酸(靶基因)或来自能够编码目的蛋白的直向同源物、旁系同源物或同源物的任何核酸。优选地，基本上连续的核苦酸片段能够与靶基因(有义链或反义链)形成氢键，更优选地，基本上连续的核苷酸片段以递增优选顺序与靶基因(有义链或反义链)具有50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、100%的序列同一性。编码(功能性)多肽的核酸序列不是本文中所讨论用于降低或基本去除内源基因表达的多种方法所需的。表达的这种降低或基本去除可以使用常规工具和技术完成。用于降低或基本去除内源基因表达的优选方法是在植物中引入并表达这样的遗传构建体，其中核酸(在此情况下是来自目的基因或任何核酸的一段基本上连续的核苷酸序列，其中所述的任何核酸能够编码任何一种目的蛋白的直向同源物、旁系同源物或同源物)克隆至所述的遗传构建体内作为由间隔区(非编码性DNA)隔开的(部分或完全的)反向重复序列。在这种优选的方法中，使用核酸或其部分(在此情况下是从目的基因或从任何核酸中^t生的一段基本上连续的核苷酸序列，其中所述的任何核酸能够编码目的蛋白的直向同源物、旁系同源物或同源物)的反向重复序列(优选能够形成发夹结构)，通过RNA介导的沉默作用而降低或基本上去除内源基因的表达。反向重复序列在包含调控序列的表达载体中克隆。非编码性DNA核断列(间隔序列，例如基质附着区片段(MAR)、内含子、多接头等)位于形成反向重复序列的两个反向核酸之间。在反向重复序列转录后，形成具有(部分或完全)自身互补结构的嵌合RNA。这种双链RNA结构称作发夹RNA(hpRNA)。hpRNA由植物加工成为siRNA，其被掺入RNA诱导性沉默复合物(RISC)中。RISC进一步切开mRNA转录物，因而大幅度降低待翻译成多肽的mRNA转录物的数目。对于其他一般细节，见例如Grierson等(1998)WO98/53083;Waterhouse等(1999)WO99/53050)。本发明方法的实施不依赖在植物中引入并表达其中克隆入核酸作为反35向重复序列的遗传构建体，而是几种公知"基因沉默"方法的任何一种或多种可以用来实现相同的效果。一种用于降低内源基因表达的此类方法是RNA介导的基因表达沉默(下调)。沉默作用在这种情况下由基本上与内源性靶基因相似的双链RNA序歹'J(dsRNA)在植物中触发。这种dsRNA被植物进一步加工成约20到约26个核苷酸，称作短干扰性RNA(siRNA)。siRNA被掺入RNAi秀导性沉默复合物(R1SC)内，其中所述的RISC进一步切割内源性靶基因的mRNA转录物，因而大幅度降低待翻译成多肽的mRNA转录物的数目。优选地，双链RNA序列对应于耙基因。RNA沉默方法的另一个实例包括以有义方向引入核酸序列或其部分(在此情况下是从目的基因或从任何核酸中衍生的一段基本上连续的核苷酸，其中所述的任何核酸能够编码目的蛋白的直向同源物、旁系同源物或同源物)至才直物内。"有义方向，，指与其mRNA转录物同源的DNA序列。因而将向植物中引入该核^列的至少一个拷贝。这种额外的核*列会降低内源基因表达，产生已知为共抑制作用的现象。当核^列的几个额外拷贝引入植物时，基因表达的降低将更明显，因为高转录物水平与共抑制作用的触发之间存在正相关。RNA沉默方法的另一个实例包括使用反义核酸序列。"反义"核酸序列包含与编码蛋白质的"有义"核酸序列互补，即与双链cDNA分子的编码链互补，或与mRNA转录物序列互补的核苷酸序列。反义核酸序列优选地与待沉默的内源基因互补。互补性可以位于基因的"编码区，，和/或，，非编码区"内。术语"编码区"指包含被翻译成氨基酸残基的密码子的核苷酸序列区。术语"非编码区"指分布在编码区两侧的被转录但不翻译成氨基酸的5，和3，序列(也称作5'和3'非翻译区)。反义核酸序列可以根据Watson和Crick碱基配对规则设计。反义核酸序列可以与整个核酸序列互补(在此情况下是从目的基因或从任何核酸中衍生的一段基本上连续的核苷酸，其中所述的任何核酸能够编码目的蛋白的直向同源物、旁系同源物或同源物)，不过也可以是仅与核酸序列的一部分(包括mRNA5，和3，UTR)反义的寡核苷酸。例如，反义寡核苷酸序列可以与围绕编码多肽的mRNA转录物的翻译起点周围的区域互补。合适的反义寡核苷酸序列的长度是本领域已知的并且可以从长度约50、45、40、35、30、25、20、15或10个核普酸或更少的核香酸开始。本发明的反义核酸序列可以利用本领域已知方法，使用化学合成和酶连接反应而构建。例如，反义核酸序列(例如反义寡核苷酸序列)可以使用天然发生的核苷酸或多种修饰的核苷酸化学地合成，其中所述修饰的核苦酸被设计旨在增加分子的生物学稳定性或增加反义核酸序列与有义核酸序列之间所形成双链体的物理稳定性，例如，可以使用硫代磷酸酯衍生物和吖咬取代的核苷酸。知的核苦酸修饰包括甲基化、环化和'加帽'及用类似物(如肌苷)取代一个或多个天然发生的核苷酸。其他的核苷酸修饰是本领域众所周知的。这种反义核酸序列可以使用其中核酸序列已经以反义方向加以亚克隆(即从插入的核酸中转录的RNA将与目的耙核酸呈反义方向)的表达载体以生物学方式产生。优选地，反义核酸序列在植物中的产生借助稳定整合的核酸构建体进行，其中所述的核酸构建体包含启动子、有效连接的反义寡核苷酸和终止子。产生)与编码多肽的mRNA转录物和/或基因组DNA杂交或结合，以便例如通过抑制转录和/或翻译而抑制蛋白质表达。杂交可以通过形成稳定双链体的常规核苷酸互补性所致，或在结合于DNA双链体的反义核酸序列的情况下，因双螺旋大沟内特异性相互作用所致。反义核酸序列可以通过转化或在特定组织部位直接注射而引入植物。备选地，反义核酸序列可以为了靶向所选择的细胞而受到修饰并且随后系统性施用。例如，对于系统性施用，反义核酸序列可以被修饰以便它们特异结合表达在所选择的细胞表面上的受体或抗原，例如通过连接反义核酸序列至与细胞表面受体或抗原结合的肽或抗体。反义核酸序列也可以使用本文中所述的载体送递至细胞内。根据另一个方面，反义核酸序列是a-异头核酸序列。(x异头核酸序列与互补性RNA形成特定双链杂交分子，其中与惯常b-单元相反，所述链相互平行(Gaultier等(1987)NuclAcRes15:6625-6641)。反义核酸序列也可以包含2'-o-甲基核糖核苦酸(Inoue等(1987)NuclAcRes15，6131-6148)或嵌合RNA-DNA类似物(Inoue等(1987)FEBSLett.215,327-330)。内源基因表达的降低或基本去除也可以使用核酶而进行。核酶是具有核糖核酸酶活性的催化性RNA分子，能够切割与其具有互补区域的单链核酸序列，如mRNA。因此，核酶(例如锤头核酶(在Haselhoff和Gerlach(1988)Nature334，585-591中描述)可以用来催化性地切割编码多肽的mRNA转录物，因而大幅度降低待翻译成多肽的mRNA转录物的数目。可以设计对核酸序列具特异性的核酶(见例如Cech等美国专利号4,987,071;和Cech等美国专利号5,116,742)。备选地，对应于核酸序列的mRNA转录物可以用来从RNA分子库中选出具有特异性核糖核酸酶活性的催化性RNA(Bartel和Szostak(1993)Science261，1411-1418)。核酶用于植物中基因沉默的用途是本领域已知的(例如Atkins等(1994)WO94/00012;Lenne等(1995)WO95/03404;Lutziger等(2000)WO00/00619;Prinsen等(1997)WO97/13865和Scott等(1997)WO97/38116)。基因沉默也可以通过插入诱变(例如T-DNA插入或转座子插入)或通过如Angell和Baulcombe((1999)Plant丄20(3):357-62)、(AmpliconVIGSWO98/36083)或Baulcombe(WO99/15682)及其他人描述的策略而实现。当在内源基因上存在突变和/或在随后引入植物的分离的基因/核酸上存在突变时，基因沉默也可以发生。降低或基本去除可以由无功能的多肽引起。例如，多肽可以与多种相互作用性蛋白质结合；一个或多个突变和/或截短因而可以提供仍能够结合相互作用性蛋白质(如受体蛋白质)但不能表现其正常功能的多肽(如起信号作用的配体)。另一种基因沉默的方法是靶定与基因调节区(例如启动子和/或增强子)互补的核酸序列以形成阻止基因在靶细胞中转录的三螺旋结构。见Helene，C.,AnticancerDrugRes.6，569-84，1991;Helene等，Ann.N.Y.Acad.Sci.660,27-361992和Maher,L.J.Bioassays14，807-15,1992。其他方法，如使用针对内源性多肽的抗体以抑制此多肽在植物中的功能，或千扰所述多肽参与的信号途径，对于技术人员将是众所周知的。尤其，可以构思的是人造分子可以用于抑制靶多肽的生物学功能，或用于干扰靶多肽参与其中的信号途径。备选地，可以建立筛选程序以鉴定在植物群体中基因的天然变体，其中所述的变体编码具有降低活性的多肽。此类天然变体也可以用于例如进行同源重组。人工和/或天然的微RNA(miRNA)可以用来敲除基因表达和/或mRNA翻译。内源性miRNA是通常19-24个核苷酸长度的单链小RNA。它们的主要功能是调节基因表达和/或mRNA翻译。大多数的植物微RNA(miRNA)与其耙序列具有完全的或接近完全的互补性。然而，存在具有多达5个错配的天然靶标。它们由切酶家族的双链特异性RNA酶从具有特征性折回结构的较长的非编码性RNA中加工而来。在加工时，它们通过与RNAi秀导性沉默复合物(RISC)的主要成分Argonaute蛋白质结合而掺入该复合体。MiRNA充当RISC的特异性成分，因此它们与细胞质中的耙核酸(大多是mRNA)碱基配对。后续的调节事件包括耙mRNA切割和破坏和/或翻译抑制。miRNA超量表达的作用因此在靶基因降低的mRNA水平上得到反映。通常21个核苷酸长度的人工微RNA(amiRNAs)可以遗传改造以特异性地负调节单个或多个目的基因的基因表达。植物微RNA耙的选择的决定因素是本领域众所周知的。用于靶识别的经验参数已经确定并且可以用来辅助设计特定的amiRNA，(Schwab等，Dev.Cell8，517-527，2005)。用于设计并产生amiRNA及其前体的便利工具也是公众可获得的(Schwab等，PlantCell18，1121-1133，2006)。为最佳性能，用于降低内源基因在植物中表达的基因沉默技术需要使用来自单子叶植物的核酸序列以转化单子叶植物，和使用来自双子叶植物的核酸序列以转化双子叶植物。优选地，将来自任何给定植物物种的核酸序列引入同一个物种内。例如，将来自稻的核,列转化至稻植物。然而，的植物物种。只要内源性靶基因与待引入的核酸之间存在相当大的同源性就足够了。上文描述的是用于降低或基本去除内源基因在植物中表达的多种方法的实例。本领域技术人员会轻易地能够调整前述用于沉默的方法以至于例如通过利用合适启动子而实现降低内源基因在整林植物或在其部分中的表达。选择性标记(基因)/报道基因"选择性标记"、"选择性标记基因，，或"报道基因"包括向细胞赋予表型的任何基因，其中在所述的细胞内表达所述基因以促进鉴定和/或选择用本发明的核酸构建体所转染或转化的细胞。这些标记基因能够通过一系列不同原理鉴定核酸分子的成功转移。合适的标记可以选自赋予抗生素耐药性或除草剂抗性、引入新代谢性状或允许目视选择的标记。选择性标记基因的实例包括赋予抗生素耐药性的基因(如使新霉素和卡那霉素磷酸化的nptll或使潮霉素磷酸化的hpt或赋予对例如博来霉素、链霉素、四环素、氯霉素、氨节青霉素、庆大霉素、遗传霉素(Geneticin)(G418)、壮观霉素或杀稻瘟素的抗性的基因)、赋予除草剂抗性的基因(例如提供Basta⑧抗性的bar;提供草甘膦抗性的aroA或gox或赋予对例如咪唑啉酮、膦丝菌素或磺脲类的抗性的基因)或提供代谢性状的基因(如允许植物使用甘露糖作为唯一碳源的manA或利用木糖的^Mt异构酶或抗营养标记如2-脱氧葡萄糖抗性)。目视标记基因的表达导致形成颜色(例如p-葡糖醛酸糖苷酶、GUS或J3-半乳糖普酶与其有色底物例如X-Gal)、发光(如荄光素/萤光素酶系统)或荧光(绿色荧光蛋白GFP及其衍生物)。这个名单仅代表少数的可能标记。技术人员熟悉此类标记。取决于生物和选择方法，优选不同的标记。已知当核酸稳定或瞬时整合至植物细胞时，仅小部分的细胞摄取外来DNA并且根据需要将其整合至细胞基因组，这取决于所用表达载体和使用的转染技术。为鉴定并选择这些整合子，通常将编码选择性标记(如上文所述之一)的基因连同目的基因一起引入宿主细胞。这些标记可以在其中这些基因因例如常规方法所致的缺失而无功能的突变体中使用。此外，编码选择性标记的核酸分子可以引入宿主细胞中，与在包含编码本发明多肽或本发明方法中所用多肽的序列在同一载体上，或在单独的载体上。已经用引入的核酸稳定转染的细胞可以通过选择进行鉴定(例如具有整合的选择性标记的细胞存活而其他细胞死亡)。因为一旦已经成功引入了核酸，则转基因宿主细胞中不再需要或不希望有标记基因，尤其抗生素耐药性基因和除草剂抗性基因，因此用于引入核酸的本发明方法有利地使用能够去掉或切除这些标记基因的技术。一种如此方法称作共转化法。共转化法使用同时用于转化的两种载体，一种载体携带本发明的核酸而另一种载体携带标记基因。高比例的转化体接受，或在植物的情况下，包含(高达40。/。或更多的转化体)这两种载体。在用农杆菌(Agrobacterium)转化的情况下，转化体通常仅接受载体的一部分，即侧翼有T-DNA的序列，它通常代M达盒。标记基因随后可以通过进行杂交而从转化的植物中去掉。在另一种方法中，整合至转座子的标记基因用来与想要的核酸一起进行转化(称作Ac/Ds技术)。转化体可以与转座酶来源植物杂交或转化体用导致转座酶表达的核酸构建体瞬时或稳定地转化。在一些情况下(大约10%)，转座子在已经成功发生转化时跳出宿主细胞的基因组并丢失。在其他更多情况下，转座子跳至不同位置。在这些情况下，标记基因必须通过进行杂交而去除。在微生物学中，开发了实现或促进检测这类事件的^t术。另一个有利的方法依赖于重组系统；此方法的优势在于不必通过杂交去除。该类型的最知名系统称作Cre/lox系统。Crel是去掉位于loxP序列之间序列的重组酶。若标记基因整合于loxP序列之间，则通过重组酶表达已经成功发生转化时，标记基因被去除。其他重组系统是HIN/HIX、FLP/FRT和REP/STB系统(Tribble等，J.Biol.Chem.，275，2000:22255-22267;Velmurugan等，J.CellBiol.,149，2000:553-566)。有可能将本发明核酸序列以位点特异性方式整合至植物基因组。这些方法自然也可以应用至微生物如酵母、真菌或细菌。转基因的/转基因/重組为本发明目的，"转基因的"、"转基因"或"重组"就核酸序列而言意指包含此核酸序列的表达盒、基因构建体或载体或用本发明的核酸序列、表达盒或载体转化的生物，这些构建均通过重组方法产生，其中(a)编码用于本发明方法中的蛋白质的核酸序列，或(b)与本发明核酸序列有效连接的遗传调控序列，例如启动子，或(c)a)和b)。不处于其天然遗传环境中或已经通过遗传操作方法修饰，修饰有可能采用例如取代、添加、缺失、倒位或插入一个或多个核苦酸残基的形式。天然遗传环境理解为意指来源植物中的天然基因组基因座或染色体基因座或在基因组文库中存在。在基因组文库的情况下，核*列的天然遗传环境优选地得到保留，至少部分地得以保留。该环境分布在核酸序列的至少一侧并且具有至少50bp，优选至少500bp,特别优选至少1000bp，最优选至少5000bp的序列长度。天然发生的表达盒-例如核酸序列的天然启上文所定义-在这种表达盒通过非天然的合成("人工，，)方法(如诱变处理)而受到修饰时，变成转基因表达盒。合适方法例如在US5,565,350或WO00/15815中描述。为本发明目的，转基因植物因此如上理解为意指本发明方法中所用的核酸不位于所述植物基因组中该核酸的天然基因座内，所述核酸有可能同源或异源地表达。然而如所提及，转基因还意指尽管本发明核酸或在本发明方法中所用核酸处于植物基因组中该核酸的天然位置内，然而其序列相对于天然序列而言已经受到j奮饰，和/或所述天然序列的调节序列已经受到修饰。转基因优选地理解为意指本发明核酸在基因组中的非天然基因座内表达，即发生核酸的同源表达或优选异源表达。在本文中提到了优选的转基因植物。转化如本文中所提及的术语"引入"或"转化，，包括外源性多核苦酸转移至宿主细胞内，无论用于转化的方法是什么。能够后续克隆性增殖(无论通过器官发生或胚胎发生)的植物组织可以用本发明的遗传构建体转化并且可以从中再生整林植物。选择的具体组织将取决于可用于并且最适于正进行转化的具体物种的克隆性增殖系统。示例性组织乾包括叶盘、花粉、胚、子叶、下胚轴、大配子体、愈伤组织、现存分生组织(例如顶端分生组织、腋芽和根分生组织)和i秀导的分生组织(例如子叶分生组织和下胚轴分生组织)。多核苷酸可以瞬时或稳定地引入宿主细胞并且可以非整合地维持，例如作为质粒。备选地，多核苷酸可以整合至宿主基因组内。产生的转化植物细胞随后可以用来以本领域技术人员已知的方式再生出转化植物。外来基因转化至植物基因组内称作转化。植物物种的转化现在是相当常规的技术。有利地，几种转化方法中的任一方法可以用来将目的基因引入合适的祖先细胞。用于从植物组织或植物细胞中转化并再生出植物所述的方法可以用于瞬时转化或用于稳定转化。转化方法包括^f吏用脂质体、电穿孔法、增加游离DNA摄入的化学品、DNA直接注射至植物、粒子枪轰击法、使用病毒或花粉的转化法和显微投射法(microprojection)。转化方法可以选自用于原生质体的钙/聚乙二醇法(Krens，F.A.等，(1982)Nature296，72-74;NegrutiuI等(1987)PlantMolBiol8:363-373);原生质体的电穿孔法(811111"011.0.等(1985)810/16(:1111013，1099-1102);对植物材料的微量注射法(CrosswayA等，(1986)Mol.GenGenet202:179-185);DNA或RNA涂布的粒子轰击法(KldnTM等，(1987)Nature327:70)、(非整合性)病毒感染法等。转基因植物，包括转基因作物植物，优选地通过农杆菌介导的转化法产生。有利的转化方法是在植物中(inplanta)的转化法。为此目的，例如有可能使农杆菌作用于植物种子或有可能用农杆菌接种植物的分生组织。根据本发明已经证明使转化的农杆菌混悬液作用于完整植物或至少作用于花原基是特别有利的。植物随后继续培育直至获得所处理植物的种子(Clough和Bent，PlantJ.(1998)16,735~743)。用于农杆菌介导的稻转化的方法包括用于稻转化的公知方法，如在任一以下文献中描述的那些方法欧洲专利申请EP1198985Al,Aldemita和Hodges(Planta199:612-617，1996);Chan等(PlantMolBiol22(3):491-506，1993)，Hiei等(PlantJ6(2):271-282，1994)，其公开内容在本文中引入作为参考，如同完全给出那样。在玉米转化的情况下，优选的方法如Ishida等(Nat.Biotechnol14(6):745-50，1996)或Frame等(PIantPhysiol129(1):13-22，2002)描述，其公开内容在本文中如充分所述那样引入作为参考。所述方法通过举例方式进一步由B.Jenes等，TechniquesforGeneTransfer，在TransgenicPlants,第1巻，EngineeringandUtilization,编者S.D.Kung和R.Wu，AcademicPress(1993)128國143及在PotrykusAnnu.Rev.PlantPhysiol.PlantMolec.Biol.42(1991)205-225)中描述。待表达的核酸或构建体优选地克隆至适于转4匕才艮癌农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)的载体，例如pBinl9(Bevan等，Nucl.AcidsRes.12(1984)8711)。由这种载体转化的农杆菌随后可以按照已知方式用于转化植物，例如作为模型使用的植物，如拟南芥(拟南芥属于本发明的范围，不视为作物植物)或作物植物，例如烟草植物，通过在农杆菌溶液中浸泡擦伤的叶或切碎的叶并随后将它们在合适的培养基内培育。植物通过根癌农杆菌的转化例如由H6fgen和Willmitzer在Nucl.AcidRes.(1988)16,9877中描述或尤其从F.F.White,VectorsforGeneTransferinHigherPlants;在TransgenicPlants,第1巻,EngineeringandUtilization,编者S.D.Kung和R.Wu，AcademicPress,1993,第15-38页中获知。除了转化体细胞(其随后必须再生成完整植物)之外，还有可能转化植物分生组织的细胞及特别转化发育成配子的那些细胞。在这种情况下，转化的配子遵循天然的植物发育过程，产生转基因植物。因此，例如拟南芥种子用农杆菌处理并且从发育植物中获得种子，其中一定比例的所述植物受到转化并且因此是转基因的Feldman,KA和MarksMD(1987)MolGenGenet208:274-289;FeldmannK(1992)。在编者CKoncz，N-HChua和JShell,MethodsinArabidopsisResearch.WordScientific,Singapore,第274-289页。替代性方法基于反复去掉花序并使莲座叶丛中心中的切除部位与转化的农杆菌温育，因而转化的种子同样可以在较晚的时间点获得(Chang(1994)PlantJ.5:551-558;Katavic(1994)MolGenGenet,245:363-370)。然而，尤其有效的方法是改良的真空渗入法，如"花浸染，，法。在拟南芥真空渗入法的情况下，完整植物在减压下用农杆菌混悬液处理lBechthold，N(1993)。CRAcadSciParisLifeSci，316:1194-11991，而在"花浸染法，，的情况下，正在发育的花组织与表面活性剂处理的农杆菌混悬液短暂温育Clough，SJ和Bent，AF(1998)ThePlant丄16,735-743。在两种情况下收获了一定比例的转基因种子，并且这些种子可以通过在如上所述的选择条件下培育而与非转基因种子区分。此外，质体的稳定转化是有利的，因为质体在大部分作物中以母体方式遗传，降低或消除了转基因经花粉流动风险。叶绿体基因组的转化一般通过已在Klaus等，2004[NatureBiotechnology22(2)，225-229中示例性加以展示的方法实现。筒而言之，待转化的序列连同选择性标记基因一起克隆至与叶绿体基因组同源的側翼序列之间。这些同源的侧翼序列指导位点特异性整合至原质体系内。已经对众多不同植物物种描述了质体转化并且综述可以出自Bock(2001)在基础研究和植物生物技术中的转基因质体(Transgenicplastidsinbasicresearchandplantbiotechnology).JMolBiol.2001年9月21日；312(3):425-38或Maliga，P(2003)质体转化技术商业化进展(Progresstowardscommercializationofplastidtransformationtechnology).TrendsBiotechnol.21，20-28。进一步生物技术iM^最近已经以无标记质体转化体的形式作了报道，所述无标记质体转化体可以通过瞬时共整合的标记基因产生(Klaus等，2004，NatureBiotechnology22(2)，225-229)。T-DNA激活标注T-DNA激活标注(Hayashi等，Science(1992)1350-1353)涉及在目的基因的基因组区域内或基因编码区上游或下游10kb处以如此结构插入T-DNA(通常含有启动子(也可以是翻译增强子或内含子))，使得启动子指导被耙定基因的表达。通常，由靶定基因的天然启动子对所述耙定基因表达的调节作用遭到破坏并且该基因处在新引入的启动子控制下。启动子一般嵌入在T-DNA中。这种T-DNA随机地插入植物基因组，例如通过农杆菌感染，并导致在所插入T-DNA附近的基因的改良表达。因靠近所引入启动子的基因的改良表达，产生的转基因植物表现显性表型。TILLING术语"TILLING"是"基因组内定向诱导的局部损伤"的缩写且意指用于产生和/或鉴定核酸诱变技术，其中所述的核酸编码具有修饰表达和/或活性的蛋白质。TILLING还允许选择携带此类突变变体的植物。这些突变变体可以显示在强度方面或在位置方面或在时间方面改良的表达(例如若突变影响启动子)。这些突变变体可以显示比由处于其天然形式的基因所显出活性更高的活性。TILLING将高密度诱变与高通量筛选方法组合。一般在TILLING中遵循的步骤是(a)EMS诱变(RedeiGP和KonczC(1992)在MethodsinArabidopsisResearch,KonczC，ChuaNH，SchellJ，Singapore编著,WorldScientificPublishingCo,笫16—82页；Feldmann等，(1994)在MeyerowitzEM，SomervilleCR编著，Arabidopsis.ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,第137-172页；LightnerJ和CasparT(1998)在JMartinez腿Zapater,JSalinas编者，MethodsonMolecularBiology第82巻.HumanaPress,Totowa，NJ,第91-104页);(b)个体的DNA制备和汇集；(c)PCR扩增目的区；(d)变性和复性以允许形成异源双链体；(e)DHPLC，其中将异源双链体是否在汇集物中的存在检测为色谦图中的一个额外峰；(f)鉴定突变个体；和(g)对突变PCR产物测序。用于TILLING的方法是本领域众所周知的(McCallum等，(2000)NatBiotechnol18:455-457;综述见Stemple(2004)NatRevGenet5(2):145-50)。同源重组同源重组允许选择的核酸于确定的选择位置上引入基因组中。同源重组是在生物科学中常规地用于低等生物如酵母或苔藓剑叶藓(Physcomitrella)的标准4支术。用于在植物中开展同源重組的方法已经不仅对模式植物(Offringa等(1990)EMBOJ9(10):3077-84)而且对作物植物例如稻(Terada等(2002)NatBiotech20(10):1030-4;Iida和Terada(2004)CurrOpinBiotech15(2):132-8)进行了描述，且无论目标组织通常存在可应用的方法(Miller等，NatureBiotechnol.25，778-785，2007)。产量术语，，产量，，通常意指经济价值的可测量结果，一般与指定作物、与面积并与时间段有关。单个植物部分基于它们的数目、大小和/或重量而直接对产量有贡献，或实际产量是对于某作物和一年的每平方米产量，这通过总产量(包括收获的和评估的产量)除以种植的平方米数而确定。术语植物的"产量"涉及该4直物的营养生物量(根和/或苗生物量)、生殖器官和/或繁殖体(例如种子)。早期萌发势"早期萌发势"指尤其在植物生长早期期间活跃、健康、良好平衡的生长，且可以因植物适应性增加而产生，其原因在于例如才直物更好地适应其环境(即优化能源的使用和苗与根之间的分配)。具有早期萌发势的植物也显示增加的幼苗存活和更好的作物建立，这往往导致高度均匀的田块(作物整齐地生长，即大多数植物在基本上相同的时间上达到发育的各阶段)和往往更好及更高的产量。因而，早期萌发势可以通过多种因子如千粒重、萌发百分数、出苗百分数、幼苗生长、幼苗高度、根长度、根及苗生物量和众多其他因素而确定。增加/改善/增强术语"增加"，"改善，，或"增强"是可互换的并且应当在本申请含义上指与如本文中定义的对照植物相比至少3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%或10%、优选至少15%或20%、更优选地25%、30%、35%或40%更多的产量和/或生长。种子产量增加的种子产量本身可以表现为下列一种或多种指标a)种子生物量(种子总重量)增加，这可以基于单粒种子和/或每^M直物和/或每平方米；b)每林植物增加的花数；c)增加的(饱满)种子数；d)增加的种子饱满率(其表述为饱满种子数与种子总数之间的比率)；e)增加的收获指数，其表述为可收获部分(如种子)产量与总生物量的比率；和f)增加的千粒重(TKW),这从计数的饱满种子数及其总重量外推而来。增加的TKW可以因增加的种子大小和/或种子重量所致，并且也可以因胚和/或胚乳尺寸的增加所致。种子产量的增加也可以表现为种子大小和/或种子体积的增加。此外，种子产量的增加本身也可以自我表现为种子面积和/或种子长度和/或种子宽度和/或种子周长的增加。增加的产量也可以产生改良的结构，或可以因改良的结构而出现。绿度指数文中所用的"绿度指数"计算自植物的数字图像。对于属于图像上对应的植物目标的每一像素，计算绿度值与红度值的比值(在编码颜色的RGB模式中)。绿度指数表示为绿与红的比值超过给定阈值的像素百分比。在正常生长条件下、在盐胁迫生长条件下以及在可获得营养物减少的生长条件下，植物的绿度指数在开花前的末次取像时测量。与之相反，在干旱胁迫生长条件下，植物的绿度指数在干旱前的初次取像时测量。植物如本文中所用的术语，，植物，，包含整林植物、植物的祖先及后代和植物部分，包括种子、枝条、茎、叶、根(包括块茎)、花和組织及器官，其中每种所提及对象包含目的基因/核酸。术语"植物"也包含植物细胞、悬浮培养物、愈伤组织、胚、分生组织区、配子体、孢子体、花粉和小孢子，同样每种提及的对象包含目的基因/核酸。特别用于本发明方法中的植物包括属于植物界(Viridiplantae)超家族的全部植物，尤其单子叶植物和双子叶植物，包括选自以下的饲用或伺料豆类、观赏植物、粮食作物、树或灌木槭树属物种(Acerspp.)、猕猴杉^属物种(Actinidiaspp.)、矛火葵属物种(Abelmoschusspp.)、剑麻(Agavesisalana)、冰草属物种(Agropyronspp.)、匍旬剪股颖(Agrostisstolonifera)、葱属物种(Alli画spp.)、苋属物种(Amaranthusspp.)、欧洲海滨草(Ammophilaarenaria)、凤梨(Ananascomosus)、番篇枝属物种(Annonaspp.)、芽菜(Apiumgraveolens)、落花生属物种(Arachisspp.)、木波罗属物种(Artoearpusspp.)、石刁斥白(Asparagusofficinalis)、燕麦属物种(Avenaspp.)(《列^口燕、麦(Avenasativa)、野^1麦(入￥6113fatua)、比赞燕、麦(Avenabyzantina)、Avenafatuavar.sativa、杂种燕麦(Avenahybrida)、阳桃(Averrhoacarambola)、箣竹属(Bambusasp.)、冬瓜(Benincasahispida)、巴西栗(Bertholletiaexcelsea)、甜菜(Betavulgaris)、芸莒属物种(Brassicaspp.)(例如欧洲油菜(Brassicanapus)、芜青物种(Brassicarapassp.)l卡诺拉油菜、油菜(oilseedrape)、蔓青(turniprape)I)、Cadabafarinosa、茶(Camelliasinensis)、美人蕉(Cannaindica)、大麻(Cannabissativa)、辣椒属物种(Capsicumspp.)、Carexelata、番木瓜(Caricapapaya)、大果假虎刺(Carissamacrocarpa)、山核杉匕属物种(Caryaspp.)、红花(Carthamustinctorius)、栗属物种(Castaneaspp.)、美洲木棉(Cdbapentandra)、苦苣(Cichoriumendivia)、樟属物种(Cinnamomumspp.)、西瓜(Citrulluslanatus)、柑橘属物种(Citrusspp.)、椰子属物种(Cocosspp.)、咖啡属物种(Coffeaspp.)、芋头(Colocasiaesculenta)、非洲梧桐属物种(Colaspp.)、黄麻属(Corchorussp.)、芫荽(Coriandrumsativum)、榛属物种(Corylusspp.)、山楂属物种(Crataegusspp.)、番红花(Crocussativus)、南瓜属物种(Cucurbitaspp.)、香瓜属物种(Cuc腦isspp.)、菜蓟属(Cynaraspp.物种)、胡萝卜(Daucuscarota)、山马虫皇属物种(Desmodiumspp.)、龙眼(Dimocarpuslongan)、薯蕷属物种(Dioscoreaspp.)、柿树属物种(Diospyrosspp.)、寿皁属物种(Echinochloaspp.)、油棕属(Elaeis)(例如油棕(Elaeisguineensis)、美洲油標Elaeis(oleifera))、穆子(Eleusinecoracana)、蔗茅属(Erianthussp.)、枇杷(Eriobotryajaponica)、按属(Eucalyptussp.)、红仔果(Eugeniauniflora)、养麦属物种(Fagopymmspp.)、水青冈属物种(Fagusspp.)、苹状羊茅(Festucaarundinacea)、无花果(Ficuscarica)、金桔属物种(Fortunellaspp.)、草每属净勿种(Fragariaspp.)、4艮杏(Ginkgobiloba)、大豆属(Glycinespp.)(例:S口大豆、大豆(Sojahispida)或大豆(Sojamax))、陆地才帛(Gossypiumhirstum)、向日葵属(Helianthusspp.)(例如向日葵(Helianthusannuus》、长管萱草(Hemerocallisfulva)、木模属物种(Hibiscusspp.)、大麦属(Hordeumspp.)(例如大麦(Hordeumvulgare))、甘薯(Ipomoeabatatas)、核湘匕属物种(Juglansspp.)、莴苣(Lactucasativa)、山黧豆属物种(Xathyrusspp.)、兵豆(Lensculinaris)、亚麻(Liimmusitatissimum)、篇枝(Litchichinensis)、百乐M艮属物种(Lotusspp.)、棱角丝瓜(Luffaacutangula)、羽扇豆属物种(L叩inusspp.)、Luzulasylvatica、番痴属(Lycopersiconspp.)(例如番痴(Lycopersiconesculentum、Lycopersiconlycopersicum、Lycopersiconpyriforme))、硬皮豆属物种(Macrotylomaspp.)、苹果属物种(Malusspp.)、凹缘金虎尾(Malpighiaemarginata)、牛油果(Mammeaamericana)、芒果(Mangiferaindica)、木薯属物种(Manihotspp.)、人心果(Manilkarazapota)、苜蓿(Medicagosativa)、草木樨属物种(Melilotusspp.)、薄荷属物种(Menthaspp.)、芒(Miscanthussinensis)、苦瓜属物种(Momordicaspp,)、黑桑(Morusnigra)、芭蕉属物种(Musaspp.)、烟草属物种(Nicotianaspp.)、木犀榄属物种(Oleaspp.)、仙人掌属物种(Opuntiaspp.)、鸟足豆属物种(Ornithopusspp.)、稻属(Oryzaspp.)(例如稻、阔叶稻(Oryzalatifolia))、稷(Panic腿miliace腿)、杉卩枝稷(Panicumvirgat腿)、鸡蛋果(Passifloraedulis)、欧防风(Pastinacasativa)、狼尾草属物种(Pennisetumsp.)、歸梨属物种(Perseaspp.)、芽菜(Petroselinumcrispum)、藹草(Phalarisarundinacea)、菜豆属物种(Phaseolusspp,)、猫尾草(Phleumpratense)、刺葵属4勿种(Phoenixspp.)、南方,苹(Phragmitesaustralis)、酸浆属物种(Physalisspp.)、；怜属物种(Pinusspp.)、阿月浑子(Pistaciavera)、豌豆属物种(Pisumspp.)、早熟禾属物种(Poaspp.)、杨属物种(Populusspp.)、牧豆草属物种(Prosopisspp.)、李属物种(Prunusspp.)、番石榴属物种(Psidiumspp.)、石插(Punicagranatum)、西洋梨(Pyruscommunis)、标属物种(Quercusspp.)、萝卜(Raphanussativus)、波叶大黄(Rheumrhabarbarum)、茶薦子属物种(Ribesspp.)、蕙麻(Ricinuscommunis)、悬钩子属物种(Rubusspp.)、甘蔗属物种(Saccharumspp.)、柳属物种(Salixsp.)、接骨木属物种(Sambucusspp.)、黑麦(Secalecereale)、胡麻属物种(Sesamumspp.)、白芥属物种(Sinapissp.)、荡属(Solanumspp.)(例如马铃薯(Solariumtuberosum)、红痴(Solanumintegrifolium)或番蒜(Solanumlycopersicum))、两色蜀泰(Sorghumbicolor)、菠菜属物种(Spinaciaspp.)、蒲桃属物种(Syzygiumspp.)、万寿菊属物种(Tagetesspp.)、酸豆(Tamarindusindica)、可可树(Theobromacacao)、车轴草属物种(Trifoliumspp.)、Triticosecalerimpaui、小麦属(Triticumspp.)(例如普通小麦(Triticumaestivum)、硬粒小麦(Triticumdurum)、圆柱小麦(Triticumturgidum)、Triticumhybernum、马卡小麦(Triticummacha)、普通小麦(Triticumsativum)或普通小麦(Triticumvulgare))、小金莲花(Tropaeolumminus)、金莲花(Tropaeolummajus)、越桔属物种(Vacciniumspp.)、野碗豆属物种(Viciaspp.)、iL豆属物种(Vignaspp.)、香堇(Violaodorata)、葡萄属物种(Vitisspp.)、玉蜀黍、Zizaniapalustris、枣属物种(Ziziphusspp.)等等。发明详述I类TCP现已惊奇地发现增加编码YEP的核酸序列在植物中的表达产生了相对于对照植物具有增加的种子产量的植物，所述YEP是I类TCP多肽。下文详述适于增加植物种子产量的特定类別的I类TCP多肽。本发明提供相对于对照植物增加植物种子产量的方法，其包括增加编码I类TCP多肽的核酸序列在植物中的表达。在该实施方案的上下文中，"用于本发明方法的多肽"的任何引用意指如本文定义的I类TCP多肽。在此之后"用于本发明方法的核酸序列，，的任何引用意指能够编码此类I类TCP多肽的核酸序列。术语"多肽"和"蛋白质"在本文中可互换使用并且指任意长度的聚合形式的氨基酸。这些术语也在本文"定义"部分定义。术语"多核苷酸"、"核酸序列"、"核苷,列"也在本文"定义"部分定义。通过实施本发明方法获得的种子产量的增加为相对于对照植物的增加。术语"对照植物"在本文"定义"部分定义。用于增加编码I类TCP多肽的核酸序列的表达的优选方法是通过在植物中引入和表达如下文定义的用于本发明方法的编码I类TCP多肽的核酸序列。待引入植物(并且因而用于实施本发明方法)的核酸序列是编码I类TCP多肽的任意核酸序列，下文又称作"I类TCP核酸序列，，或"I类TCP基因"。如本文定义"I类TCP多肽"指此类多肽，所述多肽从N端到C端包含(i)按照递增的优选顺序，与SEQIDNO:66所示的保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环-螺旋(bHLH))具有至少65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或98%或更高序列同一性；和(ii)SEQIDNO:65所示的C端共有基序l(consensusC-terminalmotif1)。如实施例2、3、4和5中所示确定保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环-螺旋(bHLH))的存在。实施例3中(表B1)示出了SEQIDNO:66与用于实施本发明方法的I类TCP多肽的保守TCP结构域的百分比氨基酸同一性的计算。在SEQIDNO:65所示的C端共有基序1内，在任意位点具有一个或多个保守改变、和/或在任意位点具有一个、两个或三个非保守改变。如实施例2中所示确定该基序的存在。本文中"C端"意指包括羟基(C)端的多肽序列的一半(另一半包括氨基(N)端)。本文中"C端共有基序1"意指包含多肽序列的C端部分的共有基序1。此外，I类TCP多肽可以在多肽的保守C端基序1和C末端之间包括HQ富含区(H为组氨酸，Q为谷氨酰胺)。所述HQ富含区包括至少4个，优选5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个仅H残基、或者仅Q残基、或者H和Q残基的组合(以任意比例)。如实施例2和4所述确定该基序的存在。本文所指的多肽的"C末端"意指多肽序列的最后一个氨基酸残基。备选地或此外，本文定义的"I类TCP多肽，，指这样的任意多肽序列，当其用于构建TCP系统树(例如图1所示的)时，聚蔟于包含SEQIDNO:2(图1中圆圏圈出的)所示的多肽序列的TCP多肽分化支，而不是聚蔟于任何其他TCP分化支。本领域:l支术人员可容易地利用制作此类系统树的已知技术和软件，例如GCG、EBI或CLUSTAL软件包，利用默认参数来确定任何所研究的多肽序列是否落入"I类TCP多肽"的定义中。聚蔟于包含SEQIDNO:2(图1中圆圏圈出的)的分化支的任何序列将被认为落入上述I类TCP多肽的定义并适用于本发明的方法中。表A中给出。还用于本发明方法的是实施例1的表A中给出的任一多肽序列的同源物，术语"同源物"如本文"定义"部分所定义的。还用于本发明方法的是实施例1的表A中给出的任一多肽的衍生物，术语"衍生物"如本文"定义"部分所定义的。本发明通过用由SEQIDNO:l所示的编码多肽序列SEQIDNO:2的拟南芥核酸序列转化的植物加以说明，然而，本发明的实施不限于这些序类TCP多肽的任何核^列进行，所述I类TCP多肽包括直向同源物和旁系同源物，例如实施例1的表A中给出的任何核^列。可以认为实施例1的表A中给出的多肽序列是由SEQIDNO:2所示的I类TCP多肽的直向同源物和旁系同源物。术语"直向同源物"和"旁系同源物"如本文定义。直向同源物和旁系同源物可以通过开展所谓交互性blast搜索而容易地找到。其一般包括第一BLAST,所述第一BLAST参与提交查询序列(例如使用实施例1的表A中列出的任何序歹'j)用于针对任一序列数据库(如公众可用的NCBI数据库)的BLAST搜索。当从核苷酸序列开始时，通常使用BLASTN或TBLASTX(使用标准默认值)，并且当从多肽序列开始时，可以使用BLASTP或TBLASTN(使用标准默认值)。任选地可以筛选BLAST结果。随后提交篩选结果和非筛选结果的全长序列以针对来自生物的序列进4亍反向BLAST(第二BLAST),其中查询序列来自所述的生物(其中在查询序列是SEQIDNO:1或SEQIDNO:2的情况下，第二BLAST因而将针对拟南芥序列)。随后比较第一和第二BLAST搜索的结果。若来自第一BLAST的高阶位命中源自与查询序列从其中衍生的物种相同的物种，反向BLAST随后理想地以最高命中的查询序列中产生，则鉴定到旁系同源物；若第一BLAST的中的高阶位命中不源自与查询序列从其中衍生的物种相同的物种，并且优选地在反向BLAST时产生属于最高命中之列的查询序列，则鉴定到直向同源物。高阶位命中是具有低E-值的那些命中。E-值越低，评分越显著(或换句话说，此命中因偶然而发生的几率越低)。E-值的计算是本领域众所周知的。除了E-值外，比较结果还由同一性百分数记分。同一性百分数指两个所比较核酸(或多肽)序列之间在特定长度范围内的相同核苷酸(或M酸)数目。在大型家族的情况下，可以使用ClustalW，随后使用邻接树法以便帮助显示相关基因的聚类和以便鉴定直向同源物和旁系同源物。实施例1的表A给出由SEQIDNO:2所示的I类TCP多肽的直向同源物和旁系同源物的实例。使用上述BLAST过程可以容易地鉴定到其他直向同源物和旁系同源物。本发明方法可以有利地^f吏用编码任一I类TCP多肽的任何核^列或任意上述SEQIDNO的直向同源物和旁系同源物进行，所述I类TCP多肽如表A中给出。通过保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环-螺旋(bHLH))的存在可鉴定到本发明的多肽(图3A所示)。术语"结构域"如本文"定义"部分定义。术语"基序"、或"共有序列"、或"标记"本文"定义"部分定义。也存在用于鉴定结构域的专业数据库，如SMART(Schultz等(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.美国95，5857-5864;Letunic等(2002)NucleicAcidsRes30，242-244)、InterPro(MuIder等，(2003)Nucl.Acids.Res.31，315-318)、Prosite(Bucher和Bairoch(1994)，用于生物分子序列基序的广义图谱语法及其在自动化序列判读中的功能，(在)ISMB-94;第二届分子生物学智能系统国际44义文集.AltmanR.，BrutlagD.,KarpP.,LathropR.，SearlsD.编著，第53-61页，AAAIPress，MenloPark;Hulo等，Nucl.Acids.Res.32:D134-D137，(2004))或Pfam(Bateman等，NucleicAcidsResearch30(1):276-280(2002))鉴定。用于计算机芯片上分析蛋白质序列的一组工具可在ExPASY蛋白质组学服务器上获得(在SwissInstituteofBioinformatics上驻留(Gasteiger等，ExPASy:用于深入认识和分析蛋白质的蛋白组学服务器，NucleicAcidsRes.31:3784-3788(2003))。也使用本领域熟知的常规技术可以容易地鉴定结构域，例如通过序列比对鉴定。用于比对序列用于比较的方法是本领域众所周知的，此类方法包括GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA和TFASTA。GAP使用Needleman和Wunsch算法((1970)JMolBiol48:443-453)以找到使匹配数最大化并使空位数最小化的两个完整序列(覆盖整个序列的)的全局比对。BLAST算法(AItschul等(1990)JMolBiol215:403-10)计算序列同一性百分数并执行对两个序列间相似性的统计分析。用于执行BLAST分析的软件是公众通过国家生物技术信息中心(NCBI)可获得的。同源物、直向同源物和旁系同源物可以使用例如ClustalW多重序列比对算法(1.83版本)以默认配对比对参数和评分方法(以百分数计)而轻易地鉴定。相似性和同一性的全局百分数也可以使用在MatGAT软件包中可获得的方法之一而确定(Campanella等，BMCBioinformatics.2003Jul10;4:29.MatGAT:使用蛋白质或DNA序列而产生相似性/同一性矩阵的应用)。可以进行细^L手工编著以优化保守基序之间的比对，如本领域技术人员显而易见。此外除了使用全长序列以鉴定同源物，也可以使用特定结构域(如保守TCP结构域或上面定义的基序之一)。在下面实施例3中以百分比描述的序列同一性值使用上述程序，利用默认参数，针对完整核酸或多肽酸序列(表B)/或针对选择的结构域或保守基序(表B1)上确定。此外，富含特定氨基酸区(如HQ区)的存在可以使用计算机算法或简单地通过目测鉴定。对前者，决定多肽区是否富含特定氨基酸的一级^酸组成(以。/。表示)可以利用来自ExPASy服务器的软件程序，特别是ProtParam工具进行计算(GasteigerE等(2003)ExPASy:用于深入认识和分析蛋白质的蛋白组学服务器，NucleicAcidsRes31:3784-3788)。然后可以将目的多肽的组成与Swiss-Prot蛋白质序列数据库中的平均氨基酸组成(以％表示)进行比较。例如在该数据库内，平均组氨酸含量为2.27%,平均谷氨酰胺含量为3.93%。如果该特定氨基酸在该结构域中的含量高于Swiss-Prot蛋白质序列数据库的平均氨基酸组成(以％表示)，则多肽区富含特定氨基酸。因此HQ富含区具有高于2.27。/。的H含量，和/或高于3.93%的G含量。对后者，表A的I类TCP多肽的多序列比对的目测显示HQ富含区(H为組氨酸，Q为谷氨酰胺)在多肽的保守C端差^序1和C末端之间。所述HQ富含区包括至少4个，优选5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个仅H残基、或者仅Q残基、或者H和Q残基的组合(以任意比例)。如实施例2和4确定该基序的存在。此外，I类TCP多肽(至少以其天然形式的)一般具有DNA活性。实施例6中提供了对该特定DNA结合活性测试的进一步详述。列，因为本发明方法的实施不依赖全长核酸序列的使用。适合用于实施本发明方法的核^列实例包括实施例1的表A中给出的核,列，但不限于这些序列。核酸变体可用于实施本发明的方法。这样的核酸变体实例包括I类TCP多肽的编码核酸序列的部分、与I类TCP多肽的编码核酸序列杂交的核酸序列、I类TCP多肽的编码核酸序列的剪接变体、I类TCP多肽的编码核酸序列的等位变体、通过基因改组获得的I类TCP多肽的编码核酸序列的变体、或通过位点定向诱变获得的I类TCP多肽的编码核酸序列的变体。现将描述并也在本文"定义，，部分定义术语部分、杂交序列、剪接变体、等位变体、通过基因改组获得的变体、和通过位点定向诱变获得的变体。本发明提供增加植物种子产量的方法，其包括在植物中引入和表达实施例1的表A中给出的任一核^f列的部分、或实施例1的表A中给出的任意多肽序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核,列的部分。用于本发明方法的部分编码多肽，所述多肽落入如本文定义的I类TCP多肽的编码核,列的定义内且与实施例1的表A中给出的多肽序列具有基本上相同的生物学活性。优选地，部分是实施例1的表A中给出的任一核酸序列的部分。部分通常长度至少为600个连续核苦酸，优选长度至少为700个连续核苷酸，更优选长度至少为800个连续核苷酸，最优选长度至少为900个连续核苷酸，所述连续核苷酸是实施例1的表A中给出的任一核酸序列。优选地，部分编码I类TCP多肽序列，所述I类TCP多肽序列从N端到C端包含(i)按照递增的优选顺序，与SEQIDNO:66所示的保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环-螺旋(bHLH))具有至少65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或98%或更高序列同一性；和(ii)SEQIDNO:65所示的C端共有基序l。备选地或此外，部分编码多肽序列，所述多肽序列当其用于构建TCP系统树(例如图l所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:2(图1中圆圏圏出的)所示多肽序列的TCP多肽的分化支，而不是聚蔟于任何其他TCP分化支。最优选，部分是SEQIDNO:1的核酸序列的部分。如本文所定义的I类TCP多肽的编码核酸序列的部分可以通过对核酸序列进行一个或多个缺失来制备。部分可以以分离的形式使用，或者可将其与其他编码(或非编码)序列融合，以便，例如，产生组合了若干活性的多肽。当与其他编码序列融合时，经翻译后所产生的多肽可能比预测的I类TCP多肽部分要大。用于本发明方法的另一核酸变体是在降低的严格条件下、优选在严格条件下，能够与本文所定义的I类TCP多肽的编码核酸序列或与本文所定义的部分杂交的核酸序列。本发明提供增加植物种子产量的方法，其包括在植物中引入和表达核酸序列，所述核酸序列在降低的严格条件下、优选在严格条件下能与实施例1的表A中给出的核^列中任一个杂交、或与实施例1的表A中给出的任意多肽序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核,列杂交。用于本发明方法的杂交序列编码多肽，所述多肽具有保守TCP结构域(见图2的比对)，且与实施例1的表A中给出的任意多肽序列所表示的I类TCP多肽具有基本上相同的生物学活性。杂交序列通常长度至少为600个连续核苷酸，优选长度至少为700个连续核苷酸，更优选长度至少为800个连续核苷酸，最优选长度至少为900个连续核苷酸，所述连续核苷酸是实施例1的表A中给出的任一核酸序列。优选地，杂交序列是能够与实施例1的表A中给出的任意核*列杂交的序列、或与任意这些序列的部分杂交的序列，部分如上文定义。还优选，杂交序列编码I类TCP多肽序列，所述I类TCP多肽序列从N端到C端包含(i)按照递增的优选顺序，与SEQIDNO:66所示的保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环陽螺旋(bHLH))具有至少65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或98%或更高序列同一性；和(ii)SEQIDNO:65所示的C端共有基序1。备选地或此外，杂交序列编码多肽序列，当所述多肽序列用于构建TCP系统树(例如图l所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:2(图1中圓圏圏出的)所示多肽序列的TCP多肽的分化支，而不是聚簇于任何其他TCP分化支。最优选，杂交序列能够与SEQIDNO:1所示的核^列或其部分杂交。术语"杂交"如本文定义。用于本发明方法的另一核酸变体是编码本文如上定义的I类TCP多肽的剪接变体。术语"剪接变体"如本文"定义"部分定义。本发明提供增加植物种子产量的方法，其包括在植物中可1入和表达实施例1的表A中给出的核,列中任一个的剪接变体、或实施例1的表A中给出的任意多肽序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核^列的剪接变体。优选地，剪接变体编码的I类TCP多肽从N端到C端包含(i)按照递增的优选顺序，与SEQIDNO:66所示的保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环-螺旋(bHLH))具有至少65%、70%、75%、80%、85%、卯％、95%或98%或更高序列同一性；和(ii)SEQIDNO:65所示的C端共有基序1。备选地或此外，当剪接变体编码的I类TCP多肽编码多肽序列用于构建TCP系统树(例如图l所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:2(图1中圆圏圏出的)所示多肽序列的TCP多肽的分化支，而不是聚簇于任何其他TCP分化支。最优选，剪接变体是由SEQIDNO:1所示的核酸序列的剪接变体或SEQIDNO:2的直向同源物或旁系同源物的编码核酸序列的剪接变体。用于实施本发明方法的另一核酸变体是本文如上所定义的I类TCP多肽的编码核酸序列的等位变体。术语"等位变体"如本文"定义"部分定义。用于本发明方法的等位变体与SEQIDNO:2的I类TCP多肽具有基本上相同的生物学活性。本发明提供增加植物种子产量的方法，其包括在植物中引入和表达实施例1的表A中给出的核,列中任一个的等位变体，或包括在植物中引入和表达实施例1的表A中给出的任意多肽序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸的等位变体。优选地，等位变体编码的I类TCP多肽从N端到C端包含(i)按照递增的优选顺序，与SEQIDNO:66所示的保守TCP结构域(包括碱性螺旋画环-螺旋(bHLH))具有至少65%、70%、75%、80%、85%、卯％、95%或98%或更高序列同一性；和(ii)SEQIDNO:65所示的C端共有基序1。备选地或此外，当剪接变体编码的多肽序列用于构建TCP系统树(例如图l所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:2(图2中圆圏圈出的)所示多肽序列的TCP多肽的分化支，而不是聚蔟于任何其他TCP分化支。最优选，等位变体是SEQIDNO:1的等位变体或SEQIDNO:2的直向同源物或旁系同源物的编码核酸序列的等位变体。用于本发明方法的又一核酸变体是通过基因改组获得的核酸变体。基因改组或定向进化在本文"定义"部分定义。本发明提供增加植物种子产量的方法，其包括在植物中引入和表达实施例1的表A中给出的核^列中任一个的变体，或包括在植物中引入和表达实施例1的表A中给出的任意多肽序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸序列的变体，所述变体核酸序列通过基因改组获得。优选地，通过基因改组获得的变体核酸序列编码多肽序列，所述多肽序列从N端到C端包含(i)按照递增的优选顺序，与SEQIDNO:66所示的保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环-螺旋(bHLH))具有至少65%、70%、75%、80%、85%、卯％、95%或98%或更高序列同一性；和(ii)SEQIDNO:65所示的C端共有基序1。备选地或此外，当由通过基因改组获得的变体核酸序列编码的多肽序列用于构建TCP系统树(例如图1所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:2(图2中圆圏圏出的)所示多肽序列的TCP多肽的分化支，而不是聚蔟于任何其他TCP分化支。最优选，通过基因改组获得的变体核酸序列是SEQIDNO:1的变体或SEQIDNO:2的直向同源物或旁系同源物的编码核酸序列的变体，所述变体通过基因改组获得。此外，还可以通过位点定向诱变获得核酸变体。几种方法可用于实现位点定向诱变；最常用的是基于PCR的方法(CurrentProtocolsinMolecularBiology.Wiley编著)。本发明提供增加植物种子产量的方法，其包括在植物中卩I入和表达实施例1的表A中给出的核,列中任一个的变体，或包括在植物中引入和表达实施例1的表A中给出的任意多肽序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸序列的变体，所述变体核酸序列通过位点定向诱变获得。优选地，通过位点定向诱变获得的变体核酸序列编码I类TCP多肽序歹'J，所述多肽序列从N端到C端包含(i)按照递增的优选顺序，与SEQIDNO:66所示的保守TCP结构域(包括碱性螺旋-环-螺旋(bHLH))具有至少65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或98%或更高序列同一性；和(ii)SEQIDNO:65所示的C端共有基序1。备选地或此外，当通过位点定向诱变获得的变体核^列编码的多肽序列用于构建TCP系统树(例如图l所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:2所示多肽序列的TCP多肽的分化支，而不是聚蔟于任何其他TCP分化支。最优选，通过位点定向诱变获得的变体核酸序列是SEQIDNO:1的变体或SEQIDNO:2的直向同源物或旁系同源物的编码核酸序列的变体，所述变体通过基因改组获得。以下编码I类TCP多肽的核酸变体是适合实施本发明方法的变体的实例(i)编码I类TCP多肽的核酸序列的部分；(ii)能与编码I类TCP多肽的核酸序列杂交的核酸序列；(iii)编码I类TCP多肽的核*列的剪接变体；(iv)编码I类TCP多肽的核酸序列的等位变体；(v)通过基因改组获得的编码I类TCP多肽的核,列；(vi)通过位点定向诱变获得的编码I类TCP多肽的核酸序列。编码I类TCP多肽的核酸序列可以来自任何天然或人工的来源。可以通过仔细的人为操作在组成和/或基因组环境上修饰所述核酸序列的天然形式。优选编码I类TCP多肽的核酸序列来自植物，又优选源自双子叶植物，更优选源自十字花科，最优选核酸序列来自拟南芥。因此本文任何I类TCP多肽的引用意指如上文定义的I类TCP多肽。编码此类I类TCP多肽的任意核酸序列适合用于实施本发明的方法。本发明也包括可通过本发明方法获得的植物或其部分(包括种子)。所述植物或其部分包括如上文定义的编码I类TCP多肽的核酸转基因。本发明还提供遗传构建体和载体以促进在植物中引入和/或表达用于本发明方法中的核酸序列。所述基因构建体可以插入适于转化至植物内并适于在转化的细胞中表达目的基因的市售载体。本发明也提供如文中所定义的基因构建体在本发明方法中的用途。更具体地，本发明提供构建体，其包含(a)如上面所定义的编码I类TCP多肽的核酸序列；(b)—个或多个能够驱动(a)的核酸序列表达的调控序列；和任选地(c)转录终止序列。优选的构建体是调控序列为组成型启动子，优选是GOS2启动子的构建体。本发明还提供用如上文定义的构建体转化的植物、植物部分、或植物细胞。植物用包含目的序列的载体转化(即如上文定义的编码I类TCP多肽的核酸序列)。技术人员非常了解为成功转化、选择和增殖含有目的序列的宿主细胞而必须于载体上存在的遗传元件。目的序列有效地与一种或多种调控序列(至少与启动子)连接。术语"调节元件"、"调控序列"和"启动子，，如本文"定义"部分定义。术语"有效连接"如"定义"部分定义。有利地，可以使用任何类型的启动子驱动核酸序列的表达。术语"启动子，，和"植物启动子，，在本文"定义，，部分定义并还描述了几个启动子的实例。优选地，启动子来自植物，更优选来自单子叶植物。启动子可以是组成型启动子。此外或备选地，启动子可以是器官特异性或组织特异性启动子。在一个实施方案中，编码I类TCP多肽的核酸序列与组成型启动子有效连接，术语"组成型启动子"如本文"定义"部分定义。组成型启动子是基本上普遍表达的组成型启动子。优选组成型启动子来自植物，更优选来自单子叶植物。还优选组成型启动子是GOS2启动子(来自稻)，例如基本上与SEQIDNO:67相似的核酸序列所示的启动子，最优选的组成型启动子是如SEQIDNO:67所示的启动子。应当清楚，本发明的实用性不局限于SEQIDNO:1所示的核酸序列，本发明的实用性也不局限于受G()S2启动子驱动的编码I类TCP多肽的核酸序列的表达。本文"定义部分"显示了同样可用于驱动编码I类TCP多肽的核酸序列表达的其他组成型启动子的实例。为鉴定功能性等效启动子，候选启动子的启动子强度和/或表达模式可以通过将该启动子与报道基因有效连接并分析该报道基因在植物多种组织的表达水平和模式而进行分析。合适的公知报道基因包括例如p-葡糖醛酸糖苷酶或p-半乳糖苷酶。启动子活性通过测量p-葡糖醛酸糖苷酶或(5-半乳糖苷酶的酶活性进行分析。启动子强度和/或表ii^莫式随后可以与参考启动子(如本发明方法中所用的一种启动子)的启动子强度和/或表达模式比较。备选地，启动子强度可以使用本领域已知方法如Northern印迹法及放射自显影图的密度计分析法、定量实时PCR或RT-PCR(Heid等，1996GenomeMethods6:986-994)，通过定量mRNA水平或通过将本发明方法中所用核酸序列的mRNA水平与持家基因(如18SrRNA)的mRNA水平比较而分析。通常"弱启动子"意指驱动编码序列在低水平上表达的启动子。"低水平"意指在每个细胞约1/10,000转录物至约1/100,000转录物、至约1/500,0000转录物的水平上。相反，"强启动子"驱动编码序列在高水平、或在每个细胞约1/10转录物至约1/100转录物、至约1/1,000转录物上表达。任选地，一种或多种终止子序列可以在引入植物的构建体中使用。术语"终止子，，如本文"定义"部分定义。额外的调节元件可以包括转录增强子以及翻译增强子。本领域技术人员会知道可以在实施本发明中适用的终止子序列和增强子序列。此类序列是7>知的或本领域技术人员可易于获得的。内含子序列也可以添加至5'非翻译区(UTR)或编码序列中，以增加在胞浆内积累的成熟信息的量。已经证实可剪接内含子在植物表达构建体和动物表达构建体中转录单位内的包含在mRNA水平及蛋白质水平上增加基因表达至多达1000倍(Buchman和Berg，Mol.Cellbiol.8:4395-4405(1988);Callis等，GensDev1:1183-1200(1987))。基因表达的此类内含子增强作用一般在位于转录单位5'端附近时最强烈。使用玉米内含子Adhl-S内含子l、2和6、Bronze-l内含子是本领域已知的。对于一般信息，见TheMaizeHandbook,第116章，编者Freeling和Walbot，Springer,N.Y.(1994)。其他调控序列(除启动子、增强子、沉默子、内含子序列、3，UTR和/或5，UTR区之夕卜)可以是蛋白质和/或RNA稳定化元件。本领域技术人员会知道或可以轻易地获得此类序列。本发明的遗传构建体还可以包含在特定细胞类型中维持和/或复制所需的复制起点序列。一个实例是当需要将遗传构建体在细菌细胞中维持为附加型遗传元件(例如质粒或粘粒分子)时。优选的复制起点包括，但不限于fl-ori和colEl。为检测如在本发明方法中所用核酸序列的成功转移和/或选择包含这些核^列的转基因植物，使用标记基因(或报道基因)是有利的。因而，遗传构建体可以任选地包含选择性标记基因。术语"选择性标记，，、"选择性标记基因，，或"报道基因"在本文"定义，，部分定义。本发明也提供用于产生相对于对照植物具有增加的种子产量的转基因植物的方法，其包括在植物中引入和表达如上文所定义的编码I类TCP多肽的任意核酸序列。术语"转基因的"、"转基因"或"重组"如本文定义。更具体地，本发明提供用于产生相对于对照植物具有增加的种子产量的转基因植物的方法，所述方法包括(i)在植物或植物细胞中引入和表达编码I类TCP多肽的核酸序列；和(ii)在促进植物生长和发育的条件下培育植物细胞。核,列可以直接引入植物细胞或引入植物本身(包括引入组织、器官或植物的任何其他部分)。根据本发明的优选特征，核酸序列优选地通过转化引入植物。术语"引入"或"转化"如本文"定义"部分定义。遗传修饰的植物细胞可通过本领域技术人员熟悉的所有方法再生。合适的方法可见于S.D.Kimg和RWu、Potrykus或H6fgen和Willmitzer的上述出版物。通常在转化后，选择一种或多种标记存在的植物细胞或细胞群体，其中所述的标记由与目的基因一起共转移的植物可表达的基因编码，随后将转化的材料再生成整林植物。为了选择转化的植物，在转化中获得的植物材料原则上接受选择条件处理，以至于转化的植物可以与未转化的植物区分。例如，以上文所述方式获得的种子可以播种，在初始培育时期后，通过喷雾进行合适的选择。另一种可能性包含于使用合适选择剂的琼脂平板上生长种子(根据需要在消毒之后)，使得仅转化的种子可以生长成植物。或者，转化的植物通过上述那些选择标记的存在篩选。在DNA转移和再生后，推测的转化植物还可以例如使用Southern分析对目的基因的存在、拷贝数和/或基因组构造进行评价。备选或此外，新引入的DNA的表达水平可以使用Northern和/或Western,这两种技术是本领域技术人员众所周知的。产生的转化植物可以通过多种方法加以增殖，如通过克隆增殖法或经典育种技术。例如，第一代(或T1)转化植物可以进行自交并选择纯合的第二代(或T2)转化体，并且T2植物可以随后通过经典育种技术进一步增殖。产生的转化生物可以采取多种形式。例如，它们可以是转化细胞和非转化细胞的嵌合体；克隆转化体(例如被转化以含有表达盒的全部细胞)；转化组织和未转化组织的移植体(例如在植物中，与未转化嫩枝嫁接的转化的根状茎)。本发明明确地扩展至通过文中所述的任意方法产生的任何植物细胞或植物，并扩展至全部植物部分及其繁殖体。本发明进一步扩展至包含已经通过任意前述方法产生的原代转化或转染细胞、组织、器官或整林植物的相同的一种或多种基因型特征和/或表型特征。本发明也包括宿主细胞，其含有分离的如上文定义的编码I类TCP多肽的核酸序列。本发明优选的宿主细胞是植物细胞。宿主植物对于本发明方法中所用核酸序列或载体、表达盒或构建体或载体而言原则上有利地是能够合成本发明方法中所用多肽的全部植物。本发明也扩展至植物的可收获部分如，但不限于种子、叶、果实、花、茎干、根状茎、块茎和球茎。本发明进一步涉及来自，优选直接来自这种植物的可收获部分中的产物，如干燥颗粒或粉末、油、脂肪及脂肪酸、淀粉或蛋白质。在本领域内详细记载了用于增加核酸序列或基因、或基因产物表达的方法并且它们包括例如，由适宜启动子驱动的超量表达、使用转录增强子或翻译增强子。可以在非异源形式的多核苷酸的适宜位置(一般是上游)内引入作为启动子或增强子元件的分离核^列，以便上调表达。例如，内源性启动子可以通过突变、缺失和/或取代而在体内改变(见Kmiec，美国专利第5,565,350号;Zarling等，PCT/US93/03868)，或可以将分离的启动子以相对于本发明基因的正确方向及距离引入植物细胞，以便控制基因表达。术语"表达"或"基因表达"如本文"定义"部分定义。术语"增加的表达"意指编码I类TCP多肽的核酸序列表达的增加，所述表达的增加导致相对于对照植物，植物增加的种子产量。优选地，核酸序列表达的增加为编码如上文定义的I类TCP多肽的内源植物核酸序列表达的1.25、1.5、1.75、2、5、7.5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多倍。若需要多肽表达，通常希望在多核苷酸编码区的3，端包括多聚腺苷化区。多聚腺普化区可以来自天然基因、来自多种其他植物基因或来自T-DNA。待添加的3'端序列可以来自例如胭脂碱合酶或章鱼碱合酶基因或备选地来自另一植物基因或更不优选来自任何其他真核基因。如上所述，也可以添加内含子序列。其他调控序列(除启动子、增强子、沉默子、内含子序列、3，UTR和/或5，UTR区之夕卜)可以是蛋白质和/或RNA稳定化元件。如上文所述，用于增加I类TCP多肽的编码核酸序列的表达的优选方法是在植物中引入和表达I类TCP多肽的编码核,列；然而，实现本方法的效果即增加种子产量也可以使用其他公知技术来实现。以下将是一些此类技术的描述。一种此类技术是T-DNA激活标注(Hayashi等，Science(1992)1350-1353),其在本文"定义"部分描述。还可以使用TILLING(定向诱导的基因组局部突变)技术再现本发明的效果。见本文"定义"部分对该技术的描述。还可以使用同源物重组再现本发明的效果，其在本文"定义"部分描述。实施本发明方法导致相对于对照植物种子产量的增加。术语"增加"在本文"定义，，部分定义。术语"增强，，或"改良，，也在本文"定义"部分定义。增加的产量可以表现为下列一种或多种指标(i)增加的种子总产量，这包括种子生物量(种子重量)的增加，并且其可以是每棵植林或单粒种子基础上的种子重量增加；(ii)增加的每林植物圆锥花序数；(iii)增加的每个圆锥花序的花朵("小穗floret")数量；(iv)增加的种子饱满率；(v)增加的(饱满)种子数量；(vi)增加的种子大小(长、宽面积、周长)，这也可影响种子的组成；(vii)增加的种子体积，这也可影响种子的组成；(viii)增加的收获指数，其表达为可收获部分[如种子的产量与总生物量的比率；和(ix)增加的千粒重(TKW)，这通过计数饱满种子数量及其总重量，进行外推得到。TKW增加可源于种子大小和/或种子重量的增加。TKW增加可源于胚大小和/或胚乳大小的增加。在种子大小、种子体积、种子面积、种子周长、种子宽度或种子长度方面的增加可以归因于种子特定部分的增加，如归因于胚和/或胚乳和/或糊粉和/或盾片或种子的其他部分的大小的增加。尤其，增加的种子产量选自如下之一或多个指标(i)增加的种子重量；(ii)增加的收获指数；(iii)增加的TKW。种子产量的增加也可以表现为种子大小和/或种子体积的增加，其也可以影响种子的组分(包括油、蛋白质和糖类总含量和/或组分)。以玉米为例，产量增加可以表现为下列一种或多种指标每公项或英亩所栽培的植物数的增加、每林植物穗数的增加、行数、每行粒数、粒重、千粒重、穂长度/直径的增加、种子饱满率的增加(其中种子饱满率是饱满种子数除以种子总数并乘以IOO)及其他。以稻为例，产量增加本身可以表现为下列一种或多种指标的增加每公顷或英亩植物数、每^ti物圆锥花序数、每圆锥花序小穗数、每圆锥花序花(小花)数(其表达为饱满种子数对原圆锥花序数之比)、种子饱满率的增加(其中种子饱满率是饱满种子数除以种子总数并乘以100)、千粒重的增加及其他。由于本发明的转基因植物具有增加的种子产量，因而相对于对照植物的生长速率，这些植物有可能在其生活周期中的对应阶段上表现增加的生长速率(在其生活周期的至少部分期间)。增加的生长速率可以对于植物的一个或多个部分(包括种子)是特异性的，或可以基本上遍及整林植物。具有增加的生长速率的植物可以具备较短的生活周期。植物的生活周期可以视为意指从干燥成熟种子成长至植物已经产生与起始材料相似的干燥成熟种子的阶段所需要的时间。这个生活周期可以受下列因素影响，如早期萌发势、生长速率、绿度指数、开花时间和种子成熟速度。生长速率的增加可以在植物生活周期中的一个或多个阶段上或在基本上整个植物生活周期期间发生。在植物生活周期中的早期期间增加的生长速率可以反映增强的萌发势。增加的生长速率可以在种子发育期出现(再生性生长速率)，而营养体生长速率不变或甚至降低。生长速率的增加可以改变植物的收获周期，允许植物较晚播种和/或较早收获，否则这将不可能(相似的作用可以用较早的开花时间获得)。若生长速率充分地增加，可以允许进一步播种相同植物物种的种子。类似地，若生长速率足够地增加，可以允许进一步播种不同植物物种的种子(例如播种并收获玉米植物，随后例如播种并任选收获大豆、马铃薯或任何其他合适植物)。从相同的根茎中收获额外次数在一些作物植物的情况中也是可能的。改变植物的收获周期可以导致每英亩的年生物量产量的增加(因任何特定植物可以生长并收获的次数(如在一年中)增加)。生长速率的增加也可以允许比其野生型对应物在更广泛的地理区域内培育转基因植物，因为对培育作物的区域限制往往由栽种时节(早季)或在收获时期(晚季)的不利环境条件所决定。若缩短收获周期，则可以避开这类不利条件。生长速率可以通过从生长曲线中得到多种参数而确定，此类参数可以是T-Mid(植物达到其50%最大尺寸所花费的时间)和T-卯(植物达到其90%最大尺寸所花费的时间)，等等。根据本发明的优选特征，本发明方法的实施产生与对照植物相比具有增加的生长速率的植物。因而根据本发明，提供相对于对照植物增加植物生长速率的方法，其包括增加编码如本文定义的I类TCP多肽的核酸序列在植物中的表达。优选地，增加的生长速率可以在种子发育期出现(再生性生长速率)，而营养体生长速率不变或甚至降低。与对照植物相比，无论植物处于非胁迫条件下还是植物暴露于多种胁迫下，都发生产量和/或生长速率的增加。植物一般通过生长得更慢而对暴露于胁迫作出应答。在严重胁迫条件下，植物甚至可以完全停止生长。另一方面，轻樣i胁迫在本文中定义为植物对其暴露的任何胁迫，其中所述的胁迫未导致植物完全停止生长而没有恢复生长的能力。与非胁迫条件下的对照植物相比，轻微胁迫在本发明意义中导致受胁迫植物生长降低小于40%、35%或30%,优选小于25%、20%或15%，更优选小于14%、13%、12%、11%或10%或更低。由于农业实践(灌溉、施月巴、杀虫剂处理)上的进步，在栽培作物植物中并不经常遇到严重胁迫。因此，由轻微胁迫诱导的受损生长往往是农业上不希望的特征。轻微胁迫是植物暴露的常见生物性和/或非生物性(环境)胁迫。非生物胁迫可以因干旱或水涝、厌氧胁迫、盐胁迫、化学毒性、氧化胁迫和热、寒冷或水冻温度所致。非生物胁迫可以是由水胁迫(尤其因为干旱)、盐胁迫、氧化胁迫或离子胁迫引起的渗透胁迫。生物胁迫一般是由病原体如细菌、病毒、真菌和昆虫引起的那些胁迫。尤其，本发明的方法可以在非胁迫条件下或在轻微干旱条件下实施以产生相对于对照植物而具有增加的产量的植物。如在Wang等(Planta(2003)218:l-14)中报道，非生物胁迫导致不利地影响植物生长及生产力的一系列形态学变化、生理学变化、生物化学变化和分子变化。已知干旱、盐度、极端温度和氧化胁迫是相互联系的并可以通过相似机制而诱导生长损害及细胞损害。Rabbani等(PlantPhysiol(2003)133:1755-1767)描述了干旱胁迫与高盐度胁迫间极高程度的"串话"。例如，干旱和/或盐化作用主要表现为渗透胁迫，导致细胞内稳态和离子分布的破坏。经常伴随高温或低温、盐度或干旱胁迫的氧化胁迫可以造成功能性蛋白和结构蛋白变性。因此，这些多样的环境胁迫常常激活相似的细胞信号途径和细胞应答，如产生胁迫蛋白质、上调抗氧化物质、积累相容性溶质和生长抑制。如本文中所用的术语"非胁迫"条件是允许植物最佳生长的环境条件。本领域技术人员清楚对于给定地点的正常土壤条件和气候条件。本发明方法的实施相对于在可比条件下培育的合适对照植物，赋予在非胁迫条件下或在轻微干旱条件下培育的植物增加的产量。因而根据本发的方法，所述方法包括增加编码I类TCP多肽的核酸序列在植物中表达。本发明方法有利地适用于任何植物。术语"植物"如本发明"定义"部分定义。也描述了尤其可用于本发明方法中的植物。根据本发明优选的实施方案，植物是作物植物。作物植物的实例包括大豆、向日葵、卡诺拉油菜、苜蓿、油菜、棉花、番茄、马铃薯和烟草。还优选地，植物是单子叶植物。单子叶植物的实例包括甘蔗。更优选地，植物是谷物。谷物的实例包括稻、玉米、小麦、大麦、粟、黑麦、高粱和燕麦。本发明还包括本文所述的编码I类TCP多肽的核酸序列的用途和这些多肽序列用于增加^:物种子产量的用途。优选地，增加的种子产量选自如下之一或多个指标(i)增加的种子重量；(ii)增加的收获指数；(iii)增加的千粒重。本文所述的编码I类TCP多肽的核酸序列或I类TCP多肽本身可以用于育种程序中，其中鉴定到可以遗传地与I类TCP多肽编码基因连接的DNA标记。所述的核酸序列/基因、或I类TCP多肽本身可以用来定义分子标记。这种DNA或蛋白质标记随后可以在育种程序中用来选择在本发明方法中具有如上文定义的增加的种子产量的植物。编码I类TCP多肽的核酸序列或基因的等位变体也可以用于标记辅助的育种程序中。这种育种程序有时需要通过使用例如EMS诱变法对植物进行诱变处理而引入等位基因变异；备选地，该程序可以从非人为引起的所谓"自然，，起源的一组等位变体开始。随后进行等位变体的鉴定，例如通过PCR法。此后是用于选择所讨论及导致增加产量的序列的优异等位变体的步骤。一般通过监测含有所讨论序列的不同等位变体的植物的生长性能而实施选择。可以在温室中或田间监测生长性能。其他任选步骤包括将鉴定了优异等位变体的植物与另一种植物杂交。这可以用来例如产生目标表型净争征的症且合。编码I类TCP多肽的核酸序列也可以用作探针以便对基因进行遗传作图或物理作图，所述探针作为所述基因的一部分及与这些基因关联的性状的标记。此类信息可以用于植物育种中，以便开发具有目的表型的林系。编码I类TCP多肽的核酸序列的这种用途仅需要具有至少15个核苷酸长度的核*列。编码I类TCP多肽的核*列可以用作限制性片段长度多态性(RFLP)标记。限制性消化的才直物基因组DNA的Southern印迹(SambrookJ，FritschEF和ManiatisT(1989)MolecularCloning,ALaboratoryManual)可以用编码I类TCP多肽的核酸序列探测。产生的结合图式随后可以使用计算机程序如MapMaker(Lander等(1987)Genomics1:174-181)进行遗传分析以构建遗传图。此外，该核酸序列可以用来探测含有经限制性内切核酸酶处理的一组个体的基因组DNA的Southern印迹，其中所述的一组个体代表具有确定的遗传杂交的亲代和后代。DNA多态性的分离被标出并用来计算编码I类TCP多肽的核酸序列在使用这个群体先前所获得的遗传图中的位置(Botstein等(1980)Am.丄Hum,Genet.32:314-331)。在Bernatzky和Tanksley(1986)PlantMol.Biol.Reporter4:37-41中描述了植物基因衍生的探针的产生和其在遗传作图中的用途。众多出版物描述了使用以上所提及的方法学或其改良方法对特定cDNA克隆的遗传作图。例如，F2互交群、回交群、随机交配群、邻近纯合系和其他个体群体可以用于作图。此类方法学是本领域技术人员众所周知的。所述核酸探针也可以用于物理作图(即序列在物理图上的排列；见Hoheisel等在Non-mammalianGenomicAnalyasis:APracticalGuide,Academicpress1996，第319-346页及其中引用的参考文献)。在另一实施方案中，核酸探针可以在直接焚光原位杂交(FISH)作图法(Trask(1991)TrendsGenet.7:149-154)中使用。尽管当前的FISH作图法支持使用大型克隆(几个kb至几百个kb;见Laan等(1995)GenomeRes.5:13-20)，然而灵敏度的改善可以允许使用更短探针进行FISH作图。用于遗传作图及物理作图的多种基于核酸扩增的方法可以使用所述核酸序列而实施。实例可见于文中的"定义，，部分。实例包括等位基因特异性扩增(Kazazian(1989)丄Lab.Clin.Med11:95-96)、PCR扩增片段的多态性(CAPS;Sheffield等，(1993)Genomics16:325-332)、等位基因特异性连接(Landegren等，(1988)Science241:1077-1080)、核苦酸延伸反应(Sokolov(19卯)NucleicAcidRes.18:3671)、i文射杂交作图(Walter等，(1997)Nat.Genet.7:22-28)和Happy作图(Dear和Cook，(1989)NucleicAcidRes.17:6795-6807)。为实施这些方法，4吏用核酸序列设计和产生用于扩增反应或引物延伸反应的引物对。这类引物的设计是本领域技术人员众所周知的。使用基于PCR的遗传作图的方法，可能需要鉴定跨越相应于本发明核酸序列区域作图的亲本之间DNA序列的差异。然而，这对作图方法通常不是必要的。本发明方法产生如前文所述的具有增加的种子产量的植物。这些性状也可以与经济上有利的其他性状组合，如产量增强性状、对其他非生物和生物胁迫的耐受性、调节多种构造性特征和/或生物化学特征和/或生理学特征的性状。发明详述CAH3现已惊奇地发现调节编码YEP多肽的核酸在植物中的表达产生了相对于对照植物具有增强的产量相关性状而不影响营养体生物量的植物，其中YEP是CAH3。下文详述适于增强植物中产量相关性状的特定的CAH3多肽类别。本发明提供用于相对于对照植物，增强植物中产量相关性状的方法，其包括调节编码CAH3多肽的核酸在植物中的表达。术语"对照植物"如本文"定义"部分定义。在涉及CAH3实施方案的上下文中，在此之后"用于本发明方法的蛋白质"的任何引用意指如本文定义的CAH3多肽。在此之后"用于本发明方法的核酸，，的任何引用意指能够编码此类CAH3多肽的核酸。术语"多肽"和"蛋白质"在本文"定义"部分定义。术语"多核苷酸"、"核酸序列"、"核苷,列"如本文"定义"部分定义。用于调节(优选增加)用于本发明方法的蛋白质的编码核酸表达的优选方法是通过在植物中《1入和表达如下文定义用于本发明方法的蛋白质的编》马核酸。蛋白质类型的任意核酸，下文又称作"CAH3核酸"或"CAH3基因"。如本发明定义"CAH3"多肽指具有碳酸酐酶活性的任意蛋白质(EC4.2丄1)。碳酸酐酶还被称为碳酸脱水酶(carbonatedehydratase)(根据IUBMBEnzymeNomenclature的可接受名)、脱水酶、碳酸脱水酶(carbonateanhydrase、carbonicacidanhydrase、carboxyanhydrase)和碳酸脱7jC酵A。用于测试碳酸酐酶活性的方法是本领域公知的；进一步细节参见实施例。优选地，用于本发明方法的碳酸肝酶氨基酸序列包括如下基序之一个或多个基序1:(S/T)E(H/N)X(L/I/V/M)XXXX(F/Y/L/H)XX(E/D)X(H/Q)(L/I/V/M/F/A)(L/I/V層F/A)(SEQIDNO:203)。优选地，在基序1的位点4的X为T、S、E、F、A、H、L中之一；位点6的X优选为N、D、S、H、A、M中之一；位点7的X优选为N或G;位点8的X优选为K、R、T、Q、E、V、A、K中之一；位点9的X优选为R、K、Q、L、H、I、S中之一；位点11的X优选为V、A、D、N、P中之一；位点12的X优选为L、M、A中之一；位点14的X优选为Q、E、L、A、V中之一。还优选，位点16的残基为M、L、或V中之一；位点17的残基为L或V。最优选，基序1的序列为SEHAMDGRRYAMEAHLV。(L/F/V/M)(SEQIDNO:204)。优选地，基序2具有序列2具有序列LAVLGIM。基序3:(Y/F)(Y/F/V/G/A)(R/E/G/T/H)(Y/F)XGS(L/F/Y)T(T/V/A)PPC(S/T/G/D/A)(E/Q)(N/G/D/R)(SEQIDNO:205)。优选地，X为L、I、T、R、M、G、A、D、E、P中之一。最优选，基序3具有序列FVHYPGSLTTPPCSEG.优选地，本文定义的"CAH3"多肽指这样的氨基酸序列，当其用于构建CAH3系统树(例如图7A所示的)时，聚簇于包含SEQIDNO:81所示的氨基酸序列的ocCAH3多肽类(class)，而不是聚蔟于P或Y类。本领域技术人员可容易地利用制作此类系统树的已知技术和软件，例如GCG、EBI或CLUSTAL软件包，利用默认参数来确定任何所研究的氨基酸序列是否落入"CAH3"多肽的定义中。任何聚蔟于包含SEQIDNO:81的组的序列将被认为落入上述CAH3多肽的定义并被认为适用于本发明的方法中。用于本发明方法的蛋白质和编码其的核酸的实例在下文实施例部分的表B中给出。还用于本发明方法的是表B中给出的任一氨基断列的同源物，蛋白质的"同源物"如本文"定义"部分所定义。还用于本发明方法的是本文表B中给出的任一多肽的衍生物，或前述任意前述SEQIDNO的直向同源物或旁系同源物的衍生物。"衍生物"在本文"定义"部分所定义。本发明通过用由SEQIDNO:80所示的编码多肽序列SEQIDNO:81的莱茵衣藻核酸序列转化的植物加以说明，然而，本发明的实施不限于这些序列。本发明方法可以有利地使用编码如文中所定义的用于本发明方法的蛋白质的任何核酸实施，包括直向同源物和旁系同源物，例如本文表B中给出的任何核*列。可以认为实施例14的表B中给出的^J^,列是由SEQIDNO:81所示的CAH3多肽的直向同源物和旁系同源物。直向同源物和旁系同源物如本文"定义"部分定义。直向同源物和旁系同源物可以通过开展所谓交互性blast搜索而容易地找到。其一般包括第一BLAST,所述第一BLAST参与提交查询序列(例如使用本文表B中列出的任何序列)用于针对任一序列数据库(如公众可用的NCBI数据库)的BLAST搜索。当从核苷酸序列开始时，通常使用BLASTN或TBLASTX(使用标准默认值)，并且当从蛋白质序列开始时，可以使用BLASTP或TBLASTN(使用标准默认值)。任选地可以筛选BLAST结果。随后提交篩选结果和非筛选结果的全长序列以针对来自生物的序列进行反向BLAST(第二BLAST),其中查询序列来自所述的生物(其中在查询序列是SEQIDNO:80或SEQIDNO:81的情况下，第二BLAST因而将针对##*湊序列)。随后比较第一和第二BLAST搜索的结果。若来自第一BLAST的高阶位命中源自与查询序列从其中衍生的物种相同的物种，反向BLAST随后理想地以最高命中的查询序列中产生，则鉴定到旁系同源物；若第一BLAST的中的高阶位命中不源自与查询序列从其中衍生的物种相同的物种，并且优选地在反向BLAST时产生属于最高命中之列的查询序列，则鉴定到直向同源物。高阶位命中是具有低E-值的那些命中。E-值越低，评分越显著(或换句话说，此命中因偶然而发生的几率越低)。E-值的计算是本领域众所周知的。除了E-值外，比较结果还由同一性百分数记分。同一性百分数指两个所比较核酸(或多肽)序列之间在特定长度范围内的相同核苷酸(或tt酸)数目。在大型家族的情况下，可以使用ClustaIW，随后使用邻接树法以便帮助显示相关基因的聚类和以便鉴定直向同源物和旁系同源物。本文表B给出由SEQIDNO:81所示的CAH3蛋白质的直向同源物和旁系同源物的实例。使用上述BLAST过程可以容易地鉴定到其他直向同源物和旁系同源物。通过保守碳酸酐酶结构域(Pfam登录号PF00194,InterProIPR001148),和/或通过上面列出的基序之一的存在可鉴定到本发明的蛋白质(图6所示)。术语"结构域"在本文"定义"部分定义。术语"基序"，或"共有序列"，或"标记，，的定义见"定义"部分。也存在用于鉴定结构域的专业数据库，如SMART(Schultz等(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.美国95，5857-5864;Letunic等(2002)NucleicAcidsRes30,242-244)、InterPro(Mulder等，(2003)Nucl.Acids.Res.31,315-318)、Prosite(Bucher和Bairoch(1994)，用于生物分子序列基序的广义图谱语法及其在自动化序列判读中的功能，(在)ISMB-94;第二届分子生物学智能系统国际^H义文集.AltmanR.,BrutlagD.，KarpP.，LathropR.，SearlsD.编著，第53-61页，AAAIPress，MenloPark;Hulo等，Nucl.Acids.Res.32:D134-D137，(2004))或Pfam(Bateman等，NucleicAcidsResearch30(1):276-280(2002))鉴定。用于计算机芯片上分析蛋白质序列的一组工具可在ExPASY蛋白质组学服务器上获得(在SwissInstituteofBioinformatics上驻留(Gasteiger等，ExPASy:用于深入认识和分析蛋白质的蛋白组学服务器，NucleicAcidsRes.31:3784-3788(2003))。也使用本领域熟知的常规技术可以容易地鉴定结构域，例如通过序列比对鉴定。用于比对序列用于比较的方法是本领域众所周知的，此类方法包括GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA和TFASTA。GAP使用Needleman和W1msch算法((1970)JMolBiol48:443-453)以找到使匹配数最大化并使空位数最小化的两个完整序列(覆盖整个序列的)的全局比对。BLAST算法(Altschul等(19卯)JMolBiol215:403-10)计算序列同一性百分数并执行对两个序列间相似性的统计分析。用于执行BLAST分析的软件是公众通过国家生物技术信息中心(NCBI)可获得的。同源物可以使用例如ClustalW多重序列比对算法(1.83版本)以默认配对比对参数和评分方法(以百分数计)而轻易地鉴定。相似性和同一性的全局百分数也可以使用在MatGAT软件包中可获得的方法之一而确定(Campanella等，BMCBioinformatics.2003Jul10;4:29.MatGAT:使用蛋白质或DNA序列而产生相似性/同一性矩阵的应用)。可以进行细微手工编著以优化保守基序之间的比对，如本领域技术人员显而易见。此外除了使用全长序列以鉴定同源物，也可以使用特定结构域(如碳酸酐酶结构域或上面定义的基序之一)。在下面实施例部分中以百分比描述的序列同一性值使用上述程序，利用默认参数，针对完整核酸或氨基酸序列/或针对选择的结构域或保守基序上确定。此外，CAH3蛋白质(至少以其天然形式的)一般具有碳酸酐酶活性。对碳酸酐酶的测试法在本领域是公知并包括滴定测试法和分光光度测试法，见例如Karlsson等，(PlantPhysiol.109:533-539，1995)。实施例部分中提供了进一步详述。用于本发明方法的蛋白质的编码核酸不需要是全长核酸，因为本发明方法的实施不依赖全长核酸序列的使用。适合用于实施本发明方法的核酸实例包括本文表B中给出的核酸序列，但不限于这些序列。核酸变体可用于实施本发明的方法。这样的核酸变体实例包括用于本发明方法的蛋白质的编码核酸的部分、与用于本发明方法的蛋白质的编码核酸杂交的核酸、用于本发明方法的蛋白质的编码核酸的剪接变体、用于本发明方法的蛋白质的编码核酸的等位变体，和通过基因改组获得的用于本发明方法的蛋白质的编码核酸的变体。现将描述并也在本文"定义"部分定义术语部分、杂交序列、剪接变体、等位变体和基因改组。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达本文表B中给出的任一核,列的部分、或表B中给出的任意tt酸序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸的部分。用于本发明方法的部分编码多肽，所述多肽落入如本文定义的用于本发明方法的蛋白质的编码核酸的定义内，且与表B中给出的M,列具有基本上相同的生物学活性。优选地，部分是表B中给出的任一核酸的部分。部分通常长度至少为600个连续核苷酸，优选长度至少为700个连续核苷酸，更优选长度至少为800个连续核苷酸，最优选长度至少为900个连续核苷酸，所述连续核苷酸是表B中给出的任一核酸序列。最优选，部分是SEQIDNO:80的核酸的部分。优选地，部分编码包括如本文定义的(任一或多个)碳酸酐酶结构域的氨基酸序列。优选地，部分编码氨基*列，当所述氨基,列用于构建CAH3系统树(例如图7所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:81所示^J^,列的aCAH3蛋白质组，而不是聚蔟于任何其他组。如本文所定义的CAH3蛋白质的编码核酸的部分可以通过对核酸进行一个或多个缺失来制备。部分可以以分离的形式使用，或者可将其与其他编码(或非编码)序列融合，以便，例如，产生组合了若干活性的蛋白质。当与其他编码序列融合时，经翻译后所产生的多肽可能比预测的CAH3蛋白质部分要大。用于本发明方法的另一核酸变体是在降低的严格条件下、优选在严格条件下，能够与本文所定义的CAH3蛋白质的编码核酸或与本文所定义的部分杂交的核酸。术语"杂交"如本文"定义"部分定义。用于本发明方法的杂交序列编码多肽，所述多肽具有碳酸酐酶结构域(见图7的比对)，且与表B中给出的任意氨基酸序列所表示的CAH3蛋白质具有基本上相同的生物学活性。杂交序列通常长度至少为600个连续核苷酸，优选长度至少为700个连续核苷酸，更优选长度至少为800个连续核苷酸，最优选长度至少为900个连续核苷酸，所述连续核苷酸是表B中给出的任一核^列。优选地，杂^f列是能够与表B中给出的任意核酸杂交的序列、或与任意这些序列的部分杂交的序列，部分如上文定义。最优选，杂交序列是能够与SEQIDNO:80所表示的核酸或其部分杂交的序列。优选地，杂交序列编码包含如本文定义的任一或多个基序或结构域的氨基酸序列。优选地，杂交序列编码M酸序列，当所述氨基酸序列用于构建CAH3系统树(例如图7所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:81所示氨基酸序列的ccCAH3蛋白质组，而不是聚蔟于任何其他组。本发明提供增加植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达能够与表B中给出的任一核酸杂交的核酸、或包括在植物中引入和表达能够与表B中给出的任意核酸的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸杂交的核酸。用于本发明方法的另一核酸变体是编码上文所定义的CAH3蛋白质的剪接变体。术语"剪接变体"如本文定义。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达表B中给出的核,列中任一个的剪接变体、或表B中给出的任意氨基,列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸的剪接变体。优选的剪接变体是由SEQIDNO:80所示的核酸的剪接变体或SEQIDNO:81的直向同源物或旁系同源物的编码核酸的剪接变体。优选地，剪接变体编码的氨基酸序列包含如本文定义的任一个或多个基序或结构域。优选地，剪接变体编码的氨基酸序列，当所述氨基酸序列用于构建CAH3系统树(例如图7所示的)时，趋向聚簇于包含SEQIDNO:81所示氨基酸序列的otCAH3蛋白质组，而不是聚蔟于任何其他组。用于实施本发明方法的另一核酸变体是上文所定义的CAH3蛋白质的编码核酸的等位变体。术语"等位变体"如本文定义。用于本发明方法的等位变体与SEQIDNO:81的CAH3蛋白质具有基本上相同的生物学活性。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达表B中给出的核酸中任一个的等位变体，或包括在植物中引入和表达表B中给出的任意tt^列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸的等位变体。优选地，等位变体是SEQIDNO:80的等位变体，或SEQIDNO:81的直向同源物或旁系同源物的编码核酸的等位变体。优选地，等位变体编码的氨基酸序列包括如本文定义的任一个或多个基序或结构域。优选地，等位变体编码的氨基^列，当所述MW列用于构建CAH3系统树(例如图7所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:81所示氨基酸序列的aCAH3蛋白质组，而不是聚蔟于任何其他组。用于本发明方法的又一核酸变体是通过基因改组获得的核酸变体。基因改组或定向进化如本文定义。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中^1入和表达表B中给出的核*列中任一个的变体，或包括在植物中引入和表达表B中给出的任意tt^列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸的变体，所述变体核酸通过基因改组获得。优选地，通过基因改组获得的变体核酸编码氨基酸序列，所述氨基酸序列包含如本文定义的任一个或多个基序或结构域。优选地，通过基因改组获得的变体核酸编码的M酸序列，当所述M酸序列用于构建CAH3系统树(例如图7所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:81所示氨基酸序列的ocCAH3蛋白质组，而不是聚条于任何其他组。此外，还可以通过位点定向诱变获得核酸变体。几种方法可用于实现位点定向诱变；最常用的是基于PCR的方法(CuirentProtocolsinMolecularBiology.Wiley编著)。编码CAH3蛋白质的核酸可以来自任何天然或人工的来源。可以通过仔细的人为操作在组成和/或基因组环境上修饰所述核酸的天然形式。优选CAH3编码核酸来自植物，又优选源自藻类，更优选源自衣藻科，最优选核酸来自莱茵衣藻。因此本文任何CAH3蛋白质的引用意指如上文定义的CAH3蛋白质。编码此类CAH3蛋白质的任意核酸适合用于实施本发明方法。本发明也包括可通过本发明方法获得的植物或其部分(包括种子)。所述植物或其部分包括如上文定义的编码CAH3蛋白质的核酸转基因。本发明还提供遗传构建体和载体以促进在植物中引入和/或表达用于本发明方法中的核酸序列。所述基因构建体可以插入适于转化至植物内并适于在转化的细胞中表达目的基因的市售载体。本发明也提供如文中所定义的基因构建体在本发明方法中的用途。更具体地，本发明提供构建体，其包含(a)如上面所定义的编码CAH3蛋白质的核酸；(b)—个或多个能够驱动(a)的核酸序列表达的调控序列；和任选地(c)转录终止序列。植物用包含目的序列的载体转化(即如上文定义的编码CAH3多肽的核酸)。技术人员非常了解为成功转化、选择和增殖含有目的序列的宿主细胞而必须于载体上存在的遗传元件。目的序列有效地与一种或多种调控序列(至少与启动子)连接。术语"调节元件"、"调控序列"和"启动子"如本文"定义"部分定义。术语"有效连接"也在本文定义。有利地，可以使用任何类型的启动子驱动核酸序列的表达。术语"启动子"和"植物启动子，，在本文"定义"部分定义。所述启动子可以是如本文定义的组成型启动子，。备选地，启动子可以是如本文定义的诱导性启动子。此外或备选地，可以是如本文定义的器官特异性或组织特异性启动子。优选地，CAH3核酸或其变体与幼绿组织(younggreentissue)特异性启动子有效连接。文中定义的幼绿组织特异性启动子主要在幼绿组织中有转录活性，基本在任何其他植物部分没有转录活性，同时仍然允许在这些其他植物部分的任何渗漏表达。幼绿组织特异性启动子优选是原叶绿素酸酯还原酶启动子(PcR)，更优选是由基本上与SEQIDNO:206相似的核酸序列代表的原叶绿素酸酯还原酶启动子，最优选是如SEQIDNO:206所代表的启动子。应当明白本发明的适用性不限于由SEQIDNO:80代表的CAH3编码核酸，同时本发明的适用性也不限于由原叶绿素酸酯还原酶启动子驱动时这类CAH3编码核酸的表达。也可以用于实施不发明方法的其他幼绿组织特异性启动子的实例在本文"定义"部分的表2g中显示。为鉴定功能性等效启动子，候选启动子的启动子强度和/或表达模式可以通过将该启动子与报道基因有效连接并分析该报道基因在植物多种组织的表达水平和模式而进行分析。合适的公知报道基因包括例如P-葡糖醛酸糖苷酶或p-半乳糖苷酶。启动子活性通过测量p-葡糖醛酸糖苷酶或p-半乳糖苷酶的酶活性进行分析。启动子强度和/或表ii^莫式随后可以与参考启动子(如本发明方法中所用的一种启动子)的启动子强度和/或表达模式比较。备选地，启动子强度可以使用本领域已知方法如Northern印迹法及放射自显影图的密度计分析法、定量实时PCR或RT-PCR(Heid等，1996GenomeMethods6:986-994)，通过定量mRNA水平或通过将本发明方法中所用核酸的mRNA水平与持家基因(如18SrRNA)的mRNA水平比较而分析。通常"弱启动子"意指驱动编码序列在低水平上表达的启动子。"低水平"意指在每个细胞约1/10,000转录物至约1/100,000转录物、至约1/500,0000转录物的水平上。相反，"强启动子"驱动编码序列在高水平、或在每个细胞约1/10转录物至约1/100转录物、至约1/1,000转录物上表达。任选地，一种或多种终止子序列可以在引入植物的构建体中使用。术语"终止子"如本文所定义。额外的调节元件可以包括转录增强子以及翻和增强子序列。此类序列是公知的或本领域技术人员可易于获得的。内含子序列也可以添加至5，非翻译区(UTR)或编码序列中，以增加在胞浆内积累的成熟信息的量。已经证实可剪接内含子在植物表达构建体和动物表达构建体中转录单位内的包含在mRNA水平及蛋白质水平上增加基因表达至多达1000倍(Buchman和Berg，Mol.Cellbiol.8:4395-4405(1988);Callis等，GensDev1:1183-1200(1987))。基因表达的此类内含子增强作用一般在位于转录单位5'端附近时最强烈。使用玉米内含子Adhl-S内含子l、2和6、Bronze-l内含子是本领域已知的。对于一般信息，见TheMaizeHandbook,第116章，编者Freeling和Walbot，Springer,N.Y.(1994)。其他调控序列(除启动子、增强子、沉默子、内含子序列、3，UTR和/或5，UTR区之外)可以是蛋白质和/或RNA稳定化元件。本领域技术人员会知道或可以轻易地获得此类序列。本发明的遗传构建体还可以包含在特定细胞类型中维持和/或复制所需的复制起点序列。一个实例是当需要将遗传构建体在细菌细胞中维持为附加型遗传元件(例如质粒或粘粒分子)时。优选的复制起点包括，但不限于fl-ori和colEl。为检测如在本发明方法中所用核酸序列的成功转移和/或选择包含这些核酸的转基因植物，使用标记基因(或报道基因)是有利的。因而，遗传构建体可以任选地包含选择性标记基因。术语"选择性标记，，、"选择性标记基因"或"报道基因"的定义见本文"定义"部分。本发明也提供用于产生相对于对照植物具有增强的产量相关性状的转基因植物的方法，其包括在植物中引入和表达如上文所定义的编码CAH3蛋白质的任意核酸。为本发明的目的，"转基因的"、"转基因"或"重组"如本文"定义"部分定义。"转基因植物"如本文"定义，，部分定义。更具体地，本发明提供用于产生具有增加的产量的转基因植物的方法，其包括(i)在植物或植物细胞中引入和表达CAH3核酸或其变体；和(ii)在促进植物生长和发育的条件下培育植物细胞。核酸可以直接《1入植物细胞或《1入植物本身(包括引入组织、器官或植物的任何其他部分)。根据本发明的优选特征，核酸优选地通过转化引入植物。术语"引入"或"转化"在本文"定义"部分定义。遗传修饰的植物细胞可通过本领域技术人员熟悉的所有方法再生。合适的方法可见于S.D.Kung和RWu、Potrykus或H6fgen和Willmitzer的上述出版物。通常在转化后，选择一种或多种标记存在的植物细胞或细胞群体，其中所述的标记由与目的基因一起共转移的植物可表达的基因编码，随后将转化的材料再生成整林植物。为了选择转化的植物，在转化中获得的植物材料原则上接受选择条件处理，以至于转化的植物可以与未转化的植物区分。例如，以上文所述方式获得的种子可以播种，在初始培育时期后，通过喷雾进行合适的选择。另一种可能性包含在使用合适选择剂的琼脂平板上生长种于(根据需要在消毒之后)，使得仅转化的种于可以生长成植物。或者，转化的植物通过上述那些选择标记的存在筛选。在DNA转移和再生后，推测的转化植物还可以例如使用Southern分析对目的基因的存在、拷贝数和/或基因组构造进行评价。备选或此外，新引入的DNA的表达水平可以使用Northern和/或Western,这两种技术是本领域技术人员众所周知的。产生的转化植物可以通过多种方法加以增殖，如通过克隆增殖法或经典育种技术。例如，第一代(或T1)转化植物可以进行自交并选择纯合的第二代(或T2)转化体，并且T2植物可以随后通过经典育种技术进一步增殖。产生的转化生物可以采取多种形式。例如，它们可以是转化细胞和非转化细胞的嵌合体；克隆转化体(例如被转化以含有表达盒的全部细胞)；转化组织和未转化组织的移植体(例如在植物中，与未转化嫩枝嫁接的转化的根状茎)。本发明明确地扩展至通过文中所述的任意方法产生的任何植物细胞或植物，并扩展至全部植物部分及其繁殖体。本发明进一步扩展至包含已经通过任意前述方法产生的原代转化或转染细胞、组织、器官或整抹植物的后代，唯一要求是后代表现与通过本发明方法中的亲代所产生的那些后代相同的一种或多种基因型特征和/或表型特征。本发明也包括宿主细胞，其含有分离的编码如上文定义的CAH3蛋白质的核酸。本发明优选的宿主细胞是植物细胞。宿主植物对于本发明方法中所用核酸或栽体、表达盒或构建体或载体而言原则上有利地是能够合成本发明方法中所用多肽的全部植物。本发明也扩展至植物的可收获部分如，但不限于种子、叶、果实、花、茎干、根状茎、块茎和球茎。本发明进一步涉及来自，优选直接来自这种植物的可收获部分中的产物，如干燥颗粒或粉末、油、脂肪及脂肪酸、淀粉或蛋白质。根据本发明的优选特征，受调节的表达是增加的表达。术语"增加的表达/过量表达"如本文定义。如上文所述，用于调节(优选增加)CAH3蛋白质的编码核酸的表达的优选方法是在植物中引入和表达CAH3蛋白质的编码核酸；然而，实现本方法的效果即增强产量相关性状也可以使用其他公知技术来实现。以下将是一些此类技术的描述。一种此类技术是T-DNA激活标注，其在本文"定义，，部分详述。还可以使用TILLING(定向诱导的基因组局部突变)技术再现本发明的效果，其也在本文"定义"部分详述。还可以使用同源物重组再现本发明的效果，其也在本文"定义"部分详述。本文对增强的产量相关性状的引用意指在植物一个部分或多个部分的生物量(重量)的增加，其包括地上(可收获)部分和/或(可收获)地下部分。特别地，此类可收获部分是种子，且实施本发明方法产生具有相对于合适的对照植物的种子产量，具有增加的种子产量的植物。术语"产量，，和"种子产量"在本文"定义"部分定义。术语"增加"、"增强"或"改良"也在本文定义。以玉米为例，产量增加可以表现为下列一种或多种指标每公项或英亩所栽培的植物数的增加、每林植物穗数的增加、行数、每行粒数、粒重、千粒重、穗长度/直径的增加、种子饱满率的增加(其中种子饱满率是饱满种子数除以种子总数并乘以100)及其他。以稻为例，产量增加本身可以表现为下列一种或多种指标的增加每公项或英亩植物数、每林植物圆锥花序数、每圆锥花序小穗数、每圆锥花序花(小花)数(其表达为饱满种子数对原圆锥花序数之比)、种子饱满率的增加(其中种子饱满率是饱满种子数除以种子总数并乘以100)、千粒重的增加及其他。由于本发明的转基因植物具有增加的产量，因而相对于对照植物的生长速率，这些植物有可能在其生活周期中的对应阶段上表现增加的生长速率(在其生活周期的至少部分期间)。增加的生长速率可以对于植物的一个或多个部分(包括种子)是特异性的，或可以基本上遍及整林植物。具有增加的生长速率的植物可以具备较短的生活周期。植物的生活周期可以视为意指从干燥成熟种子成长至植物已经产生与起始材料相似的干燥成熟种子的阶段所需要的时间。这个生活周期可以受下列因素影响，如早期萌发势、生长速率、绿度指数、开花时间和种子成熟速度。生长速率的增加可以在才直物生活周期中的一个或多个阶段上或在基本上整个植物生活周期期间发生。在植物生活周期中的早期期间增加的生长速率可以反映增强的萌发势。生长速率的增加可以改变植物的收获周期，允许植物较晚播种和/或较早收获，否则这将不可能(相似的作用可以用较早的开花时间获得)。若生长速率充分地增加，可以允许进一步l番种相同植物物种的种子(例如^番种并收获植物，全部稻植物均在一个常规生长时段内)。类似地，若生长速率足够地增加，可以允许进一步^番种不同植物物种的种子(例如播种并收获玉米植物，随后例如播种并任选收获大豆、马铃薯或任何其他合适植物)。从相同的根茎中收获额外次数在一些作物植物的情况中也是可能的。改变植物的收获周期可以导致每英亩的年生物量产量的增加(因任何特定植物可以生长并收获的次数(如在一年中)增加)。生长速率物，因为对培育作物的区域限制往往由栽种时节(早季)或在收获时期(晚季)的不利环境条件所决定。若缩短收获周期，则可以避开这类不利条件。生长速率可以通过从生长曲线中得到多种参数而确定，此类参数可以是T-Mid(植物达到其50%最大尺寸所花费的时间)和T-卯(植物达到其90%最大尺寸所花费的时间)，等等。根据本发明的优选特征，本发明方法的实施产生与对照植物相比具有增加的生长速率的植物。因而根据本发明，提供增加植物生长速率的方法，所述方法包括调节、优选增加编码如本文定义的CAH3蛋白质的核酸在植物中的表达。与对照植物相比，无论植物处于非胁迫条件下还是植物暴露于多种胁迫下，都发生产量和/或生长速率的增加。植物一般通过生长得更慢而对暴露于胁迫作出应答。在严重胁迫条件下，植物甚至可以完全停止生长。另一方面，轻孩i胁迫在本文中定义为植物对其暴露的任何胁迫，其中所述的胁迫未导致植物完全停止生长而没有恢复生长的能力。与非胁迫条件下的对照植物相比，轻微胁迫在本发明意义中导致受胁迫植物生长降低小于40%、35%或30%，优选小于25%、20%或15%，更优选小于14%、13%、12%、11%或10%或更低。由于农业实践(灌溉、施肥、杀虫剂处理)上的进步，在栽培作物植物中并不经常遇到严重胁迫。因此，由轻微胁迫诱导的受损生长往往是农业上不希望的特征。轻微胁迫是植物暴露的常见生物性和/或非生物性(环境)胁迫。非生物胁迫可以因干旱或水涝、厌氧胁迫、盐胁迫、化学毒性、氧化胁迫和热、寒冷或冰冻温度所致。非生物胁迫可以是由水胁迫(尤其因为干旱)、盐胁迫、氧化胁迫或离子胁迫引起的渗透胁迫。生物胁迫一般是由病原体如细菌、病毒、真菌和昆虫引起的那些胁迫。尤其，本发明的方法可以在非胁迫条件下或在轻微干旱条件下实施以产生相对于对照植物，具有增加的产量的植物。如在Wang等(Planta(2003)218:l-14)中报道，非生物胁迫导致不利地影响植物生长及生产力的一系列形态学变化、生理学变化、生物化学变化和分子变化。已知干旱、盐度、极端温度和氧化胁迫是相互联系的并可以通过相似机制而诱导生长损害及细胞损害。Rabbani等(PlantPhysiol(2003)133:1755-1767)描述了干旱胁迫与高盐度胁迫间极高程度的"串话"。例如，干旱和/或盐化作用主要表现为渗透胁迫，导致细胞内稳态和离子分布的破坏。经常伴随高温或低温、盐度或干旱胁迫的氧化胁迫可以造成功能性蛋白和结构蛋白变性。因此，这些多样的环境胁迫常常激活相似的细胞信号途径和细胞应答，如产生胁迫蛋白质、上调抗氧化物质、积累相容性溶质和生长抑制。如本文中所用的术语"非胁迫"条件是允许植物最佳生长的环境条件。本领域技术人员清楚对于给定地点的正常土壤条件和气候条件。本发明方法的实施相对于在可比条件下培育的合适对照植物，赋予在非胁迫条件下或在轻微干旱条件下培育的植物增加的产量。因而，本发明提供用于在非胁迫条件下或在轻微干旱条件下培育的植物中增加产量的方法，其包括增加编码CAH3多肽的核酸在植物中表达。在本发明优选的实施方案中，根据本发明方法的产量和/或生长速率的增加在非胁迫条件下出现。本发明方法有利地适用于任何植物。本文定义了术语"植物"并也提供了用于本发明方法的植物的实例。根据本发明优选的实施方案，植物是作物植物。作物植物的实例包括大豆、向曰葵、卡i若拉油菜、苜蓿、油菜、棉花、番茄、马铃薯和烟草。还优选地，植物是羊子叶植物。单子叶植物的实例包括甘蔗。更优选地，植物是谷物。谷物的实例包括稻、玉米、小麦、大麦、粟、黑麦、高粱和燕麦。本发明还包括本文所述的编码CAH3蛋白质的核酸的用途，和这些CAH3蛋白质用于增强植物中产量相关性状的用途。本文所述的编码CAH3蛋白质的核酸或CAH3蛋白质本身可以用于育种程序中，其中鉴定到与CAH3蛋白质编码基因遗传连锁的DNA标记。所述的核^/基因、或CAH3蛋白质本身可以用来定义分子标记。这种DNA或蛋白质标记随后可以在育种程序中用来选择在本发明方法中具有如上文定义的增强的产量相关性状的植物。编码CAH3蛋白质的核酸或基因的等位变体也可以用于标记辅助的育种程序中。这种育种程序有时需要通过使用例如EMS诱变法对植物进行诱变处理而引入等位基因变异；备选地，该程序可以从非人为引起的所谓"自然"起源的一组等位变体开始。随后进行等位变体的鉴定，例如通过PCR法。此后是用于选择所讨论及导致增加产量的序列的优异等位变体的步骤。一般通过监测含有所讨论序列的不同等位变体的植物的生长性能而实施选择。可以在温室中或田间监测生长性能。其他任选步骤包括将鉴定了优异等位变体的植物与另一种植物杂交。这可以用来例如产生目标表型特征的组合。编码CAH3蛋白质的核酸也可以用作探针以便对基因进行遗传作图或物理作图，所述探针作为所述基因的一部分及与这些基因关联的性状的标记。此类信息可以用于植物育种中，以便开发具有目的表型的林系。编码CAH3蛋白质的核酸的这种用途仅需要具有至少15个核苷酸长度的核酸序列。编码CAH3蛋白质的核酸可以用作限制性片段长度多态性(RFLP)标记。限制性消化的植物基因组DNA的Southern印迹(SambrookJ，FritschEF和ManiatisT(l卿)MolecularCloning,ALaboratoryManual)可以用编码CAH3蛋白质的核酸探测。产生的结合图式随后可以使用计算机程序如MapMaker(Lander等(1987)Genomics1:174-181)进行遗传分析以构建遗传图。此外，该核酸可以用来探测含有经限制性内切核酸酶处理的一组个体的基因组DNA的Southern印迹，其中所述的一组个体代表具有确定的遗传杂交的亲代和后代。DNA多态性的分离被标出并用来计算编码CAH3蛋白质的核酸在使用这个群体先前所获得的遗传图中的位置(Botstdn等(1980)Am.J.Hum.Genet.32:314-331)。在Bernatzky和Tanksley(1986)PlantMol.Biol.Reporter4:37-41中描述了植物基因衍生的探针的产生和其在遗传作图中的用途。众多出版物描述了使用以上所提及的方法学或其改良方法对特定cDNA克隆的遗传作图。例如，F2互交群、回交群、随机交配群、邻近纯合系和其他个体群体可以用于作图。此类方法学是本领域技术人员众所周知的。所述核酸探针也可以用于物理作图(即序列在物理图上的排列；见Hoheisel等在Non-mammalianGenomicAnalyasis:APracticalGuide,Academicpress1996,第319-346页及其中引用的参考文献)。在另一实施方案中，核酸探针可以在直接荧光原位杂交(FISH)作图法(Trask(1991)TrendsGenet.7:149-154)中使用。尽管当前的FISH作图法支持使用大型克隆(几个kb至几百个kb;见Laan等(1995)GenomeRes.5:13-20)，然而灵敏度的改善可以允许使用更短探针进行FISH作图。用于遗传作图及物理作图的多种基于核酸扩增的方法可以使用所述核酸而实施。实例可见于文中的"定义"部分。实例包括等位基因特异性扩增(Kazazian(1989)J.Lab.Clin.Med11:95-96)、PCR扩增片段的多态性(CAPS;Sheffield等，(1993)Genomics16:325-332)、等位基因特异性连接(Landegren等，(1988)Science241:1077-1080)、核苷酸延伸反应(Sokolov(19卯)NucleicAcidRes.18:3671)、放射杂交作图(Walter等，(1997)Nat.Genet.7:22-28)和Happy作图(Dear和Cook，(1989)NucleicAcidRes.17:6795-6807)。为实施这些方法，使用核酸序列i更计和产生用于扩增反应或引物延伸反应的引物对。这类引物的设计是本领域技术人员众所周知的。使用基于PCR的遗传作图的方法，可能需要鉴定跨越相应于本发明核酸序列区域作图的亲本之间DNA序列的差异。然而，这对作图方法通常不是必要的。本发明方法产生如前文所述的具有增强的产量相关性状的植物。这些性状也可以与经济上有利的其他性状组合，如进一步增强产量性状、对其他非生物和生物胁迫的耐受性、调节多种构造性特征和/或生物化学特征和/或生理学特征的性状。发明详述CXAVATA现已惊奇地发现增加编码YEP的核酸序列在植物中的表达产生了相对于对照植物具有增强的产量相关性状的植物，所述YEP是具有无功能C端结构域的CLV1。下文详述适合用于为相对于对照植物增强植物中产量相关性状之目的而破坏C端结构域的生物学功能的特定的CLV1多肽类别。本发明提供用于相对于对照植物增强植物中产量相关性状的方法，其包括增加编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列在植物中的表达。术语"对照植物"如本文"定义"部分定义。在此之后"用于本发明方法的蛋白质"的任何引用意指如本文定义的具有无功能C端结构域的CLV1多肽。在此之后"用于本发明方法的核酸序列，，的任何引用意指能够编码此类具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列。术语"多肽"和"蛋白质"如本文定义。术语"多核普酸"、"核酸序列"、"核苷,列"如本文"定义"部分定义。用于增加具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核酸序列表达的优选方法是通过在植物中引入和表达如下文定义具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核酸。待^I入植物(并且因而用于实施本发明方法)的核酸序列是编码现将描述的多肽类型的任意核酸序列。CLV1多肽是本领域公知的，且可通过从N端到C端存在以下项而容易地鉴定到(i)用于ER亚细胞靶向的信号肽；(ii)包括20、21、或22LRR的胞外LRR结构域；(iii)跨膜结构域；和(iv)胞内丝氨l苏氨酸激酶结构域(见图lOa和ll，和实施例28)。此外，CLV1多肽还可以包含与SEQIDNO:212具有500/0、60%、70%、80%、90%、95%、98%或更高同一性的氨基,列(实施例2"。此外，CLV1多肽可以从N端到C端包含如下项之一或全部(i)由SEQIDNO:237所示的基序1;或(ii)由SEQIDNO:238所示的基序2。优选基序1和基序2包含于信号肽和LRR结构域之间。如实施例26确定基序1和基序2的存在。基序1中的最保守的氨基酸是LXDW，且基序2中最保守的氨基酸XHCXFXGVXCD(其中X是M置不同的M酸的特定子集，如SEQIDNO:237和SEQIDNO:238所示)。基序1和基序2中，允许在任意位点具有一个或多个保守性改变。备选或此外，基序l中，允许在任意位点具有一个非保守性改变，基序2中，允许在任意位点具有一个、两个或三个非保守性改变。备选或此外，本文定义的"CLV1"多肽指这样的任意多肽序列，当其用于构建LRR-RLK系统树(例如图10b所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:212所示的M酸序列的多肽组(由括号表示)，而不是聚蔟于任意其他LRR-RLK多肽组。本领域技术人员可容易地利用制作此类系统树的已知技术和软件，例如GCG、EBI或CLUSTAL软件包，利用默认参数来确定任何所研究的氨基断列是否落入"CLVl"多肽的定义中。聚蔟于包含SEQIDNO:212明的方法中。此类方法在实施例25中描述。可以通过石皮坏任意CLVl多肽的C端结构域的生物学功能使该CLVl多肽可用于本发明方法。此类方法(用于破坏生物学功能)在本领域是公知的且包括删除、取代和/或插入CLVl多肽C端结构域的氨基酸。此类方法的实例在实施例31中描述。来自CLV1多肽C端结构域的一个或多个氨基酸可以被删除、取代和/或插入。为本申请的目的，CLV1多肽C端结构域意指编码跨膜结构域的M紗列(从N端到C端)之后的M^列(见图10和11)，且包含(i)激酶结构域；和(ii)一个或多个可磷酸化氨基酸。具有无功能C端结构域的CLV1多肽的一个实例是由SEQIDNO:210所示的多肽，具有由SEQIDNO:209所示的编码核酸序列。起始于激酶亚结构域IV(见图11)的RLL基序的Arg(R)残基且终止于全长CLV1多肽(由SEQIDNO:212表示)的C端的氨基齡列已被去除。本文实施例部分的表C中给出了CLV1多肽的实例；可以通过破坏这些多肽的C端结构域的生物学功能使所述序列可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的方法(用于破坏生物学功能)。还用于本发明方法的是本文表C中给出的任一氨基*列的同源物，术语"同源物"如本文定义。还用于本发明方法的是表C中给出的任一多肽的衍生物，或表C中给出的任意SEQIDNO的直向同源物或旁系同源物。"衍生物"也如本文定义。本发明通过用由SEQIDNO:209(包含于SEQIDNO:211)所示的编码多肽序列SEQIDNO:210(包含于SEQIDNO:212)的拟南芥核断列转化的植物加以说明，然而，本发明的实施不限于这些序列。本发明方法可以有利地使用编码如文中所定义的具有无功能C端结构域的CLVl多肽的任意核酸序列实施，包括具有例如通过使用本文所论的任意方法(用于破坏生物学功能)得到的无功能C端结构域的直向同源物和旁系同源物，例如实施例25的表C中给出的任何核酸序列。可以认为本文表C中给出的M酸序列是由SEQIDNO:212所示的CLV1多肽的直向同源物和旁系同源物。直向同源物和旁系同源物如本文定义。直向同源物和旁系同源物可以通过开展所谓交互性blast搜索而容易地找到。其一般包括第一BLAST,所述第一BLAST参与提交查询序列(例如使用表C中列出的任何序列)用于针对任一序列数据库(如公众可用的NCBI数据库)的BLAST搜索。当从核苷絲列开始时，通常使用BLASTN或TBLASTX(使用标准默认值)，并且当从蛋白质序列开始时，可以使用BLASTP或TBLASTN(使用标准默认值)。任选地可以筛选BLAST结果。随后提交筛选结果和非筛选结果的全长序列以针对来自生物的序列进行反向BLAST(第二BLAST),其中查询序列来自所述的生物(其中在查询序列是SEQIDNO:211或SEQIDNO:212的情况下，第二BLAST因而将针对拟南芥序列)。随后比较第一和第二BLAST搜索的结果。若来自第一BLAST的高阶位命中源自与查询序列从其中衍生的物种相同的物种，反向BLAST随后理想地以最高命中的查询序列中产生，则鉴定到旁系同源物；若第一BLAST的中的高阶位命中不源自与查询序列从其中衍生的物种相同的物种，并且优选地在反向BLAST时产生属于最高命中之列的查询序列，则鉴定到直向同源物。高阶位命中是具有低E-值的那些命中。E-值越低，评分越显著(或换句话说，此命中因偶然而发生的几率越低)。E-值的计算是本领域众所周知的。除了E-值外，比较结果还由同一性百分数记分。同一性百分数指两个所比较核酸(或多肽)序列之间在特定长度范围内的相同核苦酸(或M酸)数目。在大型家族的情况下，可以使用ClustalW，随后使用邻接树法以便帮助显示相关基因的聚类和以便鉴定直向同源物和旁系同源物。可以通过破坏如此鉴定到的多肽的C端结构域的生物学功能使所述序列随后可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。本文实施例25表C给出由SEQIDNO:212所示的CLV1多肽的直向同源物和旁系同源物的实例。使用上述BLAST过程可以容易地鉴定到其他直向同源物和旁系同源物。可以通过破坏如此鉴定到的多肽的C端结构域的生物学功能使所述序列随后可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。通过特异性结构域的存在可鉴定到本发明的蛋白质。术语"结构域"如本文定义。术语"基序"，或"共有序列，，，或"标记"也在本文定义。也存在用于鉴定结构域的专业数据库，如SMART(Schultz等(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.美国95,5857-5864;Letunic等(2002)NucleicAcidsRes30,242-244)、InterPro(Mulder等，(2003)Nucl.Acids.Res.31,315-318)、Prosite(Bucher和Bairoch(1994),用于生物分子序列基序的广义图谱语法及其在自动化序列判读中的功能，(在)ISMB-94;第二届分子生物学智能系统国际^^义文集.AltmanR.，BrutlagD.，KarpP.，LathropR.，SearlsD.编著，第53-61页，AAAIP画，MenloPark;Hulo等，Nucl.Acids.Res.32:D134-D137，(2004))或Pfam(Bateman等，NucleicAcidsResearch30(1):276-280(2002))鉴定。用于计算机芯片上分析蛋白质序列的一组工具可在ExPASY蛋白质组学服务器上获得(在SwissInstituteofBioinformatics上驻留(Gasteiger等，ExPASy:用于深入认识和分析蛋白质的蛋白组学服务器，NucleicAcidsRes.31:3784-3788(2003))。实施例28中列出了通过实施此分析鉴定到的不同结构域的登录号。例如，富亮氨酸重复具有InterPro登录号IPR0016U、Prints登录号PR00019、和PFam登录号PF00560。LRR结构域包含20、21或22个此类富亮氨酸重复(LRR)。通过InterPro登录号IPR000719、PFam登录号PF00069、Prosite登录号PS50011和ProDom登录号PD000001鉴定激酶结构域。此外还鉴定激酶结构域活性位点，如IPR008271。可在该位点引入突变以去除(或降低)激酶活性，这是破坏用于本发明方法的CVL1多肽的C端结构域的生物学功能的方法之一。可用软件算法来预测多肽的亚细胞定位，或预测跨膜结构域的存在。实施例30中，分别使用TargetPl.l算法和TMHMM2.0算法来预测如SEQIDNO:212所示的CLV1多肽在其N端具有信号肽供ER靶向(内质网)，且包括跨膜结构域(跨过质体膜)。进而，TMHMM2,0算法预测LRR结构域位于细胞外部(充当胞外受体)，同时激酶结构域位于细胞内(充当信号传导物)。也使用本领域熟知的常规技术可以容易地鉴定结构域和基序，例如通过序列比对鉴定。用于比对序列用于比较的方法是本领域众所周知的，此类方法包括GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA和TFASTA。GAP使用Needleman和Wunsch算法((1970)JMolBiol48:443-453)以找到使匹配数最大化并使空位数最小化的两个完整序列(覆盖整个序列的)的全局比对。BLAST算法(Altschul等(1990)JMolBiol215:403-10)计算序列同一性百分数并执行对两个序列间相似性的统计分析。用于执行BLAST分析的软件是7>众通过国家生物才支术信息中心(NCBI)可获得的。同源物可以使用例如ClustalW多重序列比对算法(1.83版本)以默认配对比对参数和评分方法(以百分数计)而轻易地鉴定。相似性和同一性的全局百分数也可以使用在MatGAT软件包中可获得的方法之一而确定(Campanella等，BMCBioinformatics.2003Jul10;4:29.MatGAT:使用蛋白质或DNA序列而产生相似性/同一性矩阵的应用)。可以进行细微手工编著以优化保守基序之间的比对，如本领域技术人员显而易见。此外除了使用全长序列以鉴定同源物，也可以使用特定结构域(如LRR结构域或激酶结构域或本文定义的基序之一)。在下面实施3中以百分比描述的序列同一性值使用上述程序，利用默认参数，针对完整核酸或M酸序列/或针对选择的结构域或保守基序上确定。优选CLV1多肽与SEQIDNO:212(实施例27)具有50%,60%、70%、80%、卯％、95%、98%或更高^J^酸序列同一性。在其鉴定后，如本文所述通过破坏所述多肽的C端结构域的生物学功能使CLV1多肽可用于本发明方法。在一些情况下，可以调整默认参数以调节搜索法的严格性。例如使用BLAST,可以提高用于报告针对数据库序列的匹配的统计显著性阈值(称作"期望"值)以显示严格性较低的匹配。以这种方式，可以鉴定几乎精确的短匹配。以这种方式可以鉴定如SEQIDNO:237所代表的基序1和如SEQIDNO:238所代表的基序2,其中所述的基序均包含于在用于本发明方法中的CLV1多肽内(图11，实施例26)。优选基序1和基序2包含于信号肽和LRR结构i戈之间。基序1中的最保守的氨基酸是LXDW，且基序2中最保守的M酸XHCXFXGVXCD(其中X是各位置不同的氨基酸的特定子集，如SEQIDNO:237和SEQIDNO:238所示)。基序1和基序2中，允许在任意位点具有一个或多个保守性改变。备选或此外，基序1中，允许在任意位点具有一个非保守性改变，基序2中，允许在任意位点具有一个、两个或三个非保守性改变。天然形式的CLV1多肽一般具有激酶活性并能够自我磷酸化。激酶测试易于实施且是本领域公知的。进而，CLV1多肽能够与植物内(CLV3、KAPP和更多)和体外(如与酵母双杂交测试中的KAPP;Trotochaud等.(1999)PlantCell11,393-406)的其他多肽相互作用。在其鉴定后，通过破坏CLV1多肽的C端结构域的生物学功能使所述多肽可用于本发明方法。实施例31中提供了进一步详述。用于本发明方法的蛋白质的编码核,列不需要是全长核^列，因为本发明方法的实施不依赖全长核酸序列的使用。适合用于实施本发明方法的核酸序列实例包括表C中给出的核酸序列，但不限于这些序列。核酸变体可用于实施本发明的方法。这样的核酸变体实例包括用于本发明方法的蛋白质的编码核酸序列的部分、与用于本发明方法的蛋白质的编码核酸序列杂交的核酸序列、用于本发明方法的蛋白质的编码核酸序列的剪接变体、用于本发明方法的蛋白质的编码核酸序列的等位变体，和通过基因改组获得的用于本发明方法的蛋白质的编码核酸序列的变体。现将描述术语部分、杂交序列、剪接变体、等位变体、通过基因改组获得的变体和通过位点定向诱变获得的变体。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达表C中给出的任一核,列的部分、或实施例25的表C中给出的任意氨基酸序列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸序列的部分。在其鉴定后，通过破坏所述多肽C端结构域的生物学功能使CLV1多肽可用于本发明方法。用于本发明方法的部分编码多肽，所述部分落入如文中所定义的具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核酸序列的定义内。所述部分一般缺少编码C端结构域或其部分的核酸序列(从N端到C端，编码跨膜结构域的核酸序列下游的核酸序列)。优选地，部分是实施例25的表C中给出的任一核酸序列的部分。更优选，部分是SEQIDNO:211的核酸序列的部分。最优选，部分如SEQIDNO:209所示。如本文所定义的具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核酸序列的部分可以通过对核酸序列进行一个或多个缺失来制备。部分可以以分离的形式使用，或者可将其与其他编码(或非编码)序列融合，以便，例如，产生组合了若干活性的蛋白质。当与其他编码序列融合时，经翻译后所产生的多肽可能比预测的CLV1多肽部分要大。用于本发明方法的另一核酸变体是在降低的严格条件下、优选在严格条件下，能够与本文所定义的CLV1多肽的编码核酸序列或与本文所定义的部分杂交的核酸序列。术语"杂交"如本文定义。用于本发明方法的杂交序列编码CLV1多肽，所述CLV1多肽由实施例25的表C中给出的任意^J^酸序列所表示。杂交序列通常长度至少为500或1000个连续核苷酸，优选长度至少为1500或2000个连续核普酸，更优选长度至少为2500个连续核苷酸，最优选长度至少为2900个连续核苷酸，所述连续核苷酸是表C中给出的任一核酸序列。优选地，杂交序列是能够与表C中给出的任意核酸序列杂交的序列、或与任意这些序列的部分杂交的序列，部分如上文定义。最优选，杂交序列是能够与SEQIDNO:211所示的核酸序列或其部分杂交的序列。优选地，杂交序列编码包括如本文定义的任一个或多个基序或结构域的氨基酸序列。优选地，杂^f列编码氨基酸序列，当所述tt酸序列用于构建LRR-RLK系统树(例如图10b所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:212所示氨基紗列的多肽组(由括号表示)，而不是聚蔟于LRR-RLK多肽的任何其他组。通过破坏被编码多肽的C端结构域的生物学功能使此类杂交序列可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。本发明提供增加植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达能够与表C中给出的任一核^列杂交的核^列，或包括在植物中引入和表达能够与表C中给出的任意核^列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸序列杂交的核酸序列。通过破坏被编码多肽的C端结构域的生物学功能使此类杂交序列可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。用于本发明方法的另一核酸变体是编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的剪接变体。术语"剪接变体"如本文定义。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达表C中给出的核*列中任一个的剪接变体，或表C中给出的任意氨基,列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核,列的剪接变体。通过破坏被编码多肽的C端结构域的生物学功能使此类剪接变体可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。优选剪接变体是由SEQIDNO:211所示的核酸序列的剪接变体或SEQIDNO:212的直向同源物或旁系同源物的编码核酸序列的剪接变体。优选地，当剪接变体编码的氨基,列用于构建LRR-RLK系统树(例如图10b所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:212所示氨基酸序列的多肽组(由括号表示)，而不是聚蔟于LRR-RLK多肽的任何其他组。通过破坏被编码多肽的C端结构域的生物学功能使此类剪接变体可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。用于实施本发明方法的另一核酸变体是具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核*列的等位变体。等位基因或等位变体是给定基因的替代形式，位于相同染色体位置内。等位变体天然存在，且包含在本发明方法内的是这些天然等位基因的用途。等位变体包含单核苷酸多态性(SNP)和小插入/缺失多态性(INDEL)。INDEL的尺寸通常小于100bp。SNP和INDEL形成在大部分生物的天然存在性多态性林系中序列变体的最大集合。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达表C中给出的核,列中任一个的等位变体，或包括在植物中引入和表达表C中给出的任意M,列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸序列的等位变体。通过破坏被编码多肽的C端结构域的生物学功能使此类等位变体可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。优选地，等位变体是SEQIDNO:211的等位变体，或SEQIDNO:212的直向同源物或旁系同源物的编码核,列的等位变体。优选地，当等位变体编码的^J^酸序列用于构建LRR-RLK系统树(例如图10b所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:212所示氨基酸序列的多肽组(由括号表示)，而不是聚蔟于LRR-RLK多肽的任何其他组。通过破坏被编码多肽的C端结构域的生物学功能使此类等位变体可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。用于本发明方法的又一核酸变体是通过基因改组获得的核酸变体。基因改组或定向进化也可以用于产生编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列的变体。这包括DNA改组的重复，继之以适当筛选和/或选择，以产生编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列的变体或其部分(Castle等(2004)Science304(5674):1151-4;美国专利5,811，238和6,395,547)。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达表C中给出的核*列中任一个的变体，或包括在植物中引入和表达表c中给出的任意M,列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸序列的变体，所述变体核酸序列通过基因改组获得。优选地，当通过基因改组获得的变体核酸编码的氨基酸序列用于构建LRR-RLK系统树(例如图10b所示的)时，趋向聚簇于包含SEQIDNO:212所示氨基酸序列的多肽组(由括号表示)，而不是聚簇于LRR-RLK多肽的任何其他组。通过破坏被编码多肽的C端结构域的生物学功能使此类通过基因改组获得的变体可用于本发明方法，例如通过使用本文所讨论的任意方法(用于破坏生物学功能)。此外，还可以通过位点定向诱变获得核酸变体。几种方法可用于实现位点定向谦变；最常用的是基于PCR的方法(CurrentProtocolsinMolecularBiology.Wiley编著)。带有产生具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核酸序列的变体目的的位点定向诱变的靶在实施例31中描述。本发明提供增强植物中产量相关性状的方法，其包括在植物中引入和表达表C中给出的核,列中任一个的变体，或包括在植物中引入和表达表C中给出的任意氨基^列的直向同源物、旁系同源物或同源物的编码核酸序列的变体，所述变体核酸序列通过位点定向诱变获得。优选地，当通过位点定向诱变获得的变体核酸序列编码的氨基酸序列用于构建LRR-RLK系统树(例如图10b所示的)时，趋向聚蔟于包含SEQIDNO:212所示氨基酸序列的多肽组(由括号表示)，而不是聚蔟于LRR-RLK多肽的任何其他组。通过破坏被编码多肽的C端结构域的通过使用本文所讨论的方法(用于破坏生物学功能)。编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的如下核酸变体是适合实施本发明方法的变体实例(i)编码CLV1的核酸序列的部分；或(ii)能与编码CLV1多肽的核酸序列杂交的核酸序列；或(iii)编码CLV1多肽的核酸序列的剪接变体；或(iv)编码CLV1的核酸序列的等位变体；或(v)通过基因改组获得的编码CLV1多肽的核酸序列；或(vi)通过位点定向诱变获得的编码CLV1多肽的核酸序列；其中，(i)至(vi)中的核酸序列编码具有无功能结构域的CLV1多肽。具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核酸序列可以来自任何天然或人工的来源。可以通过仔细的人为操作在组成和/或基因组环境上修饰所述核酸序列的天然形式。优选具有无功能C端结构域的CLV1多肽的编码核酸序列来自植物，又优选源自双子叶植物，更优选源自十字花科，最优选核酸来自拟南芥。因此本文任何具有无功能C端结构域的CLV1多肽的引用意指如上文定义的具有无功能C端结构域的CLV1多肽。编码此类具有无功能C端结构域的CLV1多肽的任意核酸序列适合用于实施本发明方法。本发明也包括可通过本发明方法获得的植物或其部分(包括种子)。所述植物或其部分包含如上文定义的编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸转基因。本发明还提供遗传构建体和载体以促进在植物中^1入和/或表达用于本发明方法中的核酸序列。所述基因构建体可以插入适于转化至植物内并适于在转化的细胞中表达目的基因的市售栽体。本发明也提供如文中所定义的构建体在本发明方法中的用途。更具体地，本发明提供构建体，其包含(a)编码如上面所定义的具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列；(b)—个或多个能够驱动(a)的核酸序列表达的调控序列；和任选地(c)转录终止序列。在一实施例中，构建体的调控序列是用于在幼嫩生长组织中表达的组织特异性启动子。用于在幼嫩生长组织(youngexpandingtissue)中表达的組织特异性启动子的实例是P扩展蛋白启动子。植物用包含目的序列的载体转化(即如上文定义的编码具有无功能c端结构域的CLV1多肽的核酸序列)。本领域技术人员非常了解为成功转化、选择和增殖含有目的序列的宿主细胞而必须于载体上存在的遗传元件。目的序列有效地与一种或多种调控序列(至少与启动子)连接。术语"调节元件"、"调控序列"和"启动子"如本文定义。术语"有效连接"也在本文定义。有利地，可以使用任何类型的启动子驱动核酸序列的表达。术语"启动子"和"植物启动子"如本文定义。所述启动子可以是如本文定义的组成型启动子，。备选地，启动子可以是如本文定义的诱导性启动子。此外或备选地，可以是如本文定义的器官特异性或组织特异性启动子。在一个实施方案中，编码如上文定义的具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列，如SEQIDNO:209所示的核酸序列，与能够优选地，能够优选在幼嫩生长组织中表达核酸序列的启动子具有与P扩展蛋白启动子相当的表达谦。更优选地，能够优选在幼嫩生长组织中表达核,列的启动子是能够在茎或根的细胞伸展区(expansionzone)驱动表达的启动子。最优选，能够优选在幼嫩生长组织中表达核酸序列的启动子是P扩展蛋白启动子(SEQIDNO:241)。为鉴定功能性等效启动子，候选启动子的启动子强度和/或表达才莫式可的表达水平和模式而进行分析。合适的公知报道基因包括例如p-葡糖醛酸糖苷酶或p-半乳糖苷酶。启动子活性通过测量[5-葡糖醛酸糖苷酶或p-半乳糖苷酶的酶活性进行分析。启动子强度和/或表达模式随后可以与参考启动子(如本发明方法中所用的一种启动子)的启动子强度和/或表ii^莫式比较。备选地，启动子强度可以使用本领域已知方法如Northern印迹法^J^文射自显影图的密度计分析法、定量实时PCR或RT-PCR(Heid等，1996GenomeMethods6:986-994),通过定量mRNA水平或通过将本发明方法中所用核酸序列的mRNA水平与持家基因(如18SrRNA)的mRNA水平比较而分析。通常"弱启动子，，意指驱动编码序列在低水平上表达的启动子。"低水平"意指在每个细胞约1/10,000转录物至约1/100,000转录物、至约1/500,0000转录物的水平上。相反，"强启动子，，驱动编码序列在高水平、或在每个细胞约1/10转录物至约1/100转录物、至约1/1,000转录物上表达。任选地，一种或多种终止子序列可以在引入植物的构建体中使用。术语"终止子，，在本文定义。额外的调节元件可以包括转录增强子以及翻译增强子序列。此类序列是公知的或本领域技术人员可易于获得的。内含子序列也可以添加至5'非翻译区(UTR)或编码序列中，以增加在胞浆内积累的成熟信息的量。已经证实可剪接内含子在植物表达构建体和动物表达构建体中转录单位内的包含在mRNA水平及蛋白质水平上增加基因表达至多达1000倍(Buchman和Berg，Mol.Cellbiol.8:4395-4405(1988);Callis等，GensDev1:1183-1200(1987))。基因表达的此类内含子增强作用一般在位于转录单位5'端附近时最强烈。使用玉米内含子Adhl-S内含子l、2和6、Bronze-1内含子是本领域已知的。对于一般信息，见TheMaizeHandbook,第116章，编者Freeling和Walbot，Springer,N.Y.(1994)。其他调控序列(除启动子、增强子、沉默子、内含子序列、3，UTR和/或5，UTR区之夕卜)可以是蛋白质和/或RNA稳定化元件。本领域技术人员会知道或可以轻易地获得此类序列。本发明的遗传构建体还可以包含于特定细胞类型中维持和/或复制所需的复制起点序列。一个实例是当需要将遗传构建体在细菌细胞中维持为附加型遗传元件(例如质粒或粘粒分子)时。优选的复制起点包括，但不限于fl-ori和colEl。为检测如在本发明方法中所用核酸序列的成功转移和/或选择包含这些核酸序列的转基因植物，使用标记基因(或报道基因)是有利的。因而，遗传构建体可以任选地包舍选择性标记基因。术语"选择性标记，，、"选择性标记基因，，或"报道基因，，的描述见本文"定义"部分。本发明也提供用于产生相对于对照植物具有增强的产量相关性状的转基因植物的方法，其包括在植物中《1入和表达如上文所定义的编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的任意核酸序列。术语"转基因的"、"转基因"或"重组"的含义如本文定义。更具体地，本发明提供用于产生具有增强的产量相关性状的转基因植物的方法，其包括(i)在植物或植物细胞中引入和表达编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核M列或其变体；和(ii)在促进植物生长和发育的条件下培育植物细胞。核*列可以直接引入植物细胞或引入植物本身(包括引入组织、器官或植物的任何其他部分)。根据本发明的优选特征，核酸序列优选地通过转化引入植物。术语"引入"或"转化"如本文定义。遗传修饰的植物细胞可通过本领域技术人员熟悉的所有方法再生。合适的方法可见于S.D.Kung和RWu、Potrykus或H6fgen和Willmitzer的上述出版物。通常在转化后，选择一种或多种标记存在的植物细胞或细胞群体，其中所述的标记由与目的基因一起共转移的植物可表达的基因编码，随后将转化的材料再生成整林植物。为了选择转化的植物，在转化中获得的植物材料原则上接受选择条件处理，以至于转化的植物可以与未转化的植物区分。例如，以上文所述方式获得的种子可以播种，在初始培育时期后，通过喷雾进行合适的选择。另一种可能性包含在使用合适选择剂的琼脂平板上生长种子(根据需要在消毒之后)，使得仅转化的种子可以生长成植物。或者，转化的植物通过上述那些选择标记的存在筛选。在DNA转移和再生后，推测的转化植物还可以例如使用Southern分析对目的基因的存在、拷贝数和/或基因组构造进行评价。备选或此外，新引入的DNA的表达水平可以使用Northern和/或Western,这两种技术是本领域技术人员众所周知的。产生的转化植物可以通过多种方法加以增殖，如通过克隆增殖法或经典育种技术。例如，第一代(或T1)转化植物可以进行自交并选择纯合的第二代(或T2)转化体，并且T2植物可以随后通过经典育种技术进一步增殖。产生的转化生物可以采取多种形式。例如，它们可以是转化细胞和非转化细胞的嵌合体；克隆转化体(例如被转化以含有表达盒的全部细胞)；转化组织和未转化组织的移植体(例如在植物中，与未转化嫩枝嫁接的转化的根状茎)。本发明明确地扩展至通过文中所述的任意方法产生的任何植物细胞或植物，并扩展至全部植物部分及其繁殖体。本发明进一步扩展至包含已经通过任意前述方法产生的原代转化或转染细胞、组织、器官或整M物的相同的一种或多种基因型特征和/或表型特征。本发明也包括宿主细胞，其含有如上文定义的编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的分离的核酸序列。本发明优选的宿主细胞是植物细胞。宿主植物对于本发明方法中所用核酸序列或栽体、表达盒或构建体或载体而言原则上有利地是能够合成本发明方法中所用多肽的全部植物。为本发明目的，转基因植物因此如上理解为意指本发明方法中所用的核列不位于所述植物基因组中该核列的天然基因座内，所述核酸序列有可能同源或异源地表达。然而如所提及，转基因还意指尽管本发明核*列或在本发明方法中所用核^列处于植物基因组中该核^列的天然位置内，然而其序列相对于天然序列而言已经受到J务饰，和/或所述天然序列的调节序列已经受到修饰。转基因优选地理解为意指本发明核*列在基因组中的非天然基因座内表达，即发生核^列的同源表达或优选异源表达。在本文中提到了优选的转基因植物。本发明也扩展至植物的可收获部分如，但不限于种子、叶、果实、花、茎、根状茎、块茎和球茎。本发明进一步涉及来自，优选直接来自这种植物的可收获部分中的产物，如干燥颗粒或粉末、油、脂肪及脂肪酸、淀粉或蛋白质。在本领域内详细记载了用于增加核^列或基因、或基因产物表达的方法并且它们包括例如，由适宜启动子驱动的过量表达、使用转录增强子或翻译增强子。可以在非异源形式的多核苷酸的适宜位置(一般是上游)内导入作为启动子或增强子元件的分离核酸序列，以便上调表达。例如，内源性启动子可以通过突变、缺失和/或置换而在体内改变(见Kmiec，美国专利号5,565,350;Zarling等，PCT/US93/03868)，或可以将分离的启动子以相对于本发明基因的正确方向;o巨离导入植物细胞，以^更控制基因表达。若需要多肽表达，通常希望在多核苷酸编码区的3'端包括多聚腺苷化区。多聚腺苷化区可以来自天然基因、来自多种其它植物基因或来自T-DNA。待添加的3，端序列可以来自例如胭脂碱合酶或章鱼碱合酶基因或备选地来自另一植物基因或更不优选来自任何其它真核基因。如上所述也可以添加内含子序列。其它调控序列(除启动子、增强子、沉默子、内含子序列、3，UTR和/或5，UTR区之夕卜)可以是蛋白质和/或RNA稳定元件。如上文所述，用于增加编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列的表达的优选方法是在植物中引入和表达编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列；然而，实现本方法的效果即增强产量相关性状也可以使用其他/>知技术来实现。此类技术的实例包括T-DNA激活标注(Hayashi等，Science(1992)1350-1353)，其在本文"定义，，部分描述。还还可以使用同源物重组再现本发明的效果。对这些技术的详述见本文"定义"部分。本文对增强的产量相关性状的引用意指在植物一个部分或多个部分的生物量(重量)的增加，其包括地上(可收获)部分和/或(可收获)地下部分。特别地，此类可收获部分是种子，且实施本发明方法产生具有相对于合适的对照植物的种子产量具有增加的种子产量的植物。术语"产量"和"种子产量"在本文"定义"部分定义。术语"增加"、"改良的"或"改良"也在本文定义。增加的种子产量可以表现为下列一种或多种指标(i)增加的种子总产量，这包括种子生物量(种子重量)的增加，并且其可以是每皿林或单粒种子基础上的种子重量增加；(ii)增加的每林植物圆锥花序数；(iii)增加的每个圆锥花序的花朵数量；(iv)增加的种子饱满率；(v)增加的(饱满)种子数量；(vi)增加的种子大小(长、宽面积、周长)，这也可影响种子的组成；(vii)增加的种子体积，这也可影响种子的组成；(viii)增加的收获指数，其表达为可收获部分[如种子的产量与总生物量的比率；和(ix)增加的千粒重(TKW)，这通过计数饱满种子数量及其总重量，进行外推得到。TKW增加可源于种子大小和/或种子重量的增加。TKW增加可源于胚大小和/或胚乳大小的增加。种子产量的增加也可以表现为种子大小和/或种子体积的增加。此外，种子产量的增加本身也可以自我表现为种子面积和/或种子长度和/或种子宽度和/或种子周长的增加。增加的产量也可以产生改良的结构，或可以因改良的结构而出现。尤其，增强的产量相关性状意指一种或多种以下指标(i)地上部分生物量的增加；(ii)才艮生物量的增加;(iii)细才艮生物量(thinrootbiomass)的增加；(iv)增加的主圆锥花序数量；(v)增加的每圆锥花序的花数；(vi)增加的总种子产量；(vii)增加的饱满种子数；(viii)增加的总种子数；或(ix)增加的收获指数。因此，根据本发明，提供相对于对照植物增强一项或多项以下产量相关性状的方法(i)地上部分生物量的增加；(ii)根生物量的增加；(iii)细根生物量的增加；(iv)增加的主圆锥花序数量；(v)增加的每圆锥花序的花数；(vi)增加的总种子产量；(vii)增加的饱满种子数；(viii)增加的总种子数；或(ix)增加的收获指数，所述方法包括增加编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列在植物中的表达。以玉米为例，产量增加可以表现为下列一种或多种指标每7〉项或英亩所栽培的植物数的增加、每^M直物穗数的增加、行数、每行粒数、粒重、千粒重、穗长度/直径的增加、种子饱满率的增加(其中种子饱满率是饱满种子数除以种子总数并乘以IOO)及其他。以稻为例，产量增加本身可以表现为下列一种或多种指标的增加每公项或英亩植物数、每林植物圆锥花序数、每圆锥花序小穗数、每圆锥花序花(小花)数(其表达为饱满种子数对原圆锥花序数之比)、种子饱满率的增加(其中种子饱满率是饱满种子数除以种子总数并乘以100)、千粒重的增加及其他。由于本发明的转基因植物具有增强的产量相关性状，因而相对于对照植物的生长速率，这些植物有可能在其生活周期中的对应阶段上表现增加的生长速率(在其生活周期的至少部分期间)。增加的生长速率可以对于植物的一个或多个部分(包括种子)是特异性的，或可以基本上遍及整抹植物。具有增加的生长速率的植物可以具备较短的生活周期。植物的生活周期可以视为意指从干燥成熟种子成长至植物已经产生与起始材料相似的干燥成熟种子的阶段所需要的时间。这个生活周期可以受下列因素影响，如早期萌发势、生长速率、绿度指数、开花时间和种子成熟速度。生长速率的增加可以在植物生活周期中的一个或多个阶段上或在基本上整个植物生活周期期间发生。在植物生活周期中的早期期间增加的生长速率可以反映增强的萌发势。生长速率的增加可以改变植物的收获周期，允许植物较晚播种和/或较早收获，否则这将不可能(相似的作用可以用较早的开花时间获得)。若生长速率充分地增加，可以允许进一步播种相同植物物种的种子(例如播种并收获稻植物，随后播种并收获其他稻植物，全部稻植物均在一个常规生长时段内)。类似地，若生长速率足够地增加，可以允许进一步播种不同植物物种的种子(例如播种并收获玉米植物，随后例如播种并任选收获大豆、马铃薯或任何其他合适植物)。^目同的根茎中收获额外次数在一些作物植物的情况中也是可能的。改变植物的收获周期可以导致每英亩的年生物量产量的增加(因任何特定植物可以生长并收获的次数(如在一年中)增加)。生长速率的增力口也可以允许比其野生型对应物在更广泛的地理区域内培育转基因植物，因为对培育作物的区域限制往往由栽种时节(早季)或在收获时期(晚季)的不利环境条件所决定。若缩短收获周期，则可以避开这类不利条件。生长速率可以通过从生长曲线中得到多种参数而确定，此类参数可以是T-Mid(植物达到其50%最大尺寸所花费的时间)和T-卯(植物达到其90%最大尺寸所花费的时间)，等等。根据本发明的优选特征，本发明方法的实施产生与对照植物相比具有增加的生长速率的植物。因而根据本发明，提供相对于对照植物增加植物生长速率的方法，所述方法包括增加如本文定义的CLV1多肽的核酸序列在植物中的表达。与对照植物相比，无论植物处于非胁迫条件下还是植物暴露于多种胁迫下，都发生产量和/或生长速率的增加。植物一般通过生长得更慢而对暴露于胁迫作出应答。在严重胁迫条件下，植物甚至可以完全停止生长。另一方面，轻孩i胁迫在本文中定义为植物对其暴露的任何胁迫，其中所述的胁迫未导致植物完全停止生长而没有恢复生长的能力。与非胁迫条件下的对照植物相比，轻微胁迫在本发明意义中导致受胁迫植物生长降低小于40%、35%或30%,优选小于25%、20%或15%，更优选小于14%、13%、12%、11%或10%或更低。由于农业实践(灌溉、施肥、杀虫剂处理)上的进步，在栽培作物植物中并不经常遇到严重胁迫。因此，由轻微胁迫诱导的受损生长往往是衣业上不希望的特征。轻微胁迫是植物暴露的常见生物性和/或非生物性(环境)胁迫。非生物胁迫可以因干旱或水涝、厌氧胁迫、盐胁迫、化学毒性、氧化胁迫和热、寒冷或冰冻温度所致。非生物胁迫可以是由水胁迫(尤其因为干旱)、盐胁迫、氧化胁迫或离子胁迫引起的渗透胁迫。生物胁迫一般是由病原体如细菌、病毒、真菌和昆虫引起的那些胁迫。尤其，本发明的方法可以在非胁迫条件下或在轻微干旱条件下实施以产生相对于对照植物而具有增强的产量相关性状的植物。如在Wang等(Planta(2003)218:l-14)中报道，非生物胁迫导致不利地影响植物生长及生产力的一系列形态学变化、生理学变化、生物化学变化和分子变化。已知千旱、盐度、极端温度和氧化胁迫是相互联系的并可以通过相似机制而诱导生长损害及细胞损害。Rabbani等(PlantPhysiol(2003)133:1755-1767)描述了干旱胁迫与高盐度胁迫间极高程度的"串话"。例如，干旱和/或盐化作用主要表现为渗透胁迫，导致细胞内稳态和离子分布的破坏。经常伴随高温或低温、盐度或干旱胁迫的氧化胁迫可以造成功能性蛋白和结构蛋白变性。因此，这些多样的环境胁迫常常激活相似的细胞信号途径和细胞应答，如产生胁迫蛋白质、上调抗氧化物质、积累相容性溶质和生长抑制。如本文中所用的术语"非胁迫"条件是允许植物最佳生长的环境条件。本领域技术人员清楚对于给定地点的正常土壤条件和气候条件。本发明方法的实施相对于在可比条件下培育的合适对照植物，赋予在非胁迫条件下或在轻^L干旱条件下培育的植物增强的产量相关性状。因而根据本发明，提供用于在非胁迫条件下或在轻微干旱条件下培育的植物中增加产量的方法，所述方法包括增加编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核列在植物中表达。在本发明优选的实施方案中，根据本发明方法的产量和/或生长速率的增加在非胁迫条件下出现。本发明方法有利地适用于任何植物。本文定义了术语"植物"并也描述了用于本发明方法的合适植物的实例。根据本发明优选的实施方案，植物是作物植物。作物植物的实例包括大豆、向日葵、卡诺拉油菜、苜蓿、油菜、棉花、番茄、马铃薯和烟草。还优选地，植物是单子叶植物。单子叶植物的实例包括甘蔗。更优选地，植物是谷物。谷物的实例包括稻、玉米、小麦、大麦、粟、黑麦、高粱和燕麦。本发明还包括本文所述的编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列的用途，和这些具有无功能C端结构域的CLV1多肽用于增强植物中产量相关性状的用途。编码本文所述的具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列或具有无功能C端结构域的CLV1多肽本身可以用于育种程序中，其中鉴定到可以遗传地与编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的基因连接的DNA标记。所述基因/或核酸序列、或具有无功能C端结构域的CLV1多肽本身可以用来定义分子标记。这种DNA或蛋白质标记随后可以在育种程序中用来选择具有如上文本发明方法中定义的增强的产量相关性状的植物。编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的基因或核酸序列的等位变体也可以用于标记辅助的育种程序中。这种育种程序有时需要通过使用例如EMS诱变法对植物进行诱变处理而引入等位基因变异；备选地，该程序可以从非人为引起的所谓"自然，，起源的一组等位变体开始。随后进行等位变体的鉴定，例如通过PCR法。此后是用于选择所讨论及导致增强产量相关性状的序列的优异等位变体的步骤。一般通过监测含有所讨论序列的不同等位变体的植物的生长性能而实施选择。可以在温室中或田间监测生长性能。其他任选步骤包括将鉴定了优异等位变体的植物与另一种植物杂交。这可以用来例如产生目标表型特征的组合。编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列也可以用作探针以便对基因进行遗传作图或物理作图，所述探针作为所述基因的一部分及状的标记。此类信息可以用于植物育种中，以便开发具有目的表型的林系。编码CLV1多肽的核酸序列的这种用途仅需要具有至少15个核苷酸长度的核酸序列。编码CLV1多肽的核酸序列可以用作限制性片段长度多态性(RFLP)标记。限制性消化的植物基因组DNA的Southern印迹(SambrookJ，FritschEF和ManiatisT(1989)MolecularCloning,ALaboratoryManual)可以用编码CLV1多肽的核酸序列探测。产生的结合图式随后可以使用计算机程序如MapMaker(Lander等(l卵7)Genomics1:174-181)进行遗传分析以构建遗传图。此外，该核酸序列可以用来探测含有经限制性内切核酸酶处理的一组个体的基因组DNA的Southern印迹，其中所述的一组个体代表具有确定的遗传杂交的亲代和后代。DNA多态性的分离被标出并用来计算编码具有无功能C端结构域的CLV1多肽的核酸序列在使用这个群体先前所获得的遗传图中的位置(Botstein等(1980)Am.J.Hum.Genet.32:314-331)。在Bernatzky和Tanksley(1986)PlantMol.Biol.Reporter4:37-41中描述了植物基因衍生的探针的产生和其在遗传作图中的用途。众多出版物描述了使用以上所提及的方法学或其改良方法对特定cDNA克隆的遗传作图。例如，F2互交群、回交群、随机交配群、邻近纯合系和其他个体群体可以用于作图。此类方法学是本领域技术人员众所周知的。所述核酸探针也可以用于物理作图(即序列在物理图上的排列；见Hoheisel等在Non-mammalianGenomicAnalyasis:APracticalGuide,Academicpress1996，第319-346页及其中引用的参考文献)。在另一实施方案中，核酸探针可以在直接荧光原位杂交(FISH)作图法(Trask(1991)TrendsGenet.7:149-154)中使用。尽管当前的FISH作图法支持使用大型克隆(几个kb至几百个kb;见Laan等(199S)GenomeRes.5:13-20),然而灵敏度的改善可以允许使用更短揮:针进行FISH作图。用于遗传作图及物理作图的多种基于核酸扩增的方法可以使用所述核酸序列而实施。实例可见于文中的"定义"部分。实例包括等位基因特异性扩增(Kazazian(1989)J.Lab.Clin.Med11:95-96)、PCR扩增片段的多态性(CAPS;Sheffield等，(1993)Genomics16:325-332)、等位基因特异性连接(Landegren等，(1988)Science241:1077-1080)、核苷酸延伸反应(Sokolov(19卯)NucleicAcidRes.18:3671)、i文射杂交作图(Walter等，(1997)Nat.Genet.7:22-28)和Happy作图(Dear和Cook，(1989)NucleicAcidRes.17:6795-6807)。为实施这些方法，4吏用核^列i殳计和产生用于扩增反应或引物延伸反应的引物对。这类引物的设计是本领域技术人员众所周知的。使用基于PCR的遗传作图的方法，可能需要鉴定跨越相应于本发明核酸序列区域作图的亲本之间DNA序列的差异。然而，这对作图方法通常不是必要的。本发明方法产生如前文所述的具有增强的产量相关性状的植物。这些性状也可以与经济上有利的其他性状组合，如进一步增强产量性状、对其他非生物和生物胁迫的耐受性、调节多种构造性特征和/或生物化学特征和/或生理学特征的性状。附图描述本发明现在将参考下列附图进行描述，其中图1显示才艮据中国北京大学生物信息中心(CBI)中可用的转录因子拟南芥数据库的所有拟南芥TCP多肽的系统树。圏出包含两个拟南芥旁系同源物At3g27010(也称为AtTCP20或PCF1)和At5g41030(也称为TCP6)的目的进化支。图2显示了表A的数个植物I类TCP多肽的多重比对(当来自全长核酸序列)，使用的是基于改进的ClustalW算法(InforMax，Bethesda,MD,http:〃www.informaxinc.com)的VNTIAlignX多重比对程序，采用默认设置，空位开放罚分为10,空位延伸罚分为0.05。用于实施本发明方法的多肽序列中的保守TCP结构域(包含bHLH)以深色框出。碱性残基(在连续序列(consensusline)中为黑体)、螺旋-环-螺旋(HLH)和C-端共有基序PGLEL(G/R/A)LSQX,—5G(V/L)L(其中X是任意^J^酸，(SEQIDNO:65))以浅色框出。HQ富含区(H是组氨酸、Q是谷氨酰胺)同样以浅色框出。图3A)显示编码碱性-螺旋-环-螺旋(bHLH)编码的表A的I类TCP多肽序列的比对。当考虑从N-端到C-端的多肽序列时，碱性残基在螺旋-环-螺旋之前。3B)是代表用于实施本发明方法的多肽序列的一级结构的草图，从N-端到C-端包含碱性-螺旋-环-螺旋(bHLH)的保守的TCP结构域、C-端共有基序和HQ富含区。图4显示用于增加稻中在GOS2启动子控制下的I类TCP多肽编码核酸序列表达的双元载体。图5详述用于实施本发明方法的I类TCP序列的实例。图6显示SEQIDNO:81所示的CAH3多肽的结构域结构。碳酸酐酶结构域(Pfam登录号PF00194)以黑体下划线示出。图7分别显示用图9中所列的序列构建的系统树(A),以及属于ct类CAH3蛋白质序列的多重比对(B)。图8显示用于增加稻中在原叶绿素酸酯还原酶启动子(PcR)控制下的莱茵衣藻CAH3蛋白质编码核酸表达的双元载体。图9详述用于实施本发明方法的CAH3序列的实例。图10(A)显示如SEQIDNO:212所示的LRR-RLK多肽预测的结构域结构；从N-端到C-端(i)SP，信号肽；(ii)21LRR，21个亮氨酸-富含重复；(iii)TM，跨膜结构域；和(iv)激酶结构域。垂直的黑线位于跨膜结构域的末端。根据Bommert等，(2004)Developmentl32:1235-1245。图10(B)显示Bommert等，(:20(M)描述的系统树。用于实施本发明方法的多肽序列将聚蔟于包含CLV1多肽的进化支(称为"亚家族"A)，如图中用括号界定的。CLV1如SEQIDNO:212所示。图ll显示了表C的数个CLV1多肽序列的多重比对(当来自全长核,列)，使用的是基于改进的ClustalW算法(InforMax，Bethesda,MD，http:〃www.informaxinc.com)的VNTIAlignX多重比对程序，采用默认设置，空位开放罚分为IO，空位延伸罚分为0.05。信号肽和跨膜结构域以粗线框出(boxedinbold)。LRR结构域(具有21个LRR并以黑色下划线示出)、激酶结构域(具有11个亚结构域并以双线示出)，和C-端结构域(每个)的起点和终点以括号标出。基序1(SEQIDNO:237)和基序2(SEQIDNO:238)也框出。在基序2中，标出第一个半胱氨酸对和第二个半胱氨酸对(在LRR结构域和跨膜结构域之间)。也标出保守的甘氨酸和激酶结构域的亚结构域IX(SDIX)。激酶结构域的亚结构域IV(SDIV)中的垂直线表示SEQIDNO:210所示的具有无功能C-端结构域的CLVl多肽末端。图12显示用于增加稻中在P-扩展蛋白启动子(用于在幼嫩生长组织中表达)控制下的具有无功能C-端结构域的CLVl多肽的拟南芥编码核酸表达的双元载体。图13详述用于实施本发明方法的CLVl序列的实例。本发明现在将参考仅作为说明的下列实施例加以描述。下列实施例不意图彻底定义或限制本发明范围。实施例PCF1实施例1:鉴定SEQIDNO:1和SEQIDNO:2相关的序列使用数据库序列搜索工具，如基本局部比对工具(BLAST)(Altschul等(1990)J.Mol.Biol.215:403-410;和Altschul等(1997)NucleicAcidsRes.25:3389-3402)在国家生物技术信息中心(NCBI)的Entrez核苷酸数据库中所维护的那些序列内鉴定到与SEQIDNO:1和/或SEQIDNO:2相关的(全长cDNA、EST或基因组)核酸序列。该程序用来通过核酸序列或多肽序列与序列数据库比较并通过计算匹配的统计学显著性而找到序列间具有局部相似性的区域。对SEQIDNO:1所编码的多肽4吏用TBLASTN算法，采用默认设置和过滤以忽略低复杂性序列抵消。分析的结果通过配对性比较显示，并根据几率评分(E-值)排序，其中该评分反映特定比对结果因偶然而发生的概率(E-值越低，命中的显著性越高)。除了E-值外，比较还通过同一性百分数进行记分。同一性百分数指两个所比较核酸(或多肽)序列之间在特定长度范围内的相同核苷酸(或氨基酸)数目。在一些情况下，可以调整默认参数以调节搜索法的严格性。除了可在NCBI上获得的公共可获得的核酸序列外，还按照与上述的方法相同的方法搜索私人核算序列数据库。表A提供与SEQIDNO:1所示的核酸序列和SEQIDNO:2所示的多肽序列相关的核酸和多肽序列的列表。表A:用于本发明方法中的与核酸序列(SEQIDNO:1)相关的核酸序列，及对应的推导多肽。<table>tableseeoriginaldocumentpage118</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage119</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage120</column></row><table>实施例2:相关多肽序列的比对来自VectorNTI(Invitrogen)的AlignX基于普遍使用的渐进比对的聚类算法(Clustalalgorithm)(Thompson等，(1997)NucleicAcidsRes25:4876-4882;Chenna等，(2003)NucleicAcidsRes31:3497-3500)。可使用邻接聚类算法构建系统树。空位开放罚分的缺省值为10，空位延伸罚分的缺省值为O.l,选择的权重矩阵是Blosum62(如果比对多肽)。在一些情况下，手工调整对于更好的优化多肽序列之间的比对，特别是在基序比对的情况下是需要的。图1提供才艮据中国北京大学生物信息中心(CBI)中可用的转录因子拟南芥数据库的TCP系统树。圏出包含两个拟南芥旁系同源物At3g27010(也称为AtTCP20或PCF1)和At5g41030(也称为TCP6)的目的进化支。任何落入这个进化支的多肽(在新的如本文上述的多重比对步骤之后)被认为可用于实施本文所述的本发明的方法。用于实施本发明方法的表A的I类TCP多肽的多重序列比对(当来自全长核酸序列)的结果显示于本申请的图2中。用于实施本发明方法的多肽序列中的保守TCP结构域(包含bHLH碱性-螺旋-环-螺旋)以深色框出。碱性残基(在连续序列中为黑体)、螺旋-环-螺旋(HLH)和C-端共有基序PGLEL(G/R/A)LSQXlsG(V/L)L(其中x是任意^&酸，(seqidNO:65))以浅色框出。HQ富含区(H是组氨酸、Q是谷氨酰胺)同样以浅色才匡出。在这个基序中，可以在任何位点具有一个或多个保守性改变，和/或在任何位点具有一个或三个非保守性改变。实施例3:计算可用于实施本发明方法的多肽序列之间的全局百分比同一性(globalpercentageidentity)使用可在本领域内获得的方法中的一个方法MatGAT(矩阵全局比对工具(MatrixGlobalAlignmentTool))软件(BMCBioinformatics.20034:29.MatGAT:4吏用蛋白质或DNA序列而产生相似性/同一性矩阵的应用，CampanellaJJ,BitinckaL，SmalleyJ;由LedionBitincka托管的软件),性百分比。MatGAT软件无需对数据进行预比对，即可产生DNA或蛋白质序列的相似性/同一性矩阵。该程序利用Myers和Miller全局比对算法(空位开放罚分为12,而空位延伸罚分为2)进行一系列的两两比对，利用例如Blosum62(对于多肽而言)计算相似性和同一性，然后将结果排列成距离矩阵。序列相似性示于对角线下半部，而序列同一性示于对角线上半部。比较所用的参数有记分矩阵首个空位延伸空位Blosum62122多肽序列全长范围(将部分多肽序列排除在外)的全局相似性和同一性的软件分析结果示于表A1。对角线上方给出同一性百分比，而对角线下方给出相似性百分比。可用于实施本发明方法的多肽序列与SEQIDNO:2之间的百分比同一性可以为低至29%的氨基酸同一性。表Al:全长多肽序列范围的全局相似性和同一性的MatGAT结果。<table>tableseeoriginaldocumentpage123</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table>如表A2所示，如果同一性计算在保守的TCP结构域(包含bHLH,共69个毗连的氨基酸，例如对于SEQIDNO:2，保守的TCP结构域如SEQIDNO:66所示)和用于实施本发明方法的多肽之间进行，百分比同一性可能大幅提高。保守的TCP结构域和用于实施本发明方法的多肽序列之间的百分比同一性在65%和100%氨基酸同一性之间。表A2:多肽序列之间的保守性TCP结构域(共69个毗连的氨基酸)范围的全局相似性和同一性的MatGAT结果。<table>tableseeoriginaldocumentpage124</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table>实施例4:鉴定用于实施本发明方法的多肽序列中包含的结构域蛋白质家族、结构域和位点整合资源(IntegratedResourceofProteinFamilies,DomainsandSites(InterPro))数据库是进行基于文本以及序列的搜索常用的标签数据库的整合界面。InterPro数据库将这些数据库结合起来，它们利用不同的方法学和有关充分表征的蛋白质的不同程度的生物信息，以获得蛋白质标签。合作数据库包括SWISS-PROT、PROSITE、TrEMBL、PRINTS、ProDom和Pfam、Smart和TIGRFAMs。Interpro由位于英国的欧洲生物信息学研究所(EuropeanBioinformaticsInstitute)托管。SEQIDNO:2所示多肽序列的InterPro扫描结果示于表A3。表A3:SEQIDNO:2所示多肽序列的InterPro扫描结果<table>tableseeoriginaldocumentpage125</column></row><table><formula>formulaseeoriginaldocumentpage126</formula>TCP结构域包含碱性螺线-环-螺旋(bHLH)。TCP结构域SEQIDNO:2如SEQIDNO:66所示。可使用来自ExPASy服务器的软件程序，特别是ProtParam工具(GasteigerE等人(2003)ExPASy:用于深入认识和分析蛋白质的蛋白组学服务器，NucleicAcidsRes31:3784-3788)计算一级氨基酸组成(以％表示)，以确定多肽区域是否富含特定的氨基酸(例如在酸性框内)。然后可以将目的多肽序列的组成与Swiss-Prot蛋白质序列数据库中的平均氨基酸组成(以％表示)比较。用于实施本发明方法的多肽的多序列比对的目测显示，在多肽的保守C端基序1和C末端之间存在富含组氨酸(His或H)和谷氨酰胺(Gln或Q)的区域，即HQ富含区。该低复杂性的HQ富含区包括至少4个，优选5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或更多个仅H残基、或者仅Q残基、或者H和Q残基的组合(以任意比例)。该HQ区在图2中框出。实施例5:预测用于实施本发明方法的多肽序列的二级结构如Cubas等(1999)PlantJ18(2):215-222所述，在两类TCP转录因子中均发现预测的非规范性碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)。该预测的二级结构的位置示于图3A。当考虑到多肽序列从N-端到C-端，碱性残基在螺旋-玉不-螺^走的前面。图3B是代表用于实施本发明方法的多肽序列的一级结构的草图，从N-端到C-端包含碱性-螺旋-环-螺旋(bHLH)的保守的TCP结构域、C-端共有基序1和HQ富含区。实施例6:用于实施本发明方法的多肽序列相关的检测SEQIDNO:2所示的多肽序列是具有DNA结合活性的转录因子。这126两类共有DNA结合序列鉴定为1类是GGNCCCAC，而II类是GTGGNCCC。转录因子结合特定DNA序列的能力可以通过电泳迁移率变动分析(EMSA;也称为凝胶阻滞分析)测定，所述电泳迁移率变动分析是本领域众所周知的，并特定对TCP有才艮导，Kosugi&Ohashi(2002)PlantJ30:337-348,和Li等人，(2005)PNAS102(36):12978-83。还被Kosugi&Ohashi报导为检测二聚化模式和特异性的方法，其例如使用酵母双杂交系统，而Li等描述了表征TCP结合的启动子的染色质免疫沉淀试验。这两篇论文中描述的试验是本领域众所周知的，均可用于表征TCPI类转录因子。实施例7:克隆SEQIDNO:1所示的核酸序列除非另外声明，重组DNA技术根据(Sambrook(2001)MolecularCloning:alaboratorymanual,第三版ColdSpringHarborLaboratoryPress,CSH，NewYork)中或Ausubel等(1994)，CurrentProtocolsinMolecularBiology,CurrentProtocols第1和2巻中描述的标准方法进行。用于才直物分子工作的标准材料和方法在由BIOSScientificPublicationsLtd(UK)和BlackwellScientificPublications(UK)出版的R.D.D.Croy的PlantMolecularBiologyLabfax(1993)中描述。本发明方法中所用的核酸序列通过PCR，使用拟南芥幼苗cDNA文库(在pCMVSport6.0;Invitrogen，Paisley，英国)作为模板而扩增。在标准条件下使用HifiT叫DNA聚合酶，利用在50piPCR混合物中的200ng模板进行PCR。所用引物是画prm01501SEQIDNO:68;有义，AttBl位点是小写字体5，-ggggacaagtttgtacaaaaaagcaggcttcacaATGGATCCCAAGAACCTAA-3，；和-prm01502(SEQIDNO:69;反义，互补AttB2位点是小写字体5，-ggggaccactttgtacaagaaagctgggtTTTTAACGACCTGAGCCTT-3，，其包括用于Gateway重组的AttB位点。扩增的PCR片段也使用标准方法予以纯化。,实施Gateway方法的第一步骤，即BP反应，在此期间PCR片段与pDONR201质粒发生体内重组以产生根据Gateway命名的"进入克隆"。质粒pDONR201作为Gateway⑧才支术的构成部分从Invitrogeii购买。实施例8:使用如SEQIDNO:l所示的核酸序列构建表达载体^克隆随后在LR反应中与用于稻转化的目的载体一起使用。这种载体在T-DNA边界内含有作为功能性元件的植物选择性标记；可筛选标记表达盒和意图与已经克隆于所述进入克隆内的目的核酸序列发生LR体内重组的Gateway盒。用于组成型表达的稻GOS2启动子(SEQIDNO:67)位于这种Gateway盒的上游。在LR重组步骤后，产生的表达载体(图4)根据本领域众所周知的方法转化至农杆菌菌林LBA4044中。实施例9:植物转化稻转化含有表达载体的农杆菌用来转化稻植物。将稻的日本栽培品种Nipponbare的成熟干燥种子脱壳。通过在70%乙醇中温育一分钟，随后在2。/。HgC12中30分钟，随后用无菌蒸馏水洗涤6次15分钟而实施消毒。消毒的种子随后在含有2，4-D的培养基(愈伤组织诱导培养基)上萌发。在黑暗中温育4周后，将盾片衍生的胚发生性愈伤组织切下并在同一种培养基上增殖。2周后，愈伤组织通过在同一种培养基上传代培养另外2周而繁殖或增殖。胚发生性愈伤组织片在新鲜培养基上传代培养3日，之后共培育(以增强细胞分裂活性)。含有表达载体的农杆菌菌林LBA4404用于共培育。农杆菌接种在含有适宜抗生素的AB培养基上并在28。C培养3日。随后将细菌收集并重悬在液体共培育培养基中至密度(OD600)约1。将混悬液随后转移至培^:并将愈伤组织在该混悬液内浸泡15分钟。愈伤组织组织随后在滤纸上吸干并转移至固化的共培育培养基上并且在黑暗中于25。C温育3日。共培育的愈伤组织在黑暗中于28。C在选择剂存在下于含有2，4-D的培养基上培育4周。在此时段期间，形成迅速生长的抗性愈伤组织岛。在这种材料转移至再生培养基并在光线下温育后，胚发生潜力释放并且苗在随后4-5周发育。将苗从愈伤组织中切下并且在含有植物生长素的培养基上温育2-3周，其中将苗从所述的培养基上转移至土壤。硬化的苗在高湿度和短日照下于温室中培育。一个构建体产生大约35个独立TO稻转化体。将原代转化体从组织培养箱转移至温室。在定量PCR分析以验证T-DNA插入物的拷贝数后，仅保留表现选择剂耐受性的单拷贝转基因植物用于收获Tl种子。种子随后在移植后3-5月收获。本方法以超过50。/。的比率产生单一基因座转化体(Aldemita和Hodges1996，Chan等1993，Hiei等1994)。实施例10:表型评价方法10.1评价准备产生大约35个独立的TO稻转化体。原代转化体从组织培养箱转移至温室用于生长和收获T1种子。留下6个事件，其中所述事件的T1后代对转基因的存在/不存在以3:l比例分离。对于这些事件中的每一事件，通过监测目视标记表达而选择含有转基因的大约10株T1幼苗(杂合子和纯合子)和缺少转基因的大约10林T1幼苗(失效合子)。转基因植物和对应的失效合子在随机位置上并排培育。温室条件是短日照(12小时光照)，在光线下28。C和在黑暗中22。C以及相对湿度70%。使植物从播种期直至成熟期通过数字成像箱数次。在每一时间点上，对每林植物从至少6个不同角度拍摄数字图像(2048x1536像素，1600万颜色)。10.2统计分析F-检验使用双因子ANOVA(方差分析)作为统计模型用于植物表型特征的整体评价。对用本发明基因转化的全部事件的全部植物的所有测量参数实施F检验。实施F检验以检查基因对于全部转化事件的作用并验证基因的整体作用(又称作全局基因作用)。用于真实全局基因作用的显著性的阈值对于F检验设置在5。/。概率水平上。显著性F检验值标示基因作用，意味着不仅仅基因的存在或位置才造成表型上的差异。10.3参数测量生物量相关参数的测量从播种期到成熟期，植物多次通过数码成像箱。在每个时间点上对每林植物从至少6个不同的角度获取数码图像(2048xl536像素，1千6百万色)。植物地上面积(或者说叶生物量)通过计数区别于背景的地上植物部分数码图像的像素总数而确定。此值取同一时间点从不同的角度拍摄的照片的平均值，并通过校准转换为以平方毫米表示的物理表面值(physicalsurfacevalue)。实验表明通过这种方法测量的地上植物面积与植物地上部分的生物量相关。地上面积在植物达到其最大叶生物量的时间点取值。早期活力表现为萌发后三周的植物(幼苗)地上面积。根生物量增加表现为总根生物量增加(测量为植物生命期间观察到的根最大生物量)；或者表现为根/茎指数的增加(测量为根和茎的活跃生长期中根生物量和茎生物量之间的比例)。种子相关参数的测量收获成熟的主圆锥花序、计数、袋装、用条形码标记，然后在37。C下在烘箱中干燥3天。然后对圆锥花序脱粒，收集所有种子和进行计数。使用鼓风机将饱满谷壳与空谷壳分离。弃去空谷壳，然后对剩余级分再次计数。在分析天平上称取饱满谷壳的重量。通过计数在分离步骤后留下的饱满谷壳的数目来确定饱满种子的数目。通过称^UMi物收获的所有饱满谷壳的重量来测量总的种子产量。通过计数从植物收获的谷壳的数目来测量每林植物的总的种子数目。根据计数的饱满种子的数目和其总重量推算千粒重(TKW)。收获指数(HI)在本发明定义为种子总产量和地上面积(mm2)之间的比率乘以因子106。每圓锥花序的花的总数在本发明定义为种子总数与成熟的主圆锥花序的数目之间的比率。种子饱满率在本发明定义为饱满种子的数目占种子(或小花)总数的百分比。实施例11:转基因植物的表型评价结果表A4中给出了表达用于本发明方法的核酸序列的转基因稻植物的评价结果。还显示转基因植物和对应的失效合子之间的差异百分数，来自F检验的P值低于0.05。与对照植物(在这种情况下，失效合子)相比，根/茎指数(root/shootindex)、种子产量、收获指数和千粒重(TKW)在表达用于实施本发明方法的核酸序列的转基因植物中显著增加。表A4:表达用于实施本发明方法的核酸序列的转基因稻植物的评价结果。<table>tableseeoriginaldocumentpage131</column></row><table>实施例12:其他作物转化玉米转化玉米的转化根据对Ishida等(1996.NatureBiotech14745-50)描述方法的改良方法进行。在玉米中的转化是基因型依赖的并且仅特定的基因型可操作用于转化和再生。近交系A188(明尼苏达大学)或以A188作为亲本的杂种是用于转化的供体材料的良好来源，但是其他基因型也可以成功地使用。玉米穗从玉米植物中在授粉后大约11日(DAP)收获，此时不成熟胚的长度是大约1至1.2mm。不成熟胚与含有表达载体的根癌农杆菌共培育并且转基因植物通过器官发生而恢复。切下的胚在愈伤组织诱导培养基上、随后在玉米再生培养基上培育，其中所述的再生培养基含有选择剂(例如咪唑啉酮，但可以使用多种选择标记)。培养板在25。C于光照下培养2-3周，或直至苗发育。将绿色苗从每个胚转移至玉米生才艮培养基并在25。C培养2-3周，直至根发育。将生根的苗移植至温室的土i裏中。M现选择剂耐受的并含有单拷贝的T-DNA插入物的植物中产生Tl种子。小麦转化小麦的转化用Ishida等Ishida等(1996)NatureBiotech14(6):745-50描述的方法进行。通常在转化中使用(可从墨西哥CIMMYT获得的)栽培品种Bobwhite。不成熟胚与含有表达载体的根癌农杆菌共培育并且转基因植物通过器官发生而恢复。在与农杆菌温育后，胚在愈伤组织诱导培养基上、随后在再生培养基上体外培育，其中所述的再生培养基含有选择剂(例如咪唑淋酮，但可以使用多种选择标记)。培养平板在25。C于光照下培养2-3周，或直至苗发育。将绿色苗从每个胚转移至生根培养基并在25。C培养2-3周，直至根发育。将生根的苗移植至温室的土壤中。从表现选择剂耐受的并含有单拷贝的T-DNA插入物的植物中产生Tl种子。大豆转化才艮据对TexasA&M美国专利5,164,310中所述方法的改良方法转化大豆。几个商业大豆品种对于通过这种方法的转化是可行的。栽培品种Jack(从Illinois种子基金会可获得)通常用于转化。对大豆种子消毒以便体外播种。从7日龄幼苗中切下下胚轴、胚根和一片子叶。进一步培育上胚轴和余下的子叶以发育腋生节。将这些腋生节切下并与含有表达载体的根癌农杆菌温育。在共培育处理之后，将外植体洗涤并转移至选择培养基。将再生的苗切下并置于苗伸长培养基上。将长度不超过lcm的苗置于生根培养基上直至根发育。将生根的苗移植至温室的土壤中。从表现选择剂耐受的并含有单拷贝T-DNA插入物的植物中产生T1种子。油菜/卡诺拉油菜转化使用5-6日龄幼苗的子叶柄和下胚轴作为用于组织培养的外植体并且根据Babic等(1998,PlantCellRep17:183-188)转化。商业栽培品种Westar(AgricultureCanada)是用于转化的标准品种，但是也可以使用其他品种。对卡诺拉油菜种子作表面消毒以便体外播种。从体外幼苗中切下具有附着子叶的子叶柄外植体，并以(含有表达载体的)农杆菌通过叶柄外植体的切口端浸入细菌混悬液而接种。外植体随后在含有3mg/1BAP、3%蔗糖、0.7。/。植物琼脂(Phytagar)的MSBAP-3培养基上在23°C，16小时光照下培养2天。在与农杆菌共培育2日后，将叶柄外植体转移至含有的3mg/lBAP、头孢瘗將、羧节青霉素或特美汀(300mg/l)的MSBAP-3培养基上持续7日，并且随后在含头孢噻肟、羧节青霉素或特美汀和选择剂的MSBAP-3培养基上培养，直至苗再生。当苗具有5-10mm长度时，将苗切下并转移至苗伸长培养基(含0.5mg/1BAP的MSBAP-0.5)。将长度大约2cm的苗转移至用于根诱导的生根培养基(MSO)。将生根的苗移植至温室的土壤中。^现选择剂耐受性并含有单拷贝T-DNA插入物的植物中产生T1种子。苜蓿转化苜蓿的再生性克隆使用(McKersie等，1999PlantPhysiol119:839—847)的方法加以转化。苜蓿的再生和转化是基因型依赖性的并且因而需要再生植物。已经描述了获得再生性植物的方法。例如，这些再生性植物可以选自栽培品种Rangelander(AgricultureCanada)或如BrownDCW与AAtanassov(1985.PlantCellTissueCulture4:111-112)描述的任何其他商业苜蓿品种。备选地，RA3品种(威斯康星大学)已经被选择用于组织培养中(Walker等，1978AmJBot65:654-659)。将叶柄外植体与含有表达载体的根癌农杆菌C58C1pMP卯(McKersie等，1999PlantPhysiol119:839—847)或LBA4404的过夜培养物共培育。外植体在黑暗中在含有288mg/LPro、53mg/L硫代脯氨酸、4.35g/LK2S04和100jim乙酰丁香酮的SH诱导培养基上共培育3天.外植体在半浓缩Murashige-Skoog培养基(Murashige和Skoog，1962)中洗涤并平板接种在不含乙酰丁香酮而含有合适选择剂和合适抗生素以抑止农杆菌生长的相同SH诱导培养基上。在数周后，将体细胞胚转移至不含生长调节剂、不含抗生素而含有50g/L蔗糖的BOi2Y发育培养基中。体细胞胚随后在半浓缩Murashige-Skoog培养基上萌发。将生根的幼苗移植至花钵内并且在温室中培育。从表现选择剂耐受性并含有单拷贝T-DNA插入物的植物中产生Tl种子。棉花转化根据US5，159，135中描述的方法，j吏用根瘤农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)转化棉花。棉籽在次氯酸钠溶液中表面消毒20分钟，并用含500照/ml头孢氨塞的蒸馏水洗涤。然后将棉籽转移至含有50照/ml苯菌灵(benomyl)的SH-培养基中萌发。取出4-6天龄幼苗的下胚轴，切成0.5厘米的小块，并置于0.8。/。琼脂上。用农杆菌悬液(大约108个细胞每毫升，由转化有目的基因和合适的选择标记的过夜培养物稀释得到)接种下胚轴外植体。室温和光照下3天后将组织转移至固体培养基(1.6g/1脱乙酰吉兰糖胶)，所述培养基具有具有Murashige和Skoog盐以及维生素B5(Gamborg等，Exp.CellRes.50:151-158(1968))，0.1mg/12，4-D、0.1mg/16-糠氨基嘌呤(6-furfurylaminopurine)，750jug/mlMgCl2，以及为了杀死残留的细菌的50-100pg/ml头孢氨瘗和400-500pg/ml羟千西林。2-3个月(每4-6周继代培养一次)后分离各个细胞系，并为了组织扩增而进一步培养在选择性培养基上(30°C，16小时的光周期)。转化的組织随后进一步培养在非选择性培养基上2-3个月，以产生体细胞胚。至少4毫米长的外观健康的胚转移至具有细蛭石中的SH培养基的试管中，所述培养基补充有0.1mg/1吲咮乙酸、6糠氨基嘌呤和赤霉烯酸。胚在30。C，16小时的光周期下培养，且2-3叶期的小植林转移到具有蛭石和营养物的花钵中。植物硬化并随后移到温室中进一步培育。实施例13:非生物胁迫筛选的实例干旱筛选在正常条件下在花盆土中培养来自所选择数目的事件的植物，直到进入抽穗期。然后将其转移到"干燥"区域，停止灌溉。向随机选择的花盆中插入湿度探测仪，以监测土壤水含量(swc)。当swc低于一定的阈值时，自动向植物持续补水，直到再次达到正常水平。然后将植物再次重新转移到正常条件下。其余的栽培(植物成熟、种子收获)与不在非生物胁迫条件下培养的植物相同。详细记录正常条件下培养的生长和产量参数。盐胁迫筛选在由椰子纤维和argex(3比1的比例)制成的基质上培养植物。在将幼苗移植至温室后的前两周使用正常的营养液。前两周过后，向营养液中添加25mM的盐(NaCl)，直到收获植物为止。详细记录正常条件下培养的生长和产量参数。减少的养分(氮)可用性筛选在除营养液以外正常的条件下在花盆土中培养来自6个事件的植物(T2种子)。从植物移植到成熟一直用特定的营养液对花盆浇水，所述营养液的氮(N)含量降低，通常低7到8倍。其余的栽培(植物成熟、种子收获)与不在非生物胁迫条件下培养的植物相同。详细记录正常条件下培养的生长和产量参数。实施例CAH3实施例14:鉴定SEQIDNO:80和SEQIDNO:81相关的序列使用数据库序列搜索工具，如基本局部比对工具(BLAST)(Altschul等(1990)J.Mol.Biol.215:403-410;和Altschul等(1997)NucleicAcidsRes.25:3389-3402)在国家生物技术信息中心(NCBI)的Entrez核香酸数据库中所维护的那些序列内鉴定到与SEQIDNO:80相关的(全长cDNA、EST或基因组)序列和/或SEQIDNO:81相关的蛋白质序列。该程序用来通过核酸序列或多肽序列与序列数据库比较并通过计算匹配的统计学显著性而找到序列间具有局部相似性的区域。对SEQIDNO:80所编码的多肽^f吏用TBLASTN算法，采用默认设置和过滤以忽略低复杂性序列抵消。分析的结果通过配对性比较显示，并根据几率评分(E-值)排序，其中该评分反映特定比对结果因偶然而发生的概率(E-值越低，命中的显著性越高)。除了E-值外，比较还通过同一性百分数进行记分。同一性百分数指两个所比较核酸(或多肽)序列之间在特定长度范围内的相同核苷酸(或M酸)数目。在一些情况下，可以调整默认参数以调节搜索法的严格性。表B提供与SEQIDNO:80所示的核酸序列和SEQIDNO:81所示的蛋白质序列相关的核酸和蛋白质序列的列表。表B:用于本发明方法中的与核酸序列(SEQIDNO:80)相关的核酸序列，及对应的推导多肽。名称<table>tableseeoriginaldocumentpage136</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage137</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage138</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage139</column></row><table>实施例15:相关多肽序列的比对来自VectorNTI(Invitrogen)的AlignX基于普遍使用的渐进比对的聚类算法(Clustalalgorithm)(Thompson等人(1997)NucleicAcidsRes25:4876-4882;Chenna等人(2003).NucleicAcidsRes31:3497-3500)。可使用邻接聚类算法构建系统树。空位开放罚分的缺省值为10，空位延伸罚分的缺省值为0.1，选择的权重矩阵是Blosum62(如果比对多肽)。在鉴定可用于实施本发明方法的多肽中，使用oc型CAH3多肽获得的多序列比对结果示于图7中。4吏用图9列出的序列可以建立P型CAH3多肽和入型CAH3多肽的类似的多重比对。所有CAH3序列的多重比对用作计算系统树的输入数据。实施例16:计算可用于实施本发明方法的多肽序列之间的全局百分比同一性使用可在本领域内获得的方法中的一个方法MatGAT(矩阵全局比对工具(MatrixGlobalAlignmentTool))软件(BMCBioinformatics.20034:29.MatGAT:4吏用蛋白质或DNA序列而产生相似性/同一性矩阵的应用，CampanellaJJ，BitinckaL,SmalleyJ;由LedionBitincka托管的软件)，性百分比。MatGAT软件无需对数据进行预比对，即可产生DNA或蛋白质序列的相似性/同一性矩阵。该程序利用Myers和Miller全局比对算法(空位开放罚分为12，而空位延伸罚分为2)进行一系列的两两比对，利用例如Blosum62(对于多肽而言)计算相似性和同一性，然后将结果排列成距离矩阵。序列相似性示于对角线下半部，而序列同一性示于对角线上半部。比较所用的参数有记分矩阵Blos腿62首个空位12延伸空位2cc型CAH3多肽序列全长范围(将部分多肽序列排除在外)的全局相似性和同一性的软件分析结果示于表B1。对角线上方给出同一性百分比，而对角线下方给出相似性百分比。可用于实施本发明方法的多肽序列与SEQIDNO:81之间的百分比同一性可以为^f氐至16%的氨基酸同一性。<table>tableseeoriginaldocumentpage141</column></row><table>实施例17:鉴定包含在可用于实施本发明方法的多肽序列中的结构域蛋白质家族、结构域和位点集成资源(IntegratedResouceofProteinFamilies,DomainandSite,InterPro)数据库是基于文本和序列的搜索的通常所用标签数据库的集成界面。InterPro数据库组合了这些数据库，所述的数据库使用不同方法学和不同程度的有关已充分表征蛋白质的生物学信息以得到蛋白质标签。合作数据库包括SWISS-PROT、PROSITE、TrEMBL、PRINTS、ProDom和Pfam、Smart和TIGRFAMs。Interpro驻留于英国的欧洲生物4言息研究所。InterPro扫描如SEQIDNO:81所代表的多肽序列的结果在表B2中。表B2:如SEQIDNO:81所代表的多肽序列的InterPro扫描结果<table>tableseeoriginaldocumentpage142</column></row><table>实施例18:用于实施本发明方法的多肽序列的拓朴学预测(亚细胞定位，跨膜...)TargetP1.1预测真核蛋白质的亚细胞定位。位置分配是基于任何M端前序列的预测的存在叶绿体转运肽(cTP)、线粒体耙向肽(mTP)或分泌途径信号肽(SP)。作为最终预测基础的记分并不实际是概率，并且它们未必合为一体。然而，具有最高记分的位置根据TargetP是最有可能的，并且记分之间的关系(可靠性类别)可以是预测的肯定性的一个指标。可靠性类别(RC)是1-5，其中1表示最强预测。TargetP在丹麦技术大学的服务器上维护。对于预测含有N-端前序列的序列，也可以预测潜在的切割位点。选择了众多参数，如生物组(非植物或植物)、临界设置(无、临界的预定义设置或临界的用户指定设置)和对切割位点预测的计算(是或否)。如SEQIDNO:81所代表的多肽序列的TargetP1.1分析的结果在表B3中显示。已经选择"植物"生物组，未定义临界值并且需要转运肽的预测长度。SEQIDNO:81所代表的多肽序列的亚细胞定位预测是线粒体，但是其在莱茵衣藻中显示为叶绿体的酶。推定的转运肽(transitpeptide)的预测长度是始于N-端的13个氨基酸(没有亚细胞定位本身的预测可靠，长度可能有几个M酸的不同)。表B3:如SEQIDNO:81所代表的多肽序列的TargetP1.1分析<table>tableseeoriginaldocumentpage143</column></row><table>众多其他算法可以用来执行此类分析，包括在丹麦技术大学服务器上驻留的ChloroP1.1;在澳大利亚布里斯班昆士兰大学分子生物科学研究所的服务器上驻留的蛋白质Prowler亚细胞定位预测程序第1.2版；在加拿大阿尔伯塔省埃德蒙顿市阿尔伯塔大学的服务器上驻留的PENCEProtemeAnalystPA-GOSUB2.5;在丹麦技术大学服务器上驻留的TMHMM。实施例19:用于实施本发明方法的多肽序列相关的分析法SEQIDNO:81所示的多肽序列是具有EnzymeCommission(EC;通过它们催化的反应分类酶)对碳酸酐酶的编号EC4.2.2.1的酶。功能性分析可以是基于滴定分析而对CA活性的分析，如Karlsson等(PlantPhysiol.109:533-539，1995)所述。简言之，如下通过电化学测定CA活性，测定4ml的20mM凡罗纳(veronal)緩冲液，pH8.3的样品中从加入2ml冰冷的C(V饱和的蒸馏水开始，pH从8.0降到7.2的时间。一个WAU(Wilbur-Anderson单位；Wilbur和Anderson,JBiolChem176:147-154，1948;Yang等，PlantCellPhysiol26:25-34，1985)的活性定义为WAU="H)/《，其中^是緩冲液控制的pH变化时间，而t是当加入含有CA的样品时获得的时间。实施例20:克隆SEQIDNO:80所代表的核酸序列除非另外声明，重组DNA技术根据(Sambrook(2001)MolecularCloning:alaboratorymanual,第三版ColdSpringHarborLaboratoryPress,CSH,NewYork)中或Ausubel等(1994)，CurrentProtocolsinMolecularBiology,CurrentProtocols第1和2巻中描述的标准方法进行。用于植物分子工作的标准材料和方法在由BIOSScientificPublicationsLtd(UK)和BlackwellScientificPublkations(UK)出版的R.D.D.Croy的PlantMolecularBiologyLabfax(1993)中描述。使用莱茵衣藻cDNA文库(Invitrogen，Paisley,UK)作为模板通过PCR扩增莱茵衣藻CAH3基因。将包含用于Gateway重组的AttB位点的引物prm8571(SEQIDNO:207;有义，起始密码子为粗体字，AttBl位点为斜cagccgttc-3，)和prm8572(SEQIDNO:208;反向，互补，AttB2位点cactc-3，)用于PCR扩增。在标准条件中使用HifiTaqDNA聚合酶进行PCR。也使用标准方法扩增和纯化PCR片段(包括CAH3CDS)。然后进行Gateway方法的第一步骤BP反应，在该步骤期间，PCR片段与pDONR201质粒进行体内重组，从而产生，按照Gateway命名法，"进入克隆"，pCAH3。质粒pDONR201作为Gateway⑧技术的一部分购自Invitrogen。实施例21:使用如SEQIDNO:80所示的核酸序列构建表达栽体^克隆pCAH3随后在LR反应中与pPCR(—种用于稻转化的目的载体)一起使用。这种载体在T-DNA边界内含有作为功能性元件的植物选择标记；筛选标记表达盒和意图与已经克隆于所述进入克隆内的目的核酸序列发生LR体内重组的Gateway盒。用于组成型表达的稻原叶绿素酸酯还原酶启动子(PcR,SEQIDNO:206)位于这种Gateway盒的上游。在LR重组步骤后，产生的表达载体pPCR::CAH3(图8)根据本领域众所周知的方法转化至农杆菌菌林LBA4044中。实施例22植物转化稻转化的细节见上面的实施例9，而玉米、小麦、大豆、卡诺拉油菜/油菜、苜蓿和棉花转化的细节见上面的实施例12。实施例23:表型评价方法细节见上面的实施例10。实施例24:转基因植物的表型评价结果表B4中给出了表达用于本发明方法的核酸序列的转基因稻植物的评价结果。还显示转基因植物和对应的失效合子之间的差异百分数，来自F检验的P值低于0.05。与对照植物(在这种情况下，失效合子)相比，种子总产量、饱满种子数、种子饱满率和收获指数在表达用于本发明方法的核酸序列的转基因植物中显著增加。表B4:表达用于实施本发明方法的核酸序列的转基因稻植物的评价145<table>tableseeoriginaldocumentpage146</column></row><table>终止密码子TGA),引入提前终止密码子。表C:用于本发明方法中的与核酸序列(SEQIDNO:211)相关的核酸序列，及对应的推导多肽。<table>tableseeoriginaldocumentpage147</column></row><table>实施例26:相关多肽序列的比对来自VectorNTI(Invitrogen)的AlignX基于普遍使用的渐进比对的聚类算法(Clustalalgorithm)(Thompson等，(1997)NucleicAcidsRes25:4876-4882;Chenna等，(2003)NucleicAcidsRes31:3497-3500)。可j吏用邻接聚类算法构建系统树。空位开放罚分的缺省值为10,空位延伸罚分的缺省值为0.1，选择的权重矩阵是Blosum62(如果比对多肽)。使用鉴别用于实施本发明方法的多R4目关的多肽的多重序列比对的结果示于图11。从N-端到C-端鉴定到下列特征-预测的信号肽(如实施例30所鉴定的)；画SEQIDNO:237所示的基序1;画SEQIDNO:238所示的基序2，其包含保守的半胱氨酸对；-富亮氨酸重复(LRR)结构域，其包含21个LRR(参见实施例28);-第二个保守的半胱氨酸对；-预测的跨膜结构域(如实施例30所鉴定的)；-激酶结构域，其包含11个保守的亚结构域(参见实施例28);在该激酶结构域中，识别了预测的激酶活性位点。实施例27:计算可用于实施本发明方法的多肽序列之间的全局百分比同一性使用可在本领域内获得的方法中的一个方法MatGAT(矩阵全局比对工具(MatrixGlobalAlignmentTool))软件(BMCBioinformatics.20034:29.MatGAT:4吏用蛋白质或DNA序列而产生相似性/同一性矩阵的应用，CampanellaJJ,BitinckaL，SmalleyJ;由LedionBitincka托管的软件)，性百分比。MatGAT软件无需对数据进行预比对，即可产生DNA或蛋白质序列的相似性/同一性矩阵。该程序利用Myers和Miller全局比对算法(空位开放罚分为12，而空位延伸罚分为2)进行一系列的两两比对，利用例如Blosum62(对于多肽而言)计算相似性和同一性，然后将结果排列成距离矩阵。序列相似性示于对角线下半部，而序列同一性示于对角线上半部。比较所用的参数有记分矩阵Blosum62首个空位12延伸空位2多肽序列全长范围(将部分多肽序列排除在外)的全局相似性和同一性的软件分析结果示于表C1。对角线上方给出同一性百分比，而对角线下方给出相似性百分比。可用于实施本发明方法的多肽序列与SEQIDNO:212之间的百分比同一性可以为低至51%的^酸同一性。表C1:全长多肽序列范围的全局相似性和同一性的MatGAT结果。<table>tableseeoriginaldocumentpage149</column></row><table>实施例28:鉴定用于实施本发明方法的多肽序列中包含的结构域蛋白质家族、结构域和位点整合资源(IntegratedResourceofProteinFamilies,DomainsandSites(InterPro))数据库是进行基于文本以;Sjf列的搜索常用的标签数据库的整合界面。InterPro数据库将这些数据库结合起来，它们利用不同的方法学和有关充分表征的蛋白质的不同程度的生物信息，以获得蛋白质标签。合作数据库包括SWISS-PROT、PROSITE(PS登录号)、TrEMBL、PRINTS(PR登录号)、ProDom(PD登录号)和Pfam(PF登录号)、Smart(SM登录号)和TIGRFAMs。Interpro由位于英国的欧洲生物信息学研究所(EuropeanBioinformaticsInstitute)托管。SEQIDNO:212所示多肽序列的InterPro扫描结果示于表C2和图11。富亮氨酸重复结构域包含总共21个串连的拷贝，每个拷贝为23-25个氨基酸残基长度的富亮氨酸重复(LRR)，并侧接数对与其他蛋白质(例如与Clavata2)形成二硫键必需的间隔(spaced)半胱氨酸残基。基于Shiu和Bleecker(2001)ProcNatlAcadSc98(19):10763-10768)的分类，SEQIDNO:212所示的多肽序列属于LRRXI亚家族。LRR结构域之后是预测的跨膜结构域(对应SEQIDNO:212所示的多肽序列的氨基酸残基641-659，(见实施例30))。在跨膜结构域之后是包含11个特征性亚结构域的胞内激酶结构域，所述特征性亚结构域具有和其他真核生物的蛋白激酶相比完全无变化的保守性氨基酸残基(Hank和Quinn1(1991)MethodsEnzymol200:38-62)。激酶活性位点也在InterPro扫描中预测。表C2:SEQIDNO:212所示多肽序列的InterPro扫描结果<table>tableseeoriginaldocumentpage150</column></row><table>实施例29:用于实施本发明方法的多肽序列中包含的预测磷酸化位点SEQIDNO:212所示的多肽的磷酸化/去磷酸化状态直接与该多肽的活化/失活相关(Trotochaud等，(1999)PlantCell11:393-405)。一个蛋白磷酸酶，KAPP以磷酸化依赖的方式与SEQIDNO:212的激酶结构域结合，由此使信号传导失活。通过将激酶结构域的可磷酸化M酸取代为不可磷酸化的氨基酸，SEQIDNO:212所示的多肽序列的活性被破坏。使用诸如驻留在丹麦技术大学服务器上的NetPhos2.0的算法，可能鉴定丝氨酸(S)、苏氨酸(T)和酪氨酸(Y)磷酸化预测位点。NetPhos2.0服务器产生对真核生物蛋白质上的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化的神经网络预测。SEQIDNO:212所示的多肽序列的NetPhos2.0分析结果如下所示。SEQIDNO:212的激酶结构域由下划线示出，而包括在该结构域中的预测的磷酸化S、T和Y位点已框出。然后这些(位点)通过本领域众所周知的技术，例如位点定向诱变可突变为不可磷酸化的氩基酸。多肽序列SEQIDNO:212〔Yr—,HHL)cf预测的对应磷酸化位点■Y.S............SY-........;3..........S…T.,S..S...................r.........................…Y..................Y…T…，.............................T…T.80ISO240320權權6407208008809601〖:M〖—■80160240320400480560640720哪9601040SerThrTyr预测的磷酸化位点2277激酶结构域中预测的磷酸化位点352实施例30:用于实施本发明方法的多肽序列的拓朴学预测(亚细胞定位，跨膜…)TargetP1.1预测真核蛋白质的亚细胞定位。位置分配是基于任何M端前序列的预测的存在叶绿体转运肽(cTP)、线粒体靶向肽(mTP)或分泌途径信号肽(SP)。作为最终预测基础的记分并不实际是概率，并且它们未必合为一体。然而，具有最高记分的位置根据TargetP是最有可能的，并且记分之间的关系(可靠性类别)可以是预测的肯定性的一个指标。可靠性类别(RC)是1-5,其中1表示最强预测。TargetP在丹麦技术大学的服务器上维护。对于预测含有N-端前序列的序列，也可以预测潜在的切割位点。选择了众多参数，如生物组(非植物或植物)、临界设置(无、临界的预定义设置或临界的用户指定设置)和对切割位点预测的计算(是或否)。如SEQIDNO:212所代表的多肽序列的TargetP1.1分析的结果在表C3中显示。已经选择"植物"生物组，未定义临界值并且需要转运肽的预测长度。SEQIDNO:210所代表的多肽序列的亚细胞定位是分泌途径(内质网或ER),信号肽的预测长度是始于N-端的24个氨基酸(没有亚细胞定位本身的预测可靠，长度可能有几个氨基酸的不同)。表C3:如SEQIDNO:210所代表的多肽序列的TargetP1.1分析长度(AA)980叶绿体转运肽0扁线粒体转运肽0.113分泌途径信号肽0.973其他亚细胞乾向0細预测的位置分泌(内质网或ER)可靠性类别1预测的转运肽长度24众多其他算法可以用来执行此类分析，包括:152在丹麦技术大学服务器上驻留的ChloroP1.1;在澳大利亚布里斯班昆士兰大学分子生物科学研究所的服务器上驻留的蛋白质Prowler亚细胞定位预测程序第1.2版；在加拿大阿尔伯塔省埃德蒙顿市阿尔伯塔大学的服务器上驻留的PENCEProtemeAnalystPA-GOSUB2.5;在丹麦技术大学服务器上驻留的TMHMM。多肽序列SEQIDNO:212的TMHMM2.0计算结果在下表C4中给出。鉴定了两个疏水区，其相应为(i)ER亚细胞靼向的信号肽；和(ii)跨膜结构域。表C4:多肽序列SEQIDNO:212的TMHMM2.0计算结果质膜相关的位置SEQIDNO:212从N-端到C-端的氛基酸多肽序列SEQIDNO:212上对应的结构域细胞外的序列1-640胞外LRR结构域跨膜螺旋641-659跨膜结构域细胞内的序列660-980胞内激酶结构域实施例31:用于实施本发明方法的多肽序列相关的分析法，和破坏C-端结构域的生物功能的方法作用子(interactor)的能力确定，4吏用例如Trotochaud等，(1999;PlantCell11:393-406)中描述的方法。CLVl活性的一种测试是通过检测KAPP与用于酵母双杂交系统的CLVl多肽的激酶结构域的物理相互作用。第二步，鉴定的CLVl多肽通过石皮坏C-端结构域的生物功能而可用于本发明的方法。此类方法(破坏生物功能)是本领域众所周知的，包括删除、取代和/或缺失C-端结构域的氛基酸。通常使用基于PCR的技术，删除、取代和/或缺失C-端结构域的一个或多个氨基酸，例如(i)删除、取代和/或缺失C-端结构域(在此具体的(i)的实例中，意味着(从N端到C端)编码跨膜结构域的氨基酸序列之后的氨基酸序列)的全153部或部分氨基酸；或(ii)用丙氨酸取代保守的氨基酸(例如图2和实施例28(涉及底物ATP结合位点)中所示的激酶活性位点，或取代激酶亚结构域IX中的保守的G，或取代第二对(参与同源和异源二聚化)中的半胱氨酸)等；或(iii)例如为了破坏底物结合，在激酶活性位点插入氨基酸；(iv)用不可磷酸化M酸取代可磷酸化氨基酸(例如丝氨酸、苏氨酸或酪氨酸)(例如，为了和其他氨基酸的相互作用)；(v)或本领域已知的破坏生物功能的任何其他方法。破坏CLV1多肽C-端结构域的生物功能的一个实例是，通过PCR(在反义引物SEQIDNO:240上)在SEQIDNO:211所示的核,列的位置2251处将A取代为T(将密码子AGA改变为终止密码子TGA)，引入提前终止密码子。实施例32:克隆SEQIDNO:209所代表的核酸序列除非另外声明，重组DNA技术根据(Sambrook(2001)MolecularCloning:alaboratorymanual,第三版ColdSpringHarborLaboratoryPress,CSH，NewYork)中或Ausubel等(1994)，CurrentProtocolsinMolecularBiology,CurrentProtocols第1和2巻中描述的标准方法进行。用于植物分子工作的标准材料和方法在由BIOSScientificPublicationsLtd(UK)和BlackwellScientificPublications(UK)出版的R.D.D.Croy的PlantMolecularBiologyLabfax(1993)中描述。使用拟南芥幼苗cDNA文库(Invitrogen，Paisley,UK)作为模板通过PCR扩增编码CLV1多肽的拟南芥核酸序列。将包含用于Gateway重组的AttB位点的下列引物用于PCR扩增1)prm8591(SEQIDNO:239;有义，起始密码子为粗体字，AttBl位点为斜体)5-ggrgrg^casgrtttgrtacaaaaaagrcagrgrcttasacaatggcgatgagacttttgaag-3，)和1542)prm8592(SEQIDNO:240;反向，互补，AttB2位点为斜体)也使用标准方法扩增和纯化PCR片段。然后进行Gateway方法的第一步骤BP反应，在该步骤期间，PCR片段与pDONR201质粒进行体内重组，从而产生，按照Gateway命名法，"进入克隆"。质粒pDONR201作为Gateway⑧才支术的一部分购自Invitrogen。实施例33:使用如SEQIDNO:209所示的核酸序列构建表达载体包含编码CLV1多肽SEQIDNO:210的核酸序列的进入克隆随后在LR反应中与用于稻转化的目的载体一起使用。这种载体在T-DNA边界内含有作为功能性元件的植物选择性标记；可筛选标记表达盒和意图与已经克隆于所述进入克隆内的目的核酸序列发生LR体内重组的Gateway盒。用于在幼嫩生长组织表达的稻-扩展蛋白启动子(SEQIDNO:241)位于这种Gateway盒的上游。在LR重组步骤后，产生的表达载体(图4)才艮据本领域众所周知的方法转化至农杆菌菌林LBA4044中，所a达载体包含在编码具有无功能C-端结构域的Arath—CLV1的核酸序列上游的P扩展蛋白启动子的核^列。实施例34;f直物转化稻转化的细节见上面的实施例9，而玉米、小麦、大豆、卡诺拉油菜/油菜、苜蓿和棉花转化的细节见上面的实施例12。实施例35:表型评价方法细节见上面的实施例10。实施例36:转基因植物的表型评价结果表C5中给出了表达用于本发明方法的核,列的转基因稻植物的评价结果。还显示转基因植物和对应的失效合子之间的差异百分数，来自F检验的P值低于0.05。与对照植物(在这种情况下，失效合子)相比，地上部分生物量、根总生物量、细根生物量、主圆锥花序数、每圆锥花序花数、种子总产量、饱满种子数、种子总数和收获指数在表达用于本发明方法的核酸序列的转基因植物中显著增加。表C5:表达用于实施本发明方法的核酸序列的转基因稻植物的评价结果。性状Tl世代增加％地上部分生物量5根总生物量2细根生物量2主圆锥花序数8每圆锥花序花数6种子总产量9饱满种子数12种子总数14收获指数5TKW-3156序列表<110〉克罗普迪塞恩股份有限公司<:120〉包含作为转基因的A类ITCP或CLAVATA1(CLV1)或CAH3多肽、具有增加的种子产量的转基因植物以及用于制备该植物的方法<130>PF58581〈150〉EP06124785.4〈151>2006-11-24<150〉US60/868,381<151〉2006-12-04、'15()>EP06125156.7:151:'2006-n-30<150>US60/883，166〈151>2007-0卜03<150〉EP06126018.8,151〉2006-12-13〈150〉US60/883,170<151〉2007-01-03備)〉241':17()>Patentln版本3.3、210>1<211>945《212>DNA':'21:〗〉拟南芥(Arabidopsisthaliana)"■00〉1atggatcccaagaacctaaatcg'tcaccaag'taccaaatttcttgaacccc(:gcgfwatcag'ggtttggtagatgatgatgctgcttctgctgUgtttc(:gc'aaa(:caacaactgagattaaagatttccagatcgtggtctctgcttcc(:aaacaagaagagtcagaatcagaaccagcttggtcctaagagaagctcagacacactaaagtcg'aaggtagaggtcgacgaattcggatgcctgctctag'gatttttcaattgactagagaattgggtcataaatctgatggtgaaacctgcttcaa(:aagctgagccatcgattattgcagctactggttcaggaacaccaccacca60cgacgagaat120cgsc3肪g肌180t肪c肌agac240Ugtgctgct300tatccagtgg360tataccggcc420157tctgctttagcttcttcagctgcaacctctaaccatcatcaaggtgg'gtctcttactgct480gtagtggtag.accattaaat540taccaactgggttatggcca600taalgagtgaaggagctggt660gtcatatgagtUtgcatct720gg'tUaatg'atcagtcatgacttagatggtgggtctagtatgggggaUg'gtggcggtga鄉agtttctaggtcaagttaatgtagctgggtUggttctggtgtgccaaccactggtttatagaattgggtttcctggttttgattttcctggtgttgattttgggtgggaatcataatcagatgcctggacttgagttaggcttgtctcaagaaggg780aatgttg'gtgttttgaatcctcagtcttttactcagatttatcaacagatgggtcaggct840caggctc肌gctcaaggtagggttcttcaccatatgcstcataaccatgaagaacatcag900caagagag.tg.gtgagaaagatgattctcaaggctcaggtcgttaa945■'■210〉2<212>PRT<213〉拟南芥<'")()〉2MetAspProLysAsnLeuAsnArgHisGinValProAsnPheLeuAsn151015ProProProProProArgAsnGinGlyLeuValAspAspAspAlaAla202530SerAaValVa]SerAspGluAsnArgLysProThrThrGlulieLys354045AspPheGinLieValValSerAlaSerAspLysGluProAsnLysLys505560S()rG]nAsnGinAsnGinLeuGlyProLysArgSerSerAsnLysAsp65707580ArgHisThrLysValGluGlyArgGlyArgArglieArgMetProAla859095U'uCysAlaAlaArgliePheGnLeuThrArgG〗uLeuGlyHisLys100105110S(、rAspGlyGluThrlieGinTrpLeuLeuGinGinAlaGluProSer115120125JleAlaAlaThrGlySerGlyThrlieProAlaSerAlaLeuAla130135140S(、rSerAlaAlaThrSerAsnHisHisGinGlyGlySerLeuThrAla145150155160(;)yLeuMetlieSerHisAspLeuAspGlyGlySerSerSerSerGly165170175ArgProLeuAsnTrpGlylieGlyGlyGlyGluGlyValSerArgSer180185190SerLeuProThrGlyLeuTrpProAsnValAlaGlyPheGlySerGly195200205ValProThrThrGlyLeuMetSerGluGlyAlaGlyTyrArglieGly2102152204"、ProGlyPheA印PheProGlyValGlyHisMetSerPheAlaSer225230235240leLeuGlyGlyAsnHisAsnGinMetProGlyLeuGluLeuGlyLeu245250255SerG]nGluGlyAsnValGlyValLeuAsnProGinSerPheThrGin260265270TyrG]nG〗nMetGlyGinAlaGinAlaGinAlaGinGlyArgVal275280285l丄、ullisHisMetHisHisAsnHisGluGluHisGinGinGluSerGly290295300(;lul一ysAspAspSerGinGlySerGlyArg:〗()5310<:210>3<211>732<212>DNA<213>拟南芥"()(》3atggtcatggagcccaagaagaaccaaaatctaccaagtttcttaaacccatcacgacag60aat(:aggaca.acgacaagaagaggaaacaaacagaggttaaaggtttcgacattgtggtc120ggcg'aaaagaggaagaagaag'gagaatgaagaggaagaccaagaaattcagattctttat180gagaagg'agaagaag'aaaccaaacaaagatcgtcaccttaaagttgaaggaagaggtcgt240agag'ttaggttacctxcactctgtgcagcaaggatttatcaattgactaaagaattaggt300c:a.caaatcagatg'gtgagactcttgaatggttgcttcaacatgctgagccatcgatactc360t.(:tg(:tactgtaaatggtatcaaacccactgag'tctgttgtttctcaacctcctctcacg420159g(:tgatttgatgatttgtcatagcgttgaagaagcttcaaggactcaaatggaggcaaat柳gggUgtggaga组gaaacaggac卿ccattggagggtgggtUgatttcaatggtg.ttccagagattggttttggaggaattaaggctgtctcaagttggggttttgaatccacagggaacagttcagggttcttcatcatcattcacatgaagatcasitggttcatas<21()〉4、211〉243'212:'、PRT<21:》拟南芥ttgatctgaattacggaatt540ataatcaaacgcctggactt600tttttcaacaaatggg.taaa6603gcagcag3gtgcagagg幼720732"00>4MetValMetGluProLysLysAsnGinAsn1510CeuProSerPheLeu15Asnl)roSerArgGnAsnGinAspAsnAspLysLysArgLysGinThrGlu202530Va.jLysGlyPheAsplieValValGlyGluLysArgLysLysLysGlu354045A.snGluGluGluAspGinGlulieGinlieLeuTyrGluLysGluLys505560LysLysProAsnLysAspArgHisLeuLysValGluGlyArgGlyArg65707580ArgVa]ArgLeuProProLeuCysAlaAlaArglieTyrGinLeuThr859095GluLeuGlyHisLysSerAspGlyGluThrLeuGluTrpLeuLeu100105110GinHisAlaGluProSerlieLeuSerAlaThrVa]AsnGlylieLys115120125h-oThrG]uSerValValSerGinProProLeuThrAlaAspLeuMet130135140CysHisSerValGluGluAlaSerArgThrGinMetGluAlaAsni.15150155160(;)yLeuTrpArgAsnGluThrGlyGinThrlieGlyGlyPheAspiLeu165170175AsnTyrGlylieGlyPheAspPheAsnGlyValProGlulieGlyPhe180185190GlyAspAsnGinThrProGlyLeuGluLeuArgLeuSerGinValGly195200205VaLeuAsnProGinValPheGinGinMetGlyLysGluGinPheArg210215220VaiLouHisHisHisSerHisGluAspGinGinGinSerAlaGluGu225230235240AsnGlySer、210〉5、211〉930<212〉DNA<213〉红花楼斗菜x纟田毛楼斗菜(Aquilegiafor图saxAquilegiapubescens)'.1(K)/5ni.ggatg'aU:ttaagaattcatcaaagcaaccacaagaagtagtaacaagtttcttgaga60(、aUctt(:acaacaagagatgggaggaggaggaggagagaataaacaaacagaaatcaga120gattttcaaatctcaacagttgttgcagataaagatggtggtaagaagcagttagcacca180HHaagfiHCttcaaataaagatagacatactaaggtagatggaagaggtagaaggataagg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(5)<223〉/取代="lie"/取代=〃Val〃/取代="Met"、"()>":221>不确定〈222〉(6)..(9),223〉Xaa可以是任意天然发生的氨基酸■"220〉'221:'变体.222.〉(10)..(10)、:22:》z取代="Tyr〃/取代="Leu〃/取代="His"<:22()〉不确定(11)..(12)Xaa可以是任意天然发生的氨基酸<220><221>变体',:222〉U:〗)..(13)H,'取代:"As卩〃、220〉\221>不确定<222>(14)..(14)<223>Xaa可以是任意天然发生的氨基酸<220〉〈221>变体<222>(15)..(15)'223〉''取代="G]n"<221〉变体(222〉(16)..(16)〈223>/取代=〃11e"/取代=〃Val"/取代=〃Met"/取代="Phe〃/取代=〃Ala"355<220〉<221>变体<222〉(17)..(17)<223>/取代="lie"/取代=〃Va广/取代=〃Met〃/取代="Phe〃/取代=〃Ala""〔)()>203ScrG]uHisXaaLeuXaaXaaXaaXaaPheXaaXaaGluXaaHisLeu151015Leu<:21()〉<211>〈220〉..:223〉基序2'':220>、221>变体'222〉(1)..(1)"223〉Z取代="Asn"/取代=〃Tyr〃/取代=〃Met〃/取代"Thr"/取代=〃Phe〃/取代=〃Ala〃/取代=〃Arg"'220>变体.':222〉(2)..(2)':22:》/取代:〃Val〃/取代=〃Ser〃''220,<221〉变体''222>(4)..(4)取代="l]e〃/取代〃Leu〃/取代=〃Thr"■220>":221〉变体、222:〉(6)..(6)"23>z取代=〃Val〃/取代="lie"/取代="ser〃/取代=〃丁hr〃<220>"21>变体:222(7)..(7)2047PRT人工序列哭体(5)..(5).'取代"Thr〃/取代="Gly〃/取代二"Ser"<220>(:221〉/取代=〃Phe〃，/取代=〃Val〃/取代=〃Met'<4()0>204U-)uAlaValVa]AaPheLeu15〈210>205<211>16〈212〉PRT<:213>人工序列<220〉<:223>基序3<22()〉l:、、222><223>变体(1)..(1)/取代='Phe"<221〉变体(2)..(2).''取代="Ala〃"Phe〃/取代=〃Val〃/取代=〃Gly〃/取代l变体(3)..(3)/取代="His""Glu"取代=〃Gly〃/取代=〃Thr〃/取代■'221〉:223〉变体(4)..(4)/取代'Phe'<221><222><221>〈'222〉'::223〉<220〉<221〉<222〉■'::223〉不确定(5)..(5)Xaa可以是任意天然发生的氨基酸变体(8)..(8),"'取代〃Phe〃/取代=〃Tyr"变体(0)..(10)/取代=〃Val〃/取代="Ala"〈221〉变体<222〉(14)..(14)<223〉/取代=〃Thr""Ala"取代=〃Gly"/取代=〃Asp〃/取代=■:.221〉变体、.222>(15)..(15)<223〉/取代=〃Gln"变体<222〉(16)..(16):'223〉/取代="Gly"取代=〃Asp"/取代="Arg""()()>205丁yrTyrArgTyrXaaG]ySerLeuThrThrProProCysSerGluAsn151015<210>206<211〉1416<212>DNA<213〉稻.,")(),赢cccacgcgtccgcccacgcgtccg'ggacaccagaaacatagtacacttgagctcactcca60aactcaaacactcacaccaatggctctccaagttcaggccgcactcctgccctctgctct120(:":tgtcccca卿agggtaacttgagcgcggtggtgaaggagccggggttccttagcgt180gagc卿鄉ccaagaagccgtcgctggtggtgagggcggtggcgacgcggcgggccggt240ggcgagccccggcg.cgg'gcacgtcgaaggcggacgggaag卿acgctgcggc鄉gggt300K'gtggtgat(:accggcgcgtcgtcggggctcgg'gctcgcggcggcgaaggcgcttgg.cgg360卿(:ggggaagtggcacgtggtgatg'gcgttccgcgacUtcctgaaggcggcgacggcg420gcgaaggcggcggggatggcggcggggagctacaccgtcatgcacctggacctcgcctcc480ctcgacagcgtccgccagttcgtggacaacttccggcgctccggcatgccgctcgacgcg540〔tggtg'tgcaacgccgcacatctaccggccgacggcgcggcaaccgacgttcaacgccga600cgggtacgagatgagcgtcggggtgaaccacctgggccacttcctcctxgcccgcctcat660g(:tcgax:gacctcaagaaatccgactacccgtcgcggcggctcatcatcctcggctccat720ca(:cgg'caacaccaacaccttcgccggcaacgtccctcccaaggccgggctaggcgacct780358(:(:gggggctcgccg'gcgggctccgcg.ggcagaacggg'tcg.gcgatgatcgacggcgcgga840g鄉ttcgacggcgccaaggcgtacaag'gacag'caagatctgtaacatgctgacg'atgca900ggagttccaccggagattccacgaggagaccgggatcacgttcgcgtcgctgtacccggg960gtg'catcgcgacgacgggcttgttccgcgagcacatcccgctgttccggctgctgttccc1020gccgttccagcggttcgtgacga郷gg'Ucgtgtxgg滩gcggag'tccgggaagcggct1080ggcgcag.gtggtgggcgacccgagcctgaccaagtccggcgtgtactggagctggaacaa1140ggactcggcgtcgttcg卿accagctctcgcaggagg'ccagcgacccggagaaggccag1200gaagctctgggacctcagcgagaagctcgtcggcctcgtctgagtttattatttacccat1260ttcggggtttagggggtttcgtaatttttttttacccgacU:gtttcaactg'ttaatttcagctttcagtgagagaggccaaatcatgcaataaaaccacaagcaggcttaaacaatgcgctcagccgttc13201380141651ag'g'cttacattatcgatttgtccacctaaattaagt<21()>207>51":'DNA.,人工序列〈:220><223>引物prm857161()()>207ggggacaag.tttgtacaaaa<:.21()>208''211>50<212.〉睡、.21:》人工序列<220><223〉引物prm8572<:400>208Bgg柳ccactttgtacaagaaagctgggtctcactgaccctagcacactc':210〉209'':211〉2253<213〉拟南芥<400〉209at.ggcgatgagacttttgaagactcatcttctgtttctgcatctgtatctatttttctca6050359cUacactgacatg'g鄉Ucttctcaatctcaaatcctccatg'attggt120cctaaaggacacggtctccacgactggattcactcatcttctccggatgctcactgttct180Uctccg'gcgtctcatgtgacgacg'atgctcgtgttatctctctcaacgtctccttcact240ccutgtttggtacaatxtcaccagagattgggatgttgactcatttggtgaatctaact300Uagctg'ccaacaa_cttcaccggtgaattaccattggagatgaagagtctaacttctctc360aaggttttg-aatatctccaacaatggtaaccttactg'gaacattxcctggagagatttta420aaagctatggttgatcttgaagttcttg'acacttataacaacaatttcaacggtaagtta480tgtcagagctttccagagagttatggagataaatacctctctttcggtgg犯atttcttctggtctcaac5406003ttcaa^gctggagctggactctccggtaaatctccggcgtttctttcccgcctcaagaacttaagagaa660Htgtatattggctactacaacagctacaccggtggtgttccaccggagttcggtggttta720;iGiHHgcttgagHtcctcgacatggcgagctgtacactcaccggageigattccgacgagt780iuiHg'taacctgaaacatctacatactct.gtttcttcacatcaacaacttaaccggtcat840ataccaccggagctttccgg'tttagtcagcttgaaatctctcgatttatcaatcaatcag900tHit'c服agaaatccctcaaagcttcatcaatctcggaaacattactctaatcaatctc960U(:邓aaacaatctctacggacaaataccagaggccatcggagaattaccaaaactcgaa1020gtcttcg'aagtatgggagaacaatttcacgttacaattaccggcgaatcttggccggaac1080g微iat(:tfia.taaagcttgatgtctctgataatcatctcaccggacttatccccaaggac1140tungcagagg'tgagMatt兆ag'atgttaattctctctaacaacttcttctttggtcca1200aUccagaagagcttg'gtMatgcaaatccttaacca犯atcag犯tcgttaaga^tctt1260(:t(:aacgg'cactgtt,ccggcggggcttttcaatctaccgttagttacgattatcgaactc1320H(wataatttcttctccggtgaacttccggtaacgatgtccggcgatgttctcgatcag1380;iUU":(:tctctaacaactggttttccggcgagattccacctgcgattggtaatttcccc1440natctacag'actctattcttagatcggaaccgatttcgcggcaacattccgagagaaatc1500Ucgaattgaagcatttatcgaggatcaacacaagtgcgaacaacatcaccggcggtatt1560(:CHgattcaatctctcgctgctcaactttaatctccgtcgatctcagccgtaaccgaatc1620360咖gg卿朋tccct咖ggg'3tca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述增强的产量相关性状是增加的种子产量。31.权利要求29或30的方法，其中所述核酸序列与绿色组织特异性启动子有效连接，优选与原叶绿素酸酯还原酶启动子有效连接。32.权利要求25-31中任一项的方法，其中所述编码CAH3蛋白质的核酸序列是植物来源，优选来自藻类，进一步优选源自衣藻科，更优选来自衣藻属，最优选来自莱茵衣藻。33.通过权利要求25-32中任一项的方法获得的植物，或其包含种子的部分，其中所述才直物或其部分包含编码CAH3蛋白质的重组核酸。34.构建体，其包含(a)编码CAH3蛋白质的核酸，其中所述CAH3蛋白质包含一个或多个选自以下的基序SEQIDNO:203、SEQIDNO:204或SEQIDNO:205;(b)—个或多个能够驱动(a)的核酸序列表达的调控序列；和任选的(c)转录终止序列。35.权利要求34的构建体，其中所述一个或多个调控序列至少是绿色组织特异性启动子，优选是原叶绿素酸酯还原酶启动子。36.权利要求34或35的构建体的用途，其用于制备相对于对照植物具有增强的产量相关性状的植物。.37.植物、植物部分或植物细胞，其由权利要求34或35的构建体转化。38.用于制备相对于对照植物具有增强的产量相关性状的转基因植物的方法，所述方法包括(i)在植物中引入并表达编码CAH3蛋白质的核酸，其中所述CAH3蛋白质包含一个或多个选自以下的基序SEQIDNO:203、SEQIDNO:204或SEQIDNO:205;和(ii)在促进植物生长和发育的条件下培养植物细胞。39.相对于对照植物具有增加的产量的转基因植物，或来自所述转基因植物的转基因植物细胞，所述增加的产量因编码CAH3蛋白质的核酸增加的表达而产生，其中所述CAH3蛋白质包含一个或多个选自以下的基序SEQIDNO:203、SEQIDNO:204或SEQIDNO:205。40.权利要求33、37或39中任一项的转基因植物，或来自所述转基因植物的转基因植物细胞，其中所述植物是作物植物、单子叶植物或谷物，例如稻、玉米、小麦、大麦、粟、黑麦、高粱或燕麦。41.4又利要求33、37、39或40中任一项的植物的可收获部分，其中所述可收获部分优选是种子。42.来自权利要求40的植物和/或权利要求41的植物的可收获部分的产物。43.编码CAH3蛋白质的核酸的用途，其用于增强植物产量相关性状，其中所述CAH3蛋白质包含一个或多个选自以下的基序SEQIDNO:203、SEQIDNO:204或SEQIDNO:205。44.权利要求43的用途，其中增强的产量相关性状是相对于对照植物，增加的种子产量和/或增加的地上部分面积。45.编码CAH3蛋白质的核酸，或CAH3蛋白质的用途，其在植物育种中用作分子标记。46.相对于对照植物增强植物产量相关性状的方法，其包括增加编码具有无功能C-端结构域的^iaxatai(CLVl)多肽的核酸序列在植物中的表达，和任选地选择具有增强的产量相关性状的植物。47.权利要求46的方法，其中所述增加表达通过T-DNA激活标注、TILLING或同源重组中的一种或多种实现。48.权利要求46的方法，其中所述增加表达通过在植物中引入和表达编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸序列实现。49.权利要求46-48中任一项的方法，其中所述编码的CLV1多肽的核酸序列编码任一表C中给出的CLV1多肽，或编码任意前述SEQIDNO的直向同源物、旁系同源物或同源物，所述CLV1多肽通过破坏C-端结构域的生物功能可用于本发明的方法。50.权利要求46-49中任一项的方法，其中当所述CLV1多肽用于构建例如图10b所示的LRR-RLK系统树时，趋向聚簇于由括号表示的包含SEQIDNO:212所示的氨基酸序列的多肽组，而不是聚簇于任意其他LRR-RLK多肽组，所述CLV1多肽通过石皮坏C-端结构域的生物功能可用于本发明的方法。51.权利要求46-50中任一项的方法，其中所述编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸序列是下列核酸变体中的一个或多个(i)编码CLV1多肽的核酸序列的部分；(ii)能与编码CLV1多肽的核酸序列杂交的核酸序列；(iii)编码CLV1多肽的核酸序列的剪接变体；(iv)编码CLV1多肽的核^列的等位变体；(v)通过基因改组获得的编码CLV1多肽的核酸序列；(vi)通过位点定向诱变获得的编码CLV1多肽的核酸序列；其中(i)至(vi)的核酸序列编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽。52.权利要求46-51中任一项的方法，其中所述增强的产量相关性状是下列一种或多种(i)增加的地上部分生物量；(ii)增加的根生物量；(iii)增加的细根生物量；(iv)增加的主圆锥花序数量；(v)增加的每圆锥花序的花数；(vi)增加的总种子产量；(vii)增加的饱满种子数；(viii)增加的总种子数；或(ix)增加的收获指数。53.权利要求46-52中任一项的方法，其中所述核酸序列与在幼嫩生长组织中表达的启动子有效连接，优选与P-扩展蛋白启动子有效连接。54.权利要求46-53中任一项的方法，其中所述编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸序列是植物来源，优选来自双子叶植物，进一步优选来自十字花科，最优选来自拟南芥。55.通过权利要求46-54中任一项的方法获得的植物，或其包含种子的部分，其中所述植物或其部分包含编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸转基因。56.构建体，其包含(b)编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸序列；(b)—个或多个能够驱动(a)的核酸序列表达的调控序列；和任选的(C)转录终止序列。57.权利要求56的构建体，其中所述一个或多个调控序列至少是组织特异性启动子，优选是在幼嫩生长組织中表达的启动子，最优选是p-扩展蛋白启动子。58.权利要求56或57的构建体的用途，其用于制备相对于对照植物具有增强的产量相关性状的植物。59.植物、植物部分或植物细胞，其由权利要求56或57的构建体转化。60.用于制备相对于对照植物具有增强的产量相关性状的转基因植物的方法，所述方法包括(i)在植物或植物细胞中引入并表达编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸序列或其变体；和(ii)在促进植物生长和发育的条件下培养植物细胞。61.相对于对照植物具有增强的产量相关性状的转基因植物，或来自所述转基因植物的转基因植物细胞，所述增强的产量相关性状因编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸增加的表达而产生。62.权利要求55、59或61中任一项的转基因植物，或来自所述转基因植物的转基因植物细胞，其中所述植物是作物植物、单子叶植物或谷物，例如稻、玉米、小麦、大麦、粟、黑麦、高粱或燕麦。63.权利要求55、59、61或62中任一项的植物的可收获部分，其中所述可收获部分优选是种子。64.来自权利要求62的植物和/或权利要求63的植物的可收获部分的产物。65.编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸序列的用途，其用于相对于对照植物增强植物的产量相关性状。66.权利要求65的用途，其中所述增强植物的产量相关性状选自下列中的一种或多种(i)增加的地上部分生物量；(ii)增加的根生物量；(iii)增加的细根生物量；(iv)增加的主圆锥花序数量；(v)增加的每圆锥花序的花数；(vi)增加的总种子产量；(vii)增加的饱满种子数；(viii)增加的总种子数；或(ix)增加的收获指数。67编码具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的核酸序列，或具有无功能C-端结构域的CLV1多肽的用途，其在植物育种中用作分子标记。全文摘要本发明一般地涉及分子生物学领域并涉及用于增强植物中多种经济上重要的产量相关性状的方法。更具体地，本发明涉及通过在植物中增加编码产量增强多肽(YEP)的核酸序列的表达而相对于对照植物增强植物中多种经济上重要的产量相关性状的方法。YEP可以是I类TCP或CAH3或具有无功能C端结构域的Clavata1(CLV1)。本发明还涉及具有YEP编码核酸序列增加的表达的植物，其中所述植物相对于对照植物具有增强的产量相关特征。本发明还提供用于本发明方法中的构建体。文档编号C12N15/82GK101541970SQ200780043577公开日2009年9月23日申请日期2007年11月22日优先权日2006年11月24日发明者A·I·桑兹莫林纳罗,V·弗兰卡德,Y·海茨费尔德申请人:克罗普迪塞恩股份有限公司