用于治疗活动性结核分枝杆菌感染的组合物和方法
【专利说明】用于治疗活动性结核分枝杆菌感染的组合物和方法
[0001] 对相关专利申请的交叉引用
[0002] 本申请要求2012年8月3日提交的美国临时申请流水号61/679,612,和2013年 3月15日提交的美国临时申请流水号61/791，213的优先权权益，通过提及将它们全部完整 收入本文。
[0003] ASCII文本文件上序列表的提交
[0004] ASCII文本文件上的以下提交的内容通过提及完整收入本文：序列表的计算机可 读形式（CRF)(文件名称：712192000940SeqList. txt，记录日期：2013年7月31日，大小： 36KB)〇 发明领域
[0005] 本公开内容涉及用于治疗哺乳动物中的原发性活动性结核分枝杆菌 (Mycobacterium tuberculosis)感染或源自潜伏性感染再活化的活动性感染的方法和组 合物及用于改善化学疗法方案针对活动性结核分枝杆菌感染的功效的方法和组合物。
[0006] 发明背景
[0007] 结核病（tuberculosis, TB)是一种由结核分枝杆菌和其它分枝杆菌物种感染引 起的慢性传染病。TB在发展中国家是一种主要的流行性疾病，以及在世界上的发达地区 是一项日益增加的问题，每年夺取170-200万生命。虽然感染可以为无症状达相当长的时 间段，但是疾病最常表现为急性肺炎症，这导致发热和非排痰性咳嗽。若不治疗，则通常导 致严重的并发症和死亡。多药抗性TB(MDR-TB)的增加进一步加剧此威胁（Dye，Nat Rev Microbiol2009 ;7:81-7)〇
[0008] 结核分枝杆菌感染的过程基本上经过3个阶段。在急性或活动性阶段期间，细菌 在器官中以指数，对数，或半对数速率增殖或活跃倍增，直至免疫应答升高至其能控制感染 的点，于是细菌负荷达到峰值，并且开始下降。虽然没有完全了解机制，但是认为敏化的 ⑶4+T淋巴细胞与干扰素Y (IFN-y，y-IFN)协作介导对感染的控制。一旦主动免疫应答 降低细菌负荷并在控制中将其维持于稳定且较低的水平，潜伏阶段得到建立。先前，多项研 宄报告了在潜伏期期间，结核分枝杆菌从活跃倍增转为潜伏，基本上变为非复制的并且仍 然在肉芽肿内部。然而，最近的研宄已经证明了即使在潜伏期（以恒定的低细菌数目为特 征的感染阶段）中，细菌群体的至少一部分仍然处于活跃代谢的状态（Talaat等2007, J of Bact 189,4265-74)。
[0009] 因此，这些细菌在面对强免疫应答时存活，维持活跃代谢，并且最小程度上复制。 因此，在潜伏期期间在受感染的个体中，存在有非复制的细菌（其可以是免疫系统非常难 以检出的，因为它们在胞内定位）和缓慢复制的细菌之前的平衡。在一些病例中，潜伏性 感染进入再活化，其中休眠的细菌再次开始复制，尽管以稍微低于初始感染的速率。已 经提出了结核分枝杆菌从原发性感染至潜伏期的转变伴随着基因表达的变化（Honer zu Bentrup，2001)。还可能的是，由于细菌在其从活跃复制至休眠期的转变期间调控基因表 达，发生免疫应答的抗原特异性的变化。控制潜伏性感染的免疫应答和导致再活化的因素 的全部性质在很大程度上是未知的。然而，存在有优势细胞类型转变负有责任的一些证据。 虽然CD4T细胞在急性阶段期间对于控制感染是必需且足够的，但是研宄提示了 CD8T细胞 应答在潜伏阶段中是更重要的。此阶段中的细菌通常不被目前在TB领域中开发中的大多 数预防性疫苗靶向，如通过在对潜伏性感染的实验动物给予经典的预防性疫苗时缺乏活性 例不的（Turner 等 2000Infect Immun. 68:6:3674-9) 〇
[0010] 虽然一般可以使用延长的抗生素疗法控制TB，但是此类治疗不足以阻止疾病的传 播。受感染的个体在一段时间可以是无症状的，但传染性的。目前针对潜伏性TB(无症状 且非传染性的）的临床实践是用异烟肼或其它抗生素治疗6至9个月，或者用利福平治疗4 个月。将活动性TB用4种药物的组合治疗6至8周，期间认为大多数杆菌被杀死，接着用 两种药物治疗总共6至9个月的持续时间。治疗的持续时间取决于每周给予的剂量数目。 另外，虽然治疗方案的顺从性是至关重要的，但是患者行为难以监测。一些患者由于治疗的 副作用或极端持续时间（6-9个月）而没有完成治疗过程，研宄已经显示了这可以导致无效 的治疗和药物抗性的形成。
[0011] 为了控制结核病的传播，有效的防范性疫苗接种和活动性疾病的精确早期诊断及 随后更为有效的治疗方案（包括治疗性疫苗和划算且患者接受的化疗剂两者）具有极大的 重要性。目前，用活细菌诸如卡介苗（BCG)(-种牛分枝杆菌（M.b 〇vis)无毒株）的防范性 疫苗接种是一种用于诱导保护性免疫的最有效方法。然而，BCG的安全性和功效是论争的 源头，并且一些国家（诸如美国）不用此药剂对公众进行疫苗接种。与选择的重组蛋白组 合的分子佐剂的开发已经实现新一代疫苗的开发，所述疫苗可以防范性及治疗性使用以治 疗及预防传染病。见例如EP 2457926。需要的是如下的治疗性疫苗，其即使在面对高细菌 负荷时有效刺激针对活动性TB疾病的免疫应答以对化疗剂提供辅助，从而缩短治疗时间， 清除杆菌，限制与疾病有关的肺病理学，并且潜在限制MDR-TB的传播。
[0012] 如此，迫切需要针对活动性结核分枝杆菌感染的新的更有效的治疗性方案，其通 过缩短治疗时间提高治疗顺从性以降低TB传播。
[0013] 发明概述
[0014] 本公开内容涉及治疗哺乳动物中的活动性结核分枝杆菌感染或源自潜伏性感染 再活化的活动性感染的方法及改善化学疗法方案针对活动性结核分枝杆菌感染的功效的 方法。
[0015] 本公开内容基于令人惊讶的发现，即通过包含治疗性Mtb组合物，诸如治疗性Mtb 疫苗和有效针对结核分枝杆菌感染的化疗剂的治疗方案，能有效治疗活动性结核分枝杆菌 感染，由此缩短保护需要的化学治疗时间，降低细菌负荷，和/或延长存活。此外，令人惊讶 地，发明人已经发现了在活动性TB感染期间作为抗生素疗法的辅助投递时，治疗性Mtb组 合物能产生有益的针对结核分枝杆菌的免疫应答，其改善化学治疗方案针对TB疾病的功 效。发明人进一步发现了在活动性TB感染期间作为有效针对结核分枝杆菌感染的化疗剂 的辅助施用治疗性Mtb组合物（诸如治疗性疫苗）刺激显著更有力的，高质量的（多功能 性），且持久的ThI型⑶4+T细胞应答。
[0016] 因此，在一方面，提供了用于治疗哺乳动物中的活动性结核感染的方法，所述方法 包括如下的步骤：对具有活动性结核（例如结核分枝杆菌）感染的哺乳动物施用化疗剂和 免疫学有效量的治疗性疫苗，其中所述疫苗包含药物组合物，该药物组合物包含来自结核 复合物中分枝杆菌物种的Mtb抗原或其免疫原性片段和佐剂。
[0017] 在本公开内容的此方法及相关方法中会理解，施用治疗性疫苗的至少一个步骤， 通常施用治疗性疫苗的初始步骤会在哺乳动物感染有结核分枝杆菌活动性和/或展现出 与活动性感染有关的至少一种临床症状或阳性测定结果时发生。还会理解，本公开内容的 方法可以进一步包括如下的别的步骤：在此后的一个或多个别的时间点时施用本公开内容 的相同或另一种治疗性疫苗，无论活动性感染或其症状是否仍然存在于哺乳动物中，且无 论与活动性感染有关的测定结果是否仍然呈阳性，以改善化学疗法方案的功效。还会理解， 本公开内容的方法可以包括单独或与其它药剂联合施用治疗性疫苗，因而治疗性疫苗可以 是多种治疗成分之一作为更宽的治疗性处理方案的一部分。因而，有利地，本公开内容的方 法改善化学疗法治疗方案用于治疗活动性结核感染的功效。
[0018] 在某些实施方案中，治疗性疫苗包含分离的融合多肽，所述分离的融合多肽包含 两种或更多种共价连接的结核分枝杆菌抗原或其免疫原性片段的组合，其中所述抗原选自 下组：Rv0164, Rv0496, Rv2608, Rv3020, Rv3478, Rv3619, Rv3620, Rvl738, Rvl813, Rv3810， Rv2389, Rv2866, Rv3876, Rv0054, Rv0410, Rv0655, Rv0831，Rv100 9, Rvl099, Rvl240, Rvl288， Rvl410, Rvl569, Rvl789, Rvl818, Rvl860, Rvl886, Rvl908, Rv2220, Rv2032, Rv2623, Rv2875， Rv3044, Rv3310, Rv3881，Rv0577, Rvl626, Rv0733, Rv2520, Rvl253, Rvl980, Rv3628, Rvl884， Rv3872, Rv3873, Rvl511和Rv3875,和与任何前述序列具有至少90%同一性的抗原。
[0019] 在一个具体的实施方案中，治疗性疫苗包含ID93融合多肽，其包含抗原Rv2608， Rv3619, Rv3620 和 Rvl813。
[0020] 在另一个具体的实施方案中，治疗性疫苗包含ID93融合多肽，其包含抗原 RV2608，Rv3619，Rv3620和Rvl813,其中抗原的序列来自结核分枝杆菌。在一个更具体的实 施方案中，ID93融合多肽包含SEQ ID NO: 1中所列的序列，或与其具有至少90%同一性的 序列。
[0021] 本文中还提供了用于治疗哺乳动物中的活动性结核感染的方法，所述方法包括如 下的步骤，即与一种或多种化疗剂联合对具有活动性结核感染的哺乳动物施用免疫学有效 量的治疗性疫苗，其中所述疫苗包含药物组合物，该药物组合物包含分离的融合多肽，其中 所述融合多肽包含（a)来自结核复合物中分枝杆菌物种的抗原Rv3620和Rv2608的组合， 并且所述抗原是共价连接的，或（b)与所述抗原组合具有至少90%同一性的序列。
[0022] 本文中还提供了用于治疗哺乳动物中的活动性结核感染的方法，所述方法包括如 下的步骤，即与一种或多种化疗剂联合对具有活动性结核感染的哺乳动物施用免疫学有效 量的治疗性疫苗，其中疫苗包含药物组合物，该药物组合物包含分离的融合多肽，其中所述 融合多肽包含（a)来自结核复合物中分枝杆菌物种的抗原Rvl813，Rv3620,和Rv2608的组 合，并且所述抗原是共价连接的，或（b)与所述抗原组合具有至少90%同一性的序列。
[0023] 在某些实施方案中，要依照公开的方法治疗的活动性感染是引起哺乳动物中活动 性TB的临床症状的活动性感染，所述临床症状选自下组：虚弱，发热，寒意，重量减轻，食欲 减退和盗汗。在其它实施方案中，