用于rt-lamp法检测番茄斑萎病毒的试剂盒及检测方法_2

文档序号:9231191阅读:来源:国知局
DNA聚合酶lμl,10U/μlAMV反转录酶 1 μ 1,20 ymFIP 2 μ 1,20 μπι BIP 2yl,5ymF3 1μ1,5μηιΒ3 1μ1,10μηι LOOP-F 1 μ 1, 10 μπι LOOP-R 1 μ 1,样品 RNA5 μ 1,ddH20 2· 5 μ 1,共 25 μ 1。
[0024] 所述RT-LAMP反应的条件为:63°C反应40min,80°C灭活lOmin。
[0025] 所述染料为溴化乙淀或SYBR Green。
[0026] 所述待测样品为TSWV寄主植物或传播载体西花蓟马。
[0027] 权利要求2~6任一所述的方法在番茄斑萎病毒检测中的应用。
[0028] 本发明提供用于RT-LAMP法检测番茄斑萎病毒的试剂盒,包含独立包装或混装在 一起的一组特异引物FIP、BIP、F3、B3、L00P-F及L00P-R,其核苷酸序列如SEQIDN0·1~ NO. 6所示。所述引物结合番茄斑萎病毒S基因中的保守序列,特异性强,如图3所示,本发 明提供的特异引物与其它病毒基因或植物基因组无交叉反应,能够准确检测待测样品中是 否含有番前斑萎病毒。
[0029] 本发明还提供番茄斑萎病毒的RT-LAMP检测方法,该方法采用所述特异引物,以 待测样品的RNA为模板进行RT-LAMP反应,能够快速准确地检测样品中是否含有番茄斑萎 病毒。本发明提供的检测方法具有下述优点:(1)无需特殊仪器:只要有水浴锅或是金属浴 即可实现操作,适用于多种检测环境,既可以将样品带回实验室检测,也可以在野外直接检 测,十分方便;(2)检测时间短:只需40分钟即可判断待测样品中是否含有番茄斑萎病毒; (3)灵敏度高:能够检测低至7. 148 X KT5 μ g/ μ I RNA模板浓度的样本;(4)容易读取结果: 扩增完成后,只需加入EB或是SYBR Green等即可目测实验结果,判断待测样品中是否含有 番茄斑萎病毒。如需进一步确认,只需对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测,若扩增产物大 小为213bp,则待测样品中含有番茄斑萎病毒,反之亦然。
[0030] 番茄斑萎病毒引起的感染症状与很多其它病毒引起的症状非常相似,如西瓜花叶 病毒WMV,烟草花叶病毒TMV,番茄黄化曲叶病毒TYLCV,瓜类退绿黄化病毒病CCYV等,但其 危害和传播速度远远超过其它病毒。在野外考察或大田管理时,很难分辨属于哪种病毒感 染。采用本发明提供的检测方法,无需将大量样品带回实验室,即可快速判断待测样品是否 感染番茄斑萎病毒,从而迅速采取防疫措施,控制该病毒的传播,将其危害降至最低。既减 小了经济损失,又节约了时间及成本。
【附图说明】
[0031] 图I. RT-LAMP法检测番茄斑萎病毒的扩增曲线图,
[0032] 其中,1-7为5倍梯度稀释的RNA :处理1为L 1169 μ g/μL ;处理2为(λ 2234 μ g/ μ I ;处理 3 为 0· 0· 0447 μ g/ μ I ;处理 4 为 0· 0089 μ g/ μ I ;处理 5 为 0· 0018 μ g/ μ I ;处理 6 为 0· 00044 μ g/ μ I ;处理 7 为 7· 148X KT5 μ g/ μ I ;CK 为空白对照 ddH20。
[0033] 图2.番茄斑萎病毒RT-LAMP法检测结果,
[0034] 其中,图2A为8个样品经RT-LAMP法扩增后的琼脂糖凝胶电泳图;图2B为扩 增后8个样品的目测浑浊度;图2C为添加 EB染料后自然光下的显色图;图2D为添加 EB 染料后在紫外灯下的显色图;图2. E为添加 SYBR Green染料后利用Molecular Imager ChemiDoc凝胶成像系统拍摄的照片;1-7为5倍梯度稀释的RNA :处理1为I. 1169 μ g/ μ I ; 处理 2 为 0· 2234 μ g/ μ I ;处理 3 为 0· 0· 0447 μ g/ μ I ;处理 4 为 0· 0089 μ g/ μ I ;处理 5 为 0· 0018 μ g/ μ 1 ;处理 6 为 0· 00044 μ g/ μ 1 ;处理 7 为 7. 148 X HT5 μ g/ μ I ;CK 为空白对照 CldH2O0
[0035] 图3. RT-LAMP引物的特异性验证,
[0036] 其中,图3A的泳道1为TSWV感染的辣椒、2为TSWV感染的曼陀罗、3为TYLCV感 染的番茄、4为TMV感染的辣椒、5为TMV感染的南瓜、6为CMV感染的辣椒、7为CMV感染的 番茄、8为无模板阴性对照。
[0037] 图3B的泳道1为本发明中的F3、B3引物与带毒曼陀罗cDNA模板的PCR反应产 物;泳道2为Aichi Prefecture等报道的F3、B3引物与带毒曼陀罗cDNA模板的PCR反应 产物。
[0038] 图4.利用RT-LAMP法检测单头西花蓟马中的TSWV,
[0039] 其中,图4A为扩增产物的琼脂糖凝胶电泳检测结果,1~7为单头西花蓟马样品, CK为阴性对照;图4B为扩增产物添加 SYBR Green染料后自然光下的显色图,1~7为单头 西花蓟马样品,CK为阴性对照。
【具体实施方式】
[0040] 以下通过具体实施例对本发明进行详细解释,需要说明的是,下述实施例仅作为 解释和说明,而不能理解为对本发明的任何限制。
[0041] 病毒株系:番茄斑萎病毒(TSWV-YN),由浙江省农科院植物保护与微生物研宄所 张治军副研宄员提供,采用人工摩擦的方法接种于曼陀罗(Datura stramonium)上活体保 存病毒。
[0042] 番茄黄化曲叶病毒TYLCV、烟草花叶病毒TMV以及黄瓜花叶病毒CMV,来源于中国 农业科学院蔬菜花丼研宄所植病组。
[0043] 上述病毒株系本实验室亦有保存,申请人声明自申请日起二十年内,可向公众发 放用于必要的验证试验。
[0044] 植物材料:感染TSWV的辣椒及曼陀罗来源于中国农业科学院蔬菜花丼研宄所昆 虫组,感染TMV的辣椒及南瓜、感染CMV的辣椒及番茄、感染TYLCV的番茄,来源于中国农业 科学院蔬菜花丼研宄所植病组。
[0045] 主要仪器与试剂:
[0046] LAMP快速检测基因扩增系统,荣研生物科技(中国)有限公司;
[0047] Molecular Imager ChemiDoc 凝胶成像系统,美国 Bio-Rad 公司;
[0048] Trizol总RNA提取试剂盒,天根生化科技(北京)有限公司;
[0049] 植物基因组DNA提取试剂盒,天根生化科技(北京)有限公司;
[0050] TaKaRa PrimeScript?RT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time) 试剂盒,琼脂糖,dNTP Mix (IOmM),MgS04 (IOOMm),宝生物工程(大连)有限公司;
[0051] 2 X ES Taq Master Mix,北京康为世纪生物科技有限公司;
[0052] Bst DNA聚合酶,纽英伦生物技术(北京)有限公司;
[0053] AMV反转录酶,美国Promega公司。
[0054] 本发明未特别说明的实验试剂,均为本领域常规试剂,可以通过本领域常规方法 配制而得或商购获得,规格为实验室纯级即可。
[0055] 实施例1、TSWV RT-LAMP特异引物的获得
[0056] 1、引物设计与合成
[0057] 参考GenBank中登录的TSWV的S基因序列(GenBank !JF960237),应用生物学软 件进行比对,选取保守序列,利用软件PrimerExpoer V4设计RT-LAMP检测引物,获得了 5000多组引物序列,从中筛选出50多组引物序列,由上海生工生物技术有限公司合成后进 行PCR反应,进一步筛选特异引物,对PCR条件和体系进行反复调试,最终选到一组特异性 良好的引物,其核苷酸序列如下:
[0058] F3 :5' -TCTGTTTTTTAACCCCGAAC-3' ,
[0059] B3 :5, -CAAAGAAGTATGACACCAGG-3,,
[0060] FIP : 5,-AGCTCCAGCAATCCTAATGCTAAGTTAAGAGTTTCACTGTAATGTTCC-3,,
[0061] BIP :5' -GCATACTCTTTCCCTTTCTTCACCCCTTAGGAAAAGTTTGCACTG-3',
[0062] LOOP-F : 5,-CTTCATTCATTTCAATGC-3,,
[0063] LOOP-R : 5,-AGTTCTATGAA-3,。
[0064] 2、引物的特异性验证
[0065] 选择与TSWV病症相似的番茄黄化曲叶病毒TYLCV、烟草花叶病毒TMV以及黄瓜花 叶病毒CMV为对照,检验TSWV引物特异性。
[0066] (1)参照植物基因组DNA提取试剂盒(天根生化科技(北京)有限公司)说明书, 提取感染TYLCV的番茄的基因组DNA,用于引物特异性检测。
[0067] (2)按照下述植物总RNA提取方法,提取TSWV感染的辣椒及曼陀罗、TMV感染的辣 椒及南瓜、CMV感染的辣椒及番茄的植物总RNA :
[0068] 将约0. 1克植物样品在液氮中研磨成粉末,转移至I. 5ml RNase-free离心管中, 加入1ml Trizol试剂,涡旋震动混匀,室温静置5min,12000rpm,4°C离心5min,吸取350 μ 1 上清液至新的RNase-free离心管中,加入350 μ 1氯仿,剧烈振荡15s,室温静置5min, 12000rpm,4°C离心15min,将上层水相(400 μ 1)移至新离心管,加入400 μ 1异丙醇,轻柔混 勾,冰上静置5-10min,12000rpm,4°C离心10min,弃上清,RNA沉淀于管底,加入1ml 75%乙 醇,轻轻振荡离心管,8000rpm,4°C离心5min,尽量除去上清,室温放置10-15min,晾干,用 30-40 μ I RNase-free CldH2O 溶解 RNA,存放于-80 °C 冰箱备用。
[0069] 然后参照 TaKaRa Pri
当前第2页1 2 3 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1