硫蒽酮增强贝林司他介导的细胞凋亡。平均值 土标准差，η = 3。*表示与对照相比的显著差异。**表示与单剂组相比的显著差异。Ρ〈0.05。 图7C.在来自MDA-MB-231乳腺癌细胞株的细胞中贝林司他的剂量反应曲线。图7D.在来自 ΒΤ-20乳腺癌细胞株的细胞中贝林司他的剂量反应曲线。
【具体实施方式】
[0029] 由于不受控制的细胞生长是所有癌症的潜在原因，所以能减少或阻止这种不受控 制的细胞生长的化合物、组合物和方法可能会有效治疗癌症。本说明书公开能减少或阻止 癌细胞所显示的不受控制的细胞生长的化合物、组合物和方法。化合物部分地包含基于噻 吨酮的自噬抑制剂(TAPI)和癌症治疗自噬诱导化合物(CTAPIC) JAPI抑制自噬介导的肿 瘤细胞的存活，使其对代谢应激、低氧和癌症治疗(诸如，例如，化学治疗、放射治疗或靶向 治疗例如免疫治疗、激素治疗或血管生成抑制剂治疗)更敏感。由于其作用机制诱导自噬， CTAPIC是常规的化学治疗剂或靶向治疗剂。出乎意料的是，尽管TAPI和CTAPIC对肿瘤细胞 有相反的作用，但发现TAPI和HDACI化合物的组合提供协同作用，所述协同作用极大地改善 了治疗上有利的结果并且提供更有效的癌症治疗。作为该发现的必然结果，TAPI和放射治 疗的联合治疗也将产生协同有益的癌症治疗，因为放射治疗也可诱导自噬。
[0030] 本说明书的方面部分地公开基于噻吨酮的自噬抑制剂(TAPI)。如实施例部分所论 证，TAPI抑制自噬，破坏溶酶体功能，诱导组织蛋白酶D表达，对癌细胞有细胞毒性，具有不 依赖于P53状态的抗癌活性，并且增强CTAPIC的抗癌活性。用于本文公开的方法的TAPI包括 具有连接的短链的任何基于噻吨酮的化合物，所述短链看起来与没有连接的碱基连接和磷 酸二酯键的磷酸二酯键的脱氧核糖糖环类似。TAPI的非限制性实例包括硫蒽酮 (Lucanthone)(米列西D(Miracil D))，1-( (2_(二乙氨基）乙基)氨基)-4_甲基噻吨-9-酮、 海恩酮(Hycanthone )1-(2-二乙氨基乙氨基)-4-(轻甲基)-9_噻吨酮、硫蒽酮和海恩酮的口引 唑类似物，（WIN33377)N-[[l-[[2-(二乙氨基）乙基]氨基]-9-氧代-9H-噻吨-4-基]甲基]甲 磺酰胺，以及生理学上可接受的衍生物、类似物及其盐。其它噻吨酮无嘌呤/无嘧啶内切核 酸酶抑制剂描述于，例如，例如，Thomas Corbett，等Antitumor Activity of N-[[l_[[2-(diethylamino)ethyl]amino]-9-〇x〇-9H-thiaxanthen-4-yl]methyl]meth anesulfonamide(ffIN33377)and Analogues , Exp .Opin. Invest. Drugs 3:1281-1292 (1994);和Mark P.Wentland，等，Anti-solid Tumor Efficacy and Preparation of N-[[!-[[2-(diethylamino) ethyl]amino]-9-〇x〇-9H-thiaxanthen-4-y1]methy1]meth anesulfonamide(WIN33377)and Related Derivatives,Bioorg.Med.Chem.Lett.4：609-614(1994);其各自以引用的方式整体并入本文。
[0031] 在该实施方案的方面，TAPI是1-((2-(二乙氨基）乙基)氨基)-4-甲基噻吨-9-酮、 1-(2-二乙氨基乙氨基)-4-(羟甲基)-9-噻吨酮或N-[[l-[[2-(二乙氨基）乙基]氨基]-9-氧 代-9H-噻吨-4-基]甲基]甲磺酰胺。这些化合物的化学结构如下所示。
[0035] 硫蒽酮(米列西D)
[0036] 1-((2-(二乙氨基）乙基)氨基)-4_甲基噻吨-9-酮
[0038] 海恩酮
[0039] 1-(2-二乙氨基乙氨基)-4-(羟甲基)-9_噻吨酮
[0041 ] WIN-33377 (SR-233377)
[0042] N-[[卜[[2-(二乙氨基）乙基]氨基]-9-氧代-9H-噻吨-4-基]甲基]甲磺酰胺
[0043] 本说明书的方面部分地公开癌症治疗自噬诱导化合物。癌症治疗自噬诱导化合物 (CTAPIC)是一类用于治疗广谱癌症的抗癌化合物，所述化合物虽然诱导自噬，然而抑制细 胞凋亡。许多癌症治疗剂诱导自噬是因为它们诱导损伤(细胞毒性化学治疗）、代谢应激(血 管生成抑制剂，2-脱氧葡萄糖）或通过模拟因子剥夺或饥饿（mimicking factor deprivation or starvation)阻断生长信号通路(革巴向非细胞毒性，激酶抑制剂）。因此， CTAPIC包括化学治疗和靶向治疗化合物例如免疫治疗剂、激素治疗剂或血管生成抑制剂化 合物。这种化合物的非限制性实例包括抗血管生成化合物、酪氨酸激酶抑制剂、血管内皮生 长因子受体（V E G F R )抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、法尼基转移酶 (Farnesyl transferase)抑制剂、mTOR抑制剂、糖酵解抑制剂以及维生素 D类似物和类视黄 醇化合物。其它CTAPIC包括但不限于三氧化二砷、贝伐珠单抗卡铂I/II、硼替佐米、脱氧葡 萄糖、多西他赛(Docetaxel)、内皮他丁、依托泊苷、依维莫司、吉非替尼(gefitinib)、伊马 替尼、伊沙匹隆、洛那法尼(LonaFarnib)、雷帕霉素、苹果酸舒尼替尼、他莫昔芬、替莫唑胺 以及坦罗莫司（temsirolimus)。
[0044] 本说明书的方面部分地公开组蛋白脱乙酰酶抑制剂。组蛋白脱乙酰酶抑制剂 (HDAC抑制剂、HDACI或HDI)是一类阻碍HDAC的功能并且可导致组蛋白的超乙酰化，从而影 响基因表达的化合物。HDAC抑制剂根据其化学结构来分类，并且第1类、第2类和第4类HDAC 具有不同的特异性和亲和性。最有效的HDAC抑制剂是异轻Η亏酸类(hydroxamic acid-type) HDAC抑制剂，其对乳腺癌显示出剂量依赖性抗肿瘤活性，并且最近已证明其为表皮T-细胞 淋巴瘤的治疗剂。异羟肟酸类HDAC抑制剂的非限制性实例包括曲古霉素 Α、伏林司他 (￥〇1'；[1108七&1:)、]\1-344、03撤、贝林司他(1361;[1108七&1:)、达西司他(0&(3；[1108七&1:)以及帕比司他 (Panobinostat)。另一类重要的临床上有效的HDAC抑制剂是苯甲酰胺类HDAC抑制剂，其在 实体肿瘤和血液肿瘤中显示出低毒性和活性。苯甲酰胺类HDAC抑制剂的非限制性实例包括 恩替司他(Entinostat)、他地那兰(Tacedinaline)以及莫替司他(Mocetinostat)。其它类 别的HDAC抑制剂是短链脂肪酸(SCFA)诸如，例如，丁酸苯酯、丙戊酸以及类似的脂肪酸化合 物;含有环氧酮和非环氧酮的环四肽诸如，例如，trapoxin B和酯肽;亲电子酮类，以及杂种 分子。尽管使用广泛（尤其是丙戊酸）并且临床有效，但SCFA具有较小的HDAC抑制常数。 Sirtuin III类HDAC依赖于NAD+，并因此被烟酰胺，以及NAD衍生物、二氢香豆素、萘吡喃酮 和2-羟基萘醛(2-hy droxynapha 1 dehy de)抑制。HDAC抑制剂也是有效的福射敏化剂。
[0045] 后成修饰是在正常细胞中调苄基因的转录表达，而不改变DNA序列的可逆的染色 质重排。转录是涉及由DNA生产蛋白质的步骤之一。为发生转录，转录因子必须与DNA上特定 的结合位点结合。当DNA呈凝缩状态时，转录因子难以物理地进入其同源结合位点，最终结 果很少会发生。
[0046] 组蛋白是在基因的转录调节中起到中心作用的蛋白质。这些球状蛋白质具有柔 性的N-末端，由于赖氨酸和精氨酸残基上有氨基，所述N-末端通常带正电荷。这些正电荷促 使组蛋白的N-末端部分与DNA主链上带负电荷的磷酸基相互作用并与其结合。正是组蛋白-DNA的这一相互作用促使DNA凝缩为其紧密的染色质状态(染色体）。因此，通过确保DNA以其 凝缩状态成束(bundle)，组蛋白在限制转录因子与DNA的结合中起到主要作用。
[0047]组蛋白与DNA的结合受细胞中存在的各种酶控制。在支持某些基因转录的条件下， 被称为组蛋白乙酰基转移酶(HAT)或赖氨酸脱乙酰基酶(KDAC)的酶使乙酰基加至组蛋白上 的ε -N-乙酰赖氨酸残基。乙酰化作用中和组蛋白的N-末端区域的正电荷，结果是乙酰化的 组蛋白不再能够与DNA主链反应。该结合的降低使得染色质膨胀(或染色质解凝），容许基因 转录发生，因为这样转录因子就可以到达其DNA结合位点并激活基因转录。在不再支持基因 转录的条件下，被称为组蛋白脱乙酰酶(HDAC)的酶除去通过HAT加入的乙酰基。脱乙酰作用 增加组蛋白的N-末端的正电荷，从而促进组蛋白与DNA主链之间的高亲和力结合。所得到的 染色质凝聚阻止基因转录，因为转录因子与其DNA结合位点相互作用被物理地阻止。因此， HAT促进染色质解凝，并因此促使基因转录，而HDAC促进染色质凝聚，并因此抑制基因转录。
[0048] 已知有18种人HDAC，基于其辅助域(accessory domain)的功能和DNA序列相似性 而分为4类。前两类被认为是"经典的"HDAC，其活动受曲古霉素 A(TSA)抑制，而第3类是不受 TSA影响的NAD+-依赖性蛋白质家族。第4类被认为是仅仅基于与其它DNA序列的非相似性的 非典型类。I类包括1^(：1、!^02、!^03和!^08并且与酵母还原性钾依赖3(1^)3)具有同源 性。HDAC4、HDAC5、HDAC7和HDAC9属于II类并且和酵母组蛋白脱乙酰酶1 (HDA1)具有同源性。 HDAC6和HDAC10包含两个催化位点并且被分类为Ila类。III类（亦称为sirtuin)与SIR2有 关，并且包括SIRT1-7,而HDAC11被分配到IV类，因为其催化中心中具有I类和II类HDAC两者 共孚的保守残基。
[0049]已知数个抗瘤化合物被用作HDAC抑制剂。因此，抑制染色质的凝聚被认为能够在 癌症的治疗中提供治疗上有益的作用，因为该染色质重塑导致1)关键细胞凋亡和细胞周期 调控基因的转录抑制，其进而促进细胞周期停滞和细胞凋亡；2)肿瘤抑制基因杂合性缺失 增加，和/或3)血管生成的抑制。因此，通过染色质凝聚进行的基因转录的表观遗传调节作 为导致肿瘤发生的重要机制而出现。
[0050]在该实施方案的方面，组蛋白脱乙酰酶抑制剂是异羟肟酸类组蛋白脱乙酰酶或苯 甲酰胺类组蛋白脱乙酰酶。在该实施方案的其它方面，组蛋白脱乙酰酶抑制剂是（2E，4E， 6R )-7-(4-二甲氨基苯基)-N-羟基-4,6-二甲基-7-氧代庚-2,4-二烯酰胺、N-羟基-Ν'-苯基 辛二酰胺、4-二甲氨基-Ν-(6-羟基氨基甲酰基己基)-苯甲酰胺、Ν-羟基-3-[(Ε)-3-(羟基氨 基) _3_氧代丙-1-烯基]苯甲酰胺、（2Ε)-3-[3_(苯胺基横酰基）苯基]-Ν-羟基丙稀酰胺、 ((Ε)-Ν-羟基-3-[4-[[2-羟乙基-[2-(1Η-吲哚-3-基）乙基]氨基]甲基]苯基]丙-2-烯酰胺、 (Ε)-Ν-羟基-3-[4-[[2-(2-甲基-1Η-吲哚-3-基）乙氨基]甲基]苯基]丙-2-烯酰胺、Ν-(2-氨 基苯基)-N 苯基-辛二酰胺、4-( 2-氨基苯基氨基甲酰基)苄基氨基甲酸酯、4-乙酰氨基-N-(2-氨基苯基)苯甲酰胺、N-(2-氨基苯基)-4-[ [(4-吡啶-3-基嘧啶-2-基)氨基]甲基]苯甲 酰胺、3_(二甲氨基甲基)-N-[2-[4-(羟基氨基甲酰基)苯氧基]乙基]-1-苯并呋喃-2-甲酰 胺或{4-[(羟基氨基)羰基]苯基}氨基甲酸{6-[(二乙氨基）甲基]-2-萘基}甲酯。这些抑制 剂的化学结构如下所示。
[0052] 曲古霉素 a
[0053] (2E，4E，6R)-7-(4-二甲氨基苯基)-N-羟基-4,6-二甲基-7-氧代庚-2,4-二烯酰 胺
[0055] 伏林司他（SAHA，Zolinza)
[0056] N-羟基-Ν'-苯基辛二酰胺
[0058] M-344(D-237)
[0059] 4-二甲氨基-N_( 6-羟基氨基甲酰基己基)_苯甲酰胺
[0062] N-羟基-3-[(E)-3-(羟基氨基)-3-氧代丙烯基]苯甲酰胺
[0064]贝林司他（PXD-101，PX_105684)
[0065] (2E)-3-[3-(苯胺基横酰基)苯基]-N-羟基丙稀酰胺
[0067] 达西司他(LAQ-824，NVP-LAQ824，）
[0068] ((E)-N-羟基-3-[4-[[2-羟乙基-[2-(1Η-吲哚-3-基）乙基]氨基]甲基]苯基]丙-2_烯酰胺
[0070]帕比司他（LBH-589，NVP-LBH589)
[0071] (E)-N-羟基-3-[4-[[2-(2-甲基-1H-吲哚-3-基）乙氨基]甲基]苯基]丙-2-烯酰胺
[0073] BML-210
[0074] N_( 2-氨基苯基)-Ν'-苯基-辛二酰胺
[0076] 恩替司他(MS-275，SNDX-275，MS-27-275)
[0077] 4-(2-氨基苯基氨基甲酰基)苄基氨基甲酸酯
[0079 ]他地那兰（CI-994，PD-123654，G0E-5549)
[0080] 4-乙酰氨基-N-( 2-氨基苯基)苯甲酰胺
[0082] 莫替司他(Mocetinostat) (MGCD-0103)
[0083] N-(2_氨基苯基)-4_[ [ (4-吡啶-3-基嘧啶-2-基)氨基]甲基]苯甲酰胺
[0085] PCI-24781
[0086] 3_(二甲氨基甲基)-N-[2-[4_(羟基氨基甲酰基)苯氧基]乙基]-1-苯并呋喃-2-甲 酰胺
[0088] ITF-2357
[0089] {4-[(羟基氨基)羰基]苯基}氨基甲酸{6-[(二乙氨基）甲基]-2-萘基}甲酯
[0090]本说明书的方面部分地公开靶向治疗剂。靶向治疗化合物包括但不限于免疫治疗 剂、激素治疗剂和血管生成抑制剂化合物。激素治疗包括通过外源性施用特定的激素，特别 是甾类激素或抑制这些激素的产生或活性的药物(激素拮抗剂)进行内分泌系统的调控。因 为在某些癌细胞中留类激素是基因表达的强的驱动子(driver)，某些激素的水平或活性改 变可造成某些癌症停止生长或甚至发生细胞死亡。也可采用内分泌器官的手术去除，例如 睾丸切除术和卵巢切除术作为激素治疗的形式。
[0091 ]免疫疗法用天然的体内物质或由天然的体内物质制成的药物进行的治疗。免疫疗 法激发身体攻击癌细胞并且克服由其它癌症治疗引起的副作用。免疫疗法用免疫系统来抵 抗癌症。主要前提是刺激患者的免疫系统来攻击导致疾病的恶性肿瘤细胞。这可以通过患 者的免