检测基因性疾病的方法

专利名称：检测基因性疾病的方法
技术领域：
本发明涉及基因性疾病的诊断方法。具体地讲，本发明涉及使用试剂盒检测基因性疾病的方法。本发明还涉及所述的方法使用的试剂盒。
现有技术免疫球蛋白E(IgE)在过敏性疾病(包括气喘)的发展上扮演重要角色。高的血清IgE水平与过敏的临床表现互有关联。见Johansson etal.(1972)Prog.Clin.Immunol.1157-181，Burrows et al.(1989)N.Engl.J.Med.320271-277，Sears et al.(1991)，N.Engl.J.Med.3251067-1071，及Halonen et al.(1992)Am.Rev.Respir.Dis.146886-870。流行病学研究显示，高IgE水平与支气管的反应过度有关，其系为气喘表型的主要表征。见Sears et al.(1991)N.Engl.J.Med.3251067-1071，Hopp et al.(1984)J.Allergy Clin.Immunol.73(2)154-158，及Burrows et al.(1991)J.Allergy Chin.Immunol.88870-877。

发明内容
本发明涉及基因性疾病的诊断方法，其是以个体中微卫星标记及单一核苷酸多形性标记的存在为基础。
本发明一方面涉及一种发展可检测个体基因性疾病工具的方法。该方法包括鉴定微卫星标记及单一核苷酸多形性标记。个体中如存有微卫星标记及单一核苷酸多形性标记则显示该个体有基因性疾病或为其高危险群。此微卫星及单一核苷酸多形性标记，可依据其物理相关性(如在相同或互相接近的染色体上)或功能的关联性(皆均与特定疾病有关)而鉴知。例如，顷发现D5S2011及CD14-rs2563310与高IgE型气喘有关，因为彼此在第5号染色体上是相近的。在本发明范围内也包括检测个体中基因性疾病的试剂盒。试剂盒中含有检测微卫星标记的第一作用物，及检测单一核苷酸多形性标记的第二作用物。在一个体中如测知具有该二标记，表示该个体罹患有基因性疾病，或有罹患该疾病的危险性。
本发明另一方面涉及一种决定个体是否有基因性疾病或有罹患此疾病危险性的方法。该方法系先取得个体的核酸样品，再检测微卫星标记及单一核苷酸多形性标记。如测得此二者均存在者，表示该个体有基因性疾病或有发展此疾病的危险性。
在一实施例中，微卫星标记是D5S2011E标记，而单一核苷酸多形性标记是CD14-rs2563310T标记。如测得此二者均存在者，表示个体有过敏性疾病或有此疾病的危险性，且其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。D5S2011是一种人类5q31上的二-核苷酸重复子型微卫星标记。具有D5S2011E标记的个体可有EE或EX基因型。CD14-rs2563310是一种人类单一核苷酸多形性标记(T/C)，位在第5号染色体中CD14基因的加强子区域(位置-2984)。具有CD14-rs2563310T标记的个体具有TT或TC基因型。过敏性疾病包括气喘及非气喘型异位症(如异位性皮肤炎，I型糖尿病、骨质疏松症、发炎性肠疾及过敏性鼻炎)。接受诊断的个体可为来自蒙古人种(Mongoloid)，如台湾人。本发明也提供检测过敏性疾病的试剂盒。试剂盒中含有可检测D5S2011E微卫星标记的第一作用物，及可检测CD14-rs2563310T单一核苷酸多形性标记的第二作用物。
再者，本发明有关于一种过敏性疾病再分类的方法。在一个实施例中，该方法系取得过敏性疾病的个体或其高危险群个体的核酸样品，并检测D5S2011E微卫星标记。如检测有D5S2011E标记，则表示个体的血清IgE浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。本发明也提供一种包装产品，其中包括(1)一种容器，(2)可检测D5S2011E微卫星标记的作用物，及(3)与容器有关的说明，其指明如个体中有D5S2011E标记存在，表示该个体有过敏性疾病或有此危险性，且其血清IgE浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。
在另一实施例中，该方法系取得过敏性疾病个体或高危险群个体的核酸样品，并检测D5S2011J微卫星标记。如检测有D5S2011J标记，则显示个体的血清IgE浓度在200IU/毫升或以下，或有此危险性。本发明也提供包装产品，其中包括(1)一种容器，(2)一种可检测D5S2011J微卫星标记的作用物，及(3)与容器有关的说明，其指明如个体中D5S2011J标记存在，表示该个体有过敏性疾病或有此危险性，且其血清IgE浓度在200IU/毫升或以下，或有此危险性。
又另一实施例中，该方法系取得过敏性疾病个体或其危险群个体的核酸样品，再检测CD14-rs2563310T单一核苷酸多形性标记。如检测有CD14-rs2563310T标记，则显示个体的血清IgE浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。本发明也提供包装产品，其中包括(1)一种容器，(2)可检测CD14-rs2563310T单一核苷酸多形性标记的作用物，及(3)与容器有关的说明，其指明如个体中有CD14-rs2563310T标记存在，显示该个体有过敏性疾病或有此危险性，且其血清IgE浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。
本发明的方法，试剂盒及包装产品可用于基因性疾病的诊断、预防及治疗。本发明一个以上具体实施例的详细描述见下文所附的说明内。本发明其它优点、特色及目的，经由以下详细说明及所附的权利要求中显示而易见。
具体实施例方式
本发明的基础在于意外发现个体中微卫星标记及单一核苷酸多形性标记同时存在者显示其具基因性疾病，其可信度更甚于各别标记的存在。如以下实施例所示者，有D5S2011E微卫星标记存在的气喘患者，其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上的可能性是无检测出D5S2011E标记存在者的约3倍。另一方面，有CD14-rs2563310T单一核苷酸多形性标记的气喘病人，其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上的机率则较无CD14-rs2563310T标记者高出2倍。令人惊讶地，有D5S2011E标记及CD14-rs2563310T标记二者的气喘病人，其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上的机率较此二标记均无者高出5倍。因此，本发明涉及一种发展可检测基因性疾病工具的方法，是检测个体中的微卫星标记及单一核苷酸多形性标记。此二标记的存在可作为基因性疾病的表征。
微卫星为2～6bps的短的纵列重复子，其广泛分布在人体基因体中(Amos and Rubinsztein(1996)Nature Genetics 1213-14及Edwards et al.(1991)Am.J.Hum.Genet.49746-756)。其已被充分地应用于染色体连锁舆图订定，以及法医学及群体研究(Bowcocket al.(1994)Nature 368455-457及Brinkmann et al.(1996)Hum.Genet.9860-64)。在这些位点上所观察到的多形性是由于单一单位重复子数目的变化所致(Valdes，et al.(1993)Genetics 133737-749及Levinson and Gutman(1987)Mol.Biol.Evol.4203-221)，微卫星标记的检测是先从个体中取得核酸，以引物对扩大核酸片段，并鉴定已扩大的片段。引物序列可由公开数据库中找出，或根据寡核苷酸的特性由软件程序所设计，如回冷温度及内部配对。核酸可依据本领域熟知的方法自组织样品或流体样品中制备。核酸的扩大，如经由聚合酶连锁反应(PCR)，可根据标准步骤来进行。如见，Ausubelet al.(1989)Current Protocols in Molecular Biology，John Wileyand Sons，New York；and Innis et al.(1990)PCR ProtocolsA Guideto Methods and Applications.Academic Press，Harcourt BraceJavanovich，New York.
利用标准方法可鉴定不同大小的经扩大的片段，此类标准方法如大小分级分离，以质谱仪为基础的检测，或其它任何的片段大小筛选技术。大小分级分离是依据其大小来分离DNA分子，如经由聚丙烯酰胺凝胶电泳。大小分级分离也可以层析法完成，如凝胶过滤法。溶液中的DNA片段经过充填有层析凝胶的管柱时，可依其大小分离。质谱仪则提供DNA分子″称重″的方法，系将分子在真空下离子化，并利用挥发作用使其″飞扬(fly)″。其可同时用来鉴定许多DNA分子。如见U.S.Pat.No.6,268,144。
为促进经扩大的不同大小片段的鉴定，经扩大片段在扩大作用过程或可予以标记，如纳入经标记的核苷酸，或利用经标记的引物。除了放射活性标记外，可使用其它标记如萤光素，化学发光及电化发光。见Kricka(1992)Nonisotopic DNA Probe Techniques Academic Press，San Diego，pp.3-28。萤光标记的实施例包括萤光素，若丹明(rhodamines)(U.S.Pat.Nos.5,366,860、5,936,087及6,051,719)，花青类(U.S.Pat.No.6,080,868及WO97/45539)，及金属卟啉复合物(WO88/04777)。特别地，萤光素如6-羧基萤光素(FAM)、2’，4’，1，4-四氯萤光素(TET)，2’，4’，5’，7’，1，4-六氯萤光素(HEX，U.S.Pat.No.5,654,442)2’，7’-二甲氧基-4’，5’-二氯-6-羧基若丹明(JOE)，2’-氯-5’-氟-7’，8’-稠合的苯基-1，4-二氯-6-羧基萤光素(U.S.Pat.Nos.5,188,934及5,885,778)，或2’-氯-7’-苯基-1，4-二氯-6-羧基萤光素6(U.S.Pat.No.6,008,379)。若丹明可为四甲基-6-羧基若丹明(TAMRA)或四丙烷-6-羧基若丹明(ROX)，且花青类可为蓖醌、孔雀绿、或硝基噻唑或硝基咪唑化合物。
经标记的扩大片段可由放射自显术或激光检测直接鉴定，继以计算机辅助的图像显示及分析。例如，当使用不同的萤光标记时，多种或汇集的PCR产物可利用CCD照相机GeneScan及Genotyper软件(Applied Biosystem)同时分析。GeneScan及Genotyper软件可进一步处理数据，即将数据文件中的标记名称自动输入，再将其输出至Excel或Text的资料格式。
单一核苷酸多形性(SNP)发生在为单一核苷酸所在的多形位置上，此为配对基因序列间变化的所在。″多形性″是指在个体族群中有二种以上遗传上已定的不同序列或配对基因的发生。SNP通常因置换所致，如在多形性位置上一核苷酸被另一核苷酸转移地(transition)或转换地(transversion)置换。转移是一嘌呤被另一嘌呤所取代，或一嘧啶被另一嘧啶所取代。转换作用是嘌呤为嘧啶所取代，或反之亦然。相较于参考配对基因而言，SNPs也可始自核苷酸的删除或核苷酸的嵌入。
各项本领域已知的适合步骤均可用来检测SNP标记。其中部分将详述于下。
(1)配对基因-特异性探针可分析多形性的配对基因-特异性探针的设计及使用是本领域已知的(如见EP 235,726及WO89/11548)。配对基因特异性探针，可根据片段多形型式的存在经设计为差别性杂交，如与一个体中的DNA片段杂交但另一个体中相当的片段则不是这样。可使用相当严紧的杂交条件，使配对基因间的杂交强度有显著差异，并可取得探针只与配对基因的一杂交的条件。探针经设计可与DNA片段杂交，如此多形性位置与探针的中央部分排成一列。
配对基因一特异性探针可成对使用，其中此配对基因中的一成员可与目的序列的参考型式完美地符合，而另一成员则与目的序列的变型完美地符合。使用在相同载体上固化的许多探针对，可同时分析相同目的序列中多样的多形性。
(2)铺瓦数组(Tiling arrays)多形性也可由杂交至核酸数组而鉴定(如见WO95/11995)。WO95/11995中也描述子矩阵(subarray)，其是更加完善以检测预特性化多形性的变型。此子矩阵中含经过设计可与-第二参考序列的探针互补，其为第一参考序列的配对基因变型。第二组探针经过设计则可与第二参考序列呈现互补性。在分析主要参考序列中短的子序列方面，第二组的纳入(或进一步的各组)特别有用，其中预期在与探针长度相称的短距离内可发生多重突变(即9至21个碱基内有二个以上的突变)。
(3)配对基因-特异性引物配对基因-特异性引物可杂交至目的DNA多形性重叠位置，且只有该引物配对基因型的原始扩大作用，才有完美互补的呈现。如见Gibbs(1989)Nucleic Acid Res.172427-2448。该引物可和杂交至末稍位置的第二引物配合使用。扩大作用即由二种引物开始进行，生成一可检测产物表示有特殊的配对基因型式的存在。而对照组通常以第二组引物对来进行，其中一者在多形性位置上有单一碱基的错配(mismatch)，而另一者呈现与末稍位置完美的互补。单一碱基错配可阻止扩大作用，并未能形成可检测产物。该方法更为完善可将与多形性对齐的寡核苷酸最3’位置的错配纳入，因为此位置对于自引物处延长是最不稳定的。如见，WO93/22456。
(4)直接测序本发明多形性序列的直接分析可利用二去氧链终止方法或MaxamGillbert方法中任一法来完成(见Sambrook et al(1989)MolecularCloning，A Laboratory Manual，2nd Ed.，CSHP，New York and Zyskindet al.(1988)Recombinant DNA Laboratory Manual，Acad.Press)。
(5)变性梯度凝胶电泳利用聚合酶连锁反应所产生的扩大产物可利用变性梯度凝胶电泳加以分析。不同配对基因的鉴定系以不同的序列-相关熔化特性及DNA在溶液中的电泳移动为基础。见Erlich ed.(1992)PCR Technology，Chapter7Principles and Applications for DNA Amplification，W.H.Freeman and Co.，New York。
(6)单股构型多形性分析目的序列的配对基因可利用单股构型多形性分析加以区别，其中经由单股PCR产物在电泳移动上的变化来鉴定碱基的差异，如Orita etal.(1989)Proc.Nat.Acad.Sci.862766-2770所述。经扩大的PCR产物如上述般产生，并加热或另外变性以形成单股扩大产物。单股核酸可再折叠或形成二级结构，其部份依碱基序列而定。单股扩大产物不同的电泳移动力与目的序列配对基因间的碱基-序列差异有关。
可利用本领域熟知的统计分析来发展确立微卫星标记、SNP标记，或二者，与特异表型的结合。例如，若标记的特异配对基因频率在有基因性疾病族群中显著较高，则可获致以下结论标记的特异配对基因可作为有基因性疾病的表征。换言之，携有特异标记配对基因的个体似乎会发展或呈现基因性疾病。例如可以连锁不平衡(linkagedisequilibrium)为基础，鉴定易感受基因的微卫星标记及SNP标记间的关联。
本发明的诊断方法涉及自个体中取得核酸样品，并鉴定微卫星标记、SNP标记，或二者都涉及。标记的存在显示个体罹患基因性疾病或有发展此疾病的危险性。例如，D5S2011E标记，CD14-rs2563310T标记，或二者的存在，显示个体有罹患过敏疾病或有发展此疾病的危险，且似乎其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上。欲诊断的个体可为如呈现出与此疾病有关的症状的个体，或有此疾病家庭史的个体。对于上述实施例，个体可为有高IgE危险群的家族成员或新生儿。本发明方法可利用其本身来应用，或配合其它步骤在适合个体中诊断出基因性疾病。
本发明亦提供实施本发明的试剂盒。该试剂盒含有可检测微卫星标记、SNP标记，或二者的一种以上的作用物。作用物可为如杂交探针或PCR引物内，其可共轭至可检测的标记。在某些例子中，作用物可加上卷标或说明于容器包装中，以指明作用物的目的用途，即诊断基因性疾病。
下示的特殊实施例仅供说明，不欲以任何方式限制此揭示内容以外的部份。相信本领域技术人员依据此说明，可完全利用本发明。文中所示的所有刊物以其全文列为本案的参考文献。
材料及方法(1)临床样品收集气喘病人及年龄-相符的对照组，以其IgE血清水平分成两组高IgE组(血清IgE浓度≥1000IU/毫升)及低IgE组(血清IgE浓度≤200IU/毫升)。在1988-2001年期间，于台湾台南国立成功大学气喘及其它呼吸道阻塞疾病病人的区域转诊中心共收集200个样品。有气喘症状但目前无气喘恶化的病人被送至此医院，并在门诊以标准化的完全评估法进行检查。于最初测试时，有气喘症状的所有个体对组织胺均呈现过度反应(PC20一秒钟用力呼气量(FEV1)，32毫克的组织胺/毫升，30秒方法)，且均小于16岁。
(2)临床评估利用标准方法测试肺功能，包括吸入舒喘灵(salbutamol)(800毫克)的前及的后测定肺活量。利用De Vries et al.的方法进行支气管对组织胺的反应性测试((1962)Int Arch Allergy 2093-101)，其曾用来评估1962-75年期间最初的参与者。反应性-测试策略包括个体吸入渐增浓度的组织胺，经30秒潮式呼吸，到最大的32毫克组织胺/毫升剂量。若个别的FEV1降低20％即停止测试。其它评估包括皮肤对16种一般过敏源的反应测试(成人为角质内测试，而孩童为扎刺试验)，血液分类计数(包括嗜伊红血球总量计数)，及血清IgE总数检测，以及对家内尘及混合的花粉具特异性的IgE总数。若有1个5毫米的疹块直径的反应存在时，则可定义为阳性的皮肤测试。利用固相免疫分析法可检测血清IgE总数(Pharmacia IgE EIA，PharmaciaDiagnostics)。
(3)STR基因型定型利用ABI PRISM Linkage Mapping Sets MD-10(400个标记)进行基因型定型。这些标记排列在MD-10组中，提供人类基因体的范围在10cM平均分辨率上。各标记组包括有萤光标记的前向引物，及尾部反向引物。使用反向引物尾部化学作用(将序列GTTTCTT置于反向引物的5’-端)，以增加扩大作用过程中，非-模板指令的核苷酸加入，其会产生一致的配对基因信息传输(allele calls)及更精准的资料输出。PCR反应中含有9.0微升的True Allele PCR Premix(包括dNTPs缓冲溶液，MgCl2，及Tag DNA聚合酶)，3.8微升无菌的去离子水，1.0微升引物对(各5μM引物)，1.2微升基因体DNA(50毫微克)，且装置在96孔洞的微滴定盘上。在9700 PCR机器中(ABI)进行扩大作用，并有以下的热反应95℃，12分钟历1个循环；94℃下熔化15秒共10个循环，在55℃下15秒的回冷，及在72℃下30秒的扩大；在89℃下15秒熔化20个循环，在55℃下15秒的回冷，及在72℃下30秒的扩大；及最后在72℃下10分钟的最终延展1个循环。
PCR的后，反应产物与在1∶1∶2比例下的标记(FAM∶VIC∶NED)汇集以做单一毛细管注射。0.5微升经汇集的PCR产物与9微升甲酰胺大小标准混合物混合，后者的制备系将50微升Gene Scan-500 LIZ大小标准品与900微升Hi-Di甲酰胺混合。DNA的分配及PCR产物的汇集以吸量机械臂分别进行，以确保可快速且无误地处理。PCR汇集物在ABI 3700 DNA分析仪上分离。以GeneScan 500 LIZ为内部大小标准，以助多形片段长度的信息传输，使配对基因的信息传输更正确，并使不同实验条件间数据的比较更明确。基因型则利用GeneScan及Genotyper(ABI)软件来计数，并在未先告知对应表型前，由三个体独立检核。
STR标记与IgE水平的相互关系，可利用蒙地卡罗法(Monte-Carloestimat ion)来鉴知(SAS10.0，SAS Inc.)。以列联表分析，针对连锁不平衡测试重要标记的配对基因。再由奇比例(odd ratio)针对危险因子测试有意义的配对基因。
(4)SNP基因型定型在CD14基因激活子区二侧的DNA片段，以四种不相同的PCRs扩大，其中使用四对前向及反向引物。所使用的引物如下SEQ ID NO1GTG CCA ACA GAT GAG GTT CAC，SEQ ID NO2CGC AGC GGA AAT CTT CATC，
SEQ ID NO3CTA GCT TCT AAG ACC CAC ACT TGG，SEQ ID NO4CTT TCA GAG AAC TCA GGC CAC TG，SEQ ID NO5ACA CCC ACC AGA GAA GGC TTA GG，SEQ ID NO6CCT ACC AGT AGC TGA GCA GGA ACC，SEQ ID NO7CTA GAC CTC AGC CAC AAC TCG，及SEQ ID NO8GGG AAG TGC ATA GGA GAG GAA A。
反应混合物由Tris-HCl 100mM(pH8.3)，KCl 50mM，MgCl22.5mM，40毫微克基因体DNA，0.2mM dNTP，0.25M前向及反向引物，5U Taq DNA聚合酶，及0.05 U Pfu DNA聚合酶于50微升总量中组成。扩大作用在9700 PCR机器上进行(ABI)，其中有四种不同的热循环参数。于SEQ ID NO1及SEQ ID NO2引物对中，应用以下的热条件94℃下4分钟一次循环；94℃下40秒熔化共35个循环，65℃下40秒的回冷及72℃下1分30秒的扩大；及72℃下10分钟的最终扩大一次循环。至于SEQ ID NOs3-8的引物使用touch-down程序。94℃下4分钟的最初变性；94℃下40秒的熔化共10个循环，65℃下40秒的回冷，及72℃下1分30秒的扩大；接下来25个循环，回冷温度降低为每个循环少0.25℃；及72℃，10分钟的最终扩大一个循环。PCR产物以MultiScreen PCR盘(Millipore)经过滤膜超过滤法而纯化，此中依厂商指示进行。
各经扩大及纯化的反应产物再利用前向或反向引物分别测序。测序反应在PCR机器中进行，而各反应混合物由1-3微升经纯化的PCR产物，Big Dye Terminator Ready-Reaction-Premix及10微微摩尔测序引物组成。反应28个循环，即94℃下30秒，52℃下30秒，及58℃下2分钟。反应产物以乙醇沉淀纯化，再悬浮于去离子化的甲酰胺中，之后填加至ABI 3700毛细管测序仪内。
序列资料以PolyPhred软件分析，以鉴定与IgE水平有关的候选SNPs。候选的SNPs人工检查以确保确实SNPs及各个体配对基因的存在。针对所有序列资料进行独立的人工证实，且仅被证实者接受统计分析。
利用x2试验或Fisher’s精确检定分析IgE的水平及CD14单一核苷酸多形性间的相互关联性，包括配对基因频率及基因型频率。
结果(1)气喘病人中D5S2011标记与IgE血清浓度的相互关联性在所有气喘病人中鉴定12个D5S2011配对基因(A-L)。配对基因、基因型、及血清IgE水平的分布综合于下表1-5中。顷发现D5S2011E配对基因及EE+EX基因型与高的IgE水平有关。相反的，D5S2011J配对基因及JJ+JX基因型与低的IgE水平有关。
表1 D5S2011配对基因与相关的血清IgE水平

aP-值区分高IgE及低IgE群病人间的蒙地卡罗精确检定。
b异型接合性1-和(pi^2)表2 D5S2011 E配对基因与相关的血清IgE水平

OR(奇比率)＝2.38，95％CI(置信区间)＝(1.44，3.91)表3 D5S2011 EE+EX基因型及相关的血清IgE水平

OR＝2.90，95％CI＝(1.58，5.34)表4 D5S2011 J基因及相关的血清IgE水平

OR＝0.29，95％CI＝(0.12，0.71)表5 D5S2011 JJ+JX基因型及相关的血清IgE水平

OR＝0.29，95％CI＝(0.11，0.73)(2)在气喘病人中，CD14-rs2563310T标记与血清IgE浓度的相互关系CD14-rs2563310配对基因，基因型及血清IgE水平的分布综合于下表6及7中。顷发现，CD14-rs2563310T配对基因及TT+CT基因型与高IgE水平有关。
表6 CD14-rs2563310配对基因及相关的血清IgE水平

x2＝3.93，P值＝0.0474，OR＝1.55，95％CI＝(1.004，2.394)表7 CD14-rs2563310基因型及相关的血清IgE水平

x2＝4.233，P组＝0.0396，OR＝2.245，95％CI＝(1.03，4.90)(3)气喘病人中D5S2011 E标记及CD14-rs2563310T标记与血清IgE浓度的相互关联性。
意外地，还发现D5S2011E标记及CD14-rs2563310T标记的组合，较各个别标记更能有效的表示其为具高IgE血清水平(表8及9)。
表8 D5S2011及CD14-rs2563310基因型及相关的血清IgE水平

x2＝14.117，P值＝0.0027表9 D5S2011 EE+EX及CD14-rs2563310 TT+CT基因型及相关的血清IgE水平

OR＝5.257，95％CI＝(1.75，15.78)其它具体实施例在本说明书中揭示的所有说明均可以任何组合加以结合。在本说明书中揭示的各说明可就足供相同、相当或相似目的而以不同特色取代的。因此，除非另有明白陈述，所揭示的各说明，仅为同等或类似说明的一般性实施例。
由上述说明，本领域技术人员可容易地确定本发明的基本特色，且只要不偏离其精神及范畴，可在其中进行各种变化及修饰以适应各种用途及条件者，均属于本发明的范畴。因此，其它具体实施例也包括在以下权利要求的范畴内。
序列表<110>赛亚基因科技股份有限公司<120>检测基因性疾病的方法<140>TW 092100317<141>2003-01-08<160>8<210>1<211>21<212>DNA<213>人工序列<220>
<400>1gtgccaacag atgaggttca c<210>2<211>19<212>DNA<213>人工序列<220>
<400>2cgcagcggaa atcttcatc<210>3<211>24<212>DNA
<213>人工序列<220>
<400>3ctagcttcta agacccacac ttgg<210>4<211>23<212>DNA<213>人工序列<220>
<400>4ctttcagaga actcaggcca ctg<210>5<211>23<212>DNA<213>人工序列<220>
<400>5acacccacca gagaaggctt agg<210>6<211>24<212>DNA<213>人工序列<220>
<400>6cctaccagta gctgagcagg aacc<210>7<211>21
<212>DNA<213>人工序列<220>
<400>7ctagacctca gccacaactc g<210>8<211>22<212>DNA<213>人工序列<220>
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权利要求
1.一种发展检测基因性疾病工具的方法，该方法包括鉴定微卫星标记及单核苷酸多形性标记，其中个体中有微卫星标记及单核苷酸多形性标记存在，显示个体罹患基因性疾病或有罹患此疾病的危险性。
2.一种检测基因性疾病的试剂盒，其包含一种检测微卫星标记的第一作用物，及一种检测单核苷酸多形性标记的第二作用物，其中个体中有微卫星标记及单核苷酸多形性标记存在，显示个体罹患基因性疾病或有罹患此疾病的危险性。
3.一种决定个体是否罹患基因性疾病或发展此疾病危险性的方法，该方法包括取得自个体的核酸样品，及检测微卫星标记及单核苷酸多形性标记，其中如检测有微卫星标记及单核苷酸多形性标记存在，显示个体罹患有基因性疾病或有罹患此疾病的危险性。
4.根据权利要求3所述的方法，其中微卫星标记是D5S2011 E标记，单核苷酸多形性标记是CD14-rs563310 T标记，且如检测有D5S2011E标记及CD14-rs2563310 T标记二者的存在，显示个体罹患过敏性疾病或有患此疾病的危险性，且其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上，或此危险性。
5.根据权利要求4所述的方法，其中过敏性疾病是气喘。
6.一种检测过敏性疾病的试剂盒，其包含一种检测D5S2011 E微卫星标记的第一作用物，及一种检测CD14-rs2563310 T单核苷酸多形性标记的第二作用物，且其中如检测有D5S2011 E标记及CD14-rs2563310 T标记在个体中存在，显示个体罹患过敏性疾病或有罹患此疾病的危险性，且其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。
7.根据权利要求6所述的试剂盒，其中过敏性疾病是气喘。
8.一种过敏性疾病的再分类方法，该方法包括取得核酸样品，其来自罹患过敏性疾病或有罹患此疾病危险性的个体，及检测D5S2011 E微卫星标记，其中如检测有D5S2011 E标记则显示个体IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。
9.根据权利要求8所述的方法，其中过敏性疾病是气喘。
10.一种包装产品，其包含一种容器，一种检测D5S2011 E微卫星标记的作用物，及一种与容器有关的说明，其指明如个体中有D5S2011 E标记存在，显示该个体罹患过敏性疾病或有罹患此疾病的危险性，且其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。
11.根据权利要求10所述的包装产品，其中过敏性疾病是气喘。
12.一种过敏性疾病的再分类方法，该方法包括自罹患有过敏性疾病或有罹患此疾病危险性的个体中取得核酸样品，及检测D5S2011 J微卫星标记，其中如检测有D5S2011 J标记则显示个体IgE血清浓度在200IU/毫升或以下，或有此危险性。
13.根据权利要求12所述的方法，其中过敏性疾病是气喘。
14.一种包装产品，其包含一种容器，一种检测D5S2011 J微卫星标记的作用物，及一种与容器有关的说明，其指明如检测有D5S2011 J标记在个体中存在，显示该个体罹患过敏性疾病或有罹患此疾病的危险性，或其IgE血清浓度在200IU/毫升或以下，或有此危险性。
15.根据权利要求14所述的包装产品，其中过敏性疾病是气喘。
16.一种过敏性疾病的再分类方法，该方法包括自罹患有过敏性疾病或有罹患此疾病危险性的个体中取得核酸样品，及检测CD14-rs2563310 T单核苷酸多形性标记，其中如检测有CD14-rs2563310 T标记则显示个体IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。
17.根据权利要求16所述的方法，其中过敏性疾病是气喘。
18.一种包装产品，其包含一种容器，一种检测CD14-rs2563310 T单核苷酸多形性标记的作用物，及一种与容器有关的说明，其指明如个体中检测有CD14-rs2563310 T标记存在，显示该个体罹患过敏性疾病或有罹患此疾病的危险性，且其IgE血清浓度在1000IU/毫升或以上，或有此危险性。
19.根据权利要求18所述的包装产品，其中过敏性疾病是气喘。
全文摘要
本发明涉及发展检测基因性疾病的方法。方法中鉴定微卫星标记及单一核苷酸多形性标记。在个体中如果有微卫星标记及单一核苷酸多形现象标记二者的存在，显示个体罹患基因性失调症或有罹患此疾的危险性。
文档编号C12Q1/68GK1530449SQ20041000016
公开日2004年9月22日 申请日期2004年1月8日 优先权日2003年1月8日
发明者吴世欣, 黄立志, 林冠如, 余桂廷, 陈瑞麟, 王志尧 申请人:赛亚基因科技股份有限公司