专利名称：患有炎症疾病的受试者对细胞因子靶向药物(CyTD)的早期反应或无反应预测的基因和基 ...的制作方法
患有炎症疾病的受试者对细胞因子靶向药物(CyTD)的早期反应或无反应预测的基因和基因组合
背景技术：
细胞因子革巴向药物(Cytokine targeting drugs)比如TNF α阻断剂(此后称为“ΤΒΑ”)越来越多地用于各种炎症疾病的治疗中。这种TBA被批准的第一个适应症是类风湿关节炎和克罗恩氏病(Crohn' s disease)。类风湿关节炎(RA)是一种主要病因不明的慢性、渐进性、使人衰弱的(debilitating)自身免疫疾病，影响了约1%的人口(I)。RA特征在于滑膜的慢性炎症，其最终导致关节损伤、疼痛和障碍(2)。RA的临床表现(clinicalspectrum)是异质性的(heterogeneous),从轻微到严重不等，具有涉及的二次器官系统(secondary organ system)的差异。目前的治疗反应率上差异进一步说明了疾病异质性。通常用所谓的疾病修饰抗风湿药(DMARDs) (disease-modifying anti-rheumatic drugs)比如氨甲喋呤(MTX)开始一线治疗。约30%的患者显示出欠佳的反应或不能耐受传统DMARDs (3)。在这些患者中，用“生物制剂”起始二线治疗，其为阻断被认为是有助于疾病进展的分子或细胞的试剂，比如肿瘤坏死因子-α (TNF-α )和白细胞介素-I (IL-I)或者B和T-细胞。目前确实可获得九种生物制剂，各具有重叠的或独特的作用机制(4)。对这种治疗的反应率有很大的不同，大量患者对治疗仍然是难治愈的或者仅显示部分改善(5)。药物作用机制的理解不完整以及疾病异质性意味着没有在治疗起始之前鉴定患者对各种生物制剂适合性的方法。建立合理的基础，在此基础上针对特定生物制剂选择患者，将有助于患者被更有效地治疗；对有可能反应的那些患者起始考虑中的生物制剂，而可以为不太可能有反应的患者提供另一种治疗。缺少关于生物制剂疗效和安全性的可靠文献，并且考虑到不反应的或经历严重副作用的患者的百分比、RA的破坏性以及无效生物治疗的社会成本，强烈需要在开始疗法之前对成功进行预测。临床上的或者基于放射照像的测试将最有可能评估病症时为时已晚而不能保护关节免于不可逆的破坏。理想的，作为疗法反应性的预测物，分子生物标志物标记(signature)应当在疗法开始之前在易于获得的生物样本中获得，比如外周血。考虑到RA的系统性质，以及系统性和器官特异性部分之间的关联，外周血可能不会直接隐含对疾病病理机制的理解，但它特别适于分析基因的表达谱，其提供了一个框架来选择临床相关的生物标志物。此外，基于血的测试还比基于滑膜组织的测试对患者具有更小的侵入性。最终，这可能会导致个体化形式的医药，借此最适合的疗法将被应用到个体患者。这同样适用于TBA已被批准的或者初步结果表明TBA可能会是有用的治疗的其它炎症疾病。目前，除RA或克罗恩氏病的治疗以外，TBA已批准用于治疗强直性脊柱炎、银屑病关节炎、斑块状银屑病和溃疡性结肠炎(特别是参见英夫利昔单抗和依那西普的FDA标签)。此外，初步结果表明TBA在若干其它炎症疾病中可能是有用的治疗，比如血管炎(特别是白塞氏病、变应性肉芽肿性血管炎(churg-strauss vasculitis)、结节性多动脉炎和巨细胞性关节炎);韦格纳肉芽肿(Wegener' s granulomatosis);结节病；成人发病的斯提耳氏病(Still，s disease)、多肌炎/皮肌炎和系统性红斑狼疮(SLE) (31和32)。在所有情况下，只有部分(尽管有时高的比例)用TBA治疗的患者显示对治疗的临床反应(特别是参见央夫利昔单抗(Reraicade )和依那西普(Enbrei )的FDA标签)。因此，对于其中TBA可能有用的所有疾病，能够预测受试者对TBA治疗作出反应或不反应的能力将非常有用。一种深入了解存在于病理生理过程中的分子标记的非常强大的方式来自于DNA微阵列技术，该技术允许在具有临床定义的疾病的患者当中在血液和组织样本中鉴别差异表达的基因部分。这些差异表达的基因可能对导致疾病的生物途径提供深入了解，并代表早期诊断、预后和反应预测的分类物(c I as s i fi er )。使用这种多级且相对昂贵的技术受多个缺陷的困扰，这在很大程度上取决于完美标准化的条件。可能影响灵敏度和重现性的因素范围从样本的不同、起始RNA材料在数量和质量上的差异、扩增和做标记的策略和染料到探针序列和杂交条件。此外，标准化(normalization)和数据分析算法使用的标准化方法的缺乏可影响结果。此外，大多数微阵列研究未经过前瞻性规划且往往没有详细的协议，而是倾向于利用已有的样本。因此，结果的验证在微阵列研究中是必不可少的步骤，并且必须设置质量标准。基于收集于治疗基线处的生物样本(滑膜或外周血)的回顾性分析，一些研究小组已经探讨了鉴定能够根据患者对治疗的反应对他们进行分类的分子特性(单核苷酸多态性、基因表达等)的可能性。特别是，许多关注已给予了 TNF-α阻断剂英夫利昔单抗，几年前由T LeqUerr6和同事对基于基因表达的对疗法的反应的预测做出第一份报告(6)。自此，其它几个小组也相似地报告了大规模的外周血基因表达分析作为对英夫利昔单抗的反应的预测的手段(7) (8) (9)。所有这些研究报告了差异表达基因及其组合用于预测对治疗的反应。这些研究为在基线治疗预测对英夫利昔单抗的反应提供重要的概念证据。无论如何，正如所有这类研究，利用微阵列技术，在相对较小的患者群中同时测量成千上万个基因，冒着过度拟合(over-fitting)数据的风险，导致假阳性结果。此外，这些研究的单中心性质可能会将所鉴定的基因的相关性限制到一个更广且更加人口统计学上多样的群体。本发明通过将来自多个现有研究的信息进行组合克服了这些缺点。这种方法可以提高结果的可靠性和普遍性。定量方法显示出广泛的应用于将元分析(meta-analysis)方法应用到基因组范围的数据用于生物发现的目的,在这样的方法中处理(address ) —组相关研究假设的个体研究经统计整合和分析用来确定干预的有效性(元分析)。元分析已经用于鉴定两组之间差异表达的基因用来比较在不同微阵列平台上获得的结果(跨平台分类)，用来鉴定来自异源数据集的样本之间的重叠，用来鉴定共同表达的基因或者用来重建基因网络。多基因表达微阵列数据集的元分析提供辨别基因表达标记，所述辨别基因表达标记是在大量微阵列样本上所鉴定且验证的，由不同实验室和微阵列技术产生。通过这种方法产生的预测模型比单一数据集所产生的得到更好的验证，同时也展现了高的预测能力和改进的普适性能。在本发明中，根据Ramasamy等人(10)描述的在微阵列数据集上进行元分析的分步方法进行元分析(I-鉴定合适的微阵列研究；2-从研究中提取数据(这一步骤也涉及从所选研究的作者获得额外信息);3-制备个体数据集；4注释个体数据集；5_解决探针和基因之间的多-对-多关系；6_组合研究特异性估计；7_分析、描述和解释结果)。
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因此鉴定了对英夫利昔单抗疗法的将反应者和无反应者之间差异表达的61个基因。此外，两个个体基因已被发现与测试受试者的英夫利昔单抗反应或无反应表型高度相关，并且最少数目基因的几个组合被提出作为RA患者中对抗-TNF治疗的初期(第14周和第22周)反应的预测。这些组合包括那些已知参与英夫利昔单抗的炎症或免疫过程而非代谢途径的基因，这明确表示所述组合用于预测患有其它炎症疾病的患者对TNFa-阻断剂(TBA)反应或无反应表型的普遍有用性是合理的，尤其是那些TBA已被批准的或者初步研究中已显示是有用的疾病。
发明内容
因此本发明涉及细胞因子靶向药物(此后称为CyTD，比如TNFa-阻断剂，此后称为TBA)反应或无反应的表型的体外诊断或预后的方法,包括(a)根据患有炎症疾病的受试者的生物样本确定包括如下或由如下组成的表达(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，(b)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，以及(c)根据所述比较确定CyTD反应或无反应的表型。本发明还涉及用于为患有炎症疾病的患者设计CyTD治疗的方法，所述方法包括(a)根据所述受试者的生物样本确定包括如下或由如下组成的表达谱⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，(b)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，(c)根据所述比较确定CyTD反应或无反应的表型，以及(d)根据所述鉴定的CyTD反应或无反应表型设计CyTD治疗的剂量。本发明还涉及用CyTD治疗患有炎症疾病的患者的方法，包括(a)使用本发明的方法根据所述受试者生物样本确定CyTD反应或无反应表型的存在，以及(b)按照步骤(a)的结果调整CyTD治疗。所述CyTD治疗的调整可存在于-如果受试者已被诊断为CyTD无反应的，降低或抑制所述CyTD治疗,或-如果受试者已被诊断为CyTD反应的，延续所述CyTD治疗。
本发明还涉及CyTD在炎症疾病治疗中的新用途，包括步骤Ca)使用本发明的方法根据患有炎症疾病的受试者的生物样本确定CyTD反应或无反应表型的存在，以及(b)相对于步骤(a)的结果确定待施用的CyTD剂量。任选地；向受试者施用步骤(b)中确定的CyTD剂量。因此本发明涉及CyTD，用于治疗炎症疾病，其中向患有所述炎症疾病的受试者施用CyTD，其中使用本发明的方法所述受试者已被诊断和/或预后为反应性的。本发明还涉及CyTD用于制备用于在患有炎症疾病的受试者中治疗所述炎症疾病的药物的用途，其中使用本发明的方法所述受试者已被诊断和/或预后为反应性的。贯穿本说明书，“炎症疾病”是指涉及导致身体损伤的非受控炎症过程的疾病，并包括通常被本领域技术人员视为炎症疾病的任何疾病。有利地，所述炎症疾病已知涉及，至少在一些情况下，致病性炎症细胞因子(IL-1、IL-6、IL15、IL-17、IL-18、IL-23或TNF-α )分泌。然后本发明的方法允许诊断这种致病性炎症细胞因子分泌在受试的受试者中的存在，来预测他/她对CyTD治疗的反应能力，并且因此鉴于其CyTD反应/无反应表型调整他/她的治疗。甚至更有利的，所述炎症疾病已知涉及，至少在一些情况下，致病性TNF-a的分泌。然后本发明的方法允许诊断这种致病性TNF-α分泌在受试的受试者中的存在，来预测他/她对TBA治疗的反应能力，并且因此鉴于其TBA反应/无反应表型调整他/她的治疗。这种炎症疾病可以是自身免疫或非自身免疫来源的。本发明的方法和试剂盒对其有用的，尤其是用于确定TBA反应或无反应表型的炎症疾病的非限制性实例包括类风湿关节炎(RA)、克罗恩氏病、强直性脊柱炎、银屑病关节炎、斑块状银屑病、溃疡性结肠炎、血管炎(特别是白塞氏病、变应性肉芽肿性血管炎、结节性多动脉炎和巨细胞性关节炎)；韦格纳肉芽肿；结节病；成人发病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系统性红斑狼疮(SLE)。本发明的方法对其是有用的优选的疾病的组是那些TBA已被批准用于其治疗中的类风湿关节炎(RA)、克罗恩氏病、强直性脊柱炎、银屑病关节炎、斑块状银屑病、溃疡性结肠炎。本发明的方法尤其适用于确定患RA的患者的TBA反应或无反应表型。对于类风湿关节炎(RA)，由于通常用所谓的疾病修饰抗风湿药(DMARDs)起始一线治疗，本发明还涉及治疗患RA的受试者的方法，包括步骤Ca)向所述患RA的受试者施用治疗剂量的DMARD,(b)使用本发明的方法根据所述患RA的受试者生物样本确定CyTD反应或无反应表型的存在，以及(c)相对于步骤(b)的结果确定待施用的CyTD剂量。因此，本发明还涉及DMARD和CyTD的组合用于治疗RA，包括步骤(a)向患RA的受试者施用治疗剂量的DMARD，(b)使用本发明的方法根据所述患RA的受试者生物样本确定CyTD反应或无反应表型的存在，以及(C)相对于步骤(b)的结果确定待施用的CyTD剂量。任选地；向受试者施用步骤(C)中确定的CyTD剂量。在一个优选实施方式中，DMARD是氨甲喋呤(MTX)。通过“细胞因子靶向药物”或“CyTD”是指中和细胞因子信号的任何分子，特别是通过结合和中和细胞因子或其受体的任何分子。这样的结合和中和分子可能特别是特异于所述细胞因子或细胞因子受体的抗体或其片段、细胞因子受体拮抗剂、或结合和中和所述细胞因子或细胞因子受体的任何其它分子，比如重组蛋白质。所述CyTD优选靶向炎症细胞因子如IL-l、IL-6，IL-15，IL-17，IL-18，IL-23或TNF-α或这些炎症细胞因子的受体。靶向IL-I信号的分子包括IL-I的单克隆抗体，比如康纳单抗(Canakinumab)(商品名llaris )、人抗-IL-I β的单克隆抗体；IL-1受体拮抗剂如阿那白滞素(商品名Kineret )以及IgGlFc部分和人IL-IRI和IL-IAcP配体结合结构域之间的融合蛋白比如利纳西普(Rilonacept)(商品名Arcalyst )。革巴向IL_6信号的分子尤其包括塔西单抗(Tocilizumab),—种抗-IL-6R单克隆抗体。靶向IL-15信号的分子尤其包括HuMax-IL-15 (AMG 714)，一种抗-IL-15单克隆抗体。靶向IL-17信号的分子尤其包括AIN457，一种抗-IL-17A单克隆抗体。贯穿本说明书中，CyTD的优选实施方式是“TNFa -阻断剂”或“TBA”。通过“TNFa-阻断剂”或“TBA”，此处是指能够中和TNFa作用的生物剂。所述剂优选是蛋白质比如可溶性TNFa受体,例如培那西普(Pegsunercept),或抗体。在另一个优选实施方式中，所述剂是单克隆抗体。在甚至另一个优选实施方式中，所述剂选自依那西普(EnbreIS)、英夫利昔单抗(Remicade )、阿达木单抗(Humira )和赛妥珠单抗(Certolizumab pegol)(Cimzia ) ^在甚至更优选的实施方式中，所述剂是英夫利昔单抗。在根据本发明的任意方法的尤其优选的实施方式中，炎症疾病是类风湿关节炎，并且CyTD是英夫利昔单抗，一种特定的TBA。根据本发明“CyTD反应表型”被定义为受试者对CyTD施用的反应状态。“反应状态”是指所述受试者(称作CyTD反应受试者或反应受试者或反应性受试者出于本申请的目的，这些术语是相似的)对治疗反应，即治疗在所述受试者中是有效的。反应的定义是临床症状的改善。根据ACR20、ACR50、ACR70准则(11)和/或在14或22周的EULAR准则或者DAS28变化>1. 2进行这种反应的定量。甚至更优选的是在14周的EULAR反应准则。这些准则(31)已经由重组领域专业人士的组织(ACR :美国风湿病学院；EULAR :欧洲抗风湿联盟)所建立。因此这些准则是本领域技术人员公知的并且不需要在这里详述。相反,“CyTD无反应表型”是指在所述受试者中没有反应的状态(此处称为CyTD无反应受试者或无反应受试者或无反应性受试者这些术语在本申请上下文中应当被认为是具有相同含义的)，意味着所述受试者对于治疗仍然是难治愈的。在任意上述本发明的诊断/预后体外方法的优选实施方式中，所述受试者是患RA的受试者。“患RA的受试者”是符合美国风湿病学院(ACR)RA准则(11)的受试者。在另一个实施方式中，所述受试者没有用CyTD治疗；在另一个实施方式中，所述受试者用CyTD治疗。这将很容易地相信，当所述受试者没有用CyTD治疗时，本发明的方法允许所述受试者的反应性/无反应性的预后。因此，在本实施方式中，本发明的方法允许本领域技术人员预后(即鉴定)对CyTD治疗反应易感的受试者。鉴于RA的破坏性质和无效生物治疗的社会成本，这是非常重要的。此外，由于本发明的这种实施方式允许在起始任何治疗之前鉴定无反应受试者，一位经治疗的受试者遇到严重副作用的风险大大降低。当根据本发明的受试者用CyTD治疗时，本发明的方法，对于诊断受试者是否对所述CyTD反应，并且所述受试者是否将因此受益于所述治疗的延续，是有用的。此外，它们对于诊断对治疗不反应的患者是有用的，即对于CyTD是难治愈的，因此应当迅速转移到另一疗法。考虑到RA的使人衰弱的性质，这一成果是至关重要的。特别是，本发明的方法允许在CyTD治疗开始后弟14周或22周进彳了诊断。在本说明书中，针对CyTD所描述的还特别适用于TBA，其是CyTD在根据本发明的 任何方法或试剂盒中的优选实施方式。“生物样本”可以是取自受试者的任何样本，比如血清样本、血浆样本、尿样本、血液样本、淋巴样本或活检。这种样本必须允许确定包含如下或由如下组成的表达谱⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRKl、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。用于确定表达谱的优选生物样本包括样本比如血液样本、血浆样本、淋巴样本、或活检。优选地，生物样本是血液样本。实际上，可通过完全无害的血液收集从患者获得这种血液样本，从而允许CyTD反应或无反应表型的非侵入性诊断。通过“表达谱”表示包含如下或由如下组成的基因的组的表达水平⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，因为这些表达谱已被证明与评价受试者的反应/无反应表型尤其相关。在一个最优选实施方式中，用于诊断CyTD治疗开始后第14周或22周受试者是否反应的表达谱包括或优选由如下组成基因IL2RB、S100A9、和CASP5，或者基因S100A9或其等同表达谱，或者任选地一个或更多个看家基因。在另一个最优选实施方式中，用于诊断CyTD治疗(尤其是TBA治疗)开始后第14周或22周的反应性的表达谱包括或优选由如下组成基因MAPK14和S100A9，或其等同表达谱，或者任选地一个或更多个看家基因。在另一个最优选实施方式中，用于诊断CyTD治疗(尤其是TBA治疗)开始后第14周或22周的反应性的表达谱包括或优选由如下组成基因S100A9或其等同表达谱,或者任选地一个或更多个看家基因。在另一个最优选实施方式中，用于诊断CyTD治疗(尤其是TBA治疗)开始后第14周或22周的反应性的表达谱包括或优选由如下组成基因MAPK14和GNLY，或其等同表达谱，或者任选地一个或更多个看家基因。确定CyTD反应或无反应表型的存在凭借在步骤(b)中将获得的表达谱与至少一个参考表达谱的比较而进行。术语“等同表达谱”此处涉及如下的表达谱(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCKJP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，其中，一些基因的添加、删除或取代不显著改变测试的可靠性，并且被视为“可接受的表达谱”。作为一个实例，相同代谢途径的其它基因对本发明所描述的组的一些基因的添加或取代也应当被视为等同表达谱。例如S100A8等同于S100A9，并且在其中S100A9被S100A8所替换的任何上述(i)或(ii)表达谱(即包括或由如下组成的表达谱基因MAPK14和S100A8 ;表2的8或61个基因，其中S100A9被S100A8所替换；或者基因S100A8 ；或基因 S100A8、IL2RBJPCASP5 ;或基因 S100A8、IL2RB、KLRK1、HCK和 GNLY ;或基因 S100A8、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5和UTP14C)也应当被视为上述(i)和(ii)表达谱的等同表达谱，因此包括在本发明的范围内。更通常被视为等同表达谱的是，在其中一些基因被属于相同生物网络的基因所替换的任何表达谱，比如下面图2和3中所述的。术语“可接受的表达谱”此处涉及能够正确划分至少60%，优选65%，以及更优选70%所分析的样本的表达谱，具有至少60%，优选65%，以及更优选70的灵敏度和特异性。灵敏度值定义为对CyTD治疗真正临床上反应的以及使用本发明的测试划分为反应的患者的数目相对于所有用CyTD治疗的患者的比。特异性测量使用本发明的测试所正确鉴定的对CyTD治疗真正临床上不反应的患者相对于所有用CyTD治疗的患者的比例。通过“最优表达谱”表示能够正确划分至少80%所分析的样本的表达谱，具有灵敏度或至少80%的灵敏度。尽管如下的列表(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，已经被确定为评价反应性/无反应性的最优表达谱，等同表达谱比如上面所定义的，仍然允许评价反应性，具有可接受的可靠性。在一些具体的实施方式中，如下的亚列表⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因，或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，仍然允许评价反应性，具有良好的可靠性并且应当被视为可接受的表达谱。而用于确定CyTD (尤其是TBA)反应或无反应表型的表达谱可包括和不仅由如下组成⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，优选的是表达谱由或者主要由上述(i)、(ii)或(iii)表达谱之一组成，任选地具有一个或更多个看家基因，表示不超过50、40、30、25、
1120个，优选不超过15个，优选不超过10个，优选不超过9、8、7、6、5、4、3、2或I个不是属于上述(i)、(ii)或(iii)表达谱或看家基因之一的基因包括在表达谱中。通过“看家基因”，意思是以相对恒定的水平在很多或所有已知情况当中组成性表达的基因，因为它们编码细胞一直需要的蛋白质，因此它们对于细胞是必要的并且在任何条件下总是存在。假设它们的表达不受实验条件影响。它们编码的蛋白质通常参与细胞生存(sustenance)或维持所必需的基本功能。可用于本发明方法的看家基因的非限制性实例包括-HPRTl (次黄嘌呤磷酸核糖转移酶I)，-UBC (泛素 C)，-YffHAZ (酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5_单加氧酶激活蛋白，zeta多肽)，-B2M (beta-2-微球蛋白)，-GAPDH (甘油醛_3_磷酸脱氢酶)，-FPGS (叶酸多聚谷氨酸合成酶)，-DECRl (2，4_ 二烯酰基CoA还原酶1，线粒体)，-PPIB (肽酰脯氨酰异构酶B (亲环素B))，-ACTB (肌动蛋白 β )，-PSMB2 (蛋白酶体(前体(prosome),巨蛋白因子(macropain))亚基，β型，2),-GPSl (G蛋白途径抑制因子1)，-CANX (钙联蛋白)，-NACA (新生多肽相关复合物α亚基)，-ΤΑΧ1ΒΡ1 (Taxl (I型人T-细胞白血病病毒)结合蛋白1)，和-PSMD2 (蛋白酶体(前体，巨蛋白因子)26S亚基，非-ATP酶，2)。优选，用于本发明方法标准化的看家基因的数目包括在I至5之间，优选3个。确定反应或无反应表型的存在凭借在步骤(b)中将获得的表达谱与至少一个参考表达谱的比较而进行。“参考表达谱”是预定的表达谱，获自来自具有已知特定反应状态的受试者的生物样本。为了使得这种比较有意义且强大，通过训练根据如下步骤所获得的算法而确定“参考表达谱”:-收集获自反应或无反应患者的生物样本的表达谱，-在上述患者的表达谱上训练算法，用于将所述表达谱划分为反应和无反应表型。“获得的表达谱与参考表达谱的比较”可以被理解为将调整的算法应用到获得的表达谱上。在具体的实施方式中，用于比较步骤(b)中测试样本的参考表达谱可能已获自来自CyTD反应受试者的生物样本(“CyTD反应参考表达谱”或“反应参考表达谱”；如此处所用这些表达是同义的)，和/或来自CyTD无反应受试者的生物样本(“CyTD无反应参考表达谱”或“无反应参考表达谱”；如此处所用这些表达具有相同含义)。优选地,至少一个参考表达谱是CyTD反应参考表达谱。或者,至少一个参考表达谱可以是CyTD无反应参考表达谱。更优选的是，CyTD反应表型的存在或不存在的确定是通过与至少一个反应者(responder)和至少一个无反应者参考表达谱比较而进行的。因此可使用一个反应参考表达谱和一个无反应参考表达谱进行诊断或预后。有利的是，为了获得更强大的诊断或预后，使用若干反应参考表达谱和若干无反应参考表达谱进行所述诊断或预后。受试的受试者的表达谱与所述参考表达谱的比较，其允许基于他/她表达谱预测受试的受试者临床反应，可使用统计模型和机器学习技术(machine I earningtechnologies)由本领域技术人员进行。PLS (偏最小二乘法)回归尤其与在小量(small)参考样本的情况下给出预测有关。也可以使用支持向量机(SVM)、逻辑回归、线性判别分析(Linear DiscriminantAnalysis)、随机森林(random forests)、k_NN 最邻近法(nearestneighbour)或PAM (微阵列预测分析)统计方法进行比较。可以通过本领域技术人员公知的任何技术来确定表达谱。尤其是，可在基因组和/或核酸和/或蛋白质水平测量各基因表达水平。在一个优选的实施方式中，通过测量各基因核酸转录物的量确定表达谱。在另一个实施方式中，通过测量各基因产生的蛋白质的量确定表达谱。可以通过本领域技术人员公知的任何技术来测量核酸转录物的量。尤其是，可直接在提取的信使RNA(mRNA)样本上、或在通过本领域公知的技术从提取的mRNA制备的反转录互补DNA (cDNA)上进行测量。可以使用本领域技术人员公知的任何技术测量来自mRNA或cDNA样本的核酸转录物的量，包括核微阵列、定量PCR和用标记探针杂交。在一个优选的实施方式中，使用定量PCR确定表达谱。定量，或实时PCR是一种本领域技术人员公知且容易获得的技术，不需要精确描述。在一个具体的实施方式中，不应该被视为限制本发明的范围，使用定量PCR确定表达谱可以按照如下进行。简要地说，使用TaqMan Universal PCR Master Mix (AppliedBiosystems)进行实时 PCR 反应。6 μ L 的 cDNA 加入到含有 7. 5 μ L 的 TaqManUniversal PCRMaster Mix、0. 75 μ L的20X探针和引物的混合物以及0. 75 μ I水的9 μ L PCR混合物中。反应由如下组成一个在50°C的2分钟的起始步骤，随后在95°C的10分钟，以及40个扩增循环，包括在95°C 15秒和在60°C I分钟。使用ABI 7900HT快速实时PCR系统(AppliedBiosystems)可以进行反应和数据采集。通过记录对数生长期的扩增循环确定样本中模板转录物分子的数目(循环阈值或CT)，在此期间可以检测背景荧光之上的荧光信号。因此，模板转录物分子的起始数目与Ct负相关。使用“ Λ ACT法”测量基因的表达水平，简言之，通过一个或一组参考/看家基因和/或通过参考样本比如合并的样本或市售参考(比如qPCR人类通用参考(qPCR Human Universal Reference) cDNA,随机引物；Ozyme ;r6f639654)对基因进打标准化。在另一个优选的实施方式中，通过利用核微阵列确定表达谱。根据本发明“核微阵列”由附着至基底(substrate)上的不同核酸探针组成，其可以是微芯片、玻璃载片或微球尺寸的珠。微芯片可以由聚合物、塑料、树脂、多糖、二氧化硅或基于二氧化硅的材料、碳、金属、无机玻璃或硝酸纤维素构成。探针可以是核酸比如cDNAs(“cDNA微阵列”)或寡核苷酸(“寡核苷酸微阵列”)，并且寡核苷酸长度上可以是大约25至大约60个碱基对或更短。为了确定靶向核样本的表达谱，所述样本经标记，与微阵列在杂交条件下接触，导致与附着至微阵列表面的探针序列互补的靶向核酸之间复合物的形成。然后检测标记的杂交复合物的存在。微阵列杂交技术的许多变化对于本领域技术人员是可获得的。在一个优选实施方式中，核微阵列是包括或由特异于如下的寡核苷酸组成的寡核苷酸微阵列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。优选，寡核苷酸约50个碱基长。承认的是，本发明的核酸微阵列或寡核苷酸微阵列包括特异于如上定义的等同表达谱的微阵列。基于各基因的基因组序列(见表2Genbank登录号)，使用本领域中已知的任何微阵列寡核苷酸设计方法，可以设计特异于表2任何基因的合适的微阵列寡核苷酸。尤其是，可以使用针对微阵列寡核苷酸的设计而开发的任何可获得的软件，比如，例如OligoArray软件(可在 http: //berry, engin. umich. edu/oligoarray/ 上获得)、GoArrays 软件(可在 http: //www. isima. fr/bioinfo/goarrays/ 上获得)、阵歹丨J设计软件(可在 http: IIwm.premierbiosoft. com/dnamicroarray/index, html 上获得)、Primer3 软件(可在 http: //frodo. wi. mit. edu/primer3/primer3code. html 上获得)或 Promide 软件(可在 http: //oligos. mo I gen, mpg. de/ 上获得)。在另一个实施方式中，通过利用蛋白质微阵列确定表达谱。在根据本发明的方法的一个具体的实施方式中，所述方法可以进一步包括确定至少一个用于诊断的额外参数。这种“用于诊断的参数”是不能单独用于诊断的参数，但是已被描述为展示反应性受试者和明显难以治愈的受试者之间显著差异值的参数，其还可因此用于细化(refine)和/或确认根据上述本发明方法的诊断。它们可显著包括取决于炎症疾病的相关临床参数。对于类风湿关节炎(RA)，这种临床参数包括受试者疼痛的评价、晨僵时间、肿胀关节数、关节疼痛数等。优选，有用的参数或诊断确定自受试者的非侵入性生物样本。特别是，对于RA，它们可以选自特异于RA的标准生物参数。根据本发明，特异于RA的标准生物参数是临床医生通常用于监测RA治疗疗效的生物参数。特异于RA或自身免疫疾病的这些标准生物参数通常包括本领域技术人员所熟知的特定蛋白质的血清或血浆浓度。可以通过测试确定特异于RA的所述标准生物参数，测试包括抗核抗体测试(AM测试)、C-反应蛋白测试(CRP测试)、红细胞沉降率(ESR测试)、环瓜氨酸肽抗体检测(CCP测试)、和类风湿因子测试。这些测试对于本领域技术人员是众所周知的，此处不作详细介绍。它们可单独使用或组合使用。这种额外参数可用以确认使用包括如下或由如下组成的表达谱所获得的诊断(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，
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以及任选地一个或更多个看家基因。本发明进一步涉及用于CyTD反应或无反应表型的体外诊断的试剂盒，包括至少一种用于确定包括如下或由如下组成的表达谱的试剂(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。通过“用于确定表达谱的试剂”是指专门允许确定所述表达谱的试剂，即专门意图用于特异性确定包括在表达谱中的基因的表达水平的试剂。这种定义不包括用于确定任何基因表达水平的通用试剂，比如Taq聚合酶或扩增缓冲液，尽管这种试剂也可以被包括在根据本发明的试剂盒中。在根据本发明的试剂盒的一个优选实施方式中，所述试剂盒专用于基于包括如下或由如下组成的表达谱的CyTD反应或无反应表型的体外诊断(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。通过“专用的”是指本发明试剂盒中用于确定表达谱的试剂基本上由用于确定上述(i)、(ii)或(iii)表达谱，任选地一个或更多个看家基因的表达水平的试剂组成，并且因此包括用于确定除了上述(i)、(ii)或(iii)表达谱和看家基因中提到的那些以外的基因表达的最少试剂。例如本发明专用试剂盒优选包括不超过50、40、30、25、20种，优选不超过15种，优选不超过10种，优选不超过9、8、7、6、5、4、3、2或I种用于确定不是属于上述(i )、( i i )或(i i i )表达谱之一并且不是看家基因的基因的表达水平的试剂。这种用于CyTD反应或无反应表型的体外诊断的试剂盒可进一步包括用于确定反应性表型存在或不存在的说明书。这种用于反应性表型体外诊断的试剂盒可进一步包括至少一种用于确定用于诊断的额外参数(比如标准生物参数)的试剂。尤其是，所述试剂用于进行任何如下测试抗核抗体测试(ANA测试)、C-反应蛋白测试(CRP测试)、红细胞沉降率(ESR测试)、环瓜氨酸肽抗体检测(CCP测试)、和类风湿因子测试。在用于根据本发明的反应性表型的体外诊断的任何试剂盒中，用于确定包括如下或由如下组成的表达谱的试剂⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，优选包括用于如下转录物的特异性定量扩增的特异性扩增引物和/或探针⑴基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，和/或用于检测如下的核微阵列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。可因此使用定量PCR和/或核微阵列，优选寡核苷酸微阵列和/或蛋白质微阵列，进行表达谱的确定。此外，用于确定CyTD (特别是TBA)表型存在或不存在的说明书优选包括至少一个参考表达谱，或至少一个用于获得参考表达谱的参考样本。在一个优选的实施方式中，至少一个参考表达谱是反应性表达谱。或者，至少一个参考表达谱可以是无反应性表达谱。更优选的是，通过比较如上所述的反应和无反应表达谱进行反应性水平的确定。本发明还涉及包括或由特异于如下的核酸组成的核酸微阵列(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。所述核酸微阵列可以包括特异于额外基因和任选地一个或更多个看家基因的额外核酸，但优选由最多 500、400、300、200 优选 100、90、80、70 更优选 60、50、45、40、35、30、
25、20、15、10或甚至更少的(例如9、8、7、6、5、4、3、2或I)不同核酸组成。在一个优选的实施方式中，所述核酸微阵列包括不超过50、40、30、25、20，优选不超过15，优选不超过10，优选不超过9、8、7、6、5、4、3、2或I个特异于不是属于上述(i)、
(ii)或(iii)表达谱之一的基因并且不是看家基因的不同核酸。有利的是，所述微阵列由特异于如下的核酸组成(i)基因 MAPK14 ;或基因 MAPK14 和 S100A9 ;或基因 MAPK14 和 GNLY ;或表 2 的 61个基因；或(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、
16HCKjP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRKl、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，
以及任选地一个或更多个看家基因。
在一个优选的实施方式中，所述核酸微阵列是包括或由特异于如下的寡核苷酸组成的寡核苷酸微阵列
(i)基因MAPK14 ;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或
(ii)基因 S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCKJP GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者
(iii) (i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，
以及任选地一个或更多个看家基因。
通过描述本发明，可以通过参考此处提供的某些具体实施例和附图获得对本发明特征和优点的进一步理解，实施例和附图仅出于说明性目的而非意图进行限制，除非另有指明。
图I :对于最差异表达的8个基因的两个最显著富含GO的术语是“ Y干扰素生产的正调节”(A)和“自然杀伤细胞介导的细胞毒作用的正调节”(B) (P值<5xl0_3)。
图2 :使用PathGen的MAPK14和S100A9的途径分析
图3 :由Ingemiity 系统分析产生的最差异表达的8个基因属于单个生物网络(细胞-细胞信号和相互作用、血液系统发育和功能、免疫细胞运输)。
在图3中，符号代表不同分子类型；
-向上的三角形磷酸酶，
-向下三角形激酶，
-横向椭圆形转录调节因子，
-垂直椭圆形跨膜受体，
-菱形酶，
-横向矩形配体依赖的核受体，
-垂直矩形G_蛋白偶联受:体，
-单圈其它类型的分子，
-双圈复合物群体，
阴影的形状代表作为61个所列出部分的分子。
线的类型代表相互作用类型
-简单箭头表示第一分子直接作用于第二分子(比如但不限于激活)
-虚线箭头表示第一分子间接作用于第二分子
-以短的节段结束的线表示抑制
-单线代表相互作用(比如但不限于蛋白质-蛋白质相互作用)具体实施方式
实施例实施例I :两个数据集的元分析(Bienkowska等人(9)和Tulia等人(8))材料和方法在这个实施例中，描述了随后实施例1-3中使用的材料和方法。数据鉴定和数据提取:在它们已经在首次接受生物制剂的RA患者上进行过的基础上选择研究，所述患者用英夫利昔单抗起始疗法，并在第14或22周获得他们对治疗反应的测量。需在基线(治疗前)获得大规模的基因表达信息。按照Ramasamy等人描述的步骤(10),我们鉴定符合我们研究准则的四项研究Lequerr6等人(6)、Sekiguchi等人(7)、Bienkowska等人(9)和Julidi等人(8)。表达数据、表型和注释数据都下载自GEO (分别为GSE3592、GSE8350、GSE12051 和 GSE15258)。 所有四项研究鉴定“对抗TNF疗法反应的基因表达标记”。有趣的是，然而，未有过两个出版物使用相同的方法，这可以部分解释所报道的标记之间缺少重叠。为了使四项研究更具有可比性，我们联系了作者以获得更多的个体信息，比如基线DAS28和第14周或22周以使用单一的反应定义(EULAR准则一具有“中度(moderate)”和“良好”的反应者被视为反应者)或治疗细节以确保只分析用英夫利昔单抗治疗的患者。因此，基于第14周和第22周的EULAR定义，我们将患者重新分类为反应者，并进行良好和中度反应者相对于无反应者的二进制分析。这种二进制分组尤其适合无反应者的鉴定。最终的数据集总结于表I并且是我们可以得到的最均匀的数据。 表I :临床准则比对之后的数据集总结
数据质量和数据加工:来自Bienkowska等人的数据是唯一的我们下载原始CEL文件并使用我们内部规程进行加工的数据(在细化器(refiner)阵列中使用GC-RMA通过GENEDATAExpressionist (Genedata AG, Basel,瑞士)进行标准化)。由于失真(distortion)增加，有质量问题(quality issue)的六个芯片被标记(flagged)。然而，由于对于英夫利昔单抗样本可用的阵列数目有限，我们将它们包括在我们的分析中。来自Lequerr6等人、Julia等人和Sekiguchi等人的数据均作为表达矩阵下载，其对应着标准化之后的表达值。Lequerr6等人的数据包括技术重复；我们平均技术重复并从分析中排除对照样本。为了将探针信息翻译成基因信息，我们使用NCBI的Geneld，正如在GEO上发现的各自注释文件中所提供的。当多个探针可获得时，我们选择跨平台具有相同NCBI GI号的探针。当探针在GI方面不同时，它们被随机选择。因此对于各基因，只有一个探针在分析中发挥作用。统计分析:由于Sekiguchi等人所用的阵列上的探针数目有限，以及Lequerr6等人研究中样本来源引入的主要差异(PBMC相对于全血),我们仅在Bienkowska等人和Julia等人的数据集上初步进行了元分析。我们然后加入来自Sekiguchi等人的数据并且最后来自Lequerr6等人的数据进行了元分析。因此进行三个元分析(分别，实施例1、2和3)。使用MetaArray包(D Ghosh和H Choi，2009)在R上进行统计分析。这种包执行(H Choi, 2005)中所述的潜变量模型以及整合相关性(integrative correlationX 12)。对于表达的概率(POE)的估计，我们使用EM估计方法。在100%存在上并基于平均相关>-0. 2过滤探针。采用t检验，如R中multtest库中所执行的，评价个体探针的贡献。基于分布图的目视检查，我们将阈值设置为在2. 5的显著性。然后在个体数据集中进一步分析使用这种方法鉴定的探针的列表来评价它们的预测性能。这在Genedata Expressionist 中使用Fisher LDA预测物和留一验证(leave-one-out cross validation)进行。 在 Genedata i/.xpi'i-.'ssionisix (GenedataAG, Basel,瑞士)中使用Gene Ontology Fisher (无对应译文)的精确测试功能进行生物过程富集的评价。显著探针的列表与测试的探针列表进行比较(共同探针)。使用PathGen(可在 http: //dna. cs. byu. edu/pathRen 获得)进行途径分析。结果在4022个探针上进行两个数据集的初步元分析(即Bienkowska等人与Julia等人)。两研究之间的异质性可能是由于其余的临床差异，比如疾病的严重程度、单-相对于双-疗法的使用或由于所用不同平台造成的探针差异(Affymetrix相对于Illumina微阵列)。基于来自合并数据集的POE的t-检验，我们基于它们的显著性对基因进行排序。表2提供反应者和非反应者之间最差异表达的61个基因的基因符号和方向。有趣的是，这种基因列表与Julia等人鉴定的基因之间仅被两个基因重叠,被Bienkowska等人鉴定的一个基因重叠。为了评价基因的组的区分性能，我们选择了前8个基因并将它们应用到个体数据集上。性能可以在表3中找到。这8个基因的集在Julia等人的数据集中性能非常好:通过L00，44个样本中有7个被错误分类，给出84%的整体误差率，PPV高达97%。表2 :前61个差异表达的探针的排序列表。最靠前的基因是最显著的。
I! BI符号名称 陆勺方_IL2MBD细III介泰2受体，beta000878'2 (SEQ ID NO: I)mmSlOiAfSl(M)钙结合蛋白A9NM—002965.3 (SEQ ID NO :2)降低KLRKl名伤细_集It样受体#:家族K, 成M INM—007360.2 (SEQ ID NO :3)增加HCK造觀_應激_NM—001172129.1 (SEQ ID NO :4)降低GNLY_粒溶翁NM—006433.3 (SEQ ID NO :5)增加CTSZHlftliKilj zNM—001336.3 (SEQ ID NO :6)降低ARTSADP-核糖坫化W /· 5NM—001142272.1 (SEQ ID NO : )降低IITPI4CU3小核丨核糖核Uta ι 獅物c021645.5 (SEQ ID NO :8)增_DRAPlDRI-相.XHtiH I (负_ . 2α)NM—006442.3 (SEQ IDNO :9)降低SHKBPlSH3KBP1 结合 ΚΠ INM^I 38392.3 (SEQ IDNO ;10)降低IARS3T4'￡^it-tRNA ftl&mNM—W2161.4 (SEQ IDNO :11)增加ATP6V1E1ΛΤΡ ft, H 溶_沐31 0練， Vl EiNM^OO 1039367.1 (SEQ ID NO :12)降低RPP21核糖核酸_ P/MRP 2IkDa #. NMJ)24M9.I (SEQ IDNOrI 3)聯丨I 3 Λ 抜W-—f. M禽跨鉍酸/楮+ 酸5NM^OOl 039465.1 (SHQIDNO:14)WJilILOC2856365 ' )染色体/]'*敏阅读IK 51N 175921.4 (SEQ ID NO :15)增如NTNG2_突导向μ丨子(netrin) G2NMJJ32536.2 (SEQ IDNO :16)降低ASFIAASFl抗沉默功能I M源物ANM—014034.2 (SEQ ID NO :17)JffJiIIDYSFdysferlin ( Jc 对应译文)NM—001130455.1 (SEQ ID NO :18)降低EIF4HA核翻译起始W /· 4HNM—031992.i (SEQ ID NO :19)增加
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权利要求
1.一种用于细胞因子靶向药物(CyTD)反应或无反应表型的体外诊断或预后的方法，包括(b)根据患有炎症疾病的受试者的生物样本确定包括如下或由如下组成的表达谱(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱， 以及任选地一个或更多个看家基因，(c)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，以及Cd)根据所述比较确定反应或无反应表型。
2.根据权利要求I所述的方法，其中在步骤(b)中将获得的表达谱与至少一个参考反应和/或无反应表达谱进行比较。
3.根据权利要求2所述的方法，其中将获得的表达谱在步骤(b)中与至少一个参考反应表达谱和至少一个参考无反应表达谱进行比较。
4.根据权利要求I至3任一项所述的方法，其中通过测量所述基因核酸转录物的量确定表达谱。
5.根据权利要求4所述的方法，其中使用定量PCR或寡核苷酸微阵列确定表达谱。
6.根据权利要求I至3任一项所述的方法，其中使用基因组微阵列或蛋白质微阵列确定表达谱。
7.根据权利要求I至6任一项所述的方法，其中所述生物样本是血液样本。
8.根据权利要求I至7任一项所述的方法，其中所述CyTD是TNFa阻断剂(TBA)。
9.根据权利要求I至8任一项所述的方法，其中所述炎症疾病选自类风湿关节炎(RA)、克罗恩氏病、强直性脊柱炎、银屑病关节炎、斑块状银屑病、溃疡性结肠炎、血管炎；韦格纳肉芽肿；结节病；成人发病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系统性红斑狼疮(SLE)。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述炎症疾病是类风湿关节炎。
11.根据权利要求10所述的方法，还包括确定至少一个额外参数，通过选自如下的测试确定所述额外参数抗核抗体测试(ANA测试)、C-反应蛋白测试(CRP测试)、环瓜氨酸肽抗体检测(CCP测试)和类风湿因子测试。
12.—种用于体外诊断CyTD反应或无反应表型的试剂盒,包括至少一种用于确定包括如下或由如下组成的表达谱的试剂(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5、和 UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。
13.根据权利要求12所述的试剂盒，还包括用于确定至少一个额外参数的至少一种试剂，所述试剂选自抗核抗体测试(ANA测试)、C-反应蛋白测试(CRP测试)、环瓜氨酸肽抗体CN 102918165 A书求要利权2/3页检测(CCP测试)和类风湿因子测试。
14.一种包括特异于如下核酸的核酸微阵列(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因。
15.根据权利要求14所述的核酸微阵列，其是寡核苷酸微阵列。
16.一种用于为患有炎症疾病的患者设计CyTD治疗的方法，所述方法包括Ca)根据所述受试者的生物样本确定包括如下或由如下组成的表达谱(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，(b)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，(c)根据所述比较确定所述受试者的反应或无反应表型，以及Cd)根据所述鉴定的反应或无反应表型设计CyTD治疗的剂量。
17.一种用于调整患有炎症疾病的患者的CyTD治疗的方法，所述方法包括Ca)根据所述受试者的生物样本确定包括如下或由如下组成的表达谱(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，(b)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，(c)根据所述比较确定所述受试者的反应或无反应表型，以及(d)调整CyTD治疗。
18.—种治疗患RA的受试者的方法,包括步骤Ca)向所述患RA的受试者施用治疗剂量的疾病修饰抗风湿药(DMARD),(b)根据所述患RA的受试者生物样本确定包括如下或由如下组成的表达谱(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，3以及任选地一个或更多个看家基因，(c)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，Cd)根据所述比较确定所述患有RA的受试者的反应或无反应表型，(e)确定CyTD的剂量，以及(f)施用所述CyTD剂量。
19.根据权利要求18所述的方法，其中DMARD是氨甲喋呤。
20.一种治疗患有炎症疾病的受试者的方法，包括步骤Ca)根据所述受试者的生物样本确定包括如下或由如下组成的表达谱(i)基因MAPK14;或基因MAPK14和S100A9 ;或基因MAPK14和GNLY ;或表2的61个基因；或(ii)基因S100A9 ;或基因 S100A9、IL2RB、和 CASP5 ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、和 GNLY ;或基因 S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5JP UTP14C，或者(iii)(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，(b)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，(c)根据所述比较确定所述受试者的反应或无反应表型，(d)确定CyTD的剂量，以及(e)施用所述剂量的CyTD。
21.根据权利要求16至20任一项所述的方法，其中在CyTD治疗开始后第14周或22周确定步骤(a)的表达谱。
22.根据权利要求21所述的方法，其中步骤(a)的表达谱由基因IL2RB、S100A9和CASP5，或其等同表达谱组成。
23.根据权利要求21所述的方法，其中步骤(a)的表达谱由基因MAPK14和S100A9，或其等同表达谱组成。
24.根据权利要求21所述的方法，其中步骤(a)的表达谱由基因S100A9，或其等同表达谱组成。
25.根据权利要求21所述的方法，其中步骤(a)的表达谱由基因MAPK14和GNLY，或其等同表达谱组成。
26.根据权利要求16至25任一项所述的方法，其中所述炎症疾病选自类风湿关节炎(RA)、克罗恩氏病、强直性脊柱炎、银屑病关节炎、斑块状银屑病、溃疡性结肠炎、血管炎；韦格纳肉芽肿；结节病；成人发病的斯提耳氏病、多肌炎/皮肌炎和系统性红斑狼疮(SLE)。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述炎症疾病是类风湿关节炎。
28.根据权利要求16至24任一项所述的方法，其中所述CyTD治疗是TBA治疗。
全文摘要
本发明涉及人类医药的领域，并且尤其涉及患有炎症疾病的受试者对细胞因子靶向药物(CyTD)治疗的反应性的诊断/预后的领域。更准确地说，本发明关注用于CyTD反应或无反应的表型的体外诊断/预后的方法，包括(a)根据受试者生物样本确定包括基因MAPK14；或基因MAPK14和S100A9；或基因MAPK14和GNLY；或表2的6个基因；或基因S100A9；或基因S100A9、IL2RB和CASP5；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK和GNLY；或基因S100A9、IL2RB、KLRK1、HCK、GNLY、CTSZ、ARF5和UTP14C的表达谱，或者(i)和(ii)表达谱中任意一个的等同表达谱，以及任选地一个或更多个看家基因，(b)获得的表达谱与至少一个参考表达谱进行比较，以及(c)根据所述比较确定反应或无反应的表型。本发明还涉及用于进行所述方法的试剂盒和核酸微阵列。本发明还涉及治疗患有炎症疾病的患者的方法。
文档编号C12Q1/68GK102918165SQ201180015117
公开日2013年2月6日 申请日期2011年3月24日 优先权日2010年3月24日
发明者A·赛维诺, O·R·波帕-尼察, C·布劳德 申请人:Tc园表达公司