并行比较微生物群落结构的分子生态监测方法

专利名称：并行比较微生物群落结构的分子生态监测方法
技术领域：
本发明涉及的是一种微生物群落结构特征的分子生态监测方法，特别是一种并行比较微生物群落结构差异的分子生态监测方法，属于微生物生态学领域。
背景技术：
微生物在许多国民经济生产部门中具有重要地位，例如生物医药(动物、人体保健)、生物农药(植物内生菌)、轻工食品和环境保护等领域都是利用微生物进行生产活动的，而且在多数情况下，这些生产部门的生产活动所依赖的是多种微生物组成的微生物群落的功能。长期以来，在利用微生物生态系统进行生产活动的许多行业部门，受所使用的微生物分离培养技术的限制，无法全面、客观认识系统中的群落成员，无法及时动态跟踪系统成员种群数量变化对系统功能的影响，生产效率不仅低，而且不稳定。而通过分析微生物群落的总基因组DNA的组成，可以比较客观地认识微生物群落的结构。可以用于微生物群落结构分析的基因组DNA的序列信息包括16S rDNA(核糖体小亚基基因)序列、已知功能基因的序列、重复序列以及随机基因组序列等。由于16SrDNA中包含了相应细菌种类的系统分类地位的信息，因此，以16S rDNA为对象可以比较准确地分析微生物群落的种群结构组成。经文献检索发现Susan E.Pryde，Anyhony J.Richardson，Colin S.Stewart，and Harry J.Flint.1999.Molecular Analysis of the Microbial Diversity Present in the Colonic Wall，Colonic Lumen，and Cecal Lumen of a Pig.Appl.Environ.Microbiol.655372-5377，(对存在于猪的结肠壁、结肠内和盲肠内的微生物多样性的分子分析。应用与环境微生物学，65卷，5372-5377页。)一种常用的技术是构建基因文库。例如，根据16S rDNA在进化上的保守性特点设计具有不同专一性的通用引物，扩增环境中所有细菌或某一个类群细菌的16S rDNA，将扩增产物克隆到载体上构建成基因文库，通过分析一定数量的克隆子的序列以及它们的出现频率，可以在一定程度上了解环境样品中的主要细菌类群及其出现丰度等种群结构信息。这种方法需要进行克隆、测序等分子水平的工作，需要良好的实验条件和专用设备，耗费人力、财力和时间都较大，难以在医院、工厂等实际生产场所应用。另外，由于PCR扩增的偏好性，对生态系统样品中的种群结构的测度准确性也不特别高。又发现第二种常用的依赖16S rDNA的群落结构分析技术Dicello F.，Bevivino A.，Chiarini L.，Fani R.，Paffetti D.，TabacchioniS.and Dalmastri C.1997.Biodiversity of a Burkholderia cepacia populationisolated from the maize rhizosphere at different plant growth stages.Appl.Environ.Microbiol.634485-4493.(从不同生长期的玉米根际分离得到的洋葱伯克霍尔德氏菌群的生物多样性研究。应用与环境微生物学，63卷，4485-4493页。)该技术是提取环境样品中的总DNA，用通用引物扩增16S rDNA，用各种限制性内切酶对扩增产物进行酶切分析，由于不同的群落内微生物种类组成不同，其酶切图谱也就不同，这样可以得到反映微生物群落结构组成特征的DNA凝胶电泳图谱，由于这种方法只能从分子量大小上对酶切产物进行分离，当比较两个不同微生物群落的结构差异时，图谱相似的群落，其种群组成不一定相同。目前基于16S rDNA扩增用的较多的还有通过温度梯度凝胶电泳或变性梯度凝胶电泳分析PCR扩增得到16S rDNA可变区(如V3区)序列的多样性，从而反映微生物区系的复杂性。但这种方法也只能对大小为500bp以下的序列进行有效分离，而且当微生物种类过多时，同一个条带可以包含多个种类的DNA信息，因此，不能做到在较高的分辨率下分析比较微生物群落结构的差异。

发明内容
本发明的目的在于克服现有技术中的不足，提供一种并行比较微生物群落结构差异的分子生态监测方法，所涉及用rep-PCR(重复序列聚合酶链式反应)扩增技术及混合探针分子杂交的方法，同时比较各种生态环境中微生物群落结构的差异及同一生态系统中微生物种群结构的时空动态变化，使本发明所涉及的rep-PCR及混合探针杂交的技术具有简便、快速、灵敏的特点，可同时分析比较多个微生物生态系统的结构差异及同一生态系统微生物种群结构的动态变化。
本发明将rep-PCR技术应用到研究自然界复杂环境样品中，不经纯培养直接提取环境样品中微生物的混合的总的基因组DNA，其中DNA分子的种类及各分子的相对比例反应了环境样品中菌群的种类数量及种群之间的相对比例，这样便提取到生态系统中微生物群落结构的组成信息。不同的环境样品DNA分子的组成及相对数量不同，重复序列在不同基因组DNA分子中分布及拷贝数均不相同，这种差异可以反应在rep-PCR获得的指纹图谱中。在多种细菌组成的微生物群落中，各种细菌当其种群数量超过总数量的1-10％时，其特征性rep-PCR主条带就可以在群落结构DNA指纹图中表现出来。因此，在得到的rep-PCR指纹图中，每一条带可以是来自若干种不同微生物的基因组DNA片段组成，条带的数目反映微生物类群的多少，每一条带的亮度反映该类群微生物种群数量的高低，这样，生态系统中微生物群落的结构信息，就被间接地记录在rep-PCR的指纹图谱中。因此，分析不同环境样品中微生物混合DNA经rep-PCR获得的指纹图谱的差异，就可分析比较不同生态系统微生物群落的结构的差异，或者同一个群落在不同功能状态下的种群结构的变化情况。
对于复杂的环境样品，电泳分析rep-PCR扩增得到的不同生态系统微生物群落指纹图谱，不同系统中有很多条带具有相同的电泳特性但其序列组成信息不同，仅从电泳图上只能分析DNA条带大小信息，不能看到更深层次的序列信息，为此我们发展了混合探针杂交的技术，选取要分析比较的多个生态系统微生物群落之一，将其rep-PCR扩增得到的所有条带回收后标记为混合探针，然后与其它各系统用相同方法获得的指纹图谱杂交。该方法既可以看到不同生态系统微生物指纹图谱的条带大小差异也可以看到各条带的序列信息的差异，从而可以实现对微生物群落结构的分析和比较，因此，称其为微生物群落结构探针技术。
本发明是一种基于rep-PCR和混合探针标记的分子杂交技术，通过rep-PCR得到微生物生态系统的DNA指纹图谱，该图谱间接反应生态系统中的微生物种群结构状况，取目标生态系统的一个典型的指纹图谱中的所有条带的DNA片段标记为混合探针，与其它生态系统用相同方法获得的指纹图谱进行分子杂交，可分析比较不同生态系统中微生物种群的结构差异及同一系统中的微生物种群结构的时空动态变化，得到反映某种功能状态下的微生物生态系统的结构的分子图谱特征，该特征可以用于判断和预测生态系统的功能变化趋势，为使用各种手段调控微生物生态系统的功能提供分子监测方法；把与功能特征相关的种群的特征性条带中的DNA片段克隆、测序制备成专一性探针，可以用于监测特定种群的动态变化，也可以用于从系统中分离、鉴定功能菌种群，或者分离其基因组DNA用于获得重要功能基因。
本发明的监测方法具体如下(1)选定rep-PCR引物；(2)环境样品中混合微生物总基因组DNA的提取；(3)rep-PCR循环反应；(4)rep-PCR产物纯化，浓度测定；(5)纯化产物标记为探针；(6)待测生态系统微生物混合DNA的rep-PCR产物经1.2～1.5％琼脂糖凝胶电泳；(7)Southern-Blot(印迹杂交)检测。
以下对本发明的进一步限定首先，根据报道的细菌基因组重复保守序列例如ERIC(肠杆菌基因间保守重复序列)序列，选择或设计适合于研究目标微生物生态系统的rep-PCR的引物，并确定PCR反应的循环程序。不同的研究对象，即不同的微生物生态系统，提取混合微生物基因组DNA没有通用的方法，要根据具体情况采用合适的方法。Rep-PCR的25μL PCR反应体系中，含模板80ng，23mM MgCl22.5μL，2.5mM的dNTP mix 2μL，20pmol的引物各1μL；不同的rep-PCR的引物选择不同的反应循环条件。PCR反应完成后，取一定的量，进行琼脂糖凝胶电泳，经溴乙啶染色，紫外光下照相，即可获得DNA指纹图谱。
PCR产物要进行浓度测定，例如经DyNA quant200荧光分光光度仪浓度测定后，取大约5μgPCR产物进行纯化，可以使用市售的PCR产物纯化试剂盒，如经MO BIO UltraClean PCR Clean-up DNA Purification kit纯化，纯化后再经DyNA quant200荧光分光光度仪进行浓度测定。
rep-PCR产物是多种不同大小和序列的DNA片段的混合物，使用某种方法可以对这些DNA片段进行标记，例如地高辛标记，探针标记体系含纯化后的PCR产物3μg，10×六核苷酸混合物2μL，dCTP、dGTP、dATP各1mM、dTTP 0.65mM、DIG-11-dUTP 0.35mM的dNTPs mix 2μL，2u/μL的klenow酶1μL，水补足到20μL，37℃标记20h。反应结束后加4M LiCl 2μL，0.2MPH8.0的EDTA2.5μL，75μL冰冷的无水己醇，混匀后-20℃沉淀至少2h。之后14,000rpm/min离心30min，70％的己醇洗滴，14,000rpm/min离心30min，干燥后溶于50μL无菌水中。
待测目标微生物生态系统混合DNA的rep-PCR指纹图谱，经1.2％或1.5％琼脂糖凝胶电泳后，进行印迹杂交，方法也有多种，例如可以进行真空转迹于带正电荷的尼纶膜上。真空转迹方法如下①真空转迹框保持清洁干燥，与缓冲瓶、真空泵连接；②将带口的塑料膜置于支持膜上，去离子水预湿的滤纸和转移膜(硝酸纤维素膜或带正电的尼纶膜)先后倾斜45度角缓缓铺于塑料膜窗口下并完全覆盖该窗口，排除任何气泡；③凝胶倾斜45度角缓缓置于塑料膜窗口上，排除凝胶与转移膜间的气泡；④安装顶框，以四个夹子对称固定，打开真空泵固定凝胶；⑤加足够的溶液1(去嘌呤液，0.25M HCl)覆盖凝胶，稳定真空泵在50mbar(所有进一步的处理均在50mbar进行)；⑥7min后，倾斜转迹框，拥戴手套的手指轻轻去除凝胶表面液体；⑦加足够的溶液2(变性液，1.5M NaCl，0.5M NaOH)覆盖凝胶，同上，等待7min，彻底移走残留的液体；⑧加足够的溶液3(中和液，1.0M Tris，1.5M NaCl，PH7.5)覆盖凝胶，同上，等待7min，彻底移走残留的液体；⑨加溶液4(转移液，20×SSC)，转移液覆盖凝胶的厚度为凝胶厚度的两倍，等待30～40min，彻底移走残留的液体；⑩关闭真空泵，移走凝胶，取出膜，紫外固定5min，室温干燥。
真空转迹、固定完毕后，将转移膜浸于50ml Blocking solution(0.1M马来酸，0.15M NaCl，1g Blocking reagent，PH7.5)中，将膜卷于杂交管中，68℃预杂交至少30min(Roche，DIG DNA Labeling and Detection Kit)。变性DNA探针(沸水中煮10分钟)大约500ng，立即置于冰盐混合物中，用含有探针的杂交液20ml更换预杂交液60℃杂交至少10h。回收含有探针的杂交液，贮存于-20℃，每次用之前68℃变性10min。杂交完毕后，先用50ml 2×SSC，0.1％SDS室温洗膜两次，每次15min；再用50ml 0.5×SSC，0.1％SDS 68℃洗膜两次，每次15min，最后进行显色反应。
本发明具有实质性特点和显著进步，所涉及的rep-PCR及微生物群落结构探针杂交技术应用到研究生态系统中微生物种群的结构，具有简便、快速、灵敏的特点，可以快速、有效地同时平行分析不同生态系统的种群结构差异以及同一生态系统微生物种群结构的动态变化。为发现、鉴别和分离生态系统中的优势功能菌以及为调控生态系统的功能提供监测方法。结合微生物生态系统宏观功能的变化与微生物生态系统DNA指纹图谱的变化，进行分析比较，寻找规律。在DNA指纹图谱中，常常可以找到与功能变化相关的DNA条带，可能来源于环境中某种起重要作用(如苯酚降解)的功能菌。在这个已知序列片断的引导下从环境样品中直接鉴定分离得到降酚菌，通过发酵生产制成活菌制剂投放到污水处理厂，可大大提高活性污泥的降酚能力。根据来源于肠道功能菌基因组的已知序列，可以设计特异性检测肠道功能菌的探针和引物用来评价益生素等药物的药效及筛选药物等。


图1健康儿童与发育滞后儿童肠道菌群结构差异的分子生态展示图2为对12例不同的个体包括健康儿童(CH2)、FTT儿童(CH1)、健康婴儿(BH)、腹泻婴儿(BL)、健康运动员(AH)、健康仔猪(PH)和腹泻仔猪(PL)检测的结果显示3所示是四个不同时期分别从A2和O池采集样品的ERIC-PCR指纹图(A)以及与群落结构探针杂交所得的相应的分子印迹杂交图谱(B)。
具体实施例方式以下结合附图提供三项实施例。
实施例一人体肠道内定居着十分复杂而又相对稳定的微生物群落。据估计，1g湿重的粪便样品中有大约1011个微生物细胞，大概400种以上的不同类型。这些肠道内固有的微生物对人体健康有着重要的作用帮助消化、生产人体必需的维生素以及帮助人体抵御外来病原微生物的入侵等；据报道，结肠癌可能与肠道微生物种群结构的异常有关。因此，研究肠道微生物的种群结构进而研究肠道微生物的功能具有重要的理论与实际意义。随着我国人民生活水平的提高以及计划生育政策的深入执行，现代家庭中的独生子的饮食结构与过去有很大的差异，很多儿童从小偏食、厌食，有的甚至严重影响了身体发育，导致很多FTT(Failureto Thrive，发育滞后)儿童的出现。FTT儿童是指那些生长发育指标(如身高体重等)显著低于该年龄平均水平的那些儿童。导致FTT可能的原因有食欲不振，偏食，早产，双胞胎或三胞胎，身体内部器官异常但没有明显的临床症状以及胃肠道消化功能不良等等。本研究以健康儿童与FTT儿童为研究对象，用ERIC-PCR及微生物群落结构探针杂交的分子生态技术分析比较其肠道微生物种群的差异，以求找到肠道内某些与健康有重要关系的有益菌。
对1例健康儿童(食欲良好)和1例FTT儿童(食欲不振)肠道微生物菌群进行连续3个月动态监测，收集新鲜的粪便样品，提取总DNA后，得到ERIC-PCR指纹图谱，健康个体第四次取样得到的ERIC-PCR产物经纯化后标记为微生物群落结构探针，与两例儿童不同次取样的得到的ERIC-PCR产物通过分子杂交技术进一步检测(图1)。用Sorenson[21]配对比较相似性系数(pairwise similaritycoefficient Cs)，比较凝胶电泳DNA指纹图谱、分子杂交DNA指纹图谱的相似性。Cs＝2j/(a+b)×100，其中a是一组DNA指纹图谱的条带数目，b是另一组DNA指纹图谱的条带数目，j是在两个图谱中共有条带的数目，两个完全不同的指纹图谱的Cs值是零，而完全相同的2个DNA指纹图谱的Cs值是100％。用这个相似性系数分析图1的结果是，从凝胶电泳图上看，两例儿童指纹图谱之间的相似系数Cs值为58％，从杂交图谱上看，它们的相似性Cs值为7％。实际上，两个体只有1条大约500bp处的带是共有的。
实施例2用例1中的探针对12例不同的个体包括健康儿童(CH2)、FTT儿童(CH1)、健康婴儿(BH)、腹泻婴儿(BL)、健康运动员(AH)、健康仔猪(PH)和腹泻仔猪(PL)检测的结果显示(图2)，大小为500bp，800bp和1000bp的3条带分别存在于不同的健康个体中，推测，这3条带可能来源于某些与健康相关的起重要作用的功能菌，经克隆后，大量筛选转化子酶切分为18种类型，其中500bp大小的条带含有5种序列片断，组成情况是33％，25％，4％，28％和10％；其中800bp大小的条带含有9种序列片断，组成情况是64％，23％，3％，3％，2％，1％，1％，1％和1％；其中1000bp大小的条带含有4种序列片断，组成情况是84.2％，10.2％，4.6％和0.9％。每种类型选取1个转化子测序，测序结果在GenBank中没有找到任何同源的已知序列。这些片段可能来源于我们还没有了解的未知菌。接下来就可以通过这些已知的序列信息，从粪便样品中鉴定分离这些可能与功能相关重要菌群。
实施例3污水生物处理技术是环境保护中最重要的技术方法之一。其原理主要是通过微生物对各种有机污染物的降解作用来使水净化。无论是活性污泥或生物膜装置，其反应的主体都是由各种细菌、真菌、藻类和原生动物等构成的一个复杂的微生物生态系统。装置的运行是以其中的微生物种群为基础的，种群结构的变化决定了其处理功能的变化。通过研究微生物群落结构动力学变化与降解功能的关系，就有可能在提高装置的处理效果，降低运行成本，扩大处理能力等方面取得显著效果。因此，污水处理装置中的微生物相可以起到指标生物的作用，由此来检查、判断处理装置的运转情况和污水处理效果。
但是，过去受传统分离培养方法的限制，人们对环境中的复杂微生物群落的组成及功能没能得到深入的认识。以污水生物处理为例，由于技术的局限，毫无疑问使一些关键问题无法得到解决，如活性污泥的膨胀；主要优势功能菌的鉴定及其生长速率的测定等等。对微生物群落结构变化规律的认识不足，直接影响了生产实际中污水处理的效果。
以污水处理构筑物为研究对象，用ERCI-PCR为基础，结合微生物群落结构探针可以直接对构筑物中微生物群落变化进行动态监测。
样品取自上海某焦化厂A2/O生物膜污水处理系统(A1厌氧池；A2缺氧池；O好氧池)。共设置6个采样点，分别是A1池中间、A2池进水、A2池中间、O池进水、O池中间、O池出水。每个点采集悬浮污泥水样约2000ml。每间隔一周采样一次，连续四周。
图3所示是四个不同时期分别从A2和O池采集样品的ERIC-PCR指纹图(A)以及与群落结构探针杂交所得的相应的印迹分子杂交图谱(B)。结果表明，这四个时期系统中的优势种群是相对稳定的，但同时也显示了整个群落的连续变化过程。前者表现为共有一些主带，后者则主要表现为条带数目及条带亮度上的变化，较明显的是1.25Kb处的条带变化，第一、第二周时此条带清晰可辨，第三周时条带消失，第四周又重新出现，但较弱。此外，图3也显示了A2池的变化过程与O池是一致的，这再次说明了这两个池子悬浮污泥的主要微生物组成及数量是相似的。
从以上实验结果充分说明了ERIC-PCR指纹图结合微生物群落结构探针的方法，可用于监测复杂微生物群落的结构特征及优势种群的动态变化。
权利要求
1.一种并行比较微生物群落结构分子生态的监测方法，其特征在于监测方法具体如下(1)选定rep-PCR引物；(2)环境样品中混合微生物总基因组DNA的提取；(3)rep-PCR循环反应；(4)rep-PCR产物纯化，浓度测定；(5)纯化产物标记为探针；(6)待测生态系统微生物混合DNA的rep-PCR产物经1.2～1.5％琼脂糖凝胶电泳；(7)Southern-Blot检测，即印迹杂交检测。
2.根据权利要求1所述的这种并行比较微生物群落结构分子生态的监测方法，其特征是以下对监测方法进一步限定首先，根据报道的Rep序列，选择适合于研究目标微生物生态系统的rep-PCR的引物，并确定PCR反应的循环程序，rep PCR的25μLPCR反应体系中，含模板80ng，23mM MgCl22.5μL，2.5mM的dNTP mix 2μL，20pmol的引物各1μL；PCR产物经DyNA quant200浓度测定后，取大约5μLPCR产物经MO BIOUltraClean PCR Clean-up DNA Purification kit纯化，纯化后经DyNA quant200进行浓度测定；探针标记体系含，纯化后的PCR产物3μg，10×六核苷酸混合物2μL，dCTP、dGTP、dATP各1mM、dTTP 0.65mM、DIG-11-dUTP 0.35mM的dNTPsmix 2μL，2u/μL的klenow酶1μL，水补足到20μL，37℃标记20h，反应结束后加4M LiCl2μL，0.2M PH 8.0的EDTA2.5μL，75μL冰冷的无水己醇，混匀后-20℃沉淀至少2h，之后14,000rpm/min离心30min，70％的己醇洗滴，14,000rpm/min离心30min，干燥后溶于50μL无菌水中；待测目标微生物生态系统混合DNA的rep-PCR指纹图谱，经1.2％或1.5％琼脂糖凝胶电泳后，真空转迹于带正电荷的尼纶膜上；真空转迹、固定完毕后，将转移膜浸于50ml Blocking solution中，该溶液组成为0.1M马来酸，0.15MNaCl，1g Blocking reagent，PH7.5，将膜卷于杂交管中，68℃预杂交至少30min，变性DNA探针，沸水中煮10分钟，大约500ng，立即置于冰盐混合物中，用含有探针的杂交液20ml更换预杂交液60℃杂交至少10h，回收含有探针的杂交液，贮存于-20℃，每次用之前68℃变性10min，杂交完毕后，先用50ml 2×SSC，0.1％SDS室温洗膜两次，每次15min；再用50ml 0.5×SSC，0.1％SDS68℃洗膜两次，每次15min，最后进行显色反应。
3.根据权利要求2所述的这种并行比较微生物群落结构分子生态的监测方法，其特征是真空转迹方法如下①真空转迹框保持清洁干燥，与缓冲瓶、真空泵连接；②将带口的塑料膜置于支持膜上，去离子水预湿的滤纸和转移膜，可以用硝酸纤维素膜或带正电的尼纶膜，先后倾斜45度角缓缓铺于塑料膜窗口下并完全覆盖该窗口，排除任何气泡；③凝胶倾斜45度角缓缓置于塑料膜窗口上，排除凝胶与转移膜间的气泡；④安装顶框，以四个夹子对称固定，打开真空泵固定凝胶；⑤加足够的溶液1，配方为去嘌呤液，0.25M HCl，覆盖凝胶，稳定真空泵在50mbar，所有进一步的处理均在50mbar进行；⑥7min后，倾斜转迹框，拥戴手套的手指轻轻去除凝胶表面液体；⑦加足够的溶液2，配方为变性液，1.5M NaCl，0.5M NaOH，覆盖凝胶，同上，等待7min，彻底移走残留的液体；⑧加足够的溶液3，配方为中和液，1.0M Tris，1.5M NaCl，PH7.5，覆盖凝胶，同上，等待7min，彻底移走残留的液体；⑨加溶液4，配方为转移液，20×SSC，转移液覆盖凝胶的厚度为凝胶厚度的两倍，等待30～40 min，彻底移走残留的液体；⑩关闭真空泵，移走凝胶，取出膜，紫外固定5min，室温干燥。
4.根据权利要求2所述的这种并行比较微生物群落结构分子生态的监测方法，其特征是显色反应方法如下①在Washing Buffer，配方为0.1M马来酸，0.15M NaCl，0.3％(v/v)Tween20，PH7.5，中简短洗膜1～5min，然后在100ml Blocking Solution中轻摇30min；②在20ml Antibody Solution中，轻摇30min，抗体以1∶5000稀释于Blocking Solution中；③在100ml Washing Buffer洗膜两次，每次15min；④在20ml Detection Buffer，配方为0.1M Tris，0.1M NaCl，PH9.5，20℃，中平衡2～5min，用10ml新鲜配置的显色液再暗处显色，配方为加200μL的NBT/BCIP到10ml Detection Buffer中；⑤显色完毕后，将膜侵入去离子水中以终止反应，照相或扫描记录结果。
全文摘要
并行比较微生物群落结构差异的分子生态监测方法属于微生物生态学领域。监测方法具体如下(1)选定rep－PCR引物；(2)环境样品中混合微生物总基因组DNA的提取；(3)rep－PCR循环反应；(4)rep－PCR产物纯化，浓度测定；(5)纯化产物标记为探针；(6)待测生态系统微生物混合DNA的rep－PCR产物经1.2～1.5％琼脂糖凝胶电泳；(7)Southern－Blot检测，即印迹杂交检测。本发明具有简便、快速、灵敏的特点，可以同时平行分析不同生态系统的种群结构差异以及同一生态系统微生物种群结构的动态变化，为发现、鉴别和分离生态系统中优势功能菌以及为调控生态系统功能提供监测方法，可找到能显著提高活性污泥降酚能力的优势菌种，也可设计特异性检测肠道功能菌的探针和引物来评价益生素等的药效及筛选药物等。
文档编号C02F1/32GK1390951SQ0213620
公开日2003年1月15日 申请日期2002年7月25日 优先权日2002年7月25日
发明者赵立平, 魏桂芳 申请人:上海交通大学