检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸的制作方法

专利名称：：检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸的制作方法检测微生物和抗生素抗性标记物的方法及其中所用的核酸寡核苷酸自从发现核酸(NA)以来，有关检测样品中是否存在特定DNA或RNA序列或其量的技术在学术界和产业界均引起了极大的兴趣。扩增技术方面的发明，特别是聚合酶链反应(PCR)和杂交，对所有类型的检测是否存在核酸序列或其量的测定法的开发均作出了巨大贡献。目前可以自生物体收集含有核酸的样品并确定其中是否存在某些特定核酸序列(靶序列)及其量。己经存在对多种耙序列同时进行此类分析的技术，即所谓的靶序列的多重检测，以便由此提高通量并提高诊断价值。目前，基于核酸序列的检测还没有象例如糖尿病的血糖浓度测定那样成为一种常规基本检査。通常，为了得到可靠的结果，必需有精良的实验室设备和受过良好培训的人员，且必需采用仔细的方案。此外，当前的分析方法既耗费人力，也耗费时间。典型地，当前的DNA或RNA分析过程需要数天，这是因为需要各种不同的系统来采集样品、培养样品、自样品分离DNA或RNA、用于分析样品中是否存在耙序列或其量的后续测定法、处理所获得的任何结果以及相应的结果展示。对整个或部分靶序列使用高度特异性的杂交和扩增方法使得能够确定是否存在某些特定核酸序列或其量，这可使得上述耗时的分析得到极大的改进。可以使用高度敏感性和特异性的PCR和/或杂交，后者则需要针对某些特定核酸靶序列的高度特异性引物。一些细菌菌株的核酸序列是已知的，例如金黄色葡萄球菌(5^;/^/ococcz^m^ezw)核酸序列公开于JClinMicrobiol.(2000)，38(2)，781-8，JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58，403-411,JClinMicrobiol.(2004),42(3)，1048-57,US5,582,975,WO90/14444，WO03/095677，和US5,958,679;表皮葡萄球菌(Stop/^/ococcwse//cfe/"w/tfo)核酸序歹!j公开于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58,403—411和WO03/095677;铜绿假单胞菌(尸5e"(io,wasaera—cwa)核酸序歹!j公开于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58，403—411，JClinMicrobiol.(2004),42(3)，1048-57，和WO03/095677;肺炎克雷伯菌(A7efozW/a戶ewmom'ae)核酸序列公开于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58,403—41和WO03/095677;粪肠球菌(五"^rococa^/aeca/z'"核酸序列公开于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58，403—411;屎肠球菌(五"feracoccwy^ec/wm)核酸序歹lj公开于JournalofMicrobiologicalMethods(2004),58,403—411禾BWO03/095677;大肠杆菌(^c/zm'c/7faco")核酸序列公开于JournalofMicrobiologicalMethods(2004)，58,403-411,JClinMicrobiol.(2004)，42(3),1048-57和WO03/095677;阴沟肠杆菌C&7fera^"erc/oac^)核酸序列公开于US5,958,679。某些抗生素抗性基因的核酸序列是已知的，例如，P-内酰胺酶SHV核酸公开于J.ClinMicrobiol(2001)39，3193-3196，J.ClinMicrobiol(1998)36,3105-3110,J.ClinMicrobiol(1999)37，4020-4027,US2004/0002080,和US6,242,223;(3-内酰胺酶GES誦2核酸公开于InternationalJournalofAntimicrobialAgents(2004)24，35—38和J.AntimicrobialChemotherapy(2002)49，561-565;甲氧西林抗性MecA核酸公开于JClinMicrobiol.(2002)，40(5)，1821-3,JClinMicrobiol.(1995),33(11)，2864-7，JClinMicrobiol.2000Jun—38(6)—2429-33,WO02082086A2和US5，437，978;spA核酸公开于J.ClinMicrobiol(2003)41,5442—5448和US5,702,895;vanA核酸公开于J.Clin.Microbiol.(1997),703—707和J，Clin.Microbiol.(2000)3092—3095;vanB核酸公开于J.Clin.Microbiol.(1997),703-707和J.Clin.Microbiol.(2000)3092—3095;vanC核酸公开于J.Clin.Microbiol.(1997)，703—707和J.Clin.Microbiol.(2000)3092-3095;(3-内酰胺酶抗性TEM-1H核酸公开于AntimicrobialAgentsAndChemotherapy(2001)，2407-2413,US2004/0002080和US6,242,223。不过，核酸检测领域的问题在于提供可靠的引物或探针。特别是在进行多重检测时，交叉反应和假阳性或假阴性结果是一个问题。本发明的目的在于通过提供适合用于具有特异性和可靠性的单一模式和多重核酸检测的方法、序列和弓I物来克服现有技术的这些问题。本发明的一个实施方式涉及检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的方法，包括鉴定是否存在特征性核酸区域。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中微生物的所述特征性核酸区域是23SRNA基因。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中采用核酸扩增来鉴定所述特征性核酸区域。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中采用多重PCR来检测两种或多种特征性核酸区域。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中采用杂交来鉴定所述特征性核酸区域。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:3和4或SEQIDNO:5和6所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:3至6中任一所表示的序列的杂交探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:1或2，而微生物是阴沟肠杆菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是粪肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、或SEQIDNO:15和11所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是粪肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:9至15中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:7或8，而微生物是粪肠球菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是屎肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:19和20、或SEQIDNO:20和21所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是屎肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:19至21所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:16或17，而微生物是屎肠球菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是大肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是大肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:24至29中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:22或23，而微生物是大肠杆菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36或SEQIDNO:37和33所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:32至37中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:30或31，而微生物是肺炎克雷伯菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:40至42中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:38或39所表示的序列，而微生物是铜绿假单胞菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:45至51中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:43或44所表示的序列，而微生物是金黄色葡萄球菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:54至63中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:52或53，而微生物是表皮葡萄球菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是白色念珠菌(Caw^aa版cfl""，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述微生物是白色念珠菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:66至71中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:64或65所表示的序列，而微生物是白色念珠菌。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blages.2，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:74和75或SEQIDNO:76和77所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blages.2，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:74至77中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:72或73所表示的序列，而抗生素抗性标记物是blages—2。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blashv，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:80和81或SEQIDNO:82和83所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是blashv，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:80至83中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:78或79所表示的序列，而抗生素抗性标记物是blashv。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是mecA，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:86和87或SEQIDNO:88和89所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是mecA，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:86或89所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:84或85所表示的序列，而抗生素抗性标记物是mecA。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是spA，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:92和93或SEQIDNO:94和95所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是spA，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:92至95中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:90或91所表示的序列，而抗生素抗性标记物是Spa。记物是VanA，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:98和99或SEQIDNO:100和101所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanA，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:98至101所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:96或97所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanA。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanB，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:104和105或SEQIDNO:106和107所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanB，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:104至107中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:102或103所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanB。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanC，所述方法包括使用相应于SEQIDNO.'110和111或SEQIDNO:112和113所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是VanC，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:IIO至113中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:108或109所表示的序列，而抗生素抗性标记物是VanC。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是MDR-1，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:116禾Q117或SEQIDNO:118和119所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是MDR-1，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:116至119中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:114或115，而抗生素抗性标记物是MDR-1。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是CDR-1，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:122和123或SEQIDNO:124和125所表示的序列的扩增引物对。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述抗生素抗性标记物是CDR-1，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:122至125中任一所表示的序列的探针。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:120或121所表示的序列，而抗生素抗性标记物是CDR-1。本发明的另一个实施方式涉及预先装有一对或多对扩增引物的容器，所述一对或多对扩增引物选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20禾卩19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35禾口36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、2SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO-58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100和101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及预先装有一或多种探针的容器，所述一或多种探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及包含一对或多对扩增引物的试剂盒，所述一对或多对扩增引物选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:IOO和IOI、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:110和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及包含一或多种探针的试剂盒，所述一或多种探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及包含一或多个如上所述的容器的试剂本发明的另一个实施方式涉及包含一对或多对扩增引物的装置，所述一对或多对扩增引物选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO-82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100和101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、SEQIDNO:124和125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及包含一或多种探针的装置，所述一或多种探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的容器、试剂盒或装置用于检测样品中的一或多种微生物和成一或多种抗生素抗性标记物的用途。本发明的另一个实施方式涉及包含探针的组合物，所述探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及包含两种或多种探针的组合物，所述两种或多种探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:IIO至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及包含扩增弓I物对的组合物，所述扩增引物对选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及包含两对或多对扩增引物的组合物，所述两对或多对扩增引物选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及23SRNA基因的序列，其选自SEQIDNO:131至157所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及抗生素抗性标记物的序列，其选自SEQIDNO:158至261所表示的序列。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。本发明的另一个实施方式涉及上述的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的组合物，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的组合物，其中由SEQIDNO所表示的序列是所述SEQIDNO的同源序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。本发明的另一个实施方式涉及如上所述的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。图l:微生物的23SRNA序列的序列和比对。图2:抗生素抗性基因的序列和比对。本发明涉及微生物的23SRNA基因序列，并涉及抗生素抗性基因及其作为模板用于杂交和/或核酸扩增反应、和/或检测样品中是否存在一或多种微生物和/或抗生素抗性基因的其他鉴定方法中的用途。本发明还涉及适合用于对所述序列进行扩增和杂交的核酸扩增引物和杂交探针。所述样品可以是任何感兴趣的样品，其可以来自动物(如人、农业动物、家畜、科研用动物、动物园动物)或非动物(如固体状和液体状耗材、水系统、污水系统、土壤、制暧/制冷系统)。如果是人的样品，其可以是例如血液、唾液、尿液、粪便以及任何体液或组织。样品是任何有理由进行研究并能够提供模板核酸的样品。根据本发明的一个实施方式，可用于本发明的微生物物种选自以下一或多种金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、粪肠球菌、铜绿假单胞菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、和白色念珠菌。根据本发明的另一个实施方式，可用于本发明的抗生素抗性标记物选自以下一或多种mecA(甲氧西林抗性基因，赋予对(3-内酰胺的抗性)、vanA(万古霉素抗性基因A)、vanB(万古霉素抗性基因B)、vanC(万古霉素抗性基因C)、blashv(P-内酰胺抗性基因)、blages-2(P-内酰胺抗性基因)、spA(金黄色葡萄球菌蛋白A)、MDR-1(真菌的多重耐药基因-1)、和CDR-1(真菌的多重耐药基因-2)。根据本发明，23SRNA或抗生素抗性标记物的核酸序列用作序列特异性核酸检测方法的模板。检测方法涉及检测是否存在一或多个特征性区域，即23SRNA基因的区域(包括23SRNA本身)或抗生素标记物的区域，所述区域具有足够的特征性，使得能够通过检测所述区域的存在而对物种或抗生素抗性标记物加以鉴定。可以通过扩增所述特征性区域的至少一部分而进行检测。或者，或额外地，可以通过采用抗核酸抗体或测序而进行检测。或者，或额外地，可通过使用探针的杂交而进行检测。检测可以在样品中存在来自其他物种或分类学上的其他型的总核酸的情况下进行。所述特征性区域可以，例如-包含物种之间非保守的序列部分，-包含抗生素抗性标记物之间非保守的序列部分，-包含保守序列部分之间非保守数量的残基，其使得能够基于扩增反应的产物长度进行鉴定，-包含特定的折叠物理特性或者物种特有的相关蛋白质，其允许引物或探针在特定条件下发生结合。特征性区域包括其中一或多个已经被缺失、取代和/或插入的同源性序列。同源性序列中允许存在的取代、缺失和/或插入的数量可以少于或等于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、220、240、260、280、300、320、340、360、380、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000个残基。或者，所述数量少于残基数目的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、90/0、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、290/o、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。同源性序列仍允许基于一些或者全部未改变的残基对特征性区域进行鉴定。特征性区域还包括所述特征性区域的互补序列。扩增如果使用核酸扩增(如PCR)，则引物对的序列和长度要使得仅当存在所述物种或抗性基因的一或多个特征性区域时才产生扩增产物(扩增子)。或者，引物可为感兴趣的物种提供特定长度或模式的产物，可与因其他序列的扩增而产生的扩增产物区别开。或者，或额外地，扩增引物可提供相对定量的产物，使得能够对物种进行鉴定(如电泳凝胶上的一或多条强条带)。用于将扩增结果与存在感兴趣的核酸相匹配的任何方法均属于本发明的范畴。尽管核酸扩增方法如PCR法是本领域所熟知的(见美国专利4,683,195和4,683,202，通过引用将它们并入本申请)，且尽管大量厂家如Roche、Invitrogen、Qiagen、Promega等均销售PCR试剂并发表PCR方案，当为清楚起见，下文仍提供了一些通用的PCR信息。PCR方法的开始需要将样品中的靶核酸变性(假定样品核酸是双链的)。通常将样品加热到大约95。C而实现变性。一旦链分离，PCR的下一步涉及通过将样品的温度降低到解链温度TM而使得分离的链与所述靶区域或者亚序列两侧翼的引物杂交。然后通过将样品的温度升高至最佳延伸温度(如70至75。C)而使得引物延长，以形成所述靶链的互补拷贝，根据需要将变性、杂交和延伸的循环重复多次，以获得所需量的扩增核酸。在PCR中，引物的模板依赖性延伸是在存在足量的4种脱氧核糖核苷三磷酸(deoxyribonucleotidetriphosphate)(dATP、dGTP、dCTP、和dTTP)的反应介质中由聚合剂催化发生的，所述反应介质由合适的盐、金属阳离子和pH缓冲系统组成的。合适的聚合剂是己知能够催化模板依赖性DNA合成的酶。例如，如果模板是RNA，那么将RNA转化为互补DNA(cDNA)序列的合适的聚合剂是逆转录酶(RT)，如禽类髓母细胞白血病病毒(arianmyeloblastosisvirus)的RT。如果扩增的靶是DNA，则合适的聚合酶包括，例如，大肠杆菌DNA聚合酶I或其Klenow片段、T4DNA聚合酶、和Taq聚合酶，后者是分离自栖热水生菌(r/zerwwj"w加'cw力的热稳定性DNA聚合酶。TaqDNA聚合酶被广泛用于核酸的扩增和测序。使用DNA聚合酶的反应条件是现有技术中已知的，且可参见例如，文集MethodsinEnzymology，以及Maniatis等的MolecularCloning:ALaboratoryManual。在PCR方法中要仔细控制温度以达到解链以及引物退火和延伸的平衡。通常使用热循环仪产生的干热来实现温度调控。在PCR方法的一个优选的实施方式中，反应由热稳定性DNA聚合酶如TaqDNA聚合酶催化，并在温度升高的条件下进行。优选的温度是酶具有热稳定性且核酸处于单链和双链的平衡状态的温度，由此足量的引物可与模板链退火，以达到合理的聚合速度。实现解链需要通过加热使反应达到足够高的温度并持续足够的时间，以便引起双链变性，但不要导致聚合酶不可逆的变性。PCR方法可以一步步的方式进行，其中每一步之后添加新的试剂，或者可以在若干数量的步骤之后加入全部试剂的方式进行。例如，如果通过加热诱导解链，而聚合酶是热敏感的，则需要在每一轮解链之后添加聚合酶。而如果例如变性所使用的是解旋酶或者延伸所使用的是热稳定性聚合酶，则所有试剂均可在最初时添加，或者，如果试剂的摩尔比对于反应十分重要，则由于试剂在合成反应中被消耗，因此可以定期补充试剂。检测PCR产物的存在、大小和/或质量的方法是本领域已知的，所述方法包括使用电泳、色谱法、毛细管区带电泳、分析离心等等。这些方法可与标记物(如荧光、化学发光、放射性同位素、酶标记物(如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)、染料、抗体等等)组合使用。检测还可使用溶液中的或固定化于固相支持物的、针对待检测DNA的杂交探针(见下文)或抗体。根据本发明的一个实施方式，扩增在容器上或者容器内进行。容器可以是单样品型或多样品型的。单样品容器包括本领域人员所知的试管、离心管、Eppendorf管等等。多样品容器包括但不限于多孔板、固相载片、固相膜(如尼龙或硝酸纤维素)、微球、玻璃载片、微阵列、芯片等等。单样品容器可以使用单一样品模式的上述基材。多样品容器允许例如使用单一热循环仪同时进行多个或者大量PCR。容器可适合于高通量筛选或微阵列装置。可将一或多对引物或者样品固定化于固相上。所提供的容器可以是已经含有了一或多对引物。此类预先装载的容器可含有用于检测具体指出的微生物和/或抗性基因的引物组合。预先装载的容器可含有适合用于检测操作者感兴趣的有限的特征性区域组合的引物组合(如仅用于检测大肠杆菌和vanA或vanB或vanC)。也可以获得用于检测特定组合的若干变化形式。此类预先装载的容器可以成为试剂盒的一部分，也可以是单独的。根据本发明的一个方面，可使用两对或多对扩增引物来同时检测两或多种物种或两或多种不同抗生素抗性标记的存在，或者至少一种物种或至少一种抗生素抗性标记物的存在。由此获得的扩增产物在性质上具有足够的差异，使得能够鉴定所述物种和/或抗生素抗性标记物的存在。所述同时扩增可以在相同的温度循环条件下、但在不同的孔或者空间(如在对不同的引物对具有不同的孔的微阵列上)进行。任选地，不同对扩增引物的缓冲液可以是相同的。不同引物对被设计成特定的序列和长度，以便在相同的温度以及任选地相同的缓冲液中发挥作用。在本发明的另一方面，扩增引物占据相同的孔或空间，即所有引物出现于同一个反应中(多重的)。多重模式涉及使用多于一组的扩增引物对同时扩增不同的耙区域。因此，例如温度以及任选地缓冲液等条件对于多对多重PCR引物而言是相同的。因此，引物被进一步设计为在引物对之间不发生交叉反应，具有相似的热解链温度，且在相同的缓冲条件下操作。优选地，用于多重PCR的引物彼此的Tm(杂交解链温度)相差在8°C以内，且平均Tm在45°C和大约70°C之间，平均Tm优选地在60。C和66。C之间。同时扩增使得能够将多种待检测的菌种和/或抗生素抗性标记物置于单独一个微阵列上或者是单独一个反应容器中，因此可进行快速、经济和准确的筛选。扩增引物与靶可以是完全互补的，即没有错配。而那些与靶不完全互补但仍然允许对其扩增的引物也属于本发明的范围。在靶模板上存在一或多个错配、缺失和/或插入的情况下引物仍能结合。靶模板中允许出现的错配、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区内的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10个残基，但这仍允许对靶区域进行扩增。或者，该数量可低于天然互补区内模板残基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本领域人员已知这些数值取决于引物的长度和组成。优选地，所述错配、缺失和/或插入限于从互补区的中部到模板的3'末端的序列。引物包括同源序列，其中已经缺失、取代和/或插入了一或多个碱基。引物中允许出现的取代、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区末端之间的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或IO个残基。或者，该数量低于天然互补区末端之间的引物残基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、180/0、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、2线、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、390/0、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本领域人员已知这些数值取决于探针的长度和组成。优选地，所述错配、缺失和域插入限于从互补区的中部到引物的5，末端的序列。此外，扩增引物可以是化学修饰的，例如，具有修饰的碱基或主链(如硫代磷酸酯、烷基硫代磷酸酯、肽核酸、或可含有螯合剂)。引入变化或修饰可能造成有必要对使用寡核苷酸以获得所需的特异性和敏感性的条件进行适应性修改。不过，扩增反应的最终结果将基本上相同。为了积极影响例如退火动力学、退火的可逆性、寡核苷酸分子的生物学稳定性等特征，引入缺失、取代、插入或修饰是有利的。此外，扩增引物可在5'方向延长一或多个额外的碱基、修饰的碱基、或化学基团(如标签)。此类修饰是本领域人员熟知的，且一般不会影响扩增。在一个方面，鉴定包括双扩增，即例如通过巢式PCR扩增包围所述特征性区域的区域，随后扩增所述特征性区域。第一反应的产物(任选地是纯化的)可以作为模板用于第二反应中。或者，可允许第一反应进行有限数量的循环，然后在同一反应容器中加入与第二反应有关的引物。此类变化是本领域人员已知的。杂交如果使用杂交探针，探针的序列和长度可使得仅当反应中存在特征性区域的核酸时才发生杂交。实现杂交探针的选择性结合的方法和方案是本领域人员熟知的。或者，或额外地，探针可提供特定的信号相对强度，以便能够从背景或其他杂交中鉴定所述物种。用于将杂交反应的结果与存在感兴趣的核酸相匹配的任何方法均属于本发明的范围。进行杂交反应的方法和条件是本领域已知的，且可参见，例如，MolecularCloning:ALaboratoryManual(ThirdEdition)(JosephSambrook，PeterMacCallum，DavidRussell,ColdSpringHaborLaboratoryPress)。为了设计具有所需特性的探针，可采用以下本领域已知的原则。由于诸如在此所述的杂交反应的程度和特异性受到多种因素的影响，因此操控这些因素中的一或多个可决定特定探针的确切的敏感性和特异性，即其是否与其靶序列精确互补。在此进一步解释各种测定条件的重要性和影响。[探针:靶]核酸杂交体的稳定性应该被选择为适合于测定条件。这是可以实现的，例如，可通过避免长的富含AT的序列，通过以G:C碱基对终止杂交体，以及通过设计出具有合适Tm的探针。探针的起点和终点应该被选择为使得其长度和。/。GC导致其比进行最后测定时的温度高大约2至10°C。探针的碱基组成很重要，原因在于由于G-C碱基对具有额外的氢键而相对于A-T碱基对显示出更高的热稳定性。因此，如果互补的核酸具有较高的C-C含量，则在更高温度时，杂交会更加稳定。在设计探针时还要考虑到探针所要使用的条件，诸如离子强度和温育温度。己知杂交的程度会随着反应混合物中离子强度的增加而增加，而杂交体的热稳定性会随着离子强度的增加而增加。另一方面，破坏氢键的化学试剂如甲酰胺、尿素、DMSO以及醇则会提高增加的严格性。这些试剂对氢键的去稳定化作用可显著降低Tm。总之，长度为大约10至50个碱基的探针的最佳杂交在低于给定双链体的解链温度大约5°C时出现。在低于最佳温度的温度温育可允许不匹配的碱基序列发生杂交，且因此可导致特异性降低。合意的探针是那些仅在高严格性条件下杂交的探针。在高严格性条件下将仅形成高度互补性核酸杂交体；不具备足够程度的互补性的杂交体将不会形成或者是显示较弱的信号。因此，所述测定条件的严格性决定了两个核酸链之间形成杂交体所需的总体互补性。要选择严格性程度以使得靶核酸所形成的杂交体与非靶核酸所形成的杂交体之间的稳定性的差异最大化。靶DNA或RNA内的已知形成抑制杂交的稳定内部结构的区域是不佳的。类似地，英国避免使用具有强烈自身互补性的探针。杂交是两条互补核酸单链相结合形成以氢键连接的双链。这意味着如果两条链之一整个或部分地形成杂交体将使其难以参与形成新的杂交体。如果一类探针的分子具有足够的自身互补性，则所述分子可以形成分子内或者分子间杂交体。可通过仔细设计探针来避免此类结构。通过设计探针可使得感兴趣的序列的大部分为单链，以明显提高杂交的比例和程度。用于查找此类相互作用的计算机软件是现有的。不过，在特定情况下可能无法避免出现此类相互作用。检测序列存在的方法包括但不限于Southern印迹、Northern印迹、亲和层析和固相测定法。本领域人员已知，方法中可使用荧光标记物、放射性同位素标记物、酶联标记物、染料、抗体、连接于探针的酶。根据本发明的一个实施方式，可以在容器上或者内部进行分析。容器可以是单样品型或多样品型的。单样品容器包括本领域人员所知的试管、离心管、Eppendorf管等等。多样品容器包括但不限于多孔板、固相支持物、固相载片、固相膜(如尼龙或硝酸纤维素)、多孔结构、微球、玻璃载片、微阵列、芯片等等。单样品容器可以使用单一样品模式的上述基材。例如，可采用多道加样器、软刻蚀技术(softlithography)或微接触印刷术、喷墨技术等等。可将一或多种探针或样品固定化于容器上(如固定化于固相支持物上)。多样品固相支持物允许例如使用单一杂交仪或平台和/或单独一组试剂同时进行多个或者大量杂交。固相支持物可适合于高通量筛选或微阵列装置。所提供的容器可以是已经含有了一或多种探针。此类预先装载的容器可含有用于检测具体指出的微生物和/或抗性基因的探针组合。预先装载的容器可含有适合用于检测操作者感兴趣的有限的特征性区域组合的探针组合(如仅用于检测大肠杆菌和vanA或vanB或vanC)。也可以获得用于检测特定组合的若干变化形式。此类预先装载的容器可以成为试剂盒的一部分，也可以是单独的。根据本发明的一个方面，可使用两种或多种杂交探针来同时检测两或多种物种或两或多种不同抗生素抗性标记的存在，或者至少一种物种或至少一种抗生素抗性标记物的存在。由此获得的杂交产物在性质上具有足够的差异，使得能够鉴定所述物种和/或抗生素抗性标记物的存在。所述同时杂交可以在相同的温度条件下、但在不同的孔或者空间(如在对不同的引物对具有不同的孔的微阵列上)进行。任选地，不同探针的缓冲液可以是相同的。不同探针对被设计成特定的序列和长度，以便在相同的温度条件下以及任选地相同的缓冲液中发挥作用。在本发明的另一方面，杂交探针占据相同的孔或空间，即所有探针出现于同一个反应中。因此，例如温度以及任选地缓冲液等条件对于探针而言是相同的。因此，探针被进一步设计为防止发生交叉反应，并且产生的结果允许对两种或多种物种、DNA抗性基因或这两个方面进行可靠的鉴定。这种同时杂交使得能够在单独一个微阵列上或者是单独一个反应中检测多种菌种和域抗生素抗性标记物，并且将出现因交叉结合而引起的错误结果的可能性降到最低。杂交探针与靶可以是完全互补的，即没有错配。而那些与靶不完全互补但仍然允许对其进行鉴定和辨别的探针也属于本发明的范围。在靶模板上存在一或多个错配、缺失和/或插入的情况下探针仍能结合。靶模板中允许出现的错配、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区末端之间的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或IO个残基。或者，该数量可低于天然互补区末端之间模板残基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、290/0、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本领域人员已知这些数值取决于探针的长度和组成。探针的序列包括同源序列，其中已经缺失、取代和/或插入了一或多个碱基。探针中允许出现的取代、缺失和/或插入的数量可以是天然互补区末端之间的1、2、3、4、5、6、7、8、9、或IO个残基。或者，该数量低于天然互补区末端之间的引物残基的1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%。本领域人员己知这些数值取决于探针的长度和组成。此外，探针可以是化学修饰的，例如，具有修饰的碱基或主链(如硫代磷酸酯、烷基硫代磷酸酯、肽核酸、或可含有螯合剂)。引入变化或修饰可能造成有必要对使用寡核苷酸以获得所需的特异性和敏感性的条件进行适应性修改。不过，杂交的最终结果将基本上相同。为了积极影响例如杂交动力学、杂交的可逆性、寡核苷酸分子的生物学稳定性等特征，引入这些修饰是有利的。本发明的杂交探针能够与特征性区域中的任何5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个碱基的序列或其互补序列退火。在一个方面，杂交中的模板是扩增产物。也就是说，先扩增含有特征性区域的核酸，并使用扩增产物进行杂交。1.阴沟肠杆菌根据本发明的一个方面，阴沟肠杆菌23SRNA基因的特征性区域包含表1和2所示的核苷酸序列(SEQIDNO:1或2)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述特征性区域或其互补序列的同源序列。seqidno:1_1251(5')cggtttaagcatgtaggcggaggttccaggtaaatccggtaccttttaacgctgaggtgtgatgacgaggcactacggtgctgaagtaacaaatgccctgcttccaggaaaagcctctaagcatcaggtaacaysaaatcgtaccccaaaccgacacaggtggtcaggtagagaataccaaggcgcttgagagaactcgggtgaaggaactaggcaaaatggtgccgtaacttcgggagaaggcacgctga工atgtaggtgaagcccctgcgggtggagctgaaatcagtcgaagatacca5ctggctgcaactgtttattaaaaacacagcactgtgcaaacacgaaagtggacgtatacggtgtgacgcctgcccggtgccggaaggttaattgatggggttagcggyaacgcgaagctcttgatcgaagccccggtaaacggcggccgtaactataacggtcctaaggtagcgaaattccttgtcgggtaagttccgacctgcacgaatggcgtaatgatggccaggctgtctccacccgagactcagtgaaattgaactcgctgtgaagatgcagtgtacccgcggcaagacggaaagaccccgtgaacctttactatagcttgacactgaacactggtccttgatgtgtaggataggtgggaggctttgaagcgtggacgccagtctgcgtggagccgtccttgaaataccaccctttaatggctggtgttctaacgtagacccgt2ayccgggttgcggacagtgtctggtgggtagtttgactggggcggtct_2050(3，)_表l:阴沟肠杆菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的一个取代实例是T1502C(以下划线标出)。W是具有腺嘌呤或者胸腺嘧啶碱基的核苷酸。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:l的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1251和2050位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1279和1998位残基之间的任何区域(表2，SEQIDNO:2)。segidno:21279(5')ggtaaatccggtaccttttaacgctgaggtgtgatgacgaggcactacggtgctgaagtaacaaatgccctgcttccaggaaaagcctctaagcatcaggtaacaysaaatcgtaccccaaaccgacacaggtggtcaggtagagaataccaaggcgcttgagagaactcgggtgaaggaactaggcaaaatggtgccgtaacttcgggagaaggcacgctga工atgtaggtgaagcccctgcgggtggagctgaaatcagtcgaagatacca5ctggctgcaactgtttattaaaaacacagcactgtgcaaacacgaaagtggacgtatacggtgtgacgcctgcccggtgccggaaggttaattgatggggttagcggyaacgcgaagctcttgatcgaagccccggtaaacggcggccgtaactataacggtcctaaggtagcgaaattccttgtcgggtaagttccgacctgcacgaatggcgtaatgatggccaggctgtctccacccgagactcagtgaaattgaactcgctgtgaagatgcagtgtacccgcggcaagacggaaagaccccgtgaacctttactatagcttgacactgaacactggtccttgatgtgtaggataggtgggaggctttgaagcgtggacgccagtctgcgtggagccgtccttgaaataccaccctttaatggctggtgttctaacgtagacc_1998(3，)_表2:阴沟肠杆菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的一个取代实例是T1502C(以下划线标出)。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1279和1998位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1279(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1998(士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测阴沟肠杆菌的扩增引物包含表3的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表3所示的SEQIDNO:3(F)和SEQIDNO:4(R);SEQIDNO:5(F)和SEQIDNO:6(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可以存在于组合物中。编号序列/引物长度TYPEPAIRLENTm(°C)SEQ工DNO:3GGTAAATCCGGTACCTTTTAAC/22F433162SEQIDNO:4GGTCTACGTTAGAACACCAGC/21R333164SEQ工DNO:5GGAGCGTTCTGTAAGCCGTT/20F671962SEQ工DNO:6CACACCTCAGCGTTAAAAGGTA/22R571964表3:用于扩增阴沟肠杆菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:1或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1279和1998位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:2)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1279(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1998(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测阴沟肠杆菌的探针包含SEQIDNO:3至6所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表3的引物对扩增核酸来鉴定阴沟肠杆菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:3至6中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表3所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。2.粪肠球菌根据本发明的一个方面，粪肠球菌23SRNA基因的特征性区域包含表4和5所示的核苷酸序列(SEQIDNO:7或8)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage41</column></row><table>)表4:粪肠球菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T1320Y和/或Y1337C(以下划线标出)，其中Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:7的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1251和1978位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1268和1940位残基之间的任何区域(表5，SEQIDNO:8)。SEQIDNO:81268(5)GGAAGTGCATGTCCAAGCAATGAGTCTTGAGTAGAGTTAAATGCTTTACTCTITAAGGACAAGTTGTGAXGGGGAGCGAAATAATAGTAGCGAAGTTCCTGATGTCACACTGAGGAGAGTATCCTAAGGTGAGCGAGCGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCGACCGGAACGCTAGTTTCGG_1940(3')_表5:粪肠球菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T1320Y和/或Y1337C(以下划线标出)，其中Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1268和1940位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1268(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1940(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测粪肠球菌的扩增引物包含表6的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表6所示的SEQIDNO:9(F)和11(R);SEQIDNO:9(F)和12(R);SEQIDNO:13(F)和14(R);SEQIDNO:15(F)和12(R);SEQIDNO:15(F)和11(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可以存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table>表6:用于扩增粪肠球菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:7或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1279和1998位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:8)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1279(土IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1998(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测粪肠球菌的探针包含SEQIDNO:9至15所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表6的引物对扩增核酸来鉴定粪肠球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:9至15中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表6所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基己经被缺失、取代和/或插入的同源序列。3.屎肠球菌根据本发明的一个方面，屎肠球菌23SRNA基因的特征性区域包含表7和8所示的核苷酸序列(SEQIDNO:16或17)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQ工DNO:16_1381(5')GCCGAGAAAAGCTTCTAGTGAGAAAACAGCGGCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCGAGGAGAGAATCCTAAGGTGAGCGAGAGAACTCTCGTTAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCTGATCATACGATCAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCG_1560(3')_表7:屎肠球菌23SRNA基因的特征性区域的序列根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:16的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1381和1560位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1392和1547位残基之间的任何区域(表8，SEQIDNO:17)。<table>tableseeoriginaldocumentpage44</column></row><table>表8:屎肠球菌23SRNA基因的特征性区域的序列根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1392和1547位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测屎肠球菌的扩增引物包含表9的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表9所示的SEQIDNO:18和19;SEQIDNO:19和20;SEQIDNO:20和21，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。<table>tableseeoriginaldocumentpage45</column></row><table>表9:用于扩增屎肠球菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:16或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1392和1547位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:17)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测屎肠球菌的探针包含SEQIDNO:18至21所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表9的引物对扩增核酸来鉴定屎肠球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:18至21中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表9所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。4.大肠杆菌根据本发明的一个方面，大肠杆菌23SRNA基因的特征性区域包含表10和11所示的核苷酸序列(SEQIDNO:22或23)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQ工DNO:22_1201(51)GGGACGGAGAAGGCTATGTTGGCCGGGCGACGGTTGTCCCGGTTTAAGCGTGTAGGCTGGTTTTCCAGGCAAATCCGGAAAACCAAGGCTGAGgCGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGCCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGATATGTAGGTGAAGCGACTTGCTCGTGGAGCTGAAATCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGCCTGCCCGGTGCCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGTAACGCGAAGCTCTTGATCGAAGCCCCGGTAAACGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGAC_1740(3')_表10:大肠杆菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的缺失实例是G1294的缺失(以下划线标出)。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:22的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1201和1740位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1265和1667位残基之间的任何区域(表11，SEQIDNO:23)。SEQIDNO:231265(5')CCAGGCAAATCCGGAAAACCAAGGCTGAGGCGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGCGGAAGGTTAATTGATGGGGTTAGCGGTAACGCGAAGCTCTTGATCG_^_1667(3，)_表11:大肠杆菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的缺失实例是G1294的缺失(以下划线标出)。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1265和1667位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1265(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1667(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测大肠杆菌的扩增引物包含表12的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表12所示的SEQIDNO:24(F)和25(R);SEQIDNO:24(F)和26(R);SEQIDNO:27(F)和29(R);SEQIDNO:28(F)和29(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage48</column></row><table>表12:用于扩增大肠杆菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:22或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1265和1667位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:23)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1392(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1547(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测大肠杆菌的探针包含SEQIDNO:24至29所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表12的引物对扩增核酸来鉴定大肠杆菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:24至29中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表12所示序列的寡核苷酸(弓I物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。5.肺炎克雷伯菌根据本发明的一个方面，肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性区域包含表13和14所示的核苷酸序列(SEQIDNO:30或31)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQIDNO:30_1251(5，)CGGTTGTCCCGGTTTAAGCATGTAGGCTGGTTRTCCAGGCAAATCCGGATAATCAAGGCTGAGGTGTGATGACGAGGCACTACGGTGCTGAAGTAACAAATGCgCTGCTTCCAGGAAAAGCCTCTAAGCATCAGGTAACATZAAATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCAGGTAGAGAATACCAAGGCGCTTGAGAGAACTCGGGTGAAGGAACTAGGCAAAATGGTGCCGTAACTTCGGGAGAAGGCACGCTGGTGTGTAGGTGAAGXCCCTGCGGgTGGAGCTGAGACCAGTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAACTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGCAAAC_1600(31)_表13:肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性区域的序列，其中R(以下划线标出)是G或A，而Y(以下划线标出)是C或T。本发明的取代实例是C1354T(以下划线标出)。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:30的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1251和1600位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1281和1560位残基之间的任何区域(表14，SEQIDNO:31)。<table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table>表14:肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性区域的序列，其中R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)，而Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)。本发明的取代实例是C1354T(以下划线标出)。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1281和1560位残對含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1281(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1560(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测肺炎克雷伯菌的扩增引物包含表15的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表12所示的SEQIDNO:32(F)和34(R);SEQIDNO:32(F)和33(R);SEQIDNO:35(F)和36(R);SEQIDNO:37(F)和33(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table>表15:用于扩增肺炎克雷伯菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。注意R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:30或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1281和1560位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:31)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1281(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1560(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测肺炎克雷伯菌的探针包含SEQIDNO:32至37所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表15的引物对扩增核酸来鉴定肺炎克雷伯菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤.，根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:32至37中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表15所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。6.铜绿假单胞菌根据本发明的一个方面，铜绿假单胞菌23SRNA基因的特征性区域包含表16和17所示的核苷酸序列(SEQIDNO:38或39)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table>表16:铜绿假单胞菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T374C(以下划线标出)。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:38的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第51和750位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第104和704位残基之间的任何区域(表17，SEQIDNO:39)。<table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table>表17:铜绿假单胞菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T374C(以下划线标出)。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第104和704位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第104(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和704(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测铜绿假单胞菌的扩增引物包含表18的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表18所示的SEQIDNO:40(F)和41(R);SEQIDNO:40(F)和42(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。编号序列/长度Tm(。C)TYPEPAIRLENSEQIDNO:40CCGTACGCGAAAGGATCTTTG/2164F4152942600SEQ工DNO:41ACAGTGCTCTACCCCCCAG/1962R40529SEQIDNO:42CCCATGCTCGGCACTTCTG/1962R40600表18:用于扩增铜绿假单胞菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO,LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:38或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第104和704位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:39)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第104(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和704(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测铜绿假单胞菌的探针包含SEQIDNO:40至42所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表18的引物对扩增核酸来鉴定铜绿假单胞菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:40至42中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表18所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。7.金黄色葡萄球菌根据本发明的一个方面，金黄色葡萄球菌23SRNA基因的特征性区域包含表19和20所示的核苷酸序列(SEQIDNO:43或44)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQ工DNO:43_1021(5')TAGGAGAGCGTTCTAAGGGCGTTGAAGCATGATCGTAAGGACATGTGGAGCGCTTAGAAGTGAGAATGCCGGTGTGAGTAGCGAAAGACGGGTGAGAATCCCGTCCACCGATTGACTAAGGTTTCCAGAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGGTTAGTCGGGTCCTAAGCTGAGGCCGACAGGGGGGACGCAGTAGGATAGGCGAAGCGTGCGATTGGATTGCACGTCTAAGCAGTAAGGCTG_1320(3')_表19:金黄色葡萄球菌23SRNA基因的特征性区域的序列根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:43的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1021和1320位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基之间的任何区域(表20，SEQIDNO:44)。<formula>formulaseeoriginaldocumentpage55</formula>表20:金黄色葡萄球菌23SRNA基因的特征性区域的序列根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测金黄色葡萄球菌的扩增引物包含表21的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表21所示的SEQIDNO:45(F)禾口46(R);SEQIDNO:48(F)和47(R);SEQIDNO:48(F)和49(R);SEQIDNO:48(F)和51(R);SEQIDNO:50(F)和51(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table>表21:用于扩增金黄色葡萄球菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:43或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1037和1263位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:44)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测金黄色葡萄球菌的探针包含SEQIDNO:45至51所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表21的引物对扩增核酸来鉴定金黄色葡萄球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:45至51中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表21所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。8.表皮葡萄球菌根据本发明的一个方面，表皮葡萄球菌23SRNA基因的特征性区域包含表22和23所示的核苷酸序列(SEQIDNO:52或53)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQIDNO:52_501(5')"~~~caaactgcccgcctgacactgtctcccaccacgataagtggtgcgggttagaaagccaacacagctagggtagtatcccaccaacgcctccacgtaagctagcgctcacgtttcaaaggctcctacctatcctgtacaagctgtgccgaatttcaatatcaggctacagtaaagctccacggggtctttccgtcctgtcgcgggtaacctgcatcttcacaggtactatgatttcaccgagtctctcgttgagacagtgcccaaatcgttacgcctttcgtgcgggtcggaacttacccgacaaggaatttcgctaccttaggaccgttatagttacggccgccgtttactggggcttigattcgtagcttcgcagaagctaaccactcctcttaaccttccagcacc5ggcaggcgtcagcccctatacatcaccttacggtttagcagagacctgtgtttttgataaacagtcgcttgggcctattcactgcggctcttctgggcgtgaaccctaaagagcaccccttctcccgaagttacggggtca_1050(3')_表22:表皮葡萄球菌23SRNA.基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T859C(以下划线标出)。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:52的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第501和1050位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基之间的任何区域(表23，SEQIDNO:53)。SEQ工DNO:53_1037(5')GCTAGGGTAGTATCCCACCAACGCCTCCACGTAAGCTAGCGCTCACGTTTCAAAGGCTCCTACCTATCCTGTACAAGCTGTGCCGAATTTCAATATCAGGCTACAGTAAAGCTCCACGGGGTCTTTCCGTCCTGTCGCGGGTAACCTGCATCTTCACAGGTACTATGATTTCACCGAGTCTCTCGTTGAGACAGTGCCCAAATCGTTACGCCTTTCGTGCGGGTCGGAACTTACCCGACAAGGAATTTCGCTACCTTAGGACCGTTATAGTTACGGCCGCCGTTTACTGGGGCTTTGATTCGTAGCTTCGCAGAAGCTAACtACTCCTCTTAACCTTCCAGCACCGGGCAGGCGTCAGCCCCTATACATCACCTTACGGTTTAGCAGAGACCTGTGTTTTTGATAAACAGTCGCTTGGGCCTATTCACTGCGGCTCTTCTGGGCGTGAACCCTAAAGAGCACCCCT1263(3'>表23:表皮葡萄球菌23SRNA基因的特征性区域的序列。本发明的取代实例是T859C(以下划线标出)。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第1037和1263位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测表皮葡萄球菌的扩增引物包含表24的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表24所示的SEQIDNO:54(F)和55(R);SEQIDNO:54(F)和56(R);SEQIDNO:54(F)和57(R);SEQIDNO:58(F)和57(R);SEQIDNO:58(F)和59(R);SEQIDNO:58(F)和60(R);SEQIDNO:58(F)和61(R);SEQIDNO:58(F)和62(R);SEQIDNO:63(F)和59(R);SEQIDNO:63(F)和60(R);SEQIDNO:63(F)和61(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table>表24:用于扩增表皮葡萄球菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:52或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第1037和1263位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:31)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第1037(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和1263(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测表皮葡萄球菌的探针包含SEQIDNO:54至63所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表24的引物对扩增核酸来鉴定表皮葡萄球菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:54至63中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表24所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基己经被缺失、取代和/或插入的同源序列。9.白色念珠菌根据本发明的一个方面，白色念珠菌23SRNA基因的特征性区域包含表25和26所示的核苷酸序列(SEQIDNO:64或65)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table>表25:白色念珠菌23SRNA基因的特征性区域的序列。Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。核苷酸"XX"可同时缺失，可以是'TT"或可以是单独的核苷酸"A"。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:64的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第181和778位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第214和739位残基之间的任何区域(表26，SEQIDNO:65)。<table>tableseeoriginaldocumentpage60</column></row><table>表26:白色念珠菌23SRNA基因的特征性区域的序列。Y是具有嘧啶碱基的核苷酸。核苷酸"XX"可同时缺失，可以是"TT"或可以是单独的核苷酸"A"。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第214和739位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第214(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和739(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测白色念珠菌的扩增引物包含表27的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表27所示的SEQIDNO:66和67;SEQIDNO:68和69;SEQIDNO:70和71，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage61</column></row><table>表27:用于扩增白色念珠菌23SRNA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:64或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第214和739位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:65)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第214(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和739(士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测白色念珠菌的探针包含SEQIDNO:66至71所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表27的引物对扩增核酸来鉴定白色念珠菌的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:66至71中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表27所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。10.bkges_2(|3-内酰胺抗性基因)根据本发明的一个方面，blagw基因的特征性区域包含表28和29所示的核苷酸序列(SEQIDNO:72或73)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEGIDNO:72_1(5')GCAATGTGCTCAACGTTCAAGTTTCCGCTAGCCGCGCTGGTCTTTGAAAGAATTGACTCAGGCACCGAGCGGGGGGATCGAAAACTTTCATATGGGCCGGACATGATCGTC^AATGGTCTCCTGCCACGGAGCGGTTTCTAGCATCGGGACACATGACGGT于CTCGAGGCAGCGCAAGCTGCGGTGCAGCTTAGCGACAATGGGGCTACTAACCTCTTACTGAGAGAAATTGGCGGACCTGCTGCAATGACGCAGTATTTTCGTAAAATTGGCGACTCTGTGAGTCGGCTAGACCGGAAAGAGCCGGAGATGgGCGACAACACACCTGGCGACCTCAGAGATACAACTACGCCTATTGCTAT^GCACGTACTGTGGCTAAAGTCCTCTATGGCGGCGCACTGACGTCCACCTCGACCCACACCATTGAGAGGTGGCTGATCGGAAACCAAACGGGAGACGCGACACTACGAGCGGGTTTTCCTAAAGATTGGGTTGTTGGAGAGAAAACTGGTACCTGCGCCAACGGGGGCCGGAACGACATTGGTTTTTTTAAAGCCCAGGAGAGAGATTACGCTGTAGCGGTGTATACAACGGCCCCGAAACTATCGGCCGTAGAACGTGACGAATTAGTTGCCTCTGTCGGTCAAGTTAT653(3')_表28:blages-2基因特征性区域的序列。R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例是缺失Rl12和/或R313。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:72的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第l和653位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第140和482位残基之间的任何区域(表26，SEQIDNO:73)。<table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>_482(3')_表29:bla，2基因特征性区域的序列。注意R(以下划线标出)是任何嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例是缺失Rl12和/或R313。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第140和482位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第140(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和482(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l个残基)位残對含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测blag^基因的扩增引物包含表30的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表30所示的SEQIDNO:74(F)和75(R);SEQIDNO:76(F)和77(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>表30:用于扩增blages-2基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:72或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第140和482位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:73)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第140(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)禾口482(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测bla^—2基因的探针包含SEQIDNO:74至77所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表30的引物对扩增核酸来鉴定blages_2基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:74至77中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表30所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。ll.blashv(P-内酰胺抗性基因)根据本发明的一个方面，bla^基因的特征性区域包含表31和32所示的核苷酸序列(SEQIDNO:78或79)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。seqidno:78____1(5')gtaggcatgatagaaatggatctggccagcggccgcacgctgaccgcctggcgcgccgatgaacgctttcccatgatgagcacctttaaagtagtgctctgcggcgcagtgctggcgcgggtggatgccggtgacgaacagctggagcgaaagatccactatcgccagcaggatctggtggactactcgccggtcagcgaaaaacaccttgccgacggcatgacggtcggcgaactctgzgccgccgccattaccatgagcgataacagcgccgccaatctgctgctgg5caccgtcggcggccccgcaggattgactgcctttttgcgccagatcggcgacaacgtcacccgccttgaccgctgggaaacggaactgaatgaggcgcttcccggcgacgcccgcgacaccactaccccggccagcatggccgcgaccctgcgcaagctgctgaccagccagcgtctgagcgcccgttcgcaacggcagctgctgcagtggatggtggacgatcgggtcgccggaccgttgatccgctccgtgctgccggcgggctggtttatcgccgataagaccggagctggcga^cggggtgcgcgcgggattgtcgccctgcttggcccgaataacaaXgcagSgcgcattgtggtgatttatctgcgggatacgccggcgagcatggccgagcgaaat_693(3')_表31:blashv基因特征性区域的序列。注意Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)，R(以下划线标出)是任何嘌呤(A或G)，S是(C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失Y240、R583、R588和S669中的一或多个。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:78的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和693位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第149和350位残基之间的任何区域(表32，SEQIDNO:79)。seqidno:79_149(5，〉gaaagatccactatcgccagcaggatctggtggactactcgccggtcagcgaaaaacaccttgccgacggcatgacggtcggcgaactctgxgccgccgccattaccatgagcgataacagcgccgccaatctgctgctgg5caccgtcggcggccccgcaggattgactgcctttttgcgccagatcggcgacaacgtcac_350(3')_表32:blashv基因特征性区域的序列。注意Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)。注意Y(以下划线标出)是任何嘧啶(C或T)，R(以下划线标出)是任何嘌呤(A或G)，S是(C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失Y240、R583、R588和S669中的一或多个。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第149和350位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第149(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和350(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测bla^基因的扩增引物包含表33的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表33所示的SEQIDNO:80和81;SEQIDNO:82和83，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。编号序列/长度Tm(。C)TYPEPAIRLENSEG工DNO:80GAAAGATCCACTATCGCCAGC/2164F81202SEQIDNO:81GTGACGTTGTCGCCGATCT/1960R80202SEQIDNO:82GCTGGGAAACGGAACTGAAT/2060F83203SEQIDNO:83GATAAACCAGCCCGCCGG/1860R82203表33:用于扩增bla^基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:78或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第149和350位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:79)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第149(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和350(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测bla^基因的探针包含SEQIDNO:80至83所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表33的引物对扩增核酸来鉴定blashv基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:80至83中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表33所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。12.mecA(甲氧西林抗性基因)根据本发明的一个方面，mecA基因的特征性区域包含表34和35所示的核苷酸序列(SEQIDNO:84或85)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQIDNO:84_AAGAGTATTTATAACAACATGAAAAATGATTATGGCTCAGGTACTGCTATCCACCCTCAAACAGGTGAATTATTAGCACTTGTAAGCACACCTTCATATGACGTCTATCCATTTATGTATGGCATGAGTAACGAAGAATATAATAAATTAACCGAAGATAAAAAAGAACCTCTGCTCAACAAGTTCCAGATTACAACTTCACCAGGTTCAACTCAAAAAATATTAACAGCAATGATTGGGTTAAATAACAAAACATTAGACGATAAAACAAGTTATAAAATCGATGGTAAAGGTTGGCAAAAAGATAAATCTTGGGGTGGTTACAACGTTACAAGATATGAAGTGGTAAATGGTAATATCGACTTAAAACAAGCAATAGAATCATCAGATAACATTTTCTTTGCTAGAGTAGCACTCGAATTAGGCAGTAAGAAATTTGAAAAAGGCATGAAAAAACTAGGTGTTGGTGAAGATATACCAAGTGATTATCCATTTTATAATGCTCAAATTTCAAACAAAAATTTAGATAATGAAATATTATTAGCTGATTCAGGTTACGGACAAGGTGAAATACTGATTAACCCAGTACAGATCCTTTCAATCTATAGCGC_611(3')_表34:mecA基因特征性区域的序列。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:84的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和611位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第184和484位残基之间的任何区域(表35，SEQIDNO:85)。SEGIDNO:85_<table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table>表35:mecA基因特征性区域的序列。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第184和484位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第184(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和484(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测mecA基因的扩增引物包含表36的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表36所示的SEQIDNO:86(F)和87(R);SEQIDNO:88(F)和89(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table>表36:用于扩增mecA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:84或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第149和349位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:85)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第184(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和484(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测mecA基因的探针包含SEQIDNO:86至89所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表36的引物对扩增核酸来鉴定mecA基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:86至89中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表36所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基己经被缺失、取代和/或插入的同源序列。13.spA(金黄色葡萄球菌蛋白A)根据本发明的一个方面，spA基因的特征性区域包含表37和38所示的核苷酸序列(SEQIDNO:90或91)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQIDNO:90_aaaacatttattcaattcgtaaactaggtgtaggtattgcatctgtaactttaggtacattacttatatctggtggcgtaacacctgctgcaaatgctgcgcaacacgatgaagctcaacaaaatgctttttatcaagt旦ttaaatatgcctaacttaaazgctgatcaacgxaatggttttatccaaa5ccttaaagatgatccaagccKaagtgctaacg^tttaggtgaagctcaaaaacttaatgactctcaagctccaaaagctgatgcgcaacaaaataa且ttcaacaaagatcaacaaagcgccttctatgaaatcttgaacatgcctaKcttaaacgaagsgcaacgzaaxggxttcattcaaagtcttaaagacgacycaagccaaagckctaacg5tt5ag5tgaagctaaaaaattaaacgaatctcaagcaccgaaagctgaxaacaatttcaacaaagaacaacaaaatgctttctatgaaatcttga501(3')表37:spA基因特征性区域的序列。注意S是(C或G)、Y是嘧啶(C或T)、H是(A、C或T)。本发明的缺失的实例是缺失S140、Y161、Y173、S287、H349、Y356、Y359、Y362、Y387和/或Y455。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:卯的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第l和501位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第292和409位残基之间的任何区域(表38，SEQIDNO:91)。<table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table>表38:spA基因特征性区域的序列。注意Y是嘧啶(C或T)，H是(A、C或T)。本发明的缺失的实例包括缺失H349、Y356、Y359、Y362和/或Y387。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第292和409位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第292(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和409(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测spA基因的扩增引物包含表39的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表39所示的SEQIDNO:92(F)和93(R);SEQIDNO:94(F)和95(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table>表39:用于扩增spA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:90或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第292和409位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:46)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第292(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和409(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测spA基因的探针包含SEQIDNO:92至95所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表39的引物对扩增核酸来鉴定spA基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:92至95中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表39所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。14.VanA(万古霉素抗性基因A)根据本发明的一个方面，VanA基因的特征性区域包含表40和41所示的核苷酸序列(SEQIDNO:96或97)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQ工DNO:96_1(5')AAAGTTGCAATACTGTTTGGGGGTTGCTCAGAGGAGCATGACGTATCGGTAAAATCTGCAATAGAGATAGCCGCTAACATTAATAAAGAAAAATACGAGCCGTTATACATTGGAATTACGAAATCTGGTGTATGGAAAATGTGCGAAAAACCTTGCGCGGAATGGGAAAACGACAATTGCTATTCAGCTGTACTCTCGCCGGATAAAAAAATGCACGGATTACTTGTTAAAAAGAACCATGAATATGAAATCAACCATGTTGATGTAGCATTTTCAGCTTTGCATGGCAAGTCAGGTGAAGATGGATCCATACAAGGTCTGTTTGAATTGTCCGGTATCCCTTTTGTAGGCTGCGATATTCAAAGCTCAGCAATTTGTATGGACAAATCGTTGACATACATCGTTGCGAAAAATGCTGGGATAGCTACTCCCGCCTTTTGGGTTATTAATAAAGATGATAGGCCGGTGGCAGCTACGTTTACCTATCCTGTTTTTGTTAAGCCGGCGCGTTCAGGCTCATCCTTCGG旦GTGAAAAAAGTCAATAGCGCGGACGAATTGGACTACGCAATTGAATCGGCAAGACAATATGACAGCAAAATCTTAATTGAGCAGGCTGTTTCGGGCTGTGAGGTCGGTTGTGCGGTATTGGGAAACAGTGCCGCGTTAGTTGTTGGCGAGGTGGACCAAATCAGGCTGCAGTACGGAATCTTTCGTATTCATCAGGAAGTCGAGCCGGAAAAAGGCTCTGAAAACGCAGTTATAACCGTTCCCGCAGACCTTTCAGCAGAGGAGCGAGGACGGATACAGGAAACGGCAAAAAAAATATATAAAGCGCTCGGCTGTAGAGGTCTAGCCCGTGTGGATATGTTTTTACAAGATAACGGCCGCATTGTACTGAACGAAGTCAATACTCTGCCCGGTTTCACGTCATACAGTCGTTATCC_944(3')_表40:VanA基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失B528。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:96的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第l和944位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第138和641位残基之间的任何区域(表41，SEQIDNO:97)。SEQIDNO:97_138(5')AATGTGCGAAAAACCTTGCGCGGAATGGGAAAACGACAATTGCTATTCAGCTGTACTCTCGCCGGATAAAAAAATGCACGGATTACTTGTTAAAAAGAACCATGAATATGAAATCAACCATGTTGATGTAGCATTTTCAGCTTTGCATGGCAAGTCAGGTGAAGATGGATCCATACAAGGTCTGTTTGAATTGTCCGGTATCCCTTTTGTAGGCTGCGATATTCAAAGCTCAGCAATTTGTATGGACAAATCGTTGACATACATCGTTGCGAAAAATGCTGGGATAGCTACTCCCGCCTTTTGGGTTATTAATAAAGATGATAGGCCGGTGGCAGCTACGTTTACCTATCCTGTTTTTGTTAAGCCGGCGCGTTCAGGCTCATCCTTCGG旦GTGAAAAAAGTCAATAGCGCGGACGAATTGGACTACGCAATTGAATCGGCAAGACAATATGACAGCAAAATCTTAATTGAGCAGGCTGTTTCGGGCTGTGAGGTCGGTTGTGC641(3')表41:VanA基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)。本发明的缺失的实例包括缺失B528。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第138和641位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第138(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和641(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测VanA基因的扩增引物包含表42的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表42所示的SEQIDNO:98(F)和99(R);SEQIDNO:100(F)和101(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table>表42:用于扩增VanA基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:96或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第138和641位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:97)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第138(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和641(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测VanA基因的探针包含SEQIDNO:98至101所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表42的引物对扩增核酸来鉴定VanA基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:98至101中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表42所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。15.VanB(万古霉素抗性基因B)根据本发明的一个方面，VanB基因的特征性区域包含表43和44所示的核苷酸序列(SEQIDNO:102或103)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQIDNO:102________1(5')~ATCGGAATTACAAAAAACGGTGTATGGAAGCTATGCAAGAAGCCATGTACGGAATGGGAAGCCGACAGTCTCCCCGCCATACTCTCCCCGGATAGGAAAACGCATGGGCTGCTTGTCATGAAAGAAAGCGAATACGAAACACGGCGTATTGATGTGGCTTTCCCGGTTTTGCATGGCAAATGCGGGGAGGATGGTGCGATACAGGGGCTGTTTGTATTGTCTGGTATCCCCTATGTGGGCTGTGATATTCAAAGCTCCGCAGCTTGCATGGACAAATCACTGGCCTACATTCTTACAAAAAATGCGGGCATCGCCGTTCCCGAATTTCAAATGATTGATAAAGGTGACAAGCCGGAGGCGGGTGCGCTTACCTACCCTGTCTTTGTGAAGCCGGCACGGTCAGGTTCGTCCTTTGGC互TAACCAAAGTAAACGGTACGGAAGAACTTAACGCTGCGATAGAAGCGGC^GGACAATATGATGGAAAAATCTTAATTGAGCAAGCGATTTCGGGCTGTGAGGTCGGGTGTGCGGTCATGGG^AACGAGGATGATTTGATTGTCGGCGAAGTGGATCAAATCCGGCTGAGCC5CGGTATCTTCCGCATCCATCAGGAAAACGAGCCGGAAAAAGGCTCAGAAAATGCGATGATTACAGTTCCCGCAGACATTCCGGTCGAGGAACGAAATCGGGTGCA^GAAACGGCAAAGAAAGTATATCGGGTGCTTGGATGCAGAGGGCTT741(3')表43:VanB基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)，而R是嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例包括缺失B418、R540和R696中的一或多个。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:102的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第1和741位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第126和574位残基之间的任何区域(表44，SEQIDNO:103)。seqidno:103_126(5')^~aagcgaatacgaaacacggcgtattgatgtggctttcccggttttgcatggcaaatgcggggaggatggtgcgatacaggggctgtttgtattgtctggtatcccctatgtgggctgtgatattcaaagctccgcagcttgcatggacaaatcactggcctacattcttacaaaaaatgcgggcatcgccgttcccgaatttcaaatgattgataaaggtgacaagccggaggcgggtgcgcttacctaccctgtctttgtgaagccggcacggtcaggttcgtcctttggc5taaccaaagtaaacggtacggaagaacttaacgctgcgatagaagcggc5ggacaatatgatggaaaaatcttaattgagcaagcgatttcgggctgtgaggtcgggtgtgcggtcatggg^aacgaggatgatttgattgtcggcgaagtggatc—574(3■)表44:VanB基因特征性区域的序列。注意B是(T、C或G)，而R是嘌呤(G或A)。本发明的缺失的实例包括缺失B418和R540中的一或多个。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第126和574位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第126(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和574(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测VanB基因的扩增引物包含表45的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表45所示的SEQIDNO:104(F)和105(R);SEQIDNO:106(F)和107(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。<table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table>表45:用于扩增VanB基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:102或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第126和574位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:103)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第126(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和574(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测VanB基因的探针包含SEQIDNO:102和103所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表45的引物对扩增核酸来鉴定VanB基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:104至107中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表45所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。16.VanC(万古霉素抗性基因C)根据本发明的一个方面，VanC基因的特征性区域包含表46禾Q47所示的核苷酸序列(SEQIDNO:108或109)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。<table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>表46:VanC基因特征性区域的序列。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:108的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第l和438位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第27和407位残基之间的任何区域(表47，SEQIDNO:109)。<table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table>)表47:VanC基因特征性区域的序列。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第27和407位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第27(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和407(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测VanC基因的扩增引物包含表48的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表48所示的SEQIDNO:110(F)和111(R);SEQIDNO:112(F)和113(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。编号序列/长度Tm(°C)TYPEPAIRLENSEG工DNO:110ACTCAAAATCAACAGTCATCAATG/2464F111378SEGIDNO:111TTCCGGCAATAAAGCGAATGA/2160R110378SEG工DNO:112CAATGCATTCTCTACGGCAAAG/2264F113381SEQIDNO:113TCCGTTCCATACCAAGTCCG/2062R112381表48:用于扩增VanC基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:108或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第27和407位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:109)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第27(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和407(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测VanC基因的探针包含SEQIDNO:IIO至113所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表48的引物对扩增核酸来鉴定VanC基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:110至113中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表48所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。17.MDR-1根据本发明的一个方面，MDR-1基因的特征性区域包含表49和50所示的核苷酸序列(SEQIDNO:114或115)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。SEQ工DNO:114_201(5')ccctcaaaattggccaactttacaaaaagcatttttcattttccaaatttcatttttgacaacttcagtttatatgggatcagcagtttatacccctggtattgaagaattaatgcatgattttggtattggaagagtcgtagctacattACCTTTAACATTATTTGTTATTGGTTATGGTGTTGGCCCATTGGTTTTCAgtccgatgtcagaaaatgctatatttggtcgtacatccatatatatcataacattatttttatttgtcatactacaaatxcccactgctttggt2aataatattgc^ggtttatgtatattgagattcttgggtggattctttgctagtccttgtttggcxactggtggtgc^agtgttgctgatgtggttaaattttggaatttaccag^tgggttagccgcttggagtttgggtgcxgtttgtggtcctagttttggtccattctttggttcaattttaactgtcaaagccagttggagatggactttttggttcatgtgtatxatttctgggttttcatttgttatgttgtgtttcactttacctgaaacttttggcaaaacattatt5tatcgcaaggctaaaagattgagagccatcaccggtaacgacagaatca5aagtgaaggagaaattgaaaatagcaaaatgacaagtcatgaattgatcattgataca850(3，)表49:MDR-1基因特征性区域的序列。Y是任何具有嘧啶碱基的核苷酸，R是任何具有嘌呤碱基的核苷酸，W是任^I具有腺嘌呤或胸腺嘧啶碱基的核苷酸。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:108的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第201和850位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第275和834位残基之间的任何区域(表50，SEQIDNO:115)。<table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table>根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:114或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第275和834位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:115)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第275(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和834(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测MDR-l基因的探针包含SEQIDNO:116至119所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表51的引物对扩增核酸来鉴定MDR-l基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:116至119中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表51所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。18.CDR-1根据本发明的一个方面，CDR-1基因的特征性区域包含表52和53所示的核苷酸序列(SEQIDNO:120或121)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。根据本发明的另一个方面，特征性区域是特征性区域或其互补序列的同源序列。82<table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table>表52:CDR-1基因特征性区域的序列。Y是任何具有嘧啶碱基的核苷酸，R是任何具有嘌呤碱基的核苷酸，K是任何具有胸腺嘧啶或鸟嘌呤碱基的核苷酸，W是任何具有腺嘌呤或胸腺嘧啶碱基的核苷酸，M是任何具有胞嘧啶或腺嘌呤碱基的核苷酸，s是任何具有胞嘧啶或鸟嘌呤碱基的核苷酸。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增SEQIDNO:120的至少30个碱基的任何区域。优选地，扩增引物对能够扩增第l和387位残基(含)之间的任何区域。更优选地，扩增引物对能够扩增第111和178位残基之间的任何区域(表53，SEQIDNO:121)。<table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table>表53:CDR-1基因特征性区域的序列。CDR-1基因特征性区域的序列。Y是任何具有嘧啶碱基的核苷酸。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增第111和178位残基(含)之间的区域。在本发明的范围内，引物能够扩增第111(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和178(±10、9、8、7、6、5、4、3、2或l个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个优选的方面，适合检测CDR-1基因的扩增引物包含表54的序列。正向(F)和反向(R)引物的组合包括表54所示的SEQIDNO:122(F)和123(R);SEQIDNO:124(F)和125(R)，不过其他引物对组合也是可以的，条件是解链温度相似。这种组合可存在于组合物中。编号序列/长度Tm(°C)TYPEPAIRLENSEQ工DNO:122TCTTTTTCTATTGGTTAATGTGT/2358F12368SEQIDNO:123TGTTGAAACAGCACCAATGGA/2160R12268SEQ工DNO:124GTGTTGTTATTGGCTATGGTTAT/2362F12580SEG工DNO:125GACCAACCCAACATACTTGGA/2162R12480表54:用于扩增CDR-1基因的特征性区域的扩增引物实例、长度和解链温度。TYPE是正向(F)或反向(R)引物，PAIR是用于扩增的配对引物的SEQIDNO，LEN是扩增产物的长度。根据本发明的一个方面，杂交探针能够与SEQIDNO:120或其互补序列退火。根据本发明的一个实施方式，杂交探针能够与第111和178位残基(含)之间的区域(SEQIDNO:121)或其互补序列杂交。在本发明的范围内，探针能够结合第lll(士lO、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)和178C±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基)位残基(含)之间的区域。根据本发明的一个方面，适合于检测MDR-1基因的探针包含SEQIDNO:122至125所表示的序列及其互补序列。本发明的另一个方面是通过使用表54的引物对扩增核酸来鉴定CDR-1基因的方法，所述引物对可以是所给出的组合或者是其他合适的正向和反向引物的组合。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤；根据本发明的一个实施方式，这种杂交探针包含相应于SEQIDNO:122至125中任一的合适序列。本发明的另一个方面是相应于表54所示序列的寡核苷酸(引物或探针)。上述特征性区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。图1该图显示了金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、粪肠球菌、铜绿假单胞菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌、和白色念珠菌的各个23SRNA基因的序列比对，并标出了相同之处(标记为*)。根据本发明的一个方面，微生物的23SRNA基因的特征性区域包含图1所示的核苷酸序列(SEQIDNO:131至157)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。本发明的一个方面是相应于图1所示的SEQIDNO:131至157中任一序列或其互补序列的核苷酸。根据本发明的一个方面，微生物的23SRNA基因的特征性区域包含图1所示的核苷酸序列，其相应于SEQIDNO:1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性区域。根据本发明的一个方面，微生物的23SRNA基因的特征性区域包含图1所示的核苷酸序列，其可通过使用特异于所述微生物的扩增引物对而获得。所述扩增引物如上所述，且根据所述微生物可以是阴沟肠杆菌SEQIDNO:3和4、或SEQIDNO:5和6，粪肠球菌SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12或SEQIDNO:15和11,屎肠球菌SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、或SEQIDNO:20和21，大肠杆菌SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、或SEQIDNO:37和33，铜绿假单胞菌SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42，金黄色葡萄球菌SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、或SEQIDNO:50和51，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61，白色念珠菌SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述特征性区域或其互补序列的同源序列。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增图l所示的SEQIDNO或其互补序列的至少30个碱基的任何区域或所述区域的同源序列或其互补序列。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增图1所列序列的区域，其相应于SEQIDNO:1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性区域。在本发明的范围内，引物能够自一端或两端士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基扩增图1中的上述相应区域。本发明的杂交探针能够杂交于图1所列序列的区域，其相应于SEQIDNO:l或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠菌)中任一所表示的特征性区域或其互补序列。在本发明的范围内，探针能够自一端或两端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基结合于图1中的上述相应序列。本发明的另一个方面是通过使用针对图1所示序列的区域的引物对扩增核酸来鉴定特征性区域的方法，所述序列相应于SEQIDNO:1或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、64和65(白色念珠斷中任一所表示的特征性区域或其互补序列。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤。相应于特征性区域的上述区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。图2该图显示了mecA、vanA、vanB、VanC、blashv、blages—2、spA、MDR-1、和CDR-1中各个经测序的基因的比对以及共有序列。根据本发明的一个方面，抗生素抗性基因的特征性区域包含图2所示的核苷酸序列(SEQIDNO:158至261)。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述SEQIDNO的互补序列。本发明的一个方面是相应于图2所示的SEQIDNO:158至261中任一所表示序列或其互补序列的核苷酸。根据本发明的一个方面，抗生素抗性基因的特征性区域包含图2所示的核苷酸序列，其相应于SEQIDNO:72或73(blages-2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域。根据本发明的一个方面，抗生素抗性基因的特征性区域包含图2所示的核苷酸序列，其可通过使用特异于所述微生物的扩增引物对而获得。所述扩增引物如上所述，且根据所述标记物可以是blages-2标记物SEQIDNO:74和75、或SEQIDNO:76和77，bhshv标记物SEQIDNO:80和81、或SEQIDNO:82和83，mecA标记物SEQIDNO:86和87、或SEQIDNO:88和89，spA标记物SEQIDNO:92和93、或SEQIDNO:94和95，VanA标记物SEQIDNO:98和99、或SEQIDNO:100和101，VanB标记物SEQIDNO:104和105、或SEQIDNO:106和107，VanC标记物SEQIDNO:110和111、或SEQIDNO:112和113，MDR-1标记物SEQIDNO:116和117、或SEQIDNO:118禾口119，和CDR-1标记物SEQIDNO:122和123、或SEQIDNO:124和125。根据本发明的另一个方面，特征性区域是所述特征性区域或其互补序列的同源序列。根据本发明的一个实施方式，扩增引物对能够扩增图2所示的SEQIDNO或其互补序列的至少30个碱基的任何区域或所述区域的同源序列或其互补序列。根据本发明的另一个实施方式，扩增引物对能够扩增图2所列序列的区域，其相应于SEQIDNO:72或73(blages.2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域。在本发明的范围内，引物能够自一端或两端±10、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基扩增图2中的上述相应区域。本发明的杂交探针能够杂交于图2所列序列的区域，其相应于SEQIDNO:72或73(blages.2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-1)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域或其互补序列。在本发明的范围内，探针能够自一端或两端士IO、9、8、7、6、5、4、3、2或1个残基结合于图2中的上述相应序列。本发明的另一个方面是通过使用针对图1所示序列的区域的引物对扩增核酸来鉴定特征性区域的方法，所述序列相应于SEQIDNO:72或73(blages.2)、78或79(blashv)、84或85(mecA)、90或91(spA)、96或97(vanA)、102或103(vanB)、108或109(vanC)、114或115(MDR-l)、120或121(CDR-1)中任一所表示的特征性区域或其互补序列。本发明的另一个方面是随后使用特异于扩增产物的一或多种杂交探针的检测步骤。相应于特征性区域的上述区域、扩增引物和杂交探针的同源序列属于本发明的范围。特征性区域、探针和引物包括如上所述的其中一或多个碱基已经被缺失、取代和/或插入的同源序列。组合如上所述，本发明还涉及同时检测两个或多个核酸特征性区域(如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20或更多个)。本发明的一个实施方式是通过检测相应于23SRNA特征性区域的核酸而检测金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、粪肠球菌、铜绿假单胞菌、屎肠球菌、肺炎克雷伯菌和白色念珠菌中的两种或多种(如3、4、5、6、7、8、9或更多种)的方法。本发明的另一个实施方式是通过检测相应于以下一组中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)的核酸来鉴定样品中的至少两种微生物的方法SEQIDNO:1或2(阴沟肠杆菌)，SEQIDNO:7或8(粪肠球菌)，SEQIDNO:16或17(屎肠球菌)，SEQIDNO:22或23(大肠杆菌)，SEQIDNO:30或31(肺炎克雷伯菌)，SEQIDNO:38或39(铜绿假单胞菌)，SEQIDNO:43或44(金黄色葡萄球菌)，SEQIDNO:52或53(表皮葡萄球菌)，和SEQIDNO:64和65(白色念珠菌)。本发明的另一个实施方式是通过检测图1所列核酸序列中的两或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各序列相应于所检测的微生物。本发明的另一个实施方式是通过检测图1所列核酸中的至少两个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)区域来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各区域相应于SEQIDNOM或2(阴沟肠杆菌)、7或8(粪肠球菌)、16或17(屎肠球菌)、22或23(大肠杆菌)、30或31(肺炎克雷伯菌)、38或39(铜绿假单胞菌)、43或44(金黄色葡萄球菌)、52或53(表皮葡萄球菌)、或64和65(白色念珠菌)的特征性区域。本发明的另一个实施方式是通过使用两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)引物对来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中所检测的两种或多种微生物以及引物对选自以下一组，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一对引物阴沟肠杆菌SEQIDNO:3禾卩4、或SEQIDNO:5禾口6，粪肠球菌SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12或SEQIDNO:15和11，屎肠球菌SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、或SEQIDNO:20和21，大肠杆菌SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29,肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、或SEQIDNO:37和33，铜绿假单胞菌SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42，金黄色葡萄球菌SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、或SEQIDNO:50和51，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61，白色念珠菌SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71。本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)以下的引物对阴沟肠杆菌SEQIDNO:3和4，粪肠球菌SEQIDNO:9和12，屎肠球菌SEQIDNO:18和19，大肠杆菌SEQIDNO:24和25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和33，铜绿假单胞菌SEQIDNO:40和42，金黄色葡萄球菌SEQIDNO:48和49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55，白色念珠菌SEQIDNO:66和67。本发明的另一个实施方式是鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中使用相应于如下所要检测的两种或多种微生物的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)单个的探针，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针阴沟肠杆菌SEQIDNO:3至6中的任一种，粪肠球菌SEQIDNO:9至15中的任一种，屎肠球菌SEQIDNO:18至21中的任一种，大肠杆菌SEQIDNO:24至29中的任一种，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32至37中的任一种，铜绿假单胞菌SEQIDNO:40至42中的任一种，金黄色葡萄球菌SEQIDNO:45至51中的任一种，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54至63中的任一种，白色念珠菌SEQIDNO:66至71中的任一种。本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含以下探针中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针阴沟肠杆菌SEQIDNO:3或4，粪肠球菌SEQIDNO:9或12，屎肠球菌SEQIDNO:18或19，大肠杆菌SEQIDNO:24或25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32或33，铜绿假单胞菌SEQIDNO:40或42，金黄色葡萄球菌SEQIDNO:48或49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54或55，白色念珠菌SEQIDNO:66或67。本发明的另一个实施方式是通过检测相应于其中的特征性区域的核酸来检测以下抗生素抗性标记物中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10种)的方法mecA、SpA、vanA、vanB、vanC、blashv、blages-2、励R-1、CDR-1。本发明的另一个实施方式是通过检测相应于以下一组中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10种)的核酸而鉴定样品中的至少两种抗生素抗性标记物的方法SEQIDNO:72或730^&2标记物)，SEQIDNO:78或79(blashv标记物)，SEQIDNO:84或85(mecA标记物)，SEQIDNO:90或91(spA标记物)，SEQIDNO:96或97(VanA标记物)，SEQIDNO:102或103(VanB标记物)，SEQIDNO:108或109(VanC标记物)，SEQIDNO:114或115(MDR-1标记物)，SEQIDNO:120或121(CDR-1标记物)。本发明的另一个实施方式是通过检测图2所列核酸序列中的两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各序列相应于所检测的微生物。本发明的另一个实施方式是通过检测图1所列核酸的至少两个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)区域来鉴定样品中的至少两种微生物的方法，其中各区域相应于SEQIDNO:72或73(bla，2标记物)、SEQIDNO:78或79(blashv标记物)、SEQIDNO:84或85(mecA标记物)、SEQIDNO:90或91(spA标记物)、SEQIDNO:96或97(VanA标记物)、SEQIDNO:102或103(VanB标记物)、SEQIDNO:108或109(VanC标记物)、SEQIDNO:114或115(MDR-1标记物)、或SEQIDNO:120或121(CDR-1标记物)的特征性区域。本发明的另一个实施方式是通过使用两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10个)引物对来鉴定样品中的至少两种抗生素抗性标记物的方法，其中所检测的抗生素抗性标记物以及引物对选自以下一组，优选地，但不是必须地，为一种标记物选定一种引物对blages.2标记物SEQIDNO:74和75、或SEQIDNO:76和77，blashv标记物SEQIDNO:80和81、或SEQIDNO:82和83，mecA标记物SEQIDNO:86和87、或SEQIDNO:88和89，spA标记物SEQIDNO:92和93、或SEQIDNO:94和95，VanA标记物SEQIDNO:98和99、或SEQIDNO:100和101，VanB标记物SEQIDNO:104和105、或SEQIDNO:106和107，VanC标记物SEQIDNO:110和111、或SEQIDNO:112和113，MDR-l标记物SEQIDNO:116禾Q117、或SEQIDNO:118和119，和CDR-1标记物SEQIDNO:122和123、或SEQIDNO:124和125。本发明的另一个实施方式是组合物，其包含两或多个(如至少3、4、5、6、7、8、或9个)以下引物对blages—2标记物SEQIDNO:76和77，blashv标记物SEQIDNO:80和81，mecA标记物SEQIDNO:88和89，spA标记物SEQIDNO:92和93，VanA标记物SEQIDNO:100和101，VanB标记物SEQIDNO:106和107，VanC标记物SEQIDNO:112和113，MDR-l标记物SEQIDNO:116和117，CDR-1标记物SEQIDNO:124和125。本发明的另一个实施方式是通过使用两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、9、或10种)探针来鉴定样品中的至少两种抗生素抗性标记物的方法，其中所检测的抗生素抗性标记物以及探针选自以下一组，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针-bla脾-2标记物SEQIDNO:74至77中的任一种，blashv标记物SEQIDNO:80至83中的任一种，mecA标记物SEQIDNO:86至89中的任一种，spA标记物SEQIDNO:92至95中的任一种，VanA标记物SEQIDNO:98至101中的任一种，VanB标记物SEQIDNO:104至107中的任一种，VanC标记物SEQIDNO:IIO至113中的任一种，MDR-1标记物SEQIDNO:116至119中的任一种，CDR-l标记物SEQIDNO:122至125中的任一种。本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含两种或多种(如至少3、4、5、6、7、8、或9种)以下探针，优选地，但不是必须地，为一种标记物选定一种探针bkge"标记物SEQIDNO:76或77，blashv标记物SEQIDNO:80或81，mecA标记物SEQIDNO:88或89，spA标记物SEQIDNO:92或93，VanA标记物SEQIDNO:100或101，VanB标记物SEQIDNO:106或107，VanC标记物SEQIDNO:112或113，MDR-1标记物SEQIDNO:116或117，CDR-l标记物SEQIDNO:124或125。本发明的另一个实施方式是通过检测相应于其中的特征性区域的核酸来检测mecA、SpA、vanA、vanB、vanC、blashv、blages.2、MDR-1禾口CDR-l中的至少一种(如2、3、4、5、6、7、8、9或10或更多种)抗生素抗性标记物和阴沟肠杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、和白色念珠菌中的至少一种(如2、3、4、5、6、7、8或9或更多种)微生物的方法。本发明的另一个实施方式是通过检测相应于上述SEQIDNO的特征性区域来鉴定样品中的至少一种微生物和至少一种抗生素抗性标记物的方法。本发明的另一个实施方式是通过使用相应于上述SEQIDNO的两或多个引物对或单独的探针来鉴定样品中的至少一种微生物和至少一种抗生素抗性标记物的方法。本发明的另一个实施方式是通过使用一种相应于上述与23SRNA有关的SEQIDNO的引物对或单独的探针和两或多种(如3、4、5、6、7、8、9或10或更多种)相应于上述与抗生素抗性基因有关的SEQIDNO的引物对或单独的探针来鉴定样品中的一种微生物和至少一种抗生素抗性标记物的方法。本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含一或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)以下引物对阴沟肠杆菌SEQIDNO:3禾口4，粪肠球菌SEQIDNO:9和12，屎肠球菌SEQIDNO:18和19，大肠杆菌SEQIDNO:24和25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32和33，铜绿假单胞菌SEQIDNO:40和42，金黄色葡萄球菌SEQIDNO:48和49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54和55，白色念珠菌SEQIDNO:66和67，和一或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)以下引物对blages.2标记物SEQIDNO:76和77，blashv标记物SEQIDNO:80和81，mecA标记物SEQIDNO:88和89，spA标记物SEQIDNO:92和93，VanA标记物SEQIDNO:100和101，VanB标记物SEQIDNO:106和107，VanC标记物SEQIDNO:112和113，MDR-1标记物SEQIDNO:116和117，CDR-1标记物SEQIDNO:124和125。本发明的另一个实施方式涉及组合物，其包含一或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9种)以下探针，优选地，但不是必须地，为一种微生物选定一种探针.-阴沟肠杆菌SEQIDNO:3或4，粪肠球菌SEQIDNO:9或12，屎肠球菌SEQIDNO:18或19，大肠杆菌SEQIDNO:24或25，肺炎克雷伯菌SEQIDNO:32或33，铜绿假单胞菌SEQIDNO:40或42，金黄色葡萄球菌SEQIDNO:48或49，表皮葡萄球菌SEQIDNO:54或55，白色念珠菌SEQIDNO:66或67，和一或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9种)以下探针，优选地，但不是必须地，为一种标记物选定一种探针blag^2标记物SEQIDNO:76或77，blashv标记物SEQIDNO:80或81，mecA标记物SEQIDNO:88或89，spA标记物SEQIDNO:92或93，NO:100或101，VanB标记物SEQIDNO:106或107，VanC标记物SEQIDNO:112或113，MDR-l标记物SEQIDNO:116或117，CDR-1标记物SEQIDNO:124或125。本发明的组合物可以是溶液、混合物、搀合物，或可将这些组分置于本发明的容器或装置中。本发明的另一个实施方式涉及容器，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)引物对。本发明的另一个实施方式涉及容器，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9种)探针。本发明的另一个实施方式涉及试剂盒，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多个(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9个)引物对。本发明的另一个实施方式涉及试剂盒，其包含如上述方法和组合物实施方式中所定义的两或多种(如至少2、3、4、5、6、7、8、或9禾中)探针。根据本发明的一个方面，方法检测是否存在一或多种微生物的抗生素抗性基因。根据本发明的另一个方面，方法检测是否存在一或多种微生物的抗生素抗性基因以及所述微生物。所述引物有利地使得能够在单一的反应中对模板序列进行同时或多重PCR，而不会形成引物二聚体或交叉反应。此外，产物的长度对于物种或抗生素抗性标记物是独特的。这使得扩增反应的产物能够被分离，例如，通过电泳，并能够通过评价认定的一或多个条带的长度来鉴定若干基因。98靶序列的多重检测不仅具有最佳通量的好处，还可在临床上用于鉴别诊断和对治疗进行监测。例如，菌血症和败血症由一或多种不同病原体引起，而治疗非常依赖于对所涉及的细菌和所涉及的抗生素耐药菌株的检测，这种检测将指导施用正确的抗生素。因此，为了做到适当的和有效的治疗，需要对是否存在一或多种病原体及其抗生素耐药菌株——所谓的病原体和抗生素而t药菌i普(panelofpathogensandantibioticresistantspecies)——的特定核酸序列或其量作出非常特性的和敏感的检测。本领域人员熟知，对于菌血症和败血症，疾病发生后的一个非常短暂的时间窗决定了治疗是否会成功。此外，本领域人员也熟知，对疾病越早作出诊断，治疗便会越及时，治疗越有可能获得成功。不仅如此，本领域人员还熟知，对总体致病性的检测并不仅仅限于包括细菌和抗生素耐药菌株的谱，还涉及组合了真菌菌株、病毒株、蛋白质和/或半抗原的谱或者它们与细菌和抗生素耐药菌株的组合。产品本发明包括产品，所述产品包含一或多种引物或探针，其适合用于能够对在此所述的特征性区域进行鉴定的装置中。此类产品包括，例如，-一或多个容器(如微阵列或多样品容器)，其预先装载了一对或多对扩增引物。多样品容器能够在同一个反应中或者作为分开的反应同时检测特征性区域，-试剂盒，其包括用于进行扩增反应的一或多对引物以及任选地缓冲液、试剂和容器，-试剂盒，其包括用于进行扩增反应的一或多个容器以及任选地缓冲液、试剂，-装置，其包括用于进行扩增反应的一或多对引物，-一或多个容器(如微阵列或多样品耗材)其预先装载了一或多种探针。多样品容器能够在同一个反应中或者作为分开的反应同时检测特征性区域，-试剂盒，其包括用于进行杂交的一或多种探针以及任选地缓冲液、试剂和容器，-试剂盒，其包括用于进行杂交的一或多个容器以及任选地缓冲液、试剂和容器，-装置，其包括用于进行杂交的一或多种探针，-组合物，其包含在此所述的一或多个引物对，-组合物，其包含在此所述的一或多种探针。实施例以下实施例用于举例说明本发明的各种方法和化合物。实施例l:样品制备将200^的患者血液加入到容器中，其中含有经酸洗涤的玻璃珠(Sigma-Aldrich)，直径为106nm或者更精细。在商品化的IKAMS2Minishaker上将悬液震荡混合1至3分钟，室温。实施例2:核酸提取和纯化在改进的商品化仿生自动机EZ1(Qiagen)上进行核酸提取和纯化。将震荡混合的血液样品与溶葡萄球菌酶(lysostaphin)在37°C温育10分钟。在接下来的反应步骤中将核酸固定化于磁珠上。通过在不同的洗涤溶液中以外部磁场驱动磁珠，固定化的核酸将与细胞残片和其他细胞蛋白质脱离。在最后的洗脱步骤中将核酸自磁性颗粒分离，然后在一独立的vessel中与多重PCRMastermix(Qiagen)混合。混合后，将溶液分布于具有多重引物对和人对照引物对的带状容器(stripvessel)上。在商品化的热循环仪如PerkinElmer9700上进行多重PCR，使用Qiagen多重PCR试剂盒。采用通用的多重循环方案，第一起始活化步骤在95°C进行15分钟。随后是3步循环94°C变性30秒，61°C退火90秒，和72。C延伸90秒。循环次数在30至45次之间，这取决于对敏感性的要求。最后在72。C延伸IO分钟，结束扩增。实施例4:检测使用DNAIOOO试剂盒对扩增的核酸进行检测。使用2100生物分析仪阅读试剂盒中的芯片。试剂盒和分析仪购自AgilentTechnologies。根据生产商的建议制备芯片并装载参照物和扩增的核酸，然后插入到2100生物分析仪上。分析运行30分钟后，使用PC运行proprietary软件读取并分析来自生物分析仪的数据。权利要求1.检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的方法，包括鉴定是否存在特征性核酸区域。2.权利要求1的方法，其中所述微生物的特征性核酸区域是23SRNA基因。3.权利要求1或2的方法，其中采用核酸扩增来鉴定所述特征性核酸区域。4.权利要求2或3的方法，其中采用多重PCR来检测两种或多种特征性核酸区域。5.权利要求1或2的方法，其中采用杂交来鉴定所述特征性核酸区域。6.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌CE"fera6ac&rc/oacae)，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:3禾P4或SEQIDNO:5和6所表示的序列的扩增引物对。7.权利要求5的方法，其中所述微生物是阴沟肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:3至6中任一所表示的序列的杂交探针。8.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:l或2，而微生物是阴沟肠杆菌。9.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是粪肠球菌(五wferacoccw/""fl//》，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、或SEQIDNO:15和11所表示的序列的扩增引物对。10.权利要求5的方法，其中所述微生物是粪肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:9至15中任一所表示的序列的探针。11.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:7或8，而微生物是粪肠球菌。12.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是屎肠球菌(五"&racoccus/aecz'wm)，所述方法包括4吏用相应于SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:19和20、或SEQIDNO:20和21所表示的序列的扩增引物对。13.权利要求5的方法，其中所述微生物是屎肠球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:19至21中任一所表示的序列的探针。14.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:16或17，而微生物是屎肠球菌。15.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是大肠杆菌(J^c/zen'c/n'aco//)，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:27和29、或SEQIDNO:28和29所表示的序列的扩增引物对。16.权利要求5的方法，其中所述微生物是大肠杆菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:24至29中任一所表示的序列的探针。17.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:22或23，而微生物是大肠杆菌。18.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌(《/e6wW/a;"ewmom'fle)，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、或SEQIDNO:37和33所表示的序列的扩增引物对。19.权利要求5的方法，其中所述微生物是肺炎克雷伯菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:32至37中任一所表示的序列的探针。20.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:30或31，而微生物是肺炎克雷伯菌。21.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌CPwz^wwowasaen^/"cwa)，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:40和41或SEQIDNO:40和42所表示的序列的扩增引物对。22.权利要求5的方法，其中所述微生物是铜绿假单胞菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:40至42中任一所表示的序列的探针。23.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:38或39所表示的序列，而微生物是铜绿假单胞菌。24.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌OSVap/^/ococcwsm^ew力，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、或SEQIDNO:50和51所表示的序列的扩增引物对。25.权利要求5的方法，其中所述微生物是金黄色葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:45至51中任一所表示的序列的探针。26.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:43或44所表示的序列，而微生物是金黄色葡萄球菌。27.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌(Stop/^/ococcws印WenmVfo)，所述方f去包括4吏用相应于SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、或SEQIDNO:63和61所表示的序列的扩增引物对。28.权利要求5的方法，其中所述微生物是表皮葡萄球菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:54至63中任一所表示的序列的探针。29.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:52或53，而微生物是表皮葡萄球菌。30.权利要求3或4的方法，其中所述微生物是白色念珠菌(Owcfefea/6fcara)，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、或SEQIDNO:70和71所表示的序列的扩增引物对。31.权利要求5的方法，其中所述微生物是白色念珠菌，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:66至71中任一所表示的序列的探针。32.权利要求1至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:64或65所表示的序列，而微生物是白色念珠菌。33.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是Wages.2，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:74和75或SEQIDNO:76和77所表示的序列的扩增引物对。34.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是W。gW.2，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:74至77中任一所表示的序列的探针。35.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:72或73所表示的序列，而抗生素抗性标记物是36.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是W"^，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:80和81或SEQIDNO:82和83所表示的序列的扩增引物对。37.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是所述方法包括使用相应于SEQIDNO:80至83中任一所表示的序列的探针。38.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:78或79所表示的序列，而抗生素抗性标记物是39.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是wed，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:86和87或SEQIDNO:88和89所表示的序列的扩增引物对。40.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是me"，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:86或89所表示的序列的探针。41.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:84或85所表示的序列，而抗生素抗性标记物是mecA42.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是所述方法包括使用相应于SEQIDNO:92和93或SEQIDNO:94和95所表示的序列的扩增引物对。43.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是所述方法包括使用相应于SEQIDNO:92至95中任一所表示的序列的探针。44.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:90或91所表示的序列，而抗生素抗性标记物是45.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是&"，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:98和99或SEQIDNO:100和101所表示的序列的扩增引物对。46.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是所述方法包括使用相应于SEQIDNO:98至101中任一所表示的序列的探针。47.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:96或97所表示的序列，而抗生素抗性标记物是48.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是&"凡所述方法包括使用相应于SEQIDNO:104和105或SEQIDNO:106和107所表示的序列的扩增引物对。49.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是Fa"B，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:104至107中任一所表示的序列的探针。50.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:102或103所表示的序列，而抗生素抗性标记物是51.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是^mC，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:110和111或SEQIDNO:112和113所表示的序列的扩增引物对。52.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是KwC，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:110至113中任一所表示的序列的探针。53.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO.108或109所表示的序列，而抗生素抗性标记物是54.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是J，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:116和117或SEQIDNO:118和119所表示的序列的扩增引物对。55.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是MDi-7，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:116至119中任一所表示的序列的探针。56.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:114或115，而抗生素抗性标记物是MD7-7。57.权利要求3或4的方法，其中所述抗生素抗性标记物是a)i-7，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:122和123或SEQIDNO:124和125所表示的序列的扩增引物对。58.权利要求5的方法，其中所述抗生素抗性标记物是CDi-7，所述方法包括使用相应于SEQIDNO:122至125中任一所表示的序列的探针。59.权利要求l、3至5中任一项的方法，其中所述特征性核酸区域相应于SEQIDNO:120或121所表示的序列，而抗生素抗性标记物是C肌h60，一种容器，其预先装载有一或多对扩增引物，所述一或多对扩增引物选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQ:[DNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO.-54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98禾卩99、SEQIDNO:100禾B101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。61.—种容器，其预先装载有一或多种探针，所述一或多种探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。62.—试剂盒，其包括一或多对扩增引物，所述一或多对扩增引物选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13和14、SEQIDNO:15禾卩12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO:20和21、SEQIDNO:24和26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO:50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100和101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112和113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、和SEQIDNO:124和125所表示的序列。63.—试剂盒，其包括一或多种探针，所述一或多种探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:llO至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。64.—试剂盒，其包括一或多种权利要求60或61的容器。65.—种装置，其包括一或多对扩增引物，所述一或多对扩增引物选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:5和6、SEQIDNO:9和10、SEQIDNO:9和11、SEQIDNO:9和12、SEQIDNO:13禾卩14、SEQIDNO:15和12、SEQIDNO:15和11、SEQIDNO:18和19、SEQIDNO:20和19、SEQIDNO::20禾口21、SEQIDNO:24禾口26、SEQIDNO:24和25、SEQIDNO:27和29、SEQIDNO:28和29、SEQIDNO:32和34、SEQIDNO:32和33、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:37和33、SEQIDNO:40和41、SEQIDNO:40和42、SEQIDNO:45和46、SEQIDNO:48和47、SEQIDNO:48和49、SEQIDNO:48和51、SEQIDNO-50和51、SEQIDNO:54和55、SEQIDNO:54和56、SEQIDNO:54和57、SEQIDNO:58和57、SEQIDNO:58和59、SEQIDNO:58和60、SEQIDNO:58和61、SEQIDNO:58和62、SEQIDNO:63和59、SEQIDNO:63和60、SEQIDNO:63和61、SEQIDNO:66和67、SEQIDNO:68和69、SEQIDNO:70和71、SEQIDNO:74和75、SEQIDNO:76和77、SEQIDNO:80和81、SEQIDNO:82和83、SEQIDNO:86和87、SEQIDNO:88和89、SEQIDNO:92和93、SEQIDNO:94和95、SEQIDNO:98和99、SEQIDNO:100禾卩101、SEQIDNO:104和105、SEQIDNO:106和107、SEQIDNO:IIO和111、SEQIDNO:112禾口113、SEQIDNO:116和117、SEQIDNO:118和119、SEQIDNO:122和123、SEQIDNO:124和125所表示的序列。66.—种装置，其包括一或多种探针，所述一或多种探针选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列。67.权利要求60至66中任一项的容器、试剂盒、或装置用于检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的用途。68.组合物，其包括选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列的探针。69.组合物，其包括选自SEQIDNO:3至6、SEQIDNO:9至15、SEQIDNO:18至21、SEQIDNO:24至29、SEQIDNO:32至37、SEQIDNO:40至42、SEQIDNO:45至51、SEQIDNO:54至63、SEQIDNO:66至71、SEQIDNO:74至77、SEQIDNO:80至83、SEQIDNO:86至89、SEQIDNO:92至95、SEQIDNO:98至101、SEQIDNO:104至107、SEQIDNO:110至113、SEQIDNO:116至119、和SEQIDNO:122至125所表示的序列的两种或多种探针。70.组合物，其包括选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列的扩增引物对。71.组合物，其包括选自SEQIDNO:3和4、SEQIDNO:7和8、SEQIDNO:11和12、SEQIDNO:15和16、SEQIDNO:19和20、SEQIDNO:23和24、SEQIDNO:27和28、SEQIDNO:31和32、SEQIDNO:35和36、SEQIDNO:39和40、SEQIDNO:43和44、SEQIDNO:47和48、SEQIDNO:51和52、SEQIDNO:55和56、和SEQIDNO:59和60所表示的序列的两对或多对扩增引物。72.23SRNA基因的序列，其选自SEQIDNO:131至157所表示的序列。73.抗生素抗性标记物的序列，其选自SEQIDNO:158至261所表示的序列。74.权利要求6至59中任一项的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。75.权利要求6至59、和74中任一项的方法，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。76.权利要求60至67中任一项的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。77.权利要求60至67、和76中任一项的容器、试剂盒、装置或用途，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。78.权利要求68至71中任一项的组合物，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。79.权利要求68至71、和78中任一项的组合物，其中由SEQIDNO所表示的序列是所述SEQIDNO的同源序列。80.权利要求72的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。81.权利要求72或80的23SRNA基因的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。82.权利要求73的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的互补序列。83.权利要求73或82的抗生素抗性标记物的序列，其中由所述SEQIDNO所表示的所述序列是所述SEQIDNO的同源序列。全文摘要本发明涉及检测样品中的一或多种微生物和/或一或多种抗生素抗性标记物的方法，包括鉴定是否存在特征性核酸区域。还提供适合用于此类方法的引物和探针。文档编号C12Q1/68GK101248190SQ200680030887公开日2008年8月20日申请日期2006年8月23日优先权日2005年8月26日发明者A·巴尔,G·吕德克,H·卢贝诺,H·恩格尔,J·劳伯,J·巴赫尔,J-P·泽埃尔申请人:皇家飞利浦电子股份有限公司