一种全基因组高效基因区富集测序方法与流程

文档序号:11145196阅读:来源:国知局

技术特征:

1.用于全基因组高效基因区富集测序的建立DNA基因区富集库的方法,包括以下步骤:

A) 样品进行全基因组DNA的提取;

B) 全基因组mRNA 的提取;

C )将步骤B)得到的全基因组mRNA 反转录为cDNA;

D )将步骤C)得到的全基因组cDNA 的碎片化;

E )分批回收步骤D)的碎片化cDNA得到20-50bp的短序列片段;

F) 将步骤A)得到的全基因组DNA,进行单酶切;

G )对步骤F)得到的酶切片段末端可增加barcode接头连接,以区分不同样品;

H) 将步骤G)产出的DNA酶切片段装入环形质粒中,构建DNA文库;

I )由步骤E)中的cDNA碎片为左引物,根据质粒两端序列分别设计两对引物为右引物;

J )将步骤I)的两对引物对,对H中构建好的DNA文库进行PCR扩增;

K )对步骤J)扩增片段进行高通量测序,获得基因区富集序列。

2.用于全基因组高效基因区富集测序的建立DNA基因区富集库的方法,包括以下步骤:

A) 样品进行全基因组DNA的提取;

B) 全基因组mRNA 的提取;

C )将步骤B)得到的全基因组mRNA 进行碎片化;反转录为cDNA;

D )将步骤C)得到的碎片化mRNA反转录为cDNA;

E )分批回收步骤D)的碎片化cDNA得到20-50bp的短序列片段;

F) 将步骤A)得到的全基因组DNA,进行单酶切;

G )对步骤F)得到的酶切片段末端增加barcode接头连接,以区分不同样品;

H) 将步骤G)产出的DNA酶切片段装入环形质粒中,构建DNA文库;

I )由步骤E)中的cDNA碎片为左引物,根据质粒两端序列分别设计两对引物为右引物;

J )将步骤I)的两对引物对,对H中构建好的DNA文库进行PCR扩增;

K )对步骤J)扩增片段进行高通量测序,获得基因区富集序列。

3.如权利要求1或者2所述的建立DNA基因区富集库的方法,其特征是:所述cDNA或者mRNA碎片化方式,为物理破碎,或者为酶切破碎。

4.如权利要求1或者2所述的建立DNA基因区富集库的方法,其特征是:所述步骤E) 中片段化分批回收技术,为普通电泳胶回收方式,或者为E-Gel胶按时间回收方式。

5.如权利要求1或者2所述的建立DNA基因区富集库的方法,其特征是:所述步骤 F) 中酶切,选择4-6碱基酶,根据目标基因组大小和特征调整,或者结合甲基化敏感酶进行甲基化识别。

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