Tacc3-fgfr3融合基因序列、其检测方法以及其在检测膀胱癌中的应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于分子生物学基因检测技术领域，具体涉及TACC3-FGFR3融合基因序 列、其检测方法以及其在检测膀胱癌中的应用。
【背景技术】
[0002] 在全世界各个国家和地区，膀胱癌是一种最常见泌尿生殖系统恶性肿瘤。据估计， 仅在2008年单年度就有386300例新发病例和150200例死亡病例。过去的研宄表明：膀胱 癌是一个具有较高异质性的疾病，它有两个不同亚型（浅表型和侵入型），其临床表现多变 和遗传背景复杂。最近，我们开展的一项研宄结果表明：在膀胱移行细胞癌中，有八个染色 质重塑基因（^^，]\0^-]\0^3,0?88?4?300州(1?1，41?10认和（^)6)存在频发突变。然而， 目前我们对膀胱癌的体细胞突变情况仍缺乏系统的认识，我们对膀胱癌发生过程中的关键 "驱动基因"也知之甚少。
[0003] 为了确定这些突变基因与膀胱癌发生的相关性，我们采用过去研宄中所描述 的统计学方法分析了每个基因的体细胞突变率是否显著高于整个基因组的背景突变 率。通过该分析，我们一共发现了 37个显著突变基因，其中包括7个已知膀胱癌的基 因（TP53, HRAS，FGFR3, PIK3CA，RB1，KRAS和TSCl)以及我们过去所发现的八个染色 质重塑基因（UTX, ARID1A, MLL-MLL3, CREBBP-EP300, NCORl 和 CHD6)。此外，我们还分 析了染色质重塑相关基因和基因家族的突变情况，并在膀胱癌中观察到多个其他染色 质重塑基因的频发突变，包括组蛋白脱甲基酶基因 UTX/UTY(30% )，核染色质重塑基因 ARID1A/4A(17% )，组蛋白赖氨酸甲基转移酶基因 MLL/MLL3/MLL5(16% )，组蛋白乙酰转移 酶基因 EP300/400(15% )，SWI/SNF复合体相关基因 SMARCA4/C1(7% )和组蛋白脱甲基酶 基因 JARID1A/B(6% )。总的来说，在99例病例中，至少有57例（58% )患者的染色质重塑 基因存在体细胞突变，这进一步表明调节染色质构象的表观遗传学改变和翻译后修饰可能 是膀胱癌发生过程中的一种主要的驱动机制。
【发明内容】
[0004] 本发明的目的在于公开了一种检测TACC3-FGFR3融合基因的方法。
[0005] 本发明第二个目的在于公开了通过上述检测TACC3-FGFR3融合基因的方法得到的 TACC3-FGFR3融合基因序列。
[0006] 本发明第三个目的在于公开了 TACC3-FGFR3融合基因在膀胱癌诊断中的应用。
[0007] 本发明的目的是通过以下技术方案实现的：
[0008] -种检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，包括下述步骤：
[0009] (1)、制备 mRNA-seq 测序文库；
[0010] (2)、对步骤（1)中提取的两种RNA进行RNA测序；
[0011] (3)、对步骤⑵的测序结果进行测序后软件分析；
[0012] (4)、对于所得融合基因进行验证。
[0013] 上述技术方案所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其中，步骤（1)中制备 mRNA-seq测序文库的过程为：从膀胱癌患者的肿瘤组织和正常膀胱组织中分别提取肿瘤 组织RNA和正常组织RNA，用TruSeq RNA样品制备试剂盒制备mRNA-seq测序文库。
[0014] 上述技术方案所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其中，步骤（2)中两种 RNA进行RNA测序过程为：将步骤（1)得到的mRNA-seq文库加样至HiSeq2000测序平台， 采用双末端测序，测序读长为90bp。
[0015] 上述技术方案所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其中，步骤（3)中对步骤 (2)的测序结果进行测序后软件分析的过程为：去除含有测序接头的序列以及低质量序列 以后，我们利用SOAP2将剩余的高质量序列比对到人类基因组参考序列hgl8和Ensemble 注释基因集；基于RNA测序，基因表达水平的定量方式为：将总测序量标准化为一百万条序 列后，每个基因外显子区域中每一千个碱基对所比对到的序列的数量。
[0016] 上述技术方案所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其中，步骤（4)中对所得 融合基因进行验证的过程是使用默认参数的SOAPfuse软件检测RNA-seq数据中的基因融 合事件。
[0017] 由上述技术方案中任一技术方案所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法检测 得到的TACC3-FGFR3融合基因。
[0018] 上述技术方案所述的TACC3-FGFR3融合基因在检测膀胱癌中的应用，优选的所述 膀胱癌为膀胱移行细胞癌。
[0019] 本发明具有以下有益效果：
[0020] 1、TACC3/FGFR3融合基因突变与膀胱癌高患病风险相关；
[0021] 2、TACC3/FGFR3融合基因突变可以作为膀胱癌诊断的辅助基因诊断方式；
[0022] 3、TACC3/FGFR3可以作为潜在的靶向治疗靶点。
【附图说明】：
[0023] 1、图1为在B59-3肿瘤中发现FGFR3-TACC3的融合。
[0024] 2、图2为在BlOO肿瘤中能够发现FGFR3-TACC3的融合。
[0025] 3、图3为融合基因的定位。
[0026] 4、图4为融合基因中在肿瘤组织和正常组织的变化。
【具体实施方式】：
[0027] 为使本发明的技术方案便于理解，以下结合具体试验例对本发明TACC3-FGFR3融 合基因序列、其检测方法以及其在检测膀胱癌中的应用作进一步的说明。
[0028] 本发明实施例中未作特殊说明的操作方法均按照仪器中的说明书进行操作。
[0029] 试骀例I: TACC3-FGFR3融合基闵在检测膀胱癌中的应用:
[0030] 一、样本来源与及选择标准：
[0031] 通过泌尿生殖系统癌症基因组联盟（UCGC)的中国成员机构，从新诊断的患者中 获取肿瘤样本和与其匹配的外周血或正常对照组（相邻的形态正常的膀胱组织）。按照伦 理审查委员会规定的制度，每个病人在招聘研宄之前均签署了知情同意书。患者的详细的 临床资料见表1。
[0032] 表1 42例膀胱癌患者临床资料
[0033]
【主权项】
1. 一种检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，包括下述步骤： (1) 、制备mRNA-seq测序文库； (2) 、对步骤⑴中提取的两种RNA进行RNA测序； (3) 、对步骤（2)的测序结果进行测序后软件分析； (4) 、对于所得融合基因进行验证。
2. 根据权利要求1所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其特征在于，步骤（1)中 制备mRNA-seq测序文库的过程为：从膀胱癌患者的肿瘤组织和正常膀胱组织中分别提取 肿瘤组织RNA和正常组织RNA，用TruSeq RNA样品制备试剂盒制备mRNA-seq测序文库。
3. 根据权利要求1所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其特征在于，步骤（2)中 两种RNA进行RNA测序过程为：将步骤（1)得到的mRNA-seq文库加样至HiSeq2000测序平 台，采用双末端测序，测序读长为90bp。
4. 根据权利要求1所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其特征在于，步骤（3) 中对步骤（2)的测序结果进行测序后软件分析的过程为：去除含有测序接头的序列以及低 质量序列以后，我们利用S0AP2将剩余的高质量序列比对到人类基因组参考序列hgl8和 Ensemble注释基因集；基于RNA测序，基因表达水平的定量方式为：将总测序量标准化为 一百万条序列后，每个基因外显子区域中每一千个碱基对所比对到的序列的数量。
5. 根据权利要求1所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法，其特征在于，步骤（4)中 对所得融合基因进行验证的过程是使用默认参数的SOAPfuse软件检测RNA-seq数据中的 基因融合事件。
6. 由权利要求1-5中任一权利要求所述的检测TACC3-FGFR3融合基因的方法检测得到 的TACC3-FGFR3融合基因。
7. 权利要求6所述的TACC3-FGFR3融合基因在检测膀胱癌中的应用，优选的所述膀胱 癌为膀胱移行细胞癌。
【专利摘要】本发明TACC3-FGFR3融合基因序列、其检测方法以及其在检测膀胱癌中的应用，属于分子生物学基因检测技术领域。包括下述步骤：(1)、制备mRNA-seq测序文库；(2)、对步骤(1)中提取的两种RNA进行RNA测序；(3)、对步骤(2)的测序结果进行测序后软件分析；(4)、对于所得融合基因进行验证。本发明具有公开了TACC3-FGFR3融合基因突变与膀胱癌高患病风险相关并且可以作为膀胱癌诊断的辅助基因诊断方式；同时公开了TACC3-FGFR3融合基因突变可以作为潜在的靶向治疗靶点的优点。
【IPC分类】C12N15-62, C12Q1-68
【公开号】CN104805178
【申请号】CN201410213969
【发明人】吴松, 蔡志明, 黄毅, 王波, 王倚天, 王永强
【申请人】吴松, 蔡志明
【公开日】2015年7月29日
【申请日】2014年5月20日