由体细胞突变基因编码的HLA限制性表位的制作方法

技术特征：

1.包括抗体可变区的分离的分子，所述抗体可变区特异性结合人白细胞抗原(HLA)分子和作为蛋白质的部分的肽的复合物，

其中所述肽包括突变残基，并且其中所述突变残基在所述蛋白质的细胞内表位中，

其中当所述HLA分子不在所述复合物中时，所述分子不特异性结合所述HLA分子，和

其中所述分子不特异性结合处于其野生型形式的所述肽。

2.权利要求1所述的分离的分子，其中所述复合物还包括β-2-微球蛋白分子。

3.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其为scFv。

4.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其为Fab。

5.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述蛋白质为致癌蛋白质。

6.权利要求5所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质为表皮生长因子受体(EGFR)。

7.权利要求6所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有L858R突变。

8.权利要求6所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有T790M突变。

9.权利要求5所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质为ABL。

10.权利要求5所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质为bcr/ABL融合蛋白。

11.权利要求9所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有E225K突变。

12.权利要求5所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质为β-联蛋白。

13.权利要求12所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有S45F突变。

14.权利要求5所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质为P53。

15.权利要求14所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有R248W突变。

16.权利要求14所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有R248Q突变。

17.权利要求5所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质为KRAS。

18.权利要求17所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有G12突变。

19.权利要求17所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有G12V突变。

20.权利要求17所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有G12C突变。

21.权利要求17所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述致癌蛋白质具有G12D突变。

22.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述蛋白质为肿瘤抑制物(suppressor)。

23.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，当其不在所述复合物中时，其不结合所述肽。

24.权利要求2所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述HLA分子为HLA-A2。

25.权利要求2所述的包括抗体可变区的分离的分子，其中所述HLA分子为HLA-A3。

26.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其与可检测标记结合。

27.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其与治疗剂结合。

28.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其作为嵌合蛋白质的部分被表达，所述嵌合蛋白质包括跨膜区和细胞内结构域，以形成嵌合抗原受体(CAR)。

29.权利要求1所述的包括抗体可变区的分离的分子，其作为嵌合蛋白质的部分被表达，所述嵌合蛋白质包括与CD3特异性结合的scFv。

30.从核酸文库中选择特异性结合人白细胞抗原(HLA)分子和蛋白质的肽部分的第一形式的复合物的scFv或Fab或T细胞受体的方法，其中所述第一形式包括突变残基，并且其中所述突变残基在所述蛋白质的细胞内表位中，其中当所述HLA分子不在所述复合物中时所述scFv或Fab或T细胞受体不特异性结合所述HLA分子，并且其中所述scFv或Fab或TCR不特异性结合处于其野生型形式的所述肽，所述方法包括如下步骤：

在包括结合HLA和β-2-微球蛋白的所述肽部分的第二形式的竞争复合物的存在下，阳性地选择结合所述复合物的scFv或Fab或T细胞受体，其中所述第二形式选自野生型形式和具有与所述第一形式不同的突变残基的肽。

31.权利要求30所述的方法，其中所述复合物还包括β-2-微球蛋白分子。

32.权利要求31所述方法，其包括如下步骤：

a.阴性地选择结合未折叠的人白细胞抗原(HLA)的scFv或Fab或T细胞受体；

b.阳性地选择结合HLA、β-2-微球蛋白和所述肽的复合物的scFv或Fab或T细胞受体；

c.在包括结合HLA和β-2-微球蛋白的所述肽的野生型形式的竞争复合物的存在下，阳性地选择结合所述复合物的scFv或Fab或T细胞受体；

d.阴性地选择结合含有野生型肽的HLA单体的scFv或Fab或T细胞受体；

e.阳性地选择结合所述复合物的scFv或Fab或T细胞受体。

33.权利要求32所述的方法，其中多对步骤(a)和(b)、(a)和(c)以及(d)和(e)被执行多次。

34.权利要求33所述的方法，其中在每对阳性和阴性选择步骤后，扩增剩余的scFv或Fab或T细胞受体。

35.权利要求33所述的方法，其中在步骤(c)的连续执行过程中，所述复合物和竞争复合物的量被改变以便竞争复合物与所述复合物的比例增加。

36.权利要求30所述的方法，其中所述文库包括合成的文库。

37.权利要求30所述的方法，其中所述文库包括合成的寡核苷酸文库。

38.权利要求30所述的方法，其中所述文库为噬菌体展示文库。

39.权利要求30所述的方法，其中所述文库为核糖体展示文库。

40.权利要求30所述的方法，其中所述文库为酵母展示文库。

41.权利要求29所述的方法，其中用于阳性选择的所述复合物被展示在细胞的表面。

42.治疗具有癌症或切除肿瘤的受试者的方法，包括：

向所述受试者施用权利要求27所述的分离的分子。

43.检测样品中的癌细胞的方法，包括：

使来自受试者的样品与权利要求1所述的分离的分子接触，和

检测所述分离的分子与所述样品中的组分的结合。

44.权利要求43所述的方法，其中所述分离的分子与可检测标记结合。

45.检测人中的癌细胞的方法，包括：

使受试者与权利要求1所述的分离的分子接触，和

检测所述分离的分子与所述受试者的特定器官的结合。

46.权利要求45所述的方法，其中所述分离的分子与可检测标记结合。

47.从核酸文库中选择特异性结合蛋白质的肽部分或全长蛋白质的第一形式的scFv或Fab或T细胞受体的方法，其中所述第一形式包括突变残基，其中所述scFv或Fab或TCR不特异性结合其野生型形式的所述肽或全长蛋白质，所述方法包括如下步骤：

在所述肽部分或全长蛋白质的竞争物第二形式的存在下阳性地选择结合所述第一形式的scFv或Fab或T细胞受体，其中所述第二形式选自野生型形式和具有与所述第一形式不同的突变残基的肽或全长蛋白质。

48.权利要求47所述的方法，其包括如下步骤：

a.阴性地选择结合未折叠的第一形式的scFv或Fab或T细胞受体；

b.阳性地选择结合折叠的第一形式的scFv或Fab或T细胞受体；

c.在所述第二形式的存在下阳性地选择结合所述第一形式的scFv或Fab或T细胞受体；

d.阴性地选择结合所述第二形式的scFv或Fab或T细胞受体；

e.阳性地选择结合所述第一形式的scFv或Fab或T细胞受体。

49.权利要求48所述的方法，其中多对步骤(a)和(b)、(a)和(c)以及(d)和(e)被执行多次。

50.权利要求49所述的方法，其中在每对阳性和阴性选择步骤后，扩增剩余的scFv或Fab或T细胞受体。

51.权利要求49所述的方法，其中在步骤(c)的连续执行过程中，所述第一形式和所述第二形式的量被改变以便第二形式与所述第一形式的比例增加。