Thsd7a基因序列及表达改变检测及其在冠心病预测中的应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物技术领域，特别涉及与冠心病易感性相关的THSD7A基因上的单 核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP)位点，以及用于检测所述SNP位点 的相应的组合物及试剂盒，尤其涉及所述SNP位点的核酸亲和配体在制备用于检测、筛查 或预测汉族人群冠心病易感性的组合物中的应用。
【背景技术】
[0002] 冠心病，又称冠状动脉性心脏病，是由冠状动脉血管壁粥样硬化引起的以冠状动 脉狭窄甚至闭塞为形态学改变的缺血性心脏病。冠心病危害极大，根据世界卫生组织的数 据，在世界范围内，以冠心病为主的缺血性心脏病是威胁人类健康的头号杀手。数据显示： 在2008年，全球大约有多于730万人死于冠心病（WH0, 2011)。虽然从死亡率上看中国目前 并不是冠心病的重灾区，但是，由于人口基础大，我国的冠心病受累人数是十分惊人的。估 计中国每年超过100万人死于冠心病。另外，随着我国经济水平的发展和人民生活水平的 提高，发明人国家的冠心病发病率还在逐年升高。
[0003] 临床和流行病学研究证明，冠心病是常见的复杂多基因疾病，引起疾病的原因包 括遗传因素、环境因素以及两者的交互作用。冠心病有家族聚集性，研究表明，冠心病的遗 传度约为40%到60%。因此，冠心病易感基因和易感位点的鉴定将为发现新的冠心病分子 机制、发展新的药物靶点以及冠心病的早期基因诊断和个性化治疗提供新线索。遗传学上， 寻找多基因疾病的易感基因多利用关联分析。遗传关联分析分为两个策略：候选基因关联 分析和全基因组关联分析（genomewideassociationstudy,GWAS)。得益于人类基因组 计划和HapMap计划对人类遗传图谱的揭示，从全基因组水平寻找与疾病相关的变异成为 可能。在过去的六年里，全基因组关联分析发展成为研究复杂多基因疾病遗传基础的重要 方法之一，已有超过50个冠心病相关位点通过该方法被发现，其中绝大部分位点是在白种 人的研究中发现。然而，由于遗传的异质性，这些结果并不能为黄种人，尤其是发明人中国 汉族人群所用。另一方面，已发现的位点中仅有6个是基于中国汉族人群的研究所发现，这 远不足以解释中国汉族人群的冠心病遗传基础。此外，已有的研究多仅关注了相关位点，而 对于鉴定相关位点所指代的易感基因缺乏有效的方法。
[0004] 鉴于已知用来解释中国汉族人群的冠心病遗传基础的基因及位点的数量较少，为 了提高汉族人群冠心病易感性检测、筛查或预测的准确度，从而更容易、更直接、更灵敏且 更特异性地检测、筛查或预测汉族人群冠心病易感性，有必要寻找新的与冠心病易感性相 关的易感基因和SNP位点。
【发明内容】
[0005] 本发明发现了一种新的能够解释中国汉族人群的冠心病遗传基础的与冠心病易 感性相关的THSD7A基因，同时确证了THSD7A基因上与冠心病易感性密切相关的SNP位点 rsl7165136以及与17165136连锁的SNP位点。本发明具体技术方案如下：
[0006] 第一方面，本发明提供了分离的核酸分子，其代表THSD7A基因上的单核苷酸多态 性（SNP)位点rsl7165136，DNA序列如SEQIDN0:1所示，其中单核苷酸n为A的携带者患 诞心病的风险商于等位基因G。
[0007] 第二方面，本发明提供了分离的核酸分子，其代表THSD7A基因上与SNP位点 rsl7165136连锁的SNP位点，所述连锁的SNP位点选自以下任一项：
[0008] (l)rs6957230,其DNA序列如SEQID勵:2所示，其中单核苷酸11为(：的携带者患 诞心病的风险商于等位基因T;
[0009] (2)rsl7165141，其DNA序列如SEQIDN0:3所示，其中单核苷酸n为T的携带者 患诞心病的风险商于等位基因C;
[0010] (3)rsl7165148,其DNA序列如SEQID勵:4所示，其中单核苷酸11为1'的携带者 患诞心病的风险商于等位基因C;
[0011] (4)rsl6877182,其DNA序列如SEQIDN0:5所示，单核苷酸n为C的携带者患冠 心病的风险商于等位基因T;
[0012] (5)rsl0499406,其DNA序列如SEQIDN0:6所示，其中单核苷酸n为T的携带者 患诞心病的风险商于等位基因C;
[0013] (6)rsl6877184,其DNA序列如SEQIDN0:7所示，其中单核苷酸n为A的携带者 患诞心病的风险商于等位基因G;
[0014] (7)rs7341453,其DNA序列如SEQID勵:8所示，其中单核苷酸11为6的携带者患 诞心病的风险商于等位基因A;
[0015] (8)rsl0499401，其DNA序列如SEQIDN0:9所示，其中单核苷酸n为T的携带者 患诞心病的风险商于等位基因C。
[0016] 序列SEQIDN0:1-9构成新的与冠心病易感性相关的单核苷酸多态性（SNP)。它 们允许灵敏、特异性、有效和简单的对冠心病易感性的检测、筛查或预测方法，例如通过采 用广为流传且易于使用的技术如PCR或核酸杂交，其具有高适用性和利用率，特别是在世 界的欠发达地区。由于上述SNP是在中国汉族人群中鉴定的，因此认为新的SNP可特别适 用于中国汉族人群冠心病易感性检测、筛查或预测。
[0017] 第三方面，本发明提供了上述分离的核酸分子的任意组合。
[0018] 在本发明的优选实施方案中，所述组合至少包含SEQIDN0:1，以及任选的SEQID N0:2-9的一或多个序列。在本发明的另一优选的实施方案中，任何上文提到的分离的核酸 分子的组合还可以与额外的SNP组合，优选冠心病易感性的其他合适的SNP组合。
[0019] 在本发明的实施方案中，任意单一SNP可以用作冠心病易感性的生物标志物，优 选任何可能的两个或更多个本发明的SNP的组合，尤其优选rsl7165136和其他一或多个 SNP的组合。
[0020] 第四方面，本发明提供了用于检测、筛查或预测汉族人群冠心病易感性的组合物， 所述组合物包含如上文定义的一个或多个SNP位点的核酸亲和配体。
[0021] 在本发明的优选实施方案中，上文提到的核酸亲和配体可以是特异于上文定义的 一个或多个SNP位点的寡核苷酸，或者是特异于上文定义的一个或多个SNP位点的探针。在 本发明的另一优选的实施方案中，上文提到的亲和配体可以是具有与如上文定义的SNP位 点的核苷酸互补的序列的寡核苷酸。
[0022] 第五方面，本发明提供了用于检测、筛查或预测汉族人群冠心病易感性的试剂盒， 其包含特异于上文定义的一个或多个SNP位点的寡核苷酸，或者特异于上文定义的一个或 多个SNP位点的探针。在本发明的另一优选的实施方案中，所述寡核苷酸具有与如上文定 义的SNP位点的核苷酸互补的序列。
[0023] 第六方面，本发明提供了包含如上文定义的一个或多个SNP位点的核酸亲和配 体在制备用于检测、筛查或预测汉族人群冠心病易感性的组合物中的应用。
[0024] 第七方面，本发明提供了一种检测、筛查或预测对象的冠心病易感性的方法，包括 以下步骤：
[0025] (1)从对象样品分离核酸；
[0026] (2)确定在如上文定义的一个或多个SNP位点处存在的核苷酸序列，其中如上文 定义的危险等位基因的存在指示有更大的可能性患冠心病。
[0027] 第八方面，本发明提供了用于检测、筛查或预测汉族人群冠心病易感性的组合物， 所述组合物包含特异于THSD7A基因的核酸亲和配体。
[0028] 第九方面，本发明提供了用于检测、筛查或预测汉族人群冠心病易感性的试剂盒， 其包含特异于THSD7A基因的核酸亲和配体，以及任选地辅助成分，所述辅助成分包括：PCR 缓冲液、dNTP、聚合酶、离子如二价阳离子或一价阳离子、杂交溶液。
[0029] 第十方面，本发明提供了THSD7A基因的核酸亲和配体在制备用于检测、筛查或预 测汉族人群冠心病易感性的组合物中的应用。
[0030] 本发明带来的有益效果是：
[0031] 本发明发现了与冠心病易感性关联的位于THSD7A基因内含子区上的SNP位点 rsl7165136、位于rsl7165136上下游的与rsl7165136连锁的一系列SNP位点，通过检测汉 族人群待测样品基因组的上述各位点的单核苷酸多态性可以对未出现冠心病早期临床症 状的人群，尤其是具有传统危险因素的冠心病高危人群进行无创快速简便的筛查，早期发 现冠心病易感对象，并采取相应的保健措施，降低冠心病与心肌梗死的发病率。本发明为研 发针对性的冠心病基因治疗提供了新的进一步的科学依据，为发现新的冠心病分子机制、 发展新的药物靶点以及冠心病的个性化治疗提供了新线索。
【附图说明】
[0032] 为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使 用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于 本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他 的附图。
[0033] 图1为冠心病样品进行昂飞人类全基因组（AffymetrixGenome-wideHuman)SNP 5.0芯片实验片段化后电泳图；
[0034] 图2为全基因组关联分析曼哈顿图；
[0035] 图3为rsl7165136上下游共500kb区域的关联分析结果示意图；
[0036] 图4为THSD7A基因细胞表达谱分析示意图；
[0037] 图5为THSD7A基因表达水平与rsl7165136位点分型相关分