与甜瓜白粉病抗性相关的SNP标记及其应用的制作方法

文档序号:13253577阅读:来源:国知局
技术特征:
1.甜瓜基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测甜瓜基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定甜瓜对白粉病抗性中的应用;所述SNP位点在甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位;所述SNP位点处的核苷酸为C或G。2.用于鉴定或辅助鉴定甜瓜对白粉病抗性的试剂,是用于检测甜瓜基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质;所述SNP位点在甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位;所述SNP位点处的核苷酸为C或G;具体的,所述“用于检测甜瓜基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质”为如下a)-d)中任一种:a)引物对A,为如下(a1)或(a2):(a1)由序列表中序列1所示的单链DNA和序列表中序列2所示的单链DNA组成的引物对;(a2)由将序列表中序列1和序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的两条单链DNA分子组成的,且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对;b)所述引物对A和限制性内切酶HphI或其同裂酶;c)成套单链DNA甲,为如下(c1)或(c2):(c1)由序列表中序列5的第22-46位核苷酸所示的单链DNA、序列表中序列6的第22-46位核苷酸所示的单链DNA、和序列表中序列7所示的单链DNA组成的成套单链DNA;(c2)由将序列表中序列5的第22-46位核苷酸、序列表中序列6的第22-46位核苷酸和序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的,且与(c1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA;d)成套单链DNA乙,为如下(d1)或(d2):(d1)由序列表中序列5所示的单链DNA、序列表中序列6所示的单链DNA、和序列表中序列7所示的单链DNA组成的成套单链DNA;(d2)由将序列表中序列5、序列6和序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列所示的三条单链DNA分子组成的,且与(d1)中所述成套单链DNA功能相同的成套单链DNA。3.用于鉴定或辅助鉴定甜瓜对白粉病抗性的试剂盒,含有权利要求2所述的试剂;具体的,所述试剂盒中还含有荧光探针A、荧光探针B、淬灭探针A和淬灭探针B;所述荧光探针A的核苷酸序列为序列表中序列5的第1-21位,5’末端连接荧光基团A;所述淬灭探针A的核苷酸序列为序列表中序列5的第1-21位的反向互补序列,3’末端连接淬灭基团;所述荧光探针B的核苷酸序列为序列表中序列6的第1-21位,5’末端连接荧光基团B;所述淬灭探针B的核苷酸序列为序列表中序列6的第1-21位的反向互补序列,3’末端连接淬灭基团;更加具体的,所述荧光基团A为FAM;所述荧光基团B为HEX;所述淬灭基团为BHQ。4.权利要求2所述试剂或权利要求3所述试剂盒在鉴定或辅助鉴定甜瓜对白粉病抗性中的应用。5.一种鉴定或辅助鉴定待测甜瓜为抗白粉病品种还是感白粉病品种的方法,包括如下步骤:检测待测甜瓜的基因组中如下SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G,以确定所述待测甜瓜的基因型是C:C还是G:G还是C:G,根据所述待测甜瓜的基因型按照如下确定所述待测甜瓜为抗白粉病品种还是感白粉病品种:若所述待测甜瓜为C:C基因型或者C:G基因型,则所述待测甜瓜为或候选为抗白粉病品种;若所述待测甜瓜为G:G基因型,则所述待测甜瓜为或候选为感白粉病品种;所述SNP位点在甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位;所述SNP位点处的核苷酸为C或G;所述C:C基因型为甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位为C的纯合型;所述G:G基因型为甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位为G的纯合型;所述C:G基因型为甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位为C和G的杂合型。6.根据权利要求5所述的方法,其特征在于:所述“检测待测甜瓜的基因组中如下SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G”的方法为测序分析法或酶切鉴定法或KASP检测法;所述测序分析法包括如下两个步骤:PCR扩增和对所述PCR扩增所得产物进行测序从而确定所述SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G;所述PCR扩增的模板为所述待测甜瓜的基因组DNA,所用的引物对满足如下条件:以所述待测甜瓜的基因组DNA为模板进行PCR扩增所得扩增产物的序列含有序列表中序列8;所述酶切鉴定法包括如下两个步骤:PCR扩增和对所述PCR扩增所得产物采用限制性内切酶HphI或其同裂酶进行完全酶切从而确定所述SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G;所述PCR扩增所用的引物对满足如下条件:以所述待测甜瓜的基因组DNA为模板进行PCR扩增所得扩增产物的序列含有序列表中序列8;所述KASP检测法包括如下两个步骤:KASP扩增和对所述KASP扩增所得产物进行荧光扫描从而确定所述SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G;所述KASP扩增的模板为所述待测甜瓜的基因组DNA,所用的KASP引物满足如下条件:以所述待测甜瓜的基因组DNA为模板进行KASP扩增所得扩增产物的序列含有序列表中序列8。7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于:在所述测序分析法中,所述引物对为权利要求2中所述的引物对A;在所述酶切鉴定法中,所述引物对为权利要求2中所述的引物对A;在所述KASP检测法中,所述KASP引物为权利要求2中所述的成套单链DNA乙。8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于:所述测序分析法包括如下步骤:以所述待测甜瓜的基因组DNA为模板,采用所述引物对A进行PCR扩增,得到扩增产物;对所述扩增产物进行测序,根据测序结果按照如下确定所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G:若所述扩增产物为331bp单一DNA片段,且第87位为C,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C;若所述扩增产物为327bp单一DNA片段,且第83位为G,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为G;若所述扩增产物为331bp和327bp两个DNA片段,且331bpDNA片段的第87位为C,327bpDNA片段的第83位为G,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C和G;所述酶切鉴定法包括如下步骤:以所述待测甜瓜的基因组DNA为模板,采用所述引物对A进行PCR扩增,得到扩增产物;对所述扩增产物采用限制性内切酶HphI进行完全酶切,根据酶切结果按照如下确定所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G:若所得酶切产物为255bp和76bp两个DNA片段,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C;若所得酶切产物为327bp单一DNA片段,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为G;若所得酶切产物为255bp、76bp和327bp三个DNA片段,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C和G;所述KASP检测包括如下步骤:以所述待测甜瓜的基因组DNA为模板,采用权利要求3所述试剂盒进行KASP扩增,将所得扩增产物进行荧光信号扫描,采用Kraken软件对扫描数据进行分析,根据分析结果按照如下确定所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C还是G还是C和G:若所述待测甜瓜的扩增产物的荧光信号数据经Kraken软件分析在所得分型聚类图中呈现蓝色,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C;若所述待测甜瓜的扩增产物的荧光信号数据经Kraken软件分析在所得分型聚类图中呈现红色,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为G;若所述待测甜瓜的扩增产物的荧光信号数据经Kraken软件分析在所得分型聚类图中呈现绿色,则所述待测甜瓜基因组中所述SNP位点处的核苷酸为C和G。9.权利要求2所述试剂或权利要求3所述的试剂盒或权利要求5-8中任一所述方法在甜瓜育种中的应用。10.如下(A)或(B)的方法:(A)培育抗白粉病甜瓜品种的方法,包括选择C:C基因型的甜瓜作为亲本进行育种的步骤;所述C:C基因型为甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位为C的纯合型;(B)培育感白粉病甜瓜品种的方法,包括选择G:G基因型的甜瓜作为亲本进行育种的步骤;所述G:G基因型为甜瓜基因组中对应于序列表中序列8所示核苷酸序列的第23位为G的纯合型。
当前第2页1 2 3 
网友询问留言 已有0条留言
  • 还没有人留言评论。精彩留言会获得点赞!
1