0:36、沈Q ID NO: 37、沈Q ID NO: 38和沈Q ID NO: 39)的绝对或相对量的ALK、Ros、Ron、Ret、TS和 / 或FGFRl膜蛋白酶肤包括W下肤中的一种或多种、两种或更多种、=种或更多种、四种或更 多种、五种或更多种、六种或更多种、屯种或更多种、八种或更多种、九种或更多种或十种或 更多种或全部：SEQ ID N0:1、SEQ ID N0:2、SEQ ID N0:3、SEQ ID N0:4、SEQ ID N0:5、SEQ IDN0:6、SEQIDN0:7、SEQIDN0:8、SEQIDN0:9、SEQIDN0:10、WQIDN0:11、WQID NO: 12、沈Q ID NO: 13、沈Q ID NO: 14、沈Q ID NO: 15、沈Q ID NO: 16.沈Q ID NO: 17、沈Q ID NO:18、沈QIDNO:19、沈QIDNO:20、沈QIDNO:21、沈QIDNO:22、沈QIDNO:23、沈QID NO:24、沈QIDNO:25、沈QIDNO:26、沈QIDNO:27、沈QIDNO:28、沈QIDNO:29、沈QID NO:30、沈QIDNO:31、沈QIDNO:32、沈QIDNO:33、沈QIDNO:34、沈QIDNO:35、沈QID N0:36、沈QIDN0:37、沈QIDN0:38和沈QIDN0:39,其各自列在表I中。那些肤各自在 由福尔马林固定的石蜡包埋组织制备的LiquidTissue?溶胞产物中通过质谱法检测。因 此，在表1中的每种肤或那些肤的任意组合（例如，在表1中列举的那些肤中的一种或多 种、两种或更多种、=种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种或屯种或更 多种、八种或更多种、九种或更多种或十种或更多种）为用于直接包括在福尔马林固定的 患者或受试者组织中的ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的定量SRM/MRM测定的 候选物。
[0033]
[0034]表I
[0035] 在表I中列出的ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl肤包括从包括前列腺、结肠和 乳腺的不同人类器官的多种不同福尔马林固定的组织的多种LiquidTissue?溶胞产物中 检测到的那些。那些肤各自被视为可用于在福尔马林固定的组织中的ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的定量SRM/MRM测定。运些实验的进一步数据分析指示，并不优选观察 来自任何具体器官位点的任何特异性肤。因此，运些肤中的每一种被认为是适合对来自来 源于任何生物样品或体内的任何器官位点的任何福尔马林固定的组织的Liquid TissueTM 溶胞产物进行ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的SRM/MRM测定。
[0036] 在另一实施方案中，SRM/MRM测定对于TS和FGFRl中的每一种采用一种或两种肤 (例如，来自在表1中列出的肤）。在另一实施方案中，SRM/MRM测定对于ALK、Ros、Ron和 /或Ret中的每一种采用一种或两种肤（例如，来自在表1中列出的肤）。
[0037] 在其它实施方案中，测定ALK和Ros蛋白质中的一种或两种，且使用一种或多种 SRM/MRM测定来测定Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质中的一种、两种、S种或四种。在所 述实施方案的一个实例中，对于Ron和Ret蛋白质中的一种或两种，通过SRM/MRM测定来测 定至少一种肤或至少两种肤（例如，在表1中列出的Ron和Ret肤）；且对于ALK、Ros、TS 和/或FGFRl中的任一种、两种、=种或四种，测定至少一种肤或至少两种肤（例如，在表1 中列出的肤）。在所述实施方案的另一实例中，对于ALK和Ros蛋白质中的一种或两种，通 过SRM/MRM测定来测定至少一种肤或至少两种肤（例如，在表1中列出的肤）；且对于Ron、 Ret、TS和/或FGFRl中的任一种，测定至少一种或至少两种肤（例如，在表1中列出的肤）。 包含同位素标记、但在其它方面与在运些实施方案中的任一个中阐述的肤中的一种或多种 相同的肤的组合物提供在本文中且其制备和特定地用作质谱标准物的用途描述如下。
[0038] 在一个实施方案中，在表1中的一种或多种肤或那些肤的任意组合（例如，一种或 多种、两种或更多种、=种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、屯种或 更多种、八种或更多种、九种或更多种或全部十一种）通过包括但不限于免疫方法（例如， Western印迹或化ISA)的不依赖于质谱法的方法测定。在一个实施方案中，所述测定使用 福尔马林固定的组织进行。与如何获得设及一种或多种肤的量（绝对或相对）的信息无关， 所述信息可用于本文所述的方法中的任一种中，包括指示（诊断）在患者或受试者中癌症 的存在、确定癌症的阶段/等级/状况、提供预后或确定对于患者或受试者的治疗性或治疗 方案。
[0039] 在其它实施方案中，测定所述ALK和Ros蛋白质中的一种或两种且测定所述Ron、 Ret、TS和FGFRl蛋白质中的一种、两种、=种或四种，其通过包括但不限于免疫方法（例如， Western印迹或化ISA)的不依赖于质谱法的方法进行。在所述实施方案的一个实例中，对 于ALK和Ros蛋白质中的一种或两种，测定至少一种或至少两种肤（例如，在表1中列出的 ALK和ROS肤）；且对于Ron、Ret、TS和FGFRl蛋白质中的任一种、两种、S种或四种，测定 至少一种或至少两种肤（例如，在表1中列出的肤）。在所述实施方案的另一实例中，对于 ALK和Ron蛋白质中的一种或两种，测定至少一种或至少两种肤（例如，在表1中列出的ALK 和Ron肤）；且对于Ros、Ret、TS和FGFRl蛋白质中的任一种，测定至少一种或至少两种肤 (例如，在表1中列出的肤）。
[0040] 在进行SRM/MRM测定时一种重要的考虑因素为可在肤的分析中采用的仪器的类 型。尽管可研发SRM/MRM测定并且在包括MLDI、离子阱或S重四极质谱仪的任何类型的 质谱仪上进行，但目前用于SRM/MRM测定的最有利的仪器平台常考虑的是=重四极仪器平 台。该类型的质谱仪常被视为分析在可由来自在细胞内包含的所有蛋白质的成千上万至几 百万个单个肤组成的很复杂的蛋白质溶胞产物内的单一分离的祀标肤的最适合的仪器。
[0041] 为了对来源于ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的各种肤最有效地实施 SRM/MRM测定，需要在分析中利用除了肤序列之外的信息。该额外信息可用于引导并指导质 谱仪（例如，=重四极质谱仪）来对一种或多种特异性祀向肤进行恰当且集中的分析，从而 可有效地进行测定。
[0042] 关于通常祀标肤且关于特异性ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl肤的额外信息 可包括各种肤的单同位素质量、其前体电荷状态、前体m/z值、m/z过渡离子和各过渡离子 的离子类型中的一种、两种、S种、四种或更多种。对于来自在表1中的列表的12种ALK、 Ros、Ron、Ret、TS和 / 或FGFRl肤，可用W研发用于ALK、Ros、Ron、Ret、TS和 / 或FGFRl蛋 白质的SRM/MRM测定的额外肤信息示于表2中。可制备、获得如在表2中所示的对于肤描 述的该额外信息并将其应用到包括在其它蛋白酶或蛋白酶组合（例如，膜蛋白酶和/或Lys C)的作用下生成的那些肤的来自ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的任何其它肤 的分析中。
[004引表2
[0044]
[004引 表2 (续）
[0047] 在一些实施方案中，适合ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的测定的肤 (例如，在表1中阐述并显示为SEQI化No. 1-39的肤）可含有在如果被切割则将生成亚肤 的肤序列的内部的额外蛋白水解位点。所述亚肤可通过对于所要蛋白酶的蛋白水解切割位 点评价所鉴定肤的序列来识别。在一个实施方案中，膜蛋白酶肤可包括可在由膜蛋白酶进 一步切割时产生亚肤的额外内部膜蛋白酶切割位点。在另一实施方案中，膜蛋白酶肤可含 有用于包括但不限于膜蛋白酶、GluC、AspN、糜蛋白酶和/或LysC的蛋白酶的内部位点，其 可引起在通过膜蛋白酶、GluC、AspN、糜蛋白酶和/或LysC中的任一种、两种或更多种切割 时形成亚肤。在另一实施方案中，LysC肤可含有用于例如GluC、AspN、糜蛋白酶和/或膜 蛋白酶的其它蛋白酶的内部位点，其可引起在通过GluC、AspN、糜蛋白酶和/或膜蛋白酶中 的任一种、两种或更多种切割时形成亚肤。应理解在SEQIDNo. 1-39中阐述的肤中的任一 种或多种的此类亚肤且特别是膜蛋白酶、GluC、AspN、糜蛋白酶和/或LysC切割片段都被 阐述且在本公开内容的范围内。
[0048] 在本文中阐述的实施方案包括包含在表1和表2中的肤中的一种或多种的组合物 且可任选包括同位素标记、但在其它方面与在表1和表2中见到的肤中的一种或多种相同 的肤。在一些实施方案中，所述组合物包含在表1和表2中的肤中的一种或多种、两种或更 多种、=种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、屯种或更多种、八种或 更多种、九种或更多种或者所有=十九（39)种。此类组合物可任选包含其氨基酸序列包含 同位素标记、但在其它方面与在表1和表2中见到的肤中的一种或多种相同的肤的肤、多肤 或蛋白质。在采用包含在表1和表2中的肤中的一种、两种、=种、四种、五种、六种或更多 种的同位素标记的合成或天然的肤、多肤或蛋白质的情况下，蛋白酶处理释放同位素标记、 但在其它方面与在表I和表2中的肤相同的肤。所述同位素标记的生物制剂或生物合成肤 可例如在程序设计的细胞溶胞产物中或在细胞培养物中使用同位素标记的氨基酸制备。同 位素标记的肤中的每一种可用独立地选自由W下各物组成的组的一种或多种同位素标记： l80、"0、34S、l5N、"C、2H或其组合。包含来自ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的肤 (无论是同位素标记的，还是未标记的）的组合物不必含有来自该蛋白质的所有肤（例如， 整组的膜蛋白酶肤）。在一些实施方案中，所述组合物并不含有来自ALK、Ros、Ron、Ret、TS 和/或FGFRl蛋白质的W组合的所有肤且特定地出现在表1和表2中的所有肤。含有肤的 组合物可W干燥或冻干物质、液体（例如，水性）溶液或悬浮液、阵列或印迹化lot)的形 式。
[0049] 在一个实施方案中，所述关于特异性ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl肤的额 外信息对于由ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的LysC蛋白水解产生的肤包括 各种肤的单同位素质量、其前体带电状态、前体m/z值、m/z过渡离子和各过渡离子的离子 类型中的一种或多种、两种或更多种或=种或更多种。
[0050] 在另一实施方案中，所述关于特异性ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl肤的额 外信息对于由ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质的膜蛋白酶蛋白水解产生的肤包 括各种肤的单同位素质量、其前体带电状态、前体m/z值、m/z过渡离子和各过渡离子的离 子类型中的一种或多种、两种或更多种或=种或更多种。
[0051] 在又一实施方案中，所述关于特异性ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl肤的额 外信息对于由ALK、Ros、Ron、Ret、TS和/或FGFRl蛋白质