一种适用于提取香蕉不同组织的基因组dna的方法_2

文档序号:8917660阅读:来源:国知局
10_15min 摇勾一次;
[0045] ②加入450 μ L乙酸钠冰浴15min,在设定的离心参数为13000 Xg的条件下离心 8min ;
[0046] ③取上清至一新离心管,加入_20°C预冷的异丙醇,上下颠倒混匀后在设定的离心 参数为13500 Xg的条件下离心10min,弃上清液;
[0047] ④取沉淀用75%的乙醇洗涤2次,室温挥发乙醇,用TE buffer或无菌水溶解DNA, 再用适量的RNase A消化(37°C水浴l_2h),取出后于-20°C保存备用。
[0048] (2) CTAB 常规法
[0049] 步骤如下:
[0050] ①加入 ImL 65 °C 预热的 CTAB 提取缓冲液(IOOmmol · T1Tris-HCl pH 8. 0、 20mmol · T1EDTA pH 8. 0、L 4mol · L-1NaCl、3% CTAB、2% PVP、4% β -巯基乙醇),充分混 匀后65°C水浴lh,每隔10-15min摇匀一次;
[0051] ②取出离心管,室温下冷却,加入0.6mL苯酚:氯仿:异戊醇(体积比25:24:1), 充分混匀后静置片刻,设定的离心参数为12000 Xg的条件下离心10min ;
[0052] ③取上清液至新离心管,加入0. 6mL的氯仿:异戊醇(体积比24:1),混匀后设定 的离心参数为12000 Xg的条件下离心10min ;
[0053] ④取上清液至新离心管,加入0.1 mL的乙酸钠和0. lmL-20°C预冷的异丙醇,充分 混匀后-20°C放置Ih以上,设定的离心参数为12000Xg的条件下离心8min ;
[0054] ⑤弃上清液,取沉淀用75%的乙醇洗涤2次,室温挥发乙醇,用TE buffer或无菌 水溶解DNA,再用适量的RNase A消化(37°C水浴l_2h),取出后于-20°C保存备用。
[0055] (3) CTAB 改良法 1
[0056] 操作步骤同CTAB常规法,区别在于步骤①抽提时CTAB提取缓冲液中NaCl浓度提 高至2. 50mol · I71,同时加入30 μ L蛋白酶K(浓度20mg · ml/1)。
[0057] (4) CTAB 改良法 2
[0058] 操作步骤基本同CTAB常规法,区别在于上述步骤③中加入少量无水乙醇,可以沉 淀多糖,并且利于去除蛋白质。
[0059] 上述步骤③具体改动如下:待利用CTAB提取缓冲液抽提、离心后,取上清液至新 离心管,加入0. 3mL无水乙醇和0. 4mL苯酷:氯仿:异戊醇(体积比25:24:1),充分混勾后 静置片刻,离心取上清液;后续操作同上述CTAB常规法步骤④和⑤。
[0060] (5) CTAB 改良法 3
[0061] ①加入CTAB提取缓冲液于65°C水浴Ih后,加入0. 5mL氯仿:异戊醇(体积比 24:1)抽提去除蛋白质,设定的离心参数为13500 Xg的条件下离心10min,取上清液;
[0062] ②加入0. 6mL_20°C预冷的异丙醇用于沉淀核酸,充分混匀后设定的离心参数为 13500 Xg的条件下离心10min,弃上清液;
[0063] ③沉淀用0· 8mL Imol · L-1NaCl溶解DNA,加入0· 8mL苯酚:氯仿(体积比1:1), 充分混匀后在设定的离心参数为13000 Xg的条件下离心10min,取上清液;
[0064] ④再加入0. 8mL氯仿:异戊醇(体积比24:1),充分混匀后在设定的离心参数为 13000 Xg的条件下离心8min,取上清液;
[0065] ⑤加入0. 8mL预冷的无水乙醇混匀再次去除杂质,在设定的离心参数为13500 Xg 的条件下离心10min,弃上清液;
[0066] ⑥沉淀用70%的乙醇洗涤1次,室温挥发乙醇,后续操作同上述CTAB常规法步骤 ⑤。
[0067] (6) SDS 法
[0068] 步骤如下:
[0069] ①加入 ImL 提取缓冲液(IOOmmol .T1Tris-HCl pH 8. 0、50mmol .L-1EDTA pH 8. 0、 0· 5mol · L-1NaCld^ β巯基乙醇),混匀后加入0· 5mL 10% SDS,充分混匀后65°C水浴 60min,期间每隔10_15min摇勾一次;
[0070] ②加入ImL 5mol · Γ1乙酸钠,混匀后冰浴30min,在设定的离心参数为12000Xg 的条件下离心10min ;后续操作同上述CTAB常规法步骤③、④和⑤。
[0071 ] (7) SDS结合蛋白酶裂解法
[0072] 步骤如下:加入ImL 50 °C预热的提取缓冲液(IOmmol · T1Tris-HCl pH 8. 0、 IOOmmol · T1EDTA pH 8. 0、0· 5% SDS、75mg · Γ1 蛋白酶 K),充分混匀后 50°C水浴 2h,每隔 10-15min摇匀一次;后续操作同上述CTAB常规法步骤②、③、④和⑤。
[0073] (8)改良尿素法
[0074] 步骤如下:
[0075] ①加入 ImL 提取缓冲液(7mol · I71 尿素、0· 3mol · L-1NaCl、0. 034mol · I71 十二烧 基肌氨酸钠、50mmol .L-1Tris-HCl pH 8.0、20mmol .L-1EDTA pH 8·0、2% β 疏基乙醇),充 分混匀后65°C水浴45min,期间每隔10-15min摇匀一次;②在设定的离心参数为13000Xg 的条件下离心l〇min,取上清加入100 μ L IOmol · I71乙酸胺,混勾后再加入2倍体积的无 水乙醇,混匀后在设定的离心参数为13000Xg的条件下离心10min ;
[0076] 后续操作同上述CTAB常规法步骤②、③、④和⑤。
[0077] 香蕉基因组DNA的质量检验
[0078] (1)①由上述各种方法提取的香蕉基因组DNA的凝胶电泳检测
[0079] 取按上述各种方法提取的香蕉基因组DNA样品3 μ L于1. 0%琼脂糖凝胶(含EB - 溴化乙锭)中分别进行电泳,在凝胶成像系统下观察、拍照。
[0080] 在图1(图1-1、图1-2、图1-3以及图1-4)中,1 :以香蕉果肉的基因组DNA为样品 的泳道;2 :以香蕉果皮的基因组DNA为样品的泳道;3 :以香蕉根的基因组DNA为样品的泳 道;4 :以香蕉假茎的基因组DNA为样品的泳道;5 :以香蕉叶的基因组DNA为样品的泳道;M : Maker (10000) ;A: CTAB 常规法;B: CTAB 改良法 I ;C: CTAB 改良法 3 ;D: CTAB 改良法 2 ;E: SDS 法;F:SDS结合蛋白酶裂解法;G:改良尿素法;Η:氯化苄法。如图1中所示,A(CTAB常规 法)与B(CTAB改良法1)下凝胶电泳图类似,香蕉果肉与果皮样品中未出现基因组DNA的 条带,根中条带不清晰,仅假茎与叶中出现较清晰的条带;C(CTAB改良法3)与D (CTAB改良 法2)下凝胶电泳图类似,香蕉果皮样品中未出现基因组DNA的条带,香蕉其它组织中出现 较清晰的基因组DNA的条带;E(SDS法)与F(SDS结合蛋白酶裂解法)下凝胶电泳图类似, 香蕉果肉与果皮样品中未出现基因组DNA的条带,而且香蕉其它组织中出现基因组DNA的 条带不清晰;G(改良尿素法)与H(氯化苄法)下凝胶电泳图类似,H(氯化苄法)提取的香 蕉的果肉、果皮、根、假茎以及叶中均有清晰的主条带,而且条带整齐明亮,几乎没有降解, 但是G(改良尿素法)下,香蕉果皮样品中未出现基因组DNA的条带。如上所述,仅H(氯化 苄法)能提取香蕉各组织中的基因组DNA,而且主条带清晰明亮可见,即,该方法提取的DNA 完整性较好、质量较高。
[0081] ②按加入不同浓度氯化苄的氯化苄法提取的香蕉基因组DNA的凝胶电泳检测
[0082] 取按不同体积氯化苄的氯化苄法提取的香蕉基因组DNA样品3 μ L于1. 0%琼脂糖 凝胶(含EB-溴化乙锭)中分别进行电泳,在凝胶成像系统下观察、拍照。
[0083] 在图2中,1 :以香蕉果肉的基因组DNA为样品的泳道;2 :以香蕉果皮的基因组DNA 为样品的泳道;3 :以香蕉根的基因组DNA为样品的泳道;4 :以香蕉假茎的基因组DNA为样 品的泳道;5 :以香蕉叶的基因组DNA为样品的泳道;M :Maker(10000) ;C1 :400 μ L氯化苄的 氯化苄法;C2 :200 μ L氯化苄的氯化苄法;C3 :60
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