用于鉴定甜瓜果肉颜色的高通量分子标记及其专用引物的制作方法_2

文档序号:9447840阅读:来源:国知局
扩增所得特异性扩增产物中具有引物CmOr-SNPF所示序列的DNA链的核巧酸序列的第162 位为G的纯合型(即扩增产物单一,如序列4所示);所述A:G基因型是指W待测甜瓜基因 组DNA为模板,采用引物对CmOr-SNPF/CmOr-SNPR进行PCR扩增所得特异性扩增产物中具 有引物CmOr-SNPF所示序列的DNA链的核巧酸序列的第162位为A和G的杂合型(即扩增 产物两种,分别如序列5和序列4所示)。所述方法在如下(1)或(2)中的应用也属于本发 明的保护范围:
[0025] (1)检测或辅助检测待测甜瓜果肉颜色;
[0026] 似甜瓜果肉颜色性状转育。
[0027] 在所述应用中,若CmOr基因为A:A基因型或A:G基因型,则果肉颜色为橘红色;若 CmOr基因为G:G基因型,则果肉颜色为绿色或白色。
[0028] 所述试剂盒的制备方法也属于本发明的保护范围。
[0029] 所述试剂盒的制备方法具体可包括如下步骤:将所述引物1、所述引物2和所述引 物3分别单独包装后,与所述巧光探针A、所述巧光探针B、所述泽灭探针A和所述泽灭探针 B包装于同一试剂盒内。
[0030] 在本发明中,所述CmOr基因CDS序列的GenBank登录号为KM505046或KM505047。
[0031] 在本发明中,所述甜瓜具体可选自如下中任一种:M285、伊丽莎白、由所述M285和 所述伊丽莎白杂交所得后代、绿宝、V6化antais和PI414723。
[0032] 本发明将基于KASP〇(ompetitiveAllele-SpecificPCR,竞争性等位基因特异性 PCR)技术的SNPline基因分型检测技术平台,根据目标基因的关键变异位点设计引物,利 用引物末端碱基的特异匹配对目标基因进行SNP分型。基于PCR的SNPLine平台是高通量 的分子标记系统,操作流程全自动,降低了人为误差;分析通量高,兼容96、384、1536多孔 板,每天可完成20至500000个SNP基因型分型,非常适合大量样品同时检测。基于甜瓜果 肉颜色控制基因CmOr基因序列设计高通量检测的分子标记,并应用于甜瓜果肉颜色性状 的转育,可W大大节约时间和人工成本,提高分子标记辅助选择的育种效率,加速甜瓜果肉 颜色目标性状向优异骨干自交系的转育。
【附图说明】
[0033] 图1是利用甜瓜果肉颜色控制基因CmOr高通量分子标记分析96孔样品板SNP分 型结果示意图。其中,NTC表示空白对照(黑色),?表示由于DNA质量不好或浓度过低, 扩增产物没有被明确分型(粉色),G:G为红色,A:G为绿色,A:A为蓝色。
[0034] 图2为CmOr基因高通量分子标记分析不同基因型对应的甜瓜果肉颜色。
【具体实施方式】
[0035] 下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
[0036] 下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
[0037] 下述实施例中所述的CmOr基因CDS序列(GenBank:KM505046或KM505047)的基 因型是根据CmOr基因CDS序列的第323位核巧酸(SNP位点)进行命名的。A:A基因型是 指CmOr基因CDS序列的第323位核巧酸为A的纯合型;G:G基因型是指CmOr基因CDS序 列的第323位核巧酸为G的纯合型;A:G基因型是指CmOr基因CDS序列的第323位核巧酸 为A和G的杂合型。
[0038] 甜瓜M285 :为橘红肉,已经于2015年9月18日保藏于北京农作物种质资源库,分 类号为303. 1925,统一编号为32097,公众可自保藏之日起从北京农作物种质资源库、北京 农林科学院蔬菜研究中屯、获得。
[0039] 甜瓜绿宝:为绿肉,记载于"刘庆辰,李海燕,林建华.塑料大棚早春薄皮甜瓜栽 培技术.天津农林科技,2015年02期"一文,公众可W自申请日起二十年内从申请人处获 得运些甜瓜品种,仅用于重复本发明相关实验使用。
[0040] 甜瓜伊丽莎白:为白肉,载于"王明耀.日光溫室栽培厚皮甜瓜伊丽莎白的技术措 施.中国西瓜甜瓜,1996年01期"一文,公众可W自申请日起二十年内从申请人处获得运 些甜瓜品种,仅用于重复本发明相关实验使用。
[0041] 甜瓜品种V6化antais和甜瓜品种PI414723:为橘红肉,在"BoualemA,化rgany M,Fernandez民,etal.ConservedMutationinanEthyleneBiosynthesisEnzymeLeads toAndromonoecyinMelons.Science,2008Aug8;321 巧890):836-8"-文中有记载,公 众可自申请日起二十年内从申请人处获得这些甜瓜品种,仅用于重复本发明相关实验使 用。
[0042] 实施例1、甜瓜果肉颜色形状相关基因CmOr的高通量KASP标记设计及其专用引物 序列的开发
[00创一、供试甜瓜材料及其基因组DNA的提取
[0044] A、供试材料选取
[0045] 供试体材料:CmOr基因的基因型已知的橘红肉甜瓜M285(A:A基因型)、绿肉甜瓜 绿宝(G:G基因型)、白肉甜瓜伊丽莎白(G:G基因型)。其中,运S种甜瓜的CmOr基因的基 因型已经测序验证。
[0046] B、基因组DNA的提取
[0047] 将供试材料分别进行DNA提取处理,得到供试材料基因组DNA ;
[0048] DM提取参照Murray等(1980)的方法(MurrayM,ThompsonWF.Rapid isolationofhi曲molecularwei曲tplantDNA[J].NuclAcidRes, 1980, 8:668-673.) 的基础上改进而成;具体步骤如下: W例 (1)取0. 3-0. 5g幼嫩叶片于8连排管,每管加300y1CTAB,放入2粒钢珠,用 Retch仪进行打碎。 阳化0] (2)每管再加入300 y1CTAB,混匀后65°C水浴60min,每隔lOmin颠倒混匀一次。
[0051] (3)水浴后置于室溫冷却lOmin,加入300 y1氯仿:异戊醇(24:1,体积比),充分 混匀,4500巧m离屯、15min。 阳05引(4)取400y1上清液,加入预先加好的400y1预冷的异丙醇中(于96孔深孔 板),轻轻混匀。-20°C放置30min。
[0053] (5)于4500巧m离屯、30min,弃上清,用70 %的乙醇洗沉淀2-3次,室溫下风干至无 乙醇味。
[0054] (6)加入 50-100y1 (含 0. 5-1y1RNaselOmg/ml)(1地2〇,37°C水浴 30min。
[0055] 取5y1样品在1. 0%的琼脂糖凝胶上电泳检测,并W标准ADM为对照,将样品浓 度调为一致。
[0056] 二、特异于CmOr基因的高通量分子标记引物的开发
[0057]利用ht1:ps://melonomics.net/ 网上公布的甜瓜CmOr(MEL03C005449)基因组DNA 序列信息,设计引物分别扩增橘红肉和绿肉(白肉)甜瓜材料CmOr基因的特异片段。
[0058] 用于上述特异性片段扩增的引物序列如下:
[0059]CmOr-SNPF:5' -CTCCTTGGTTTTCTTCAT-3';
[0060]CmOr-SNPR:5' -GTAACGAAATCTTGGACAC-3'。 阳06U特异性片段扩增的PCR反应体系(25化)为:50ng基因组DNA,2. 5化含15mM MgClz的10 XBuffer;1. 0 y L浓度为2. 5mM的dNTPs ; 1U Taq DM聚合酶;2. 0 y L浓度均为 10 y M的PCR上、下游混合引物;d地2〇补足到25 y L。其中,Taq DNA聚合酶及反应缓冲液, dNTPs均为北京全式金生物技术有限公司产品。 阳06引PCR扩增反应程序为:阶段1 :94°C预变性3min;阶段2 :94°C30s,52°C30s, 72°C30s,共循环30次;阶段3 :72°C延伸lOmin;阶段4 :4°C保持。其中PCR仪为Applied Biosystems公司的Veriti96wellThermal切cle;r;PCR扩增产物送北京诺赛基因组研究 中屯、有限公司测序。
[006引测序结果:W绿肉(白肉)甜瓜的基因组DNA为模板,采用引物对CmOr-SN
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