专利名称：一种kcnq1、kcne2与kcnn3基因snp检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种KCNQ1、 KCNE2与KCNN3基因SNP检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
KQT 型亚族 1 号钾通道基因(potassium voltage-gated channel, KQT-Iike subfamily, member 1, KCNQ1)位于人类基因组的11ρ15. 5，大约有400kb,由17个外显子组成。KCNQl是一类电压依赖的钾通道，在许多组织中都有表达，包括耳蜗、上皮组织和心肌细胞，其生理作用是将钾离子转运出细胞，维持正常生理所需要的离子浓度。Isk相关家族 2 号钟通道基因(potassium voltage-gated channel，Isk-related family, member 2， KNCE2)位于人类基因组的21q22. 12，拥有3573多万对碱基对，其主要生理功能是维持心肌细胞的离子平衡。研究表明，KCNQl与KNCE家族成员共同作用，组成一个功能性钾通道， KCNE2对KCNQl进行精密调节，使KCNQl稳定开放，共同维持体内组织中的静息电位。KCNQl 和KCNE2突变导致许多与心律失常有关的疾病，这些遗传性心脏病的最大特点是心脏结构无异常，但猝死的几率却高达10% -20%。钙离子激活钾通道蛋白基因 3 (calcium-activated potassium (SK) channels, KCNN3)位于人类基因组lq21. 3，KCNN3基因编码的蛋白质具有离子通道活性，其生理功能有结合钙调蛋白构成细胞膜组织成分、离子转运、神经细胞发育生长、钙激活钾通道活性等。研究已证实，离子通道的突变可影响其正常功能，导致多种复合孟德尔遗传规律的疾病。本发明目标检测的KCNQl、KCNE2和KCNN3基因突变位点，如表所示
权利要求
1.一种KCNQl、KCNE2与KCNN3基因SNP检测液相芯片，其特征在于主要包括有(A).针对每种SNP分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的 tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述野生型和突变型的特异性引物分别为针对KCNQl基因A184G SNP位点的SEQ ID NO. 9及SEQ ID NO. 10、针对KCNQl 基因 A70C SNP 位点的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ ID NO. 12、针对 KCNE2 基因 G166A SNP 位点的 SEQ IDN0. 13 及 SEQ ID NO. 14、和 / 或针对 KCNN3 基因 G107A SNP 位点的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ IDN0. 16 ；所述 tag 序列选自 SEQ ID NO. 1 8 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 17 SEQ ID NO. M中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应SNP位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的KCNQl、KCNE2和KCNN3基因SNP检测液相芯片，其特征在于， 所述扩增引物为针对KCNQl基因A184G SNP位点的SEQ ID NO. 25及SEQ ID NO.沈、针对 KCNQl 基因 A70C SNP 位点的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28、针对 KCNE2 基因 G166ASNP 位点的SEQ ID NO. 29及SEQ ID NO. 30、和/或针对KCNN3基因G107A SNP位点的SEQ IDN0. 31 及 SEQ ID NO. 32。
3.根据权利要求1所述的KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因SNP检测液相芯片，其特征在于，所述ASPE引物为由SEQ ID NO. 1和SEQ ID NO. 9组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ IDN0. 10组成的序列、由SEQ ID N0. 3和SEQ ID NO. 11组成的序列及由SEQ ID N0. 4和 SEQ IDN0. 12组成的序列、由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 13组成的序列及由SEQ ID N0. 6 和SEQ IDN0. 14组成的序列、和/或由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 15组成的序列及由SEQ ID N0. 8和SEQID N0. 16组成的序列。
4.根据权利要求1所述的KCNQl、KCNE2和KCNN3基因SNP检测液相芯片，其特征在于，(A).所述ASPE引物为由SEQID NO. 1和SEQ ID N0. 9组成的序列及由SEQ ID N0. 2 和SEQ ID NO. 10组成的序列、由SEQ ID N0. 3和SEQ ID NO. 11组成的序列及由SEQ ID N0. 4和SEQ ID N0. 12组成的序列、由SEQ ID N0. 5和SEQ ID N0. 13组成的序列及由SEQ ID N0. 6和SEQ ID N0. 14组成的序列、和由SEQ ID N0. 7和SEQ ID N0. 15组成的序列及由 SEQ ID N0. 8 和 SEQ ID N0. 16 组成的序列；(B).由anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID N0. 17 SEQ ID NO. M中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).所述扩增引物为针对KCNQl基因A184GSNP位点的SEQ ID N0. 25及SEQ IDN0. 26、针对 KCNQl 基因 A70C SNP 位点的 SEQ ID N0. 27 及 SEQ ID N0. 28、针对 KCNE2 基因G166A SNP位点的SEQ ID N0.四及SEQ ID N0. 30、和针对KCNN3基因G107A SNP位点的 SEQ ID N0. 31 及 SEQ ID N0. 32。
5.根据权利要求1-4任一项所述的KCNQl、KCNE2和KCNN3基因SNP检测液相芯片，其特征在于，所述间隔臂为5-10个T。
6.一种用于KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因SNP检测的特异性引物，其特征在于，包括有 针对KCNQl基因A184G SNP位点的SEQ ID N0. 9及SEQ ID N0. 10、针对KCNQl基因A70C SNP位点的 SEQ ID NO. 11 及 SEQ ID NO. 12、针对 KCNE2 基因 G166A SNP 位点的 SEQ IDN0.13 及 SEQ ID NO. 14、和 / 或针对 KCNN3 基因 G107A SNP 位点的 SEQ ID NO. 15 及 SEQ IDN0. 16。
全文摘要
本发明提供了一种KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因SNP检测特异性引物和液相芯片，所述液相芯片包括有由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变的特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物分别为针对KCNQ1基因A184G SNP位点的SEQ ID NO.9及SEQ IDNO.10、针对KCNQ1基因A70C SNP位点的SEQ ID NO.11及SEQ ID NO.12、针对KCNE2基因G166A SNP位点的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14、和/或针对KCNN3基因G107A SNP位点的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16；由anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的KCNQ1、KCNE2和KCNN3基因SNP检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％。
文档编号C12Q1/68GK102533947SQ20101059068
公开日2012年7月4日 申请日期2010年12月16日 优先权日2010年12月16日
发明者刘志明, 秦会娟, 许嘉森, 陈少贤 申请人:广州益善生物技术有限公司